4RRSA

8-tetrahydropyran-2-yl chromans: highly selective beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
400
structure length
393
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 8-Tetrahydropyran-2-yl Chromans: Highly Selective Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 393
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rrsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rrsA02
5P39A 4DI2A 4B72A 5P13A 4YDGA 5P83A 5P5IA 2AZ8A 2R9BA 3TH9A 1HOSA 5E5JA 3UDQA 1GVUA 1AJVA 3NU6A 3GGUA 4QJ9A 4RRNA 3QAAA 5P2YA 3HDKA 3S43A 5P00A 5P6DA 5P49A 1K6TA 2PWRA 4Y5CA 4J1EA 1NPWA 5SXNA 3UQXA 5P6XA 1BVEA 1FQ5A 1PFZA 5P1FA 1EPOE 1FQXA 2O4KA 5DQ1A 3U6AA 3LITA 4J1FA 4UPJA 1W5WA 1EC0A 5P28A 1YT9A 5OZAA 4DQCA 1IBQA 4JP9A 5KOSA 3EM6A 2AZBA 3OOTA 2ZHVA 1MEUA 3OU1A 1DW6C 5JG1A 5P25A 3UDJA 5P46A 3UDNA 4Y4UA 2H6SA 5P57A 5P6WA 5P45A 4GZFA 5P3IA 1OEWA 5P4KA 3UDRA 2VIZA 5P0AA 4J17A 1G35A 4DQEA 4PYVA 1UH9A 5P1OA 5P0DA 5P89A 5OZMA 3VEUA 4QJ6A 4YCKA 1EC2A 4LXAA 2F3EA 4J1HA 5P3PA 3HAWA 2V11C 3ZKMA 3ZL7A 3IA9A 3FKTA 5AGZA 3R0WA 3O9FA 4HA5A 2AOEA 5P2FA 4E43A 4EJ8A 3S53A 3G6ZA 3ZMGA 4OD9B 4IVTA 2G1RA 4DVFA 3O99A 5P88A 3VG1A 4EP2A 4I8ZA 1MIQA 5COPA 1LF4A 1A9MA 4Y57A 2OHUA 3HVGA 1FMBA 3N4LA 5P7LA 5OZUA 1NPAA 3UFLA 1D4IA 3ZPTA 4OBKA 2F8GA 1HPSA 5P79A 2AVMA 5P77A 4JECA 5P3MA 2G24A 1EBZA 2WF4A 4FM8A 3INFA 1QRPE 4J0VA 4YCTA 5IVSA 4Y4ZA 3EL9A 1CZIE 5OZPA 1ZPKA 5P6AA 1XE6A 5SY3A 1UPJA 1KJFA 4K4PA 5DPZA 5P58A 4MC2A 2BPZA 5OZGA 5P1ZA 4LP9A 3VSXA 3EL4A 5P8QA 3LZUA 4FAEA 3Q4BA 3Q70A 1FLHA 1B6MA 3OQDA 1HRNA 5DR1A 3QRSA 2G1NA 4J1CA 4CPQA 2QCIA 2OHMA 3QIHA 3LIXA 5P67A 3VUCA 2CENA 5P17A 5P5XA 2IDWA 1PPLE 3I7EA 3CYWA 3LZSA 5I70A 3QP0A 4D8CA 2QI4A 5P8AA 3OAGA 3TKWA 4B78A 3S45A 4GYEA 2WEDA 3OOZA 3ZKXA 4J0YA 3CKTA 4DPFA 5OZVA 2Q11A 4KUPA 3ECGA 1LYBA 4ZPFA 2IGYA 5P2ZA 2FXDA 3CIBA 3EKVA 5COKA 1FMUA 5P7NA 2G27A 1B11A 1LYWA 2AVVA 1B6PA 3OUCA 3BXSA 1IZEA 1SIPA 5P27A 3VF7A 3ZLQA 2AIDA 5ISKA 5P0PA 5OZ3A 4HVPA 2JYSA 3DJKA 5BWYA 3EKXA 3CICA 5P6ZA 4GJ8A 5P37A 5P6OA 4U7VA 5P3QA 2RMPA 4OBHA 5P5QA 1HIVA 1APUE 5P86A 5P02A 1IVPA 2R5PA 2AVSA 4ER1E 4GIDA 4EXHA 5P7AA 2Q55A 1YTJA 4Y4WA 4Y3LA 4DJOA 3C9XA 4JPCA 4J54A 1RNEA 4FM7A 3TOGA 3BGCA 5P3OA 1HVLA 5P71A 5OZZA 5P73A 2QMPA 3VYDA 2AVOA 5P64A 3PSYA 3KDCA 5P55A 4Y50A 1T6GA 3UQWA 4Y3WA 4J1KA 3UDMA 1AM5A 2WJOA 5P4HA 1FQ7A 3CMSA 7UPJA 5P5DA 4CMSA 2QMFA 2NMZA 2ZJHA 3DUYA 4FIVA 4PPHA 5IVRA 5P5PA 4EXGA 1YG9A 5OYQA 2BPWA 2QI7A 5P3KA 4Y5GA 6APRE 5P0TA 3WZ6A 3PB5A 1G2KA 2QAKA 4RCFA 3VYEA 3PMYA 4GB2A 1GVWA 4I0ZA 5P5VA 5OZBA 5P2BA 1MRXA 5KQXA 3FV3A 1DP5A 4D88A 2PQZA 3IXKA 1HPVA 4F75A 5P4IA 3BUGA 5P0LA 5P14A 1OEXA 2WHHA 3B7VA 5P4AA 4CP7A 4RGHA 5P7FA 5P69A 2SAMA 5P3WA 1SIVA 2Q54A 1MSMA 1LF3A 4RRSA 1BWAA 1GNOA 5P80A 2I4WA 4APRE 5P03A 5APRE 2FNTA 3K4VC 5P2AA 3GI0A 4APEA 4F76A 1BDQA 3UQPA 5P0IA 2P3BA 4Y3PA 1KJGA 4OC6A 1W5XA 3QS1A 5P3GA 1W5YA 4CPXA 4DJRA 3D91A 3LPJA 1PPKE 1GKTA 2BPVA 3NU3A 5P3EA 1A8KA 3UHLA 5P5YA 4AMTA 3AIDA 7HVPA 5EZXA 2FXEA 3OADB 3O9AA 4RVXA 4Y37A 4COEA 5DQCA 5HCTA 1B5FB 5FIVA 1SGUA 5P1WA 5OZ1A 4K9HA 4XX3A 4HDFA 5P6HA 3KFRA 3HZCA 2XFJA 3DK1A 2G22A 5P87A 5P8JA 3PRSA 2FMBA 5P84A 4OBDA 4Y3XA 4HEGA 1FQ4A 2B8LA 1E5OE 5OYRA 3TNEA 4I1CA 1AIDA 2F81A 2OHPA 4LXMA 5P8IA 3NR6A 5P7PA 3NDUA 4Y43A 2QMGA 2NNKA 4OBJA 1W50A 5P7HA 1DIFA 3WB5A 4DH6A 1C6YA 2QI1A 2BBBA 5P15A 3TL9A 3Q3TA 4Y35A 5P1NA 2G21A 4Y3MA 5P63A 3SA4A 2G1OA 3PWWA 4B70A 5P6PA 4EYRA 5ENMA 5OZ8A 3BVBA 2VIEA 2ZHTA 4M8YA 5OZCA 1F7AA 2FS4A 3EC0A 1EPLE 4GJ6A 3UCBA 2ER6E 3PBZA 5P4SA 3HBOA 4Y4EA 5P0HA 5HDVA 3NXEA 1K1UA 3QPJA 1TW7A 3HVPA 1MSNA 2ZJIA 4Y44A 3URJA 5OZYA 3MSLA 1UH7A 2VJ7A 3EKTA 1BXQA 4HLAA 5P1GA 5AH8A 4Y54A 5AHBA 4ER2E 1E82E 3ZKSA 4Y3YA 4DV9A 4OD9A 4YD3A 3GW5A 4HZTA 2MIPA 1E80E 2PH6A 5P4VA 3EKPA 5HD0A 5P8LA 5AH7A 5P81A 3QBFA 2BPYA 5OYTA 4JOOA 5P08A 4EPJA 3K5CA 3OTYA 5DQ4A 3D1YA 5P82A 3SA7A 3VF5A 4DUSA 5P5SA 2I0AA 2XYFA 4GJCA 5T4SA 3URLA 2V16C 3K5FA 3O9HA 5P5EA 3ZKIA 1EEDP 3L5BA 4FM6A 2WEZA 1WBMA 2QU2A 1ENTE 4HE9A 5P4BA 3CKRA 4XX4A 2JJJA 2PMAA 1VIJA 4NJUA 2PSVA 1MT8A 3G72A 1YX9A 3NSHA 4L7GA 5P3HA 4Y4BA 4A6CA 5P1IA 5P85A 5P7UA 2VKMA 1HXBA 4Z22A 3L5CA 5P8DA 5P32A 1D4SA 4QJ8A 2WEBA 3S54A 4EQ0A 2QD7A 5P7BA 5KOQA 4XKXA 5P5FA 5P4LA 5P2CA 2QMDA 2IS0A 3S7MA 2AZ9A 4CPWA 4DFGA 5IVQA 5P35A 3NWQA 4YBFA 2QU3A 3SABA 2IGXA 5P61A 4Y4JA 3OWNA 4Q1WA 2ER7E 4D89A 5OZ5A 3PHVA 4GJBA 4DPIA 2VA6A 3O9GA 5P7QA 2XYEA 5OZ7A 1T7JA 1HIHA 1AZ5A 1LYAB 2HPEA 4FRSA 2IL2A 2PYMA 5P8BA 5OZLA 5P2EA 3GGXA 4B1DA 4YD7A 5P4OA 1GVVA 3OXXA 5HTZA 1T3RA 1ODYA 5P23A 1Z1RA 5P38A 3O9LB 2F3FA 1KJ7A 3KDBA 2NMYA 2QHZA 2VNNA 4Z4XA 4I11A 1FFIC 5P5OA 4ER4E 3ZOVA 2H6TA 4BELA 1OD1A 1U8GA 1SP5A 1MTRA 2QNQA 5P0GA 3QBHA 2G1YA 5P6RA 3KYRA 5P0JA 5P65A 1YM2A 4Y5LA 1HVCA 5P5BA 4B1EA 1MVPA 5P4CA 1SMRA 5OYXA 1F34A 1YTIA 3QROA 5P3FA 1TSUA 3EMYA 5ISJA 3BVAA 5OZ2A 3HW1A 4EWOA 3K5DA 2PK5A 4OBZA 3SA9A 4ACUA 1LF2A 1LS5A 2IKUA 3PCWA 4LAPA 3Q5HA 4L1AA 1TCXA 4YBIA 2I4DA 3OXWA 3IN3A 2P3AA 1Z1HA 4K4RA 1DPJA 1HPOA 5P40A 5ER1E 5P5GA 5P75A 1PSAA 4KE1A 2ZE1A 5P1CA 2Q64A 4Y45A 3L59A 2HC0A 3NYGA 2B60A 3OUBA 3CIDA 5P53A 3KFSA 3O9DA 4CPRA 5P10A 4YD5A 2O4NA 1WBKA 5P4FA 5P68A 4EQJA 4EHCA 5OYUA 4KB9A 2UPJA 5P1PA 5P0EA 3T6IA 1NH0A 5P8TA 1EBWA 3SKGA 5DGWA 5P4ZA 2VIYA 3OADA 3KDDA 3UPJA 2J9JB 3SKFA 1SDTA 4Y3DA 5P26A 4N00A 4H3GA 4X2LA 4S1GA 3SPKA 3EL1A 3PJ6A 5P3YA 1WKRA 3H5BA 3KFPA 4HDPA 1EPNE 1CMSA 3EL5A 3FIVA 2ZHRA 3D3TA 5P1YA 4LL3A 3NWXA 2AOHA 2IQGA 3IVIA 5P0UA 1EC3A 2EWYA 5P05A 5P2MA 1GNNA 5P04A 5P34A 2QZLA 5P4MA 4Y3EA 5OYSA 5P4JA 3APPA 5P0CA 5HCOA 4FAFA 3PSGA 2Z4OA 4ZPGA 1B6JA 3BC4A 5J25A 2WECA 5P7CA 2F3KA 8HVPA 5P7YA 3F9QA 1EPRE 2JXRA 3S8IA 3OU4A 5HU1A 2VJ9A 1D4LA 5P6YA 2V12C 1APVE 1G0VA 1ZP8A 5P1SA 2Q63A 5P7OA 5P8NA 3OQKA 3OQFA 3HAUA 4L7HA 4J1IA 1GVTA 3NUJA 4FSLA 5P1EA 1T7IA 5HDUA 4ZIPA 5P4NA 2R8NA 3INHA 1FG6C 3RU1A 3I8WA 3PEPA 5P70A 4I0HA 4R91A 3PLLA 5P6FA 1MTBA 2CEMA 4J5JA 2NXMA 3U71A 4DJXA 2R3TA 1EPME 2O40A 2PSUA 5C9FA 4B05A 3OUDA 4YA8A 5P0XA 1XDHA 1W6HA 1C6XA 5OZ9A 5P6VA 4L7JA 2PYNA 5P8EA 1FMXA 1EPPE 5P2KA 1IVQA 1SGZA 4BEKA 4GJ5A 5P36A 4EP3A 4Y5BA 4R93A 5P2XA 5P8VA 1BXOA 2WF0A 3RSXA 4HDBA 4BFBA 4J55A 1MPPA 5P20A 2UY0A 2I4XA 5JFUA 3I25A 5P76A 3OXVA 4Y58A 4LC7A 3PVKA 2OHQA 5P2IA 5P0VA 3VSWA 3NLSA 5P5WA 2G1SA 4RVIA 1DMPA 1BDRA 4GMIA 3DM6A 1ZBGA 5P2SA 5P56A 4BFDA 4FSEA 4RYGA 4Y3JA 1META 2WF1A 3KA2A 4YOAA 4NPUA 5P01A 4PZXA 3PSUA 4YHQA 5OZDA 3ZKNA 1XL2A 3LIQA 5P5HA 1KJHA 2I4UA 3O9CA 3OHHA 1SH9A 5P8MA 1K2CA 4I0GA 3BGBA 3WZ8A 2FGUA 2OHLA 5P8KA 1IZDA 4Y3FA 3BHEA 3OUAA 5P1XA 3TPPA 1QBSA 5OZEA 1BWBA 2J9KA 4RVJA 4L6BA 5COOA 2P3CA 1J71A 2VS2A 1IZIA 5P7VA 5P09A 3QVIA 2HB4A 1HTRB 3VLAA 2Q5KA 3FNSA 1XL5A 4U8WA 3EL0A 5P2NA 4NJVA 5P0QA 1D4KA 2IRZA 4Y5NA 4I0JA 5P7GA 1FQ8A 1IZHA 1XN2A 1RPIA 3SM2A 3PMUA 4CPUA 4FRIA 1MRWA 2R43A 5P7EA 4YDFA 1SMEA 4RCDA 5OZFA 3T7QA 5P29A 1EC1A 3HD8A 5P2OA 3T3CA 3R0YA 3K4VA 3QRVA 2AOJA 5P33A 5P5KA 5P1VA 1RL8A 3GI6A 1RV7A 1TZSA 2OF0A 1LYBB 3TTPA 5BRYA 5P2GA 1EAGA 4AA9A 1B6LA 1K6VA 4YD4A 1ER8E 3APRE 4YD6A 4DJQA 2G94A 3D1ZA 3BUFA 4GJ9A 1HVJA 3A2OA 3UTLA 1LYAA 2HM1A 2O4SA 2QI6A 2IKOA 5P1MA 2BJUA 5OZRA 3OU3A 3LZYA 5P6SA 5P2JA 2FDPA 2I1AA 5P0WA 2ZHSA 5P6UA 2VIJA 5P0YA 1HEGE 4H3FA 2OHRA 3T7XA 1EBKC 1M43A 1M0BA 1M4HA 1ZTZA 4K4QA 5P2WA 4Y48A 1OHRA 1TCWA 4I0EA 5DR0A 1G6LA 3OGPA 3T7PA 5I3WA 3UDYA 5OZ6A 5P5NA 2RENA 2QNPA 3PWRA 1YM4A 5P50A 4CKUA 5P8HA 4Y4GA 3EM3A 5P3RA 5TOLA 1AJXA 5P7KA 5P4XA 2QP8A 4ZLSA 1PSOE 4ZSQA 3L5DA 5CONA 4A4QA 4X7IA 3VCMA 4Y41A 3VV7A 2FGVA 4A6BA 5CLMA 1HTGA 3KN0A 2OHSA 1AAQA 3EKYA 4KE0A 3DV1A 4TVHA 2UXZA 1BV9A 4DQHA 3UDKA 3SLZA 2Q15A 5P0KA 2HAHA 5P07A 1VIKA 3UQUA 2WEAA 3N3IA 3PGIA 4MC9A 4ZSPA 2G69A 1LV1A 2AOFA 5HVPA 3EM4A 5P3ZA 3HLOA 4Y5KA 5P78A 3LZVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P39 A;  4DI2 A;  4B72 A;  5P13 A;  4YDG A;  5P83 A;  5P5I A;  2AZ8 A;  2R9B A;  3TH9 A;  1HOS A;  5E5J A;  3UDQ A;  1GVU A;  1AJV A;  3NU6 A;  3GGU A;  4QJ9 A;  4RRN A;  3QAA A;  5P2Y A;  3HDK A;  3S43 A;  5P00 A;  5P6D A;  5P49 A;  1K6T A;  2PWR A;  4Y5C A;  4J1E A;  1NPW A;  5SXN A;  3UQX A;  5P6X A;  1BVE A;  1FQ5 A;  1PFZ A;  5P1F A;  1EPO E;  1FQX A;  2O4K A;  5DQ1 A;  3U6A A;  3LIT A;  4J1F A;  4UPJ A;  1W5W A;  1EC0 A;  5P28 A;  1YT9 A;  5OZA A;  4DQC A;  1IBQ A;  4JP9 A;  5KOS A;  3EM6 A;  2AZB A;  3OOT A;  2ZHV A;  1MEU A;  3OU1 A;  1DW6 C;  5JG1 A;  5P25 A;  3UDJ A;  5P46 A;  3UDN A;  4Y4U A;  2H6S A;  5P57 A;  5P6W A;  5P45 A;  4GZF A;  5P3I A;  1OEW A;  5P4K A;  3UDR A;  2VIZ A;  5P0A A;  4J17 A;  1G35 A;  4DQE A;  4PYV A;  1UH9 A;  5P1O A;  5P0D A;  5P89 A;  5OZM A;  3VEU A;  4QJ6 A;  4YCK A;  1EC2 A;  4LXA A;  2F3E A;  4J1H A;  5P3P A;  3HAW A;  2V11 C;  3ZKM A;  3ZL7 A;  3IA9 A;  3FKT A;  5AGZ A;  3R0W A;  3O9F A;  4HA5 A;  2AOE A;  5P2F A;  4E43 A;  4EJ8 A;  3S53 A;  3G6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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