4TRWA

Structure of bace1 complex with a syn-hea-type inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluation of transition-state mimics in a superior BACE1 cleavage sequence as peptide-mimetic BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4trwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4trwA02
1ZPKA 2QMDA 2PMAA 5P31A 2CENA 3EMYA 3VF7A 4EPJA 3QVIA 4S1GA 2QHCA 5P5OA 3T7QA 2G27A 3NSHA 5P32A 5P88A 3F9QA 1W5XA 4FM6A 3WZ6A 2AOCA 4B77A 2QNQA 4YA8A 5P0PA 1XN3A 5IVTA 5P6JA 5DR7A 5OZ6A 5UPJA 4I11A 4Y3DA 3LZSA 5P1VA 5ISJA 2QAKA 2JYSA 3PRSA 5E5KA 4HZTA 1FQ7A 3JVWA 2H6SA 2WKZA 1LF4A 2B60A 3ZL7A 5P4TA 3O9LB 2ZYEA 3EM3A 5P4VA 4F73A 3OQ7A 5DQ4A 5P80A 3S43A 5OZBA 3APPA 5P19A 2QU3A 4Y5AA 2QD6A 4RLDA 1KZKA 3UDQA 1HVJA 2P8HA 3NUJA 4R92A 3S45A 2UY0A 4Y5MA 5JFPA 3UDJA 3QPJA 3CIBA 5P55A 2B7FA 5P10A 3OQDA 3RTMA 4Y3EA 1E82E 4DJVA 2BPVA 4XX3A 3UPJA 5P2JA 4B72A 3SA3A 4YBIA 2IGXA 1F7AA 4B1DA 4LC7A 3UDKA 1LV1A 3I8WA 1HXBA 2PQZA 1MEUA 5P39A 2BQVA 1K2BA 2NNPA 3ZKMA 3TOFA 3C9XA 1SH9A 4Y4WA 2UXZA 3PSYA 5C9BA 5P0WA 1QBTA 4CKUA 2FS4A 4Y50A 4ZEAA 3K4VA 3MSLA 5BS4A 2F8GA 4FIVA 1FQ8A 2VIYA 1NH0A 5P4JA 3N4LA 3HLOA 5P8PA 1CMSA 2B8VA 3EBZA 3LPIA 2HIZA 2VNNA 4Y3SA 5P6MA 3QVCA 3PMUA 2CEMA 5P2XA 5I70A 5P5DA 4IVSA 5P2NA 3FX5A 4L7GA 2OHKA 4EP2A 1D4SA 3QP0A 5AHAA 2HB2A 1ER8E 5P7GA 4Y54A 2BKTA 5ER1E 4CMSA 5OZQA 3T11A 4YDGA 2AOGA 2JE4A 4Y3LA 4APRE 4OBHA 2HC0A 3B80A 3IXKA 2XYEA 3OGQA 3UFNA 3OXCA 2Q3KA 5EZZA 2I1AA 4Y45A 3UDMA 1Z1RA 1C6XA 5P3UA 5P4CA 3SA7A 1QBRA 5P3JA 3PB5A 5P7FA 5P0BA 4Z4XA 2ER9E 5P8QA 5P56A 3VFAA 3R2FA 5P6GA 1APUE 5ENMA 3TKGA 3PLDA 1MSNA 1VIKA 3VF5A 3Q6YA 2IGYA 3UDPA 1WKRA 5P06A 5P7MA 2HS2A 1HTRB 4Q5MA 4DPIA 4DJXA 5P7OA 2AOIA 3U6AA 3LIYA 1EC3A 4J17A 3S85A 5P2WA 5P8EA 5P5RA 5P4FA 1SIVA 3CIDA 3OXXA 2BPYA 4EJKA 5P69A 1SMRA 4RYCA 5P03A 3UTLA 2WEAA 4QJ6A 4Y4GA 6UPJA 1XN2A 3BUHA 5P2OA 5P0SA 4HLAA 3GW5A 5OYWA 4CPRA 1Z1HA 5BRYA 3S53A 4YDFA 5BWYA 4WY6A 5OYSA 3MXDA 5OZ9A 3H5BA 4RYGA 1MRWA 1HVRA 3GGXA 5OZPA 2OAHA 5OZXA 4F74A 1U8GA 5P27A 2R5PA 3CKTA 4DJWA 1M0BA 1IVQA 3GI0A 4GMIA 5OZVA 2QNNA 3FKTA 4FAFA 2IKUA 3RSVA 5P0GA 1HSHA 5P0TA 5P2KA 3OU3A 1QBSA 1WBMA 4Y9WA 5P7ZA 3OUAA 2RSPA 3WZ7A 1AAQA 2WECA 1CPIA 4K4QA 4B05A 3NU9A 4QJ8A 5OZWA 5P5GA 5P7JA 3L58A 5P5ZA 2HB3A 3U71A 2NMZA 1CZIE 4L1AB 1MRXA 2O4NA 5P4RA 4Y3TA 4EQJA 5P7VA 1KJHA 3KT5A 1FFIC 4ZSPA 1E5OE 2V13A 5P8GA 4CPSA 5P63A 3IVIA 2QI6A 4CPXA 3NWQA 4RCDA 4EXGA 5P3FA 1LYWA 3VV8A 4D85A 5P43A 3BXRA 2Z54A 5P5CA 2G1SA 3PLLA 2ER6E 1EPQE 3SM2A 1GNMA 3OTYA 4Y4XA 3KN0A 1FB7A 5HCOA 1MT7A 3S8IA 3BUFA 5EZXA 3LZVA 2BKSA 1G35A 3VV6A 3A2OA 3GI6A 4TRZA 3S54A 1FIVA 3O99A 5AH9A 5P20A 2QMPA 3MWSA 4HE9A 2B8LA 3TPJA 2Q54A 2FDEA 5P01A 4Y48A 2IS0A 4Y57A 5P35A 2WEDA 4DQFA 5P5LA 1LEEA 3LNKA 4QLHA 4OD9B 3FSMA 4Y3GA 2VKMA 3OUDA 3PWRA 5P13A 5P4XA 1GVVA 2I4UA 1HTEA 1MTRA 5P0CA 4J55A 3TOGA 4H3GA 3DV1A 4B0QA 5P6IA 2P3BB 1GVUA 2QCIA 1N49A 1YT9A 5P23A 2VA6A 1IBQA 3SA9A 2QMGA 3K5FA 2FIVA 1ZLFA 5P6HA 1BVEA 4Y4UA 2XFKA 3SA5A 5P7YA 2O4SA 5P07A 2PYNA 2PK5A 5P3GA 5P6PA 3JW2A 5IVRA 1G6LA 3EKVA 1FG6C 3URJA 4Y35A 3HVPA 4R5NA 5P3CA 5P59A 5P4WA 5P47A 5P8CA 5ER2E 5P79A 3VYFA 3WZ8A 1HTGA 2ZE1A 3CMSA 5OZ2A 5P8HA 3Q4BA 4GJCA 1DW6C 1ZPAA 3NXEA 5P14A 4OBZA 5SY2A 5P1JA 3IN3A 5P1RA 3PVKA 2QP8A 1UH9A 3EL9A 4DQHA 4FS4A 1IZIA 3NYGA 2OF0A 3O9FA 5P0JA 1C70A 5P1TA 5P1GA 3L59A 5P7KA 5P3KA 3LITA 5P3HA 4XX4A 3KFPA 2JJJA 3EC0A 2A1EA 3HVGA 5OZSA 5P2SA 2G1OA 1HOSA 2V12C 4QGIA 5P36A 5AHCA 1MT9A 4H3IA 3EKPA 5P67A 3NDTA 1K6CA 3LINA 5P8RA 1BBSA 5P18A 1HIIA 5P6VA 4B1CA 5P2QA 5P7UA 3TL9A 3PM4A 3KDDA 2VA5A 4DFGA 5P28A 5OZ3A 4ACUA 1D4LA 2PSUA 4XXSA 1MVPA 4FLGA 4I1CA 5DQ5A 5OYRA 1ZSFA 2F80A 3MSKA 4GJAA 4OBDA 1KJGA 3OAGA 1HVHA 2G1YA 1K2CA 3LPKA 5P5MA 5OYYA 1HRNA 1YX9A 2G1NA 1ME6A 1FMBA 3UDRA 5KQXA 5P04A 1BVGA 2PK6A 5P0KA 2ZJNA 3KMXA 2PYMA 5KAOA 3LZUA 1HVKA 1SBGA 5OZTA 3SLZA 4HDPA 2VA7A 4AMTA 5DR3A 5P2ZA 3Q3TA 3K4VC 5AH7A 5P1EA 5P6LA 1DIFA 3D1ZA 2WF0A 2VNMA 1W51A 2XFIA 2ZJKA 4TRWA 5HD0A 3IXJA 3NU3A 5OZLA 1XDHA 3OQFA 5HDZA 2AVQA 4ZSMA 1LF3A 3HBOA 2HPEA 3UDHA 2AOJA 3HDKA 3VFBA 2QI5A 5P5TA 2G26A 2V10C 5DR4A 4FRIA 2RKFA 4Y53A 4FE6A 4J1KA 3DM6A 5P72A 2ZHSA 1APTE 4GJ8A 4ZSRA 4ZIPA 4RVJA 3BUGA 4I0ZA 5P37A 5P45A 5P40A 2QI7A 1NPVA 5P4AA 5P6QA 2P83A 2VIEA 5P7SA 5OYVA 3DV5A 3TTPA 2HAHA 2F3KA 4EXHA 4Y3HA 4U8WA 5P8FA 4D88A 4J1EA 4TVHA 5T4SA 2Q5KA 4OC6A 1LYAA 1FGCC 1HVLA 5P00A 5P6YA 1AZ5A 4EJLA 2R9BA 1TSUA 2OHNA 5P1CA 5P2UA 1K6TA 3UCBA 2ZHVA 4YOAA 2P3CA 5P5PA 4RZ1A 5P7CA 4BFDA 3HZCA 5P5IA 5KOQA 3APRE 1QBUA 4NPUA 3T3CA 1YG9A 4Q1WA 3RSXA 4UPJA 4DJOA 5P2YA 5P54A 4QJ7A 3RTNA 3M9FA 5P1XA 4LXMA 5DGUA 5P3TA 2G1RA 1SIPA 1MPPA 1XS7D 3ECGA 3L5DA 4NJSA 2BPZA 5P09A 4MC6A 1FKNA 1HEGE 5P1FA 5P66A 5P8SA 5P8LA 3OUBA 5KR2A 1D4HA 1T7JA 5ISKA 5P12A 3ZMGA 2WHHA 5OZYA 5OZ5A 4DJYA 1PSOE 5P89A 4ZLSA 2IL2A 3PJ6A 4NJTA 5P6BA 5HCTA 5P2RA 5P26A 1FFFC 1TCXA 5P49A 1A94A 5P5KA 3QRMA 2QD7A 3GGAA 4A6CA 2R3TA 3MSJA 4I8ZA 3L5FA 5P5UA 4PZWA 2ZJIA 4Y3RA 1XE5A 3VF3A 3QN8A 5P82A 1B6LA 2JJIA 5P41A 2R3WA 4R91A 4Y4BA 4GJ5A 3O9GA 4Y3XA 4RCEA 1W5WA 1ODXA 3FNTA 3VLBA 3INHA 1A8KA 3ZKNA 5COPA 2PC0A 3KFNA 3OU1B 5P16A 5P4GA 5P3VA 2OHPA 3TPRA 5P1QA 4Y4EA 6FIVA 1RL8A 2XYFA 2SAMA 5HE5A 2I0DA 5P74A 4Y3WA 3QROA 4N00A 1B11A 3OXWA 3D91A 3EKXA 3QRSA 5KR8A 5P8TA 1D4KA 4J0VA 4GJDA 2AQUA 1BAIA 3NU4A 1UPJA 1EBYA 2G69A 4Y5GA 4DPFA 1A9MA 5P4DA 5P1AA 4I0HA 1AM5A 3OQAA 2NPHA 3EKYA 3N3IA 3I2LA 2FGUA 4AZYA 2AIDA 4RRNA 4DJUA 1DAZC 2QD8A 5P0ZA 5P5XA 3INEA 1MIQA 4Y56A 1BDLA 2O4KA 5P46A 3I7EA 4FAEA 5P6CA 5OZRA 3CKPA 3LIXA 4HVPA 2NXDA 3BGCA 3OOZA 3ZPUA 3VCMA 2ZJMA 3KA2A 4AA9A 4Y41A 3VYEA 3OK9A 1TSQA 3NDUA 3L5EA 1BILA 5P3RA 1BV9A 2ZJLA 3UQUA 4LP9A 3K1WA 1LYWB 4TRYA 4D83A 3K5GA 3BHEA 2I4DA 8HVPA 4OBJA 2AVMA 5P8NA 5P0UA 5OZNA 5P5QA 3IN4A 1KJ7A 1Z8CA 5P0HA 1XE6A 2O4LA 3SA6A 5DQCA 3NDXA 2PSVA 5I3XA 4DH6A 3DOXA 5P5BA 5P52A 5HE4A 4R8YA 1HXWA 1EC1A 5F00A 3GI4A 2OHTA 4GJBA 4LAPA 1B5FA 5P78A 4XKXA 2PWCA 2Q15A 3S56A 2I4XA 1HPOA 5P3WA 5P1HA 5DQ1A 1MERA 1ZAPA 2P3AA 5P7WA 1HPVA 3OUCA 4D8CA 3IA9A 4FRJA 1B6PA 4GIDA 3L5BA 4LBTA 5P22A 2WL0A 5P6SA 3GGVA 1K6VA 1BWAA 4MC9A 2HPFA 4YD6A 3OADA 3T7XA 5P42A 5P0VA 1F34A 4I0JA 4COEA 4F75A 3DCRA 1BDQA 1AIDA 4Y47A 1YTHA 5OZEA 3EM6A 3R1GB 4EHCA 5SY3A 5P61A 1QDMA 4APEA 4AA8A 1W5VA 4ZSQA 3PBZA 4WY1A 1TZSA 4CPTA 2JXRA 1W5YA 2WF4A 5P7LA 3UQWA 3WB4A 2R8NA 1HEFE 4FRKA 4Q1YA 3EL5A 4PHVA 5P6WA 2ASIA 4Y58A 5P7BA 3OXVA 1MT8A 3LIQA 4Y5KA 2IQGA 3ZKIA 5P75A 1GNNA 1QRPE 2QI3A 2BBBA 3K5DA 3LIZA 5P02A 3TNEA 5P83A 2QHZA 1YM2A 4Y38A 1K1UA 1EAGA 1SMEA 1IDAA 2FLEA 4YD3A 4CP7A 3SO9A 5APRE 3KFSA 4U7VA 1XL2A 4GB2A 5AHBA 1M4HA 4RROA 4Y4AA 2R43A 5P87A 1PPKE 4Y4TA 1W6HA 3G70A 2BPXA 3GGUA 1LYBB 1T6GA 5P4UA 3VEUA 3RTHA 5OZ4A 5P84A 3ZLQA 3OTSA 5P3LA 5P30A 5P2IA 2HB4A 3ER5E 3TPLA 4I10A 5OZFA 1C6YA 2P3DA 4BFBA 3NU5A 5P4EA 5DQ2A 5P5NA 1OD1A 3EKTA 5P8DA 5KOSA 3H0BA 3O9BA 5P8BA 1BXOA 3CYXA 4K9HA 4Y3PA 5P8IA 2VJ6A 3OAGB 2ANLA 5P33A 4F76A 3SAAA 1FQ5A 4PPHA 4B78A 5P7RA 2F81A 3QBHA 3FIVA 2WF2A 1IZEA 2PWRA 3DJKA 5J25A 5OYZA 3SQFA 5OZIA 2FGVA 4Y3AA 2IEOA 4FCOA 4MC1A 2AODA 2EWYA 3BVBA 3L5CA 4GYEA 1ZP8A 2H6TA 5KR0A 2ZHRA 1AXAA 4NJUA 2FXEA 5P4OA 3VUCA 2G94A 2VJ9A 3EM4A 5IVSA 5JG1A 3PWMA 1YTJA 1RV7A 4Y5CA 4ZPGA 3KDCA 5P5HA 2V00A 3QBFA 1PPLE 4Y44A 1EPOE 5FIVA 5P2EA 5HTZA 4Q1XA 4EP3A 4EQ0A 3HAWA 4AUCA 3URLA 5E5JA 4Y3ZA 3O9DA 2ZJJA 3RVIA 5P2DA 5P0MA 5P5JA 2Q11A 5P3XA 3T7PA 5P85A 5P3DA 4OD9A 2G21A 1AVFA 5COOA 5P7AA 2O40A 5P4KA 1K1TA 3KMYA 4Y4DA 5DR8A 2AOEA 5P5AA 2CEJA 4ER2E 3OU4A 4U7QA 3KT2A 4J0TA 3URIA 4JPCA 1C6ZA 3SA8A 4PYVA 5I3VA 1HSIA 1VIJA 1T6EX 3OY4A 3FV3A 5P53A 5P8VA 4E43A 1HTFA 4J5JA 2J9JA 4DQEA 1IZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPK A;  2QMD A;  2PMA A;  5P31 A;  2CEN A;  3EMY A;  3VF7 A;  4EPJ A;  3QVI A;  4S1G A;  2QHC A;  5P5O A;  3T7Q A;  2G27 A;  3NSH A;  5P32 A;  5P88 A;  3F9Q A;  1W5X A;  4FM6 A;  3WZ6 A;  2AOC A;  4B77 A;  2QNQ A;  4YA8 A;  5P0P A;  1XN3 A;  5IVT A;  5P6J A;  5DR7 A;  5OZ6 A;  5UPJ A;  4I11 A;  4Y3D A;  3LZS A;  5P1V A;  5ISJ A;  2QAK A;  2JYS A;  3PRS A;  5E5K A;  4HZT A;  1FQ7 A;  3JVW A;  2H6S A;  2WKZ A;  1LF4 A;  2B60 A;  3ZL7 A;  5P4T A;  3O9L B;  2ZYE A;  3EM3 A;  5P4V A;  4F73 A;  3OQ7 A;  5DQ4 A;  5P80 A;  3S43 A;  5OZB A;  3APP A;  5P19 A;  2QU3 A;  4Y5A A;  2QD6 A;  4RLD A;  1KZK A;  3UDQ A;  1HVJ A;  2P8H A;  3NUJ A;  4R92 A;  3S45 A;  2UY0 A;  4Y5M A;  5JFP A;  3UDJ A;  3QPJ A;  3CIB A;  5P55 A;  2B7F A;  5P10 A;  3OQD A;  3RTM A;  4Y3E A;  1E82 E;  4DJV A;  2BPV A;  4XX3 A;  3UPJ A;  5P2J A;  4B72 A;  3SA3 A;  4YBI A;  2IGX A;  1F7A A;  4B1D A;  4LC7 A;  3UDK A;  1LV1 A;  3I8W A;  1HXB A;  2PQZ A;  1MEU A;  5P39 A;  2BQV A;  1K2B A;  2NNP A;  3ZKM A;  3TOF A;  3C9X A;  1SH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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