4QJ2A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with wt p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj2A00
3HBOA 1ME6A 3FNSA 1APWE 1LYBA 4R91A 5P7RA 5P41A 3L38A 1TSQA 5AH7A 2G1OA 2IRZA 4I12A 3TOFA 5P3NA 2F3EA 2WEBA 4FM8A 1GVXA 2Q11A 2VJ9A 2V11C 1DP5A 4GZFA 1AVFA 3IN3A 5OYYA 2QZKA 5P3YA 2R38A 3QI1A 3L5CA 5P3KA 1QBSA 5P8LA 4IVSA 2G26A 1MPPA 5P7IA 1EPPE 4YCTA 2OHMA 5P75A 5P4PA 5P8NA 3TPPA 3ZOVA 5OZ0A 2V10C 4NJSA 4NJVA 5AH6A 3G72A 1GNOA 2VJ6A 5OZGA 1LF3A 1ZTZA 4EYRA 5P35A 4EPJA 1UH7A 4F74A 3HAUA 3VSWA 4OBFA 3L5FA 4YOBA 5P4CA 2AVQA 1OD1A 2RENA 1BV7A 2PYNA 5P5WA 3OQ7A 2ER7E 2O4PA 1EBYA 3D1ZA 4ZSQA 1B11A 4DJXA 4Y4EA 5P14A 3WB5A 3S56A 5P49A 4Y35A 1FG6C 4CMSA 1MRXA 4ZPFA 5P2YA 1T7IA 5P24A 2FXDA 4Q1YA 3BUGA 4BEKA 5SXNA 3HZCA 4DJRA 4ZEAA 3MWSA 3VV8A 3OXVA 2EWYA 1B6JA 3TPRA 4F76A 1T7JA 3QVIA 5KR0A 4R95A 5P0MA 5I3XA 2IQGA 4XX4A 3ZPSA 4PZXA 2ZJHA 4FM7A 4Y53A 1HOSA 3TPLA 2HC0A 2Q55A 3ER5E 4HVPA 4B0QA 2ZYEA 4DJOA 5P2EA 2PQZA 4Z4XA 1YG9A 3UDPA 1RNEA 2BBBA 4H3IA 5OZIA 4Y3YA 2IDWA 3N3IA 3R1GB 5P56A 1ZP8A 3EL0A 5OZJA 2OHRA 1EC2A 3BGCA 4DJVA 1RQ9A 3N4LA 1MVPA 4ZSPA 4B1DA 1G35A 4I0EA 5P80A 3HVGA 3INFA 4EHCA 3KDBA 4J0YA 3UQUA 5P7OA 5JFUA 2I4DA 2RKFA 4Y51A 3CICA 5P7LA 1M0BA 5AGZA 2NNKA 5P2ZA 5P0ZA 5TOLA 2BKTA 2RSPA 2VS2A 3ZPTA 4J55A 2ANLA 2CEJA 4GJ7A 2I0DA 4AA9A 1RPIA 4Y4ZA 2OHLA 3OU1B 2G1YA 2WHHA 4RRNA 4DJYA 1LF4A 4OBHA 2ER6E 3PEPA 5JFPA 3SABA 5P4DA 2F3KA 5HDUA 4Y58A 3OUDB 5P4JA 3LHGA 4EXHA 3T7XA 1EBWA 5KAOA 1XDHA 3FNUA 5DR7A 2P3CA 5OZMA 3PCWA 3BXSA 5P4UA 4I0JA 5P6PA 3PVKA 3PWMA 1HSHA 3JVWA 3VG1A 5P7VA 4H3GA 2G94A 1SDTA 3VEUA 3HD8A 3IXJA 3D1YA 3I6OA 1FLHA 2BKSA 2FGUA 5ER2E 5HTZA 5P5PA 5P4TA 1GVUA 1YTJA 2XFKA 4J1KA 4U7QA 4Y3RA 4CPUA 1WBKA 4AZYA 1B6LA 5P39A 3OU1A 1XS7D 4J5JA 3KT2A 3I8WA 4Q1WA 2Q15A 1IZDA 2QHZA 4Y43A 3QROA 2HS2A 5OZZA 3O9FA 2FXEA 1UH9A 4K8SA 3OUDA 4ZE6A 4DQHA 1FQ8A 5P8MA 4Z50A 4B05A 4BELA 1MTBA 5P7QA 3O9BA 5P0AA 4FRKA 3KFRA 5P6QA 3LIXA 4Y5GA 5DQ4A 5E5KA 1W51A 2UY0A 4Y4JA 4Y4DA 2XFJA 2ZGAA 5P3OA 4B1EA 2PSVA 5KR8A 4KB9A 3QBFA 4LC7A 4QJ8A 1HRNA 4FRJA 5P32A 3IAWA 5P76A 3IXOA 3NLSA 5OZCA 5P0VA 4FRSA 5ISKA 3EM4A 1YX9A 1LF2A 5P11A 5P3ZA 3ST5A 2IENA 5P48A 3FV3A 5COOA 1VIJA 3EMYA 1GNMA 3PB5A 4R92A 2A1EA 4NKKA 5P5TA 5P0OA 3H0BA 4Y5NA 3OUBA 4DQEA 5P0CA 3EL9A 3R4BA 3GW5A 2AZBA 1HPXA 5P40A 1HVCA 5OZSA 1GNNA 3RTMA 3QVCA 5P17A 4Y6MA 4I0HA 3D91A 4J1FA 5P2JA 1HBVA 5OZFA 5P4VA 3BVAA 5P1SA 5P1UA 2HB4A 2XFIA 2WEDA 1EEDP 1FQ6A 4DQCA 1MEUA 1AM5A 4J0TA 4EJKA 5SY3A 1QS8A 4ER2E 5P1CA 3PI0A 5P6MA 4AUCA 2V13A 4HDPA 5P7YA 3EXOA 5P2OA 4OC6B 5P72A 1BAIA 5P16A 5ISJA 5HDXA 4DJUA 1J71A 3OUCA 2WF2A 1JLDA 1FFIC 3MSLA 5P3AA 3OOTA 5P6WA 4Y3AA 5P3SA 5P4EA 5P0UA 1U8GA 5P3EA 1K6TA 3R0WA 5P19A 4DV9A 5P5DA 3PGIA 5P13A 3UDNA 5P8AA 5P5QA 3BVBA 5P8IA 3UQXA 3DCRA 1YM4A 1IVQA 4NJTA 4APRE 5C9BA 4PHVA 2QMGA 3ZMGA 1CMSA 4ER4E 5AH8A 2QZXA 5P4RA 3SA6A 1KJGA 1GVTA 4RCEA 5P7SA 1UH8A 3UDRA 2IGYA 4I0ZA 3IN4A 5OZHA 1QRPE 4Y9WA 2AOCA 5IVSA 3PMYA 1AJXA 4N00A 5P1QA 6FIVA 3GGXA 5P3JA 3NU3A 5HD0A 5P6LA 5HE5A 5P4HA 2PH8A 5P1VA 1MUIA 5PEPA 1BXOA 1PROA 4R93A 5P36A 1EBZA 3NDXA 4RVJA 3CIDA 2R8NA 5HDZA 2FDDA 1APTE 3PJ6A 5P85A 4ZSRA 5OZLA 1TQFA 2OHNA 4I0DA 4Y5LA 4YOAA 1IZEA 2O4NA 4RGHA 1OEWA 1AJVA 2B8VA 5P4KA 2OHPA 3NWQA 3TL9A 3RVIA 3L5EA 4GIDA 5P64A 1YTGA 2QHCA 5P58A 5P1PA 2G1NA 5P74A 2R3WA 5P1KA 1SGUA 2QI3A 3OOZA 2OAHA 2I1AA 5I3VA 5P6SA 3NWXA 2NPHA 3TNEA 3SA7A 1EPOE 4H1EA 1G0VA 2P83A 3KA2A 2BB9A 2AQUA 5OZ6A 5P8FA 3K5DA 5P6ZA 1FF0C 4QJ9A 3DJKA 2BPVA 3LZUA 3OQKA 3DK1A 3IGBA 4DPIA 5UPJA 4APEA 5APRE 5P4YA 5P4QA 3S53A 5P6YA 2AZ8A 2OHKA 5KOSA 3Q5HA 2AOJA 4AMTA 4I8WA 4Y5EA 2OHTA 3NUOA 1XL2A 1T6EX 2QD7A 4I10A 4CP7A 5KQFA 3PBZA 5P4XA 5P07A 2VIZA 5C9FA 3FKTA 4EJ8A 5OZVA 3T7QA 5P1YA 3SA8A 1HPSA 1B6KA 4KE1A 1SBGA 4CPXA 5P09A 5P6OA 4RVIA 3LZYA 4OBKA 3BHEA 2B60A 8HVPA 5P7TA 3EL1A 3SO9A 5P59A 1D4LA 1K6PA 2QP8A 5HU1A 3BUFA 2H6SA 5P3LA 5P71A 1QBRA 4RVXA 1FFFC 5P8BA 3LIQA 3UQRA 5P87A 2R3TA 4CPTA 2BPWA 3AUPA 5P63A 3S8IA 3NYGA 3U7SA 3VV6A 1W50A 3CKTA 5P2RA 3O9HA 5P5BA 3HDKA 3R2FA 4E43A 3PLDA 4FL8A 4QJAA 3NU6A 5P1NA 4FAFA 1XN3A 3VFAA 2O40A 1IBQA 3TPJA 3ZKXA 2RKGA 5P6FA 1EPNE 5OZAA 5P2BA 5P7PA 1W5XA 3OU4B 3L58A 4WY1A 4Y5MA 5P3BA 5P57A 3O9EA 2WKZA 7UPJA 1QBUA 3BGBA 4M8XA 5P7UA 1PPKE 5DR1A 2PWRA 5P45A 3OK9A 4OD9A 4I0IA 2HPEA 5SY2A 4GJ5A 3AIDA 1MSNA 3EL5A 3T11A 2AOFA 3KF0A 5P6HA 4PEPA 2QI5A 5P0HA 5P2KA 5P7XA 5P2QA 5P42A 5P3IA 2G69A 3S43B 4Y3MA 5EZZA 5OYWA 4FLGA 4FGXA 4Q5MA 2WJOA 5P26A 4BFDA 5P8TA 5HCTA 1HVJA 2F3FA 3OGPA 4YD4A 5P3TA 4LAPA 2QMFA 3LIYA 3TKGA 4TRZA 5P77A 1B6MA 3S54A 3ZPUA 2G20A 4GB2A 3RTNA 1FQ5A 2PK6A 5OYSA 5P6DA 5P1FA 4GMIA 1FGCC 5P0YA 2ZDZA 2UPJA 1QBTA 5DGWA 4L7JA 5P31A 1XN2A 5P4LA 1LS5A 5P79A 3OU4A 3L5DA 5P1GA 1MERA 4GJ9A 1LYWA 3INEA 5P68A 3NDWA 3SLZA 1HTEA 3EKXA 4Y4TA 4YHQA 3CKRA 2AZ9A 5I3WA 3PLLA 3TLHA 5P5IA 5P73A 1FB7A 4J0ZA 4JPCA 2PK5A 5P8OA 3PM4A 5P29A 4JPEA 2NXDA 1Z1HA 4Y3JA 1MESA 3PWWA 4Y4XA 3DOXA 3OWNA 1C6XA 5P7KA 4Y3ZA 2QD6A 1BVEA 4Y41A 1ZAPA 5P1EA 3S43A 1MT9A 4Y5KA 5P27A 5P5LA 5P84A 5P3PA 2J9JB 5P30A 5P7BA 4LHHA 3HW1A 3L59A 4HE9A 5P8QA 4QGIA 5P2SA 3APPA 1TSUA 1CPIA 3G6ZA 2VIYA 1HPVA 1GVWA 4ACXA 5P5KA 1RV7A 4CPQA 4I1CA 2Q64A 3PSGA 4RLDA 2IKUA 5OZBA 2R9BA 2ZHVA 3PWRA 5AHAA 5IVRA 4H3FA 2O4KA 3MXEA 5P2TA 5JG1A 3HLOA 1PFZA 5P5XA 1SIVA 1W5WA 3OQAA 1N49A 2B7FA 5P2MA 2G27A 2G24A 3OXCA 4D89A 3DV5A 5DQCA 3UCBA 2QCIA 5EZXA 1ZLFA 5P50A 4JP9A 3K5CA 5P1ZA 1MIQA 4YCYA 5IVQA 3LITA 3PSYA 3T6IA 5P0IA 1ENTE 5P8VA 4OBZB 5T4SA 1HHPA 1MT8A 4XXSA 5P2XA 2Z54A 4EP3A 4U8WA 3QRVA 5P0QA 2J9JA 4LBTA 3UDKA 5P65A 5OZXA 4HLAA 3SACA 1C6YA 5P18A 2I4UA 5P3WA 1EC1A 4Y54A 3UFLA 3PHVA 3O9GA 3H5BA 3KM4A 3VSXA 3OHHA 3BUHA 2AVOA 5DR3A 5P4ZA 2VA7A 1DW6C 4Y38A 3ER3E 3VUCA 1C6ZA 2QI0A 4ACUA 2XYFA 5P5SA 3I7EA 2JXRA 5P12A 5P5EA 4F73A 5F00A 5P69A 4YDGA 1HIHA 1KJ4A 2OHQA 4FS4A 3RU1A 1FQXA 5P44A 5DR4A 5P86A 5P51A 3UPJA 4JECA 4OBZA 3LZVA 1KJ7A 2QD8A 3VYDA 2PSGA 3NU5A 1BILA 3INHA 3K5GA 4L6BA 5P0DA 1E81E 4B77A 4J1EA 3URJA 3LPIA 2FNSA 1AXAA 5P0KA 2BPXA 5P0RA 4MC1A 2NNPA 3LIVA 2QNQA 5ENMA 5DR8A 2HIZA 2HM1A 3SA4A 4YBIA 1A9MA 1BVGA 4X2LA 5OZOA 4EJDA 2JYSA 5SZ9A 4GJDA 4TRWA 2AVVA 5P1OA 5P6KA 3Q4BA 4FSLA 1IVPA 2VIEA 3ZKGA 1VIKA 3WB4A 4TVHA 5P4OA 4Y3QA 4ER1E 2NTRA 3K4VA 1HSIA 4L7GA 1UPJA 2ASIA 2AOIA 1T7KA 2QZLA 3WZ6A 1APVE 2JE4A 5P7MA 1DIFA 2CENA 5P06A 3UDMA 1HEGE 1KJFA 5P2CA 3VLBA 4EQJA 5P1MA 1FQ4A 5P6EA 3NU9A 5P5VA 5P8PA 1HTGA 3EL4A 5P3RA 5P7DA 1ODWA 5P5JA 1HVLA 5P0SA 5OYVA 4DVFA 3IA9A 4CPWA 2VA5A 4MC6A 4TRYA 4L7HA 3MXDA 5P6XA 4DH6A 1M4HA 3C9XA 3TH9A 4COEA 4Y56A 1ZPKA 2HS1A 4GJ6A 5ER1E 2ER9E 5P4SA 4PYVA 1Z8CA 3OHFA 4Y5CA 2NR6A 2QMDA 2QAKA 6APRE 1YTIA 3INDA 5P43A 4HEGA 5E5JA 5I3YA 1HIIA 2Z4OA 3LPJA 5P3VA 4Y36A 1EC3A 1EPME 2WF3A 3NSHA 3O99A 4Q1NA 5P5UA 1BWBA 3KFSA 3ZKSA 2B42A 3KMXA 1FMXA 4YCKA 5P5ZA 5KQYA 5P4WA 3URLA 5P3DA 2FNTA 2QU2A 3EKWA 3SQFA 5P70A 2JJJA 5P7AA 4YD3A 4GJAA 5HU0A 4NJUA 4GJBA 3SA5A 5P8RA 5OZTA 5B18A 4QJ7A 4J0VA 1D4SA 4I11A 3QP0A 5F01A 5OZRA 5P34A 3S7LA 2VKMA 3IVIA 3KYRA 4J1HA 3SFCA 3OAGB 3JVYA 3D1XA 1EPQE 5OZ5A 1TCWA 2QHYA 1Q9PA 1FMBA 2VIJA 5P05A 3IXKA 3FIVA 3B7VA 1DMPA 2G21A 3IVHA 3PI5A 5P1HA 2BPYA 1D4HA 5IE1A 3QN8A 2CEMA 2AOGA 5OYXA 4CKUA 1M43A 3M9FA 2V0ZC 3UTLA 2HB2A 4D85A 2O4SA 3S85A 5P4AA 5P7NA 3FNTA 2ZE1A 2I4WA 5P6NA 3PMUA 5P7JA 4I0GA 5P22A 3D20A 1ZJ7A 2P4JA 4LXMA 3UF3A 1ZPAA 5P5NA 5JODA 5P8DA 1D4IA 3DM6A 1OEXA 1MTRA 4ZIPA 2WECA 3VYEA 3WZ8A 3ZKQA 2OHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HBO A;  1ME6 A;  3FNS A;  1APW E;  1LYB A;  4R91 A;  5P7R A;  5P41 A;  3L38 A;  1TSQ A;  5AH7 A;  2G1O A;  2IRZ A;  4I12 A;  3TOF A;  5P3N A;  2F3E A;  2WEB A;  4FM8 A;  1GVX A;  2Q11 A;  2VJ9 A;  2V11 C;  1DP5 A;  4GZF A;  1AVF A;  3IN3 A;  5OYY A;  2QZK A;  5P3Y A;  2R38 A;  3QI1 A;  3L5C A;  5P3K A;  1QBS A;  5P8L A;  4IVS A;  2G26 A;  1MPP A;  5P7I A;  1EPP E;  4YCT A;  2OHM A;  5P75 A;  5P4P A;  5P8N A;  3TPP A;  3ZOV A;  5OZ0 A;  2V10 C;  4NJS A;  4NJV A;  5AH6 A;  3G72 A;  1GNO A;  2VJ6 A;  5OZG A;  1LF3 A;  1ZTZ A;  4EYR A;  5P35 A;  4EPJ A;  1UH7 A;  4F74 A;  3HAU A;  3VSW A;  4OBF A;  3L5F A;  4YOB A;  5P4C A;  2AVQ A;  1OD1 A;  2REN A;  1BV7 A;  2PYN A;  5P5W A;  3OQ7 A;  2ER7 E;  2O4P A;  1EBY A;  3D1Z A;  4ZSQ A;  1B11 A;  4DJX A;  4Y4E A;  5P14 A;  3WB5 A;  3S56 A;  5P49 A;  4Y35 A;  1FG6 C;  4CMS A;  1MRX A;  4ZPF A;  5P2Y A;  1T7I A;  5P24 A;  2FXD A;  4Q1Y A;  3BUG A;  4BEK A;  5SXN A;  3HZC A;  4DJR A;  4ZEA A;  3MWS A;  3VV8 A;  3OXV A;  2EWY A;  1B6J A;  3TPR A;  4F76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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