4R91A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(cyclopentylamino)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A02
2AOGA 2HM1A 4M8XA 1AM5A 5P49A 5P0SA 3VV7A 1AXAA 1PFZA 3EKPA 2R38A 3O9IA 3CIDA 4HZTA 5P83A 3KDCA 4F73A 4K9HA 1W5YA 2I4DA 3MSJA 4MC1A 1A8GA 1XE6A 4PPHA 5P2YA 2P3AA 1C6ZA 3VLBA 1LF4A 3IXKA 3PWRA 3OUDA 5P0KA 5P5RA 3I8WA 4ZPGA 4R92A 4YD4A 5ER2E 5P4VA 4M8YA 4U7QA 4L7GA 4AA9A 4RCFA 5P3DA 3CYXA 5P1YA 4J0ZA 5P08A 3L5DA 5P7YA 1A8KA 2IRZA 5P5UA 3KA2A 3U71A 3SA4A 3VYEA 2WF1A 1UH8A 2WF4A 5P2UA 3LZYA 4D8CA 1C6XA 3L5FA 1RQ9A 5P5HA 2OHNA 3RSXA 2RMPA 1SDVA 2NXDA 2WL0A 1K6TA 2WHHA 4PYVA 1E81E 2PSVA 5P5TA 4LC7A 4Y3LA 4J0YA 1GVUA 4YBIA 3LIZA 2QI5A 4NJTA 5P16A 3O99A 1BVEA 2WF3A 2HS2A 1CZIE 3ECGA 3KN0A 4EXHA 1IDAA 4Z22A 2ZDZA 5P1EA 3OQ7A 5P0LA 3URIA 4X7IA 3LPJA 4LXAA 5P72A 3H0BA 3VSWA 3I2LA 5EZXA 5P67A 3T3CA 5P4RA 1ENTE 4I0IA 1HPSA 2Q63A 4ZPFA 1SDTA 2ZJIA 4GJ7A 3LZUA 3GGUA 1HSHA 5P7TA 1QBRA 1WBKA 1BBSA 5P4XA 1SP5A 5P2FA 3NU5A 1MEUA 5P2KA 4Y5PA 3IXOA 2V0ZC 6APRE 3Q4BA 4ACUA 5OZCA 5P2EA 1T6GA 3ZPSA 1MSNA 2IKOA 1HTRB 1HEGE 5P2JA 4Z2ZA 5P64A 4GMIA 5P5SA 3BRAA 1NH0A 2RKFA 4L6BA 5P11A 5P2IA 5P89A 4DH6A 4RROA 3PHVA 2ZYEA 3SA8A 1HIHA 5OZJA 3IGBA 2Z54A 2OHRA 5P07A 5P8JA 4HLAA 1W51A 3DUYA 1M43A 4CPWA 3ZL7A 4COEA 1FG6C 5P77A 3VYDA 5OZVA 2PWRA 3LNKA 3ZLQA 1MTBA 5P0EA 3O9LB 1YG9A 4EXGA 3HVGA 2R8NA 3OADA 4YCTA 1GKTA 2JJIA 2SAMA 5JG1A 1HVKA 1YTGA 3UTLA 5P1WA 5P0CA 1ODXA 4QJAA 5OZKA 3LHGA 5KQFA 4Y50A 5P7KA 1Z1RA 2VNNA 1Z8CA 3MSKA 4NKKA 5P4PA 5P7WA 4B05A 4Y47A 5P6NA 5AH8A 3APPA 5P5KA 1BXOA 1ME6A 5P50A 4FM8A 5P39A 3LIXA 5P1LA 1D4LA 2BQVA 4PZWA 3UQUA 1YM4A 4Y56A 4A4QA 5KR2A 2F81A 3GI6A 3BVBA 5P3GA 1JLDA 5P7AA 5KR1A 3BHEA 4Y4ZA 4DVFA 1BXQA 3QRSA 2AOFA 5P6TA 3TKGA 3D1ZA 3DV1A 3QRVA 4YCKA 1LS5A 2QZWA 5I70A 5OZ7A 2I0DA 5P1JA 4YD7A 3WB5A 5CLMA 3L3AA 5OZWA 3S8IA 4PZXA 1D4YA 2P8HA 3FNUA 5DQ5A 1LYWB 2QD6A 5P79A 2APRA 2ZJMA 5P0JA 1W5VA 5ENMA 5P0PA 1HSIA 2RKGA 2WF2A 3PSGA 5HCOA 3ZKQA 4DV9A 1XS7D 3DOXA 1E80E 4HA5A 5P76A 3NR6A 4HDBA 3TPLA 3QRMA 1EPLE 2G69A 2UXZA 3EL1A 1IDBA 2J9JB 4RVXA 4DJXA 5P24A 5P5AA 1FQ6A 1ZP8A 2NTRA 3SFCA 3LZSA 3BUFA 2WKZA 1PROA 4DQHA 4DUSA 5P3MA 3UQWA 5P2XA 3KFSA 5P5MA 1TCXA 5P65A 3KDBA 3VV6A 5SY2A 2QNNA 4Y3NA 5P1AA 5P8DA 5P0YA 5P6MA 3D20A 3PMYA 5OYTA 4DJOA 5P5ZA 5P57A 6UPJA 1W6IA 4F76A 4Q5MA 5F00A 3FKTA 5P1GA 5DGUA 4LHHA 5P5PA 2AOEA 3SA3A 2FS4A 2VJ9A 4Y3SA 5P4OA 5P2OA 5ISJA 4WY1A 5OZUA 2B60A 5P1CA 3UHLA 5OZFA 3EKVA 3QBHA 4XX4A 4B00A 1FG8C 3TOHA 5P87A 5P0HA 3TPRA 3QI1A 2ZJNA 2XFJA 3IVHA 3AIDA 4EPJA 5P48A 3ST5A 1K1TA 4Y3XA 3OUDB 3O9HA 1XE5A 4K4PA 5P4UA 3T7PA 1FGCC 5P2GA 2RENA 1IBQA 4YCYA 1FQXA 3L5EA 2QD8A 5OZDA 4CPTA 4ZE6A 5P29A 4LXMA 4FGXA 3KDDA 3QBFA 5P5OA 1B6LA 2F3KA 5COKA 3TTPA 4RVJA 3O9LA 5OYXA 6FIVA 1APWE 5P59A 3INEA 4DQFA 3UQPA 5OZPA 1D4IA 1DP5A 2IL2A 2HPFA 4I8WA 5P6PA 5P27A 1N49A 5P7GA 1XL2A 1OHRA 5HE5A 4Y3RA 3WZ6A 1IVPA 1LEEA 4Y5KA 5P1OA 5P25A 3APRE 1APVE 4J5JA 3OQAA 4YHQA 4Y4EA 3BUGA 3K5GA 2FNSA 1KJ4A 1SIPA 5P6KA 4CPSA 3QS1A 2AVSA 5HU0A 4XXSA 2HPEA 5P0MA 5P46A 5P3PA 4FRIA 3R4BA 3NDTA 5HU1A 1GNNA 5P09A 1PPKE 4H3GA 3OUAA 3IN4A 4B1CA 5OZ3A 3EL5A 4FLGA 4EHCA 4CPRA 3CKTA 5P7QA 3D1XA 1TCWA 3D91A 3ER5E 4RZ1A 3SA9A 4K8SA 4APEA 3EKQA 4DJPA 3EL4A 2F80A 2QP8A 4APRE 1TW7A 1C70A 3AUPA 2F3EA 5P5XA 4LAPA 3IN3A 5P8HA 3PSYA 1D4JA 2PH8A 5P73A 5P8EA 2QNQA 3M9FA 5P31A 3KF0A 1XDHA 5EZZA 1FQ5A 1EAGA 1UH7A 3PEPA 4LBTA 2G27A 5P4AA 1A94A 2QI3A 4R91A 3LIVA 2FLEA 5P1NA 4FM6A 5P1VA 4R93A 5P56A 5OZEA 4D83A 3GI0A 5P26A 4Y36A 2V13A 4OBDA 2PYMA 3N3IA 3OADB 1M4HA 4DQBA 4YOBA 4Y43A 2HB4A 1A9MA 5P6SA 5P5BA 5P20A 2NNPA 2V00A 5P43A 1ZJ7A 5OZQA 1FB7A 4HDPA 2AZCA 1G6LA 5P0XA 4Y4TA 4Y4AA 4EP2A 1OEXA 4TRYA 3JW2A 4TRWA 2G20A 1A30A 3C9XA 2VKMA 5P1PA 2G26A 5T4SA 1PSNA 3WSJA 3ER3E 1FMBA 1TZSA 3KMYA 5P7DA 5P3SA 3VV8A 5P8VA 2ZHRA 3UFNA 2QHZA 4Y3EA 1DW6C 5P2ZA 4F74A 2AQUA 1G0VA 2WF0A 2IGYA 3OQDA 1MSMA 5P8CA 3QIHA 5P3OA 4QJ7A 3S7MA 2V10C 1FFIC 2PSGA 5DR3A 5SXNA 3EC0A 4FS4A 3SABA 1ZPKA 5P0WA 3H5BA 4Y4BA 4GJ6A 2VIEA 3PLLA 5P03A 3UF3A 5P6BA 2G1NA 5P1BA 4B70A 3Q5HA 4HE9A 2Q54A 1EPME 1BAIA 1YTIA 2OHQA 3S54A 2VS2A 3GW5A 5P14A 3OGQA 4Y3FA 2OHTA 2V12C 5FIVA 5IVSA 3RSVA 3HAUA 3VG1A 4FL8A 3NU9A 3B7VA 4I0ZA 3LPIA 3OWNA 3K5FA 3B80A 2AIDA 3UDPA 2AODA 1ER8E 1PPLE 2AOJA 4DQCA 4GZFA 5OZYA 2HS1A 3PSUA 5P12A 4D85A 2I4VA 3EM3A 5P02A 2QI7A 3UPJA 4NJUA 4Y4DA 5P3KA 5P30A 5P8GA 3ZPTA 4BEKA 2G1SA 4H3IA 3MSLA 3LPKA 5P7BA 4JECA 3VUCA 2IEOA 5ENKA 2ER9E 2ASIA 3SLZA 4ACXA 3O9DA 2QD7A 1HXWA 4B1EA 5E5JA 5OZZA 2FGUA 2FIVA 4I0EA 5P7PA 2O4PA 1ZPAA 4EP3A 4H3JA 3EL0A 1FKNA 3TLHA 5P88A 2VIZA 5OZTA 5OZ8A 3BC4A 3S43A 1YX9A 3QPJA 4RLDA 1EC3A 1HPOA 5HVPA 3OUBA 5JODA 3BGBA 3NXNA 2PMAA 5P54A 5P4IA 5HDUA 2FDDA 4QJ9A 5P5QA 1HPVA 1QBTA 5P2CA 2QU2A 5CONA 5E5KA 4Y58A 3NDXA 4FSLA 2BKTA 4OBHA 4FIVA 2G24A 3L38A 5P23A 4B1DA 3PI0A 2FXDA 4FAFA 3EM4A 3FIVA 3F9QA 5I3VA 1C6YA 4RGHA 1T3RA 5P0BA 3ZKSA 1EBWA 4Y4WA 5DQ1A 2ER0E 4YBFA 2JXRA 5SY3A 4Y5GA 4I10A 2R43A 1FMXA 4EQJA 4TVHA 5P3IA 4HDFA 4Y5AA 1K6CA 4FAEA 4Y5LA 3S2OA 4FSEA 5KR0A 3RTHA 3K4VC 4R8YA 4OBGA 5P4LA 3CKPA 2ZJLA 1MVPA 4DJWA 4J1FA 5DQCA 4Y4JA 5P4SA 2QI6A 4TVGA 2XFKA 2OHLA 2XFIA 5OYRA 1K2BA 4ZSMA 5OZNA 2AOHA 5P3QA 3N4LA 2QMGA 1LV1A 5P41A 3HAWA 3EM6A 5P42A 1RL8A 3VLAA 5HTZA 2PK5A 2Q55A 5J25A 5P0UA 5P71A 1SBGA 4HEGA 2UPJA 1EEDP 3PGIA 4WTUA 5P3YA 2A4FA 5OYSA 1RV7A 5P7SA 5P3XA 2P3CA 1MPPA 2BPWA 1HRNA 5P4DA 5P7ZA 2IKUA 4FM7A 4AZYA 2B42A 2VJ6A 3OQKA 5P3LA 5P6GA 2VA6A 5P2QA 2P3BA 3URJA 5BRYA 1ZSFA 5DQ2A 3DV5A 5HDVA 1UH9A 5P04A 2BPVA 1HIIA 3K5CA 1CPIA 5P8TA 2PK6A 4CPUA 2FMBA 5P6FA 5KQXA 2G94A 2UY0A 5P2NA 4Y3PA 3WZ7A 2BKSA 4GYEA 1LF3A 3K4VA 2QZKA 5KAOA 5KQZA 3PB5A 5DGWA 1FIVA 1LYBA 1MT9A 2AZBA 2O4KA 2ZHUA 5P5EA 2QI4A 2B8VA 5P4EA 3G70A 3OU1A 4QGIA 1HTFA 3BVAA 4DJYA 3HW1A 5P0ZA 2BB9A 2F8GA 5P1ZA 1F7AA 3SPKA 5OZ0A 1DMPA 3UDRA 5P1XA 4NJVA 2ANLA 5P7CA 2J9KA 4Y3ZA 5P1MA 5P8LA 1HWRA 5OZXA 3ZKGA 4J55A 4JOOA 2BPXA 4QLHA 1T7IA 3O9AA 4J0PA 5P8UA 5P34A 5P2AA 2FGVA 2O4LA 3OAGA 3OU4B 4L7JA 1FEJC 5I3YA 4B78A 4Y3HA 1MTRA 1GVXA 5P3UA 5P6ZA 5P51A 5P32A 5P5FA 5P3CA 1K2CA 3RU1A 1IZIA 2R9BA 2AVMA 2JYSA 5AH6A 4JPCA 4LXKA 5P5WA 5P61A 3CKRA 3PWWA 3PBZA 3OTSA 5P6OA 4DJQA 4Y37A 1BVGA 3KT2A 5P5IA 5P4KA 3U7SA 4IVSA 3EKWA 5P8PA 5P19A 5UPJA 4GJAA 2MIPA 2XYEA 4Y3GA 5P3FA 4ZLSA 4K4RA 1MIQA 3NLSA 5AHCA 3VEUA 5BWYA 3FNTA 1W5XA 4EJLA 3ZKNA 3FNSA 5ISKA 1QBUA 1BV9A 3PCWA 4Y5MA 4Q1XA 3KFRA 3FV3A 3VFBA 5DR1A 5P8IA 1BV7A 5P3AA 2FDPA 3UCBA 2A1EA 3LIQA 2PYNA 4MC2A 2P4JA 5OZMA 5P6DA 4OC6A 5P0QA 1M0BA 1MT7A 3L58A 4DFGA 1APUE 3PRSA 4ZIPA 1GVWA 3PLDA 5OZSA 1GNOA 4DJVA 5IVRA 4D89A 5F01A 1GVVA 3K1WA 3FX5A 5OZ1A 3SA7A 5PEPA 2ZHVA 1D4KA 2P83A 2Q3KA 4I0JA 4Y6MA 3T6IA 5AHAA 3INHA 1XN2A 3JVWA 5P45A 1HVJA 1HOSA 4J0VA 2QNPA 3PBDA 3GI5A 3R0WA 3BXRA 3Q70A 4YOAA 4ZSRA 3ZKXA 4Y3MA 5P2TA 5P4BA 3A2OA 5P6UA 3EKTA 4I12A 5P4ZA 4CMSA 4EJDA 3Q3TA 5KR8A 3Q6YA 3UDYA 1T6EX 5P0NA 4RVIA 3UQRA 5P80A 1B5FA 5P4MA 4A6BA 1G35A 1AIDA 1T7JA 3QN8A 4I8ZA 1BDQA 2I4QA 2VA5A 3PCZA 4R95A 4LL3A 1IVQA 2QCIA 5P8SA 3S43B 3OTYA 5P7VA 1D4HA 5P44A 3WZ8A 4IVTA 3OXVA 8HVPA 4OD9A 5P3BA 5P7LA 3SKGA 1HVSA 5P7IA 2ER7E 3ZKMA 3NDUA 5P6RA 2VIYA 4BELA 5P5NA 2WJOA 3KFPA 2G21A 5P6XA 5P2RA 3HDKA 2I4XA 2XYFA 4Y5EA 3VF3A 2QMPA 2ZHSA 4J1HA 3SM1A 1DIFA 3PVKA 5P47A 1OD1A 1ZSRA 3OUCA 5P15A 4TRZA 2IGXA 1IZEA 1PSAA 5P60A 3TOGA 4U8WA 2G1YA 5P55A 5P3RA 3OXCA 5P84A 4GJ8A 5P2DA 3KYRA 5P3HA 4KE1A 3KM4A 3R1GB 2QI1A 5HDXA 4Y4UA 3JVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOG A;  2HM1 A;  4M8X A;  1AM5 A;  5P49 A;  5P0S A;  3VV7 A;  1AXA A;  1PFZ A;  3EKP A;  2R38 A;  3O9I A;  3CID A;  4HZT A;  5P83 A;  3KDC A;  4F73 A;  4K9H A;  1W5Y A;  2I4D A;  3MSJ A;  4MC1 A;  1A8G A;  1XE6 A;  4PPH A;  5P2Y A;  2P3A A;  1C6Z A;  3VLB A;  1LF4 A;  3IXK A;  3PWR A;  3OUD A;  5P0K A;  5P5R A;  3I8W A;  4ZPG A;  4R92 A;  4YD4 A;  5ER2 E;  5P4V A;  4M8Y A;  4U7Q A;  4L7G A;  4AA9 A;  4RCF A;  5P3D A;  3CYX A;  5P1Y A;  4J0Z A;  5P08 A;  3L5D A;  5P7Y A;  1A8K A;  2IRZ A;  5P5U A;  3KA2 A;  3U71 A;  3SA4 A;  3VYE A;  2WF1 A;  1UH8 A;  2WF4 A;  5P2U A;  3LZY A;  4D8C A;  1C6X A;  3L5F A;  1RQ9 A;  5P5H A;  2OHN A;  3RSX A;  2RMP A;  1SDV A;  2NXD A;  2WL0 A;  1K6T A;  2WHH A;  4PYV A;  1E81 E;  2PSV A;  5P5T A;  4LC7 A;  4Y3L A;  4J0Y A;  1GVU A;  4YBI A;  3LIZ A;  2QI5 A;  4NJT A;  5P16 A;  3O99 A;  1BVE A;  2WF3 A;  2HS2 A;  1CZI E;  3ECG A;  3KN0 A;  4EXH A;  1IDA A;  4Z22 A;  2ZDZ A;  5P1E A;  3OQ7 A;  5P0L A;  3URI A;  4X7I A;  3LPJ A;  4LXA A;  5P72 A;  3H0B A;  3VSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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