4RGHA

Human dna damage-inducible protein: from protein chemistry and 3d structure to deciphering its cellular role
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
QVVMLYINCKVNGHPVKAFVDSGAQMTIMSQACAERCNIMRLVDRRWAGIAKGVGTQKIIGRVHLAQVQIEGDFLPCSFSILEEQPMDMLLGLDMLKRHQCSIDLKKNVLVIGTTGSQTTFLPEGELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Human DNA Damage-Inducible Protein: From Protein Chemistry and 3D Structure to Deciphering its Cellular Role
rcsb
molecule keywords Protein DDI1 homolog 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 32
structure length 128
sequence length 128
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09668 Asp_protease Aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rghA00
5C9BA 1E82E 3D3TA 3FIVA 3CICA 5P82A 5P6DA 4J1FA 5P3BA 1DAZC 4BFBA 1PFZA 2BPXA 4COEA 5P34A 5P5VA 3IXOA 1LYBB 3CKRA 2O4PA 2O4KA 4A6BA 3LZVA 3SQFA 1ME6A 3FV3A 1IVPA 4Y3JA 5P4VA 4Y54A 4EJLA 5OZBA 3VV8A 5P5RA 1MESA 3R4BA 4Y3GA 5DR0A 3UDHA 3UQXA 1CMSA 4DUSA 3SA8A 2VA7A 3L5CA 2B7ZA 2ZGAA 5P5FA 5P1IA 3O9IA 5P5BA 5DQ4A 3IN3A 3T7QA 5P0FA 1KZKA 4H1EA 3K5DA 1RQ9A 4EQJA 3T11A 2JYSA 5OZHA 3NLSA 5P26A 2B8VA 2Q63A 3HVPA 1PPLE 1CPIA 1ZPKA 4LP9A 3OQAA 4ZPGA 5P3NA 1SMEA 1TSUA 5P4WA 2VS2A 5OZPA 5KR2A 5P45A 3UF3A 1K6CA 3FNUA 4CMSA 3BUHA 5P16A 3EKVA 3CYWA 4Y5CA 2SAMA 4Y3ZA 2ZHTA 5SXNA 2QMPA 5P54A 4PZXA 1AZ5A 2I1AA 3UHLA 4J1IA 3KM4A 3EL0A 2AZCA 2R3TA 2AIDA 2F3KA 5P05A 5P70A 1RNEA 2ZJNA 2I4VA 4Y4AA 3VLAA 5P1GA 3OUCA 5P6HA 1MTBA 3OU3A 5P4MA 2BBBA 5P2JA 3DJKA 1TSQA 5E5KA 4BELA 3EKWA 1M43A 5KQXA 2P3CA 1EC3A 1EEDP 3R0WA 4R92A 4Y3FA 3WB4A 4YCYA 3LIYA 5P5NA 3UQRA 1HEFE 3UCBA 5P11A 3S7MA 5P38A 1B6KA 5P4NA 3I7EA 2PSGA 4Y4TA 5P1LA 5P41A 5HE5A 3ZKSA 1FGCC 3PLLA 1FMBA 1LV1A 1LZQA 3EL5A 3Q70A 5P7QA 5P02A 3SACA 5P1FA 1AVFA 4TRZA 5P2KA 1W5WA 5P8FA 1CZIE 2UPJA 5HDUA 4GMIA 7HVPA 4Y3LA 4Y36A 3VUCA 3UDNA 5P0BA 1HWRA 5CONA 5P56A 3O9DA 3OAGA 5P64A 4LXMA 1K1TA 2OHPA 4IVSA 1G35A 4R93A 2G27A 1YX9A 1ODYA 5P0TA 3UDYA 5HCOA 2G22A 3VF3A 3S45A 5EZZA 1EC0A 2AZ9A 1YTHA 4Y39A 5OYQA 5P2RA 2OAHA 1FLHA 3UDQA 5P55A 4J0ZA 1EPME 2Q5KA 2NMZA 5I3WA 4J1HA 1GNMA 3N3IA 3FSMA 5P3WA 1XN2A 3KT5A 3OQKA 5OZRA 4JPEA 1LYWB 1NPVA 5P46A 5P0LA 5P6EA 5P6CA 4EXHA 5BWYA 1M0BA 2G1SA 4QJ2A 2P3DA 2RMPA 5P81A 1EC2A 2IQGA 9HVPA 5P4UA 4GYEA 5OZTA 1BV9A 5P0PA 5P2OA 2OHQA 1SDVA 3S56A 2AQUA 5DGWA 4I8ZA 5HD0A 1HVJA 5KAOA 3PGIA 4FCOA 4B1CA 1HIIA 5KOQA 5P3FA 1T6GA 1T7JA 1YM4A 1YTIA 5P1ZA 4EYRA 4FM7A 3QVIA 1HVCA 3NR6A 4K9HA 2PSUA 3O9FA 5F00A 3B7VA 3MXDA 2ER0E 3UDMA 5P6JA 1FQ4A 3CYXA 3U6AA 5P30A 1FKNA 2BKSA 2AODA 5P0AA 3JW2A 2AVQA 4Z50A 3RTMA 4MC1A 5P7BA 1HIHA 5DR1A 4DQCA 5P07A 5P5KA 1HOSA 3IAWA 3LNKA 3CIBA 5P23A 1A94A 2G1NA 5P1SA 4GJBA 3BXSA 2PC0A 5P44A 3GI6A 5P6OA 3OU1A 1WBMA 4U8WA 5P8PA 3VV6A 2OHMA 5OZ3A 5OYYA 5P3AA 4Y4GA 1VIJA 1HXWA 3WSJA 4GJDA 3QRSA 2IL2A 4Y57A 2ZHRA 4YOBA 3ZPUA 5P6UA 1G6LA 5P84A 2EWYA 1FIVA 5P2GA 5P67A 1HPSA 5P0EA 4D85A 2I0DA 4TRWA 4S1GA 3T3CA 5P8JA 4EWOA 1VIKA 5P03A 1SH9A 4I0ZA 1D4YA 1RV7A 3OQDA 4XX3A 3UFNA 4Y3DA 3ST5A 1HIVA 2AZ8A 5P14A 2ZJMA 3O9CA 4D89A 2VIJA 1HVIA 4PEPA 4Z4XA 1BWBA 5P5XA 4QJ7A 3VF7A 5P5PA 4DQEA 5HDZA 5OYZA 5P5SA 4R91A 1XL5A 1FEJC 5P3OA 1Q9PA 3EBZA 3RTHA 5P8DA 2BPZA 1DW6C 5JODA 5OZ9A 5OZKA 1MSNA 3FNSA 3PBZA 2QNNA 5OZGA 5P5MA 5P52A 3KFRA 3UTLA 3F9QA 1TCXA 2PWCA 1A9MA 3S85A 3Q3TA 5DR3A 2BPVA 1BIMA 1F34A 5P1UA 5P3EA 5P06A 2QNQA 1QBRA 4DPFA 4J1EA 2UXZA 4QJAA 2XYFA 4I10A 5I3VA 4LXAA 3KDDA 1HRNA 5P3DA 3I6OA 3BHEA 5P37A 1FQ8A 1FMUA 4OBDA 2HM1A 3GGUA 3L5DA 5P75A 5IVTA 3NDWA 1WKRA 3S2OA 5DR4A 5P8LA 1EPPE 1AAQA 2JJIA 3HBOA 3KFPA 5IVRA 4RYGA 3K5CA 3FX5A 5P4FA 2QI6A 2G20A 4EJ8A 5P3UA 4Y5NA 4B77A 2QMGA 5P5UA 3VYFA 4HDBA 2ZJJA 3LZUA 5P51A 3GI4A 3IN4A 1W6HA 3U71A 2HS1A 5P6MA 5P1PA 5P32A 1KJGA 5E5JA 1IDBA 3TKWA 1K6PA 4Y3PA 1HPXA 2Q3KA 1DMPA 2FIVA 3CIDA 3SA5A 4OBZB 4K8SA 2OHNA 5P4XA 4F76A 4ACXA 4OC6B 4J0YA 4Y3RA 3MSJA 1YTJA 4PPHA 4IVTA 5ER2E 1GVWA 4Y58A 5P78A 1W5XA 5OYRA 2QD8A 2F3EA 2AVOA 3HVGA 3SKFA 3ZPTA 2IEOA 4OBKA 5P27A 1IZIA 3WZ6A 1G0VA 3UDKA 2O4LA 4Y3YA 5P6NA 3ECGA 4B0QA 2VJ6A 5P5TA 3KMXA 4RCEA 5P39A 3NWQA 2ZHSA 3PMYA 4R5NA 5P4KA 3UQPA 2ER9E 4Q1NA 3L3AA 4Q1YA 2WF0A 5P0OA 4RZ1A 4Y4UA 1GVUA 1MPPA 5P2AA 3TOFA 4MC6A 3LHGA 3PRSA 4TRYA 1HEGE 1FQ6A 3Q6YA 2G69A 5P1JA 4D83A 4DJXA 4I0EA 3INFA 2Z54A 5P65A 3EXOA 1APTE 2Z4OA 3CKPA 4CKUA 3D1ZA 4D88A 4R95A 2Q55A 3O9LA 1AJXA 1T6EX 1EPRE 4RVIA 3NU3A 1K2BA 1APVE 4Y37A 1JLDA 1B6JA 2Q64A 3LPIA 3DUYA 4JOOA 2VA6A 2Q15A 3BXRA 2R5PA 5P57A 3TH9A 3DV1A 4I0IA 1EPQE 4A4QA 4JECA 1Z1HA 4Y4BA 3SLZA 5P2IA 4Y3WA 5P0XA 4EJDA 1UH8A 1GVTA 5AHCA 4APRE 1Z8CA 2HS2A 3UDJA 3D1YA 5APRE 1LF4A 3TPJA 5P61A 5P5EA 1GNNA 5P6KA 4Y4EA 2V13A 5P0DA 1SIVA 5P8TA 3R1GB 4RROA 2P83A 4Y5GA 3QRVA 2FMBA 4YDGA 3IVHA 4L1AA 3B80A 3NU9A 5P0NA 1NPAA 4LAPA 3L5FA 3K1WA 5DR8A 1LS5A 5P2EA 4I0GA 2WL0A 3KMYA 5P1MA 2OHRA 4TVHA 5P4YA 3FKTA 5P6FA 2QI7A 3TLHA 4XXSA 4Y38A 2ZDZA 3O99A 5P66A 1B5FA 2NPHA 5P3XA 3G6ZA 1T7KA 2QHYA 4NJVA 5IS4A 3KYRA 4FE6A 5OZJA 5P4DA 5TOLA 5AH6A 5OZQA 3KT2A 3GI5A 5OZ8A 4ER2E 3U7SA 5OZWA 1UPJA 1LF2A 2P4JA 4JPCA 1G2KA 5P8RA 2R8NA 5P7AA 5P2NA 2NNKA 2NNPA 5COPA 5P5QA 3OQFA 4DJRA 3TOGA 5P42A 3TPLA 3H0BA 3IGBA 4Y3QA 1MERA 5P1TA 4YCTA 8HVPA 4J0TA 1MT8A 3VSXA 4Y4ZA 4HLAA 3APRE 3NXEA 4DFGA 3TNEA 6FIVA 1A30A 5P2FA 3URJA 2WF1A 4Q1XA 4Y5AA 5P6WA 2HB3A 1FB7A 4Y53A 2FDDA 1BBSA 2PQZA 2V00A 2FS4A 5P0RA 1GVXA 3Q4BA 2VIEA 5P17A 1LEEA 3EM6A 3JVYA 1OHRA 3OUAA 5I3YA 1ZSRA 4AA9A 3SA4A 2ZHUA 3I25A 3OXCA 5PEPA 3I8WA 2JE4A 3UDRA 3GGAA 5P3GA 5P8OA 1D4IA 2I4UA 3OWNA 1XE6A 3SABA 3CMSA 3LIZA 4M8XA 1EBZA 4Y3XA 3K4VA 5OZVA 3BC4A 5KR8A 5P7EA 3VFBA 5P7VA 5P62A 5BS4A 5P5HA 4ZPFA 4GIDA 5P43A 3O9HA 3QI1A 4DH6A 1B11A 2WF3A 3TTPA 3VYDA 3HW1A 2QD6A 5P24A 3UPJA 1K1UA 4GJ6A 2XFJA 4Y4WA 2B7FA 5P3MA 5P8MA 3EKYA 4ZPEA 3NDXA 5P1VA 5P35A 4EJKA 5P4ZA 5P2LA 4OBFA 3LITA 4J5JA 3K4VC 3VYEA 5P60A 2WF2A 4RVXA 2FDEA 2IDWA 4HEGA 3I2LA 3PEPA 1MSMA 3PWWA 4J0PA 5AH7A 5OZ5A 2F8GA 5P7OA 5OYUA 4YE3A 1E81E 2PYMA 3ZKQA 3R2FA 4B70A 3OU4A 3LIVA 5KQZA 3OU1B 1C6YA 5KOSA 1KJHA 3QP0A 4H3IA 4B05A 4FM6A 5P86A 5P8EA 2OHSA 2PYNA 5P3LA 5P79A 5OZDA 5P2ZA 5P10A 4MC2A 4KE1A 2WECA 3NDUA 3ZPSA 5P5ZA 1FMXA 3APPA 2QI0A 3HDKA 4HVPA 5P6LA 5DQCA 4YCKA 2ZYEA 2V12C 5P1QA 5JG1A 1ZSFA 3R0YA 5P2XA 2ANLA 4I8WA 2A4FA 5P5LA 5P6VA 5HE4A 4Y56A 1AIDA 2QI5A 2NR6A 4Y3SA 5P6XA 2O4SA 3PWMA 2PSVA 1BVEA 5COOA 3OXVA 4Y5BA 2XFIA 2AVVA 2Q54A 6APRE 1MVPA 3ER3E 3SKGA 2WF4A 2WEDA 3OHHA 3ZLQA 5P12A 5SY3A 4H3FA 1MIQA 5AH8A 5P2TA 5P2SA 3NU4A 5P1DA 1PROA 4CP7A 3INDA 2HB4A 3ZKGA 4GJ5A 1LYAB 2FXEA 2NXDA 3FNTA 5OZNA 7UPJA 1BV7A 5P1WA 3PSGA 5P5JA 4B00A 1W6IA 1QBUA 4DI2A 5HU1A 3HAUA 4RYCA 2QZWA 5OYXA 2F3FA 4YBFA 1TQFA 2VIYA 4OBGA 4Y47A 5P1CA 1U8GA 4FRJA 1N49A 3ZMGA 4ER1E 5P4LA 5P8IA 4FLGA 4B78A 2IGYA 4I1CA 2P3BA 5P7TA 4UPJA 3OUDA 3NDTA 5IVSA 5P09A 5P8BA 3MSLA 4FRKA 4DQBA 1NSOA 4Y5PA 2ER7E 5OZ1A 2IGXA 1YG9A 2PK5A 1ZTZA 1TW7A 3BUGA 3H5BA 2V11C 4K4PA 3S43B 3KN0A 2AZBA 4MC9A 3BGBA 2AOHA 3QBHA 4FAEA 3PVKA 4R8YA 4FM8A 5CLMA 1SDTA 2G26A 2HIZA 1SGZA 2O40A 3EL9A 4Q5MA 5C9FA 3EM4A 5P89A 3VSWA 5P2DA 5P19A 3L5BA 1GVVA 4DJYA 4M8YA 3TOHA 1HVSA 3MXEA 5P18A 1EBYA 5DR7A 4ZEAA 3EM3A 5P87A 5P1AA 5P7NA 5P88A 3VF5A 3SO9A 4L6BA 4I0DA 3S53A 3URLA 1K6TA 3WZ7A 3LIQA 2PH6A 5HU0A 5P50A 1RL8A 3A2OA 2XYEA 5P53A 4YD5A 2G21A 4U7VA 1SBGA 2QHZA 4DQHA 1HTRB 3T6IA 4WY6A 5P4HA 5P6PA 4J54A 1MRXA 3DCRA 1OEXA 5DQ5A 2F80A 5P22A 1HHPA 5P4IA 1HSHA 4QGIA 5HDVA 2QK5A 5P7LA 1IZDA 5P6ZA 4NJUA 4YD3A 2QU2A 2J9JA 5OZXA 5P5DA 3SM1A 5P5GA 1PSOE 3KF0A 4ER4E 3BVAA 3PCZA 2JXRA 4L7HA 4FIVA 3RVIA 3IXJA 5P29A 5BRYA 4Y5LA 2IRZA 4OBHA 4AUCA 1SGUA 4L7GA 4GB2A 1FQ5A 4X7IA 3GI0A 5P7ZA 3INHA 3PJ6A 3NYGA 4HDFA 1SIPA 3ZKNA 2QU3A 3DCKA 2AOCA 5P63A 5P0YA 2QHCA 3UQWA 2I4DA 5OYWA 1XDHA 2ER6E 5P85A 3IVIA 1BXQA 1ZP8A 2QAKA 5P4PA 5P1RA 1EC1A 4DJWA 4Y3TA 5P8QA 6UPJA 1B6MA 1EPLE 3OOZA 5P4AA 4XKXA 3EKXA 1SMRA 1KJFA 4Y3MA 1XL2A 4KE0A 3OADB 2G1YA 5P6SA 3L58A 5AHAA 4FSLA 5P01A 3AUPA 4A6CA 2BQVA 2B42A 4YD4A 2OHUA 4HA5A 1HTGA 2FLEA 5P8SA 5P0UA 3PSUA 5P0IA 3NSHA 4DJOA 2AOJA 4Y5MA 1BAIA 4EXGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C9B A;  1E82 E;  3D3T A;  3FIV A;  3CIC A;  5P82 A;  5P6D A;  4J1F A;  5P3B A;  1DAZ C;  4BFB A;  1PFZ A;  2BPX A;  4COE A;  5P34 A;  5P5V A;  3IXO A;  1LYB B;  3CKR A;  2O4P A;  2O4K A;  4A6B A;  3LZV A;  3SQF A;  1ME6 A;  3FV3 A;  1IVP A;  4Y3J A;  5P4V A;  4Y54 A;  4EJL A;  5OZB A;  3VV8 A;  5P5R A;  1MES A;  3R4B A;  4Y3G A;  5DR0 A;  3UDH A;  3UQX A;  1CMS A;  4DUS A;  3SA8 A;  2VA7 A;  3L5C A;  2B7Z A;  2ZGA A;  5P5F A;  5P1I A;  3O9I A;  5P5B A;  5DQ4 A;  3IN3 A;  3T7Q A;  5P0F A;  1KZK A;  4H1E A;  3K5D A;  1RQ9 A;  4EQJ A;  3T11 A;  2JYS A;  5OZH A;  3NLS A;  5P26 A;  2B8V A;  2Q63 A;  3HVP A;  1PPL E;  1CPI A;  1ZPK A;  4LP9 A;  3OQA A;  4ZPG A;  5P3N A;  1SME A;  1TSU A;  5P4W A;  2VS2 A;  5OZP A;  5KR2 A;  5P45 A;  3UF3 A;  1K6C A;  3FNU A;  4CMS A;  3BUH A;  5P16 A;  3EKV A;  3CYW A;  4Y5C A;  2SAM A;  4Y3Z A;  2ZHT A;  5SXN A;  2QMP A;  5P54 A;  4PZX A;  1AZ5 A;  2I1A A;  3UHL A;  4J1I A;  3KM4 A;  3EL0 A;  2AZC A;  2R3T A;  2AID A;  2F3K A;  5P05 A;  5P70 A;  1RNE A;  2ZJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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