4R92A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(isonicotinamido)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A02
4CPRA 5P03A 2HPEA 3EL9A 5P7QA 1GKTA 1ENTE 4L7GA 4F75A 3LIQA 3SA8A 1EPQE 5P1HA 3L5CA 1XE5A 1PPLE 3PRSA 5P1AA 3OXXA 5OZPA 5P4IA 3TKWA 3SLZA 2EWYA 3K5FA 5P4UA 3OU1A 5P81A 3EC0A 5P3XA 4GJBA 5P7PA 2OHUA 5P16A 2VA7A 5P7XA 2G1YA 4I1CA 4Y3SA 2G22A 3PHVA 2A1EA 2R3TA 3QVCA 1MSMA 3EXOA 2ZHVA 5AHAA 1MEUA 4OBZB 4EQ0A 1NH0A 3UQXA 1U8GA 2J9JB 3MSKA 4Q1WA 3OXCA 5P46A 1E82E 2FLEA 4YOAA 2HIZA 2CENA 3G70A 5P8HA 3UCBA 1K1TA 5ENKA 1SIPA 3APPA 1EBWA 5DR8A 5P4BA 1ZAPA 2QNPA 2G26A 3OGPA 5P7HA 4RCFA 3TPRA 5DQ1A 5OZ6A 5P2NA 1AVFA 3BXRA 1WKRA 1D4KA 2OAHA 5JFUA 4Z4XA 1YX9A 4FM6A 1EPNE 4DQGA 3OQFA 3OTSA 4PZXA 3S53A 4DJVA 5JFPA 5AHBA 2A4FA 1UPJA 2QI3A 4QJ6A 4Y3HA 1SDUA 4QJ9A 5P6EA 1IIQA 3ER5E 3IN4A 1G35A 3QBFA 2QZLA 1FQ7A 2RENA 5P66A 1QBRA 1XE6A 5P5JA 4Y5PA 5P4YA 4Y6MA 2F3KA 3D91A 3TTPA 2WF4A 2NTRA 4GJDA 4OBZA 4Y5MA 2J9JA 3URIA 1TCXA 4BFBA 2R43A 2FGVA 4Y4WA 3TNEA 2BPZA 1FF0C 4Y4DA 3U7SA 4D85A 5P2SA 1MRXA 2OHPA 2QK5A 5P00A 3KF0A 3SA7A 1LF2A 4J1KA 5P6KA 1GVUA 4EP2A 5KR1A 4Y56A 1D4SA 4YCKA 1BDQA 3EKWA 4E43A 2V10C 3FV3A 5P4AA 4D83A 4ZPFA 4X7IA 5P05A 4EQJA 4D89A 4KB9A 5OZHA 3WB4A 5P10A 2I4VA 5I3YA 1EC1A 4Y4UA 2HS2A 4Y37A 5OYYA 4ER2E 1E80E 3OU3A 4J0YA 1W5YA 3EKPA 3R1GB 3R2FA 4U8WA 5P7EA 4H3IA 2ZJMA 5P2HA 3VV8A 5KQZA 1M0BA 3D20A 3B7VA 2QNQA 2Q15A 1TW7A 4J17A 1BILA 3OOTA 2P8HA 4Y3GA 5OZVA 3QBHA 5P7VA 1LYWB 2OHRA 3RVIA 2XFKA 4ZSPA 3S45A 5P3ZA 3AIDA 2RSPA 3LIXA 5P2BA 1C6YA 3IVHA 1E81E 4Y3XA 5IVTA 5AHCA 4R91A 1AAQA 1FG8C 3UQUA 4Y3FA 4I8WA 4R95A 3IAWA 5P1JA 5P7WA 4NPTA 2AZ9A 4J55A 5P3HA 5P0KA 5P63A 4ER4E 2QI5A 1HWRA 5P8TA 4J0PA 3OY4A 3ZPTA 4Y5NA 1ZJ7A 5P17A 5DR3A 4PYVA 3SM1A 3GI4A 2BB9A 5P6WA 5P22A 1IDBA 2ANLA 5P04A 2Q11A 3D3TA 4HEGA 2G27A 5I3VA 4Y4BA 3CICA 5P5AA 3S8IA 4D8CA 5P2KA 2FDDA 4DQHA 4EHCA 2ER7E 3PMUA 2V12C 2FGUA 4YBIA 4HE9A 5OZKA 2QI0A 1JLDA 1LYWA 1MVPA 5KOQA 3IVIA 5P7OA 4KE0A 4DJOA 2CEJA 5P7AA 3TPLA 3TL9A 2Q54A 4QJ8A 5SZ9A 4Y3DA 5P3TA 3UFNA 5P4WA 1MIQA 4ACUA 1A9MA 4Y4GA 2ZHSA 3PEPA 4MC1A 3TPPA 1XN3A 5KQXA 5OZ1A 5P31A 4Y57A 5P8AA 5I3XA 5P67A 5HE5A 3OUDB 5P71A 4I10A 1MT9A 4Y43A 5P44A 3TOHA 1HIVA 1J71A 2VJ9A 2B7ZA 3QVIA 5DR7A 4Y39A 1QRPE 5OZIA 5P5ZA 2R3WA 4Y51A 1C70A 5P3NA 4HDPA 2AOCA 3OUBA 5P1IA 5P7JA 5P8NA 1T6EX 5ISJA 3ER3E 4FIVA 6UPJA 4GJ8A 5HVPA 3GGUA 5P09A 3IN3A 2CEMA 1KJ4A 3OGQA 3CKRA 5P07A 1DAZC 2QHCA 2I4UA 4YDGA 4ZSMA 1BV9A 4F76A 3PWRA 4GJ5A 4FS4A 3R0YA 2APRA 3BHEA 5P2LA 4YD5A 5P76A 4L7JA 3D1ZA 4DJQA 1HOSA 2Z4OA 1D4JA 4MC2A 3UDNA 4K4RA 1SH9A 4D88A 5P5RA 3OOZA 1RNEA 3CKPA 3H0BA 4RCEA 1B5FB 3S2OA 1T7JA 3HDKA 5HTZA 1META 5P2DA 4Y53A 5OZ2A 3PLDA 3MSLA 3LZUA 3DJKA 3DM6A 4JPCA 1HVSA 4Y5GA 4TRYA 3VFBA 1EAGA 5OYXA 4Q5MA 5P5OA 3SKGA 3QI1A 2V16C 5P2MA 4GZFA 3KN0A 1AZ5A 2IQGA 5J25A 2ZJIA 4J1HA 3EKVA 3LIZA 3PWWA 5SXNA 4NJUA 5F01A 3INDA 5P5VA 3EL1A 3KDDA 5EZZA 4FRIA 5P1XA 3EL0A 5P0PA 2ZJNA 5P56A 4LXMA 3UDMA 4ZE6A 4DQEA 1SIVA 5EZXA 4ZPEA 3M9FA 5OZXA 5P3SA 1LF3A 4Y9WA 7UPJA 3QP0A 4I0DA 4HDBA 5P1ZA 4Q1XA 2OHNA 3NU9A 4BFDA 2NXLA 5P48A 5OYZA 5P8DA 5P4GA 5P5PA 3NXEA 5P6UA 3MXEA 5CONA 4ZIPA 2P3BB 3KMYA 3OQ7A 2HPFA 3URJA 5B18A 3Q4BA 3OU4B 1XDHA 4Y3RA 5P78A 1A8KA 1QBSA 1K1UA 2VIEA 2F80A 2VJ6A 1TSUA 4L1AB 1CMSA 2ZE1A 3GGXA 5SY2A 1WBKA 1FQ8A 3UDPA 5P57A 2NNPA 5P5FA 2ZJLA 4Y38A 3ZKNA 4A6BA 4LC7A 4XXSA 5OZRA 3VYEA 5P6QA 5P4EA 1HRNA 5P1EA 1F7AA 1UH8A 5DR1A 1RPIA 2UPJA 1APVE 2FMBA 1K6CA 5P3AA 2VA5A 3UQWA 1TSQA 3EM4A 5P88A 1K2BA 2XFJA 3ZKMA 3LNKA 3UDHA 5P8UA 1BWBA 5P6IA 5OZFA 2HAHA 4EXHA 5P5YA 3OXVA 2AOJA 5P6DA 4Y3LA 5OZ8A 4JOOA 4YDFA 5ISKA 1QBUA 3LZSA 2P3BA 1MT7A 5P5KA 4NKKA 2IEOA 3UDKA 3KA2A 5P6TA 3OU4A 3NDXA 3LINA 5P7GA 1EBZA 4L6BA 3D1XA 3PLLA 4L1AA 4Z50A 1HPXA 2VIZA 5P58A 5P74A 1ER8E 4JP9A 4Y4AA 4I0JA 3LZYA 5P0HA 1YM2A 3KFPA 4NPUA 3ZLQA 1YTIA 3R0WA 3KFRA 3PBDA 3O9LA 1APUE 4Y3MA 2PYMA 5P5TA 4RCDA 4L7HA 3URLA 2P4JA 3O9FA 2AQUA 3NLSA 5P7FA 2ZYEA 3DV5A 3FNSA 5P79A 2HS1A 5P52A 2XYFA 1ZLFA 3RU1A 5P5LA 4Y3ZA 5JG1A 1IBQA 1CPIA 3DV1A 1W50A 3UHLA 5P0EA 4I8ZA 3C9XA 2AZ8A 2H6TA 2FDEA 5OZ7A 1FQ4A 5COKA 5OZJA 4NJTA 4FLGA 1ZSFA 5P13A 3I2LA 4FSEA 1FMBA 1HVJA 5P8GA 2R5QA 3HVGA 2AVSA 5P1LA 3SA9A 4B1EA 2I4DA 5P2YA 1BIMA 5P4QA 3NU3A 5COOA 3T7XA 3LPJA 2FNTA 2B8LA 5P73A 5P6OA 1XS7D 4DJUA 2QHYA 1DMPA 5P0AA 5P0RA 3B80A 4GJCA 5P39A 4OC6A 1FEJC 2ZJKA 3VF7A 5IVQA 1B6PA 3SO9A 5HU0A 3IXJA 2AOHA 1PROA 1BXQA 5OYUA 4CPSA 5I3WA 3MSJA 3TOFA 1CZIE 3L5DA 1B6LA 4EYRA 4Z2ZA 4Y4XA 4DQCA 4J0TA 3L58A 1M43A 2QI7A 4H3GA 3S7MA 1BV7A 5P4RA 1HTEA 5P60A 3PSUA 5P4MA 3CIDA 5P8VA 3RSVA 4YD7A 1NPVA 3ZPSA 5HDZA 5DPZA 3CIBA 3BXSA 3LPIA 2AZCA 3OQDA 1G0VA 3ZKXA 3A2OA 4J1EA 2R9BA 2P3DA 1SGZA 3ZKGA 2JJJA 4H3JA 4RGHA 1SMEA 5P4SA 5P2ZA 6APRE 4CP7A 4FCOA 4OBKA 2QZXA 2PYNA 3HAWA 4DVFA 4Y3TA 1MRWA 1ZTZA 2F8GA 5P0IA 1HVHA 1HSIA 5P2UA 4WY6A 3VLAA 5IS4A 2NMYA 5P6PA 2IDWA 1K6VA 1FQ5A 5P41A 5P0OA 1UH7A 2Z54A 1QBTA 2O4SA 5P4VA 2UXZA 5OZUA 4LBTA 5F00A 5P1CA 4B1CA 1M4HA 1B6JA 1PPKE 2RMPA 5P1YA 4ZPGA 2G1OA 4RVJA 2NXMA 4AUCA 4RVIA 5DGUA 4I0EA 3RSXA 3T11A 5HDXA 1KJFA 5P59A 5BS4A 3HAUA 1MT8A 2P3AA 5P55A 3ZPUA 3S54A 5DQ5A 5P2QA 4HDFA 1W5XA 5UPJA 5P34A 4IVSA 4Q1YA 4LL3A 1K6PA 3SA4A 1LS5A 1GVXA 4Y44A 4DH6A 2PK6A 4J0VA 2WHHA 3S7LA 4AA8A 3PMYA 2IENA 1HEFE 3DUYA 7HVPA 4TRZA 2O4NA 5P6HA 2VA6A 5KR8A 3VUCA 2OHTA 3O9HA 4MC6A 5P8BA 5OZWA 4LP9A 3VG1A 2WF1A 5DR0A 5P7SA 1KJHA 4HA5A 1HHPA 4Y5LA 4GB2A 3ZMGA 3BGBA 5P2XA 2HB3A 1DPJA 1IZEA 2QCIA 4EXGA 4HZTA 2PSUA 5P2OA 3BUGA 5T4SA 1BDLA 2QD7A 3I25A 1Z1HA 4M8XA 2QD8A 5P28A 5P37A 5P4FA 5SY3A 4DUSA 3ZKSA 1GNMA 5P3JA 1W6HA 1ZPKA 3QRMA 3U71A 5DR4A 1MTRA 5P5MA 3I6OA 1HPOA 3K1WA 4JECA 5P7ZA 4Y4EA 1HEGE 5P4ZA 2F81A 5P7CA 5P32A 3SQFA 5P68A 4GJ9A 5P6FA 1LYAB 3LIVA 3WZ7A 3TKGA 2NNKA 3CYXA 5P01A 5P83A 5P0GA 4S1GA 4XX3A 1YTGA 1C6ZA 4B72A 4OBHA 2O4PA 3UFLA 4WY1A 2AVVA 5P8OA 4Y3AA 3NUJA 4QGIA 3VCMA 3LPKA 2SAMA 3PJ6A 1OHRA 5P82A 1YTHA 1BDRA 5KQYA 2JXRA 3DOXA 3QPJA 5P6CA 4J5JA 1HSGA 5AH9A 1B11A 5OZOA 2OHSA 3PCWA 1EPLE 1Z1RA 1NPAA 2G20A 5P35A 5P1NA 4GMIA 5OZZA 1ZBGA 4H1EA 4H3FA 1B6KA 2AOIA 3G6ZA 5P2FA 4DQFA 1GVVA 2OHQA 1LYAA 2PK5A 5HDUA 1BWAA 3VV7A 5P5EA 4PZWA 1HVRA 4K4PA 1ZP8A 3HW1A 2QI1A 2QP8A 2RKGA 2Q55A 1VIJA 4CPWA 5P29A 4Y3EA 5P2AA 4A6CA 4J1IA 3K4VA 3QRVA 3TH9A 3LHGA 4RLDA 5C9DA 2PQZA 3MXDA 4TRWA 5P0FA 3VSXA 5P25A 5P1BA 5P40A 5P15A 3O9CA 3O9IA 5DQ2A 5OZAA 2HM1A 3L38A 3UDJA 4RYCA 3OQAA 1AJVA 5P3GA 3DK1A 3HLOA 4Y54A 3FSMA 3BRAA 6FIVA 3BC4A 2I4WA 5OYWA 3EMYA 1HVIA 1LV1A 1IDAA 2O40A 3KM4A 5P2JA 2IS0A 1HXBA 1T6GA 3INHA 2V00A 4GJ7A 5P33A 5P7MA 2I0DA 4Y45A 2XFIA 3WB5A 2P83A 1D4LA 3Q3TA 3UDYA 5P6GA 5P2EA 3SAAA 1FLHA 3T6IA 4R5NA 2QZKA 3WZ8A 2WF2A 3VF5A 5P3YA 3WSJA 5JODA 1HVKA 5P8SA 4AZYA 2VS2A 5ENMA 1W5VA 5P0BA 5OZSA 3OXWA 5P7KA 3UQPA 1Z8CA 4Q1NA 3PB5A 4Z22A 4Y58A 2JE4A 3O9EA 1IZDA 2MIPA 4RZ1A 2PSVA 5P2WA 4TVGA 3CKTA 5FIVA 1BVEA 3CMSA 2ZDZA 4FAEA 3LIYA 1ME6A 5P1KA 5P5BA 2IKOA 4NJVA 2WF3A 2ER9E 5DGWA 3APRE 3OHHA 3LZVA 3PGIA 3ZKQA 5P1QA 4F74A 1F34A 4PPHA 4Y3WA 5OZCA 4Y3JA 4DQBA 4ZEAA 1K2CA 1G2KA 3KMXA 1MSNA 5P6MA 3EKXA 5P62A 4OBDA 3O9LB 4BEKA 5P20A 3AUPA 4Y5AA 5P8QA 5P02A 3O9GA 5P1WA 2WEZA 2I0AA 2UY0A 4OBGA 5P0CA 1VIKA 5P4PA 2R8NA 2AVOA 4FRJA 2WKZA 2OHMA 5APRE 4Y3QA 5P49A 5P36A 1D4IA 1PFZA 3OHFA 5OZ5A 2FDPA 1HBVA 3K5GA 4MC9A 1MPPA 5HE4A 4YD3A 3IXKA 3VF3A 5COPA 2I1AA 5AGZA 5P2VA 5P0SA 1AXAA 5P0WA 3EM6A 3TOGA 3RTHA 5P77A 4I11A 5P3FA 2ASIA 3OUCA 5P1MA 3IXOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPR A;  5P03 A;  2HPE A;  3EL9 A;  5P7Q A;  1GKT A;  1ENT E;  4L7G A;  4F75 A;  3LIQ A;  3SA8 A;  1EPQ E;  5P1H A;  3L5C A;  1XE5 A;  1PPL E;  3PRS A;  5P1A A;  3OXX A;  5OZP A;  5P4I A;  3TKW A;  3SLZ A;  2EWY A;  3K5F A;  5P4U A;  3OU1 A;  5P81 A;  3EC0 A;  5P3X A;  4GJB A;  5P7P A;  2OHU A;  5P16 A;  2VA7 A;  5P7X A;  2G1Y A;  4I1C A;  4Y3S A;  2G22 A;  3PHV A;  2A1E A;  2R3T A;  3QVC A;  1MSM A;  3EXO A;  2ZHV A;  5AHA A;  1MEU A;  4OBZ B;  4EQ0 A;  1NH0 A;  3UQX A;  1U8G A;  2J9J B;  3MSK A;  4Q1W A;  3OXC A;  5P46 A;  1E82 E;  2FLE A;  4YOA A;  2HIZ A;  2CEN A;  3G70 A;  5P8H A;  3UCB A;  1K1T A;  5ENK A;  1SIP A;  3APP A;  1EBW A;  5DR8 A;  5P4B A;  1ZAP A;  2QNP A;  2G26 A;  3OGP A;  5P7H A;  4RCF A;  3TPR A;  5DQ1 A;  5OZ6 A;  5P2N A;  1AVF A;  3BXR A;  1WKR A;  1D4K A;  2OAH A;  5JFU A;  4Z4X A;  1YX9 A;  4FM6 A;  1EPN E;  4DQG A;  3OQF A;  3OTS A;  4PZX A;  3S53 A;  4DJV A;  5JFP A;  5AHB A;  2A4F A;  1UPJ A;  2QI3 A;  4QJ6 A;  4Y3H A;  1SDU A;  4QJ9 A;  5P6E A;  1IIQ A;  3ER5 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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