4PHVA

X-ray crystal structure of the hiv protease complex with l-700,417, an inhibitor with pseudo c2 symmetry
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Crystal Structure of the HIV Protease Complex with L-700,417, an Inhibitor with Pseudo C2 Symmetry
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(aspartic proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4phvA00
3PB5A 4YD5A 1G6LA 3BVBA 3GGXA 3TOHA 4X7IA 5ISJA 3BVAA 4CPQA 3Q70A 5P6UA 5P1FA 5KQXA 1HWRA 1LZQA 4QGIA 5P00A 3OAGA 1FMUA 2NMYA 3VF3A 5ISKA 2P8HA 3EBZA 1NPVA 3HBOA 3RSVA 4Q1YA 5P4DA 3KDDA 5P0IA 5P1NA 1XL2A 2Q5KA 5P1YA 3VEUA 1SGZA 3SQFA 1IZDA 1ZTZA 4ZE6A 3N3IA 5P36A 2I0DA 2RSPA 2VNNA 5P15A 1B6LA 2VA5A 3PWWA 1ME6A 1K1TA 5P3HA 1D4HA 2PSUA 5P2WA 1IDBA 5P05A 2Q55A 2QZXA 5P2RA 1FGCC 5P10A 3OADA 5I70A 3U71A 4EHCA 4DJYA 5OZVA 4L7GA 5P1GA 2AZCA 4B1DA 4J0TA 5OZGA 3URLA 5IE1A 5P66A 4J1KA 5OZPA 4KE1A 4Y51A 1ZJ7A 3LINA 5P3FA 2QZKA 4Q1NA 3D91A 1FIVA 3LITA 2HC0A 5P34A 5P7QA 2F80A 4FS4A 3F9QA 5P0RA 2G94A 1QBRA 2BJUA 2A1EA 3EMYA 5P81A 3D1YA 1MT7A 2AVOA 5P2GA 5ENKA 5P83A 5OZCA 4HDPA 4Y3XA 2P3BA 5P78A 4F74A 6FIVA 5OYTA 3OU3A 1BAIA 1M4HA 1LF4A 3U6AA 4IVSA 5P2NA 4AZYA 1AXAA 3ZKGA 2PYNA 4Y3TA 2Q3KA 5P4MA 1FQ7A 2IKUA 5P2OA 3PSYA 5P3ZA 5P37A 4I0EA 2O4SA 5IVQA 5P2BA 3HZCA 3UDRA 1APTE 1FQ8A 4YOBA 5KQFA 4OBHA 3TOFA 5P3UA 5OZMA 3L5CA 5P3WA 4NJSA 5P0MA 3WZ7A 4GJ9A 4FAEA 2QNPA 3U7SA 4DFGA 5DGUA 5DR8A 4TVHA 4Y54A 2BPYA 1YM2A 1D4YA 4J0VA 1FG8C 5KR0A 5P64A 3MSKA 3HLOA 3VV6A 3KFRA 3VSXA 2WHHA 4FRIA 2OHSA 3UDQA 4E43A 1W5XA 3NWQA 1KJ7A 3PHVA 5P60A 4FL8A 5ER1E 2ZJHA 3Q5HA 2QMGA 3OXXA 5P4IA 2Q64A 5P1JA 1MIQA 5P0WA 1AZ5A 4I0JA 4H3GA 3EKXA 3IVHA 1HHPA 2QD6A 5DPZA 5P7AA 1FKNA 3FKTA 1EBZA 3N4LA 4PZXA 1BDRA 1IZEA 3NDUA 1SMRA 1MTRA 1C6ZA 3TLHA 5P5ZA 5OZ4A 2O4NA 5P3OA 4Y57A 1GKTA 2B60A 3UTLA 1B5FB 3ZPSA 1HVCA 5P11A 4Y3EA 2B8VA 4GJCA 3DJKA 2OHLA 4M8XA 5P5DA 4DJVA 1KJHA 4XX3A 1SBGA 3NWXA 1NPWA 4DH6A 5P6DA 4OBJA 1CZIE 2NXLA 3NU4A 5P2TA 3HDKA 3I25A 1YX9A 2AVMA 5AHBA 5J25A 4Y4DA 3SABA 1EBKC 3OU1A 5P59A 5P1AA 2V13A 3FIVA 3OWNA 2VIJA 5OZLA 7UPJA 2VA7A 4B0QA 5P2IA 5P5KA 1GVTA 2EWYA 2G1RA 1T7JA 4CKUA 3OAGB 3QS1A 5OZXA 3JVWA 4I8WA 5P1TA 4XX4A 4R5NA 2I4XA 4GJ8A 4YD3A 3D1XA 1MRWA 2BQVA 2HB2A 5P0FA 1BXOA 1YT9A 2QI3A 3PWRA 5OZ2A 4YDFA 5P8LA 2QD7A 3CIDA 3PWMA 1ZSRA 5P7SA 5P8PA 4QJ2A 4NJTA 4Y50A 1HPOA 3QROA 1APWE 4Y5AA 4YE3A 5P33A 3TTPA 2RENA 3NU5A 5P3RA 3OHHA 4LHHA 3FNUA 1GVWA 3OADB 5P7MA 4B05A 1J71A 2Z54A 1DW6C 3TPPA 4J54A 3OQFA 2UY0A 2FXEA 2QD8A 2ZJKA 4Q1WA 4Y53A 1DP5A 3HVGA 1B6MA 4Z4XA 4YBFA 2F3KA 5P6AA 1HIHA 3WSJA 4M8YA 1VIKA 5HDVA 5E5KA 5P8RA 3ZKMA 5P0GA 3RTNA 1YTGA 4RCFA 5P2HA 4I0IA 3RSXA 1MPPA 5P0KA 3SA3A 4DQFA 5P8OA 4DUSA 5P0LA 5P88A 5P6GA 3FSMA 3R4BA 4OBGA 1QBUA 2BPZA 5OZ0A 1XE6A 5P6MA 4J0ZA 5SY2A 5P6ZA 3L3AA 5P6PA 2QI4A 1GVVA 3PRSA 1DMPA 2P3BB 4D83A 1E81E 5P6CA 4UPJA 3NUOA 4HE9A 4J17A 3PCZA 3PMUA 5OYXA 3VYEA 1SGUA 3KMXA 1HRNA 4HZTA 2H6TA 3VF5A 2WL0A 1MEUA 5P8UA 2IGXA 4TRYA 3DV1A 1M43A 3FV3A 3KDCA 4DJUA 4OBKA 1M0BA 3EKYA 2R43A 2PWCA 2QMPA 5DR3A 1T6EX 3PBDA 1C70A 5OYRA 5BWYA 4Y5NA 5HE4A 4Y3HA 5P3SA 5P8GA 2PK5A 3IXOA 4YD4A 2B42A 5P57A 1BBSA 2FNSA 3L5DA 5P5RA 4FRSA 1EEDP 4Y4EA 5P13A 2RKGA 4CPWA 3PGIA 2HM1A 1D4IA 2ZYEA 3SA5A 2MIPA 1BV7A 3INFA 2HS2A 5P62A 3UDNA 2JJIA 4LBTA 3KT2A 5OZFA 3S7LA 5F01A 5P0AA 2NR6A 3C9XA 3VCMA 3OXVA 2QP8A 5C9DA 3OUCA 4H3IA 2P3AA 4NPTA 3RTMA 2OHNA 4GJDA 2QZWA 3LIQA 3LPJA 2WECA 2OHRA 5I3XA 5P31A 1QS8A 5P0HA 2IENA 2AVSA 5P3VA 5P7DA 3B80A 4MC6A 1HSHA 3M9FA 3LIZA 5OZ1A 4DQEA 2AOCA 2QI7A 4Y9WA 4XXSA 5P45A 3H5BA 1E5OE 3BUGA 1LYAA 5KAOA 3PJ6A 8HVPA 1Z8CA 3OXCA 5P1KA 3PVKA 3KN0A 2CEMA 4ER2E 5DR0A 2Q63A 1APUE 2PYMA 4Y44A 1BV9A 2AOHA 4I12A 2XFIA 3G70A 2WEAA 5P6KA 3SFCA 2B7ZA 3K4VA 1DIFA 5P3BA 3OU1B 2NNKA 5P6YA 5TOLA 5KQZA 4K4QA 1YTHA 1EPME 2JXRA 5P23A 5P40A 4ZPFA 5P7HA 2FNTA 5P48A 5P19A 4Q5MA 2G22A 2AOJA 1OEWA 2V16C 3GI5A 4RROA 1WKRA 2VJ6A 3UF3A 3VF7A 4RYCA 1MT9A 5P0CA 4ACUA 5P46A 2PC0A 5P20A 5P3PA 3OTSA 5P5AA 3L58A 4LXKA 2RKFA 1ZAPA 3SLZA 1D4JA 1E80E 1W5WA 1IZIA 5P4YA 3NDWA 1F34A 2NXDA 4QJ9A 5P0TA 4Y4AA 4Y3JA 4YCKA 4K4PA 5EZXA 3GI0A 5OZOA 5P8AA 4MC2A 4FLGA 5P2LA 5P8EA 3S54A 2QI5A 4CPSA 4QLHA 2AODA 5P2DA 5UPJA 5IVSA 5P0JA 3VYFA 4D8CA 1UH9A 5P2ZA 2HB4A 1IVQA 5P43A 4LAPA 3T7QA 5P7KA 3OU4A 5E5JA 2QU2A 4I8ZA 5P0UA 5P4CA 1XN3A 1BIMA 3NUJA 5C9BA 1KZKA 5P1HA 5P56A 4F73A 5P06A 2IDWA 2G69A 1HVKA 3EKTA 5P3MA 1C6XA 1D4LA 3EL5A 5P2VA 4QJ6A 1LV1A 5P5XA 1PPME 5P6BA 3AUPA 5SXNA 5P30A 2F81A 1HPVA 1HVLA 4EJ8A 4RGHA 1A30A 1D4SA 3S56A 4DJXA 5C9FA 4TRZA 5P5GA 5P6OA 3CMSA 4HEGA 5P2YA 3SA6A 5EZZA 1GVXA 4Y5KA 5P6EA 3BC4A 3L5EA 3RU1A 3PI0A 1FMBA 4Y3FA 4J0PA 5P12A 2ER0E 1FFIC 4ZSMA 2QI1A 4Q1XA 4Y5CA 4EJDA 5P8TA 1PSNA 5P6LA 5DQ5A 1NSOA 1W50A 4ZSQA 1EPRE 5P2MA 4TRWA 5OZ3A 1FFFC 5P0PA 3DM6A 5P7OA 4PPHA 1XDHA 3PSUA 5AH8A 1ZLFA 3NXEA 4RCEA 2OHUA 4FGXA 5OZWA 2PWRA 5P1ZA 3PM4A 3R0WA 3KDBA 2AZ8A 4J1HA 3KFPA 5P1EA 3ECGA 4Y3YA 1HSIA 4YA8A 3LPKA 3OGPA 4RVIA 2OHTA 3K5CA 5P3CA 2ANLA 1EBYA 4RLDA 3EM6A 3R0YA 1BVEA 3D3TA 1AJVA 1Z1RA 5P7EA 1LYAB 5P17A 2QNQA 5AH7A 4NJUA 2WF4A 1IDAA 4BEKA 2ASIA 4GJAA 1OD1A 4K9HA 4KUPA 4EP2A 2QI6A 3SAAA 1MT8A 4OBDA 4MC1A 3KMYA 2PMAA 2V0ZC 1K6VA 4JPCA 2IRZA 5FIVA 4CPUA 1PFZA 1B6JA 4GJBA 3QRVA 4R93A 4I0DA 4DPIA 4Y45A 5P2QA 2R9BA 1AIDA 2CEJA 2G21A 1W6IA 4APRE 3LIVA 3PLLA 4RRNA 5OZHA 5P24A 5SY3A 5P6VA 1PPKE 3KFNA 3MXDA 5DQ2A 4LXAA 2VJ7A 1A9MA 2BB9A 3NYGA 4BELA 3GI4A 3UCBA 2I4UA 5HDUA 1HTRB 4J1IA 4DQGA 3T7PA 1PROA 5P4RA 5COKA 3MSLA 5DR7A 5BS4A 4A6BA 2FDEA 4OBFA 4OBZA 4I11A 5OZRA 5KR8A 1SDVA 2O40A 1FB7A 3EL1A 1ZP8A 1UH7A 1D4KA 5OYWA 3GGUA 3LNKA 5P1SA 5P4SA 1AVFA 5P58A 5P7UA 2WEZA 5P7VA 5P0NA 4FCOA 5P0EA 3TL9A 4ER4E 1FQ4A 4Y5BA 5P5WA 3IVIA 2FDPA 3MWSA 3PMYA 4MC9A 4QJAA 5P1PA 4EXHA 2VIEA 3ZPUA 3UDMA 4I10A 4Y3PA 1F7AA 3ZKSA 4Y4TA 5P14A 4F75A 1HOSA 3KF0A 5P22A 4Y3GA 1FQ6A 5P4BA 4APEA 1QRPE 3OQDA 3ZKNA 4Y5EA 4HDBA 5P76A 1W5VA 5P41A 5AGZA 3D1ZA 2HS1A 5P0SA 5CONA 5P79A 2R3TA 3BUFA 3OU4B 4R92A 3O9EA 3RVIA 4FM7A 4Y43A 2AZ9A 4OC6A 4LXMA 1AM5A 2V12C 5P3EA 2OAHA 5P5YA 5OZ5A 4LL3A 2ZJJA 1G35A 4EWOA 2ZGAA 5P7XA 2P83A 4NJVA 2WF2A 1BILA 2B7FA 3ZKQA 3LZVA 3K1WA 1HXBA 4EXGA 5P0YA 1A8GA 2I4DA 3DCKA 2ER6E 4YHQA 5P0BA 5OYYA 5P8DA 5KR1A 4Y6MA 1VIJA 2P3CA 4FE6A 5P2KA 2HIZA 4TVGA 2Q15A 3BGCA 5P84A 2NMZA 2NNPA 3S7MA 5P7BA 5OZIA 1KJFA 3EKPA 5P47A 1META 3IAWA 3LHGA 1HTEA 2R5PA 3L59A 3LIXA 3PLDA 1QBTA 1W51A 5P82A 2XFKA 2G24A 3OUDA 4I0FA 2BKTA 5P5LA 3T3CA 5JG1A 3UDHA 1PSAA 4RVJA 5P7YA 4RRSA 3IA9A 4EPJA 5P5SA 3GI6A 3K4VC 4GJ6A 3O9AA 2V11C 1RL8A 1WBKA 4ZLSA 1K2BA 3EL4A 1LYBA 3PBZA 3INDA 4DJQA 1K2CA 3DV5A 5P73A 3D20A 1T7IA 2WF0A 3IN3A 3G6ZA 4AMTA 2HAHA 3DOXA 4Y41A 3VFBA 2ZHRA 4DJPA 4D88A 4Y4XA 4B1EA 3O99A 4AA8A 5P5PA 3BRAA 5OZYA 5P7GA 5P1IA 1TQFA 4AUCA 5P03A 2UPJA 3HAUA 3BGBA 5P3YA 2PQZA 3K5FA 5KQYA 4Y36A 5P52A 4GYEA 5P3DA 5P4LA 1EC3A 1W5YA 3KYRA 1RNEA 3PEPA 1ZBGA 3QBHA 4N00A 5P38A 3VLAA 5OZ8A 5HCOA 5P4KA 1LYWA 4CP7A 1KJ4A 1T3RA 1ODYA 3UDPA 5P2JA 5OYZA 2JJJA 3UDKA 2QK5A 4KB9A 3R2FA 1HBVA 4I0ZA 3SA4A 2FS4A 3UQPA 1E82E 2G26A 4J0YA 1HEGE 5P0XA 1G0VA 1MESA 4PEPA 4RZ1A 5HD0A 4PYVA 5P1LA 1EC0A 4WTUA 1K6PA 1APVE 5P53A 4GMIA 4Y5LA 3VYDA 1BDQA 4Y3RA 2AVVA 2OHPA 1FQ5A 5DQ1A 5P7WA 2V00A 2OHQA 4J1EA 3APRE 5COPA 3QRMA 1MTBA 5P70A 4GIDA 4PHVA 2R5QA 4B77A 1XE5A 1EPOE 5P2CA 3ZMGA 5P1BA 2QHYA 3VSWA 2WEBA 1YM4A 1T7KA 1FF0C 3ZOVA 4YBIA 3QRSA 6UPJA 4F76A 4DJOA 1KJGA 5HCTA 1T6GA 4OBZB 3GGVA 4J1FA 4LP9A 1YTJA 3INEA 1SP5A 5OZ7A 4Y35A 3DCRA 4K4RA 4FM8A 5P5EA 5P72A 4Y3WA 2XYFA 5P5VA 3SA7A 5AH9A 4QJ8A 3UHLA 4Y4BA 5ENMA 5P3LA 3EM3A 2BBBA 3LZSA 5P89A 2IS0A 2ZDZA 3PSGA 2HPEA 4Y3AA 1RQ9A 1EC1A 2WKZA 3WB4A 3TKGA 2VIZA 5P1RA 4A6CA 1SDUA 5P3TA 4DJWA 3KA2A 4R8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PB5 A;  4YD5 A;  1G6L A;  3BVB A;  3GGX A;  3TOH A;  4X7I A;  5ISJ A;  3BVA A;  4CPQ A;  3Q70 A;  5P6U A;  5P1F A;  5KQX A;  1HWR A;  1LZQ A;  4QGI A;  5P00 A;  3OAG A;  1FMU A;  2NMY A;  3VF3 A;  5ISK A;  2P8H A;  3EBZ A;  1NPV A;  3HBO A;  3RSV A;  4Q1Y A;  5P4D A;  3KDD A;  5P0I A;  5P1N A;  1XL2 A;  2Q5K A;  5P1Y A;  3VEU A;  1SGZ A;  3SQF A;  1IZD A;  1ZTZ A;  4ZE6 A;  3N3I A;  5P36 A;  2I0D A;  2RSP A;  2VNN A;  5P15 A;  1B6L A;  2VA5 A;  3PWW A;  1ME6 A;  1K1T A;  5P3H A;  1D4H A;  2PSU A;  5P2W A;  1IDB A;  5P05 A;  2Q55 A;  2QZX A;  5P2R A;  1FGC C;  5P10 A;  3OAD A;  5I70 A;  3U71 A;  4EHC A;  4DJY A;  5OZV A;  4L7G A;  5P1G A;  2AZC A;  4B1D A;  4J0T A;  5OZG A;  3URL A;  5IE1 A;  5P66 A;  4J1K A;  5OZP A;  4KE1 A;  4Y51 A;  1ZJ7 A;  3LIN A;  5P3F A;  2QZK A;  4Q1N A;  3D91 A;  1FIV A;  3LIT A;  2HC0 A;  5P34 A;  5P7Q A;  2F80 A;  4FS4 A;  3F9Q A;  5P0R A;  2G94 A;  1QBR A;  2BJU A;  2A1E A;  3EMY A;  5P81 A;  3D1Y A;  1MT7 A;  2AVO A;  5P2G A;  5ENK A;  5P83 A;  5OZC A;  4HDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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