4WTUA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline 3-aza-4-fluoro-xanthene inhibitor 22
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
387
structure length
371
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title An Orally Available BACE1 Inhibitor That Affords Robust CNS A beta Reduction without Cardiovascular Liabilities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 371
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wtuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wtuA02
1LZQA 3R0YA 2IEOA 4RROA 3PM4A 4L1AB 2QD7A 2QI4A 3EC0A 4CPWA 2G69A 1HOSA 3EL5A 5P8BA 3CKRA 5P2MA 1LYBA 4Y4EA 3SQFA 1SDVA 1BXQA 1MIQA 2NNPA 1NPVA 2VJ7A 1GVXA 4FRJA 3NR6A 1KJ4A 3HAUA 3EKWA 5DQCA 5OZNA 3BUGA 2HS1A 2CEMA 1FGCC 1E5OE 2QP8A 3OUCA 5P59A 1ODWA 2AOGA 4F73A 5P79A 5C9DA 4OBHA 4Y3WA 3QPJA 1QDMA 1HEFE 5OYXA 5P23A 5P31A 4OBZA 4IVSA 5DPZA 3RTHA 4Y54A 3K5GA 4EJ8A 3IVHA 4J17A 4Y37A 5P2GA 3O9AA 3EKPA 4JP9A 3RSXA 2QI3A 1VIJA 3OUDA 4APRE 3HVGA 2WJOA 3GI6A 3O9BA 5P8DA 4J1CA 4K8SA 3I2LA 3I7EA 3S43B 1NPWA 3KF0A 3NU9A 3LHGA 5P5UA 4LL3A 5P7XA 5P6FA 1AZ5A 4R8YA 2G1NA 4DFGA 4UPJA 5P60A 5P2KA 2Z4OA 3QIHA 5P5MA 2OHNA 3UDPA 1GVVA 4Y38A 5P4SA 1APVE 1D4LA 5P7FA 5OZ0A 3FX5A 3G6ZA 1SGUA 1PROA 3TOGA 5DR7A 2WKZA 5SY2A 5P2ZA 3HVPA 5P25A 2IRZA 5P30A 4Y35A 1SDTA 3ZPSA 5P00A 3K5FA 2J9JB 5P0IA 4Y3SA 1ODYA 2R43A 3EL0A 5P3ZA 1MUIA 1AIDA 2OF0A 5P5KA 3FNUA 3NDTA 5P33A 4D85A 1TSUA 2B42A 5P0RA 4FL8A 4EHCA 4EXHA 5P6HA 5P1GA 1A9MA 4B1CA 3Q70A 5OZKA 4B05A 4LP9A 4FRKA 5P64A 1RPIA 5COPA 2BPZA 2PQZA 1M0BA 4YD4A 5P67A 4QLHA 3OTSA 2Q15A 5P7WA 4PYVA 2QNQA 2ZYEA 5P46A 2QZKA 5P58A 2ZHSA 3UTLA 5P6WA 2G22A 3D1XA 1BIMA 2B8LA 4RLDA 2QI7A 4Y3RA 4YA8A 1APWE 1HPSA 8HVPA 2AVMA 5P8EA 3VSXA 2AVSA 3ZOVA 5P4AA 4DJXA 5APRE 5IVQA 1XS7D 5P0GA 4DJRA 2O4SA 5FIVA 3U6AA 3EKQA 3SABA 5P0QA 1HXWA 4Y4AA 1GNMA 3QRVA 5P7PA 5OYZA 1A30A 5P6NA 5P0XA 5HD0A 3UFNA 5P1DA 4OBKA 5P0YA 2AZCA 1SH9A 4DPFA 3I6OA 1EBWA 4Y4TA 4PPHA 3R0WA 4ZIPA 5P65A 5UPJA 1MT9A 4RYCA 1ZJ7A 5P55A 4RCFA 1FG8C 5P4LA 5P1VA 4PEPA 5P6DA 2IGYA 3UDQA 4H3FA 1D4KA 5OYSA 3OQFA 5P0MA 2RSPA 2VJ9A 5P0ZA 3LIYA 3UPJA 3IN3A 2OHTA 2HB2A 2AQUA 5P4WA 4FSEA 3T7QA 1BV7A 3ZPUA 3UHLA 2VA7A 5P1KA 3OOTA 3ZKXA 5P2OA 3O9GA 4Y5LA 2JXRA 3WSJA 1QS8A 4Y56A 2ZJLA 5P87A 3ZLQA 5DGUA 4DVFA 1EEDP 3ZKGA 3CKTA 4DQGA 4WY1A 3WZ7A 5P6XA 3T11A 3KFSA 1LYAA 2G1OA 3NWQA 4AMTA 4GJ5A 3SA9A 4F75A 4FIVA 4CPXA 5HDVA 3SA7A 3R2FA 5ISJA 1MTRA 4Y58A 2QNPA 4FGXA 3OQDA 4DJYA 4B0QA 3OHFA 1K6VA 4Y3QA 1B6PA 5P5JA 2FLEA 3NUJA 3TPJA 3LINA 9HVPA 3VYEA 1RNEA 3EBZA 4FAEA 5P78A 5P0WA 5IVSA 1BVGA 2P3CA 5P10A 5P5IA 3GGVA 1W5XA 2QCIA 3OAGA 3KMXA 5P7TA 2APRA 3JVYA 2P83A 1K2CA 2G94A 1D4HA 4S1GA 3CIBA 5OZCA 4JPEA 5B18A 1B6JA 2JJIA 3UQPA 1TQFA 5P8GA 4Y3YA 1EC3A 3LZUA 1B6MA 5P1UA 1ZLFA 5P5DA 2H6TA 2R5QA 3PWWA 4CP7A 3GI4A 1GVWA 5F01A 1LF3A 1BILA 5P6RA 1ZP8A 5P83A 1LYWB 3O9HA 4I0EA 5P6TA 4LXMA 4Y39A 1EAGA 4EP3A 5P2RA 4YDGA 2QAKA 5P76A 5KR0A 1EC2A 1D4SA 3HDKA 1FFFC 3KFPA 3URLA 5P86A 4AUCA 2V10C 5P2AA 1SMEA 5P15A 2QHZA 2VA5A 5OYTA 1DMPA 2P3DA 4FM6A 3KDCA 2HAHA 3ZKSA 2QZXA 3ER3E 2HC0A 1FMBA 5P77A 3PHVA 5OZQA 3S43A 3QRSA 5AH6A 3TPPA 5P74A 3NU5A 2R8NA 4RGHA 4I0DA 3DV1A 3HAWA 2WEDA 4Y3JA 5KR2A 2O40A 5P7MA 2BPWA 2P4JA 3VYDA 5E5KA 2HPEA 3MWSA 5P7DA 2QD6A 6UPJA 5P7CA 4Y3XA 3BVBA 5KQZA 2F8GA 4QJ7A 5P3BA 2WF1A 1IZHA 4JOOA 5OYRA 1GVTA 5DR4A 2QI6A 2NXLA 6APRE 2QHCA 3BC4A 4U8WA 2Q3KA 5IE1A 5OZZA 5P2XA 5P2CA 3T7PA 3LZYA 2NR6A 4RVJA 1BWBA 5P8TA 3RSVA 1MESA 5P71A 2VNMA 1QBSA 1E80E 1K2BA 2J9JA 4HDBA 5ISKA 5P1EA 1F7AA 4ZSRA 1B6KA 4M8YA 4TRZA 5OZ8A 3EM6A 5DQ2A 1W50A 2WEAA 4PZXA 5CLMA 5P6BA 3SM2A 1IVPA 1FQ5A 2F80A 4YE3A 5P4QA 3VF7A 5HDUA 5P41A 5KQXA 3OUBA 1NH0A 3U7SA 2P3AA 1B5FB 5AH8A 5P7LA 5P4KA 1F34A 5P39A 1SGZA 5P4OA 4DJPA 3SLZA 3NSHA 4YD3A 4L7HA 3G72A 7HVPA 5P7EA 3SA5A 1K1UA 2PSUA 3F9QA 3KN0A 5AHCA 4JECA 2PYNA 4Y47A 1HSHA 4Y3TA 5P02A 5P89A 5KOQA 5P0EA 3L5BA 4GIDA 5P44A 4K4PA 1XN2A 1FMUA 4H3JA 4YDFA 5P3RA 5P6IA 4RRNA 5P4TA 5P2UA 5P6YA 3S2OA 1G35A 4B1DA 1GKTA 5P1HA 5KR8A 1FMXA 4J0YA 1PSOE 2BPYA 4HA5A 3CMSA 2F3KA 1FIVA 5P8LA 4N00A 1MSMA 5I3XA 2B60A 2HS2A 2AVQA 1OEWA 5P6GA 1MPPA 4ACUA 2ER0E 5OZIA 3S7MA 1HIVA 4FE6A 5P8QA 2JE4A 5P4NA 3QS1A 3O9FA 1D4IA 2FMBA 5P36A 3TOHA 3L5EA 4FRIA 3DUYA 3M9FA 3GW5A 2JJJA 3SACA 1TW7A 2G21A 4YOAA 3OU4B 2RKGA 1PSNA 5P2IA 1KZKA 4TVHA 5P3GA 2PK5A 3GGAA 4OC6B 3S7LA 4GB2A 5P73A 4BFBA 5P54A 1YTIA 4Y5KA 5P09A 2XFKA 5P2DA 2PH6A 2IS0A 5F00A 4Q1YA 5P32A 5P4CA 2AIDA 1HPVA 2FGUA 4FRSA 4CMSA 3UDJA 5P0FA 3GI5A 3PWMA 5P3TA 4Q1XA 4Y51A 1EBZA 4Y36A 1HHPA 5P72A 5EZXA 1HTRB 4J1IA 3BUHA 2QNNA 3L5DA 3CIDA 4Z50A 5P4YA 3TTPA 1T6EX 4OBJA 4OBFA 4Y3ZA 1FEJC 4YD6A 4NJTA 5OZUA 4DJUA 4HE9A 1BDRA 5P5XA 4GJCA 4DJQA 4EQJA 4Y3AA 4FS4A 2O4NA 2ER7E 2JYSA 1AJXA 2O4KA 3SPKA 4U7VA 2OHLA 4DJWA 3MXEA 3Q4BA 1MERA 3CICA 1RL8A 5P3IA 2G26A 1E82E 3L59A 5P16A 5P8UA 1YTJA 5P51A 1EPOE 2P3BB 4YBIA 1T3RA 1ZTZA 2I4WA 3ZKNA 3K5CA 1LS5A 1T7KA 1G6LA 1DIFA 4I8ZA 4TRWA 5P3KA 2F81A 3SM1A 1IBQA 4I0ZA 4J54A 4X7IA 5P80A 5P1AA 2AODA 1ZSRA 3C9XA 5P35A 1PSAA 1HWRA 1HVCA 4GYEA 3OADB 2WL0A 2VIJA 5P82A 5OZVA 2WHHA 5ER1E 1EPPE 1LYWA 5DQ1A 1OEXA 3R4BA 1PPKE 5P1RA 3PI0A 4DQCA 5P2HA 3BVAA 1FB7A 3NXNA 5P37A 3ZMGA 1Z1HA 3FNSA 3UDMA 1MT8A 5E5JA 2ZGAA 3WB5A 5P7AA 4Y3EA 4Q5MA 2PYMA 1UPJA 5P2BA 3URJA 5P6MA 1YM2A 1CPIA 1W5WA 5P7JA 4H3GA 5P3WA 1CZIE 5IS4A 5BRYA 5JFUA 5P4PA 4Q1NA 1PFZA 4B72A 2G24A 1EPQE 5P07A 3K4VA 3VV6A 1LF2A 4L7JA 1ODXA 4Y3NA 1TZSA 2B7FA 1OHRA 2Q11A 1PPME 1YTHA 5P18A 4LC7A 4OBDA 5PEPA 4QJ6A 5OZ2A 2HPFA 3B80A 1C6XA 3BXSA 3HLOA 2I4VA 3L38A 4HDPA 3L3AA 5P7GA 1W5YA 4QGIA 4XXSA 1AJVA 5P1SA 3L5CA 3PBDA 4NPTA 2ZHRA 4Y3MA 4DV9A 3L5FA 2IL2A 5OZGA 5P8FA 2ZJMA 1Z8CA 3NU3A 5DGWA 5P08A 3IAWA 5OZYA 1HVRA 1FQ4A 4WTUA 4EJDA 5P52A 3K4VC 3UDHA 2ZJNA 2FDEA 3EM3A 5BS4A 2OHMA 3EKYA 2HB4A 2OHRA 3EXOA 1HPXA 5P0AA 5P6ZA 3OGPA 1G2KA 5P5VA 5P5CA 2WF3A 4HEGA 2PH8A 1HTEA 3N4LA 3S56A 4BEKA 5P6UA 1B5FA 1K1TA 5P75A 3DV5A 2IDWA 4Y44A 5KOSA 4Y5CA 5P8OA 4DQFA 3NDWA 5P1XA 5P5QA 5P14A 1RQ9A 3VEUA 2OHKA 4J0TA 5P8MA 3K5DA 1MSNA 5P8CA 2ZE1A 4ACXA 4Y3GA 1QRPE 5P0BA 3IXJA 2FNSA 3KDDA 2NTRA 4NPUA 5P26A 2V12C 5P38A 5P8IA 5P6PA 1D4JA 1ER8E 1APTE 2AZ9A 4MC1A 2BBBA 3TOFA 4Y6MA 1HRNA 3NDXA 2BKSA 3SKFA 5P2SA 1SDUA 3PI5A 1EC1A 5SY3A 5ENKA 1HVKA 2FS4A 2PMAA 3O9LB 2QU2A 4EJLA 2ZJHA 5P6LA 5P0CA 4Y53A 1BV9A 3VYFA 3S53A 5P0JA 5ENMA 1VIKA 5T4SA 4JPCA 2P8HA 4H3IA 4Y57A 3IA9A 3PJ6A 1B11A 4Y48A 5AHAA 4WY6A 2R38A 4LBTA 3NLSA 5OYVA 1UH8A 1LF4A 5DR8A 2AOFA 4YD7A 3EKTA 1TCWA 3LIQA 4RCEA 3OU4A 3OHHA 5COKA 5KQFA 4OC6A 1E81E 4Y9WA 3TH9A 4TVGA 2IGXA 5P2QA 4OBGA 4B00A 4J0VA 2EWYA 3SKGA 5HDZA 1T6GA 2BPVA 3DCRA 4GJ9A 4CKUA 4ZSPA 4AA8A 1ZSFA 1A8GA 4J0PA 5P81A 3OQKA 3UQWA 2QMFA 4Y4BA 2V16C 4HVPA 1SIVA 3AIDA 1DAZC 4Y41A 4DI2A 3HD8A 2VIYA 3BHEA 4OD9B 4RVXA 1W51A 5P1IA 5P7RA 1FQ8A 1UH7A 3U71A 3BRAA 5KQYA 3DCKA 4DQHA 1WBMA 1FFIC 4MC2A 5P04A 4NKKA 5OZFA 5P1FA 1GNOA 4A6BA 5P56A 5HCTA 1HVHA 3PMUA 3EL4A 3IGBA 4FLGA 5P20A 3UF3A 3TKWA 3EM4A 3SA8A 3D91A 5P1MA 5P4IA 3INHA 2P3BA 4D88A 3HZCA 1HSIA 4RZ1A 2QD8A 5P1NA 3OQAA 2HIZA 1K6CA 2WECA 5P3UA 3NYGA 2WF4A 1XE5A 5P0KA 1DPJA 2VA6A 5P2LA 1BXOA 3RTNA 2Q5KA 2XYEA 5P3QA 2IENA 3EL1A 5OZ7A 3OADA 2ASIA 3S54A 3BXRA 4B78A 4YCTA 3OXCA 1MVPA 3T7XA 3H5BA 1IVQA 4GZFA 5P3AA 1AVFA 3WZ8A 5P5EA 1KJHA 5I3WA 1FQ6A 3SFCA 2XFJA 3UDKA 2PWCA 3SA3A 4CPSA 3DOXA 1U8GA 3D1ZA 5P3FA 5I70A 4XKXA 4ZE6A 3OOZA 5P3OA 3BUFA 2Q55A 1FQXA 3KA2A 5P01A 5OYWA 2UY0A 4MC9A 4YCKA 4ZPGA 3TLHA 2AOIA 5C9FA 1HBVA 5P34A 5P4EA 1W5VA 2IKOA 5P3XA 5I3VA 1EC0A 2WF0A 4ZSMA 2O4PA 5HE5A 1QBTA 5P06A 4Y4UA 1QBUA 2XYFA 3BGBA 5P19A 5P7IA 4I0HA 3IXKA 1XN3A 3PCWA 2NPHA 4QJAA 5HE4A 1EPME 4Y3HA 5P24A 3OXWA 1SBGA 4ZPFA 4YCYA 5P0TA 3LNKA 5P47A 2Q54A 1IZIA 3TKGA 3PMYA 3LPKA 3N3IA 5OZ4A 4KB9A 4HZTA 4DJVA 3INEA 3G70A 1HEGE 2VS2A 4Y4DA 3PSUA 3IVIA 3INDA 4I0IA 3QVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZQ A;  3R0Y A;  2IEO A;  4RRO A;  3PM4 A;  4L1A B;  2QD7 A;  2QI4 A;  3EC0 A;  4CPW A;  2G69 A;  1HOS A;  3EL5 A;  5P8B A;  3CKR A;  5P2M A;  1LYB A;  4Y4E A;  3SQF A;  1SDV A;  1BXQ A;  1MIQ A;  2NNP A;  1NPV A;  2VJ7 A;  1GVX A;  4FRJ A;  3NR6 A;  1KJ4 A;  3HAU A;  3EKW A;  5DQC A;  5OZN A;  3BUG A;  2HS1 A;  2CEM A;  1FGC C;  1E5O E;  2QP8 A;  3OUC A;  5P59 A;  1ODW A;  2AOG A;  4F73 A;  5P79 A;  5C9D A;  4OBH A;  4Y3W A;  3QPJ A;  1QDM A;  1HEF E;  5OYX A;  5P23 A;  5P31 A;  4OBZ A;  4IVS A;  5DPZ A;  3RTH A;  4Y54 A;  3K5G A;  4EJ8 A;  3IVH A;  4J17 A;  4Y37 A;  5P2G A;  3O9A A;  3EKP A;  4JP9 A;  3RSX A;  2QI3 A;  1VIJ A;  3OUD A;  4APR E;  3HVG A;  2WJO A;  3GI6 A;  3O9B A;  5P8D A;  4J1C A;  4K8S A;  3I2L A;  3I7E A;  3S43 B;  1NPW A;  3KF0 A;  3NU9 A;  3LHG A;  5P5U A;  4LL3 A;  5P7X A;  5P6F A;  1AZ5 A;  4R8Y A;  2G1N A;  4DFG A;  4UPJ A;  5P60 A;  5P2K A;  2Z4O A;  3QIH A;  5P5M A;  2OHN A;  3UDP A;  1GVV A;  4Y38 A;  5P4S A;  1APV E;  1D4L A;  5P7F A;  5OZ0 A;  3FX5 A;  3G6Z A;  1SGU A;  1PRO A;  3TOG A;  5DR7 A;  2WKZ A;  5SY2 A;  5P2Z A;  3HVP A;  5P25 A;  2IRZ A;  5P30 A;  4Y35 A;  1SDT A;  3ZPS A;  5P00 A;  3K5F A;  2J9J B;  5P0I A;  4Y3S A;  1ODY A;  2R43 A;  3EL0 A;  5P3Z A;  1MUI A;  1AID A;  2OF0 A;  5P5K A;  3FNU A;  3NDT A;  5P33 A;  4D85 A;  1TSU A;  2B42 A;  5P0R A;  4FL8 A;  4EHC A;  4EXH A;  5P6H A;  5P1G A;  1A9M A;  4B1C A;  3Q70 A;  5OZK A;  4B05 A;  4LP9 A;  4FRK A;  5P64 A;  1RPI A;  5COP A;  2BPZ A;  2PQZ A;  1M0B A;  4YD4 A;  5P67 A;  4QLH A;  3OTS A;  2Q15 A;  5P7W A;  4PYV A;  2QNQ A;  2ZYE A;  5P46 A;  2QZK A;  5P58 A;  2ZHS A;  3UTL A;  5P6W A;  2G22 A;  3D1X A;  1BIM A;  2B8L A;  4RLD A;  2QI7 A;  4Y3R A;  4YA8 A;  1APW E;  1HPS A;  8HVP A;  2AVM A;  5P8E A;  3VSX A;  2AVS A;  3ZOV A;  5P4A A;  4DJX A;  5APR E;  5IVQ A;  1XS7 D;  5P0G A;  4DJR A;  2O4S A;  5FIV A;  3U6A A;  3EKQ A;  3SAB A;  5P0Q A;  1HXW A;  4Y4A A;  1GNM A;  3QRV A;  5P7P A;  5OYZ A;  1A30 A;  5P6N A;  5P0X A;  5HD0 A;  3UFN A;  5P1D A;  4OBK A;  5P0Y A;  2AZC A;  1SH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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