4Q1YA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTIFEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1yA00
4OC6B 5P30A 4KE0A 4QJ8A 5I70A 2PSUA 1MEUA 4U7QA 2QNQA 5P50A 5P6IA 3UHLA 1EPOE 4YDGA 1PSAA 4Y4XA 5P2AA 1OEWA 3OU4B 1KJHA 4I10A 2P83A 5P8MA 4GJDA 5KAOA 5OYZA 1IZIA 5P0HA 4FRJA 2CEMA 4RRSA 5IVTA 5P8KA 4RYGA 1CZIE 5P4CA 4MC6A 2NNKA 2PH8A 4Y5PA 5DGUA 1FG6C 3EL1A 4FGXA 5P0RA 5P5SA 2QNPA 3LPIA 5P0OA 5P36A 4EQ0A 4Y4UA 4FAEA 4J55A 4OD9B 1KJ7A 3UCBA 4FM8A 5P4DA 1VIKA 1XL5A 4DFGA 4XXSA 3SM2A 4BELA 4Q1XA 2VA7A 4Y38A 1SGZA 5ENKA 3EKVA 3OQKA 3WZ7A 3VFAA 1B6MA 4Y39A 5COKA 1RV7A 3OTYA 4J17A 3MWSA 2I4XA 3DM6A 5P5BA 3UQRA 4LC7A 2ZHUA 1BV7A 5P5XA 1NH0A 4XKXA 2QI3A 4EJKA 1DAZC 5P8UA 4M8XA 5E5KA 4NJSA 5P6RA 5P37A 4RVIA 3OUDA 3ER5E 2WEAA 5P46A 4ER2E 2OHMA 5P12A 5P0TA 3KFPA 1FEJC 3RSVA 2FGUA 2F3FA 5P1FA 5P4VA 4CMSA 3BUFA 1D4SA 2V16C 1LYWA 5P53A 3NU5A 4Y3GA 3SA3A 1SH9A 2JJJA 4U7VA 4K4RA 5C9BA 5OZMA 2AVMA 2ZHRA 5P0FA 2HS2A 2QK5A 2F8GA 5P0CA 3BUGA 5P2VA 2FDDA 4EJLA 4Y41A 3IXKA 2P3BB 2G1NA 4FIVA 1W50A 2QZXA 3INFA 1YX9A 1NPAA 4F74A 2Q11A 3L3AA 3OXCA 1WKRA 3OHHA 1DIFA 2AIDA 5KOQA 5P2QA 5P51A 4DJOA 2V13A 1YTHA 2FDPA 3GI6A 5P4GA 5P6TA 3QIHA 4GB2A 3WZ8A 2ZDZA 4GJ5A 3UDJA 4DJWA 4R5NA 5JFUA 3TOFA 4QJ7A 3DUYA 4Y5KA 4Y4ZA 5P5JA 3ZKQA 5P20A 2VA5A 5P56A 1GNNA 3LHGA 4J0PA 1ZSRA 3OAGB 4CPQA 4KE1A 1NSOA 4ZSQA 3L38A 1F7AA 2RKFA 5P6NA 4FM6A 2WKZA 3NR6A 5OZZA 1SP5A 2VIZA 4YD3A 1K2CA 5P5MA 2G1YA 5OZRA 5P32A 3EM6A 3PSYA 5P76A 2QD7A 3TKGA 5HU0A 4A6CA 1QS8A 5P4UA 5P24A 3QVCA 3NU6A 1W51A 2WHHA 3KM4A 5P8VA 1ODYA 2B8VA 3BGCA 2F3EA 3I6OA 3PWWA 5JFPA 2AOEA 4IVSA 4J1EA 2BBBA 2WEBA 2G69A 4EPJA 5HDVA 2FMBA 3UDHA 4PZWA 5P42A 5P4MA 1FQ7A 4FLGA 2PWRA 2F80A 1FMBA 2NMZA 5P1DA 5P4AA 2PMAA 5P81A 5P5VA 3GI0A 2HPFA 5OYUA 2PQZA 4AA8A 5P19A 3A2OA 2VJ9A 4R92A 3OADB 1MPPA 1FLHA 3PJ6A 4J0VA 5P5EA 1HBVA 2AZ9A 3IA9A 5P8QA 4J0TA 3SA9A 4RCEA 2PC0A 5P44A 2FXDA 5P67A 1HRNA 1N49A 3UQXA 5P3RA 4EJDA 1HSIA 5JODA 2QHYA 2VIYA 2IEOA 5AH8A 5AH7A 5COPA 4LXAA 5P01A 2V11C 4LXKA 1SDUA 3AUPA 5ENMA 4Y5BA 3NDTA 2A4FA 5OYTA 3TPRA 4DH6A 4Y58A 1HSHA 4MC9A 3K1WA 2IS0A 4LL3A 1LYBB 1D4YA 5P6DA 3T3CA 2VIEA 4ZPEA 5P7MA 5P49A 1TQFA 3OGPA 4RROA 5P6OA 1ZPKA 2R43A 1QBUA 1PFZA 1FGCC 5P0EA 5P07A 5OZ0A 5P4JA 3ZPSA 4Z50A 3FX5A 3JVYA 4I0JA 4L6BA 4DJVA 4WY1A 5P3LA 4Y4BA 3SA4A 1B6KA 4D8CA 2Q15A 1M43A 2WL0A 3QBHA 2ASIA 2V12C 5P25A 2QZLA 5DR7A 4H3FA 2VJ6A 2QD8A 1ENTE 5P8DA 1GVUA 3L58A 2ZE1A 5P8OA 4KB9A 3CKPA 5F01A 3LIVA 4YD4A 4Y4AA 1YT9A 2BJUA 3ER3E 2AOCA 3L59A 4K4PA 2F81A 2PYNA 3SFCA 5BRYA 3UDYA 4Y43A 5I3YA 4DQGA 4LXMA 4Y3AA 3U6AA 5P0UA 5OZ8A 4ACUA 5P7UA 2VIJA 5P2XA 3FNUA 4Z22A 4I8ZA 5P59A 5P28A 4Y36A 3OQFA 3QN8A 5P6SA 1D4KA 4NJTA 2ZYEA 1M0BA 5P3AA 1LYAA 5P86A 4HVPA 4DJRA 5P1HA 4AUCA 3DV1A 3TH9A 3NWQA 1W5XA 4CPSA 4COEA 5P3SA 5P2RA 2R5QA 3GW5A 5P7PA 1ZTZA 4I0HA 3ZPTA 4ZPGA 2B42A 5P57A 4AMTA 5P7QA 2HIZA 5SY2A 5P5HA 5ER1E 3TNEA 1IVPA 3ZOVA 5P04A 1U8GA 1SDTA 1BDLA 1DMPA 1EC1A 1RQ9A 2QI1A 3WB5A 2PK5A 3PM4A 3UF3A 5P6YA 4FSEA 3R0YA 1EPPE 1QRPE 3O9LA 3OUCA 3H0BA 4RGHA 4DQCA 3URLA 1FFIC 5P3JA 2NXMA 3EKTA 3TL9A 5P8TA 5P6EA 4Y3FA 5P78A 3PRSA 3KYRA 5P0IA 2O4NA 3QVIA 5AH6A 5P6HA 5P38A 1UH8A 2FDEA 2A1EA 5P47A 5P6AA 3K5DA 2AODA 1AJXA 1BILA 2AOFA 2HM1A 5PEPA 4A6BA 4I8WA 3SPKA 3QRVA 5P23A 5P0VA 2QZKA 5P5IA 5P72A 4Y6MA 1HVJA 1XN2A 4ZPFA 3ZKGA 5P7OA 5P3UA 2O4KA 5P4TA 5KOSA 1MRXA 5P63A 5P3VA 5P8HA 5P1IA 1RPIA 3SM1A 5P35A 3CYXA 5P31A 4H3GA 4Y9WA 5P2NA 1K6VA 4K8SA 4OC6A 1HOSA 2FLEA 4H1EA 1IZHA 5P4ZA 3I25A 3EM4A 2RSPA 3K5CA 4DJPA 1EC3A 4FSLA 4I0GA 3IXJA 1B5FB 3UQUA 5OZGA 2QP8A 4K4QA 1K1TA 3LNKA 3OU4A 3PBZA 1J71A 4Y57A 4Y50A 2Q63A 3PBDA 2AOJA 2FS4A 5OZUA 5P5TA 3BRAA 1YTGA 2Q64A 4X2LA 1NPVA 4B05A 1IBQA 4YCKA 1GVXA 5AGZA 5P1ZA 3FV3A 2JYSA 3INHA 3IXOA 4GJ8A 3O9BA 2QMDA 5P4PA 1A9MA 3QRSA 1KJFA 4LP9A 5P6VA 2QU2A 3EKQA 1OD1A 3IAWA 1YM2A 1E5OE 5P73A 5IE1A 4LAPA 4EQJA 4OD9A 5IVSA 4RYCA 5P6UA 3KMYA 2I4DA 2G1SA 4LHHA 5OZVA 5P3QA 5OZOA 1XS7D 3EC0A 4ZLSA 2FGVA 4YOAA 3S53A 1C6ZA 4OBKA 3PMYA 5BWYA 4Y3MA 4EXHA 4JPCA 1HVSA 3D1YA 3OU3A 2ANLA 3LITA 4HDBA 5P1UA 1A94A 5ISJA 4APRE 2V10C 1BXOA 1G2KA 1RL8A 5I3XA 1HTEA 2HS1A 4B72A 5P8IA 2WF0A 4Y3DA 1HPVA 5P84A 3INEA 2IQGA 5P7NA 2AVOA 2O4SA 4J1HA 4YD5A 5CONA 5P3CA 2QMFA 2H6TA 5P1AA 5P39A 2BKTA 2G1OA 4N00A 4MC1A 4UPJA 4YD6A 1LV1A 1ODXA 1AM5A 3EKWA 5OZEA 4CPTA 1YTIA 1IIQA 2HPEA 5P79A 3VG1A 2AQUA 4NPTA 1PSNA 3CMSA 5P89A 1APWE 3Q6YA 1YG9A 1BV9A 4LBTA 5P54A 4K9HA 4GJAA 5P0LA 3OY4A 1K6TA 2P3BA 3G70A 3VSXA 1LF2A 2VS2A 1E82E 1LS5A 3OXVA 3O9DA 3OOTA 2IENA 3OQ7A 4I0IA 3L5FA 2PYMA 4Y5GA 2IGYA 5P7FA 5P6KA 5DGWA 3QP0A 5SZ9A 4TVHA 2ZJJA 5P14A 1G6LA 5P2GA 2F3KA 1QBTA 3BC4A 2QD6A 4B0QA 4Y4DA 3OQAA 1DW6C 1MESA 4Y3YA 3PWMA 5P7RA 3WZ6A 1B11A 4ZSRA 3OAGA 1YTJA 3OWNA 2HB3A 4Y4JA 3NU4A 3PSUA 1AVFA 3SKFA 5APRE 5OZBA 5P1NA 3QS1A 5KR1A 2ER0E 5P7AA 1W5VA 1LEEA 1ZAPA 5DQCA 5P0ZA 5P5PA 3UQWA 4Y3NA 3S43B 4PHVA 1T7KA 3UDPA 1G0VA 5P8JA 2O40A 3I7EA 5OZYA 2I4QA 3L5BA 3NDUA 5OZNA 1D4HA 1XN3A 5P8PA 5UPJA 4Y44A 2OHUA 4ZSPA 3T6IA 4EWOA 3APRE 4Y56A 4GJBA 5P8BA 2OHPA 3B7VA 3PGIA 3KFSA 5E5JA 5P6WA 3PVKA 1K2BA 5P1GA 4B1DA 2J9JB 2PWCA 3GGXA 3DCRA 5P18A 2B8LA 3PSGA 1DPJA 5P02A 1MVPA 1TSQA 3OADA 3NDWA 2WF4A 3ZMGA 1HPXA 1EBZA 4J5JA 3VV7A 5CLMA 3OHFA 1C6YA 1XDHA 5P4HA 2B7ZA 4H3JA 4IVTA 2JE4A 3WSJA 4Z2ZA 2WF1A 4JOOA 5OZ4A 5P6FA 1C70A 1FQ5A 3D3TA 5P3EA 3KN0A 1T6EX 5HE5A 2PH6A 2B60A 3BXSA 2ER7E 5P6CA 1EPNE 5P5FA 5KQYA 4GMIA 1IZDA 3UDMA 4L7HA 1A8GA 3H5BA 3PMUA 2R38A 1LYBA 5P7WA 3SA8A 1BAIA 4CPRA 5P88A 4QJAA 5P6GA 5P4IA 2RENA 4I0DA 1DP5A 5P34A 3U7SA 5P74A 5P2FA 5P17A 5DR3A 4QJ6A 5P5WA 2IGXA 2NPHA 3SO9A 2R8NA 3HVPA 3Q4BA 1FQ6A 5HDZA 1IVQA 3S7MA 4S1GA 3PCWA 3TLHA 1GVTA 1CMSA 5OYXA 2CEJA 1HTFA 2NNPA 3QAAA 3UTLA 3L5EA 5OYQA 2R9BA 4EP3A 3S56A 4F75A 4Y45A 4QLHA 1BBSA 5P5UA 4HZTA 2PSGA 4FRSA 3DK1A 4OBHA 4A4QA 1AJVA 3K4VA 5P71A 5P2JA 3OU1B 4ZEAA 4Y47A 3G72A 3O9IA 3ECGA 1APTE 1BWBA 3FKTA 2ZHTA 2AOHA 1ZSFA 5KQZA 4I0ZA 3DJKA 3O9EA 1EPLE 5OZHA 3KF0A 1T7IA 1EC0A 2IKUA 3BXRA 5ER2E 4GJ9A 1MT7A 5P1WA 4Y48A 1HXWA 3VV8A 5P8AA 1HVRA 3D91A 1VIJA 3TPJA 1E81E 4HDFA 5P4WA 5P87A 4J1IA 3HZCA 1ZBGA 2OF0A 1SGUA 3QROA 6FIVA 5P5GA 4Y37A 5KR8A 3LINA 2BKSA 2FXEA 3R0WA 5P1TA 5FIVA 5P3BA 5P2SA 5P2UA 3NWXA 1BWAA 5P1RA 5IVQA 3SA5A 5HCOA 4FM7A 3GI4A 5P3HA 2VA6A 4Y3SA 5P2CA 3I8WA 2VNNA 2RKGA 4NPUA 4L1AB 4DJUA 1IDBA 3TKWA 5P6BA 1PPME 1KJ4A 2I0AA 4YBIA 3NUJA 1MSMA 5KR2A 3T7XA 4Y3ZA 3LPKA 5OZCA 4Y3XA 3VSWA 1SBGA 3HAWA 4Q1YA 3QRMA 2V00A 5P3ZA 5BS4A 4I11A 4Z4XA 1HVIA 1SIVA 3HAUA 3IVHA 1W6IA 2P3AA 3S85A 1SMRA 3PEPA 5P1MA 3KDDA 3KDBA 1GNMA 4L7JA 3K4VC 1PPLE 3HBOA 3DOXA 3CIBA 5P85A 2P8HA 1HIHA 4PZXA 2ZGAA 4EXGA 3NXEA 2PK6A 5P7JA 3LZUA 1HIVA 1EEDP 5P58A 5EZXA 5OZTA 3PLDA 4TRYA 2IRZA 1HEFE 4J0ZA 2WECA 1LZQA 4FCOA 4EP2A 5P6LA 4Y3LA 2UPJA 2AZ8A 3VCMA 1SDVA 4DUSA 5JG1A 4HDPA 2ZJIA 5P4FA 2R5PA 5P8RA 5T4SA 3SLZA 4FRIA 3UQPA 1FQXA 3QI1A 5P61A 4QJ9A 4OBZB 4OBDA 5OYYA 4BEKA 5P7LA 1HEGE 1B5FA 2JXRA 5AH9A 2FIVA 1SMEA 5P2HA 1FFFC 5P6MA 4RLDA 3LPJA 5P40A 5P7XA 5DQ1A 3RTMA 4YHQA 1EPME 4DQFA 5OZ2A 3BGBA 2QZWA 2CENA 5P15A 5P5DA 3EKXA 5HE4A 2WJOA 1TW7A 3S45A 5P29A 1T6GA 2WEZA 5SY3A 3SA6A 3FIVA 4Y3WA 4Y5AA 1Q9PA 5P0JA 3VYFA 4D89A 1PPKE 3PLLA 2BPYA 1IZEA 2G1RA 5P4KA 1JLDA 1KZKA 1K1UA 5P70A 3TPPA 1APUE 5P45A 5P2BA 3D1ZA 5P3NA 5P0DA 2PSVA 4APEA 1WBKA 4NJUA 3DCKA 6UPJA 5P1JA 5P3XA 3QPJA 5ISKA 3I2LA 2H6SA 3KDCA 3TOHA 5P5RA 3NU3A 4DQBA 1GVWA 5P2LA 5DR8A 2QCIA 4B1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OC6 B;  5P30 A;  4KE0 A;  4QJ8 A;  5I70 A;  2PSU A;  1MEU A;  4U7Q A;  2QNQ A;  5P50 A;  5P6I A;  3UHL A;  1EPO E;  4YDG A;  1PSA A;  4Y4X A;  5P2A A;  1OEW A;  3OU4 B;  1KJH A;  4I10 A;  2P83 A;  5P8M A;  4GJD A;  5KAO A;  5OYZ A;  1IZI A;  5P0H A;  4FRJ A;  2CEM A;  4RRS A;  5IVT A;  5P8K A;  4RYG A;  1CZI E;  5P4C A;  4MC6 A;  2NNK A;  2PH8 A;  4Y5P A;  5DGU A;  1FG6 C;  3EL1 A;  4FGX A;  5P0R A;  5P5S A;  2QNP A;  3LPI A;  5P0O A;  5P36 A;  4EQ0 A;  4Y4U A;  4FAE A;  4J55 A;  4OD9 B;  1KJ7 A;  3UCB A;  4FM8 A;  5P4D A;  1VIK A;  1XL5 A;  4DFG A;  4XXS A;  3SM2 A;  4BEL A;  4Q1X A;  2VA7 A;  4Y38 A;  1SGZ A;  5ENK A;  3EKV A;  3OQK A;  3WZ7 A;  3VFA A;  1B6M A;  4Y39 A;  5COK A;  1RV7 A;  3OTY A;  4J17 A;  3MWS A;  2I4X A;  3DM6 A;  5P5B A;  3UQR A;  4LC7 A;  2ZHU A;  1BV7 A;  5P5X A;  1NH0 A;  4XKX A;  2QI3 A;  4EJK A;  1DAZ C;  5P8U A;  4M8X A;  5E5K A;  4NJS A;  5P6R A;  5P37 A;  4RVI A;  3OUD A;  3ER5 E;  2WEA A;  5P46 A;  4ER2 E;  2OHM A;  5P12 A;  5P0T A;  3KFP A;  1FEJ C;  3RSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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