4TVGA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvgA00
4UPJA 5P7BA 4Y3GA 5P14A 3SA6A 4CMSA 3M9FA 4YCKA 3UDJA 5IVTA 1C70A 4RLDA 2CENA 5P8GA 2QU2A 2ZJJA 5KAOA 5P6AA 5P6HA 4CKUA 1IVQA 2B8VA 5P44A 2JJIA 4MC9A 1XL5A 3OQFA 3TPJA 5AH8A 3BXRA 5P2KA 2V10C 3S85A 5DQCA 1IZEA 5P31A 3U71A 4R91A 5P1VA 2J9JA 2ZE1A 3QRSA 2WF4A 1B6PA 2HB2A 1BWBA 4DPIA 3FX5A 3NWXA 2ASIA 3R0YA 2PK6A 4YBIA 3NU6A 2FDDA 1ZAPA 1DIFA 4MC6A 1AM5A 3KFRA 3OU1A 3O9LA 3SKGA 1FQ5A 5P2QA 2IKOA 3VUCA 3KF0A 5P52A 5P6EA 1GNNA 6APRE 2Q11A 7HVPA 2ZJHA 5P4IA 5P8PA 4A6BA 3ZPSA 4L1AA 1FFIC 5OZFA 3RTHA 3APRE 1TSUA 4H3FA 5P1GA 5P7UA 3T6IA 5P09A 5P42A 5P8UA 1M43A 1GVUA 3DK1A 3EKYA 1XN2A 2P8HA 4FM6A 1HVSA 4Y4BA 3UFLA 4DQGA 1QBTA 2B7ZA 3DCRA 4DJXA 4F73A 1AJXA 5P8TA 4BEKA 5P4YA 3OUAA 5OYVA 5OYTA 3UDKA 3D1XA 1OD1A 3VCMA 1QDMA 5P6NA 1GVWA 4KE1A 3VFBA 1ZSFA 1PSOE 3KMYA 5P2YA 3BRAA 4PPHA 2AQUA 3CIDA 1SP5A 3GGUA 2HPEA 1IZIA 1HRNA 5P3OA 4Y3HA 5SY3A 3QI1A 4A6CA 1BDQA 3IVHA 4HZTA 2IL2A 5P76A 1UH7A 5P0FA 4COEA 2QI0A 5P0LA 1EC0A 4DJYA 2IQGA 2PK5A 4LC7A 1RV7A 1D4HA 5ER2E 4ZPEA 5P80A 2RENA 4Y35A 5OZPA 3BGBA 2AZ9A 5P2WA 4DVFA 5P6YA 5P33A 3EKVA 3L3AA 5P3UA 5OZQA 5C9FA 5P34A 1AIDA 3ZPTA 4J17A 3VV8A 5OYYA 1Q9PA 3T7QA 5P4PA 3T7PA 4EWOA 5P1FA 1MSNA 3LZVA 5P0UA 5AHCA 5P5IA 1K6CA 1DAZC 1EPNE 1LYWB 4LXAA 4Y5LA 2PQZA 5P7LA 5C9BA 4CPQA 3WZ8A 4KUPA 2R43A 5P5JA 5P5CA 3Q5HA 5P8BA 2FDEA 3OADA 2IGXA 4DQHA 1HVRA 4E43A 2I0AA 5P1RA 2VIJA 4ER1E 5P6WA 4B78A 5P2MA 3BXSA 2A1EA 3D3TA 5P26A 3QBHA 6FIVA 1PPLE 2ZHVA 3K5CA 5P5TA 3A2OA 2ZJLA 5P4VA 4B70A 4F75A 5P72A 1LF3A 1CPIA 4AZYA 3OTSA 2V12C 5P0IA 2PWRA 5KR1A 5P3JA 4EQ0A 4B05A 2MIPA 5P8CA 2QD8A 5P7WA 1T6EX 3AUPA 5P71A 4CPWA 3T7XA 3SM1A 3UDMA 2QP8A 1NSOA 3L5FA 1NPWA 5ENMA 1RL8A 5OZHA 4D83A 4YE3A 1PROA 1K6VA 1SIVA 4TRZA 5IE1A 4OBGA 2F81A 5P78A 3INEA 1W5YA 4HLAA 2B8LA 5P5OA 1B5FA 3UQPA 1FQ6A 1UH9A 4PZXA 4EHCA 3QRMA 4Y38A 5P0EA 3BC4A 1YM4A 1RPIA 5OYWA 5P5LA 4TRWA 5P2TA 5P7MA 3ZKSA 5P4SA 1SMEA 6UPJA 4I10A 5COOA 5HDXA 4QJ7A 4CPTA 4ZSRA 3TPRA 5P49A 3DUYA 5COKA 4FSEA 1YTJA 3HAUA 5P2DA 2QI1A 3D1ZA 3CICA 4Y3RA 3L5EA 4Y36A 2NXLA 3KMXA 2I4XA 4YD3A 1MT8A 2Q55A 4U8WA 3UDHA 1FFFC 2VIEA 5P2OA 5P81A 1D4JA 2VJ7A 3K5GA 1A94A 5P6TA 3OXVA 5KOQA 1LZQA 5P2XA 5P4KA 3TOHA 5P36A 4QJ9A 1KJ4A 2I0DA 2VJ9A 3PSUA 1HPVA 4Y3QA 1WKRA 3B7VA 4QJ2A 1W6HA 5J25A 4Y4AA 4S1GA 4OBJA 4EJKA 4DQBA 5P27A 4YD7A 4J0VA 3QAAA 2QCIA 4B1CA 4J1KA 4K9HA 5OZBA 5E5JA 5P2GA 3BGCA 5P1BA 5E5KA 2P3AA 4I0IA 4X7IA 1LF2A 5BWYA 4Y58A 3ST5A 4Y6MA 3UDRA 3WB5A 4RVJA 1EC1A 4N00A 3PRSA 3OQ7A 5P3MA 1BBSA 5P01A 1UH8A 5P0WA 1MTBA 2WEAA 4Y9WA 1BDLA 3EL4A 5P1JA 2XFIA 3I7EA 3UFNA 4YD4A 2I4DA 3ER3E 5HTZA 2OHNA 5P48A 5CLMA 5OZXA 1VIJA 4Z22A 3LZYA 5P0AA 4DQCA 1EBKC 1FMUA 3URJA 3GI0A 2AVSA 3EKQA 5P37A 4TVHA 2F3FA 5P7KA 1APTE 3JW2A 3SA4A 2PSVA 4ZSQA 3L59A 5P4LA 4YCTA 1B6JA 5OZ1A 3NR6A 5OZKA 3MXEA 4YOBA 5P8KA 5P7ZA 3SACA 3RSXA 5P0MA 2BQVA 4GJCA 3QS1A 4LL3A 3NUJA 4FE6A 4FRIA 5OYSA 2G1SA 4WY6A 4U7VA 1D4KA 1M4HA 4EXHA 3ER5E 3QIHA 5P1EA 4QJAA 4EP3A 2QHCA 2VIZA 5P6UA 4GB2A 5APRE 3CYWA 1ODYA 1B11A 1NPVA 1DPJA 4GJ9A 3BHEA 5I3WA 3OOTA 2AODA 3MSKA 1BILA 5P7SA 2WF3A 5P0PA 4OBFA 1T7JA 3PMYA 5P6GA 1SDVA 5P5HA 8HVPA 4DJUA 4GJDA 3OHFA 5P0VA 3PM4A 2QMGA 3BUFA 4GIDA 5COPA 3D91A 5P8DA 2FGUA 2OHKA 3S7MA 3O99A 3JVWA 1D4IA 3G72A 3VV7A 4Y44A 1ODXA 1B6LA 3ZKMA 2OHMA 2AOCA 2ZHTA 3L5DA 5P5KA 5P15A 2NMZA 4QGIA 1G35A 2QHZA 4OC6B 1FQ4A 1MVPA 3PWWA 2O4NA 3IN3A 1FF0C 5SY2A 2IGYA 2O4SA 3LPKA 1APVE 2UXZA 4DUSA 5P2AA 3INDA 1SGUA 2AOHA 5P0ZA 3UF3A 5P4XA 3SA8A 4EP2A 4HDBA 1HWRA 4Y4UA 1T6GA 3UDPA 5JFUA 1TZSA 5IVQA 3PEPA 2PC0A 5C9DA 2VKMA 3APPA 3HVPA 4DPFA 4Z4XA 2I4VA 5P13A 5OZ0A 2Q63A 1BAIA 4WY1A 3UTLA 5P1XA 3OUBA 5FIVA 3Q70A 1FKNA 5P0QA 3FSMA 4LAPA 4Y5GA 3OOZA 2QAKA 2BPZA 4RYCA 3EKPA 5P23A 1ZPAA 3EKTA 2FNSA 1QBUA 4Q1WA 1AAQA 3OGPA 4J1FA 4Y53A 5HDVA 1KJ7A 5P6PA 4RROA 3RVIA 1MRWA 2Q5KA 4J5JA 5AH9A 4EPJA 1LEEA 3LPIA 4Y3WA 4RRNA 5P6XA 3OQDA 1HSGA 3RU1A 3WB4A 3U6AA 3CKTA 3OGQA 3PLDA 4B00A 2WECA 4Y4XA 2V11C 5P12A 4ZSPA 1T3RA 3S2OA 3K4VA 5OZ3A 2P3BB 3BUGA 3I6OA 1BVEA 3PJ6A 1LV1A 4YDGA 4U7QA 5OYRA 2FS4A 3TOFA 4YBFA 3PSGA 5P6VA 3EM3A 4I0FA 4K4RA 2RKFA 3I25A 2BPVA 3SAAA 2F3KA 4GJ5A 4Y3MA 5P57A 5P2BA 2V0ZC 1B6MA 3GGXA 3IA9A 4NPUA 5AH6A 2AOGA 1FEJC 4Y51A 2RKGA 5OZEA 5P0HA 5P64A 5P18A 3IXJA 1D4SA 3VF7A 1WBKA 5P40A 5P63A 3NU5A 4OBZB 2PSGA 5P55A 2IEOA 3VYFA 3PCZA 3HZCA 5P1TA 5P3QA 1YTIA 3SA3A 1AJVA 5EZZA 4APEA 1A8KA 5P07A 4K8SA 2JYSA 5P66A 3SFCA 1K1UA 4IVSA 5P04A 5P6BA 2NMYA 5P7GA 2AOFA 4LP9A 4IVTA 4I11A 4M8XA 5P5VA 3TNEA 3URIA 1PPKE 2FNTA 5P7HA 5P6MA 3EXOA 5I3XA 2OHTA 4Y50A 1GNOA 2QI3A 4ZE6A 2WF1A 3DCKA 1SBGA 5P3AA 3BUHA 4D89A 5P5SA 2BKSA 5P7FA 1K2BA 1K1TA 3D1YA 5P3DA 4HDFA 4FRKA 1A9MA 5P4JA 4ZIPA 4NKKA 4Y3NA 1MSMA 5P8OA 2O4PA 3UHLA 1XS7D 3NU3A 5P1NA 2BJUA 1G2KA 5P4FA 5P5MA 1MT7A 1FMBA 5IVSA 1DP5A 5P2LA 2ER9E 2H6SA 2FGVA 2I4QA 1XN3A 1EC2A 4R95A 3JVYA 3MSJA 5P0CA 4CPSA 4FIVA 4PHVA 4Y4JA 1KZKA 5DPZA 4Y57A 1HTEA 2VIYA 2I4WA 5P0RA 3UQUA 3QVIA 1AVFA 3NU4A 3URLA 4M8YA 2QNQA 4EYRA 5P54A 2R3TA 5AH7A 1BVGA 2AZ8A 4K4PA 5P88A 1LS5A 2QZXA 3VF3A 3OAGA 5P6IA 2BBBA 4BELA 1FGCC 1E81E 2FXDA 1C6ZA 1LYBA 5P77A 3WZ7A 2IRZA 2P3DA 3GW5A 3DJKA 5P11A 5P4DA 3DM6A 1E5OE 3K5DA 3K1WA 5P83A 4Q5MA 5P47A 2R8NA 3OQKA 1XE5A 2VA5A 4Y3XA 4GJBA 3GI6A 5OZ4A 3TH9A 3F9QA 3LZUA 5P4WA 3GGVA 2O40A 5HD0A 2VA7A 3PBDA 5P6SA 2WF2A 5P4HA 1ZPKA 5P85A 1TCXA 1K2CA 1MERA 5P58A 1M0BA 4EXGA 4Q1YA 5P51A 5P5ZA 5P7OA 3VSXA 3LPJA 3N4LA 5SZ9A 3TPPA 5P19A 3PHVA 9HVPA 2R3WA 2QI6A 3O9FA 3S56A 2V13A 4Y4EA 5P1SA 3UDQA 3ECGA 5P02A 4HVPA 1IDBA 5P2IA 1F34A 2QK5A 3O9IA 2FDPA 4Y47A 3QVCA 5KR8A 4F74A 1HVCA 5SXNA 4GJAA 1HIIA 5P3CA 5DGWA 2CEJA 3UDNA 2ER6E 3KT5A 2V16C 3Q4BA 1G0VA 2ER7E 4FLGA 5P38A 5OZRA 5HDUA 3ZKXA 2H6TA 5P5AA 5DGUA 1BXOA 3MXDA 4CPRA 5P1IA 5DQ5A 1GVVA 4H3GA 5P29A 1QS8A 1YTGA 5HE7A 1EPLE 1MESA 1EPME 4JECA 3L38A 5P3SA 4R92A 1RNEA 2O4LA 4DJRA 2PH8A 1HTRB 2HS1A 1ENTE 4GJ6A 3UDYA 1HPSA 1GNMA 3CKPA 1HTGA 5P8JA 4I8WA 1TCWA 5DR0A 1G6LA 1META 5F00A 3ZKNA 5P3VA 4MC1A 3LZSA 5P24A 4YA8A 3ZKGA 4FGXA 2XFKA 5I3VA 1DMPA 1MRXA 2J9JB 2VJ6A 4RCEA 5HCOA 4Y4DA 2G1NA 1KJFA 1EPQE 4D8CA 4J55A 5P2RA 4NPTA 4J0PA 5P7DA 2BPWA 5P89A 2HM1A 3D20A 3PWRA 5P79A 5P8EA 1T7IA 5HVPA 2FMBA 2ZDZA 2AZCA 5P8LA 3OU1B 3SA5A 5CONA 2R5QA 1HVHA 5P5XA 4PEPA 5BS4A 3LIVA 5OZIA 2R38A 5P2SA 4XX3A 4Y56A 4FSLA 5ENKA 2JJJA 5UPJA 5P2FA 4XKXA 5P3XA 5P0XA 3ZL7A 4Y5MA 5P35A 5P3ZA 4DH6A 5P2HA 3Q3TA 1ODWA 5P7JA 5P86A 1LYAB 3CIBA 1HEGE 4PZWA 2ZHRA 4Q1XA 3FV3A 5OZ8A 3O9DA 5T4SA 2OHPA 4OBZA 2QMFA 1BDRA 5P5DA 4X2LA 4AA9A 5P1DA 5P6QA 3R1GB 5P4AA 3NDXA 5P4TA 2J9KA 3OUCA 4I0GA 3VLAA 1HTFA 2SAMA 4JP9A 5P17A 1EPOE 5P8AA 5OZ2A 5P4GA 5P7YA 3FNSA 5P1QA 2AOJA 5JODA 3K4VC 1UPJA 2Q64A 5P22A 5P3LA 5OYQA 2QD6A 2BPYA 4ACXA 2G26A 5P3FA 2P4JA 3VG1A 5P3HA 3O9HA 5P2EA 4B1EA 5P7XA 5P0SA 2P3CA 3EL5A 2I1AA 3IGBA 5HCTA 3QROA 5P03A 1NPAA 3S43B 4NJUA 2RMPA 1FG8C 1E82E 5OZMA 1EAGA 4APRE 3O9AA 5P6CA 4XXSA 5P1CA 5P3TA 5P4RA 1YM2A 4QJ6A 3EMYA 2PWCA 2ZJKA 2WHHA 1GVTA 4DJQA 4Y45A 2QNPA 4NJVA 3PI5A 3ZPUA 3NYGA 5OZAA 5P5YA 3U7SA 1C6XA 4J0TA 1FQ8A 3AIDA 3IXOA 2NPHA 3OK9A 5P56A 5KR0A 4YD6A 5P08A 3S8IA 2WF0A 5P2CA 2BPXA 2FIVA 3NWQA 1LF4A 5HU1A 3LIQA 4YCYA 3VYEA 3K5FA 3OWNA 3EM4A 3KFNA 2UPJA 1APWE 3I8WA 2QD7A 4Y5KA 2IKUA 5I3YA 5OZTA 4RCFA 3INHA 2I4UA 1EPRE 1W5VA 3RSVA 4Y3YA 5P7PA 1LYWA 2QZKA 1BV7A 3NLSA 1MPPA 2IS0A 3ZMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UPJ A;  5P7B A;  4Y3G A;  5P14 A;  3SA6 A;  4CMS A;  3M9F A;  4YCK A;  3UDJ A;  5IVT A;  1C70 A;  4RLD A;  2CEN A;  5P8G A;  2QU2 A;  2ZJJ A;  5KAO A;  5P6A A;  5P6H A;  4CKU A;  1IVQ A;  2B8V A;  5P44 A;  2JJI A;  4MC9 A;  1XL5 A;  3OQF A;  3TPJ A;  5AH8 A;  3BXR A;  5P2K A;  2V10 C;  3S85 A;  5DQC A;  1IZE A;  5P31 A;  3U71 A;  4R91 A;  5P1V A;  2J9J A;  2ZE1 A;  3QRS A;  2WF4 A;  1B6P A;  2HB2 A;  1BWB A;  4DPI A;  3FX5 A;  3NWX A;  2ASI A;  3R0Y A;  2PK6 A;  4YBI A;  3NU6 A;  2FDD A;  1ZAP A;  1DIF A;  4MC6 A;  1AM5 A;  3KFR A;  3OU1 A;  3O9L A;  3SKG A;  1FQ5 A;  5P2Q A;  2IKO A;  3VUC A;  3KF0 A;  5P52 A;  5P6E A;  1GNN A;  6APR E;  2Q11 A;  7HVP A;  2ZJH A;  5P4I A;  5P8P A;  4A6B A;  3ZPS A;  4L1A A;  1FFI C;  5OZF A;  3RTH A;  3APR E;  1TSU A;  4H3F A;  5P1G A;  5P7U A;  3T6I A;  5P09 A;  5P42 A;  5P8U A;  1M43 A;  1GVU A;  3DK1 A;  3EKY A;  1XN2 A;  2P8H A;  4FM6 A;  1HVS A;  4Y4B A;  3UFL A;  4DQG A;  1QBT A;  2B7Z A;  3DCR A;  4DJX A;  4F73 A;  1AJX A;  5P8T A;  4BEK A;  5P4Y A;  3OUA A;  5OYV A;  5OYT A;  3UDK A;  3D1X A;  1OD1 A;  3VCM A;  1QDM A;  5P6N A;  1GVW A;  4KE1 A;  3VFB A;  1ZSF A;  1PSO E;  3KMY A;  5P2Y A;  3BRA A;  4PPH A;  2AQU A;  3CID A;  1SP5 A;  3GGU A;  2HPE A;  1IZI A;  1HRN A;  5P3O A;  4Y3H A;  5SY3 A;  3QI1 A;  4A6C A;  1BDQ A;  3IVH A;  4HZT A;  2IL2 A;  5P76 A;  1UH7 A;  5P0F A;  4COE A;  2QI0 A;  5P0L A;  1EC0 A;  4DJY A;  2IQG A;  2PK5 A;  4LC7 A;  1RV7 A;  1D4H A;  5ER2 E;  4ZPE A;  5P80 A;  2REN A;  4Y35 A;  5OZP A;  3BGB A;  2AZ9 A;  5P2W A;  4DVF A;  5P6Y A;  5P33 A;  3EKV A;  3L3A A;  5P3U A;  5OZQ A;  5C9F A;  5P34 A;  1AID A;  3ZPT A;  4J17 A;  3VV8 A;  5OYY A;  1Q9P A;  3T7Q A;  5P4P A;  3T7P A;  4EWO A;  5P1F A;  1MSN A;  3LZV A;  5P0U A;  5AHC A;  5P5I A;  1K6C A;  1DAZ C;  1EPN E;  1LYW B;  4LXA A;  4Y5L A;  2PQZ A;  5P7L A;  5C9B A;  4CPQ A;  3WZ8 A;  4KUP A;  2R43 A;  5P5J A;  5P5C A;  3Q5H A;  5P8B A;  2FDE A;  3OAD A;  2IGX A;  4DQH A;  1HVR A;  4E43 A;  2I0A A;  5P1R A;  2VIJ A;  4ER1 E;  5P6W A;  4B78 A;  5P2M A;  3BXS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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