4R91A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(cyclopentylamino)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A02
5OZYA 1AJXA 2OHKA 1FLHA 1BBSA 3OOTA 5P4VA 4I8WA 3VFAA 5HVPA 1IZEA 3HZCA 3PGIA 5P0OA 5P6JA 4X2LA 3OU1B 3VF3A 2NXMA 2HB2A 2ER6E 4LP9A 4ER2E 1TW7A 1D4YA 3UQXA 3M9FA 5KQXA 4FM8A 5P22A 5OZUA 2P3BB 3OADB 3LIQA 5P5NA 4PEPA 5P4HA 3OAGB 1TZSA 2QCIA 5DR7A 2IGXA 5P6QA 2I1AA 2NTRA 5E5KA 2ZHTA 5P8BA 4NPUA 3KT5A 3D91A 5P7ZA 2B42A 1BVEA 5P4MA 3SACA 1SMRA 2I4UA 3KM4A 3TPLA 4I0ZA 2OAHA 5P4WA 3VUCA 4Y3ZA 2CENA 3VCMA 5P50A 3PM4A 3CICA 4EWOA 5DR0A 4DJWA 5P2FA 1AAQA 4LHHA 3EM6A 5P5KA 3TOHA 5P2NA 5P8MA 1BV9A 1PSOE 1QRPE 1HIIA 5P2ZA 5P6WA 1LS5A 1FKNA 4YD3A 4H3GA 4Y3HA 5P3OA 5P8AA 1SDTA 3EC0A 1T6EX 2BPVA 2Q3KA 2B8LA 4GJ9A 1BWAA 2ANLA 3PI0A 3R0WA 2ZHVA 4EP3A 3UDHA 5OYXA 5P6PA 1BAIA 4GJCA 2HAHA 3APPA 1C6YA 4Y4WA 3OQAA 4GZFA 1LYAA 3QP0A 3Q3TA 5P3XA 2WKZA 2NR6A 5P3UA 5DR8A 5P1HA 5P3RA 1DP5A 4QJ8A 1IZIA 5P83A 4OBZB 4CPTA 3DK1A 3T7QA 1HBVA 1BDRA 1FG8C 5P8OA 4DUSA 1TSQA 1MT8A 4DJOA 3EM4A 3UDKA 1UH7A 2I4QA 4JPEA 5P8FA 5P85A 2O4KA 5P6KA 2VNNA 1HVCA 5P8QA 1K2BA 3EM3A 5OYRA 4OD9B 2VIEA 3IA9A 4J0YA 3SKGA 1E80E 2F80A 3HAWA 3VV8A 1HIHA 4YOBA 5OZ3A 4Y4GA 5P5PA 1PPLE 5P1WA 2BB9A 2QNQA 3NU9A 3RVIA 3INDA 4YDGA 2HPFA 1APVE 3UQRA 5P6LA 5P16A 4Y3XA 8HVPA 5AH9A 5P0KA 3TNEA 5OYWA 3L38A 5OYQA 1FB7A 5P1OA 5P8CA 3EKYA 5P0HA 5OZCA 1DAZC 5P59A 4DJVA 4B72A 2O4SA 4DQEA 3LPKA 3PHVA 1WKRA 3ZMGA 4IVSA 3L5FA 5HE5A 4LC7A 3CMSA 4I11A 4HDFA 4H3JA 3QPJA 4Y5LA 5P4QA 3LZYA 3DOXA 5P6DA 3NUJA 3LIYA 3PWRA 3TPPA 1IIQA 2QNNA 3EL4A 4CMSA 3PB5A 4I8ZA 3GGXA 4J54A 1APTE 3EKVA 5P1FA 2CEMA 1G35A 3CIBA 5P2TA 3D3TA 4XXSA 5P4TA 2WF2A 1D4KA 1FMXA 5P7VA 4Y5PA 1M4HA 1Z1HA 5P5QA 2WJOA 5P0SA 2QD7A 2P3DA 2WEBA 5P4SA 5TOLA 4KE0A 4QJ9A 1B6MA 5P17A 3SLZA 5P4EA 2QZLA 5OZ6A 5P55A 3KFNA 1LV1A 3NR6A 4RRSA 5OZJA 2P83A 4DJXA 2ZE1A 3A2OA 4OBFA 3INEA 5P7TA 5P3KA 4I0DA 5OZGA 2AZBA 2JJJA 5HE7A 1W51A 4FL8A 5P2DA 3TPRA 1FMUA 1GKTA 3S7MA 5HTZA 5P1EA 2PMAA 5P20A 4QLHA 3D20A 4YD7A 5P0IA 5P6CA 5P27A 5P56A 2FGUA 4X7IA 5P2VA 2HIZA 5DQ5A 3O9BA 2PWRA 5P0RA 4WY6A 5P2EA 5P58A 7UPJA 4Y5KA 5P4FA 1QDMA 2AZ9A 2J9JA 5OZOA 1F7AA 1DW6C 5KQZA 3U71A 1EC0A 2B8VA 5P74A 5P5AA 3BRAA 3NLSA 5SZ9A 3SKFA 5SY3A 1FQXA 1AVFA 5OYYA 1M43A 1W5WA 3HW1A 3OQKA 5P0YA 3TLHA 5OZ7A 2IKOA 1D4LA 3OUBA 4EHCA 1IBQA 2VKMA 3GGUA 1HVHA 3DM6A 5P3SA 4DI2A 3KFRA 3CKRA 4CPQA 5OZBA 5P7XA 2XFJA 2QMDA 2NMYA 3EMYA 3EL0A 1EBWA 5OZMA 3O9LB 1BXOA 5P6NA 3OUCA 3CKTA 5P1AA 5P3MA 3MSLA 1PROA 1KJHA 1HSIA 1A8GA 2I4XA 3ZKXA 5I3YA 4J0TA 1QBRA 3JVYA 4Y4TA 1AM5A 2XFKA 1LYAB 1W50A 5KR2A 3Q5HA 3PCZA 4Y5AA 2O4PA 4K8SA 5P51A 3S8IA 1BVGA 5HDXA 1HVSA 4DQCA 4FRSA 5OZSA 1C70A 5P6IA 5P80A 5P6TA 2P8HA 2FMBA 5P54A 4FGXA 4RCEA 2Q64A 5P2KA 1PPME 4I0EA 5P3GA 3ZOVA 5P4IA 5OZZA 1YTIA 1EEDP 5P7FA 4TRZA 2QI4A 4L7GA 5P6VA 3TKGA 2OHPA 6APRE 4L7JA 5IVQA 2JXRA 5P4JA 1EPLE 5T4SA 5P0DA 1LF3A 5DR3A 4TVGA 4DJQA 4ZSPA 2OHUA 5P4GA 2JJIA 3TPJA 1YTGA 2IS0A 5P0XA 3VV7A 3OU4B 1XN2A 5I3WA 4RVXA 3GI6A 5I3XA 5P7IA 2ZJJA 4YD6A 5P62A 5P78A 3OTSA 1MPPA 5JFUA 2VA6A 1NSOA 3EKTA 5J25A 1OD1A 3HDKA 2F3KA 1ZPAA 3I25A 5P88A 4E43A 1Q9PA 2Q54A 3D1XA 5AHCA 5BS4A 1FQ6A 5P05A 5P3DA 1PSNA 3URLA 5P3JA 5P7JA 3RTNA 4EYRA 2BBBA 1MERA 1BXQA 4CP7A 3TOGA 5P11A 4FIVA 3S43A 5P3NA 5P3EA 2BJUA 5SY2A 3BUHA 5P02A 5C9BA 5P7NA 3MWSA 4HEGA 4K9HA 3VF7A 3FV3A 1EPOE 1KJGA 4J0ZA 3IGBA 3VEUA 1B6LA 3UDQA 1T6GA 2QHYA 5P70A 1RNEA 4Z4XA 1LZQA 4ER4E 5P40A 1ODXA 4LXKA 3LNKA 3T3CA 2AVVA 1D4SA 4AMTA 5P5DA 5COKA 3CYXA 5COPA 5P4PA 5P5UA 4GJ8A 5P47A 3MSJA 5P2SA 1G6LA 5P39A 5P7QA 3VSWA 1AJVA 3LZSA 5P09A 5P60A 4COEA 5P38A 5JODA 5P7CA 3KFSA 1C6XA 4TRYA 4FS4A 2ER9E 5P5VA 5C9DA 2VA5A 3NDTA 3N4LA 4K4RA 3DCKA 1SIPA 4Y3RA 4EQJA 3NYGA 1B6PA 1ZBGA 4Y4BA 2XYFA 2B60A 2IL2A 3CYWA 5P5JA 1IVPA 4APEA 5P6OA 1HRNA 3MSKA 2NPHA 4JOOA 2ZDZA 3ZKMA 5HDUA 1ZP8A 5KR0A 2Q5KA 1ZJ7A 2A4FA 1M0BA 4QJ2A 5P7PA 2AVOA 4TVHA 3G72A 4RYCA 5P0AA 4B70A 4R93A 3VYFA 4Y4ZA 5HU1A 2QI0A 4ZIPA 3BGCA 1OEWA 1K1TA 3G70A 4Y56A 4RLDA 2ER7E 3SQFA 2WF3A 2VA7A 2G24A 1FQ7A 1HHPA 3IXJA 3VSXA 4U8WA 2WF4A 5P3TA 1PSAA 5OZTA 3KFPA 3UDPA 3L5CA 3OWNA 3PBZA 3UFNA 3O99A 3S56A 1IZDA 2ZHRA 2WEDA 5I70A 1IVQA 3PSYA 4CKUA 3K5CA 2HC0A 5ISKA 5P2WA 4R91A 2AOCA 2IENA 3OOZA 4JP9A 5BWYA 4YHQA 4NJTA 1XS7D 3GI5A 4BELA 5P1NA 5KOQA 2FLEA 4QJAA 4APRE 2QK5A 3BXSA 5AGZA 2Q15A 4RGHA 3OUAA 5P1DA 2AVQA 1EC1A 1KJ7A 3B80A 2WECA 4DV9A 3NXNA 4R5NA 5P1CA 2XFIA 3KA2A 3IXKA 1ZPKA 1TCXA 5P1UA 5P2CA 2R9BA 3IN3A 5P0JA 5P3YA 3UDRA 4HVPA 1DMPA 1GNMA 3T6IA 5OZXA 4DPFA 1DIFA 3ZPTA 4FSEA 4BFDA 2WL0A 5P42A 3SA5A 1BWBA 3KDCA 2NNKA 5P23A 5IE1A 5P13A 2HS1A 2P4JA 5P7RA 3HLOA 3BC4A 3S7LA 4D83A 4Y3WA 4Y39A 2QMFA 4J1FA 3OXVA 2G69A 5P8RA 5P2QA 5DR4A 1MUIA 3FNSA 2A1EA 3UQUA 3SA8A 4KUPA 1YX9A 4YE3A 4DQGA 1A30A 4Y3PA 1QS8A 5P28A 5P32A 1QBUA 5P65A 5P5OA 4J17A 2VIZA 1EBYA 1B11A 4MC9A 1CMSA 5OZ0A 1XL2A 4Y4UA 1MT7A 1FIVA 4MC6A 3SFCA 3RU1A 3WB4A 1MIQA 3FNUA 5P77A 1TCWA 1GVUA 4A6CA 1HEGE 4D88A 3N3IA 1MRWA 1K6VA 5B18A 4Q1WA 5P7EA 3S43B 4Y4XA 3NWXA 2FDDA 5OZ8A 1ZLFA 5OZ5A 3UDNA 5FIVA 4GMIA 1LYBB 5P0WA 2G1RA 4U7QA 1VIKA 1MESA 3S2OA 1META 1NPVA 3HVPA 4L1AB 3SA7A 5PEPA 3JW2A 5P2BA 4J1KA 3PI5A 5P4NA 4OBJA 3FIVA 4Y51A 3VLBA 2AOGA 4J5JA 2PQZA 3ER3E 4YBIA 1XE5A 4DQBA 5P1YA 2P3AA 3L5EA 5SXNA 2G1NA 2QMGA 4NPTA 4Y48A 4MC1A 4BEKA 1YTJA 4L7HA 5OYSA 4WTUA 1AXAA 4D89A 3O9GA 2PYNA 3NU3A 3KDBA 2ER0E 4YCKA 5P15A 3SABA 4Y4DA 1MVPA 1FMBA 2ZHSA 5ER2E 5P3HA 4B1DA 1SGZA 5DQCA 2ZYEA 4Y3YA 4Y5CA 5P82A 3PBDA 3WB5A 5P1MA 2QNPA 5OZWA 2VJ7A 5P4DA 3D1YA 3OHHA 5P25A 4OBGA 4OBHA 1FQ4A 5P8PA 2HB3A 4NJUA 2R3WA 5F00A 2QU3A 1EPRE 4Y43A 2AIDA 4M8YA 5P37A 5P00A 5APRE 2PH6A 3T7XA 5P34A 3CIDA 1MTRA 2ZJIA 5KOSA 4F76A 3BVBA 3LIZA 2B7ZA 5P48A 4OC6A 2PH8A 4K4PA 2O4LA 2NMZA 2PSUA 5P19A 3QS1A 4AUCA 3KT2A 1W5YA 4Y3AA 5P3IA 4CPUA 3LINA 5DQ2A 2APRA 5P8UA 2HS2A 2JE4A 5P43A 2V12C 3WZ8A 2VJ6A 6FIVA 3LPJA 2ZJKA 2AODA 5P1LA 1FEJC 2SAMA 5HCOA 5P08A 4Y53A 2NXDA 5DGUA 5P2RA 1GNOA 4YD5A 5P7AA 1ER8E 5P8DA 1BILA 2G1SA 3FX5A 3PMYA 5P5TA 1YTHA 4FRJA 2RMPA 4Y6MA 4EXHA 4WY1A 5P6HA 4XX3A 3QVCA 4GJAA 2BKSA 3LIXA 5P0BA 1J71A 3UF3A 2OHLA 5P35A 5P3LA 1ZTZA 2QP8A 5P1XA 2VIYA 4DH6A 5P4UA 1LF2A 4J55A 2QI3A 3NU4A 3QVIA 4B05A 2BPWA 5P03A 3NDUA 4F74A 4Y5BA 4M8XA 3R1GB 5P30A 3K5GA 4I10A 1NH0A 1HPOA 3OU1A 4LXMA 5P4BA 4Y47A 3IVHA 5P3WA 5P31A 4OBDA 5P2JA 2FDPA 4MC2A 3OADA 4KB9A 2CEJA 5P26A 1ENTE 1K2CA 2BPXA 4Y4AA 1XE6A 5P8VA 1SGUA 4ZPFA 5OZEA 3LZUA 3GI4A 5KQFA 5P1ZA 1HVJA 5OYVA 4Q1NA 3DJKA 3GW5A 4Y58A 3VYDA 4NJSA 5DQ4A 2V13A 3L3AA 4J1EA 1EPQE 3LZVA 4Y5NA 3FKTA 5P0VA 4Y3NA 5P0LA 3OGQA 2I0AA 2PC0A 4H3FA 1BDLA 3KF0A 3TTPA 3O9AA 1SDUA 5P5WA 4FSLA 1FF0C 4Y50A 5P73A 5P81A 3ZKQA 2R3TA 2BKTA 4DJYA 5P7MA 3RTHA 1RL8A 4I0FA 5P4AA 1RV7A 3SA4A 3RSVA 4CPRA 5P14A 1HPXA 2V0ZC 4Z2ZA 2AZCA 3NU5A 5HD0A 2MIPA 1E5OE 1PPKE 2IEOA 5OZVA 5P5MA 2G20A 1HIVA 3D1ZA 5COOA 3PLLA 3OHFA 3EKXA 5P7DA 1HWRA 3R0YA 2WEZA 4AA9A 4YDFA 4K4QA 1K6TA 4GIDA 5P0EA 3QROA 2WF0A 2VIJA 2G21A 5AHAA 5OZ2A 2FGVA 5AH7A 5P6UA 1Z1RA 2BQVA 5P7GA 4ACXA 3OU3A 1ME6A 3HAUA 4FLGA 2IGYA 2B7FA 1GNNA 4OBZA 5P2LA 4D8CA 4Y3QA 3SA6A 5P01A 5EZXA 1EPPE 3BUGA 4I0HA 5ENMA 3NWQA 1AIDA 1FG6C 5ISJA 2R38A 4EPJA 2QAKA 3GGAA 3WZ7A 1GVVA 3UDMA 1HXBA 3I7EA 4EJKA 5P75A 5P4LA 5P3ZA 5P4YA 1AZ5A 3JVWA 4RROA 4FRKA 5P2GA 4HA5A 1ODYA 3OK9A 3IAWA 1SP5A 3EKQA 3OQFA 1D4JA 3O9CA 1VIJA 3CKPA 2WEAA 1OEXA 5HE4A 4L6BA 2QMPA 3OXWA 2R8NA 3PSGA 3TKWA 5P1QA 2J9KA 1W6HA 5P49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZY A;  1AJX A;  2OHK A;  1FLH A;  1BBS A;  3OOT A;  5P4V A;  4I8W A;  3VFA A;  5HVP A;  1IZE A;  3HZC A;  3PGI A;  5P0O A;  5P6J A;  4X2L A;  3OU1 B;  3VF3 A;  2NXM A;  2HB2 A;  2ER6 E;  4LP9 A;  4ER2 E;  1TW7 A;  1D4Y A;  3UQX A;  3M9F A;  5KQX A;  4FM8 A;  5P22 A;  5OZU A;  2P3B B;  3OAD B;  3LIQ A;  5P5N A;  4PEP A;  5P4H A;  3OAG B;  1TZS A;  2QCI A;  5DR7 A;  2IGX A;  5P6Q A;  2I1A A;  2NTR A;  5E5K A;  2ZHT A;  5P8B A;  4NPU A;  3KT5 A;  3D91 A;  5P7Z A;  2B42 A;  1BVE A;  5P4M A;  3SAC A;  1SMR A;  2I4U A;  3KM4 A;  3TPL A;  4I0Z A;  2OAH A;  5P4W A;  3VUC A;  4Y3Z A;  2CEN A;  3VCM A;  5P50 A;  3PM4 A;  3CIC A;  4EWO A;  5DR0 A;  4DJW A;  5P2F A;  1AAQ A;  4LHH A;  3EM6 A;  5P5K A;  3TOH A;  5P2N A;  5P8M A;  1BV9 A;  1PSO E;  1QRP E;  1HII A;  5P2Z A;  5P6W A;  1LS5 A;  1FKN A;  4YD3 A;  4H3G A;  4Y3H A;  5P3O A;  5P8A A;  1SDT A;  3EC0 A;  1T6E X;  2BPV A;  2Q3K A;  2B8L A;  4GJ9 A;  1BWA A;  2ANL A;  3PI0 A;  3R0W A;  2ZHV A;  4EP3 A;  3UDH A;  5OYX A;  5P6P A;  1BAI A;  4GJC A;  2HAH A;  3APP A;  1C6Y A;  4Y4W A;  3OQA A;  4GZF A;  1LYA A;  3QP0 A;  3Q3T A;  5P3X A;  2WKZ A;  2NR6 A;  5P3U A;  5DR8 A;  5P1H A;  5P3R A;  1DP5 A;  4QJ8 A;  1IZI A;  5P83 A;  4OBZ B;  4CPT A;  3DK1 A;  3T7Q A;  1HBV A;  1BDR A;  1FG8 C;  5P8O A;  4DUS A;  1TSQ A;  1MT8 A;  4DJO A;  3EM4 A;  3UDK A;  1UH7 A;  2I4Q A;  4JPE A;  5P8F A;  5P85 A;  2O4K A;  5P6K A;  2VNN A;  1HVC A;  5P8Q A;  1K2B A;  3EM3 A;  5OYR A;  4OD9 B;  2VIE A;  3IA9 A;  4J0Y A;  3SKG A;  1E80 E;  2F80 A;  3HAW A;  3VV8 A;  1HIH A;  4YOB A;  5OZ3 A;  4Y4G A;  5P5P A;  1PPL E;  5P1W A;  2BB9 A;  2QNQ A;  3NU9 A;  3RVI A;  3IND A;  4YDG A;  2HPF A;  1APV E;  3UQR A;  5P6L A;  5P16 A;  4Y3X A;  8HVP A;  5AH9 A;  5P0K A;  3TNE A;  5OYW A;  3L38 A;  5OYQ A;  1FB7 A;  5P1O A;  5P8C A;  3EKY A;  5P0H A;  5OZC A;  1DAZ C;  5P59 A;  4DJV A;  4B72 A;  2O4S A;  4DQE A;  3LPK A;  3PHV A;  1WKR A;  3ZMG A;  4IVS A;  3L5F A;  5HE5 A;  4LC7 A;  3CMS A;  4I11 A;  4HDF A;  4H3J A;  3QPJ A;  4Y5L A;  5P4Q A;  3LZY A;  3DOX A;  5P6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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