4Q1XA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTILEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ASPARTYL PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1xA00
4ER2E 4RRSA 5P1GA 3VV7A 4DJYA 2AVOA 5P7QA 1FQ8A 2PH6A 5P1FA 1QBTA 4I8ZA 5P2AA 1TSQA 5P0CA 4Y36A 3A2OA 2QI7A 1IVQA 3HAUA 5OZ7A 5OZNA 5P09A 1W50A 5P66A 4FM6A 4I10A 2QI6A 3LZSA 5P7MA 1D4LA 5P80A 5IVSA 4LAPA 5AH6A 2NMZA 1HSHA 2QMFA 3IGBA 3UQWA 5OZFA 2OHPA 3OADA 1ME6A 5P3XA 1FF0C 5P10A 5P8DA 5OZMA 1SDUA 2WL0A 5P50A 2I4XA 4DJPA 5P4WA 1TQFA 5OZBA 3DJKA 2ZJHA 5P6OA 5P1IA 5OYXA 4OC6B 5P2SA 5P6EA 4KE1A 3JVWA 1VIKA 3PCWA 3LINA 5HE4A 1RV7A 3HBOA 3TOFA 4COEA 4I0HA 2RENA 2O4PA 4M8YA 3TPPA 3PEPA 5DQ2A 3DUYA 2P4JA 5P2WA 5P1DA 2AZCA 1LF2A 3OU1B 3KN0A 4B1EA 5SY3A 4Y5BA 5P1HA 3OTSA 5P23A 1OEXA 3O9BA 2P3DA 4YHQA 5P3PA 2J9JA 2ZHTA 1KJGA 3S2OA 5P7CA 4J5JA 4Y44A 2OHMA 3U7SA 5P2GA 2QNQA 5P4HA 1CMSA 2IGYA 4F74A 4LL3A 2HAHA 4EP3A 5P2EA 5P56A 5P44A 5P5UA 4Z4XA 5P89A 4EQ0A 3EKTA 2F3EA 4Y41A 2RKFA 5P0VA 1W6IA 3RTMA 3EC0A 4Y3AA 3CKRA 1G0VA 2AVSA 3TKGA 1HVJA 4DQGA 3MXDA 4OBZB 3GI4A 1B6KA 2HPFA 3FNUA 3HVPA 4HVPA 4I0FA 5P55A 3QRSA 2FGUA 5PEPA 5HTZA 3LNKA 3UPJA 5P6GA 4GJ5A 2QU3A 1NPWA 5OYSA 1MEUA 5P1QA 3MSJA 3RU1A 1NPAA 4Y3RA 5ENMA 5P34A 1IZDA 5P74A 2PK5A 3RVIA 1EPME 3GI5A 4YCTA 3NXNA 1EBYA 1UPJA 1IZHA 4Q1YA 4R5NA 7UPJA 5P20A 3RSVA 3DCKA 2PH8A 1HRNA 5P4XA 4PEPA 2HS1A 4Y43A 1GVUA 4DQCA 4Y5NA 3UDMA 4RRNA 3PM4A 5DQCA 3INHA 3O9GA 2JJJA 5P0KA 3GGXA 5I3VA 1AZ5A 1C70A 2FGVA 4J55A 1GVVA 2ER7E 2B60A 1HWRA 3PMUA 3L5BA 2Z4OA 2F81A 5P8VA 4H3IA 2FDPA 5P38A 2JXRA 3EL5A 3ZKSA 4FSEA 1A94A 2AOGA 4Y3LA 5P4ZA 3OUBA 3R1GB 4R91A 4GJCA 5P7XA 2WF0A 4JPEA 2WEZA 2R5QA 1UH8A 3TPLA 3TOHA 5P6WA 5P76A 5BWYA 2PQZA 5P6BA 1ODWA 5P3WA 2VA6A 2F8GA 4RLDA 4GYEA 5P78A 5P3JA 3HD8A 1TCXA 5P3HA 5E5KA 3C9XA 2AZBA 3N4LA 2XFKA 1T7JA 3CKPA 5P3ZA 5BS4A 1UH9A 1BVGA 4R95A 4HDFA 1BDRA 4Y38A 4AA9A 3Q4BA 1ER8E 5P6JA 3T11A 2G24A 4I0IA 5P79A 5P3FA 3ZL7A 5HU0A 4B77A 1HIVA 2UXZA 1IBQA 4YBIA 1QBUA 1T7KA 1Z1HA 1YM2A 2V10C 4D83A 5P5AA 5HU1A 2PSGA 5P65A 3LIZA 1META 3APPA 8HVPA 2QMDA 1VIJA 1ODYA 1SDVA 3VYEA 1UH7A 3BXRA 2J9KA 4YCYA 1ZP8A 3D1YA 4ZLSA 1BXOA 4YDGA 3O9LA 5P7TA 1HSGA 3Q5HA 1FQXA 2NTRA 5P6LA 5P1JA 3INEA 2WHHA 4XKXA 5P36A 3R4BA 5P33A 5P2MA 2FNSA 1EPNE 3VV8A 2QZWA 4EWOA 5P2OA 4AA8A 5P11A 4YCKA 3EKQA 5CONA 2HS2A 5HCOA 1XL5A 4B00A 5P7DA 5OZ6A 5P5RA 3CYXA 1BXQA 1IDBA 2I4VA 1FEJC 2G21A 4GMIA 4TRZA 5P0PA 5AHCA 3QROA 1K2BA 4Y4EA 3OY4A 1SIPA 1F34A 3ER5E 5P30A 5OYTA 2PWRA 3AUPA 3OXXA 4HEGA 3PBDA 1HIHA 4YD3A 2V0ZC 3OK9A 1BILA 5P0JA 1HHPA 4Y5LA 1D4KA 1YT9A 1APVE 2AOCA 2I4QA 3RSXA 4YD6A 2AOEA 2QI0A 5P22A 4ZSQA 2R43A 3D91A 5OYWA 3SA6A 4CMSA 3NDWA 4OBGA 4CPUA 1EEDP 4D8CA 5P71A 4I1CA 4I12A 3UDPA 4GJ7A 1EC0A 4J0PA 5AHAA 3O9FA 5P6SA 1QBRA 4FRIA 4JECA 5P6UA 5P4AA 5P3IA 3HLOA 4EJKA 3CIDA 3OHHA 4FAFA 1HXWA 4Y47A 4Y50A 4DJQA 2RSPA 5P3SA 1K6TA 1FQ5A 5E5JA 5OZKA 5P2CA 2R5PA 1HPVA 3NDTA 4RCDA 5P4YA 3VEUA 2JJIA 2WF3A 3EM4A 4OBHA 5P37A 3OOTA 5P5ZA 5P64A 2FMBA 5P1YA 3O9LB 3IA9A 3ST5A 4Y58A 5P15A 5P41A 5P4UA 1C6XA 2OHTA 2P3BA 5P1KA 5OZZA 2BKSA 3SQFA 3FX5A 4Q1NA 1LYAA 3L59A 5P3NA 4LC7A 2ZJNA 4TRYA 4E43A 5P3TA 5JFUA 5P2JA 3OU3A 1FFFC 4Y3NA 5OZYA 2QU2A 5IVQA 1LEEA 4F75A 1CZIE 4HDPA 4Z22A 5OZ8A 5OZLA 3WZ8A 5I3YA 3K4VA 5P7NA 2BPYA 4U7VA 5OYZA 3S7MA 1MRXA 2RKGA 5P5EA 3GGUA 2HC0A 7HVPA 1MUIA 5P1LA 1BDLA 4XX3A 3IVIA 2AIDA 3G6ZA 4QJ7A 3ZPUA 4NPUA 5BRYA 1HTFA 1WBKA 5P0AA 2BQVA 3D1XA 5P5IA 4WY6A 3Q3TA 3OXWA 3L3AA 3HW1A 2QD7A 4Y3GA 3PSYA 5P1UA 3I25A 1EAGA 5KAOA 1A8KA 1GVWA 3MSKA 4EXGA 3OAGB 3QN8A 2CENA 5SZ9A 2IDWA 1D4JA 4LXAA 1T7IA 2BPXA 4OC6A 5P0GA 2IEOA 4H3JA 1APUE 1XL2A 1HVHA 3FKTA 2WF2A 1BDQA 1LZQA 1SMEA 1HBVA 4Y4AA 5P8RA 2AVMA 2ZJKA 5P7SA 1BWBA 3ZKGA 2QCIA 2QI3A 4F76A 4Y3JA 1EC2A 3OUAA 5P7LA 3LZYA 5P7UA 1W6HA 2AVVA 5OZ9A 4YA8A 3VF5A 5P2FA 2PYMA 4XX4A 5P2LA 3SKGA 3QBFA 5P7VA 5P7GA 3QPJA 5P82A 3OOZA 2ER9E 5P4OA 3PWRA 3I2LA 5P5FA 1XE6A 1KJFA 4Y3MA 4Z50A 1G6LA 5P8PA 4RCEA 1HOSA 3B80A 4GB2A 4FM8A 3TLHA 3GI0A 4CPXA 5P3UA 3PB5A 3NWXA 2IQGA 5P5YA 5HE5A 5P1PA 1BV9A 5P3LA 2NPHA 4JP9A 5HDUA 4Y5KA 2B8VA 4OBZA 3SAAA 2I4WA 3R0YA 3T7QA 3PLDA 5P1AA 1XN2A 1ZPAA 1FFIC 3BVAA 5P2VA 3ZPTA 4Y3DA 3CICA 2AOIA 1A8GA 5P0HA 5P5NA 5P7FA 2P8HA 3EL1A 5P2HA 3PVKA 1BVEA 2HB4A 4X7IA 5P5VA 4Q1XA 5DGWA 1YTJA 2QK5A 2PYNA 2WF4A 4Y3WA 6UPJA 4DI2A 4Y4ZA 1QRPE 4Y45A 4RZ1A 4I0ZA 1FQ4A 2Q11A 1GVTA 1FKNA 1NSOA 5ER2E 2WF1A 5P0YA 4DPIA 5P3KA 4RVJA 2NNPA 1RNEA 5KR0A 4Y3QA 1YTHA 2OHUA 5P7OA 3URJA 4CKUA 2NXLA 2OHQA 3UCBA 1MTRA 4Y5PA 2QMGA 2IENA 2ZDZA 3LIXA 4M8XA 2IL2A 1EPOE 4PPHA 5P4VA 3SA5A 5P63A 1M43A 5P5TA 5P5XA 2B8LA 4GIDA 2XFIA 4IVTA 3IN3A 1HIIA 3VLBA 4EPJA 5DQ5A 5OZUA 4NJVA 5KOSA 4RGHA 3EKPA 3OGQA 5P8JA 1ZTZA 1HXBA 3FV3A 5OZ2A 1FB7A 4Y54A 4ZEAA 2OHLA 5IVTA 5P4NA 5P39A 4QJ2A 1LF3A 3R0WA 4Y3YA 4Y4DA 3ZPSA 3R2FA 5P6RA 5P0DA 3KDCA 5JODA 5P1TA 1E81E 5DPZA 5P4DA 1ZAPA 5OZ4A 4B1CA 4GJ6A 3K4VC 5P31A 4FSLA 1Z8CA 5P4BA 4LBTA 4ZSRA 2PSUA 3OU4B 1EPQE 5P6PA 2IRZA 4N00A 5HD0A 4DVFA 3KF0A 1W51A 3S53A 5KR1A 1LYBA 3HVGA 3PWMA 5SY2A 2O4KA 3WB5A 2AOHA 1MVPA 3SACA 1PPME 3CMSA 5APRE 3NUOA 3OQAA 2PK6A 4PHVA 1BAIA 1BWAA 4Q5MA 5P1SA 4I0JA 3TH9A 2G1SA 5P07A 1ZSRA 2ASIA 3KA2A 5P0FA 1DW6C 5P40A 4YD7A 5DGUA 1N49A 3WSJA 9HVPA 4BELA 3NU3A 3OHFA 3L5DA 1XS7D 5HDXA 4EJLA 2VA7A 5P7KA 5HVPA 4CPWA 4DJWA 5P25A 3VFBA 4CP7A 5P14A 1CPIA 4B05A 5P72A 1WKRA 5KOQA 2BKTA 4J54A 4F73A 2OHKA 3S7LA 1C6ZA 3ZKIA 4YBFA 5P08A 4ZSMA 1BIMA 1K6CA 4K4RA 3PSGA 5P6CA 3PBZA 4HZTA 3D1ZA 3K5DA 1A30A 3EKVA 5C9FA 1FMXA 3K1WA 2H6SA 2V12C 1EBZA 3QVCA 3ECGA 4QJ6A 1IZIA 4Y4XA 5P19A 3B7VA 5P04A 5P3QA 3L5FA 5P8GA 4TRWA 5UPJA 2EWYA 3KFSA 3BVBA 1OD1A 5P54A 5P2ZA 5P73A 4J0VA 4Y6MA 4DH6A 3S85A 5IE1A 4J1CA 3KFRA 4L7JA 2VNMA 5P8FA 4Y37A 4ER1E 5P59A 1YM4A 3EM6A 2PC0A 1PFZA 4AUCA 4R8YA 3BGCA 5P0TA 4DJVA 3SM1A 1FG6C 2NR6A 5OZAA 4Y5CA 1D4YA 1LYBB 4Y53A 5OZTA 2G1OA 4FM7A 5P5GA 5P7HA 3S45A 2HB3A 2Q54A 2G27A 1RPIA 3G70A 4GJAA 5P5QA 3QS1A 3BXSA 5P06A 4KUPA 2IS0A 5P8EA 2VIYA 1MSNA 5OYRA 3KYRA 1EPRE 4Y4UA 3QBHA 3KMYA 5P52A 2Q15A 1A9MA 2BPWA 4APEA 2SAMA 2ZJMA 2HM1A 3SO9A 5P2DA 5P47A 2A1EA 1ZPKA 4ZE6A 5P3VA 2VIZA 3PI5A 3VV6A 4TVHA 4MC2A 4Y3SA 5TOLA 3QP0A 5P8QA 2ZHRA 2BPZA 3O9CA 5P2IA 4U8WA 1SH9A 1MTBA 4J0TA 4HDBA 1ZBGA 3EXOA 5P4RA 2WEDA 5HCTA 2NXDA 4YD4A 1HVLA 5OZEA 4Z2ZA 5P4QA 4HE9A 3L5CA 5P6QA 4AZYA 4MC6A 1SGZA 1WBMA 2R3TA 4TVGA 3QAAA 4CPSA 3ZLQA 2VKMA 1ENTE 4GJBA 2FDEA 2ER0E 2UY0A 3O9AA 3T6IA 2OHNA 4A6CA 3ZKMA 1BBSA 5P5SA 5P3AA 3UFNA 1MIQA 1AM5A 3UDYA 4QJ8A 2Z54A 3EL9A 5P35A 4WY1A 3SM2A 5P6IA 4RYGA 2G26A 4H3FA 4IVSA 4OBDA 3QRMA 4ACXA 4NJTA 2Q3KA 3FSMA 1PROA 4DJXA 3LPKA 5P2UA 2ZHVA 3K5CA 5P1ZA 3O99A 2OF0A 5P0LA 4K9HA 2OHSA 5DR0A 3OAGA 2UPJA 5P6MA 2ZJLA 3D20A 1YTIA 3BUHA 1RL8A 4K4QA 3DCRA 5OZJA 1KJ7A 4Q1WA 1FMBA 3CYWA 4DQEA 5P61A 3SA7A 3UQUA 5P58A 4HA5A 1FG8C 2QHYA 2BB9A 4FAEA 3IAWA 5P00A 3OXVA 3L5EA 5I3XA 4I0GA 2O40A 4Y4TA 3BC4A 3PI0A 3OUDB 2ZYEA 3GGVA 1GVXA 5P0NA 2FS4A 4ZPEA 4BFDA 2QZLA 5P6ZA 2O4LA 1B6JA 2FXEA 4J1KA 3RTNA 5DQ4A 2IKUA 5P48A 4DFGA 4R93A 3VSXA 4RROA 4D89A 2NNKA 3VLAA 3KT2A 3SKFA 3QRVA 5P68A 5AHBA 3LZVA 4ZIPA 3OTYA 3UQXA 2F80A 2V00A 1B6PA 2AOJA 1AAQA 5P1CA 4Y3FA 5OZXA 1FIVA 3EL0A 5C9DA 5ISKA 3EBZA 3KFNA 5P4LA 1HPSA 5P7YA 4Y4JA 3HZCA 5P8AA 5P8HA 1MESA 5DR1A 3NU6A 2OAHA 4ZPGA 4Y5GA 5KQFA 2PMAA 3UDQA 1G35A 3NU4A 3URIA 2ZHUA 1HTGA 5P5BA 4RVIA 3DOXA 5P5MA 5HDVA 4OBKA 5SXNA 1DPJA 4K4PA 5ENKA 5P4EA 1SIVA 4L7GA 3LIYA 3MWSA 5P05A 5P3RA 3S43A 4NPTA 1YG9A 1XE5A 5EZXA 2FIVA 5P6NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ER2 E;  4RRS A;  5P1G A;  3VV7 A;  4DJY A;  2AVO A;  5P7Q A;  1FQ8 A;  2PH6 A;  5P1F A;  1QBT A;  4I8Z A;  5P2A A;  1TSQ A;  5P0C A;  4Y36 A;  3A2O A;  2QI7 A;  1IVQ A;  3HAU A;  5OZ7 A;  5OZN A;  5P09 A;  1W50 A;  5P66 A;  4FM6 A;  4I10 A;  2QI6 A;  3LZS A;  5P7M A;  1D4L A;  5P80 A;  5IVS A;  4LAP A;  5AH6 A;  2NMZ A;  1HSH A;  2QMF A;  3IGB A;  3UQW A;  5OZF A;  2OHP A;  3OAD A;  1ME6 A;  5P3X A;  1FF0 C;  5P10 A;  5P8D A;  5OZM A;  1SDU A;  2WL0 A;  5P50 A;  2I4X A;  4DJP A;  5P4W A;  1TQF A;  5OZB A;  3DJK A;  2ZJH A;  5P6O A;  5P1I A;  5OYX A;  4OC6 B;  5P2S A;  5P6E A;  4KE1 A;  3JVW A;  1VIK A;  3PCW A;  3LIN A;  5HE4 A;  1RV7 A;  3HBO A;  3TOF A;  4COE A;  4I0H A;  2REN A;  2O4P A;  4M8Y A;  3TPP A;  3PEP A;  5DQ2 A;  3DUY A;  2P4J A;  5P2W A;  5P1D A;  2AZC A;  1LF2 A;  3OU1 B;  3KN0 A;  4B1E A;  5SY3 A;  4Y5B A;  5P1H A;  3OTS A;  5P23 A;  1OEX A;  3O9B A;  2P3D A;  4YHQ A;  5P3P A;  2J9J A;  2ZHT A;  1KJG A;  3S2O A;  5P7C A;  4J5J A;  4Y44 A;  2OHM A;  3U7S A;  5P2G A;  2QNQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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