4U8WA

Hiv-1 wild type protease with grl-050-10a (a gem-difluoro-bis-tetrahydrofuran as p2-ligand)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of gem-Difluoro-bis-Tetrahydrofuran as P2 Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors to Improve Brain Penetration: Synthesis, X-ray Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u8wA00
5P20A 6APRE 1HVRA 1TZSA 3VYDA 3NWXA 5ENMA 4AMTA 3EL0A 2FXEA 5P8HA 1D4LA 5P5GA 3NU6A 3O99A 1Z1HA 2IQGA 2WF0A 1HPXA 1BDQA 5P8TA 2B60A 1D4SA 5P81A 5OZCA 2BPXA 7HVPA 5OZAA 5HD0A 4TVHA 3QPJA 1SH9A 4H3GA 4Y4XA 3Q5HA 1IZEA 3EBZA 5P7ZA 1HSHA 5OZNA 3AUPA 3KDCA 4RCDA 4R92A 2PSUA 5P51A 4X7IA 2QZXA 2A4FA 2RKFA 1MRWA 3K5DA 5OZ4A 3UDQA 2Q54A 5P33A 3UFLA 5P54A 3WZ6A 4ZIPA 3S7MA 1ZLFA 1HIHA 2QAKA 5P69A 4Y3SA 2F80A 1BXOA 2Z54A 4GJBA 3OUDB 4FM6A 5AH7A 5KR2A 4GJAA 3VF5A 3QAAA 4KB9A 4DQHA 1NPVA 5ER1E 5P8IA 1AZ5A 1W5WA 5OYUA 4B00A 5I3YA 2O4NA 3KFPA 3VFBA 1BV9A 3PRSA 1T3RA 3GI6A 4FRIA 3BVBA 1BIMA 1ZTZA 1XDHA 3OUAA 3LNKA 5P25A 4B78A 1SBGA 5P1KA 5P40A 5P3LA 5P7PA 3WB4A 5P55A 1Z8CA 5OZWA 5P3UA 3ZPTA 2Q64A 3ER5E 1AJVA 4H1EA 3OY4A 3TLHA 3PWRA 5P0UA 3H0BA 3K5GA 4M8XA 4H3FA 3HAWA 4HA5A 5P1GA 5P5KA 4Y4ZA 2B42A 1A8GA 5AH9A 2XFIA 5OYTA 5OZ7A 3BHEA 1EAGA 5OZUA 5COKA 3OUDA 5P2NA 4Y9WA 5P70A 1K2CA 1XE6A 1YM4A 1FQ4A 5P0QA 3DCKA 3LZYA 2OHNA 4J1EA 5OZBA 3VF3A 2FS4A 2QMGA 2OHMA 3OQAA 4LXKA 3UDMA 4OBHA 5P11A 2V12C 5P8JA 2I4VA 1QDMA 3INFA 1TQFA 1APWE 4QGIA 5IVTA 3OOTA 1PSAA 5P14A 5P3EA 3IVIA 4UPJA 3QN8A 5P5AA 5P65A 2WEDA 3BUHA 5DQCA 3QP0A 2G21A 1BAIA 3CIBA 3NYGA 5OZ0A 1M43A 4I0FA 5P1YA 5BWYA 3EMYA 3OQ7A 2G20A 3OXWA 5P1XA 1U8GA 3T7XA 2AVQA 2PK6A 4Q5MA 5F00A 1NSOA 4TRYA 5P12A 4R93A 5P44A 5P4IA 1T7KA 3BXSA 5HDVA 2F81A 3DV5A 5P6ZA 3SA6A 5P2HA 4J0VA 1LF2A 3IVHA 5AH6A 5P76A 4Y44A 4Y35A 2BPYA 5P7LA 5HDZA 4Z22A 4HEGA 2G94A 2WF4A 3GGUA 2O4KA 5P0NA 5P1RA 2NXMA 1AJXA 1EBYA 3GI0A 5OYXA 5P18A 5OZOA 5P2QA 5P6DA 2VIZA 4DQCA 4Y5NA 1GVXA 5P4CA 2CEJA 1AXAA 1PSOE 1HTEA 4ZSRA 3HD8A 4RRSA 3LINA 3ZOVA 3BVAA 2OHTA 3ZMGA 4ZSPA 4EP3A 2VIJA 1FGCC 2QHCA 3R2FA 5P75A 2QNNA 3EKXA 5P6YA 4RVJA 4EPJA 2PK5A 5JFUA 3DUYA 2FMBA 5P3BA 3SPKA 4FAEA 5P5PA 5OZYA 4R5NA 4Y3GA 4Y45A 3OXXA 4R8YA 3OU4B 4J0PA 5OYRA 1EPOE 2AVOA 1MEUA 5P7TA 5P88A 2V10C 5P6OA 5P6WA 4U7VA 1HSIA 5AHAA 5P2SA 3Q4BA 3OU1A 1F34A 1KJFA 5P3MA 5P3TA 3BGBA 3BRAA 3G72A 1HVIA 3QRVA 2RMPA 4J0YA 1D4HA 2OHQA 5P8UA 4KUPA 3RTMA 5P26A 5P6KA 3TNEA 3CKRA 3APRE 1HEFE 1LF3A 4Q1WA 4Y5AA 3EL9A 4YCKA 4QLHA 1ZAPA 4ZPFA 3NU9A 2IL2A 3NUOA 1XL2A 1HEGE 3OU4A 1MSMA 2F3KA 5P3DA 4Y3WA 1EC3A 3MSJA 4GMIA 5OZJA 5P6SA 2QI5A 5P02A 4YBFA 4EQ0A 1AVFA 5P57A 3EKPA 4Y54A 4OC6B 3SA9A 2QP8A 4B1EA 2OHLA 5P48A 3UF3A 4GJDA 3ZPUA 4R95A 4BEKA 5AGZA 5P4SA 2R43A 2ER6E 5P4ZA 5IVRA 1UH8A 3UFNA 3PJ6A 2I4DA 1LF4A 2G1NA 4DQBA 4OBGA 3U6AA 4I8ZA 4KE0A 5P6MA 3OXCA 5P7XA 4EJKA 4Y4WA 1T6GA 2ZJIA 5P07A 4DJYA 2QHYA 3BUGA 3OGPA 2UY0A 1HVHA 5P2VA 1T7JA 4F75A 5P58A 1JLDA 1MSNA 2ZJMA 5P1DA 2FIVA 4OC6A 1UH9A 4BELA 4FSLA 3FNSA 5P22A 2R8NA 1LYBB 1NPAA 4OD9B 4NKKA 1K1TA 2AOIA 1F7AA 3H5BA 5P1LA 4IVSA 2P83A 1EC2A 5P6CA 5OZVA 2XFJA 4APEA 5P8MA 3KM4A 4B72A 4FM8A 2AOFA 2VJ9A 4Y3TA 3N4LA 3NDXA 2VS2A 4D89A 3JVWA 4LXMA 1PFZA 2JJJA 4HVPA 5DPZA 5OYQA 1EPPE 5P5MA 3T7PA 4QJ9A 5DQ1A 1HPVA 3TOHA 5P84A 1A8KA 2JYSA 1PPKE 5P80A 3U7SA 4DI2A 4TRWA 3EL1A 1MIQA 5P27A 4PZWA 3SM2A 4K4RA 2B8VA 3SM1A 2VIEA 3OU3A 3FIVA 5P64A 2FNSA 4LHHA 2IRZA 4I0JA 5P23A 4YCTA 4J1IA 2J9KA 2ER0E 4FLGA 2VA5A 3NUJA 4XXSA 5P2EA 3DV1A 2R9BA 5P7HA 2PC0A 5P2JA 2OHSA 1QBTA 3VF7A 1E5OE 1FQ5A 3SA7A 1KJ7A 5P5OA 2G1YA 1ZSRA 5OYZA 2QI4A 2PQZA 3IA9A 3BC4A 4DQGA 5P2RA 3L5EA 5OZTA 3INDA 3NXNA 4APRE 2HS2A 5I3VA 5P3HA 4Y3QA 5P7MA 4I11A 5DGUA 4COEA 5P0XA 3QVCA 5P19A 5P7WA 5P0MA 1G35A 5P3RA 5P8RA 2Q11A 5P5NA 5P0AA 5P5XA 5P1PA 5P1AA 3FV3A 4PPHA 1BILA 3T3CA 3S54A 1FEJC 1MT8A 4FE6A 1EC1A 5IVQA 3APPA 5P4UA 2EWYA 5P60A 1YTHA 4RROA 1W50A 4DJQA 5P2DA 5P1MA 5P73A 5P0TA 3WZ8A 2WECA 4ZLSA 3RSXA 5P3IA 3SABA 5P03A 3EXOA 4GJ5A 5HE4A 1CMSA 5P6HA 4YE3A 4IVTA 3LIZA 2ZE1A 3D3TA 5P8CA 3CICA 3U71A 4XX3A 3ZKMA 5P7AA 3O9HA 4Y4BA 5BS4A 1HIIA 1QRPE 3LZSA 2I1AA 1SDTA 5P4JA 4CPWA 1E82E 5HCOA 3K4VA 4QJ7A 5DR4A 4Y3PA 4GIDA 5SXNA 2G1RA 4A6BA 5JFPA 1BVEA 1FMXA 3INEA 1WKRA 2NXLA 1KJHA 3L59A 1APVE 5P8KA 1PROA 1META 2XYFA 2FGUA 3G6ZA 3TL9A 3VV7A 4FIVA 2H6TA 4LAPA 3QBFA 3AIDA 4YHQA 5P74A 2HB4A 5P45A 5P0IA 5DGWA 2ZHSA 5P4BA 3I8WA 4QJAA 2NNPA 1G2KA 1LS5A 1IZHA 4EHCA 3S85A 5AHBA 3KMXA 4B1DA 3HLOA 3NWQA 1TW7A 4OBJA 3ECGA 5P2ZA 4J1CA 2J9JA 3O9DA 1K1UA 4Y4GA 1IDAA 1MPPA 2HB2A 5P61A 4L1AA 5P6JA 2OHPA 5OYYA 4DJVA 5P34A 2BPZA 3OADB 2HS1A 5OZ3A 2PYNA 2RKGA 5HU0A 2VNNA 4TVGA 1SIVA 2PSGA 2OHRA 2VKMA 5KQXA 3UTLA 4RVXA 3D1XA 3LIYA 5P05A 5P8LA 1CPIA 5P8DA 2XYEA 5P82A 1FLHA 3OUBA 4NPTA 3IN3A 1A94A 2QK5A 4I0EA 3PGIA 1LYWB 5OYVA 3DJKA 3UQPA 5P77A 4AA9A 2SAMA 1APUE 2ZDZA 2A1EA 3RSVA 3OWNA 4DJRA 4AUCA 4NJSA 1FG6C 3OADA 4FCOA 1GNMA 2QI7A 5P1BA 2ZHVA 4PHVA 1EBZA 5JG1A 3IN4A 4RRNA 5P13A 4Y5BA 5P72A 3PM4A 2VJ6A 4Y38A 5P5UA 2AOGA 3D91A 2G22A 3LITA 3OOZA 4ZSQA 4ZEAA 1QBUA 3NDTA 3DCRA 3LIXA 4QJ8A 4DFGA 5P6LA 4B77A 3O9LB 3R0WA 4RYGA 1GVWA 1LYWA 5OZHA 1SGZA 5P2UA 4ZE6A 5DR1A 1HTRB 5OZ1A 3PB5A 4NJTA 2IENA 4NJUA 5P4RA 4DUSA 3WSJA 2ZYEA 3VSXA 1SDUA 3MSLA 5DQ4A 4DH6A 1HVCA 4CP7A 5P5LA 5OZXA 3PWWA 5P7DA 1UPJA 5P5VA 4DJOA 1YT9A 2WKZA 1TSUA 3PMUA 3ZKSA 1MT7A 1BBSA 5OZLA 5OZ6A 2BQVA 2O40A 2PWCA 2RSPA 1CZIE 5P0ZA 5P7YA 2G1OA 1SP5A 2P4JA 3O9LA 1EC0A 4LC7A 2AVMA 5OZQA 4XX4A 5P8PA 4Z4XA 3EM6A 3UQXA 5C9BA 5P0LA 1K6PA 1IBQA 5P7CA 4PEPA 5KQYA 5P5EA 2QD8A 3PI5A 5E5JA 3ER3E 1A30A 4Z50A 3INHA 5OZPA 4I0DA 3NU5A 5P1OA 4HDBA 2H6SA 2PSVA 1HBVA 1IDBA 1QBSA 3K5CA 4L6BA 5P4FA 2QD7A 1BWAA 5P4AA 3ZLQA 5P2GA 5P7VA 4Y57A 5P7RA 2NNKA 2VA6A 2FDDA 2JJIA 2G69A 5HDXA 5P3QA 5P3FA 1RNEA 2WHHA 5P1SA 5P53A 4GJCA 4DJPA 5P71A 3S56A 4L7HA 1KZKA 5P5FA 3K1WA 5P1UA 3DK1A 3KT5A 2Q3KA 5DR8A 3FX5A 5P4KA 3OU1B 5P3ZA 4F73A 3LZUA 2WEAA 3MWSA 1FKNA 1K6CA 2F3FA 2R5PA 1M4HA 2BJUA 3QRSA 3OQFA 2HPEA 3Q6YA 3SFCA 5IE1A 4J1HA 4ACXA 1IIQA 5P4DA 2QMDA 3JW2A 2WF3A 5OZSA 5P3CA 2Q63A 3SACA 4XKXA 5P6EA 5OZ2A 1OEWA 5P1QA 3PLLA 2WL0A 2NPHA 2APRA 5P8NA 2FGVA 3GI5A 5P4VA 5OZGA 1MESA 1DAZC 3EC0A 2PWRA 4Y39A 1HXWA 3GGXA 4LP9A 5OZKA 5P1CA 4K8SA 5P16A 2QI3A 5F01A 3TOGA 3BGCA 3NSHA 4YDFA 5P1VA 2BBBA 3VV8A 4F76A 1GVVA 1HVSA 3CKPA 5P28A 3HVGA 4Y58A 2AOHA 5P52A 3EKYA 5P4TA 5P49A 4J5JA 4RZ1A 5P3NA 2ZJKA 4Y47A 4Y5MA 1SMRA 3OTYA 1ZPAA 3RVIA 4J0TA 2QZWA 3LZVA 5P2OA 4LBTA 4Y5EA 3VUCA 5P7OA 5P08A 1ODYA 5P85A 4Z2ZA 4J1FA 3ZL7A 2BB9A 2QNQA 1W51A 2AOJA 5P32A 1HPSA 5APRE 3WB5A 4E43A 4AA8A 4RYCA 5KQZA 5P36A 3EM4A 1B6LA 5P2FA 4YCYA 4HE9A 1OD1A 1D4JA 4MC9A 1WBKA 4Y4DA 5IS4A 5P7EA 5ER2E 1TCWA 3EM3A 4OBZB 4GYEA 3L5FA 4H3IA 1HVLA 4Y5GA 3EL5A 3TPJA 2QHZA 5P6BA 1DMPA 4Y37A 3O9FA 4DQEA 4HLAA 5P0RA 1MUIA 5P5SA 2FDEA 5P86A 3N3IA 2NTRA 1QS8A 4Y36A 5OZDA 5HDUA 1GNNA 4RGHA 5P5BA 4YD5A 5P8OA 5P8BA 2UXZA 3EKQA 4Y5KA 5P2IA 4LL3A 4ER1E 2V13A 5P8VA 2QNPA 4I10A 3DOXA 4OBZA 1ZP8A 3OK9A 3KA2A 9HVPA 1EBWA 5OZ5A 5I70A 4GJ9A 5I3XA 1HIVA 1MTRA 3OGQA 2B7ZA 5HE7A 2V0ZC 4Y3NA 4YD6A 5P38A 3S45A 3UDHA 3S8IA 3SLZA 5P5WA 3URLA 3NU3A 4DQFA 5P2LA 4OBFA 1AM5A 4Y3ZA 2QI1A 2MIPA 4GJ8A 4I0ZA 5P04A 3DM6A 5OZFA 2Q5KA 5EZXA 4GB2A 4D83A 2IGYA 2AZ9A 5P2BA 5T4SA 2AIDA 3K5FA 2ER7E 4WTUA 5P0PA 4B70A 2V11C 5P6IA 5SZ9A 2QI0A 5P6TA 1YTIA 3GGVA 1FQ6A 3PLDA 5P46A 1MTBA 5KOSA 2WF1A 5P6NA 4Y3FA 3SQFA 1B6MA 5DR7A 1FMUA 4DPFA 1C6XA 3TPLA 2HAHA 1GNOA 3PI0A 3UQRA 5P4YA 4EXGA 3S43B 3S7LA 2HB3A 3FSMA 3Q3TA 5TOLA 3I2LA 4YD4A 4J54A 4L7JA 4I0GA 3NLSA 5P6AA 4CPXA 5P4HA 5OYWA 5P7FA 3S53A 5OZEA 2R3TA 4Y3HA 5P30A 2F3EA 2AQUA 5P4XA 2AZ8A 1FFIC 2AVVA 4K4QA 4Y43A 2WJOA 3LHGA 3TH9A 4FRJA 1YTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P20 A;  6APR E;  1HVR A;  1TZS A;  3VYD A;  3NWX A;  5ENM A;  4AMT A;  3EL0 A;  2FXE A;  5P8H A;  1D4L A;  5P5G A;  3NU6 A;  3O99 A;  1Z1H A;  2IQG A;  2WF0 A;  1HPX A;  1BDQ A;  5P8T A;  2B60 A;  1D4S A;  5P81 A;  5OZC A;  2BPX A;  7HVP A;  5OZA A;  5HD0 A;  4TVH A;  3QPJ A;  1SH9 A;  4H3G A;  4Y4X A;  3Q5H A;  1IZE A;  3EBZ A;  5P7Z A;  1HSH A;  5OZN A;  3AUP A;  3KDC A;  4RCD A;  4R92 A;  2PSU A;  5P51 A;  4X7I A;  2QZX A;  2A4F A;  2RKF A;  1MRW A;  3K5D A;  5OZ4 A;  3UDQ A;  2Q54 A;  5P33 A;  3UFL A;  5P54 A;  3WZ6 A;  4ZIP A;  3S7M A;  1ZLF A;  1HIH A;  2QAK A;  5P69 A;  4Y3S A;  2F80 A;  1BXO A;  2Z54 A;  4GJB A;  3OUD B;  4FM6 A;  5AH7 A;  5KR2 A;  4GJA A;  3VF5 A;  3QAA A;  4KB9 A;  4DQH A;  1NPV A;  5ER1 E;  5P8I A;  1AZ5 A;  1W5W A;  5OYU A;  4B00 A;  5I3Y A;  2O4N A;  3KFP A;  3VFB A;  1BV9 A;  3PRS A;  1T3R A;  3GI6 A;  4FRI A;  3BVB A;  1BIM A;  1ZTZ A;  1XDH A;  3OUA A;  3LNK A;  5P25 A;  4B78 A;  1SBG A;  5P1K A;  5P40 A;  5P3L A;  5P7P A;  3WB4 A;  5P55 A;  1Z8C A;  5OZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TPL A;  2HAH A;  1GNO A;  3PI0 A;  3UQR A;  5P4Y A;  4EXG A;  3S43 B;  3S7L A;  2HB3 A;  3FSM A;  3Q3T A;  5TOL A;  3I2L A;  4YD4 A;  4J54 A;  4L7J A;  4I0G A;  3NLS A;  5P6A A;  4CPX A;  5P4H A;  5OYW A;  5P7F A;  3S53 A;  5OZE A;  2R3T A;  4Y3H A;  5P30 A;  2F3E A;  2AQU A;  5P4X A;  2AZ8 A;  1FFI C;  2AVV A;  4K4Q A;  4Y43 A;  2WJO A;  3LHG A;  3TH9 A;  4FRJ A;  1YTG A;  5P7J A;  5P7B A;  3O9G A;  4Y3J A;  3OXV A;  3B80 A;  1T6E X;  3O9C A;  1XN3 A;  1HTG A;  4BFB A;  4HZT A;  2R3W A;  1LV1 A;  4Y3X A;  1C6Y A;  3S43 A;  3GW5 A;  2NMZ A;  5DR3 A;  3OAG B;  3OTS A;  3KDD A;  4Y41 A;  1N49 A;  4I8W A;  5P5Q A;  5DQ5 A;  5ISJ A;  3O9I A;  5P8Q A;  3BXR A;  5ENK A;  5P89 A;  1LYA B;  4GJ6 A;  5P1E A;  1IVP A;  3QRM A;  3RTH A;  2J9J B;  3PVK A;  4JOO A;  4A6C A;  1QBR A;  4Y3D A;  3KFN A;  3FNU A;  4L1A B;  3KFR A;  1MVP A;  1PPM E;  2QI6 A;  4S1G A;  5P0H A;  3VYE A;  5OZI A;  5P0J A;  2PH6 A;  2XFK A;  3PMY A;  1IZI A;  1D4I A;  1OHR A;  2ZJL A;  4MC1 A;  3F9Q A;  4Y4A A;  2REN A;  4ER4 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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