4TVHA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with tl-3 in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvhA00
2PK5A 5P7GA 3OOZA 5P8SA 3VV6A 2JXRA 3K5CA 2VJ6A 5P18A 5P46A 2FLEA 3NYGA 5P8BA 2O4KA 5FIVA 5AH6A 5P6OA 3PI0A 3EBZA 4L7JA 4NKKA 3PHVA 4Y3TA 1YM2A 1D4SA 5P69A 2BPWA 3TKWA 1IZHA 5P5ZA 1IBQA 5P8PA 2R3TA 1MIQA 1VIKA 5P4GA 1BDQA 1Z1HA 4Y5EA 2ER0E 4XXSA 3B80A 5OZVA 5P39A 3T6IA 4M8YA 4PZXA 1QRPE 2ZDZA 5P41A 3CYWA 4Y5AA 1D4HA 5OZUA 5P4QA 2J9JB 3LIYA 1NSOA 3NWQA 3TLHA 3UF3A 2VJ9A 3VLBA 4B00A 5P3VA 3UFNA 5AGZA 5P5UA 1F7AA 4J0VA 3OUDB 3LZSA 2HB4A 5P25A 1C6XA 4BEKA 3BXRA 2PH8A 3VF3A 1Q9PA 2CENA 5P7KA 4NPTA 4Y48A 3RTHA 5OZGA 1FQ5A 3NR6A 2VNMA 2G69A 2R5QA 2Q64A 1SDVA 2R8NA 4YBIA 4B1DA 5P1MA 5P1GA 5OZTA 4A4QA 4RVXA 4GJ5A 4I0ZA 1HPSA 2R3WA 4J1HA 5P34A 3TOFA 4EXHA 3OTSA 1ZP8A 4MC9A 3UQRA 5P0FA 4Y44A 4Y41A 2Z4OA 2G1YA 2G26A 4Y4UA 3D20A 4U7VA 2ANLA 4KB9A 2NMZA 3GGXA 5OZNA 5P2IA 5P2AA 5P7JA 1FQ4A 4CPUA 2HB2A 4RVJA 5P1AA 3U71A 4X7IA 2JJIA 5IVQA 4Y4JA 1APTE 5P0JA 5OYZA 1FFIC 5P5MA 4I12A 1E81E 3GI4A 3OQAA 1UPJA 1MTRA 3IXKA 7UPJA 4UPJA 4WTUA 5P8FA 4JOOA 4Y3WA 5AH9A 3DUYA 5P30A 3VF5A 3CIBA 1BWAA 4HZTA 1EC2A 4FRIA 2AOHA 1MT7A 1HRNA 5EZXA 4GJ9A 3SLZA 4J17A 1BBSA 5OZ6A 3CKPA 5P02A 5P58A 2CEMA 4AA9A 2AOGA 4DVFA 5DGWA 5P75A 3PBZA 2HS1A 5P8QA 2BPYA 1HSHA 3EL0A 5P3MA 1N49A 3KDDA 4GJDA 2FXDA 2QHYA 4R8YA 1APVE 1HXWA 5COOA 3FNTA 5OZWA 1B6MA 3UCBA 4Y3RA 3JVYA 1T6GA 3INHA 3D1XA 4GJCA 4A6BA 4TVGA 2QMPA 3SA6A 2P3DA 5HU1A 4K4QA 2OHTA 3PCWA 4K8SA 1W5YA 1K1UA 3PMUA 5P56A 5DR1A 5P4RA 2XFIA 5P5EA 2BB9A 5P3CA 4COEA 1K6CA 5P78A 1XE6A 3BVAA 5P48A 5P4LA 1IZIA 2BKTA 5OZIA 1IVQA 3EMYA 5P0HA 3SA8A 3EKTA 5P4NA 5P1XA 2AIDA 1HTRB 1K6VA 5P52A 2VJ7A 5P4IA 4Q5MA 5P6BA 1C6YA 3IAWA 1W50A 2F80A 5OZRA 2VA6A 5P2RA 2HM1A 5OZEA 4DQBA 5P4MA 6FIVA 5DPZA 3H5BA 4FE6A 5P5FA 5P77A 3PGIA 5F01A 2FDPA 5P09A 5I3WA 4EQJA 2BQVA 2QD6A 1F34A 1HEGE 1BV7A 5P4UA 4OBKA 2P8HA 5P5TA 4YDGA 4CP7A 4AA8A 1EC1A 5P0SA 2V13A 5OZAA 5P4YA 2AOJA 4LP9A 3TPPA 3CIDA 1EAGA 1T7JA 2F3FA 5P8OA 5IE1A 4MC6A 5DQ5A 3M9FA 3MSJA 4QJ6A 4U7QA 4DJQA 1T3RA 4LHHA 3FIVA 4RYGA 2I4XA 1UH9A 5P57A 5DQ1A 5P16A 1A8GA 4Y5NA 2V00A 5P4PA 2IKOA 1OD1A 3RSXA 2QCIA 5P2BA 2AOEA 2NMYA 2FMBA 4J0PA 3UDKA 4DJVA 3BGBA 4NJUA 4OBDA 5P0GA 1SGZA 4B1CA 5I3YA 2QMDA 3NWXA 2QNNA 3NLSA 3OXCA 5P5BA 5P70A 1C70A 2QK5A 5P2OA 6APRE 5P54A 2IQGA 2R38A 5P22A 1NPVA 3LZYA 2G1OA 4R92A 2V0ZC 2AVSA 5P3LA 2WKZA 3LZUA 3BUHA 3RTMA 3KFNA 5P5YA 5P3QA 1AIDA 2UY0A 1YM4A 5P50A 2ZHVA 2P3BA 3GGAA 3QRVA 5P5HA 4NJTA 5UPJA 3PEPA 4RROA 1MESA 2HPEA 2F3KA 3IN3A 1SIVA 4B78A 5P2DA 1HBVA 3QROA 3SA5A 3HW1A 4FAFA 5P66A 4RGHA 1MVPA 1APWE 3K4VA 3HLOA 4J0YA 3SQFA 3CKRA 5P7EA 3EKVA 4IVTA 4H3IA 3PSYA 5P0AA 5P4AA 4APEA 2Q55A 1DAZC 5KQZA 5P0YA 1Z1RA 3SPKA 1B11A 5OZLA 3RVIA 4Y35A 3UQXA 4YDFA 3EKYA 4JECA 1GKTA 1D4YA 2ZJLA 4PEPA 1PPME 2XYEA 5KR0A 4LL3A 5HVPA 3ZKMA 4Y3EA 3PVKA 3O9DA 5P2TA 4YD4A 2VKMA 1HPXA 5DR4A 1SIPA 1PSNA 3INDA 3QVIA 5IVSA 4ZSQA 1EC3A 1K6TA 5P7OA 1OHRA 2ER6E 1KJ7A 4JPCA 4Y5CA 2QNPA 4Q1WA 1HVRA 4GZFA 3BUGA 5OZJA 1DPJA 5HE5A 5ISKA 2P3BB 2BPXA 5P36A 1KJ4A 4J5JA 3SFCA 4HA5A 5P19A 4GIDA 2B7FA 3QN8A 4AZYA 5P1BA 5P6IA 4OBFA 3KDCA 1TSUA 5P3YA 5JODA 2QHCA 1WBKA 4XX4A 3TPRA 1FG6C 2RSPA 3NU3A 2BPVA 1DMPA 2FDEA 1M43A 3R2FA 4EPJA 4H3GA 5P7AA 5HD0A 2WHHA 1LYAA 4L6BA 1XN2A 5JFUA 5P6DA 4CPXA 2AVMA 4OD9A 4J0TA 3WZ8A 2WF3A 3INFA 4RRNA 5P8UA 1W5WA 5P60A 1MRWA 4B05A 5P8IA 2I4QA 1MRXA 5P0OA 2I0DA 4FLGA 2ZYEA 3EM3A 5BWYA 1PSAA 5P87A 5P2SA 3UDRA 1META 2ZJKA 4Y3XA 4ZSPA 3PCZA 5P28A 3S56A 1M0BA 3ECGA 5BRYA 1DIFA 3OQ7A 4DQGA 2G1NA 1A9MA 3HDKA 5P1IA 4Z50A 3K5DA 5P61A 4U8WA 3CMSA 5P7SA 1EBZA 4FIVA 3NU9A 4H3FA 5P35A 3L5BA 3BGCA 2P4JA 5P0EA 1CZIE 1XL5A 1YTJA 2OHKA 3RSVA 2B7ZA 1XS7D 3DCKA 1MSMA 3B7VA 1TW7A 2PSUA 4Y37A 1LF4A 4J1IA 5P1OA 4Y4GA 5IS4A 2B8VA 1IDAA 1GNOA 2FGVA 3U7SA 1RV7A 1G6LA 3URJA 2ER7E 5P5LA 3PWRA 5P5AA 1HVCA 2PWRA 5P3DA 3PMYA 3JW2A 1LYAB 1T7KA 1HEFE 4Y53A 3R0YA 5OZ3A 1SMRA 5I70A 4OD9B 5DQCA 3ZPUA 3DV5A 1QS8A 5OYUA 2AVOA 1TQFA 2AVQA 4EJDA 5P37A 2PSGA 1EC0A 3ZL7A 3S53A 1ER8E 2UPJA 4GJAA 5P1HA 4TVHA 5HDUA 4YD7A 2IGXA 3D1YA 3LITA 4DJUA 1NH0A 2PSVA 4PHVA 4Y4BA 1LEEA 4E43A 5P5JA 5P5QA 5OZFA 3BHEA 3Q5HA 5P5GA 3PBDA 3PI5A 5P0WA 5B18A 4B0QA 4MC1A 1SMEA 5P15A 4DQHA 1A8KA 1HVSA 4DJXA 4R91A 2F3EA 1MERA 1YX9A 3ZKXA 5P47A 5OZHA 4LXAA 4DUSA 4TRZA 3HVPA 5P79A 1UH7A 5OZKA 2QI7A 4LBTA 5OYVA 2RENA 2ZJNA 1ZSRA 5P8NA 1ODYA 3L38A 1OEWA 2I4VA 2QP8A 2NR6A 1ZSFA 1HPVA 3D1ZA 4OBHA 2QI1A 4J1CA 5P7DA 5P8AA 4DQCA 4YA8A 5P62A 1TZSA 2IDWA 3NDTA 3NU4A 5P7ZA 5P43A 5P32A 2Q15A 2PMAA 4GJ8A 5P4EA 3C9XA 3PLDA 5P38A 4DFGA 2OHRA 2XFKA 1B6JA 3QVCA 5P7FA 1FMUA 3VYEA 5P3FA 2OHQA 3EM6A 3UFLA 3L5CA 4Y4TA 3O9CA 3S7LA 3QIHA 5P0QA 2FXEA 3QRMA 3OUAA 1AVFA 3KFRA 4NJSA 4FGXA 5OZPA 2ASIA 5P1NA 3BUFA 5P4OA 1EBWA 1FF0C 2AZCA 4I0FA 4Y5KA 2I4DA 3OXVA 3DJKA 2IEOA 1A94A 1HSGA 2O4SA 1FFFC 1HXBA 4Y57A 6UPJA 1BDRA 4Y5BA 5COPA 5P6KA 4QGIA 2JJJA 4YBFA 2WEAA 5OZ0A 3MSKA 2R5PA 5P6UA 1PPLE 5P1TA 5P1ZA 2ZJJA 5ER2E 5P6PA 2NNPA 3NXNA 1MEUA 3RU1A 3HD8A 4NPUA 3KFPA 2WEDA 2H6SA 5P23A 3U6AA 4H1EA 1AXAA 2IRZA 4Y6MA 1PROA 3OADA 3OTYA 5P1QA 5P8LA 5P64A 1EBKC 5OZOA 2EWYA 5P3BA 3GI0A 1MPPA 5P7LA 3WZ6A 5P3AA 3IVIA 4Y3JA 2O4PA 4L7GA 3VYFA 5P65A 4Z4XA 4Y5PA 4EJKA 5J25A 2UXZA 5P0RA 4DJRA 2F8GA 5P8MA 4GJ7A 3O9LA 3LIXA 4D89A 4EJLA 4J1KA 4TRWA 5P8TA 5P6CA 2I4UA 4DPIA 5P1PA 3CICA 5P1SA 4Y3YA 5P73A 5P6JA 5AHBA 1LS5A 4Y45A 3INEA 5P0BA 5P67A 3BVBA 3IGBA 1HVHA 5ENMA 2G20A 3SO9A 4FRJA 2G22A 5P1DA 5P89A 1ZBGA 2BPZA 2FIVA 2I0AA 1SDTA 5P3RA 5P1FA 3ST5A 1FMXA 5P7RA 4QLHA 2SAMA 5C9DA 1FQXA 4YCYA 3LINA 3GW5A 2OHSA 3UDYA 1T6EX 5P1VA 3VV7A 1CMSA 2IKUA 4DPFA 1QBUA 5P86A 5OYQA 4QJ7A 3K5GA 4HVPA 3DM6A 2B8LA 5P83A 5P42A 5P5RA 1BWBA 5P1EA 3OADB 4ZPGA 5P6GA 5P0PA 3WSJA 3OUCA 1HIHA 5P27A 3S45A 1K1TA 5OZCA 5P44A 3MXEA 3O99A 4S1GA 2J9KA 3G70A 1FGCC 3VUCA 1RL8A 3S85A 5P7PA 3I7EA 3D3TA 5DR3A 3JVWA 3O9LB 1FQ6A 5P0KA 5P6TA 4YCKA 1EPME 2PYNA 4DV9A 1ZLFA 5P3TA 3MSLA 3T3CA 5P63A 5P59A 5HTZA 4ACUA 5P2KA 5P0ZA 4DJPA 1KZKA 5HE4A 5BS4A 3UTLA 4RCDA 2ZHSA 4OBJA 5KQXA 2PK6A 1LZQA 3QS1A 2QMFA 3ZKQA 1TSQA 4Y4ZA 5P4VA 3R1GB 3ZKNA 4L7HA 3KN0A 5P6HA 5P1KA 1APUE 3ZOVA 4RZ1A 1ODWA 5P04A 1EPQE 5P3EA 4ZEAA 2WF2A 3OU4A 4HEGA 1BDLA 3EL5A 5P84A 3LIQA 2ER9E 4Y3SA 5P3ZA 2IGYA 5P4XA 3S8IA 5P4SA 5TOLA 1KJGA 1SDUA 4YHQA 3LPJA 4GYEA 4TRYA 3I8WA 1HVJA 5PEPA 4YOBA 4FRKA 2A1EA 1DW6C 5P68A 4HLAA 4FSEA 4QJ2A 5P0NA 2OHMA 3TOGA 3OAGA 4Y4AA 2BJUA 1LV1A 4ZSMA 5P4TA 3VSWA 3BC4A 2AQUA 3QRSA 3VEUA 4GMIA 1HIVA 1K2BA 5P5NA 2JE4A 5P0MA 3GGVA 2RMPA 3VSXA 5P8HA 4I10A 5P5XA 2RKGA 2OHPA 3R0WA 5P5WA 4ZSRA 5P5VA 5HCOA 1LF3A 5COKA 4Y5MA 1W6HA 3TOHA 3CKTA 4WY1A 2A4FA 4YOAA 1K2CA 3TPLA 3EKWA 4Z22A 3NUJA 4PYVA 3URIA 1YTGA 5P3XA 3KF0A 2ZHRA 3CYXA 1XDHA 7HVPA 3QAAA 5APRE 5KOSA 5OYWA 4ER2E 2NXLA 3OU4B 3T11A 1YTHA 5P74A 2PC0A 1FLHA 5P82A 3DOXA 4X2LA 4FM8A 1GVVA 3KMXA 4EYRA 4B1EA 5P8RA 1D4JA 2MIPA 3SKGA 2VIZA 4Y3AA 4RCEA 4Z2ZA 2V11C 5P2EA 2FGUA 5P6NA 3UDQA 1CPIA 3OAGB 4QJAA 1AAQA 1FKNA 4Y3MA 1MT8A 3O9EA 4D88A 3AUPA 4EJ8A 2HPFA 4Y56A 5OZ1A 5OZ2A 3Q6YA 1ZPKA 1HWRA 2WJOA 3EC0A 4I0EA 1GVTA 5P4WA 3OU1A 3I2LA 5P7YA 5SXNA 1FQ7A 5KQFA 3VFAA 5P00A 2NPHA 3PWWA 1IIQA 1LF2A 3IXJA 3PM4A 4OBGA 5OZ4A 5P40A 1ZJ7A 4N00A 5P49A 4LXMA 5HDVA 1D4IA 1RPIA 4F76A 1TCWA 5P05A 5P3UA 3S43A 2O4NA 3TKGA 1NPAA 4XX3A 4Y4DA 1BIMA 4DJWA 2ZHUA 2OAHA 2Q5KA 3OUBA 5ER1E 5SY2A 3URLA 5I3VA 1HOSA 3KMYA 3FNSA 5P08A 3UHLA 2OF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PK5 A;  5P7G A;  3OOZ A;  5P8S A;  3VV6 A;  2JXR A;  3K5C A;  2VJ6 A;  5P18 A;  5P46 A;  2FLE A;  3NYG A;  5P8B A;  2O4K A;  5FIV A;  5AH6 A;  5P6O A;  3PI0 A;  3EBZ A;  4L7J A;  4NKK A;  3PHV A;  4Y3T A;  1YM2 A;  1D4S A;  5P69 A;  2BPW A;  3TKW A;  1IZH A;  5P5Z A;  1IBQ A;  5P8P A;  2R3T A;  1MIQ A;  1VIK A;  5P4G A;  1BDQ A;  1Z1H A;  4Y5E A;  2ER0 E;  4XXS A;  3B80 A;  5OZV A;  5P39 A;  3T6I A;  4M8Y A;  4PZX A;  1QRP E;  2ZDZ A;  5P41 A;  3CYW A;  4Y5A A;  1D4H A;  5OZU A;  5P4Q A;  2J9J B;  3LIY A;  1NSO A;  3NWQ A;  3TLH A;  3UF3 A;  2VJ9 A;  3VLB A;  4B00 A;  5P3V A;  3UFN A;  5AGZ A;  5P5U A;  1F7A A;  4J0V A;  3OUD B;  3LZS A;  2HB4 A;  5P25 A;  1C6X A;  4BEK A;  3BXR A;  2PH8 A;  3VF3 A;  1Q9P A;  2CEN A;  5P7K A;  4NPT A;  4Y48 A;  3RTH A;  5OZG A;  1FQ5 A;  3NR6 A;  2VNM A;  2G69 A;  2R5Q A;  2Q64 A;  1SDV A;  2R8N A;  4YBI A;  4B1D A;  5P1M A;  5P1G A;  5OZT A;  4A4Q A;  4RVX A;  4GJ5 A;  4I0Z A;  1HPS A;  2R3W A;  4J1H A;  5P34 A;  3TOF A;  4EXH A;  3OTS A;  1ZP8 A;  4MC9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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