4PZWA

Synthesis, characterization and pk/pd studies of a series of spirocyclic pyranochromene bace1 inhibitors
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
403
structure length
397
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (93-96)3H6 (338-340)TII1 (63-66)TI4 (132-135)3H1 (61-63)S3 (86-93)S4 (99-102)S1 (67-70)TII2 (70-73)TIV1 (82-85)S2 (75-81)TIV2 (109-112)TI5 (148-151)S6 (135-147)3H2 (115-117)TI3 (118-121)AH1 (197-204)S5 (122-132)S18 (344-349)S7 (155-167)S8 (178-181)S15 (286-288)TVIb1 (188-191)TIV4 (189-192)TI6 (191-194)S21 (378-383)O1 (208-210)3H4 (278-281)S11 (245-253)S9 (211-216)TII4 (236-239)S10 (230-237)S17 (329-332)TI7 (241-244)S13 (264-269)TVIII1 (254-257)TIV5 (257-260)3H5 (320-324)TVIII2 (314-317)S14 (272-273)TIV6 (268-271)AH3 (363-366)AH2 (299-313)TVIa1 (282-285)S16 (295-298)TI9 (289-292)TVIII3 (350-353)3H7 (373-375)S20 (367-369)S19 (355-361)TI10 (313-316)TII5 (332-335)TII6 (352-355)S22 (385-388)TIV7 (388-391)TIV3 (166-169)TI2 (106-109)TII3 (171-174)S12 (261-262)O2 (336-338)S23 (392-394)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Synthesis, characterization, and PK/PD studies of a series of spirocyclic pyranochromene BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 107
structure length 397
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzwA02
1PPKE 1NH0A 5P5MA 1HXBA 4OBFA 5P7VA 2QI5A 5P60A 5P3HA 5P5CA 2P83A 5OYYA 3ZKNA 4R5NA 4DI2A 1QDMA 2O4NA 4GYEA 1GNOA 3VG1A 1B6PA 2B7ZA 3LIQA 3DOXA 4FAEA 5P2WA 5P8SA 2G1NA 1ME6A 5JFPA 5P0YA 3TPLA 2I4DA 5P14A 4ZPGA 3IXOA 2UPJA 3R2FA 3PWMA 5P62A 2F3KA 5P0IA 1FQ8A 1EPNE 1CZIE 3EM4A 1B6LA 1LYWB 2FXEA 2J9JA 4CPQA 4Z2ZA 4KE1A 4YCKA 4DJVA 3KM4A 2PSUA 2QU3A 4J1CA 1SDUA 5P2KA 3DCRA 3U71A 5P09A 1G2KA 5P3EA 1OHRA 2VNMA 2I4XA 1SGZA 2O4LA 1SH9A 1YT9A 3ZL7A 1HVLA 3HAUA 2QNNA 5P5ZA 3Q70A 3SA8A 2OHTA 4A6BA 3GI4A 2XYFA 5P3KA 4K4RA 4WY6A 5OZTA 4CP7A 4I0EA 4APEA 3VV7A 5P6BA 3VFAA 3TOGA 4X7IA 3LPIA 3ER5E 5P81A 2WF3A 5DQ4A 4B77A 3VV8A 4YCYA 2JE4A 2HAHA 3OU1B 4HDFA 5P8NA 4DQHA 3F9QA 3TH9A 4TRYA 5OYUA 1BBSA 5P6TA 3VUCA 1YTGA 3VYEA 1MPPA 3DV1A 5DQ5A 4R8YA 1G6LA 4FM8A 3SO9A 2QNQA 1YTJA 5I3YA 3K4VC 5P8VA 1E81E 2G1OA 3K5FA 3BXSA 1K6VA 4L7JA 3HVPA 3Q3TA 1XE5A 3KMYA 4CMSA 3UQPA 5P7OA 4Y4JA 1XS7D 5DQCA 3GGXA 3GI6A 1NSOA 4NJTA 2I0AA 1ZJ7A 3IVIA 1OEXA 2MIPA 4N00A 3S53A 2O4SA 2ZJMA 2G22A 3BGBA 5COKA 4FE6A 1Z8CA 3IXJA 1OD1A 5P20A 5P43A 5IE1A 4GJDA 5OZDA 5P11A 5P1VA 3SFCA 1QRPE 1HVHA 5P00A 4NJUA 3NWXA 3L59A 1W6HA 5P6NA 5P4ZA 3BUGA 5P5UA 3OU4B 4YE3A 3L5CA 4Y3HA 1XN3A 3MSLA 4OD9B 5P89A 5IVQA 4GIDA 3FNSA 5OZOA 4K8SA 2XFKA 3CKPA 2ZJNA 5P2AA 5P1OA 3LZYA 1HVRA 3FX5A 1APWE 4CPXA 2V10C 1HSGA 1HSIA 5P4FA 2Q15A 2WEDA 1MSNA 5DGWA 1F34A 1LF4A 4J5JA 4Y4UA 4ZSMA 4KB9A 5OZZA 2HPEA 1ODYA 2AVOA 2BQVA 4GB2A 5P47A 3C9XA 3QPJA 4Y5NA 3UTLA 5P2MA 4EJKA 1SMEA 2AOJA 2AVSA 3INFA 1MRXA 2QZLA 5APRE 1HIHA 5P4CA 3NU4A 3KFSA 2VKMA 4ZSPA 3ZKQA 3G72A 2VIYA 5B18A 3TKWA 3SKGA 3KFRA 3T11A 1K1TA 3BVBA 3VCMA 4YD7A 5P0VA 1A94A 5COPA 3SA6A 1C6XA 1GVUA 3ZKMA 5KR0A 1BILA 2VA7A 3ST5A 1ODXA 4FRSA 1LYWA 1Q9PA 3NU5A 3ZKGA 2WEAA 5P8PA 4Y4XA 3APPA 1HVCA 4ACXA 1PPME 5F00A 1T6EX 5P5JA 3EC0A 4LL3A 4FRIA 1D4LA 4E43A 2QMPA 3KDDA 1XL5A 3NYGA 4U7QA 1EC2A 2ZYEA 2F3EA 4R95A 4Y3FA 5P1QA 2NXDA 5P82A 5P8LA 2WF4A 5P08A 3D1YA 3LNKA 3VYFA 3VEUA 5JODA 3O99A 5I3XA 1GVWA 2QI3A 3OU1A 2V13A 5P69A 4AA8A 1RQ9A 5P6GA 8HVPA 1YTHA 5P34A 3DV5A 1EPLE 4OBDA 3RU1A 5P6UA 2R3TA 1FB7A 2ANLA 4Y3JA 3PWRA 4B00A 3SA3A 3IA9A 1APUE 2OHQA 1YX9A 3UQXA 5P0UA 5P8BA 3KFNA 1W5YA 4DUSA 5SZ9A 5OZ7A 3LIYA 5P83A 1LEEA 5P4SA 4YOAA 2QD6A 5P3NA 5SY2A 4GZFA 1HVSA 5P1IA 3OAGB 2OF0A 2RMPA 5P1YA 3EKYA 4PPHA 5P0DA 5DR7A 1M4HA 5IVSA 5P8DA 1APVE 1FIVA 3GI0A 3OQDA 4FLGA 3SKFA 5P6CA 2VJ9A 5KQYA 1K2CA 1BAIA 2SAMA 2IL2A 2VIZA 1HEGE 5P5IA 4FSEA 1GNMA 4NPTA 5P2ZA 3PBDA 3ZMGA 4I0ZA 3OU4A 3PWWA 1FQ7A 1CMSA 5P07A 5P5VA 4J17A 3KDCA 5P39A 5P5DA 3OUDB 5OZHA 4HDPA 2F8GA 7UPJA 5P52A 1K6CA 5P73A 4Y58A 4H3JA 4Y4BA 5P6KA 4I0FA 4Y4ZA 2AOGA 5OYRA 5P5SA 4Y35A 3EL1A 5P8RA 1KJFA 2I4QA 3OGPA 1E80E 5P0OA 2G94A 5ER2E 2Q11A 4PYVA 3HDKA 5P2XA 1ZBGA 4I11A 3FNTA 3H5BA 3IN3A 4F75A 1BXQA 5P7MA 4I10A 1FFIC 3K5GA 3NU9A 4BFBA 1FQXA 4LC7A 3WSJA 2F3FA 2I0DA 5P7KA 2I1AA 2O4PA 1TQFA 3NUJA 3DCKA 3I25A 2VNNA 3Q4BA 3OXWA 3HZCA 2PSVA 3KT5A 5OYZA 5P3UA 2P3CA 5P2IA 3L5BA 5OZLA 2PC0A 5HU1A 1A8KA 2QU2A 4DJOA 5P2RA 5P0MA 5P8EA 1M0BA 4Y48A 2Q5KA 5P18A 3LITA 1GNNA 3PSGA 5P3FA 1TW7A 1HIIA 4A6CA 5P78A 2AOEA 5P6QA 5P23A 2ZDZA 4RRSA 5DQ1A 3I2LA 3Q6YA 4JPEA 5KQFA 5P0ZA 4WY1A 3LPJA 5P7JA 3OTSA 2VIJA 2R5PA 2HPFA 1PSAA 3QRMA 3T7QA 3CMSA 2FXDA 5AH8A 9HVPA 3FIVA 4Y3PA 5P3QA 3UDHA 4NPUA 5P4XA 5P2HA 5P2NA 4A4QA 2AQUA 4CPSA 5P1UA 3S54A 2APRA 1IBQA 5DR4A 4ZPEA 3AIDA 4ZPFA 3FSMA 4Y56A 3TOHA 3CKTA 5P13A 4Y3SA 2P3BB 3O9HA 1PROA 1XN2A 5OZWA 5P33A 4Y5EA 4Y3NA 4FM6A 5P0KA 1AZ5A 5P85A 1A8GA 5OZNA 4L1AB 3HD8A 2HB3A 3SQFA 4OC6B 2BPYA 3TPPA 5OZ6A 3RTHA 5P2VA 2AZ8A 4F74A 5P58A 4EP2A 1IVPA 3H0BA 5P6JA 3KN0A 1DP5A 5P5TA 1LZQA 2IENA 5OZRA 5P8HA 4B05A 3OK9A 3SA9A 1ER8E 3LIZA 5BWYA 1KJ4A 3OGQA 2Z54A 5DR3A 2PWCA 4EQJA 5HDVA 5P5KA 3WB5A 3VF7A 5EZZA 3KDBA 2NMYA 1B5FB 4R93A 4FSLA 3WZ8A 1LYBA 5HE7A 1LYAB 4R91A 5P3VA 5ENKA 3OAGA 4GJ6A 5AHCA 5P16A 4Y3AA 5OZ0A 4Y3WA 5P35A 1D4IA 4J1IA 4RCDA 5P40A 3QVCA 1IZEA 3L5EA 5P4NA 3PLDA 5P1WA 4LAPA 2ASIA 5P7WA 2WECA 1HBVA 2AZCA 5P63A 4Y3EA 4Y3XA 4CPRA 4ZE6A 3S43B 3DJKA 3ZKXA 2Z4OA 5P2SA 3HAWA 5P6DA 5HDXA 1MEUA 2O4KA 2BKTA 3OUDA 5P4RA 1HSHA 1IIQA 5P7ZA 3U6AA 5UPJA 4YOBA 4Y4WA 5IVRA 3QRVA 5P74A 2ZJKA 3OWNA 5P0NA 2ZJJA 2PYNA 3IGBA 2QD8A 4J0TA 1D4SA 5TOLA 4K4PA 4YD4A 4Y4AA 3KMXA 4LXMA 4H3FA 3L3AA 1SGUA 1EPME 2R9BA 2IDWA 5P28A 6UPJA 1HPVA 3KT2A 1B6KA 4Y5PA 1DW6C 5JFUA 5P5HA 3KA2A 4UPJA 4Y3ZA 4J0YA 4Y41A 3VSWA 2ZJLA 5P4LA 3S45A 1FQ6A 5P8OA 3ZOVA 1D4JA 4DJXA 4QLHA 3O9FA 5OZJA 5P8QA 3RTMA 3WZ7A 3UQRA 2XFJA 4JPCA 3JW2A 4HDBA 5AHBA 2FDPA 1BXOA 3NXEA 2QI4A 1IZHA 3L5FA 3NDUA 3GGVA 5P2OA 1DPJA 5CLMA 4Y5MA 1LS5A 5P1TA 3PMYA 1OEWA 2R3WA 1ZTZA 2QMDA 5P4BA 3CICA 5HE4A 5KOQA 3TPRA 1A9MA 1SIPA 3PMUA 5P29A 4DVFA 3FNUA 3K5CA 5P53A 4GJ7A 2PK6A 5P5RA 5P4YA 4H3IA 5P5XA 3EL5A 2V00A 4HEGA 1XL2A 4WTUA 2QHZA 3DK1A 2HIZA 2P3BA 1AAQA 2QHCA 5P54A 2CENA 4Y5GA 5P8CA 4FAFA 5BRYA 1W51A 2H6SA 2RSPA 3ZKSA 1YTIA 4L1AA 5HU0A 5DR8A 5P3IA 1RPIA 4OC6A 5P7AA 5P1MA 5P3CA 2XYEA 1QBSA 5AH6A 4ZEAA 3ZPTA 3S85A 2IQGA 5P1SA 1B6JA 5P5EA 5OYVA 1KJHA 4AMTA 2Q54A 3S7LA 4B72A 1W50A 3QVIA 5P1PA 1BWAA 2B8LA 4L7GA 4OBKA 4ZLSA 1K1UA 5OZ8A 5I3WA 4YBIA 4LP9A 2G1YA 5SY3A 4JECA 4Y9WA 3OXVA 2G27A 5P3LA 3MWSA 1MIQA 4Z4XA 5OZ1A 3CKRA 1EC0A 1B5FA 2RKFA 3OUCA 3SM2A 4LXKA 1KJ7A 5KAOA 1W6IA 4Y5BA 1MSMA 1G35A 2AZBA 4Q1XA 1AIDA 1K2BA 4YDGA 1LYAA 1YM4A 3URLA 2QD7A 2FIVA 3RSVA 4TRZA 5P3PA 4QJ9A 2PMAA 1BVGA 5P2DA 4I8WA 5P1KA 1EBKC 3LIXA 5P4HA 4Y44A 2BJUA 1HOSA 4XKXA 2AOCA 3O9CA 3TLHA 2OHKA 3O9EA 5OZQA 2OHUA 1N49A 3D91A 3PHVA 5P15A 5P67A 3QI1A 3B80A 4MC9A 1BV9A 1EBWA 3PRSA 3S43A 2FDEA 5P0XA 4YCTA 1PFZA 3NR6A 1EC1A 1EPPE 4MC2A 3QRSA 4JOOA 3UFLA 3WZ6A 3VV6A 4X2LA 4OBJA 5KR8A 4HA5A 5P4MA 2G1SA 3OOZA 5P01A 5P4KA 5OYSA 2I4VA 3INHA 5P3DA 5P5AA 3EL0A 2QP8A 2H6TA 5P6ZA 5P03A 5P7PA 4Y3DA 2PWRA 2PYMA 3ZLQA 4Y5CA 3MSJA 1EPRE 1HRNA 2IKUA 3R4BA 3TOFA 4DJYA 3OQ7A 5I70A 1MUIA 5P4TA 1W5VA 5HDUA 4B78A 4I12A 5P6WA 1F7AA 3K1WA 1VIKA 2WF0A 3URIA 4CPTA 4QJAA 4COEA 5P7QA 1Z1HA 4Y4GA 4D85A 2WL0A 1C6YA 1EPOE 2JXRA 1FMXA 4DPFA 2R5QA 5KQZA 4DQFA 1AXAA 2AVMA 3D20A 3OXCA 5P8AA 3OHFA 5P2FA 1PPLE 1C6ZA 3KF0A 4HLAA 3SAAA 3IAWA 1HPOA 3GW5A 5P0BA 5P7HA 1XDHA 3I8WA 5P27A 3UQUA 2JYSA 5P5FA 1DAZC 1EBZA 1W5XA 1HWRA 4RYCA 3O9BA 5P37A 3T6IA 2AODA 4PZXA 3D3TA 5BS4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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