4Q5MA

D30n tethered hiv-1 protease dimer/saquinavir complex
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Why Nelfinavir-Resistant D30N Mutant of HIV-1 Protease Remains Susceptible to Saquinavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q5mA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q5mA02
2Q64A 5HE7A 2IENA 3PLLA 2OHRA 4QJ9A 3PHVA 3B7VA 4RRNA 5P7JA 2P3BA 5OZ2A 3UDQA 3EKTA 1KJFA 2QK5A 5OZ9A 2UXZA 2ER7E 2AVOA 3OUDA 2NMZA 3KF0A 3GI5A 3T7PA 5OZLA 1M0BA 3VYDA 5P3SA 1MT7A 3O9BA 1F34A 4Y5GA 5DQ5A 5P8OA 3EKWA 1IDAA 3PSGA 3EL5A 3GI6A 5KOQA 1ODWA 5P6AA 5I3YA 1HVRA 3OU4B 1IVPA 2ZHRA 4IVSA 4B78A 4GB2A 2OHPA 3LIZA 5P44A 2JJJA 4YE3A 1B6PA 2IKOA 4AA9A 2VIZA 2QD6A 1LEEA 3BRAA 5P58A 3IXKA 5P0QA 5P5GA 1LF2A 2F3EA 4GJAA 5P0BA 3L59A 3S54A 4OD9B 2P4JA 5P7KA 5P62A 2A1EA 5P2WA 2O4PA 5P4PA 4B1CA 5P0FA 4B1EA 3LINA 2XFIA 3NXEA 1ER8E 4PEPA 3L5EA 2FNTA 4Y50A 5P18A 2G27A 3AUPA 3RSVA 4CPXA 3SAAA 1HWRA 2AOIA 2B8LA 1HVCA 4Y43A 5P5PA 2B7ZA 1IZHA 1FG6C 3PEPA 1YTHA 2QHYA 3INFA 3WZ8A 1SDVA 3D1ZA 4FGXA 5P7FA 3RVIA 3KFSA 2JJIA 4I11A 1TCXA 5P2KA 2AVSA 5P33A 1UH9A 3FNSA 2P3CA 5P4UA 5P8RA 5P2NA 5P8UA 3PMUA 5P02A 4I8WA 3VF5A 3MSKA 5P1PA 4FRSA 2QI5A 5EZZA 1TQFA 4DJRA 1GKTA 4OBZA 4RLDA 4YBFA 5JFPA 3EL1A 5P77A 5P3OA 3ZPTA 1J71A 1G0VA 5P2IA 5P4GA 1GNMA 1PSNA 4I10A 4H3GA 3KFPA 3WZ6A 2IEOA 1LYAB 5OYRA 1MRWA 4BEKA 5P04A 5P0LA 3LZVA 3QI1A 4RCFA 1GNOA 5AGZA 5FIVA 1RQ9A 4Y36A 3TTPA 3S53A 3SA4A 3URJA 2R3TA 5J25A 4U7VA 2PC0A 3OGPA 1RNEA 3MSLA 5P1EA 5B18A 4YDGA 5P46A 5OZVA 4Q1XA 4EPJA 4B72A 5P7UA 2PH8A 3BHEA 5DR0A 3B80A 1ZSFA 1T6GA 5JODA 4MC1A 1ZAPA 5P80A 2J9KA 5KR8A 2RKGA 4FM6A 4Y4AA 4EQ0A 3OHHA 5EZXA 5P29A 2A4FA 4AUCA 1EPME 2G24A 5P47A 5P4NA 3O9LB 4Y4WA 5P8NA 2OHKA 3ZKIA 5P0AA 3NU4A 5DQ4A 2ANLA 5P5RA 4LL3A 5P49A 5HE4A 5SZ9A 5P1SA 1ZP8A 2BB9A 1IZEA 3RTMA 4RVIA 3TPJA 3GI0A 1AM5A 3M9FA 2HS2A 1PPLE 5P4FA 1EAGA 5P4IA 3OADA 4DVFA 5P45A 2R8NA 5P7WA 2IS0A 5P51A 2B7FA 4ZSQA 5COKA 3ECGA 5P4SA 6FIVA 5P2TA 3OUAA 2O4LA 1AJVA 4FAFA 3HAUA 1DW6C 5P4QA 5IVTA 1E81E 3BUFA 3EMYA 5JG1A 3EL4A 5DGWA 3PCZA 1D4KA 1MT8A 4OC6A 3S56A 1DP5A 3URIA 4Y3FA 4DQCA 4Y6MA 1MERA 2F80A 1HIVA 5P7PA 1EPOE 5DR4A 5P3HA 3OQKA 2PQZA 1GNNA 5JFUA 1BDRA 3HVGA 1C6YA 3K4VA 4I0JA 3DK1A 2I4VA 5P5DA 3OU1B 3GGUA 4COEA 1MIQA 5P1DA 4HDFA 4GJ8A 5P6MA 1APVE 3S2OA 5P5VA 4A6CA 1HSGA 1MT9A 4L6BA 1IZIA 1LYWA 1ENTE 3BGCA 3L3AA 2R9BA 5P5SA 3DV5A 4A4QA 3NU6A 1UPJA 5P8PA 1GVVA 2WHHA 3EKXA 5DR1A 3PLDA 4Y3TA 3UDRA 3SA7A 3ZKNA 5P0SA 4K9HA 5P0OA 2I4UA 2QI6A 4Q5MA 1APWE 4YD7A 5P6EA 5OZJA 1WKRA 4A6BA 3K5FA 5E5JA 5P1JA 3IXJA 3EM3A 3QRVA 2IGXA 5P7SA 3HBOA 1K6CA 4K8SA 2FS4A 4I8ZA 1EBWA 3I8WA 1SGUA 4GZFA 5HTZA 1FEJC 2Z54A 4J0YA 2QU2A 5TOLA 4TRWA 3S43A 4I12A 1M43A 5P3JA 3G72A 2G1RA 4OBKA 1HTGA 4QGIA 1MTRA 4M8YA 4H3JA 4Y5EA 5P52A 3INDA 4Y3HA 2AOJA 2AVQA 2ZJMA 5IVRA 2AOHA 1FQ7A 1ZJ7A 4B0QA 3LIQA 4DQFA 5P4OA 5P4MA 1TW7A 4YHQA 5ENKA 2ZHVA 1FQ4A 2HPFA 4APRE 3VLBA 4ER4E 2AOCA 2P3DA 4Z2ZA 5P4BA 2AZBA 2G1SA 1C6ZA 2Q63A 4RCEA 5P0EA 3SKFA 1W5WA 2AODA 1HEGE 3BUHA 3BGBA 1PROA 4U8WA 3NDTA 5OZ0A 1EPQE 1HSIA 1IBQA 5OYYA 5P4WA 1XE6A 3SA9A 2I1AA 3QS1A 5P3FA 5DGUA 4Y3DA 5KQYA 2NTRA 1AVFA 3UFNA 3ZKGA 2IGYA 4RVJA 3KDDA 4IVTA 4LAPA 2OHSA 2PWCA 4RVXA 5P5FA 4Y4UA 2BPVA 5HDUA 5P3KA 5P4VA 4BELA 2VA5A 3JVWA 2APRA 4MC9A 4YCYA 1IIQA 3MXEA 5P1HA 2V16C 2I4XA 5P7XA 3ZPSA 2AQUA 5P28A 3UDKA 1CMSA 5P00A 8HVPA 5COOA 1XE5A 3UF3A 1HIHA 3O9GA 4R5NA 5P63A 3ZKQA 5AHCA 3D3TA 3F9QA 1DMPA 1QDMA 4XX3A 2VJ9A 1YT9A 5P13A 4ZLSA 4Y4EA 1OEWA 5KR0A 5P68A 3D1YA 3OXVA 2IL2A 3HZCA 5P85A 1FF0C 4ER2E 4HA5A 1ZSRA 2RSPA 4AMTA 5P0TA 5P32A 2VNMA 5I70A 5P3NA 3LZSA 1TSUA 4Z4XA 4EHCA 5P3MA 3R1GB 3IGBA 5P7LA 5P3TA 1Q9PA 5P76A 2PSUA 3H5BA 3EM6A 5KAOA 3OQDA 4B77A 4L7JA 4R95A 3HDKA 5OZPA 4GJBA 4Y5NA 5P19A 5DPZA 2I4WA 5P2GA 4CPWA 2OHTA 5OYWA 1HRNA 4ZSMA 1HSHA 4LXMA 3SO9A 3DOXA 5AH9A 2I4DA 5P50A 5P6JA 4RCDA 4EXGA 4MC6A 3IN4A 5P6OA 4NJTA 1B5FB 1W6HA 5P6WA 4DV9A 3FX5A 4GJ6A 2AVMA 5P57A 4H3FA 5ENMA 1G35A 5OZQA 4OBGA 3IA9A 3S8IA 1FFIC 5P59A 3GI4A 5P4LA 1A30A 4R91A 1K1UA 1KJ7A 4HDPA 2IRZA 1HTFA 3IXOA 1FMUA 1EBKC 4FM8A 5P0DA 5HCOA 5P6BA 3BUGA 4HVPA 5P0IA 3PBZA 3I7EA 5HCTA 4Y54A 3Q3TA 3UPJA 3KT5A 1A94A 5P2ZA 4X7IA 4GMIA 2O4SA 1QBTA 2ZJIA 4OBHA 1MTBA 2PMAA 2QNNA 4QJ7A 1W50A 1APTE 4Y3EA 5P5BA 1BV9A 1PPME 4Y48A 2NMYA 3O9EA 2Z4OA 5P7MA 2B8VA 2V13A 5P2AA 5OZGA 4OBFA 1HVKA 1HVHA 2Q11A 3FV3A 3L5BA 1ODXA 4Y3JA 5P7DA 3A2OA 4Y4XA 4Q1NA 1D4JA 2WF2A 5P2YA 4J1IA 1MPPA 4L1AA 3TPPA 3SM1A 3EC0A 1K2CA 5P0YA 5P7TA 1YM4A 4FAEA 2I0DA 4I0GA 5P23A 4TVHA 5P48A 2AZ9A 1KJ4A 3VV6A 2H6TA 4EP2A 1HBVA 5P1QA 1EC0A 4GJDA 1HEFE 5P81A 4Y56A 5P72A 1W5XA 5HDVA 1EBZA 1YG9A 5DQCA 3VEUA 1ODYA 2NNKA 1APUE 4XX4A 1XN3A 3CYWA 2NPHA 4I0IA 5P6FA 3O9DA 3QVIA 3TPRA 4CPUA 5P7VA 5P6QA 4CPRA 1KJHA 5P6IA 5P7OA 2QD7A 5P78A 5IVSA 3OQ7A 2Q54A 5P0RA 2P8HA 2ZJJA 4Y5LA 4J5JA 5P53A 1OD1A 3DCRA 3PMYA 4OBDA 5HVPA 4YD3A 1K2BA 5P1TA 4H3IA 4PPHA 3ZKXA 3ZOVA 3VV8A 3PVKA 3GGVA 1HPOA 4J1EA 2OHNA 5COPA 3PWRA 4GJ9A 3QIHA 5P66A 5P1KA 4EQJA 3BC4A 2ZHUA 3FKTA 4CKUA 1K6TA 5P4EA 4Q1WA 3LPIA 3MXDA 5P0ZA 3VF3A 5P01A 1B6MA 3DJKA 4NPTA 5BWYA 5P17A 3NXNA 4WTUA 4Y3WA 5P2BA 1ZTZA 6UPJA 2ER9E 2FXEA 2AVVA 3OU4A 3HAWA 5P6KA 3OTSA 2PYNA 4UPJA 2UPJA 5P16A 4Y57A 2OHQA 1T7KA 4KUPA 1HIIA 1LYBB 5P4KA 2WEAA 1BVGA 5DR7A 4Z22A 3K5DA 5P8CA 3VFBA 4J1HA 2HS1A 3OUCA 4XXSA 3INEA 5OYXA 4GJ5A 4JP9A 3ZL7A 1HVSA 5HU0A 4OD9A 1UH8A 2FLEA 2VJ7A 5P1RA 5P2HA 1DIFA 2NXLA 1CPIA 3OAGB 5OZRA 2QI4A 5OZHA 3CMSA 1YTIA 4FRJA 5P61A 1HPSA 5P7NA 4Y4DA 3N3IA 3PJ6A 5ISJA 3PWMA 3BVBA 3KFNA 3OHFA 3KDCA 1BXOA 5P8DA 2B42A 4DPIA 1EC1A 2HAHA 1FMXA 5P20A 2VS2A 2ASIA 2OAHA 5P8TA 3T11A 2Q5KA 1NPAA 4K4QA 1FQXA 5P4AA 3HW1A 1XL2A 4KE0A 3KN0A 4Y44A 3MSJA 4J1FA 5C9BA 2G69A 5P88A 3UFLA 4J1CA 4LXAA 5P8JA 1BVEA 4ZSPA 2XFJA 4Y45A 1QBUA 5P83A 1FG8C 3FIVA 4OBJA 4YCTA 5P5MA 1EPLE 5P6TA 5P1CA 2OF0A 2QMPA 5OYZA 3PI5A 5IE1A 1YTJA 4DI2A 5OYQA 1MESA 5P08A 2RKFA 1LYAA 3D91A 1ZPKA 4E43A 3URLA 4DJUA 3FNTA 4RZ1A 4PZXA 2F3KA 5OZKA 3APRE 4R92A 3CKPA 5UPJA 1QBRA 3QP0A 2QZLA 4K4RA 5P5JA 1WBKA 1GVTA 3RSXA 1B6JA 4J54A 3G6ZA 5P8LA 1RPIA 3R4BA 1NH0A 1DAZC 2NXDA 1IVQA 1AJXA 1NPWA 5HDZA 1KJGA 4Y51A 5P14A 6APRE 2IKUA 1AZ5A 4TRYA 3O9CA 3VLAA 3D20A 3O9LA 5P3PA 3O99A 1HXBA 1B11A 5P0GA 3TLHA 1PSAA 2AZ8A 5APRE 3VF7A 2FDPA 5P5WA 3U71A 3VYEA 4YOAA 4Y3QA 3SA6A 2HC0A 2XYEA 5C9FA 5P2FA 1D4HA 3H0BA 5P82A 5P2QA 1A8KA 4ACXA 1SGZA 3DV1A 4Y4ZA 2ZDZA 3NUJA 5P5NA 3OQAA 3TH9A 1XL5A 2JXRA 2BPWA 3UDYA 5OZOA 3U6AA 5P5AA 4RYCA 4Y3LA 2AOFA 5P7QA 5P36A 2G20A 2WF1A 3KT2A 5KQXA 1RL8A 4D8CA 3UDJA 1NSOA 5T4SA 5P3CA 5P3AA 4Z50A 4GJ7A 3APPA 1XS7D 3O9FA 2BBBA 3BXRA 4GIDA 5P8MA 4Y5AA 5ISKA 1W5VA 3JW2A 4ZE6A 3K1WA 3NR6A 2J9JB 4LXKA 5P2RA 5P6RA 4Y3MA 2VNNA 1AAQA 3OU1A 5P7AA 4DQHA 4ZPFA 4BFBA 3T3CA 1HPXA 4J0ZA 2ER0E 1FQ6A 2VA7A 4FE6A 3VSWA 5BS4A 1XN2A 1YX9A 2QMDA 1FGCC 4D85A 3KDBA 5P6YA 5P1IA 9HVPA 1SMRA 4X2LA 3NSHA 3EXOA 4PYVA 5P42A 3RU1A 5P6DA 1TCWA 4FIVA 3UDMA 4RGHA 4LHHA 4YOBA 3OGQA 3DCKA 5P2CA 3IVIA 3NUOA 3I25A 4F76A 5P79A 3WB5A 2Q3KA 5OZFA 1M4HA 5P74A 5P5OA 3OOTA 1EBYA 1SH9A 1WBMA 1PFZA 5P38A 5P3GA 3SM2A 3S7MA 4I0DA 5P1BA 4RYGA 4B00A 4F73A 3BXSA 4NJVA 2CENA 3UCBA 2V10C 1MVPA 4Y53A 2BPYA 1T6EX 4DJYA 5P6NA 1D4YA 3SA8A 1YM2A 2VIYA 3HD8A 3PRSA 1DPJA 1T3RA 1SDUA 5P1WA 1ME6A 3SKGA 1YTGA 3O9IA 5P5YA 5P70A 4I1CA 3Q5HA 4I0FA 4Q1YA 1EPPE 2QP8A 4K4PA 4U7QA 2P83A 2I0AA 5P31A 2AZCA 5P0NA 2NR6A 3T7XA 4EP3A 2FIVA 3TNEA 5IVQA 1SBGA 5KQZA 2P3BB 2QHCA 4DPFA 3PCWA 4FM7A 2FGUA 5P3YA 4J1KA 2WEDA 3T7QA 1K6VA 5OYSA 2QZWA 3OUDB 2VIJA 5P3DA 3IAWA 1LS5A 5P8IA 3PB5A 1BDQA 3VFAA 5P7GA 1T7JA 3S7LA 5P8FA 3PM4A 4GYEA 1PPKE 1EPNE 2V0ZC 3PGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q64 A;  5HE7 A;  2IEN A;  3PLL A;  2OHR A;  4QJ9 A;  3PHV A;  3B7V A;  4RRN A;  5P7J A;  2P3B A;  5OZ2 A;  3UDQ A;  3EKT A;  1KJF A;  2QK5 A;  5OZ9 A;  2UXZ A;  2ER7 E;  2AVO A;  3OUD A;  2NMZ A;  3KF0 A;  3GI5 A;  3T7P A;  5OZL A;  1M0B A;  3VYD A;  5P3S A;  1MT7 A;  3O9B A;  1F34 A;  4Y5G A;  5DQ5 A;  5P8O A;  3EKW A;  1IDA A;  3PSG A;  3EL5 A;  3GI6 A;  5KOQ A;  1ODW A;  5P6A A;  5I3Y A;  1HVR A;  3OU4 B;  1IVP A;  2ZHR A;  4IVS A;  4B78 A;  4GB2 A;  2OHP A;  3LIZ A;  5P44 A;  2JJJ A;  4YE3 A;  1B6P A;  2IKO A;  4AA9 A;  2VIZ A;  2QD6 A;  1LEE A;  3BRA A;  5P58 A;  3IXK A;  5P0Q A;  5P5G A;  1LF2 A;  2F3E A;  4GJA A;  5P0B A;  3L59 A;  3S54 A;  4OD9 B;  2P4J A;  5P7K A;  5P62 A;  2A1E A;  5P2W A;  2O4P A;  5P4P A;  4B1C A;  5P0F A;  4B1E A;  3LIN A;  2XFI A;  3NXE A;  1ER8 E;  4PEP A;  3L5E A;  2FNT A;  4Y50 A;  5P18 A;  2G27 A;  3AUP A;  3RSV A;  4CPX A;  3SAA A;  1HWR A;  2AOI A;  2B8L A;  1HVC A;  4Y43 A;  5P5P A;  2B7Z A;  1IZH A;  1FG6 C;  3PEP A;  1YTH A;  2QHY A;  3INF A;  3WZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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