4PEPA

The molecular and crystal structures of monoclinic porcine pepsin refined at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
326
structure length
325
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTIDGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular and crystal structures of monoclinic porcine pepsin refined at 1.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
source organism Sus scrofa
molecule keywords PEPSIN
total genus 77
structure length 325
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1989-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pepA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pepA01
4J0VA 1QBTA 5P0WA 5P5EA 4Y4TA 2HM1A 1BILA 3SKGA 2XYFA 3VFBA 5P6LA 4EQ0A 1FMUA 2RSPA 5P62A 3LIYA 4Y4JA 5P42A 7UPJA 1K6VA 2JJIA 5P1GA 4Y57A 1Z8CA 1BAIA 5P6PA 1ME6A 2PYNA 3HBOA 5P13A 5UPJA 4ZSQA 1UH8A 3B80A 3O9CA 2ZHTA 3SPKA 4B1EA 5P52A 2FGVA 4EQJA 5IE1A 4WY1A 5OZNA 5HVPA 3INFA 5P7OA 5OZUA 3ZPSA 5P0DA 4CP7A 5P3QA 1CPIA 2V16C 1NH0A 4MC2A 5P0SA 1TCWA 3VYDA 4F73A 2PMAA 5OZ8A 2VS2A 3NU6A 4QJ8A 4Y5EA 3PVKA 4ZEAA 5P24A 2FLEA 2QI0A 1FF0C 3QAAA 4J55A 5KOQA 3L5BA 4RLDA 3DV5A 1ZSFA 2QHYA 2QMGA 5I3XA 1XL5A 2ZHSA 3LZSA 4OBGA 1K1UA 4UPJA 2F81A 3EKYA 3VUCA 4D83A 2FIVA 5C9FA 3KN0A 1EBZA 5P00A 3LPIA 1Q9PA 3RSXA 5CLMA 5P5RA 3INHA 5OZ9A 5P2AA 3WSJA 3GI0A 5P7QA 2B7FA 2IRZA 1IZHA 4HEGA 5KOSA 2AVOA 4DPIA 1HVLA 3DM6A 4J54A 5P60A 5P8EA 1MT7A 4ZPGA 5P0RA 3ER3E 5P4JA 4YBIA 2OHPA 5P79A 4MC1A 4ZSMA 2HIZA 1DIFA 3TPRA 2ASIA 4H1EA 4XX3A 5BWYA 5OZ3A 2F3EA 3OADB 5P7NA 2WF1A 5P7HA 5P1ZA 1GVUA 3S53A 3GI6A 5P4YA 5AH6A 4YCTA 3ZKSA 4Y5KA 2Q3KA 3OQKA 5P58A 5P35A 1A8GA 1LV1A 1VIKA 4B1CA 2OHSA 3SA7A 5P69A 1NPAA 4HE9A 3BVBA 3SA8A 4LL3A 1AIDA 3OU3A 4FSLA 3ZOVA 5P3LA 3S7MA 4YD5A 2ER0E 5P2TA 1MESA 3PHVA 5P0VA 5P75A 3TLHA 5P7XA 2ZJMA 2WF4A 3O9DA 2VJ6A 4RCFA 2J9JA 4Y5MA 4Y41A 5P02A 1HTEA 4Q1XA 3SFCA 5P5BA 2QP8A 3OXCA 4J1KA 5P0NA 3APRE 3A2OA 5I3WA 1YTIA 3L3AA 5P38A 3SACA 4A4QA 2JYSA 3PWRA 5P2LA 5P34A 2B8VA 1W6IA 3JW2A 2QK5A 3UDKA 2IGXA 3IN4A 4YOAA 2QI1A 5P4CA 2F8GA 4L7JA 5P1QA 2PH6A 3O9LB 4H3JA 1ZLFA 1IVPA 5P8FA 4Y37A 1CMSA 5P5TA 5P3DA 5P7KA 7HVPA 1W50A 1RV7A 1LS5A 5P65A 3L59A 5P6GA 1K6PA 5P1OA 5P4VA 5P2CA 1YTGA 4J5JA 5P0TA 1GVXA 1PPKE 4FAEA 1EPNE 3VG1A 3PBDA 3UDMA 2UY0A 3S7LA 1D4IA 3U7SA 4B05A 5KQFA 1E82E 5P5DA 4H3FA 5P20A 5P64A 1WBKA 1B6JA 3SA3A 2FDPA 3NU9A 5P4IA 5P7ZA 4GMIA 4TRZA 1B5FB 3QRSA 2PSGA 3VFAA 1E80E 5KR0A 4RCDA 1BVEA 3TTPA 3IN3A 3HVGA 4U7VA 1AAQA 5P0JA 2QI7A 3K4VA 4BELA 4L1AA 5P4EA 5P48A 1IDAA 3G6ZA 4AMTA 5P4DA 2IKUA 2J9KA 3TKWA 3EKQA 4OBZB 1PPME 2B8LA 3EM3A 5P29A 5P22A 4I0IA 3ZKIA 1B6LA 3FIVA 5P1UA 1APTE 3IXKA 2I4WA 4YD3A 2UXZA 4YCYA 5KAOA 5P6IA 4FM6A 1APVE 3UQRA 3R0WA 2OHQA 1HRNA 3O9AA 4LBTA 3Q4BA 4M8YA 1MERA 5P1FA 1A8KA 4APEA 1XE5A 5JFPA 2CEMA 4Z2ZA 2Z54A 4H3IA 1D4YA 3SM1A 1BVGA 4F75A 5P1WA 5P40A 3IAWA 5P7SA 5P36A 3OUCA 2ZYEA 3S43A 4K4RA 3AUPA 4B70A 3GI4A 4EXGA 3LNKA 5P1XA 1XE6A 1LYWA 4FGXA 5P3IA 4CMSA 5P5UA 2F3KA 2RMPA 3OY4A 4RROA 4Y5NA 5P1TA 5P5SA 3UTLA 1HVKA 2AOEA 5P71A 1HTGA 1D4JA 4Z4XA 1QS8A 1FQ4A 4DV9A 4Y4GA 1HPSA 4R92A 5EZXA 2R5PA 5P37A 2F80A 1UH7A 4Y5PA 4YDGA 5P6CA 2FGUA 5CONA 5P44A 5P0GA 3IXJA 4MC6A 2V00A 5P1PA 5P7DA 3PBZA 3OU4A 5P3SA 5P6MA 5I70A 2OHLA 5P2ZA 2O4KA 5P0YA 5P8CA 2G20A 1EPPE 4Y36A 5OZOA 5P82A 3EKTA 3OQDA 4QJ9A 5AH7A 3SQFA 3UFNA 5P5LA 4IVTA 5P8MA 2ZJNA 2ZHUA 3OQAA 5HE4A 4J0ZA 1HPOA 4ZE6A 4HDFA 3RTHA 3TH9A 5P73A 1HSIA 4KB9A 2QD6A 3G72A 5P83A 4E43A 1SDTA 4AA9A 1GKTA 1T7IA 2BB9A 2XFJA 4LHHA 3QS1A 2AVQA 5P0QA 5P3MA 2R3TA 1QBUA 3H5BA 3NYGA 5P4BA 4ZSPA 4EHCA 4K4QA 1DAZC 5P49A 3EL5A 4GJ7A 3VSXA 3EKVA 3TNEA 4B00A 3ZKGA 1HTRB 2MIPA 1KJ7A 1F7AA 4FSEA 4Y3NA 3EM6A 3CKPA 3OHHA 2BJUA 3TOFA 3CYWA 5P1VA 1HVRA 1RQ9A 4ZSRA 3D1XA 5IVRA 3SA6A 4GJ6A 3LPJA 3FKTA 4TVGA 2WEAA 1JLDA 2VA5A 2NNPA 1META 4R8YA 2QD8A 3MSLA 2QMDA 1SMEA 5OZKA 2BKSA 1TW7A 2PK5A 3NWQA 2IKOA 5P85A 1SMRA 3GI5A 1T7KA 4KUPA 3ZKQA 1GVTA 1YX9A 2OHRA 3NU5A 5P59A 2OF0A 3LIVA 4Y3GA 2XFKA 3GGUA 5P8IA 2WEZA 3D3TA 5P5NA 5P7WA 4DQEA 5KQZA 2WL0A 3UDNA 1EC2A 1PROA 3OWNA 3BRAA 4HA5A 5P84A 1LYBA 2ER7E 6FIVA 4DQCA 1EPLE 4Y3QA 4Y3AA 4YD7A 1G6LA 1WKRA 2G69A 1T3RA 3O9HA 1TCXA 3EM4A 2AZBA 2IDWA 2B60A 3MXDA 5P86A 5P54A 5P7FA 4OC6A 5SY3A 3PEPA 4X2LA 3VLBA 2NMYA 5IVSA 4LXAA 3LITA 2IEOA 4J1HA 5P1BA 3QBFA 3NLSA 3SO9A 3H0BA 5OZRA 5P5PA 1GNNA 3LZUA 3SA4A 1KJFA 3O9EA 2ZJHA 4RVJA 4I0JA 5OZHA 1YM4A 5P8DA 4DPFA 5HE7A 1LZQA 5P51A 1FQ8A 2XYEA 4RYCA 3VLAA 3LIQA 4RGHA 3MWSA 2Q63A 5OYQA 4Y4WA 5P6UA 3OADA 4F74A 5P1EA 4EJ8A 5P8SA 5ENKA 5P3UA 1QDMA 1E81E 5OZFA 2QI4A 3TPJA 5P8KA 4DJXA 3TPLA 3KDCA 4FAFA 1MEUA 2QZKA 5P4QA 4K8SA 3BGCA 1MSMA 4D88A 4CPSA 3APPA 5DQCA 2P3BA 1EEDP 2AVVA 3QN8A 3QVIA 5OZJA 3URJA 5P1AA 3R2FA 4A6CA 1CZIE 1AVFA 3PCWA 5P0HA 1EC3A 1FQ7A 3BXRA 1QBSA 1HHPA 1APUE 5P4MA 3ST5A 1AJXA 5P2RA 1FQXA 3JVYA 3QRMA 3UDPA 2R43A 3VV7A 2O4SA 3O99A 4ZLSA 1C6XA 4DVFA 3OTSA 2QMPA 2VIEA 3DJKA 5P07A 3EL0A 4Y5AA 3UDQA 4TRWA 5E5KA 1HPVA 4Y53A 4OD9A 4Y3XA 4DJYA 3NUJA 5OZGA 5P09A 4ER2E 2ER6E 4I0FA 3Q5HA 3DCRA 5P3AA 2HC0A 4OBJA 2PC0A 1APWE 3ZKNA 4I8WA 5P39A 1E5OE 1ZAPA 4JOOA 4Y58A 5P45A 3T7PA 3DK1A 5AHCA 1MT9A 5F01A 3EBZA 4EWOA 3OUAA 2HPEA 5AHAA 3IXOA 1HIIA 1QBRA 1B5FA 3QBHA 3LZYA 3ER5E 1AXAA 5P46A 3KFRA 2PH8A 1T6GA 4I0ZA 1T7JA 2QNPA 3VCMA 5P32A 3WZ8A 1SIPA 2Q5KA 5P7AA 1DP5A 5OYZA 4DQGA 2WEBA 3KFNA 4ER1E 4Z50A 2V0ZC 3B7VA 4B72A 3HAUA 4YOBA 2NTRA 3LHGA 3D20A 3OGPA 1BXOA 3EL9A 4FL8A 5P6TA 4YD4A 3FNUA 2QU3A 2JE4A 5P4AA 4XX4A 4Z22A 3S85A 1ODYA 2WKZA 5P4NA 5SZ9A 5P15A 1IZIA 5P3EA 3NUOA 3NDTA 3D1ZA 1K1TA 2NXDA 1SIVA 5T4SA 4GZFA 1FFIC 3SM2A 4MC9A 3L58A 5P0CA 3OU1B 3K4VC 3BVAA 1HVIA 2QHZA 4I8ZA 3I25A 1SP5A 4RVIA 5OZ1A 4Y3PA 5P4GA 4YBFA 3KF0A 5APRE 1FKNA 5OZYA 1EBKC 1HOSA 5P7EA 4Y5BA 1ZSRA 3PLDA 4N00A 4Y4DA 6UPJA 3L38A 5P3VA 5EZZA 3PCZA 3TKGA 5P11A 3K5DA 4NJUA 4BEKA 4DJUA 2IS0A 2Q11A 1W5YA 5P7UA 3UQXA 5FIVA 3OUDA 3U6AA 1A94A 1PSAA 5P2JA 4WY6A 5P50A 1ODXA 1FQ5A 2WEDA 3NR6A 1W5VA 3F9QA 3VF5A 3DUYA 4Y3RA 2ANLA 2I4DA 3EL4A 1MTBA 5P2NA 3QPJA 5P0MA 5P5YA 5P17A 5P3NA 2I4VA 3UDYA 5P5AA 5KQYA 1HXWA 2ZGAA 1A30A 1GNMA 3ECGA 4Y3EA 5HU0A 1KZKA 2PSVA 1KJHA 3HZCA 2O4NA 5J25A 4U7QA 3T11A 2RKGA 5I3YA 4TRYA 5OZ2A 2G1SA 2P4JA 4FM7A 4COEA 2Q54A 4J1CA 2AOGA 3NDWA 5P3JA 1PSOE 3S45A 4YHQA 3JVWA 4YA8A 2BPZA 2QZXA 5P16A 3ZMGA 5OZ6A 2CEJA 4J0YA 4NJTA 5P05A 4FS4A 2ZE1A 3VV8A 3ZKXA 3I2LA 5P2WA 5JG1A 5P8LA 3I8WA 5P14A 3WZ7A 5P61A 1EBWA 1LF3A 2HAHA 3WB5A 1Z1RA 5P6FA 5I3VA 3GGVA 4GJ5A 2ZHRA 4S1GA 5P3ZA 3KT5A 4XKXA 5P3CA 4BFDA 3WZ6A 1ENTE 3L5FA 3O9IA 3NXNA 5P3YA 4AZYA 3OUBA 4DJWA 2QCIA 2APRA 5P31A 3Q70A 1HVSA 1FEJC 2FS4A 3HAWA 4FRKA 5OZBA 2PK6A 5COOA 3TL9A 4RRSA 5KR2A 5P30A 1XN3A 2G21A 4NKKA 3PSGA 5HTZA 2QU2A 5OZ7A 2FNTA 5B18A 2QI5A 5OYXA 5P81A 5P72A 5P7CA 5P41A 3QRVA 3OAGA 3PLLA 4B78A 2QZWA 5DR3A 3NDUA 1IBQA 3KYRA 5P6OA 1KJ4A 2J9JB 3FV3A 5P6JA 5P3PA 4TVHA 4EJKA 4Y4UA 5P0UA 1YG9A 1NPVA 4Q1WA 3O9GA 3OTYA 5P7JA 5P1KA 5P5MA 5P87A 2G1NA 5SXNA 3BHEA 4GJDA 1EC1A 5P1NA 5P70A 5P04A 3D1YA 4OBKA 4PYVA 4R95A 3T6IA 3RSVA 1HEFE 9HVPA 5OZIA 1D4KA 4RRNA 5DR1A 2OHNA 5OZPA 4A6BA 4Y56A 2G27A 1B6PA 1LYAA 5P12A 1J71A 3KM4A 5KR8A 5P3KA 5OZSA 5JODA 3QI1A 4FCOA 5P3FA 5P08A 2PQZA 4Q5MA 2BPWA 5P4WA 4DJQA 2R9BA 3VF7A 1MVPA 5HCOA 4L7GA 5OZCA 1FG6C 1C6YA 3QP0A 3HLOA 3CYXA 5P8OA 1BV9A 3KDBA 5P2YA 5ENMA 3C9XA 5C9DA 3K5GA 1TSQA 2AZ8A 5DR0A 5P5VA 3L5DA 2H6SA 1YM2A 3SAAA 3VYEA 5P2HA 1VIJA 3PB5A 4L1AB 1OHRA 2PWRA 5P43A 1SBGA 4Y4AA 4Y3WA 3O9FA 3FSMA 4FRSA 5P1LA 4CPRA 5PEPA 1PFZA 3VV6A 4XXSA 2R38A 1HVCA 5P4RA 3SA9A 5P2KA 5P5ZA 5P27A 3BGBA 5P3RA 5P2QA 5P7RA 2VNNA 2QNNA 3MSJA 1MT8A 1K6TA 1IIQA 4Y44A 5HDZA 3PRSA 2AIDA 1SGZA 3SA5A 4R5NA 2ZDZA 5P2BA 5P3WA 2NXMA 4R93A 5OYUA 4Q1NA 5AH8A 5P5GA 5P67A 5IVQA 3DOXA 2G26A 5P6DA 2I0DA 1M0BA 2QHCA 1N49A 4Y3LA 2UPJA 2FXEA 3OQFA 5P0BA 4DJRA 3S43B 1K2BA 2ER9E 4Y5LA 2BKTA 2O4LA 3NXEA 3RU1A 1LYWB 4ACXA 1XS7D 1HSGA 5P5WA 1BV7A 3S54A 1MSNA 5P0EA 1GNOA 5P5JA 3NSHA 4L7HA 4I0GA 5OZDA 1K2CA 5P2SA 3BUHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0V A;  1QBT A;  5P0W A;  5P5E A;  4Y4T A;  2HM1 A;  1BIL A;  3SKG A;  2XYF A;  3VFB A;  5P6L A;  4EQ0 A;  1FMU A;  2RSP A;  5P62 A;  3LIY A;  4Y4J A;  5P42 A;  7UPJ A;  1K6V A;  2JJI A;  5P1G A;  4Y57 A;  1Z8C A;  1BAI A;  5P6P A;  1ME6 A;  2PYN A;  3HBO A;  5P13 A;  5UPJ A;  4ZSQ A;  1UH8 A;  3B80 A;  3O9C A;  2ZHT A;  3SPK A;  4B1E A;  5P52 A;  2FGV A;  4EQJ A;  5IE1 A;  4WY1 A;  5OZN A;  5HVP A;  3INF A;  5P7O A;  5OZU A;  3ZPS A;  5P0D A;  4CP7 A;  5P3Q A;  1CPI A;  2V16 C;  1NH0 A;  4MC2 A;  5P0S A;  1TCW A;  3VYD A;  4F73 A;  2PMA A;  5OZ8 A;  2VS2 A;  3NU6 A;  4QJ8 A;  4Y5E A;  3PVK A;  4ZEA A;  5P24 A;  2FLE A;  2QI0 A;  1FF0 C;  3QAA A;  4J55 A;  5KOQ A;  3L5B A;  4RLD A;  3DV5 A;  1ZSF A;  2QHY A;  2QMG A;  5I3X A;  1XL5 A;  2ZHS A;  3LZS A;  4OBG A;  1K1U A;  4UPJ A;  2F81 A;  3EKY A;  3VUC A;  4D83 A;  2FIV A;  5C9F A;  3KN0 A;  1EBZ A;  5P00 A;  3LPI A;  1Q9P A;  3RSX A;  5CLM A;  5P5R A;  3INH A;  5OZ9 A;  5P2A A;  3WSJ A;  3GI0 A;  5P7Q A;  2B7F A;  2IRZ A;  1IZH A;  4HEG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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