4R5NA

8-tetrahydropyran-2-yl chromans: highly selective beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
400
structure length
393
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 8-Tetrahydropyran-2-yl Chromans: Highly Selective Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 393
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r5nA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r5nA02
4S1GA 3ZKMA 2ZJLA 1MIQA 2AIDA 1D4IA 4PPHA 4Q1NA 2P3CA 1TCXA 2WF1A 5AGZA 5I3YA 4WY1A 3RTMA 3I6OA 4DVFA 4BELA 3IN4A 3WZ8A 2OHUA 1K2BA 2I4WA 1QS8A 3S45A 2ZJJA 1HIHA 3INDA 5P6AA 1NSOA 5P4QA 4GIDA 5P83A 1MTBA 4R92A 1HXWA 2OHTA 4JPEA 5P5BA 4YD3A 5P3MA 3VF7A 3AUPA 4Q1YA 2QI5A 2Z54A 3D1YA 3BUHA 3TKGA 5DPZA 3EKQA 1M0BA 2V11C 5P3KA 4EP3A 2VIYA 4YDGA 1BBSA 2HB2A 4GJ7A 1EPOE 5EZXA 5P8LA 5P3JA 2QI0A 5OZLA 5P3DA 4BFBA 5P5SA 4FRKA 3DK1A 3I7EA 4Y38A 3UDPA 2PSUA 4K8SA 5P7SA 2RMPA 1GNMA 1CPIA 2I0AA 1DPJA 4ZPEA 2IRZA 3FIVA 2FXDA 4Y5AA 5P0FA 2Q15A 3OUDA 4PHVA 4Y3RA 5CLMA 3HDKA 4AMTA 5P04A 2O4KA 2R5PA 5F00A 5P3GA 4Y3FA 1ENTE 4ER4E 1IDAA 3EC0A 5P6MA 2Q3KA 3INFA 3WB5A 4Y3YA 5P60A 3INHA 4CPTA 4FIVA 5P78A 3QROA 3VYFA 1PFZA 4GJ6A 4KB9A 5ER1E 5P2DA 1AIDA 3EL9A 1K1TA 3IVHA 5P40A 5P20A 1XE6A 4H3GA 2QD6A 2FS4A 1ZSFA 5P0JA 3SQFA 1C6YA 3TLHA 1HTGA 5P3RA 2B7FA 3K1WA 1YTIA 3N3IA 3PVKA 3G70A 3HD8A 3RU1A 1FLHA 3ZPUA 3OU4A 3HVGA 5P7TA 1GNOA 2AVMA 5P3TA 3VCMA 1PROA 1JLDA 4OBDA 5P1KA 2QNQA 1PPME 1K6CA 3WSJA 1LF2A 5P6NA 4OD9A 3TKWA 3EKYA 2V16C 4DQGA 1QBSA 5P4UA 5B18A 1C6XA 4N00A 4RCEA 2F8GA 4OBZB 5P52A 5P3XA 1AZ5A 1K6VA 4XX4A 3OADA 2ER9E 2QHCA 3UFLA 3L59A 3EM4A 1BWBA 3HAUA 5P12A 5P36A 2WECA 4CPRA 4HVPA 3HBOA 4Y45A 3ZL7A 1LYWA 1ME6A 2B60A 3IVIA 1G6LA 5P1LA 3URIA 4Y3GA 4DPIA 5P1MA 4Y5KA 3PM4A 5P8SA 5P5MA 2QHYA 1MSNA 1HPOA 2O4PA 2FNTA 2JE4A 5P6IA 3S8IA 2G22A 1KJHA 1SDVA 4KE1A 5KAOA 1ER8E 5P5UA 1RV7A 1K2CA 4DQCA 4J1FA 1W5VA 5P8TA 4B78A 5P5EA 3DM6A 3Q4BA 1LEEA 5P49A 4FM7A 5P5JA 5P1HA 3ZKXA 1RL8A 2CEMA 3OTYA 5P0SA 5KQXA 4I8WA 5P59A 3BHEA 4I10A 3NDWA 3H0BA 2OHLA 2JJIA 5HTZA 3CIBA 3EKWA 5P10A 4NJVA 2Q63A 5AHBA 1NH0A 2V12C 2QMDA 2ZHUA 4Y39A 5P72A 1EC3A 2PYMA 5P79A 3NU4A 3HZCA 3ST5A 3OUBA 4YCKA 2Q11A 5P16A 3GI5A 5P31A 2VJ9A 5SXNA 3OGPA 1GVVA 1VIJA 5P5IA 5P4PA 2NTRA 2UPJA 3D1ZA 4EHCA 1XN3A 4LXMA 2V00A 1MT8A 1OD1A 2G26A 5P1QA 4I0FA 4L7JA 5P6OA 1W6IA 2NXMA 7HVPA 3NWQA 4GJ5A 3OAGA 4CPQA 5IVQA 4B72A 1BV7A 4I0GA 5OYWA 4CPUA 5P0NA 7UPJA 1CMSA 5P17A 1HEGE 4XKXA 3UQWA 1W50A 5P6WA 5APRE 1KJ4A 5P08A 3UDJA 5P7JA 4MC9A 3OOZA 3Q3TA 5P2NA 1FQ6A 4Y3WA 2WEZA 1BXQA 1W5WA 1B6PA 2I4DA 5P5ZA 4WTUA 3KF0A 1MT9A 3ER5E 5P0MA 2BB9A 3KFRA 3R2FA 5P4GA 1BWAA 5P2ZA 5P2FA 2B8VA 5P50A 1FQ4A 2B7ZA 5P4SA 5P5GA 8HVPA 5P1IA 5P80A 5P8NA 4Q1WA 2B8LA 3PRSA 4DJVA 1D4KA 4K4RA 4A6CA 1FFFC 2QCIA 4L7GA 3QBHA 4I8ZA 5OYTA 5P2XA 1HIVA 4Y5NA 4Y48A 1FIVA 4R8YA 5P4BA 3UDRA 5P7AA 4LXAA 5OZIA 5P8KA 2Q5KA 3QRSA 4NKKA 5CONA 4FCOA 4BEKA 5OZVA 5P6VA 4Y35A 3QVIA 2QI4A 1TQFA 3PBZA 4MC1A 2FDEA 3HAWA 1MRWA 4J0PA 1PPKE 5P3QA 1EEDP 1WKRA 5P41A 5P7LA 5P8MA 3U71A 4B05A 3EMYA 1UH8A 1HTEA 5P29A 2J9JB 2WF4A 4Y4BA 4CPSA 3DCKA 5P4RA 1D4YA 5JFUA 2IGYA 1YG9A 1MVPA 1SIPA 2BKTA 1FFIC 5OZDA 5P87A 3S43B 3BVAA 2XFJA 4ZSPA 5P02A 5P0EA 3KN0A 1E80E 2H6SA 4QGIA 1A9MA 3NYGA 5OZRA 3NWXA 5P5AA 4EJKA 5P4FA 3T11A 1C70A 4Q1XA 1GVTA 1W5YA 3D20A 4H3IA 5P45A 5P3AA 4GJAA 4Y3XA 4DQBA 3QN8A 5P6XA 3PSYA 1BVGA 4B77A 1MRXA 4Y5EA 3URLA 4ZSQA 3SO9A 3KFNA 5KR0A 3LIXA 4AZYA 5HDVA 2ZDZA 3UQXA 5P8OA 5AHAA 3PI5A 3PSGA 4RVXA 4D83A 2G1OA 1B5FB 4DJRA 3KMXA 3PMUA 2BPYA 4PZWA 4Y3QA 2ER7E 5OZCA 5P48A 3NU9A 3QRMA 4DQEA 4RVJA 5P71A 4YBIA 1LYBA 2FIVA 2PK5A 5P24A 4GJCA 3MXEA 5P27A 1M43A 3EL0A 2I0DA 5P6CA 2NPHA 1B6KA 3NDTA 5P1YA 1G35A 4DJYA 3SA4A 3UPJA 1YX9A 2P3BB 3O9GA 5P46A 4L7HA 5F01A 4I0HA 5ER2E 4EWOA 3EL5A 4FS4A 6UPJA 3JW2A 2WEDA 3UDKA 4Y9WA 3QIHA 3R1GB 1Z1HA 2BBBA 1B6MA 3BUFA 3O9LA 3SLZA 2VNNA 5C9FA 4CKUA 1GNNA 2QMGA 2P4JA 3RTHA 2QZWA 4GYEA 5PEPA 4OBFA 1K6TA 1VIKA 1A8KA 3KFSA 4RROA 5DR7A 5P7HA 3O9CA 5P1BA 5P1XA 2RKGA 4KE0A 5P81A 3GGAA 3D91A 3S7LA 5P8GA 3Q6YA 4YOAA 1D4SA 1ZTZA 5P76A 3EKTA 1RQ9A 4UPJA 2F3KA 3CKRA 3EKVA 4Y3TA 4GJ8A 2QP8A 2ER0E 4CMSA 2VIJA 3H5BA 3L3AA 5P1FA 4QJ9A 2PK6A 4Y4JA 4Y41A 1G2KA 3GW5A 5P8HA 4DI2A 1IDBA 5P7PA 2AVOA 2AOIA 5P3PA 4EJ8A 1PSAA 2IL2A 4Y3AA 5P85A 3LZUA 1CZIE 3UDQA 4Y4ZA 2VA5A 5P0RA 2NMYA 1HTRB 2WHHA 4ACXA 3LPKA 5OYSA 5OZHA 4RCFA 5P09A 5P2MA 3OXVA 3DV1A 5P1TA 3OUCA 4Y47A 3SA5A 5P4VA 1FQ8A 5P7UA 4F76A 3OQAA 5P7VA 3FX5A 3NUOA 2NMZA 2O4NA 1F34A 2QZKA 4H1EA 1OHRA 1APTE 5HE5A 2AOEA 3VG1A 4FL8A 5OZMA 1EPNE 4B1CA 4LHHA 4CPWA 1PSNA 2WF3A 3OHHA 5AH6A 4YDFA 1EPPE 4F73A 2I4XA 5P55A 5P4IA 4Y3DA 5P2YA 2A4FA 5J25A 4Y4DA 4Z2ZA 1HWRA 1FG6C 3A2OA 1QBTA 3SA3A 4YD5A 3TPPA 5HE7A 4ACUA 4QLHA 2BJUA 4LL3A 4LP9A 2QI6A 2R8NA 3TPJA 4QJ7A 5P0DA 4QJAA 2FDPA 5P6GA 4LBTA 4Y4UA 4RRSA 4CPXA 4X7IA 2J9KA 5P2VA 5P7NA 3APPA 5EZZA 5JODA 3TOFA 5P05A 5OZ5A 2AZ8A 1PSOE 3NSHA 5OZEA 1W5XA 4APEA 2OHNA 3ZPSA 2IEOA 4A6BA 3S54A 2V13A 3ZKIA 2QD7A 1EPME 3S56A 3PCWA 1SP5A 3SM1A 4M8XA 4B70A 5OZWA 3K5DA 4U7QA 3R4BA 5I70A 4FSLA 3NU6A 3QVCA 3WB4A 5P01A 1ODYA 5P47A 3EM6A 5P2CA 5P0VA 3O9IA 1D4JA 2XYEA 3VSWA 5P6BA 5P6KA 5DGUA 3T7PA 3QAAA 5HVPA 3G6ZA 1LF3A 1TCWA 1YM4A 1EC0A 1LYWB 3M9FA 5P4OA 5P69A 5P66A 4ZEAA 1B6LA 1APUE 5OZ8A 3LZSA 4YE3A 5FIVA 3SAAA 1DP5A 2VA6A 3OU1B 2PSGA 5P6HA 3IXJA 3CICA 3BXRA 2OF0A 5COOA 5P39A 5P8DA 4EJLA 5BWYA 4J1CA 1A8GA 3UDNA 4AUCA 1MSMA 1BAIA 4K9HA 5KQZA 3WZ6A 3ER3E 3LNKA 4Y6MA 2Q55A 4ZSRA 5P1JA 2V10C 5P5LA 5P4LA 1FQXA 4Y5BA 5P2OA 3TNEA 3ZPTA 2WJOA 3FNUA 1SDTA 5P62A 4NJSA 1LV1A 1GVXA 3LPJA 1HOSA 1GVWA 1T6GA 2VIEA 2ZGAA 5SZ9A 5OZJA 3INEA 3PWWA 5P3OA 3KDCA 4NPUA 4RRNA 1HHPA 2ZYEA 5P4NA 5AH9A 1AJVA 3UQPA 3GGUA 2PMAA 3HW1A 4FE6A 4DUSA 2AZCA 1ODXA 3VFAA 5P3BA 1TZSA 5P32A 3ZKGA 4JECA 2NXLA 5OYQA 4TRZA 4OC6A 4JP9A 3OQ7A 1SDUA 3CYWA 5P4JA 3VYDA 1D4HA 2OAHA 4H3JA 5OZXA 1MEUA 4Y54A 3NUJA 1E82E 3O9DA 1EBZA 5P2QA 5P1EA 5P0GA 2ANLA 2FGUA 4DJUA 3LHGA 5P5CA 5HU1A 1OEXA 4B00A 1ZPAA 3MWSA 3EKPA 5P0BA 1HVJA 1W6HA 5P3HA 2WL0A 3DV5A 4Y36A 5T4SA 4Y5PA 4YCYA 5P19A 5P4YA 4D8CA 1IBQA 1T7IA 4J1KA 1LF4A 4FLGA 3QPJA 5P70A 5COKA 2R3TA 5P6PA 1IZEA 3TPLA 1HVCA 3FSMA 3PWMA 4J1EA 3Q70A 1YT9A 5P37A 5P8UA 4EXGA 1HSHA 2OHPA 4TRWA 1FB7A 2R38A 1AAQA 1EPRE 1UH7A 5P88A 1HSIA 5P3ZA 5P3FA 3OQKA 2G20A 1LZQA 5COPA 5OZBA 4Y4XA 2AOFA 4I0EA 3ZKSA 5SY3A 5DQ5A 3RTNA 1F7AA 5HD0A 2IKUA 6FIVA 3EL4A 4Y5CA 1BXOA 4D85A 4DJPA 6APRE 3UHLA 3DUYA 1HVSA 2IKOA 5OYVA 4ZLSA 5P8BA 4QJ2A 4Z22A 3SA9A 1WBMA 5P4CA 5P2SA 5P67A 5P2WA 1MESA 4F74A 2VJ7A 2QK5A 2BPXA 3NU3A 1T6EX 3NU5A 5SY2A 1BILA 5OZ6A 3O99A 5HDZA 1HVIA 3T3CA 4J0ZA 5P03A 3DCRA 1ODWA 5OYXA 5P2RA 2R43A 4DJWA 2XFKA 5P0AA 4COEA 2R5QA 3PJ6A 2WEAA 3IXKA 1W51A 3UTLA 5I3WA 4RYCA 2P3AA 4L1AA 5P53A 2JJJA 2NNPA 1DIFA 1FGCC 1APVE 3R0YA 4DJXA 2AZBA 1ZPKA 2AOCA 5P5PA 3OXWA 5P4TA 5KQFA 4ZIPA 2IDWA 3OGQA 3TL9A 2ZJKA 4PZXA 2G1SA 5BRYA 5P3VA 4HDFA 5P2KA 4DJQA 3JVWA 4OBKA 4KUPA 1HVHA 5P8CA 3VV8A 5OZ3A 3VYEA 2PQZA 5AH8A 4Y37A 2SAMA 4DQFA 4Y5GA 5C9DA 2OHKA 2G1YA 4Q5MA 3IGBA 4Y3HA 5P5RA 3I2LA 5HE4A 1IZHA 5HDUA 4LAPA 5P6FA 2VNMA 3PBDA 2FNSA 3L38A 1IVPA 5OYRA 4R95A 3CKTA 5P3NA 5P5VA 2QHZA 4PYVA 4Y4WA 2G21A 3OXXA 5P8AA 1E5OE 2BQVA 1PPLE 5P6DA 5P0HA 4Y4EA 5IE1A 3TTPA 1EBKC 2XFIA 2ZJMA 4GZFA 3K5GA 5OZNA 2ZE1A 5P7KA 4TRYA 4I0ZA 2J9JA 3EL1A 4FRIA 4OBHA 1T7KA 1G0VA 3KFPA 2Q64A 2ER6E 4K4QA 1LYBB 4I0DA 3G72A 1GVUA 5P5FA 5P0XA 5OZOA 5OZ2A 3S43A 1K1UA 1LYAA 5P8QA 2VIZA 3KA2A 3VUCA 1SMEA 1D4LA 3SA8A 5P6ZA 1BV9A 1RNEA 4M8YA 1ZBGA 2G1NA 3MSJA 5P0YA 4Y44A 3S53A 1KJGA 2FDDA 3OU3A 5P38A 2ZHRA 5P44A 4I0IA 1EBWA 3O9LB 4J54A 5ISJA 1BDQA 4CP7A 4HE9A 4MC6A 5P3YA 4B1DA 3UQUA 3PWRA 5P0CA 5P5WA 1HSGA 2IGXA 1ZAPA 3GI6A 1HIIA 5P0TA 4BFDA 5P30A 2H6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4S1G A;  3ZKM A;  2ZJL A;  1MIQ A;  2AID A;  1D4I A;  4PPH A;  4Q1N A;  2P3C A;  1TCX A;  2WF1 A;  5AGZ A;  5I3Y A;  4WY1 A;  3RTM A;  3I6O A;  4DVF A;  4BEL A;  3IN4 A;  3WZ8 A;  2OHU A;  1K2B A;  2I4W A;  1QS8 A;  3S45 A;  2ZJJ A;  1HIH A;  3IND A;  5P6A A;  1NSO A;  5P4Q A;  4GID A;  5P83 A;  1MTB A;  4R92 A;  1HXW A;  2OHT A;  4JPE A;  5P5B A;  4YD3 A;  5P3M A;  3VF7 A;  3AUP A;  4Q1Y A;  2QI5 A;  2Z54 A;  3D1Y A;  3BUH A;  3TKG A;  5DPZ A;  3EKQ A;  1M0B A;  2V11 C;  5P3K A;  4EP3 A;  2VIY A;  4YDG A;  1BBS A;  2HB2 A;  4GJ7 A;  1EPO E;  5EZX A;  5P8L A;  5P3J A;  2QI0 A;  5OZL A;  5P3D A;  4BFB A;  5P5S A;  4FRK A;  3DK1 A;  3I7E A;  4Y38 A;  3UDP A;  2PSU A;  4K8S A;  5P7S A;  2RMP A;  1GNM A;  1CPI A;  2I0A A;  1DPJ A;  4ZPE A;  2IRZ A;  3FIV A;  2FXD A;  4Y5A A;  5P0F A;  2Q15 A;  3OUD A;  4PHV A;  4Y3R A;  5CLM A;  3HDK A;  4AMT A;  5P04 A;  2O4K A;  2R5P A;  5F00 A;  5P3G A;  4Y3F A;  1ENT E;  4ER4 E;  1IDA A;  3EC0 A;  5P6M A;  2Q3K A;  3INF A;  3WB5 A;  4Y3Y A;  5P60 A;  3INH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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