4PZXA

Synthesis, characterization and pk/pd studies of a series of spirocyclic pyranochromene bace1 inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
403
structure length
400
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Synthesis, characterization, and PK/PD studies of a series of spirocyclic pyranochromene BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 400
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA02
2J9JB 1UPJA 5P77A 1KJGA 2CEMA 3TLHA 3SAAA 3PBDA 1EC3A 2I4VA 5P5CA 5P4WA 2R3WA 3EKYA 3KA2A 2R43A 4J1FA 2AODA 4Y4DA 2G26A 3SLZA 1K2BA 1PROA 1RQ9A 1EPLE 3LIZA 5P85A 2QNPA 4DJUA 3QN8A 3LNKA 3S43A 5OZ3A 4YD4A 1NSOA 2F3EA 3NR6A 2A4FA 2P3AA 5P56A 1YTIA 2P3CA 3OU3A 1EBZA 3C9XA 3TTPA 1ZTZA 3QRSA 5P0DA 5OZQA 1J71A 2G24A 5P8LA 3SO9A 1G0VA 2WKZA 3VF3A 5P7YA 5P4ZA 3ZKIA 3KM4A 1K2CA 5OZGA 4DPFA 1HVSA 2HAHA 1ODWA 5P5UA 3D1YA 2IEOA 5IVTA 5P8MA 5P44A 1T7KA 5P63A 4M8XA 1FFIC 5OYUA 5P1QA 4JOOA 3Q70A 3RVIA 4ZIPA 1IZIA 3SA6A 5OZDA 3SM1A 3LIXA 3VUCA 3OUDA 4OBGA 2IKUA 5P6KA 5P0LA 3JVWA 2J9KA 1APTE 3ZKMA 1FEJC 5KQXA 2ZHRA 3OK9A 1VIKA 5P69A 5P2VA 4L1AB 1MRWA 4I0JA 5OZOA 1MVPA 3BGBA 5P6FA 1HVCA 3HBOA 4Q1WA 5P5RA 1JLDA 5P1XA 2UPJA 2PH6A 1XS7D 3PM4A 4ZSMA 4PEPA 5P8IA 4U7QA 1QBTA 3O9DA 1FF0C 1C70A 4YA8A 1AZ5A 2NNKA 1EPPE 1FQ7A 1W51A 2HS1A 5P4CA 2B7FA 4PYVA 1CPIA 4AUCA 4D85A 2AVMA 5OZJA 5P5NA 3R4BA 5P1HA 1VIJA 3UTLA 5P0VA 4Y3HA 5P2YA 5P7RA 2EWYA 4Y38A 4YHQA 5OZTA 5P13A 1SDVA 3O9GA 4NKKA 4Y4WA 4CP7A 4CPRA 4K8SA 5OZ2A 3SQFA 1MPPA 1FMBA 2ZJHA 5P7HA 5P8PA 4Y48A 1K6PA 1AVFA 3VEUA 3HW1A 5P0CA 3GI0A 5HE5A 1GVWA 4Y3GA 4CPQA 3SA7A 4EQJA 3QVIA 3ZL7A 3TL9A 3VLBA 4DQBA 4Y3XA 3NDXA 5OYSA 2NXLA 4HE9A 3RU1A 4XX3A 3CKRA 1KJ4A 2QI4A 1A30A 3VCMA 2BBBA 4FL8A 5P8SA 1K6TA 5COPA 3K4VC 2WJOA 5P6JA 1CMSA 1B6KA 4F74A 1HSHA 1KZKA 5P7KA 3RTNA 4Y3AA 4FAFA 1HPOA 5P6VA 4DVFA 4QJ8A 5P4VA 3ZPTA 5HVPA 2VS2A 2ZJNA 4YOBA 3APRE 3K5GA 5KQYA 4Z4XA 5P2OA 4Y50A 4H3GA 3L5CA 5P39A 5DR8A 2QD8A 4J1CA 3OQKA 2G1RA 3BC4A 2QMDA 3Q4BA 2G20A 4CPXA 4ZPFA 2NTRA 3LIVA 3R1GB 3INEA 3KFPA 3IVIA 3SACA 3HD8A 3QBFA 3S7MA 2ZJKA 3DCRA 5P8VA 4OBHA 4BFDA 5P8UA 5P6QA 5KR1A 2UXZA 3ZMGA 2OHKA 5DR7A 1A8KA 3RSXA 3N3IA 5P4FA 1HVHA 3O9HA 4NJUA 1PPKE 2AOIA 3UDPA 5P05A 2WF2A 4L1AA 4QJAA 1DP5A 3CIBA 2BJUA 5COOA 1NH0A 3OUBA 3NU6A 4B1DA 3IAWA 3HLOA 5P8OA 4OBDA 3VLAA 2Z4OA 5HU1A 4QJ6A 2F3KA 3JW2A 4BFBA 3LPIA 2XFKA 5P1EA 4Y4UA 3QP0A 4YD5A 2UY0A 5P3HA 2ASIA 5OZRA 5P8GA 2AQUA 2WF3A 4ZSQA 3DM6A 3PB5A 3NDTA 3WZ8A 4Y3ZA 4L6BA 5P4UA 5P5YA 5P1WA 2ER0E 5OZLA 5P1PA 2Z54A 1D4HA 4NPTA 5P5ZA 3URIA 4CPWA 1HBVA 4GJ5A 4DQGA 3VYDA 4Y3RA 3O9FA 4YBIA 2FDEA 3GGAA 5P07A 4K4PA 4J0TA 3O9AA 3KF0A 5P0KA 4Y3DA 3AUPA 4Y35A 3T7PA 1FGCC 3ZKNA 5P7NA 4Z22A 2B60A 5P50A 1ER8E 1W6HA 3UPJA 3VYEA 3OXWA 5ER2E 1E82E 3IXOA 5P79A 1BV9A 4DQCA 1IZDA 3OOZA 4NJTA 5OZPA 2FXEA 4CPSA 1CZIE 1YG9A 3BRAA 3CIDA 4Q1XA 4XX4A 4DV9A 4EPJA 3LIYA 3FKTA 5P60A 1MERA 1HVIA 3VSWA 1HTGA 2AVQA 4JP9A 1FG8C 1IVQA 3HDKA 2I4XA 1EAGA 3U7SA 3OGPA 1FG6C 5P1DA 5P3KA 1FQ8A 4Y3JA 5OZYA 8HVPA 3DK1A 4YDFA 7UPJA 5AHAA 4OC6B 2AVVA 3T7QA 3CKPA 5P09A 3NU4A 1E81E 4Y3YA 5P62A 3RSVA 3BXRA 3D20A 1UH8A 5COKA 4B05A 1PFZA 4Y3MA 4KE0A 2IGXA 2FLEA 5P4GA 3SA5A 5P3FA 4GJDA 5P7BA 4RCDA 2QP8A 5P8JA 3Q5HA 3ZKXA 1LF2A 4B0QA 5P81A 2VJ6A 4BELA 5P2NA 1SMRA 5JFUA 2I4DA 5OZ8A 3INHA 3CMSA 4HDPA 1TW7A 3N4LA 4Y3QA 2ER9E 3DV5A 1BV7A 4EP2A 5F01A 1HIVA 2I0AA 5P4NA 2IQGA 5TOLA 1FQ4A 5P7VA 2QI7A 4RYCA 5P40A 2V00A 4Y5GA 2QZXA 3L5FA 1LYWA 5P3VA 5P5FA 5P6BA 5P8EA 5P2ZA 5P7IA 3S53A 3KYRA 4Y3FA 1NPVA 4LXKA 2PQZA 3O9BA 5OZBA 1FLHA 2NXDA 5P6NA 5P87A 5P4KA 4Y58A 4GYEA 5P6AA 1PPLE 2QI6A 3BVAA 3L5DA 5P06A 5P1JA 5P8RA 3KN0A 5P34A 5P8FA 3WZ7A 1HVLA 3FNSA 1QDMA 3S2OA 4GMIA 5P3NA 3UF3A 3GGVA 3UDRA 1FQXA 4EYRA 4YBFA 5ISKA 1MESA 4Y3PA 2R38A 4LXMA 1N49A 5P30A 4I0IA 5AHCA 3TPPA 4ACUA 5P12A 5OZ6A 5P2CA 4ZLSA 4Y57A 5P78A 4RRNA 3OHHA 1B6LA 1YM2A 2VJ7A 5P1NA 5P2FA 3RTHA 5P3IA 1BAIA 3BUFA 4FLGA 4PPHA 4Y4JA 3KFRA 3EM6A 5OZSA 3EXOA 5P0AA 3EKPA 4MC1A 4DJWA 1APVE 3OXCA 4Y5MA 5DGWA 3INDA 2BKSA 2QU2A 5P10A 1MUIA 4HLAA 4S1GA 5KAOA 2AOEA 5P0FA 5P5EA 4JPCA 1K1TA 5OZXA 5P6YA 2OAHA 3SA3A 5OZ0A 3NUJA 1LYBB 2ZYEA 4TVGA 3HAUA 1HXWA 4YE3A 5P5AA 3NDUA 3SM2A 1AXAA 3GI6A 4JECA 5P7QA 5P4TA 4Y5EA 4FCOA 5P37A 3UQPA 4J1KA 4KUPA 4Y51A 5P0QA 1E5OE 4LAPA 1YM4A 1EPOE 3IN4A 2Q64A 5P2SA 2P4JA 3FX5A 2OHLA 4EQ0A 5P4EA 4R5NA 4EXHA 1LZQA 5OZAA 4I8WA 5P7UA 1MSNA 3PJ6A 3K5FA 3BUGA 4D88A 5P2HA 4GIDA 5AHBA 5DGUA 1TQFA 5P7SA 3KDBA 1MT9A 5J25A 3OY4A 5P2MA 1WBMA 5P6UA 4Y5CA 4EHCA 2BB9A 1LS5A 4RROA 3EBZA 4MC9A 3IA9A 3TKWA 4DQHA 3PMUA 1EBKC 2P8HA 2VA7A 5P28A 5P8QA 4DJVA 2AVSA 1HTFA 3KT5A 4J1EA 5P41A 4Y36A 2QHZA 2WF1A 1K6CA 2G94A 5IE1A 2OHUA 1YX9A 1HHPA 4R91A 5P7DA 3O9IA 5P86A 5P1VA 1FMXA 2PWCA 1QBRA 2FMBA 5P2TA 5P5KA 1DIFA 3TPLA 4CPTA 5HD0A 3LZYA 2ZJLA 4EJLA 3EL1A 3I6OA 4APEA 4B72A 3KDDA 5P8NA 4DJOA 1XN3A 3PVKA 3DOXA 4OBKA 2FNTA 3ZKSA 4YDGA 5OZ5A 2R3TA 5P3YA 5P5HA 4Z50A 2QAKA 1D4YA 1IDAA 1W5XA 1Q9PA 3IVHA 4A4QA 5P5GA 1A9MA 4F76A 1PPME 2IENA 5P59A 5P6LA 4J0YA 1PSOE 4ZSPA 4YOAA 5P2UA 3UFNA 5ISJA 4LP9A 4RCEA 3K1WA 2AIDA 3NYGA 2B8VA 4UPJA 2QD7A 5SY2A 1SDTA 1LYBA 4RLDA 5AGZA 3ST5A 3S45A 1T7IA 3NDWA 3LINA 1META 3QPJA 2G22A 2WECA 1HEFE 4ZEAA 2NR6A 2A1EA 5P6PA 5BWYA 3OGQA 1MRXA 3PRSA 5OZMA 1FMUA 5P8HA 4TRZA 1IZEA 2XYFA 5P2KA 2BKTA 5P6SA 3PLLA 1QRPE 3SKGA 1TZSA 4B1CA 2BPZA 4Y54A 5P0XA 3UHLA 5P51A 4I0ZA 2XFIA 1D4KA 4RYGA 1NPAA 5OZ1A 5P3WA 5IVQA 5P82A 5P5MA 1RPIA 5OYRA 1RNEA 5E5JA 3ECGA 1BDRA 5P80A 1FQ6A 4AZYA 4LBTA 2FS4A 2FGVA 1XL2A 2B7ZA 4HVPA 1IDBA 4OBJA 4BEKA 5P08A 4HEGA 4EXGA 3OQ7A 4MC2A 2QMPA 5B18A 4Z2ZA 5SXNA 3G70A 4FS4A 1KJHA 4J0ZA 5P19A 1SDUA 2FGUA 2AZ8A 5P2RA 2V12C 5P1CA 1SIVA 5P1GA 5P2QA 2G1NA 3O99A 5P3UA 2VJ9A 1OD1A 1LF3A 5T4SA 3QBHA 5P3BA 2PSGA 4Y3LA 3WSJA 4COEA 4HZTA 4IVSA 5IVSA 4K4RA 2QHYA 1EC0A 3OUCA 4X7IA 4I12A 2WF4A 3GI5A 3EM3A 3PWWA 4GJAA 5P5DA 5P2LA 1HVKA 3MSKA 5DQ5A 2OHMA 2PSVA 4RZ1A 3HVGA 1DMPA 2RSPA 1TSUA 1B5FB 4Y5KA 2ER7E 3H0BA 3FIVA 5P7ZA 5DR1A 3PSGA 1NPWA 1XE6A 3QRVA 3MXDA 5P65A 3UCBA 3O9CA 1HOSA 4X2LA 5P48A 3UQRA 2I4WA 4Y4TA 1QS8A 4HA5A 5P5JA 5C9DA 4DJYA 1HTRB 3CYXA 2IRZA 3TPRA 4GJ7A 3NLSA 4J1IA 5P1KA 5OZVA 5P3OA 2VA6A 5P2GA 1M43A 1XE5A 2B8LA 1LYWB 2WHHA 3D3TA 1BWAA 5P4SA 1IIQA 3R0WA 3SA9A 4YD6A 2ZHTA 3KFSA 3PI5A 4D8CA 3DJKA 2Q63A 1BVEA 1GNNA 4J5JA 4Q1NA 5P0YA 5OYVA 1HWRA 2WEDA 5HTZA 2F3FA 2G1OA 5IS4A 5P0UA 5P70A 3LPJA 5P2JA 2V10C 3ZLQA 4YD7A 1YTHA 5P2XA 3WB4A 4EJDA 4RGHA 4R8YA 1MSMA 1BDQA 3MWSA 4GJ9A 5P20A 1RV7A 2NNPA 5P4QA 3A2OA 5P6GA 2FXDA 3L59A 5P5LA 3UDQA 2F80A 1ZLFA 3R0YA 3U71A 2JJIA 3PWRA 4CKUA 4FM8A 1XN2A 3SPKA 2H6SA 3CYWA 1W50A 4Y3TA 4B77A 3EL0A 4JPEA 4RVIA 2QI1A 5AH6A 5P3JA 5P3AA 3T6IA 3EM4A 3QAAA 4OD9B 3UDJA 1FB7A 5P3LA 1GKTA 4FM7A 5P1IA 3LITA 3HAWA 3SA8A 5P5QA 1T7JA 5P7OA 2OHNA 5P64A 5P66A 3KT2A 5P2EA 3IXKA 5P33A 3FNUA 3VV8A 3D1ZA 1LV1A 1EEDP 1HPSA 1A94A 3NXNA 5P71A 2AVOA 5P6RA 3WZ6A 5SY3A 5P7GA 3SABA 1AM5A 4EP3A 2WF0A 3NXEA 5UPJA 3ZPSA 4K9HA 5AH9A 3FSMA 5P1YA 1K1UA 3K5CA 3SFCA 5P5VA 3QROA 4Y4GA 1T6GA 1HVJA 3EL4A 1ZP8A 2I1AA 3PMYA 4ER2E 1B5FA 4Y44A 5P3XA 2V16C 1M0BA 2NXMA 3EC0A 2P83A 4GZFA 3QVCA 5P01A 4B78A 5P5XA 5P7XA 4Q5MA 5P0ZA 2BPVA 5P4LA 2QU3A 4LHHA 2JYSA 1OEWA 4D89A 1EBYA 3OU1A 3UDNA 5HU0A 5CLMA 5ER1E 2HB3A 3LZSA 5I70A 1SP5A 5P4BA 4AMTA 3EL9A 3T3CA 1YT9A 1ZSRA 2I4UA 3UFLA 2O4LA 5P53A 1QBUA 2FNSA 5P1SA 4IVTA 1HIIA 1TCXA 1MIQA 5P61A 5P1BA 1AIDA 4Y43A 1ZBGA 2ER6E 2I0DA 3S54A 4Y4AA 4TVHA 5P58A 1GVUA 4L7JA 2NPHA 5P31A 3T11A 4I10A 3IGBA 2R8NA 1D4SA 4FRIA 5I3VA 1KJFA 4Y4XA 3NU3A 5P6DA 4Y4BA 5P4XA 4HDFA 3S56A 3PI0A 1C6XA 4AA9A 2QMGA 1ENTE 1LEEA 5OZZA 3BGCA 2Q3KA 3CICA 3EMYA 1M4HA 5P6WA 1EPNE 5P83A 2ANLA 4B00A 5P52A 2ZDZA 4DJQA 5P76A 2ZHUA 5OYTA 5P47A 5EZZA 3BHEA 1OEXA 5P6HA 3TOHA 3IXJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J9J B;  1UPJ A;  5P77 A;  1KJG A;  2CEM A;  3TLH A;  3SAA A;  3PBD A;  1EC3 A;  2I4V A;  5P5C A;  5P4W A;  2R3W A;  3EKY A;  3KA2 A;  2R43 A;  4J1F A;  2AOD A;  4Y4D A;  2G26 A;  3SLZ A;  1K2B A;  1PRO A;  1RQ9 A;  1EPL E;  3LIZ A;  5P85 A;  2QNP A;  4DJU A;  3QN8 A;  3LNK A;  3S43 A;  5OZ3 A;  4YD4 A;  1NSO A;  2F3E A;  3NR6 A;  2A4F A;  2P3A A;  5P56 A;  1YTI A;  2P3C A;  3OU3 A;  1EBZ A;  3C9X A;  3TTP A;  1ZTZ A;  3QRS A;  5P0D A;  5OZQ A;  1J71 A;  2G24 A;  5P8L A;  3SO9 A;  1G0V A;  2WKZ A;  3VF3 A;  5P7Y A;  5P4Z A;  3ZKI A;  3KM4 A;  1K2C A;  5OZG A;  4DPF A;  1HVS A;  2HAH A;  1ODW A;  5P5U A;  3D1Y A;  2IEO A;  5IVT A;  5P8M A;  5P44 A;  1T7K A;  5P63 A;  4M8X A;  1FFI C;  5OYU A;  5P1Q A;  4JOO A;  3Q70 A;  3RVI A;  4ZIP A;  1IZI A;  3SA6 A;  5OZD A;  3SM1 A;  3LIX A;  3VUC A;  3OUD A;  4OBG A;  2IKU A;  5P6K A;  5P0L A;  3JVW A;  2J9K A;  1APT E;  3ZKM A;  1FEJ C;  5KQX A;  2ZHR A;  3OK9 A;  1VIK A;  5P69 A;  5P2V A;  4L1A B;  1MRW A;  4I0J A;  5OZO A;  1MVP A;  3BGB A;  5P6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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