4QLHA

Crystal structure of drug resistant v82s/v1082s hiv-1 protease
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of drug resistant V82S/V1082S HIV-1 Protease
rcsb
molecule keywords Protease, linker, Protease
total genus 45
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA02
4FGXA 3UDRA 1PPKE 4RROA 2Q55A 1SDUA 5OYUA 1BVEA 3F9QA 5HDUA 3SA4A 2G1SA 1FQ5A 2WF2A 5P17A 2P3BB 4L1AB 5I3WA 3DV5A 5P62A 3ZPTA 5P0MA 1MSNA 4M8XA 3QIHA 4Y3RA 3UDHA 5P1SA 4WY1A 5P81A 4APRE 3B80A 3OGQA 2QK5A 3HZCA 5P3OA 3HW1A 4CPSA 3DCKA 3LIVA 5P84A 3EM4A 3WB5A 3SA9A 2IEOA 2ZYEA 2NR6A 4X2LA 5AH9A 3EL1A 3L5BA 5P87A 4IVTA 3QROA 5OYZA 4EJ8A 3O9HA 3KFPA 5P44A 3ZMGA 3CICA 4ZE6A 1LYAB 2ZHRA 4FCOA 5P7WA 1K1UA 2FNTA 1EBYA 1XN2A 1PPME 1B5FB 2WECA 1HIHA 2QD8A 4Y38A 3BXRA 1LEEA 1APUE 2Q54A 3L5FA 5P5PA 1W51A 1HIIA 3OXCA 4FAFA 4DQFA 1ZPAA 3LPKA 4FRKA 4YA8A 2A1EA 5HDXA 5P18A 5EZZA 4YD7A 5P4XA 3JW2A 2B7ZA 4GYEA 6FIVA 3TPLA 5P3TA 5P55A 5ENKA 4J5JA 4ER1E 4Y5CA 3VYDA 1FKNA 1HTRB 1RL8A 1TSUA 5P4SA 1FQ6A 3R0YA 1ME6A 1C6ZA 5P76A 3UDPA 4EQ0A 1D4IA 3IA9A 4Y50A 1EC2A 1E80E 1B6JA 5OZYA 2P8HA 1FG8C 3CKRA 5P4DA 5OZ0A 5I3VA 2F80A 3TPJA 3CMSA 3NU6A 5P7QA 1XE6A 1APWE 1HEFE 5OZHA 2FLEA 1HPXA 5DR7A 3INHA 5P3VA 4B77A 1D4SA 5P0ZA 5P4EA 4GJAA 2VJ9A 3KDBA 4EXHA 3UHLA 4I0EA 2OHUA 2QI4A 3HVPA 2VJ6A 1ODWA 1N49A 2CENA 2HB4A 5KOSA 5OZIA 3BHEA 5OZFA 4DVFA 3FIVA 3Q3TA 5P05A 5BWYA 2PK6A 3OADA 3LPJA 2WL0A 5P4HA 5P0WA 5OZBA 4EP3A 7UPJA 2QZXA 2RENA 3SA6A 1EPNE 2JJIA 3BVAA 3LZUA 3OQKA 3N4LA 3NUOA 2WEZA 2QZKA 5P4QA 3L5CA 3NUJA 3BUFA 5P1JA 5P09A 5P1GA 1GKTA 1C6YA 3WZ6A 4YOAA 5P8FA 5BS4A 5P0QA 2QI5A 3UCBA 1HRNA 5OZ2A 1W5VA 1RQ9A 3IN3A 3IXKA 3OU4B 5P2JA 1XS7D 1YM2A 4MC1A 5HE5A 5P8VA 1ZLFA 4B72A 3OQ7A 3RU1A 4I0DA 1BBSA 3O9AA 3GW5A 1ZSRA 1GVWA 4QJ7A 4FRJA 3U7SA 5OZ3A 3IAWA 2V13A 1EPLE 5P6NA 3UFLA 4TVHA 3AIDA 3MXEA 5P42A 2Q63A 1GNNA 5P67A 2WF0A 3K5GA 1MPPA 5P6QA 2G1NA 5OZQA 5OZZA 3LZSA 5P8NA 1BILA 2FDPA 3NU9A 5P6FA 5P8UA 5P33A 3T3CA 5P06A 1QBTA 1HVKA 4OBDA 3CYWA 5KAOA 5P2GA 5P3PA 5IE1A 1EBWA 3DCRA 4Y3SA 4RZ1A 5T4SA 3SACA 2VJ7A 5P7MA 1EPOE 3EKPA 4BFDA 2HB3A 5P4PA 2QMGA 5P77A 5DPZA 5P0BA 5P4NA 5BRYA 2WEAA 2J9JB 4Q1NA 3I7EA 4R8YA 4AUCA 3U71A 5ISKA 1C70A 5OZJA 1YM4A 2BPWA 5OZDA 4Y35A 2WF3A 3PWRA 5P3QA 5P5OA 5P1OA 1FIVA 3LINA 3O9LB 1LYBB 3FV3A 1B6LA 3O9IA 4LP9A 5P2LA 5OZXA 3O9GA 2HS1A 1HTEA 1K6PA 3L5EA 4GJCA 3NDXA 5P8LA 1DIFA 2B8LA 1W5XA 2HC0A 3T11A 4CKUA 2PH6A 5P61A 3ZL7A 1LF3A 2QU2A 5P7BA 3B7VA 5HVPA 1A30A 1EBKC 5P2YA 5P7PA 5P58A 4YBFA 4DQEA 2QP8A 3INDA 5P1KA 3U6AA 2XFIA 5P3GA 4Y56A 3ZKSA 2IRZA 3SA5A 3OQDA 4J0ZA 1QBSA 4DQGA 3NYGA 5P6HA 5I70A 5P3HA 3OADB 4J17A 4OD9A 3R1GB 2PSVA 5P5NA 3CYXA 1XE5A 4Y3FA 3PEPA 5JG1A 3UDMA 5P5HA 3QBHA 3VV7A 4Y3YA 5P6GA 1NPVA 3HBOA 3PLLA 4RVJA 3VCMA 3L3AA 4NJUA 4EJKA 2IGXA 4HDBA 1FFFC 5P8RA 3SABA 1BXOA 4QGIA 3EKYA 3OY4A 3UDQA 1LYWB 3D1ZA 3INEA 2QD7A 5P1WA 4YCYA 3LHGA 5P46A 5SY3A 5P78A 5P5RA 1EC3A 4XX4A 3KT2A 1HVLA 4HEGA 1W6IA 2WJOA 3EXOA 3HAWA 1META 2UPJA 2ZJHA 4AZYA 4GB2A 4Z22A 3EM6A 1FEJC 4CPXA 3OQAA 3BXSA 4J1IA 3PSYA 2QNQA 5DR8A 1B6PA 3PVKA 3FX5A 2IKUA 1BWAA 5P0VA 1TW7A 3OAGA 2FDDA 3NU5A 4FRSA 2I4WA 3OUDB 1OHRA 2P3BA 4I0HA 2G24A 4J54A 4DFGA 3RTHA 1B6MA 5P0TA 1W50A 5P0SA 2WEBA 5DR3A 3S45A 3L59A 3QI1A 2O4SA 2IQGA 3EBZA 3KFRA 3PRSA 5P0CA 2NNKA 5P1YA 1T7IA 3SKFA 4DJVA 2WF4A 3BGCA 5F01A 2OHPA 3ZPUA 5P8IA 3Q70A 1HXWA 2Q3KA 4I0ZA 2OHRA 5P40A 5P5CA 3OU3A 5ENMA 4K8SA 2AOHA 1ODXA 1UH9A 1LYAA 3S85A 4GJDA 1LZQA 1LF4A 3ZOVA 4EJLA 5KQZA 3SM1A 5KOQA 3IVHA 5P0EA 4DUSA 2EWYA 1A9MA 3BRAA 2HS2A 5AH8A 5P01A 5P8DA 5ISJA 4IVSA 4Y6MA 3UQWA 5P56A 1JLDA 4CPTA 4LXKA 1T6EX 2O4LA 5P5LA 4ZSPA 4J0VA 3R0WA 2UY0A 5P37A 2AODA 2FGUA 1LF2A 1SGUA 1T3RA 1K6TA 4APEA 2BKTA 5P0OA 1YTIA 2G22A 2PYNA 1ZP8A 5P13A 2ER0E 3MXDA 5P10A 2V10C 5P0DA 4L7JA 2PWCA 2O4PA 1HHPA 1ENTE 2BPVA 2OAHA 5OZGA 1BV7A 5P8JA 2AZBA 4RVIA 3UF3A 3DOXA 2I0DA 3H0BA 2AVOA 5I3XA 5DQCA 4BELA 3OTSA 3K4VC 1MVPA 1K6VA 1IZEA 3L38A 4LC7A 2VA5A 5OZ9A 5SY2A 4I12A 3K5CA 2AZ9A 4Q1XA 4XKXA 4Y4UA 2V00A 4YD6A 1ER8E 5P25A 3GI6A 1Z1HA 2G94A 5OZ1A 3C9XA 3QVCA 4N00A 4R92A 4QJ2A 3L58A 1HSIA 5KR8A 5P1UA 4DQHA 2A4FA 4JPEA 3OAGB 3HD8A 5OYYA 1SGZA 1PFZA 4JPCA 5E5JA 2QNNA 4KE0A 5P5TA 2AVMA 3BUHA 3M9FA 5OYSA 2QMDA 4YBIA 5P38A 5DQ5A 4Y3MA 2SAMA 2XFKA 3OU4A 5P7LA 2ZHVA 3VV6A 1GNMA 4J0YA 1EAGA 5P34A 1SP5A 4HA5A 1FMBA 5P07A 1M4HA 2QCIA 5P0PA 4QJ6A 4Y4AA 5COKA 3T7PA 5OZKA 5P32A 3O9FA 2O40A 5SZ9A 5P6AA 4QJ9A 5OZ8A 2VA6A 2ZJMA 4F73A 2O4NA 4MC6A 1XL2A 1AJVA 5P5DA 3I2LA 1VIJA 5P6ZA 2AOCA 2AOEA 1APTE 4LXMA 5HD0A 4FE6A 1FG6C 4HE9A 2QD6A 2R43A 5P43A 2QHZA 1HTGA 4Y3NA 4BFBA 3EL5A 4LHHA 5P74A 4K9HA 2G1OA 5HCOA 5P0KA 3JVWA 5P5YA 4RRSA 1W5YA 4YDGA 2J9JA 1GVTA 4Y5GA 5FIVA 5P16A 3TOFA 1MTRA 2Q15A 5P2MA 4Y4GA 3I8WA 1KJHA 3APRE 1FQ7A 5HCTA 4AA9A 3EL4A 5P4FA 4DJOA 1KJFA 4Z50A 4NJSA 5E5KA 4I8ZA 5P0GA 5P3CA 3EKTA 5P5GA 3O9LA 5KQXA 4U7QA 1K6CA 1LYBA 1PPLE 3PSGA 7HVPA 3GGUA 5P0UA 5DQ4A 1MUIA 2B8VA 2R5QA 4ZPEA 5P4OA 2IL2A 3EMYA 5P2ZA 5HU1A 3S7MA 3KA2A 4YE3A 3SKGA 1D4LA 4ACUA 5P2UA 2QAKA 4RYCA 2PC0A 4GJ9A 2ZJIA 4NKKA 4HVPA 1DAZC 4R93A 2VS2A 5P6KA 3ZKQA 1IZDA 5P2SA 3ZLQA 4WY6A 3SM2A 2BPZA 3UDNA 5P4KA 4Y5EA 5P47A 2ZJKA 4PYVA 3IGBA 5P39A 4Y4DA 1EPRE 1HSHA 2QZWA 4MC9A 5HDVA 5OYVA 2AIDA 5P2OA 5P0NA 4YD5A 3IN4A 1E82E 3OU1B 2ZDZA 3R2FA 5P63A 5P5KA 1OEXA 1LYWA 1AM5A 3NDWA 1FGCC 2OHTA 4K4RA 1MRXA 2RKGA 5P0YA 5P1AA 5P7JA 5P14A 3OUCA 4NPUA 5P1TA 4Y5NA 1F7AA 3L5DA 1PSNA 1KJGA 2NMYA 4ZPGA 4DI2A 4LXAA 6UPJA 3BVBA 4D8CA 4ZSRA 4I0GA 1DPJA 1CZIE 5HE7A 4GJBA 4B1CA 3SO9A 4I10A 5P2BA 1GNOA 5P6EA 4KUPA 3VUCA 4RLDA 1TSQA 5OZRA 1ZAPA 1C6XA 4OBZA 3OUDA 1BVGA 3TOHA 1EPQE 4RGHA 4J1KA 3I6OA 4PHVA 3OXXA 3K5FA 3O9BA 5P0FA 5P5ZA 5OZOA 4RCFA 4ZLSA 5P04A 8HVPA 6APRE 3DJKA 2BQVA 2ZJJA 5COPA 1HVIA 5P3ZA 2R3TA 5DR4A 3PLDA 3Q4BA 4D88A 1RPIA 4Y4TA 5P7KA 4CPUA 3FNUA 2AOFA 4ZSQA 3NXNA 4Y3PA 3G6ZA 1K2BA 5P1EA 3NWQA 2BB9A 3IXJA 3URJA 1TCWA 3WSJA 4I11A 4J0TA 4L6BA 3GI4A 5P1IA 3NLSA 3R4BA 2OHMA 5P03A 4A4QA 3UQPA 1UH7A 2RSPA 4PEPA 3NU3A 2G26A 3UTLA 3VF3A 1MSMA 3KM4A 5P1NA 1AZ5A 5P6LA 5P7HA 1KJ4A 5P6WA 5P69A 2ZHUA 3NR6A 5P3SA 4Z2ZA 4Q5MA 4OC6B 5OZ7A 5P7VA 4I1CA 4QJAA 1K2CA 2V12C 1E5OE 3NDTA 5P11A 5P08A 1QRPE 3TTPA 5P5FA 4S1GA 3LIZA 3VEUA 5P3YA 3PBZA 3QPJA 2P4JA 2BJUA 1FQXA 1QBRA 1BAIA 4FS4A 4Y51A 5P22A 1M0BA 5P5QA 5P0XA 5P7ZA 1GVXA 2AOIA 2J9KA 5B18A 3G70A 3SFCA 5P8OA 3TOGA 4XXSA 3IXOA 5P0LA 5AGZA 3NWXA 4Y3ZA 4DH6A 5OZ5A 1U8GA 1SH9A 2AOGA 1D4HA 2R38A 5P23A 5P3JA 1M43A 2ASIA 3S2OA 2PK5A 4Y4WA 4CPRA 4Y5LA 5P3RA 3HDKA 4J55A 5IS4A 2JYSA 4DJWA 4J1EA 5P72A 1A94A 1T6GA 1VIKA 5OZ4A 4L7GA 2OHQA 5P5UA 5P8KA 4Y44A 2QI7A 2F81A 5OZEA 5P1QA 1FQ4A 3AUPA 4J0PA 4M8YA 5KQYA 2QZLA 2AZ8A 3LPIA 4OBZB 3ZKGA 2VNNA 4FSEA 4RCDA 4DJUA 5OYRA 5IVQA 4TVGA 1AAQA 1BWBA 2NXDA 5HTZA 4OBJA 4KB9A 3BUGA 5P28A 3G72A 2V0ZC 1GVUA 4U7VA 5P80A 5P12A 1NH0A 5PEPA 5P5VA 5P8PA 5P2HA 5P6OA 3D1YA 4RYGA 5P4AA 3O9DA 4FAEA 4HZTA 1DMPA 3LZVA 4Y3GA 2H6TA 1Z8CA 2NMZA 1K1TA 2B42A 2CEMA 1G6LA 3BGBA 5J25A 3EKWA 5P4JA 5P6RA 2XFJA 5OZSA 1EEDP 2QI1A 3UDKA 3D1XA 4CPWA 3S56A 1APVE 1IVPA 4ACXA 3QN8A 3KDDA 5OZTA 5C9BA 5AHBA 5P6JA 4ZIPA 3UQUA 2FIVA 3EKXA 3OXVA 3CIDA 4QJ8A 2PSUA 3VF5A 1YTGA 2Q11A 2OHLA 3KF0A 2IGYA 3JVYA 4YHQA 4HDFA 5P00A 1HXBA 5P20A 4GJ7A 5P64A 3S54A 2G69A 5P3WA 5OYXA 4A6CA 2V11C 4EPJA 3LZYA 4Y57A 3O99A 1Z1RA 4Z4XA 1AXAA 3HAUA 5P19A 4NPTA 5P8MA 5P7YA 5P7SA 2Z4OA 5F00A 3IVIA 2QI6A 5P6IA 4JECA 3TLHA 3QP0A 5P73A 9HVPA 1XN3A 4Y3DA 5P5EA 2B7FA 3A2OA 1IVQA 5UPJA 3NXEA 2F3FA 4GJ6A 1HWRA 5OZLA 3KN0A 4OBGA 2CEJA 3TNEA 3CIBA 1D4JA 1HVSA 1PSAA 4FM7A 1Q9PA 2I1AA 1QS8A 1SDVA 1FMXA 1A8GA 1PSOE 5OZPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FGX A;  3UDR A;  1PPK E;  4RRO A;  2Q55 A;  1SDU A;  5OYU A;  1BVE A;  3F9Q A;  5HDU A;  3SA4 A;  2G1S A;  1FQ5 A;  2WF2 A;  5P17 A;  2P3B B;  4L1A B;  5I3W A;  3DV5 A;  5P62 A;  3ZPT A;  5P0M A;  1MSN A;  4M8X A;  3QIH A;  4Y3R A;  3UDH A;  5P1S A;  4WY1 A;  5P81 A;  4APR E;  3B80 A;  3OGQ A;  2QK5 A;  3HZC A;  5P3O A;  3HW1 A;  4CPS A;  3DCK A;  3LIV A;  5P84 A;  3EM4 A;  3WB5 A;  3SA9 A;  2IEO A;  2ZYE A;  2NR6 A;  4X2L A;  5AH9 A;  3EL1 A;  3L5B A;  5P87 A;  4IVT A;  3QRO A;  5OYZ A;  4EJ8 A;  3O9H A;  3KFP A;  5P44 A;  3ZMG A;  3CIC A;  4ZE6 A;  1LYA B;  2ZHR A;  4FCO A;  5P7W A;  1K1U A;  2FNT A;  1EBY A;  1XN2 A;  1PPM E;  1B5F B;  2WEC A;  1HIH A;  2QD8 A;  4Y38 A;  3BXR A;  1LEE A;  1APU E;  2Q54 A;  3L5F A;  5P5P A;  1W51 A;  1HII A;  3OXC A;  4FAF A;  4DQF A;  1ZPA A;  3LPK A;  4FRK A;  4YA8 A;  2A1E A;  5HDX A;  5P18 A;  5EZZ A;  4YD7 A;  5P4X A;  3JW2 A;  2B7Z A;  4GYE A;  6FIV A;  3TPL A;  5P3T A;  5P55 A;  5ENK A;  4J5J A;  4ER1 E;  4Y5C A;  3VYD A;  1FKN A;  1HTR B;  1RL8 A;  1TSU A;  5P4S A;  1FQ6 A;  3R0Y A;  1ME6 A;  1C6Z A;  5P76 A;  3UDP A;  4EQ0 A;  1D4I A;  3IA9 A;  4Y50 A;  1EC2 A;  1E80 E;  1B6J A;  5OZY A;  2P8H A;  1FG8 C;  3CKR A;  5P4D A;  5OZ0 A;  5I3V A;  2F80 A;  3TPJ A;  3CMS A;  3NU6 A;  5P7Q A;  1XE6 A;  1APW E;  1HEF E;  5OZH A;  2FLE A;  1HPX A;  5DR7 A;  3INH A;  5P3V A;  4B77 A;  1D4S A;  5P0Z A;  5P4E A;  4GJA A;  2VJ9 A;  3KDB A;  4EXH A;  3UHL A;  4I0E A;  2OHU A;  2QI4 A;  3HVP A;  2VJ6 A;  1ODW A;  1N49 A;  2CEN A;  2HB4 A;  5KOS A;  5OZI A;  3BHE A;  5OZF A;  4DVF A;  3FIV A;  3Q3T A;  5P05 A;  5BWY A;  2PK6 A;  3OAD A;  3LPJ A;  2WL0 A;  5P4H A;  5P0W A;  5OZB A;  4EP3 A;  7UPJ A;  2QZX A;  2REN A;  3SA6 A;  1EPN E;  2JJI A;  3BVA A;  3LZU A;  3OQK A;  3N4L A;  3NUO A;  2WEZ A;  2QZK A;  5P4Q A;  3L5C A;  3NUJ A;  3BUF A;  5P1J A;  5P09 A;  5P1G A;  1GKT A;  1C6Y A;  3WZ6 A;  4YOA A;  5P8F A;  5BS4 A;  5P0Q A;  2QI5 A;  3UCB A;  1HRN A;  5OZ2 A;  1W5V A;  1RQ9 A;  3IN3 A;  3IXK A;  3OU4 B;  5P2J A;  1XS7 D;  1YM2 A;  4MC1 A;  5HE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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