4R93A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-1-methyl-5-oxo-4-(((1s,3r)-3-(3-phenylureido)cyclohexyl)methyl)imidazolidin-2-iminium
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r93A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r93A02
2CENA 5P72A 5HU0A 1W50A 5SZ9A 5P0YA 4DJRA 3D91A 4Y4JA 1HPOA 2NXMA 1W51A 3UDQA 5P2IA 4DV9A 1RNEA 3PSUA 5P43A 5P02A 4YA8A 5P4HA 3O9GA 3BXSA 3QPJA 2P3AA 2ER7E 3OQDA 5P3SA 3SQFA 3VYEA 3UFLA 3KMYA 1PPLE 3ER3E 2AOFA 4HA5A 2OHRA 5HDUA 4EQJA 1BVEA 3EKTA 5BWYA 5P7UA 1E81E 2B7FA 3NXEA 5P3PA 3QIHA 5OZZA 3PMUA 2FGVA 1FQ4A 5P1AA 5P5NA 5SXNA 4EJ8A 4QJ8A 4KE1A 2F3FA 4HZTA 5KQYA 3EKXA 3LZVA 2UY0A 1B6LA 3AUPA 5P2AA 2O4NA 1FF0C 5P67A 4TVGA 1LYWB 3S7LA 4E43A 4Y3HA 1LS5A 4J54A 1ZPKA 2PH6A 2WEZA 5ER1E 5JFUA 2AZ9A 3GI6A 3G6ZA 1BXQA 1HIHA 4WY6A 2V0ZC 3HAUA 3LZSA 4GJBA 5P8IA 2WECA 2B8VA 3S53A 1W5VA 6UPJA 1HXWA 4YCKA 4I0HA 5APRE 5DGWA 1OEXA 5P22A 3VF3A 4DQHA 2WF0A 4S1GA 5P45A 2JXRA 4XX3A 3LITA 3GGXA 1J71A 2NXDA 1LYBB 5P2MA 3PJ6A 5KQFA 5P31A 5ER2E 4Y4AA 1EC0A 3KA2A 5DR8A 5P46A 3VEUA 2HC0A 5P3UA 3ZLQA 2VNMA 2QZLA 1BDQA 3IVHA 3NUOA 2IEOA 4F73A 2HM1A 4K9HA 3C9XA 2OHUA 5P0HA 1NH0A 3APRE 2P3BB 3CYWA 2QMGA 4Y58A 4QLHA 5P61A 1SMEA 5P6YA 5P07A 3ZL7A 1MTRA 1W5WA 5CONA 3TPLA 2FGUA 2WHHA 5P7CA 4B05A 5P4XA 5P4RA 2OAHA 1HOSA 4Y5CA 5IVQA 5JFPA 5DQCA 3VSWA 4LHHA 2BPZA 2RKFA 3NDTA 1ZLFA 3U7SA 1LF3A 1MRWA 4PZWA 3U6AA 3PGIA 4HDPA 5OYSA 3HBOA 2G21A 1XN3A 3DOXA 4Y4GA 3NWXA 5P1PA 3S8IA 1FIVA 5P7SA 3UDNA 2H6TA 5P5HA 2G27A 3OY4A 2OHQA 3BVAA 3JW2A 2Q3KA 2IGXA 2PWCA 4XKXA 3SKFA 5P3AA 5OZ6A 1MVPA 5P8UA 4WY1A 5P6XA 2QU2A 5E5KA 3PRSA 5P75A 4CKUA 1KJGA 1HXBA 2G1NA 4FM6A 4RRNA 3SA3A 2FS4A 4NJUA 5OZCA 5KQZA 5P0EA 7UPJA 3UF3A 4I0IA 2HB4A 2I0AA 2ZJIA 3IVIA 5P69A 5OZ0A 1WKRA 4Y3JA 1DP5A 1LZQA 3NU6A 1UH8A 4RYCA 4QJ6A 4Y5MA 3OADB 5P14A 4BFBA 3OOZA 4M8YA 4F74A 3G70A 3SACA 5P6RA 3BGCA 1FFIC 5KOSA 1MSMA 2XYFA 3BRAA 3VUCA 3DM6A 1MEUA 4HEGA 5P7DA 2G94A 2BQVA 3U71A 1EC1A 3PB5A 5P1ZA 4I0FA 3PLLA 1AIDA 1TW7A 3IN3A 5P7EA 5P18A 4B72A 3OGPA 3OTYA 4OBHA 2JJIA 3T7PA 3I7EA 1BILA 2OF0A 4B77A 3BUHA 4DI2A 3EBZA 1W6IA 4LP9A 4ZPGA 1HTGA 5P10A 1ZPAA 1HTEA 1SMRA 3D1YA 3VSXA 2CEJA 2FDPA 2H6SA 5P4CA 4YE3A 5COOA 5BRYA 4AA8A 3L5BA 4YBFA 5I3VA 2PK5A 5P1TA 3O9LA 5DPZA 2Z54A 5P1JA 3S56A 4B78A 3PHVA 1IZDA 2I4WA 3WSJA 4I8WA 5P6PA 4Y4XA 3ZMGA 5P0SA 3ZKMA 5IVTA 4TRZA 3JVYA 1A8KA 2O4LA 1DMPA 4XX4A 4Y3DA 4GJDA 3NSHA 4PZXA 5F01A 4R93A 2MIPA 1QS8A 1XN2A 5P6NA 4I1CA 3ST5A 3NWQA 4ZSMA 3OHFA 3UDYA 3CKTA 1VIKA 3WB5A 3JVWA 2OHNA 2AQUA 4H3IA 4ER4E 3QRVA 2Q63A 5P6SA 2AODA 1DW6C 1A94A 4Y5GA 1SIVA 3N3IA 2Z4OA 4H3GA 5P54A 4R92A 3QRMA 5HTZA 2WKZA 1YX9A 2OHMA 2VIZA 3TPJA 4Y36A 5P23A 1FMXA 4F75A 4OD9B 3ZPUA 1E5OE 1MUIA 4OC6B 5P36A 5P5AA 1T6EX 3UQWA 5C9BA 3OQ7A 4D88A 5P2ZA 3KYRA 1SGUA 4RVXA 5P4OA 3OUDA 4Y3YA 5P7JA 5P0OA 5P3IA 4DQFA 5OZSA 5DQ4A 5P3EA 4R91A 5P51A 4YOBA 3INDA 3UDPA 5P5CA 5KR2A 5P57A 5IE1A 1IZEA 4CPSA 3OU1A 4L7HA 1PSOE 2IGYA 5P5XA 1LYAB 4LBTA 3EC0A 3N4LA 4APEA 5OZ9A 4FM8A 1EPPE 1EPME 4EPJA 4I0DA 5OZYA 5ISJA 4GIDA 5P2UA 2JE4A 1T6GA 1AVFA 5DGUA 5P2DA 4RCEA 3SA7A 5DR3A 4X2LA 1APTE 2ZHUA 5OZIA 5P15A 4AA9A 2QI5A 4NKKA 4Y4BA 1APUE 3NUJA 3R1GB 5P1VA 2ZHTA 4CPXA 4NPUA 5P80A 3EKWA 5P6GA 3UTLA 2FDDA 3KT2A 4YBIA 4DPIA 3L5CA 1BWBA 4DJXA 2P3CA 2ZJNA 3H5BA 4RYGA 5P3FA 5P84A 4TRWA 2F81A 3LPKA 1BV9A 3S45A 5P4FA 3S85A 5P42A 2WF4A 2EWYA 5P0GA 3SM1A 3LZUA 3K5DA 3KF0A 5P04A 4PYVA 4N00A 5P0RA 1SDUA 3OGQA 4GJ7A 5P7BA 4Y38A 1AXAA 3S2OA 5B18A 2HB2A 5OYRA 3TNEA 3QAAA 2OHSA 2BPVA 3H0BA 3PWWA 3MSKA 7HVPA 1LEEA 3O99A 2RKGA 3VYFA 3VLBA 4Y3EA 4ER2E 3APPA 5OZ7A 1BXOA 5P37A 1ODWA 5P6HA 1K6PA 2OHPA 2AVMA 2VKMA 3KT5A 5P0CA 5P4BA 4RGHA 3KFRA 5P48A 5P6JA 4EJKA 5P0JA 3KDCA 5P0BA 5P38A 4PHVA 4MC6A 2I4DA 3WZ8A 5P0LA 4M8XA 3MXEA 3WZ7A 1B6PA 5P6DA 5P8DA 2BKSA 1KZKA 5P44A 5P5OA 3URIA 3UDKA 3ZKXA 2ER9E 1A30A 1W5YA 2I1AA 4B0QA 4Y6MA 1B5FA 2R3TA 4JPEA 2FNTA 5DR0A 3RU1A 3DK1A 2ZHRA 4Y43A 4Y3RA 5P3VA 4FCOA 5P3YA 2V16C 2Q64A 4B70A 1FMUA 1GKTA 2RMPA 4RCFA 3NU5A 4FIVA 5P4LA 5P50A 4J1FA 1FFFC 4EP2A 4EQ0A 3UCBA 4J17A 5UPJA 1A9MA 3EM4A 1MTBA 5P01A 2F3KA 3BUGA 1UPJA 4FSEA 3S54A 3CKRA 2FDEA 1KJFA 5P5UA 4FSLA 3LPJA 5JG1A 3GGAA 2PSUA 1KJ4A 5P55A 4HDBA 2QHCA 2HPFA 5P81A 5P7NA 5P88A 3HD8A 1B6JA 1MPPA 3DCKA 4Y9WA 5P0FA 1PPME 4D8CA 3S43B 3OU3A 1DAZC 4FE6A 2QNPA 2QMDA 3QP0A 3PM4A 4FM7A 3O9FA 5P2CA 4DJWA 1FQ7A 1SGZA 5P5TA 4ZEAA 1TCWA 5P47A 3PWMA 5P8SA 1NPWA 2V00A 2QU3A 5P0KA 3OXWA 4F76A 5P8HA 2PSVA 4Y37A 5OYXA 4DUSA 1HPSA 1SIPA 1BDRA 4DQBA 4Y4UA 2WF2A 3OUBA 5P3HA 2APRA 2ZGAA 3WZ6A 4L1AA 1T7JA 2R9BA 3PCWA 4EYRA 1GNMA 3IN4A 1NPVA 3EKVA 1WBMA 3OOTA 5P6EA 1QBUA 4KUPA 3LIQA 4EHCA 4FL8A 4K8SA 4JP9A 4YD6A 5P7VA 3TL9A 3L5DA 3LIVA 1ENTE 5OYWA 5P70A 5P5GA 5P0AA 4FRKA 5P2BA 4UPJA 5P8RA 4GB2A 2OHLA 1BWAA 2QAKA 4L6BA 4Y5LA 1HVSA 1IIQA 3EL4A 4U8WA 3VF5A 4ZSRA 4FS4A 5P1CA 3TTPA 2QMPA 3IAWA 3BHEA 3BGBA 5P3LA 1D4YA 2PWRA 2VIJA 4XXSA 1ZBGA 1XDHA 4OBZB 1D4LA 1HTRB 3NR6A 5P8GA 1HPVA 5P6BA 5P2EA 4Y50A 3UDHA 4JECA 4HLAA 5P52A 1U8GA 5P2LA 1OEWA 1D4SA 4Y3PA 2ZJKA 2BKTA 4RLDA 2FXEA 5P1LA 2AVVA 5P7FA 5P74A 5OZ3A 4K4PA 2QI1A 5OZVA 2J9JA 5P66A 5P6OA 4OBDA 2F80A 3UQUA 1G0VA 4Y3MA 5P6QA 1YTIA 5P2VA 1HSGA 3O9CA 3RVIA 4IVSA 5P7HA 1PSAA 3RSVA 5P5SA 3S7MA 2O4PA 1QBTA 4J55A 4ZE6A 2AVSA 4CPRA 1FEJC 2ASIA 3O9EA 4YD5A 4JPCA 2NR6A 5P5WA 1B11A 5P1KA 1SH9A 3QVCA 2B8LA 3L5FA 4OBGA 5DQ2A 5P7PA 2ZHVA 3EL1A 3RTMA 1EPQE 5P13A 5OYVA 4QJAA 5P8KA 1Z1RA 2XFKA 2I4UA 3D1XA 3O9AA 2F8GA 1EAGA 4I12A 5P3GA 5OZEA 3FIVA 2QK5A 2G20A 4QJ2A 4Y5AA 1PSNA 5P2SA 4LXKA 1LV1A 4DPFA 4EXHA 2IRZA 4KB9A 3OU4A 2F3EA 1MT8A 5P4DA 4YDFA 5P82A 2P83A 5P5ZA 4L7JA 4Y3NA 1EPOE 3TOFA 4Z50A 3ZPSA 5OZ2A 4NJSA 4ZLSA 1BV7A 5DQ1A 4DVFA 3T7XA 3VCMA 3LZYA 4I0JA 5C9DA 5P8EA 3ER5E 5P76A 4DQCA 4Y3SA 2RENA 2Q5KA 3KM4A 4Y3FA 5OZ1A 4Y3WA 5P3QA 3UPJA 4Y47A 3URJA 3HZCA 4RROA 3LNKA 3SFCA 4RVIA 4GJ5A 1HWRA 2B42A 5P4ZA 4OD9A 5P4JA 1T7IA 4OC6A 5P8BA 2VJ6A 4Y53A 1TCXA 2OHKA 4YOAA 3ZKQA 5OZNA 4K4QA 3VLAA 2G69A 5P03A 3FKTA 1D4JA 3LIXA 1GNOA 5OZHA 5AGZA 1GVVA 5P5QA 1FQ6A 5P5DA 2VS2A 4CMSA 4ZSQA 2WF1A 5P71A 5P6WA 4YD7A 3NDUA 1HVJA 4Y51A 2I4QA 4DQGA 1MESA 5IS4A 5I3WA 3K4VA 5EZXA 1IDBA 4NJTA 5P68A 3R2FA 5AHCA 3VG1A 4GMIA 1HTFA 1LYAA 5P4KA 1C6XA 1C70A 2HB3A 3K5GA 3UDJA 4A6CA 3FSMA 2HS1A 5P64A 3T7QA 5P83A 5P7IA 3K5FA 4GJ8A 5P2JA 5P3RA 5P6CA 3NDWA 4Y3GA 4EP3A 3T11A 4EXGA 3SA4A 2AOJA 5SY2A 5IVRA 5AHBA 5P86A 2JJJA 4LL3A 2NNKA 5P3KA 2VNNA 1EPLE 5OZMA 5P8JA 4OBFA 4BELA 2IQGA 3MSJA 2QI0A 5P32A 3R0WA 2A4FA 5P5FA 3VYDA 2P8HA 1HVCA 2FIVA 3FNTA 1MRXA 4Q1NA 2WJOA 2B7ZA 5P12A 5P4UA 3TKGA 3IXJA 1HRNA 3A2OA 4J0TA 4U7VA 1HEGE 1HVRA 2O4KA 1W5XA 5P2GA 2QHYA 4D85A 5EZZA 2FNSA 5OZTA 4Y44A 5AHAA 3F9QA 5P7OA 2V10C 2V12C 3I8WA 4GJ6A 2G24A 2Q54A 1LF2A 3B80A 3KFPA 2OHTA 2QD6A 4R8YA 4CPTA 1D4HA 5P7AA 1HHPA 5OYZA 5P85A 4GJAA 4CPUA 3VFBA 1GVUA 4KE0A 2HS2A 2VA7A 2QI7A 3BVBA 4AMTA 3VV6A 1AJXA 2ZJHA 4Y3ZA 4Y5KA 5P3CA 2QI6A 5OZLA 3PI0A 2I0DA 5HE5A 3PBDA 4QJ9A 3QS1A 5OZGA 3CIDA 5P6MA 3KFSA 4Y5BA 2NMYA 3OUCA 5ENKA 5P5MA 4FRJA 4U7QA 3SABA 5ENMA 3INFA 1BVGA 5P26A 4OBJA 3HW1A 1ZTZA 4Y3TA 2ZYEA 3I25A 3Q5HA 3LIYA 5P7ZA 4YCTA 3OQFA 5DR4A 4Y4WA 3O9IA 3QROA 2AVQA 5P35A 5P7KA 4EWOA 2CEMA 2R5PA 5P89A 1UH7A 1AAQA 3D20A 5AH9A 1EEDP 1M4HA 4J0ZA 5P7GA 5P8VA 3PVKA 1G2KA 3CIBA 1HIVA 3NXNA 4Z2ZA 1APVE 5P6LA 3OXVA 3MWSA 2PC0A 4ER1E 4H3JA 3TLHA 3NU3A 1BAIA 1FG6C 1XE6A 1YT9A 2R38A 2R3WA 1YM4A 3Q70A 1TZSA 3KFNA 1YG9A 3BXRA 3CICA 3OUDB 1T7KA 2ZE1A 4B1EA 2AOEA 3L38A 4QGIA 3OUAA 3EM3A 4WTUA 3G72A 5P8QA 4K4RA 1TSUA 1G6LA 4J5JA 2QZWA 4GJCA 3IGBA 4B00A 3OXCA 3GGVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CEN A;  5P72 A;  5HU0 A;  1W50 A;  5SZ9 A;  5P0Y A;  4DJR A;  3D91 A;  4Y4J A;  1HPO A;  2NXM A;  1W51 A;  3UDQ A;  5P2I A;  4DV9 A;  1RNE A;  3PSU A;  5P43 A;  5P02 A;  4YA8 A;  5P4H A;  3O9G A;  3BXS A;  3QPJ A;  2P3A A;  2ER7 E;  3OQD A;  5P3S A;  3SQF A;  3VYE A;  3UFL A;  3KMY A;  1PPL E;  3ER3 E;  2AOF A;  4HA5 A;  2OHR A;  5HDU A;  4EQJ A;  1BVE A;  3EKT A;  5BWY A;  5P7U A;  1E81 E;  2B7F A;  3NXE A;  5P3P A;  3QIH A;  5OZZ A;  3PMU A;  2FGV A;  1FQ4 A;  5P1A A;  5P5N A;  5SXN A;  4EJ8 A;  4QJ8 A;  4KE1 A;  2F3F A;  4HZT A;  5KQY A;  3EKX A;  3LZV A;  2UY0 A;  1B6L A;  3AUP A;  5P2A A;  2O4N A;  1FF0 C;  5P67 A;  4TVG A;  1LYW B;  3S7L A;  4E43 A;  4Y3H A;  1LS5 A;  4J54 A;  1ZPK A;  2PH6 A;  2WEZ A;  5ER1 E;  5JFU A;  2AZ9 A;  3GI6 A;  3G6Z A;  1BXQ A;  1HIH A;  4WY6 A;  2V0Z C;  3HAU A;  3LZS A;  4GJB A;  5P8I A;  2WEC A;  2B8V A;  3S53 A;  1W5V A;  6UPJ A;  1HXW A;  4YCK A;  4I0H A;  5APR E;  5DGW A;  1OEX A;  5P22 A;  3VF3 A;  4DQH A;  2WF0 A;  4S1G A;  5P45 A;  2JXR A;  4XX3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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