4U7QA

Structure of wild-type hiv protease in complex with photosensitive inhibitor pdi-6
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triggering HIV polyprotein processing by light using rapid photodegradation of a tight-binding protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u7qA00
3OU1B 4GJCA 1E81E 2ZJIA 4LXAA 1GVTA 1SH9A 2ZJLA 3LIZA 2ZDZA 3ZKNA 4NPTA 5HDUA 5OZXA 3KDBA 5OYRA 2Q3KA 1BWAA 2B42A 3PRSA 4GJ7A 3EKQA 4Y3TA 5AGZA 2G27A 3INHA 5P5RA 1LF4A 4R95A 5P46A 4YDGA 1HPSA 1SIPA 5P1FA 2QNPA 3O9GA 2AODA 5P6TA 5P1OA 2UY0A 3CIDA 3MWSA 1T7JA 5HCTA 3I7EA 3NYGA 5OZTA 4L6BA 4XKXA 5BRYA 5IVSA 4OBKA 2HB4A 4R91A 5P4YA 4CPUA 4ZE6A 1BIMA 2UPJA 3LIVA 4DQHA 2B8LA 4J1IA 4Q1XA 3VF7A 5OYXA 1JLDA 1GVXA 5OZ8A 1IDAA 2AZ9A 5P54A 2QZXA 5OZIA 5P38A 1HTFA 5P4EA 1B5FA 1IZDA 5ISJA 4J1HA 3MSJA 5P71A 1ME6A 3GGUA 3GI0A 2PYMA 3RU1A 1FQ8A 2VS2A 2AOJA 4FRKA 4DJXA 3TOFA 4Y3AA 1CMSA 5OYTA 2FNTA 6APRE 4ZSQA 5P0LA 4DV9A 2BBBA 2P83A 2AQUA 2I4UA 1K6VA 3QBHA 1YM4A 3AUPA 3NU4A 5P0WA 2ZYEA 4Y3YA 2XFIA 5P65A 5P5ZA 1XN3A 1IBQA 4ZPGA 4OBGA 3L5CA 3PSYA 4FIVA 1FGCC 5P4LA 5P7DA 1GVVA 1WKRA 4CKUA 1EPPE 5P7QA 1FMUA 3CKTA 5APRE 1DW6C 5P0JA 1MEUA 2WF3A 4EP3A 5DR4A 1G0VA 1K6CA 4Y4UA 5OYVA 3DOXA 4Y4TA 2CEJA 4DQEA 1E5OE 5P13A 2PC0A 5P4NA 2IL2A 1BVEA 4F76A 3EM3A 3T3CA 1D4LA 2R8NA 1LYWA 2PSGA 4J1KA 4Y3XA 5P12A 5P7EA 5P8GA 1ZBGA 4EYRA 1MIQA 5P8IA 4Y41A 5P63A 4DUSA 1QBSA 2ASIA 3ZL7A 2I4WA 3K4VC 2QI6A 3EL5A 1OEXA 5DR1A 3APRE 1MRXA 3D20A 4KE1A 5P64A 4B72A 1BDLA 5P7NA 3C9XA 1B6PA 1EPNE 5F00A 4Y54A 2R38A 3D1YA 4Y5MA 1HVLA 5P4QA 3EKPA 4EXHA 2WEAA 5P4TA 2PSUA 2NMYA 4L1AA 5BWYA 5P62A 2OAHA 2IKOA 5OZEA 4I0EA 2VA6A 4KE0A 1CPIA 3HZCA 2P3BB 3ZOVA 3RVIA 5P0PA 4HZTA 1TQFA 5P44A 5P8HA 5P5DA 4YD4A 5P0BA 1Q9PA 5P4WA 4RRNA 5P74A 1B6KA 4Y3ZA 4Y3QA 4EQ0A 1MSMA 3BUGA 4CPQA 3ECGA 4Y3LA 1ZSRA 4RZ1A 1CZIE 1W51A 3VFBA 3HAWA 5P6EA 5P6PA 3OUAA 1TSQA 4Y36A 2HB2A 3Q3TA 2QHCA 5P18A 3NU6A 3B7VA 1DPJA 4DVFA 1KJFA 3SAAA 3UTLA 4Y5NA 1PFZA 4DPFA 3L5FA 1TCXA 3OY4A 3FSMA 1MUIA 3DJKA 1LYBA 5P20A 1BWBA 4J0TA 5P4XA 5P45A 3TOGA 4YD7A 5P6JA 4Y37A 1QBUA 4IVSA 3ZKIA 5P3AA 3OXCA 5AH6A 1K6PA 3ZKMA 2BPYA 3OUBA 1HSIA 2Q63A 1ZP8A 2FIVA 3BXRA 5P5SA 1HXBA 2CEMA 4FRSA 5P7IA 4CPXA 3PCWA 1SDVA 1W5WA 5P1ZA 3LZVA 2OHLA 5P0XA 2RKGA 4YOBA 3EL0A 5SY2A 2UXZA 2NMZA 2QHYA 5P87A 5P3GA 1BVGA 1FLHA 3PEPA 5P04A 2QHZA 4HEGA 1FKNA 3T11A 2B7ZA 4R92A 5EZXA 4K9HA 2JE4A 5P8KA 5OZHA 5P5AA 5OZSA 5P25A 4GJ6A 4EWOA 1TZSA 1FMXA 3QRVA 1HVJA 3Q5HA 3CYXA 2JJJA 3FNTA 5OZGA 1HRNA 4H1EA 3WZ6A 3PCZA 4I0FA 5P2AA 4F74A 3TKWA 5P0NA 1META 5P5YA 4K4QA 3PM4A 5OZWA 3K1WA 3UDHA 4J1CA 5P03A 5P40A 1IZHA 3SA9A 5I70A 3CICA 5AHAA 5P5IA 4DQBA 4J0ZA 4RCDA 4Y5AA 3OQDA 4Y3FA 2O4SA 4F75A 2OHNA 2PH6A 5P2VA 4GIDA 3SPKA 3WSJA 3ST5A 4QJ6A 5OZJA 5P2FA 4YE3A 3QN8A 4Y5GA 3K5FA 5P0SA 1UPJA 3IAWA 3O9FA 2VJ7A 3PVKA 4I10A 1W5VA 4LC7A 3SLZA 1RL8A 4YHQA 4S1GA 3TTPA 1YTHA 3EKVA 3INEA 2R3WA 1G2KA 1EEDP 5P6AA 2OHSA 2IENA 4Y3WA 1WBMA 2I4VA 4I0HA 5P17A 4R93A 5P3QA 5P0IA 3ER5E 5P78A 1TW7A 3PBZA 4BEKA 3ZKSA 4APRE 4D85A 4FAEA 3KN0A 5P4PA 3RTHA 5F01A 3OQ7A 3ZKGA 5ER1E 1BV9A 4D88A 5HU0A 1G35A 1PSAA 5P8OA 4J55A 2I4XA 4I8WA 3FV3A 2V11C 5P1BA 5P1GA 2FXEA 4AA8A 1BDRA 4MC2A 3L38A 5DPZA 3OK9A 3BGBA 3NU9A 1VIJA 1NSOA 5C9BA 5P6CA 5P3NA 4K4RA 5OZNA 3KMYA 5P3KA 4EP2A 1M0BA 1GVUA 1MTRA 3VV7A 1EPLE 4M8YA 4U7VA 3UCBA 3BGCA 3UFNA 2IRZA 4Y45A 5P57A 2QCIA 4EJDA 4R8YA 1PPKE 3NDXA 3D3TA 1EPOE 5P73A 5P5TA 4M8XA 1SBGA 4U7QA 5P15A 4J0PA 4Y3SA 2ER6E 1VIKA 5P41A 5P1XA 4Q5MA 2QMFA 3LHGA 5P5GA 3L5BA 5P49A 3S8IA 5P1AA 3VSWA 2HM1A 3EM4A 1MPPA 3SA7A 1HSHA 5P6LA 1W5YA 3B80A 3DCRA 2QI5A 3UHLA 4WY1A 2VJ9A 3EMYA 3IA9A 5COKA 2WEZA 5P7GA 1K6TA 5P80A 4D8CA 5P22A 5P6YA 4DPIA 3GGAA 2BPXA 5JG1A 5OZ2A 3DM6A 1W50A 4MC1A 1LYWB 3G72A 1EPME 3EXOA 2OHTA 3CMSA 5P5LA 5P0MA 5P4UA 2IEOA 2BKSA 3QVIA 5P5WA 3IXOA 4LXKA 3ZPTA 5E5JA 5ER2E 3EL9A 3L58A 4Z4XA 4K8SA 5P1RA 5P3IA 2O40A 4AUCA 5DR3A 5DGWA 3BUHA 1LS5A 5P31A 2QD7A 2VA7A 3UDNA 3N3IA 1FFFC 5I3VA 2AVMA 4LP9A 2VIJA 4Y39A 1GNMA 4YA8A 1GNOA 4J0YA 5P7RA 4FL8A 5P5UA 1HWRA 4L1AB 4Y4DA 2AOIA 5P2HA 4HVPA 5P28A 4H3GA 5P3ZA 1IVQA 1M4HA 4OBDA 5P11A 3QBFA 3R4BA 4Y50A 5P76A 3QAAA 5P8JA 4ZSRA 3NXEA 4QGIA 4TRYA 2F3KA 1B11A 1BXQA 4H3IA 2VIEA 2G1NA 2FLEA 2APRA 1K2BA 3PI0A 3D1ZA 3UQXA 3UQUA 5P2TA 2J9JA 3M9FA 1NPAA 2VKMA 3FNSA 3GW5A 5P1EA 1HEGE 4DJRA 5P4GA 6FIVA 5P3SA 2I4QA 1ZAPA 3QROA 1HHPA 5E5KA 4Z50A 3I25A 1K2CA 2WJOA 2XYFA 1XL2A 1XDHA 4Y4GA 5P72A 1BAIA 4DJUA 3IN3A 3PWWA 5P6WA 5P7UA 3KDDA 3TOHA 5P6OA 3OADB 3LZSA 4R5NA 3SKGA 3SA6A 2OHUA 1LYBB 3CKPA 1FF0C 2A4FA 4Y9WA 4PYVA 4B1DA 3FX5A 1YTGA 1MTBA 5IVRA 4JPCA 5P3VA 1T7KA 4ACXA 1UH7A 2H6TA 2F8GA 5I3YA 3TLHA 5P06A 3KYRA 1DP5A 3ER3E 4GYEA 3ZPSA 5IS4A 3VFAA 5OZVA 5P2JA 5SXNA 5OYQA 3NR6A 5OZMA 2NNKA 2R9BA 4Y3MA 2WF1A 4Y51A 2WHHA 3QPJA 2G26A 1DAZC 2PWCA 4LBTA 2IKUA 3EL4A 3BVBA 2XFKA 3EM6A 4B1EA 5P83A 3JVYA 4Y43A 5ENMA 5COOA 1PPLE 2PK5A 1TSUA 5P2OA 2QD6A 2IDWA 5P0QA 4MC6A 5C9FA 4COEA 2QD8A 4Y4AA 3FNUA 1AJVA 1EPRE 2XYEA 4Y3RA 5PEPA 5P2GA 4OD9A 3RTNA 2VJ6A 2PSVA 4BFDA 4FAFA 2V16C 3UDJA 4EJKA 5P36A 5P2ZA 1IVPA 3OXWA 2P8HA 5CLMA 4Y4ZA 4B0QA 2HIZA 2FGUA 5P33A 1Z1HA 1LF2A 2V0ZC 1OD1A 3OWNA 4Y5LA 4TRZA 2O4KA 5HVPA 5P7VA 3EL1A 3OGPA 5P3UA 3OQAA 4AZYA 5OYZA 5I3WA 3NUJA 2BPVA 3S7LA 4QJ8A 5P1YA 1IZEA 1YX9A 4NPUA 3CKRA 4ACUA 7UPJA 3R1GB 5P4ZA 4PEPA 5P0GA 5P1PA 5P89A 3O9BA 5P1WA 3IVHA 1HIVA 1EBKC 1SMEA 3VLAA 4PPHA 4K4PA 5P8QA 2G1RA 1HVSA 4ZIPA 1LV1A 2WECA 2BKTA 2ZHRA 1TCWA 5P6BA 5P34A 2V13A 4ZLSA 3L59A 4TVGA 5P3EA 2QAKA 5HDVA 5P7HA 3DV1A 2ER7E 1FG8C 3VEUA 4RYCA 2I0AA 4JECA 1ER8E 5AH7A 3IXJA 1FB7A 3OAGA 1ZLFA 4AA9A 2ZHVA 2F80A 5P2NA 5P69A 4QJAA 3PMYA 3QRMA 4I0IA 2F81A 4J17A 3T6IA 3SA5A 1AXAA 5OZAA 1MESA 5AH9A 5HTZA 5P27A 5P5HA 3O9DA 3UF3A 3PJ6A 5HDXA 3OHFA 1SP5A 1BXOA 1B6LA 1EBWA 3GI5A 5P2KA 2AZCA 2BB9A 3ZKQA 4CPRA 9HVPA 4FGXA 5P7MA 5P0KA 3NUOA 3QVCA 5P3MA 3FIVA 3NXNA 4MC9A 5P37A 3OADA 2AOEA 1SGZA 2G1SA 3K5GA 5KR8A 5OZ5A 4GJAA 5P7PA 1IZIA 4X2LA 5P6GA 3DCKA 2QI1A 5P3RA 3LIXA 1HVHA 4JOOA 1HBVA 5DGUA 5P10A 5P4SA 4Y44A 3PSUA 3L3AA 4HDBA 5KQYA 5OZFA 3PLDA 5P3HA 2NPHA 5P09A 4Z22A 5P7AA 5P6UA 2Q11A 5P1UA 4HDPA 4FM6A 5P8LA 2NNPA 3IXKA 3UPJA 3KMXA 4TRWA 5P6XA 4QJ7A 5P6HA 1FG6C 5P58A 4D83A 3KFNA 1SDTA 1FQ5A 2G20A 5P55A 1APTE 1SDUA 3INDA 1T6GA 5P5EA 5P6NA 1LZQA 5P85A 2ANLA 2V00A 5OZRA 1LYAA 1MT9A 1FQ6A 1RV7A 5P61A 3EC0A 2I1AA 4YDFA 5P2WA 4Y56A 3SM2A 3KA2A 5P5XA 1PPME 1FEJC 2PK6A 1AIDA 4F73A 2QNNA 5P0AA 5P30A 5P84A 1XL5A 2HC0A 3DV5A 4RCFA 5P60A 3JW2A 5P0UA 5P2RA 2F3EA 1GNNA 5OZ1A 5P3WA 4GJDA 4CPTA 1QDMA 5P8SA 5P07A 4Y35A 4DJYA 3ZKXA 3IVIA 1NH0A 3LINA 4UPJA 4EXGA 5P2SA 5P5MA 1UH9A 4Y4JA 2BPWA 4JP9A 1A9MA 4YBIA 4Y57A 5P1JA 4Z2ZA 5OZ7A 2G69A 3NU3A 5P75A 2V10C 3SKFA 2G1OA 3TPLA 5EZZA 5DR7A 4Q1NA 3OQFA 3INFA 8HVPA 3BRAA 3TPRA 2ZJJA 3K5CA 5P1VA 5P4JA 5P48A 4EHCA 3O9AA 1KJ7A 1FIVA 3EKWA 3LZYA 2J9JB 4RGHA 3VYFA 4PZXA 4FRIA 5P3LA 5P3BA 1PROA 5P2QA 1HVCA 3T7QA 4EJ8A 1HVIA 5P0HA 2AZBA 5P35A 3O9EA 2Q54A 2HS2A 4Y6MA 5OYSA 4Y3JA 4B05A 4AMTA 4OBZA 1ZSFA 4Y47A 5KAOA 3OTSA 5P3XA 3SQFA 4Y3DA 4Y4WA 1HIIA 3NDTA 1W6HA 1HTGA 5P5KA 3T7XA 2G22A 4D89A 2VIZA 3H5BA 1PSNA 5P7JA 5OZYA 3TNEA 3I6OA 4JPEA 3S53A 1HVRA 5P4OA 3O99A 2QZWA 2Q64A 4YBFA 2JJIA 2R43A 4N00A 4GJ5A 3PGIA 2ZHUA 4RRSA 3VUCA 4L7JA 5OZPA 4RCEA 5P1LA 5KR2A 5P6VA 3URJA 1RQ9A 4Y38A 5P5QA 1APVE 1YTJA 2AVSA 5P2DA 4FSLA 5P88A 3H0BA 3QRSA 4NJTA 4A4QA 4Y53A 2HPFA 1GVWA 5OYYA 2AOCA 2P3CA 4FE6A 5P66A 3KFPA 5P8TA 2QU3A 4HA5A 5P2CA 1UH8A 5DQ2A 3G6ZA 1BILA 5P82A 5P67A 1YG9A 3OU4A 5P24A 3S43A 3ZMGA 5KOQA 5P6FA 1EAGA 5P68A 3VSXA 1F7AA 5P3FA 1HIHA 5P8NA 2QI4A 4FCOA 4WY6A 2NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU1 B;  4GJC A;  1E81 E;  2ZJI A;  4LXA A;  1GVT A;  1SH9 A;  2ZJL A;  3LIZ A;  2ZDZ A;  3ZKN A;  4NPT A;  5HDU A;  5OZX A;  3KDB A;  5OYR A;  2Q3K A;  1BWA A;  2B42 A;  3PRS A;  4GJ7 A;  3EKQ A;  4Y3T A;  5AGZ A;  2G27 A;  3INH A;  5P5R A;  1LF4 A;  4R95 A;  5P46 A;  4YDG A;  1HPS A;  1SIP A;  5P1F A;  2QNP A;  3O9G A;  2AOD A;  5P6T A;  5P1O A;  2UY0 A;  3CID A;  3MWS A;  1T7J A;  5HCT A;  3I7E A;  3NYG A;  5OZT A;  4L6B A;  4XKX A;  5BRY A;  5IVS A;  4OBK A;  2HB4 A;  4R91 A;  5P4Y A;  4CPU A;  4ZE6 A;  1BIM A;  2UPJ A;  3LIV A;  4DQH A;  2B8L A;  4J1I A;  4Q1X A;  3VF7 A;  5OYX A;  1JLD A;  1GVX A;  5OZ8 A;  1IDA A;  2AZ9 A;  5P54 A;  2QZX A;  5OZI A;  5P38 A;  1HTF A;  5P4E A;  1B5F A;  1IZD A;  5ISJ A;  4J1H A;  3MSJ A;  5P71 A;  1ME6 A;  3GGU A;  3GI0 A;  2PYM A;  3RU1 A;  1FQ8 A;  2VS2 A;  2AOJ A;  4FRK A;  4DJX A;  3TOF A;  4Y3A A;  1CMS A;  5OYT A;  2FNT A;  6APR E;  4ZSQ A;  5P0L A;  4DV9 A;  2BBB A;  2P83 A;  2AQU A;  2I4U A;  1K6V A;  3QBH A;  1YM4 A;  3AUP A;  3NU4 A;  5P0W A;  2ZYE A;  4Y3Y A;  2XFI A;  5P65 A;  5P5Z A;  1XN3 A;  1IBQ A;  4ZPG A;  4OBG A;  3L5C A;  3PSY A;  4FIV A;  1FGC C;  5P4L A;  5P7D A;  1GVV A;  1WKR A;  4CKU A;  1EPP E;  5P7Q A;  1FMU A;  3CKT A;  5APR E;  1DW6 C;  5P0J A;  1MEU A;  2WF3 A;  4EP3 A;  5DR4 A;  1G0V A;  1K6C A;  4Y4U A;  5OYV A;  3DOX A;  4Y4T A;  2CEJ A;  4DQE A;  1E5O E;  5P13 A;  2PC0 A;  5P4N A;  2IL2 A;  1BVE A;  4F76 A;  3EM3 A;  3T3C A;  1D4L A;  2R8N A;  1LYW A;  2PSG A;  4J1K A;  4Y3X A;  5P12 A;  5P7E A;  5P8G A;  1ZBG A;  4EYR A;  1MIQ A;  5P8I A;  4Y41 A;  5P63 A;  4DUS A;  1QBS A;  2ASI A;  3ZL7 A;  2I4W A;  3K4V C;  2QI6 A;  3EL5 A;  1OEX A;  5DR1 A;  3APR E;  1MRX A;  3D20 A;  4KE1 A;  5P64 A;  4B72 A;  1BDL A;  5P7N A;  3C9X A;  1B6P A;  1EPN E;  5F00 A;  4Y54 A;  2R38 A;  3D1Y A;  4Y5M A;  1HVL A;  5P4Q A;  3EKP A;  4EXH A;  2WEA A;  5P4T A;  2PSU A;  2NMY A;  4L1A A;  5BWY A;  5P62 A;  2OAH A;  2IKO A;  5OZE A;  4I0E A;  2VA6 A;  4KE0 A;  1CPI A;  3HZC A;  2P3B B;  3ZOV A;  3RVI A;  5P0P A;  4HZT A;  1TQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HE5 A;  5P23 A;  5P43 A;  3UQR A;  5P0V A;  1DMP A;  6UPJ A;  3LIY A;  5P6D A;  3K4V A;  5OYU A;  3NWX A;  3LPJ A;  4LL3 A;  4I0D A;  4YD5 A;  5AH8 A;  5OZC A;  2O4P A;  5P50 A;  2P3D A;  2IS0 A;  3TPJ A;  5P47 A;  2VIY A;  5P0R A;  4ZPE A;  5BS4 A;  1EC1 A;  1C70 A;  2H6S A;  5P4I A;  5C9D A;  5P2E A;  3OUD B;  5P51 A;  3S7M A;  4OBH A;  1WBK A;  3RSX A;  2NXL A;  1QRP E;  3OTY A;  4Y5B A;  5OZO A;  1AM5 A;  5P5C A;  4J1F A;  5P0Z A;  5CON A;  2OHK A;  4Y5C A;  3HVG A;  1OEW A;  2QMD A;  5P05 A;  1M43 A;  2AVO A;  2SAM A;  1C6Z A;  5KR0 A;  2JXR A;  1F34 A;  5P8U A;  2IGY A;  5ENK A;  1ZJ7 A;  3PB5 A;  5DR8 A;  5P4D A;  1W6I A;  5P6S A;  1IIQ A;  1ZTZ A;  3EKT A;  3OQK A;  5P8V A;  5KOS A;  5OZD A;  3BVA A;  2AVV A;  4IVT A;  2FMB A;  4FS4 A;  2FNS A;  4OBF A;  3NDU A;  5P1T A;  1MVP A;  5P1K A;  3SM1 A;  4NKK A;  3NLS A;  1A8K A;  5COP A;  3WB5 A;  3Q6Y A;  1FFI C;  4Y58 A;  4HLA A;  5P26 A;  5OZQ A;  1EPQ E;  1ZPK A;  5P2L A;  1KJG A;  1HTE A;  4I0Z A;  2HB3 A;  4J54 A;  2O4L A;  3OU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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