4U7QA

Structure of wild-type hiv protease in complex with photosensitive inhibitor pdi-6
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triggering HIV polyprotein processing by light using rapid photodegradation of a tight-binding protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u7qA00
3LHGA 3VV6A 3S45A 4FGXA 6APRE 1HTGA 3NDXA 2Q11A 1FQ7A 3O9FA 4J1HA 5P8SA 1A30A 3ZKSA 5HE4A 4OBHA 1EBKC 3QVCA 3UQXA 4NJTA 5P3WA 4EJKA 3EL5A 5P1BA 2I4WA 1BV7A 2ZHVA 5P4PA 1C70A 5P2HA 5P0ZA 5P7TA 5P7XA 4I0IA 5P1UA 5AHCA 4RYCA 4FAFA 2R38A 4APRE 2PK5A 1EPLE 1XDHA 3D91A 5P4NA 5P0KA 3Q3TA 2HAHA 5P50A 3EKXA 4H3GA 2I4UA 5P39A 4FSLA 2UPJA 5AH7A 4HZTA 4YD4A 3T6IA 2VJ7A 1J71A 4ZSRA 4HLAA 3Q6YA 3QRSA 1B6JA 5AH6A 2QD6A 5P7BA 4Y45A 3L38A 5P3SA 4COEA 5P5WA 1HVIA 3K5FA 3UDNA 5OZXA 2P3BB 2WEBA 5P1ZA 5P8KA 4BELA 5P7CA 4DUSA 3VCMA 5P8BA 5UPJA 2O40A 3UDKA 4FRIA 2FDEA 2AIDA 2WF0A 5P2DA 3VYFA 1RQ9A 3KM4A 4FSEA 1OD1A 5P3MA 5P2UA 1MPPA 5P6LA 5P5UA 5OZFA 4BEKA 5P2OA 2OHTA 5P66A 1ZSFA 4IVSA 5P8DA 3H5BA 3BGCA 3IVHA 4YDGA 3WB5A 5P24A 5IE1A 4RGHA 2P3BA 1EPPE 4FRSA 4HE9A 3VFAA 3SKGA 5P49A 5P5PA 4DPFA 4D88A 1F7AA 5P23A 1E5OE 3MXEA 5CONA 3A2OA 5KR2A 1DMPA 2FGUA 4JECA 5IVTA 4YCKA 2JE4A 1W6IA 3SO9A 2RMPA 5KR1A 1EC1A 1ZBGA 5P57A 5P86A 3WZ7A 3HVPA 2WF2A 3UQUA 2QI7A 2AODA 2XFJA 4Y5AA 2B8LA 2I4QA 2OF0A 5P5OA 5EZZA 4B1EA 3BGBA 4FM8A 5HCTA 2ANLA 1M0BA 5P6RA 4HDFA 4GIDA 1KJ7A 1SMRA 2QI1A 2VIJA 2AOJA 2ZHRA 4CMSA 4RCFA 1EBYA 4EJLA 5OZBA 5P28A 1W50A 3UDRA 2WF4A 1ZPAA 2V10C 5P4AA 3ZKNA 3KF0A 1XL2A 4RCDA 5P70A 3ZPUA 4Y3GA 2PMAA 3OGQA 5P2FA 5DQCA 4EYRA 5KOQA 3OOZA 2HPFA 2BPVA 5P87A 4X2LA 5P4UA 2O4NA 2Q63A 2OHUA 2PC0A 2AOEA 4JPCA 5P63A 2OAHA 4JP9A 1NPWA 5AH8A 4U8WA 5P1HA 4M8YA 1FKNA 5P5DA 5P3VA 1LS5A 3KDDA 3OWNA 5KQXA 2WECA 5P65A 2I4XA 5P12A 5P25A 3S43B 4TRZA 3MSLA 5DR1A 1MSMA 1LYBB 3QN8A 4Y3YA 3B80A 3KFNA 3FIVA 3IXKA 3WSJA 5P7ZA 2J9JB 3O9CA 3PSYA 4TVHA 2QNQA 4ZSPA 5P8AA 4Y36A 1T7KA 2PH6A 3APRE 4ZPFA 4J0YA 3EKPA 5P34A 1YTGA 5P0AA 4MC2A 4ER4E 1FFFC 1ER8E 3DOXA 4Y4TA 4WY6A 4ZIPA 5P7DA 3BXRA 1LF4A 1HVCA 5P6XA 5P2KA 1BBSA 3FX5A 5P5CA 9HVPA 3LITA 3EKWA 3OHFA 3UQWA 1LYBA 5OZPA 2ZJNA 3BC4A 1IDBA 3VUCA 5P83A 3T7PA 3NR6A 4FCOA 2AOCA 2V0ZC 2J9JA 2BBBA 1FB7A 2PK6A 1SGUA 1GVXA 5P14A 1OEXA 4A6BA 5HDUA 1APUE 3OTSA 1N49A 5P47A 4OBFA 3L58A 1BXOA 4PPHA 2NNKA 3ZKXA 5P7LA 5COKA 4GJ9A 2PWRA 2VJ6A 3T11A 1QBUA 2AZCA 1EBWA 1LZQA 1XN3A 3GI4A 3TKWA 3UDMA 1SDVA 3L5EA 3UTLA 3AIDA 5P80A 4Y5EA 2BPYA 3ZMGA 4YD6A 5P2QA 5OZ1A 4Y3FA 2Q64A 1YTIA 3NUOA 2VIZA 2QD8A 4DJUA 5P4HA 3INEA 1MT8A 3VEUA 3S54A 3SPKA 5P7HA 3OU1A 5IVSA 5P7JA 2QHCA 2QNPA 5HDZA 3GGAA 5P0XA 4RVIA 3ZKMA 1PSNA 2Z4OA 5AGZA 1ZJ7A 3BUGA 3KFPA 2ER0E 4J1KA 5P6YA 4DQBA 1K2BA 4R91A 1FLHA 5P76A 1AZ5A 3OUAA 1SH9A 5P78A 1B5FB 2I0AA 3RVIA 5P0OA 4OBDA 3PHVA 5P1CA 4OD9B 2RSPA 5KAOA 2G1NA 3SA9A 4Y57A 2IGYA 2OHRA 2P3DA 5OZ9A 2Q3KA 4Y38A 5P2YA 5P5XA 3TOHA 2I1AA 4KE0A 3O9LA 3EKYA 5P3FA 1K6TA 3PRSA 2P3AA 3LIVA 5P46A 5P4LA 5P3NA 4Y9WA 5P2VA 4A4QA 5JFPA 3O9IA 1QBSA 5OYSA 1HVJA 3BXSA 2QD7A 5P82A 2V13A 3APPA 5P20A 4HDPA 5P0TA 4HEGA 2XYEA 3I25A 1BIMA 5P44A 4AMTA 5AH9A 4PZWA 4ZE6A 5P1LA 2RKFA 3PGIA 2Q54A 5P77A 1SIPA 3OUDB 4K9HA 2I4VA 5P8RA 4FRJA 4Y3WA 5P84A 4Y3DA 4RVJA 5P30A 4MC9A 2ZJIA 1PPLE 5P1KA 2P83A 5J25A 1MTRA 1BDRA 5OZ8A 1BVEA 5P1MA 3OUBA 4MC6A 4K8SA 5P75A 1FQ8A 2A4FA 3BHEA 3KFRA 1HSIA 1FMUA 4F76A 1GNMA 3VYEA 2PSGA 5OZDA 3Q70A 2WHHA 1G6LA 5KQYA 5P6WA 1HHPA 4Y4ZA 5P8VA 4Y5MA 5DGUA 3HLOA 5P3BA 4Y35A 5P4DA 5P8GA 5P6KA 5KQFA 1T3RA 2AVVA 1HSHA 3QROA 2B8VA 1JLDA 1Z1RA 4U7QA 2QI4A 5P2TA 5P26A 5P71A 2XFIA 5JODA 4RRNA 3GI6A 5P7FA 3R2FA 1D4LA 2BKTA 2IS0A 5P37A 3ST5A 5DQ1A 5OZ7A 5HCOA 5P79A 3FNSA 2HIZA 2BPXA 1HIHA 3WZ8A 5OZLA 5P01A 4B1CA 3VSXA 4HVPA 4E43A 1BAIA 5P41A 1T7JA 2H6TA 3QP0A 2ER7E 3GI0A 4GJDA 5P32A 2IGXA 5P4YA 5P51A 4Y5KA 4I8ZA 2NMZA 1SDTA 5OZSA 3PJ6A 4Y3JA 5P33A 2PYNA 2QZXA 4TVGA 1W6HA 3O9GA 4L7HA 5P0WA 4A6CA 3ZKIA 3L3AA 4Y3NA 5I3YA 1HWRA 3K5GA 3R4BA 3T7XA 1TSUA 1KZKA 3PWRA 3NU9A 5OZZA 1YTHA 5SY2A 3EM4A 5E5JA 5P60A 1HPXA 3K5DA 3D1YA 2VNNA 4Y5CA 2R9BA 2ZHSA 1FGCC 2HB2A 1G0VA 3KDCA 1GVWA 5P67A 3SACA 4NJUA 1Z1HA 2FXDA 3OAGA 4KE1A 4R93A 4Y3TA 3U6AA 1EPQE 5OYQA 3R1GB 1QRPE 4YCTA 4Y4UA 5P7IA 2VKMA 4J0PA 1Z8CA 5P3ZA 4ZSQA 5HDVA 1NSOA 5JG1A 3QBFA 1EC0A 3HDKA 4UPJA 3NWQA 3IN4A 3JVYA 3TPJA 2QHZA 3D1ZA 3O9BA 2ZGAA 1HEFE 5P1QA 3U7SA 5OZMA 1U8GA 3KYRA 5P4SA 5P52A 3S85A 4FL8A 1TCWA 5P3LA 5P0UA 1HXWA 1YTJA 3HW1A 1IZDA 3QIHA 5P6MA 4DJXA 5P1TA 5OZEA 2ZDZA 1MT9A 1LF3A 4J1EA 3Q4BA 5KR0A 5P5EA 3I8WA 3LPJA 5P6QA 2OHLA 4RLDA 5P4GA 3IVIA 5P36A 2AZBA 5P2XA 1LYWB 5P68A 5P15A 4Y4XA 2QMFA 5BS4A 5P42A 5P1SA 5P4OA 3OK9A 1XS7D 3DK1A 2BQVA 1FF0C 2F3KA 4Y3XA 5OYRA 5P2BA 5P5ZA 3EKVA 2RENA 1AM5A 5P0LA 3U71A 5P17A 5P3GA 5P04A 5P2SA 4B77A 3QI1A 1E80E 2WF1A 3DJKA 5P0NA 5OYZA 4Y6MA 1WBMA 5P5VA 1RPIA 3CMSA 3RTMA 4CPQA 2IDWA 3EM6A 5P1OA 2VIYA 1UH7A 5P0MA 4J1FA 3QS1A 5IS4A 4FRKA 5KOSA 1GNNA 1MESA 2AOGA 1C6YA 3EL4A 2I0DA 3PBZA 2VIEA 2HB4A 5P58A 4DJYA 2F8GA 4U7VA 4YA8A 1TZSA 4L7GA 4Y5NA 1CZIE 4Y3ZA 3PSUA 5P69A 2AOHA 3DV5A 1HVHA 5P4MA 5P3IA 1K6VA 5P1NA 1NPAA 1AJVA 5ISKA 5P10A 4I0JA 5P2CA 2JJJA 5P06A 3CICA 3EXOA 3DV1A 5P4ZA 1HTFA 4IVTA 1HIIA 2G94A 3G6ZA 3EBZA 1W51A 2FDDA 5P0GA 5P5IA 3TOFA 4Y47A 2QI5A 5P4CA 1TCXA 1IZHA 4FIVA 4B05A 5P7MA 4L1AB 1FQ4A 1PFZA 5P4QA 1VIKA 1UH9A 1FIVA 5P3JA 5P0DA 4YOBA 5P2IA 5P3PA 1EPOE 3SA5A 4CPWA 1UPJA 5OYYA 3CKPA 1B11A 4J1CA 1EPME 3OXWA 4NPTA 5EZXA 5P6ZA 4H3IA 4NJSA 1YM2A 3L5DA 1T6GA 5P6EA 3KN0A 1HTRB 4NPUA 3TTPA 1W5WA 5P4RA 4RRSA 4YD5A 3LZYA 3TPLA 4I11A 3ER5E 1K1UA 2B60A 1ZP8A 4Q1XA 4BFDA 4D89A 4TRWA 2JJIA 3URLA 2FDPA 4I0DA 3LIYA 5P3AA 3VV8A 2P8HA 4PYVA 5OZTA 1G35A 4EQ0A 1M4HA 2ZHUA 1QS8A 2G27A 5IVQA 3VG1A 4GJBA 4OC6B 4YCYA 4DQEA 2QAKA 5P0VA 5P7GA 3RTHA 2PQZA 1PROA 5P3HA 2B7FA 3HD8A 5P19A 5P56A 2QU3A 1DAZC 2HS1A 2PH8A 2PSUA 3CKRA 4QJ8A 3SA7A 4LXMA 3KDBA 1MIQA 2OHQA 2G20A 5OZQA 1QBTA 5HE5A 4NJVA 4DH6A 3S43A 4RYGA 1SP5A 5P8PA 5DQ5A 5P22A 3EMYA 3BVAA 3PLLA 4J17A 5P1DA 5P7EA 4DJPA 5P5FA 2IKOA 5P54A 4XKXA 1LV1A 5P29A 4QJ7A 5P89A 3DCKA 4OC6A 1HPOA 7HVPA 2V12C 4KUPA 3GGUA 3PMUA 4QJ2A 1APTE 4WTUA 3QBHA 3ECGA 1B6PA 5P7AA 5P03A 3NXEA 3OUCA 3GGXA 3OTYA 1HBVA 1HPVA 1A8KA 3QPJA 5OZUA 4RROA 3LIQA 2HS2A 1LEEA 2QK5A 5P05A 1HIVA 2O4LA 4GJ7A 1MVPA 4EHCA 3OQ7A 5P72A 2ZE1A 4QJ6A 4YD3A 5P3KA 4EWOA 4Q1YA 5I3WA 2RKGA 4XX4A 5I3XA 5OZ5A 1EC3A 5P6SA 2Q15A 4Y3QA 2AVOA 4DJVA 1HPSA 3ER3E 2CEMA 2EWYA 1IZIA 4PEPA 1ME6A 3NWXA 3PVKA 5P73A 5P11A 5P6FA 5P0CA 1IVQA 1SMEA 3GGVA 4YE3A 5P27A 1ODWA 4Y41A 2QHYA 5I3VA 2CENA 1PPME 4GB2A 3I6OA 2ZJHA 3JW2A 4XXSA 3IN3A 2ZJMA 5DR7A 5P1JA 3KFSA 5DQ2A 3FNUA 3PI5A 2G1SA 4JPEA 4Y3SA 3UF3A 5F00A 1AVFA 2P4JA 3HBOA 4MC1A 5COOA 5P7QA 2AQUA 4Y3RA 1DPJA 1MEUA 1NH0A 5T4SA 2FXEA 4M8XA 5CLMA 3S7MA 3SA4A 5P02A 2G24A 2OHMA 4PHVA 4X7IA 5P7YA 4DVFA 3N3IA 4Y56A 2G1RA 2UY0A 5P1VA 2IENA 5OYXA 4Q1WA 2O4PA 1HSGA 1IIQA 3CYWA 3OXXA 1FFIC 4Q1NA 3JVWA 4Y4WA 5P43A 3BVBA 3EKQA 5FIVA 4J5JA 5B18A 1F34A 3QRMA 3N4LA 5P8MA 3PMYA 3MSKA 1IDAA 5OZJA 5P6BA 4Z2ZA 2IQGA 2G22A 2AOFA 5P6VA 5P5YA 4R95A 2NPHA 4D8CA 1B5FA 3UDPA 5OZVA 3QRVA 1TQFA 5P8FA 5KR8A 3O9HA 4Y50A 4OD9A 5C9FA 2VS2A 3LZUA 5P64A 4QJAA 2APRA 5OZYA 3I7EA 1GVVA 1AAQA 5P1XA 4Z22A 5P6UA 4Y37A 1MT7A 4FE6A 4N00A 2CEJA 4FM6A 4ZSMA 3AUPA 4YDFA 4DJOA 4YBIA 4B78A 5P13A 1YM4A 5P62A 3HAWA 3F9QA 3PEPA 1VIJA 5P2LA 2FNSA 5P81A 3OY4A 4Y4AA 1BILA 2Q55A 5P3XA 5P6HA 5OZGA 2BPWA 4QGIA 2SAMA 3INDA 4LHHA 3IGBA 3BRAA 5P2NA 3K5CA 3NU6A 1BDQA 1FG8C 3HAUA 3NUJA 3ZPSA 4ZLSA 5P6PA 4ER1E 2I4DA 5P1FA 4CPTA 2R5QA 3L5BA 1MERA 3OUDA 2IEOA 5OZ2A 3TLHA 1ZSRA 3H0BA 1K2CA 1E82E 4DI2A 5OZ6A 2IL2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LHG A;  3VV6 A;  3S45 A;  4FGX A;  6APR E;  1HTG A;  3NDX A;  2Q11 A;  1FQ7 A;  3O9F A;  4J1H A;  5P8S A;  1A30 A;  3ZKS A;  5HE4 A;  4OBH A;  1EBK C;  3QVC A;  3UQX A;  4NJT A;  5P3W A;  4EJK A;  3EL5 A;  5P1B A;  2I4W A;  1BV7 A;  2ZHV A;  5P4P A;  1C70 A;  5P2H A;  5P0Z A;  5P7T A;  5P7X A;  4I0I A;  5P1U A;  5AHC A;  4RYC A;  4FAF A;  2R38 A;  4APR E;  2PK5 A;  1EPL E;  1XDH A;  3D91 A;  5P4N A;  5P0K A;  3Q3T A;  2HAH A;  5P50 A;  3EKX A;  4H3G A;  2I4U A;  5P39 A;  4FSL A;  2UPJ A;  5AH7 A;  4HZT A;  4YD4 A;  3T6I A;  2VJ7 A;  1J71 A;  4ZSR A;  4HLA A;  3Q6Y A;  3QRS A;  1B6J A;  5AH6 A;  2QD6 A;  5P7B A;  4Y45 A;  3L38 A;  5P3S A;  4COE A;  5P5W A;  1HVI A;  3K5F A;  3UDN A;  5OZX A;  2P3B B;  2WEB A;  5P1Z A;  5P8K A;  4BEL A;  5P7C A;  4DUS A;  3VCM A;  5P8B A;  5UPJ A;  2O40 A;  3UDK A;  4FRI A;  2FDE A;  2AID A;  2WF0 A;  5P2D A;  3VYF A;  1RQ9 A;  3KM4 A;  4FSE A;  1OD1 A;  5P3M A;  5P2U A;  1MPP A;  5P6L A;  5P5U A;  5OZF A;  4BEK A;  5P2O A;  2OHT A;  5P66 A;  1ZSF A;  4IVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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