4R92A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(isonicotinamido)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A02
3SQFA 1EPNE 5P0CA 3PHVA 5P84A 2NTRA 1EBYA 3BXSA 5P6BA 2OHTA 5P7ZA 5P3PA 3OQDA 1FFIC 5P2UA 4Z4XA 5F00A 1QBTA 4I0DA 2PK5A 3FKTA 2QHYA 4I0FA 4YOAA 5P01A 1IZDA 5KAOA 3VUCA 5P7JA 3DM6A 2WF4A 1OHRA 2AOFA 4APRE 1FFFC 2QD8A 4EP2A 5IVQA 5P2GA 5P2VA 3GW5A 3RTHA 4LHHA 2IGXA 5P18A 1W5VA 3TOGA 4BFDA 5OZTA 4Y4JA 1HEFE 4FCOA 5DR1A 5P2EA 1C70A 2NR6A 2Q3KA 4YD7A 3FNTA 3CMSA 3GGVA 2O40A 4Y43A 5P5UA 3S7LA 3DCRA 3T7QA 5P5FA 4E43A 5P1VA 3NLSA 5P6WA 2HAHA 3NXNA 3LIQA 5P0ZA 1W6HA 2JYSA 3G72A 5P58A 5P5KA 4UPJA 5AH7A 4D89A 4I10A 3LPKA 5P2MA 2OHKA 2AVQA 5P29A 2ER7E 5P1CA 1B6LA 5IVSA 4JOOA 5P0LA 5P7HA 5P4UA 5BS4A 4RZ1A 1W50A 4A4QA 3DUYA 2I0DA 2XYFA 2PSUA 1MTBA 3NSHA 2HPEA 3MXEA 2ZHUA 1YTGA 4Q5MA 2QI6A 5ER2E 1DAZC 5P0GA 5P1SA 3INHA 3LNKA 3OQKA 3QBFA 4OD9B 4CMSA 4RCFA 1T3RA 5B18A 3LINA 3IXJA 4Y9WA 2IKOA 3O9LA 1AJXA 3OU3A 3NXEA 4L7GA 3BVAA 5P4MA 5P26A 5UPJA 3CIDA 3UDPA 2Z54A 2ZJLA 1RPIA 2PYMA 1EC1A 5P0IA 5P1LA 5P8PA 4DJPA 1AVFA 5P0XA 4DPFA 5P62A 4I1CA 3QAAA 4GZFA 2I4UA 5DGUA 2B42A 3IXOA 4HA5A 4GJ8A 3PLLA 4LBTA 1HXBA 5P24A 1UH8A 3GGAA 3QROA 3OK9A 4Y38A 2VIYA 5P0SA 5P64A 2ZHRA 5IS4A 2ZJJA 5P45A 1MRWA 1E81E 2ZJHA 4H3IA 4BELA 1G0VA 1VIKA 2CENA 2G1SA 5P13A 2VS2A 4H3GA 5HD0A 2A1EA 3ST5A 5P2QA 4B70A 1WKRA 5ISKA 5P71A 4CPSA 4J54A 5P8DA 6FIVA 3RVIA 1FQ5A 3VLBA 4R93A 5CLMA 3OOTA 3FSMA 3NU6A 4TRYA 4EJKA 5P31A 4Y3RA 3O9CA 2I4QA 3WB4A 1SMEA 4Y3SA 2B7FA 2V16C 5OZJA 3OTSA 3TKGA 4JPEA 3RSVA 4FM7A 1LV1A 3O9IA 4Y5LA 5P42A 4XKXA 5P4JA 5P4DA 5P53A 1MVPA 5PEPA 3EM6A 2FNTA 3K4VA 4YDGA 2R38A 1BDRA 2UXZA 1GNMA 1HTEA 4RVIA 3U71A 1YX9A 1MUIA 3VYEA 1PPKE 1PFZA 5P72A 2BB9A 2OHNA 4YHQA 5P3HA 5P02A 2JJJA 1DW6C 3APRE 3GI6A 3UQPA 1META 2F8GA 5DR3A 4WY6A 5P40A 1BWAA 3EC0A 4MC9A 1GKTA 4GJ9A 1LF3A 1SBGA 5OZHA 4B72A 3UQUA 5P0DA 4Y3GA 3NU3A 5P2AA 3SA4A 3UDKA 4DFGA 2NXMA 3JVWA 2QZLA 3CYXA 1GVVA 4U7QA 5C9FA 1SDTA 5P3XA 4APEA 2QK5A 4GJ7A 1E5OE 1XL2A 5OZLA 4FRSA 5P2OA 3ZKQA 4MC1A 1YTIA 5P39A 5P6XA 5P2JA 2VJ9A 5P0QA 3DOXA 2BPYA 5P33A 2P83A 5P07A 4FAFA 2V00A 3EL1A 1YTHA 5P1JA 2WF2A 5KQFA 3UFLA 2G22A 3VEUA 1TCXA 5P5AA 4ACUA 3ZLQA 2QMGA 4YD4A 4QJ6A 3S43B 4Y4XA 2I4WA 4FM8A 3I6OA 5OZZA 3F9QA 3SA5A 4EPJA 4J0VA 2IDWA 3OUAA 5OZGA 2WF3A 4QGIA 4FM6A 3S85A 3VV6A 5P2LA 3OU4A 4Y3LA 5OZIA 4QJAA 4ZSPA 3TTPA 3O99A 5P08A 2G1RA 3VV7A 5P7YA 1FKNA 1W5XA 2O4PA 3KDBA 3BXRA 3D20A 3D1ZA 4Y50A 1N49A 3UDNA 4ER2E 5P2IA 2PQZA 4BEKA 1T6EX 1W5WA 4OBJA 3QBHA 4CPTA 3N3IA 4DJYA 3OOZA 4I8ZA 5P0BA 5P7XA 1W5YA 5HDVA 3EKPA 5P3WA 3ER5E 2OHSA 2QI4A 3ZOVA 5OZNA 4F73A 1ODWA 2ZE1A 5P6ZA 4J55A 1ZLFA 5KR8A 3ZKMA 2ZHVA 2I1AA 4Z22A 3RTNA 4DPIA 4ER1E 5OYXA 5P6OA 3RU1A 1HTRB 1M43A 5P88A 1EPME 2IENA 2IL2A 3VCMA 5P55A 1LF4A 3SA6A 1HIHA 5P87A 5OZRA 3PRSA 5OZOA 4CPXA 4Y47A 3Q3TA 2QMFA 5C9BA 2H6SA 2G94A 3B80A 1D4KA 1DP5A 4PZWA 3OGQA 3MWSA 3OXXA 4OBHA 3OTYA 1APTE 4J0YA 5P8CA 5P6LA 2RSPA 4HDFA 5P7EA 1OD1A 2F3FA 3G70A 4QJ9A 5P1NA 5P60A 4CPRA 5COPA 5P85A 2AQUA 3Q5HA 5P74A 5P6TA 3MSLA 2V0ZC 2WEBA 2AZCA 3BRAA 5P3UA 1SH9A 4ZE6A 3SKGA 3BUHA 4IVSA 4RGHA 3R0YA 5KR2A 3UDHA 4CPUA 2QI5A 2WEDA 5I3WA 5P6QA 3NDXA 5P5OA 1PPME 4S1GA 1A8GA 5P7LA 1FQ7A 5P3DA 2R3WA 2OHUA 4R95A 3KYRA 2ANLA 2OHPA 5P89A 5OYUA 2AOCA 4Y3WA 4J1IA 3WZ6A 2PK6A 6UPJA 3IN3A 4M8YA 2HB2A 2VNNA 2BKTA 5P6YA 4H1EA 4HDPA 5P09A 2FMBA 2HM1A 1B6PA 1HSIA 3NWXA 5P1WA 4RVXA 3UDQA 5HTZA 5P2CA 5OYQA 5P4BA 1HVCA 4AA8A 5P69A 2QP8A 3BGBA 5P76A 2APRA 5OZWA 3M9FA 5P7AA 3KN0A 3NU9A 2PWCA 2AOGA 2VA7A 4OBGA 4D8CA 2SAMA 3NUOA 2QZXA 2WHHA 4KE1A 5P0YA 3URLA 2OHRA 3GI5A 2G26A 4XXSA 5P1GA 5P8MA 3I7EA 2Z4OA 1TQFA 1APVE 4Y4GA 5P3BA 2Q55A 4DQGA 1RQ9A 5P4ZA 1ZJ7A 2OHQA 2VKMA 1FQXA 5P61A 4CP7A 4K4PA 3H0BA 3LPIA 5P80A 2J9KA 5P7DA 1G35A 1EC3A 2ZJMA 1AXAA 1HTFA 1BVGA 3OQFA 2V13A 3B7VA 5P8IA 5P3SA 2UY0A 3PBZA 3OU1B 5P5ZA 2ZDZA 5P5EA 3UDJA 2ZHTA 5P6JA 2J9JB 5P00A 5P4RA 3KFRA 1BVEA 1HHPA 1K2CA 4JECA 1NPWA 5HCTA 4J1EA 1IZIA 2PMAA 3KDCA 3OU1A 4PZXA 3OAGA 5P2YA 6APRE 4A6CA 2J9JA 4GJAA 4DJWA 5P7MA 3LIYA 5E5KA 1C6ZA 3QRSA 4TVGA 1ENTE 3JVYA 3EKXA 1DIFA 1T7KA 4DQFA 1A94A 4Y3JA 4OBZB 4R8YA 2AVSA 2HS2A 1BDQA 3T7PA 1T6GA 3R0WA 1FG8C 3IAWA 2QI7A 3QPJA 1KZKA 4OBZA 3NDWA 4H3FA 2Q11A 7UPJA 2FXDA 4LAPA 5AGZA 5P3TA 3RSXA 3UPJA 3QN8A 4YA8A 2R5QA 3BVBA 5P1QA 3VSWA 3EM3A 4EP3A 5P3FA 4Y3NA 3CKPA 4Y3AA 5P7OA 5P81A 3VV8A 4DJRA 2BKSA 3H5BA 4I11A 3K5FA 1AZ5A 1LYBA 2MIPA 3MSJA 1W6IA 3L5DA 3L3AA 1QRPE 7HVPA 3FNUA 5P1KA 4DVFA 5P2BA 1GVXA 2AZBA 3T6IA 5BWYA 4EJLA 1GNNA 4Y3TA 3UTLA 5OZ8A 1MT8A 4J0TA 5P8SA 5P0PA 1HIIA 5DQ5A 5P2ZA 5P4CA 3O9LB 4YBIA 4LL3A 5P35A 2O4KA 4I0ZA 3GI0A 4Y5NA 3PWRA 3SLZA 5P2KA 3IXKA 2O4LA 5P23A 5OYZA 4Y3PA 5P8QA 5P0JA 3OY4A 4QJ2A 4WTUA 5DR0A 5P46A 5AHAA 1MESA 4Z50A 2FNSA 2V11C 5P43A 1B6JA 3ZPUA 2ZJNA 5P50A 4Y3MA 5P1TA 5AH8A 5AHBA 3OGPA 5ISJA 2WEAA 4GJBA 1E80E 4Y4WA 1BAIA 4YD3A 3PSGA 2ZHSA 5P4PA 5I3XA 3LIXA 1BV7A 2HS1A 2R5PA 2Q15A 5P38A 3UDRA 4DQBA 5P04A 3TH9A 2HB4A 1K2BA 5HVPA 5DQ1A 4Y53A 3KMXA 3ZKIA 3ZPSA 1MT7A 5P8JA 3VFBA 3FIVA 2ASIA 4Y3FA 5P8EA 5P7IA 2AVOA 1IDAA 2FS4A 5COOA 2FDEA 2I0AA 5C9DA 3FV3A 5KOQA 5OYTA 3OXCA 5HDXA 4Y5EA 1HPVA 3PEPA 3PCZA 1F34A 2F3EA 2VJ6A 1NH0A 2G1NA 3NYGA 1SIVA 3IN4A 5P1IA 3INEA 1CPIA 4I0EA 3SM2A 4GJDA 3IA9A 3EKTA 5OYRA 4OBKA 5P16A 4FE6A 3SKFA 5P5LA 1SMRA 1IIQA 1EPLE 4GB2A 5P37A 2AOHA 2IS0A 4ZLSA 5P5SA 5P34A 2PC0A 5P7UA 4Q1YA 3O9GA 5T4SA 3N4LA 2NMZA 5P44A 5OZUA 1JLDA 4U8WA 2G1OA 4EJDA 2BPVA 2XFJA 1IZEA 2PSVA 5HE5A 5P3JA 3ZKSA 2AZ8A 3LZUA 3MXDA 2VIEA 3QVCA 4Y3ZA 5P0EA 5OZ0A 4Y51A 5P7CA 2AOIA 5OZEA 3TL9A 4Y54A 4ZPFA 4GJCA 4D88A 2PWRA 3VG1A 1HRNA 2A4FA 5P6FA 3EM4A 3IVHA 4DJXA 3SACA 4HVPA 1BXOA 2HPFA 3PMYA 4FGXA 4FRJA 2G20A 3NU4A 4L7HA 3PI5A 2WKZA 3OXVA 5P6PA 5P4QA 2ZJKA 3D91A 5OZXA 4FS4A 4HE9A 3UQRA 5E5JA 1W51A 3WB5A 1IBQA 3DV5A 1HIVA 2ZJIA 5P0UA 5P4GA 4LXMA 3ZPTA 1VIJA 3EKYA 3BUGA 4ZSMA 3JW2A 2OAHA 1FF0C 4LXKA 4Q1WA 5P52A 2P3AA 5P2DA 4B05A 1CZIE 5IVRA 5P8OA 3LPJA 5OZVA 3SFCA 3OU4B 1UH7A 3QI1A 2AOJA 5P59A 3EL5A 5OZAA 4DJQA 5P77A 4CPQA 4Y3QA 5P8HA 2JXRA 5P3EA 5DQCA 5P1FA 4Y4EA 3PM4A 4Y5KA 5AHCA 4EHCA 5P3IA 5P49A 3EMYA 4M8XA 5P14A 4AUCA 1ER8E 4NKKA 5P5DA 2V12C 1HOSA 4D83A 1DMPA 5P6EA 3TOHA 3TKWA 1XDHA 4FSEA 1K6PA 5P1YA 5P6NA 1M4HA 1MTRA 2FXEA 2BJUA 5P83A 3SAAA 3L5EA 2B60A 2VJ7A 3S7MA 3SA3A 1GVWA 4YDFA 3ZKGA 3VYDA 2RKFA 5P0VA 3TLHA 1HVHA 1FQ4A 1HVSA 3LHGA 1LF2A 3NR6A 5P7QA 4RCDA 3CIBA 1ZPKA 5P5GA 3TPPA 2ZGAA 2IKUA 4X2LA 1B11A 4RYGA 1HVIA 3Q4BA 3LZVA 2XFKA 3BUFA 4Y37A 4GYEA 4B1EA 3OUBA 1AJVA 1HWRA 3K4VC 5AH9A 4EXHA 4EQ0A 4GIDA 3KFPA 4DJVA 4YD6A 5P0WA 2G24A 3FNSA 4ZPEA 1XL5A 2BPXA 1MT9A 2FLEA 5OYWA 3TPLA 3OQAA 4FL8A 1ZTZA 4HLAA 5P75A 5P15A 5P32A 1B6MA 1TZSA 3SA8A 2V10C 1TSUA 5HCOA 3U6AA 1MIQA 5HDUA 3UQWA 1F7AA 1LYWA 2I4VA 5P0TA 4EQJA 2QCIA 2R8NA 4RROA 3HVGA 5HU0A 5FIVA 3EXOA 2VNMA 5P6UA 1EAGA 4RCEA 1LZQA 1HVRA 3DV1A 1HBVA 4NPUA 5IE1A 5F01A 1ZBGA 4R91A 5TOLA 2Q5KA 4JP9A 5P6CA 1M0BA 1T7IA 2QNNA 3R1GB 5P8RA 3OADA 5P3QA 3KFNA 5P1HA 3LIZA 1GVUA 5JFUA 1A30A 5P63A 2QAKA 5P8GA 3PLDA 4YE3A 4CPWA 5P4WA 4Y58A 5CONA 4ACXA 4YCYA 3VFAA 2WL0A 3OXWA 1B6KA 1PROA 3NWQA 5EZZA 5P3YA 5OZPA 3CICA 3OWNA 3PSYA 5P6DA 1K6TA 5P6HA 1CMSA 1GVTA 4EJ8A 5P4SA 3S45A 5OZ6A 5P3RA 4Y4BA 4FSLA 1FGCC 1K6VA 2F3KA 2ER0E 5P2XA 5HE4A 4ZIPA 2JJIA 1K1UA 5DQ4A 3SA9A 5P1BA 5P57A 4OBDA 5P47A 3I8WA 1AIDA 5P1ZA 4KE0A 4Y5GA 4F75A 5SY3A 1BDLA 2OF0A 4B1CA 2G21A 3ECGA 2QZWA 5P4OA 3SABA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SQF A;  1EPN E;  5P0C A;  3PHV A;  5P84 A;  2NTR A;  1EBY A;  3BXS A;  5P6B A;  2OHT A;  5P7Z A;  5P3P A;  3OQD A;  1FFI C;  5P2U A;  4Z4X A;  5F00 A;  1QBT A;  4I0D A;  2PK5 A;  3FKT A;  2QHY A;  4I0F A;  4YOA A;  5P01 A;  1IZD A;  5KAO A;  3VUC A;  5P7J A;  3DM6 A;  2WF4 A;  1OHR A;  2AOF A;  4APR E;  1FFF C;  2QD8 A;  4EP2 A;  5IVQ A;  5P2G A;  5P2V A;  3GW5 A;  3RTH A;  4LHH A;  2IGX A;  5P18 A;  1W5V A;  3TOG A;  4BFD A;  5OZT A;  4Y4J A;  1HEF E;  4FCO A;  5DR1 A;  5P2E A;  1C70 A;  2NR6 A;  2Q3K A;  4YD7 A;  3FNT A;  3CMS A;  3GGV A;  2O40 A;  4Y43 A;  5P5U A;  3S7L A;  3DCR A;  3T7Q A;  5P5F A;  4E43 A;  5P1V A;  3NLS A;  5P6W A;  2HAH A;  3NXN A;  3LIQ A;  5P0Z A;  1W6H A;  2JYS A;  3G72 A;  5P58 A;  5P5K A;  4UPJ A;  5AH7 A;  4D89 A;  4I10 A;  3LPK A;  5P2M A;  2OHK A;  2AVQ A;  5P29 A;  2ER7 E;  5P1C A;  1B6L A;  5IVS A;  4JOO A;  5P0L A;  5P7H A;  5P4U A;  5BS4 A;  4RZ1 A;  1W50 A;  4A4Q A;  3DUY A;  2I0D A;  2XYF A;  2PSU A;  1MTB A;  3NSH A;  2HPE A;  3MXE A;  2ZHU A;  1YTG A;  4Q5M A;  2QI6 A;  5ER2 E;  1DAZ C;  5P0G A;  5P1S A;  3INH A;  3LNK A;  3OQK A;  3QBF A;  4OD9 B;  4CMS A;  4RCF A;  1T3R A;  5B18 A;  3LIN A;  3IXJ A;  4Y9W A;  2IKO A;  3O9L A;  1AJX A;  3OU3 A;  3NXE A;  4L7G A;  3BVA A;  5P4M A;  5P26 A;  5UPJ A;  3CID A;  3UDP A;  2Z54 A;  2ZJL A;  1RPI A;  2PYM A;  1EC1 A;  5P0I A;  5P1L A;  5P8P A;  4DJP A;  1AVF A;  5P0X A;  4DPF A;  5P62 A;  4I1C A;  3QAA A;  4GZF A;  2I4U A;  5DGU A;  2B42 A;  3IXO A;  4HA5 A;  4GJ8 A;  3PLL A;  4LBT A;  1HXB A;  5P24 A;  1UH8 A;  3GGA A;  3QRO A;  3OK9 A;  4Y38 A;  2VIY A;  5P0S A;  5P64 A;  2ZHR A;  5IS4 A;  2ZJJ A;  5P45 A;  1MRW A;  1E81 E;  2ZJH A;  4H3I A;  4BEL A;  1G0V A;  1VIK A;  2CEN A;  2G1S A;  5P13 A;  2VS2 A;  4H3G A;  5HD0 A;  2A1E A;  3ST5 A;  5P2Q A;  4B70 A;  1WKR A;  5ISK A;  5P71 A;  4CPS A;  4J54 A;  5P8D A;  6FIV A;  3RVI A;  1FQ5 A;  3VLB A;  4R93 A;  5CLM A;  3OOT A;  3FSM A;  3NU6 A;  4TRY A;  4EJK A;  5P31 A;  4Y3R A;  3O9C A;  2I4Q A;  3WB4 A;  1SME A;  4Y3S A;  2B7F A;  2V16 C;  5OZJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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