4WY1 | Genus

Total Genus 102

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	400
structure length	394
Chain Sequence	FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0874888549685484__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0874888549685484__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4WY1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0874888549685484__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0874888549685484","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4WY1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0874888549685484__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00c1c2127ba3e1f221c49a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00c1c2127ba3e1f221c49a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00c1c2127ba3e1f221c49a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00c1c2127ba3e1f221c49a/pdb.gz): 226 ms

reading 394 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

394 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:393});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	102
structure length	394
sequence length	400
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2014-11-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4wy1A01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4wy1A02

3CKRA 3U7SA 5P1IA 2AIDA 3AIDA 4EYRA 4B78A 3MSKA 1W5XA 1FKNA 1TCXA 5OZLA 1ER8E 3VG1A 5P0DA 2OHRA 3PCWA 3EC0A 4Y3PA 4ZE6A 3HAUA 4APRE 1B5FA 1N49A 3BC4A 4EPJA 1ENTE 5P4CA 3TTPA 4EWOA 4IVSA 4JPCA 5ISJA 3SQFA 5IVRA 1EC1A 4RYCA 1SBGA 5P6MA 3TH9A 5P5UA 3SABA 2ER6E 4XX4A 1FQ8A 3WZ8A 3ST5A 5OZ9A 1D4JA 3DM6A 2V12C 5P7VA 3PMUA 5OZRA 3NWXA 3KF0A 5P1OA 2VIJA 1NH0A 4Y51A 3Q3TA 5EZXA 2R9BA 2QZWA 2PYMA 5OZGA 2FNSA 5P32A 4BELA 1XN3A 3BRAA 5P4RA 5P81A 1HTRB 5P84A 5P75A 3OXVA 1LS5A 5OZUA 5JG1A 5P59A 1HVIA 4J1CA 3IGBA 1EBKC 6FIVA 2P83A 3NU3A 3OK9A 4FRIA 3VEUA 5P26A 2IEOA 3DV5A 5KR8A 3NWQA 4S1GA 3TKGA 5P8VA 5P3ZA 5P74A 1MPPA 1LF2A 3URJA 2HM1A 4K8SA 2FLEA 3K1WA 5P0GA 4GMIA 3UHLA 3CIDA 3VYFA 4B00A 5P1KA 2ZE1A 3VYDA 1PROA 3UDNA 1BXQA 2IGYA 5P15A 4Y43A 2QZKA 4B77A 3OUAA 5HDXA 1FMXA 2QI5A 4I0ZA 3EKVA 4QLHA 2VIYA 4JPEA 8HVPA 2R5QA 2G1RA 3I6OA 4R8YA 5HE4A 4FIVA 5P8PA 5P0OA 5UPJA 1A94A 2MIPA 5P7GA 3CYXA 1NPVA 1RPIA 2G69A 3PLDA 5P6EA 5P2ZA 5BRYA 2JYSA 5P0KA 5P7IA 3UFNA 1W5YA 1YTIA 1XDHA 4H3IA 2BQVA 4B1CA 2F3EA 5P4GA 1BVGA 3DCKA 2QMFA 3OU3A 2QI7A 4J17A 3T7PA 3LITA 5HU0A 3HAWA 4I0GA 2FIVA 3BGCA 4AMTA 2IDWA 4TVHA 5P2IA 3LPIA 2XFKA 5KOSA 4OBHA 4YE3A 5P1BA 4ER4E 1K1TA 2OHQA 1HVRA 3BUHA 3TPLA 5ER2E 1DMPA 4FM6A 1BV7A 4Y5MA 3PCZA 5P3XA 3RU1A 3C9XA 1ME6A 5P8FA 1B6MA 2P3AA 5P35A 3K5FA 5COKA 4PHVA 5P08A 3TOFA 5BS4A 1ZSRA 3ZKMA 4Q5MA 3FNSA 3G70A 3IXOA 5P3KA 5P53A 5OZYA 5P73A 4CMSA 5P0EA 4YHQA 3VCMA 2R8NA 5P4OA 3UQWA 5P2LA 5P6DA 5P0PA 2G94A 5JODA 4Y3DA 4GJ6A 3S43B 4KE1A 5P76A 2Q54A 3IA9A 3OHFA 1MT8A 2XFIA 3AUPA 5OYUA 3OADA 4RVXA 3O9FA 3EL0A 5OZ4A 5OZQA 4RVJA 3UQUA 3L5FA 1EPOE 4Y9WA 1OEXA 1XE6A 5P5TA 1ZSFA 4RGHA 1C6XA 1IZIA 5OZ6A 3VV7A 5P7MA 2I0AA 1EPNE 2R43A 2VJ7A 3D3TA 1HEGE 4UPJA 5SY3A 3NDUA 5P6OA 2VS2A 2V10C 3LZVA 5P2GA 1HVLA 3LIYA 2A1EA 5P72A 1E80E 1LYWA 2I4UA 4FL8A 5P24A 3OQDA 2ZJHA 4OD9A 4Y37A 5P39A 4TRYA 2ER7E 1APWE 5P80A 5P10A 5P0CA 1IZEA 4NKKA 5P3AA 5P2SA 3PB5A 2NMZA 4Y4JA 2JJJA 4BEKA 1GKTA 3QIHA 3IXJA 1HWRA 1VIKA 2NPHA 4N00A 1GNNA 2VIZA 5KQXA 2O4LA 2I1AA 3OHHA 4QGIA 1MIQA 5OZ0A 3O9GA 5P20A 4Y47A 2PSVA 5OZ1A 5P2OA 5P89A 3QVCA 2AOGA 3RSXA 2NNKA 4ZSPA 4FSLA 1D4SA 2I4WA 5P56A 4JECA 5I70A 4XKXA 3OADB 4K9HA 2OHUA 5AH6A 3I7EA 3D1XA 2A4FA 1DW6C 4NJUA 3WZ7A 2VKMA 3B7VA 1Z1RA 4DPIA 2B8LA 4Y57A 3JW2A 3MXDA 3KFRA 2I4VA 4DJPA 5OZCA 4JP9A 3KDBA 1YG9A 5P83A 1LYBB 5P7TA 4CPWA 3I8WA 1SIPA 3PHVA 1PFZA 4WY1A 5P2XA 5P3JA 4YD6A 5F00A 4Y3JA 2AVVA 2ZJLA 4ZEAA 5P7PA 4LXMA 5P4HA 1FLHA 1MTRA 2QU2A 1HSHA 4AA8A 1HIIA 4GJDA 2QHYA 3S45A 3EKQA 2CEJA 3K5DA 5P7OA 2AOEA 3DOXA 5P4UA 1XN2A 2B60A 5P34A 3G6ZA 3SA8A 3PWWA 3KDCA 3T7QA 1HPOA 5TOLA 3QRVA 4EJLA 1OHRA 1QBUA 1EAGA 5P54A 4CPXA 2R3TA 5P48A 1BIMA 5P47A 4LP9A 2P3CA 1DP5A 1IDAA 1EPPE 5P5WA 1QRPE 3KFPA 2V13A 2PYNA 3GGVA 2UXZA 1HVKA 2QHZA 2UY0A 5DQ4A 5P5BA 5P5CA 3RTHA 3T11A 4OBZA 2F81A 5SXNA 4A4QA 3OAGB 2RENA 4CPQA 1B6PA 3BXSA 2WJOA 1BDRA 2QI3A 4DJWA 1APTE 4LBTA 5P8LA 2ER0E 1IVQA 3LINA 4RZ1A 4YD5A 3KT5A 3O9LA 2G21A 4FE6A 5P01A 5P0JA 5DR3A 3GGXA 4Y5CA 5P4AA 5P7UA 3NU5A 2ASIA 2AZ9A 1DAZC 4MC1A 3R0WA 1NPWA 5P0TA 1E5OE 4E43A 3RSVA 4J5JA 3LIQA 3VF5A 3VYEA 5P1FA 1BILA 2OHNA 3N4LA 1HOSA 4HVPA 2SAMA 5P0YA 1ZBGA 5P2VA 5P0MA 1D4YA 3ECGA 1BDQA 5P61A 5EZZA 2JJIA 4QJAA 1ZJ7A 2QCIA 3PI0A 2HB4A 4Y5GA 3A2OA 1SGZA 4QJ7A 5P50A 1GVWA 3BGBA 5P3GA 5I3WA 5P4IA 2AOFA 5P2UA 5P1VA 4F76A 2Q3KA 5P6NA 2V16C 3GI5A 1TCWA 3PSYA 4OBZB 4YCTA 4RCFA 1HEFE 5P0XA 5P3MA 3LPKA 1J71A 3OOTA 3NYGA 3NDXA 1UH8A 1FQ4A 1IDBA 3D1ZA 3Q6YA 5IVQA 3VLAA 3PLLA 3QPJA 5P3FA 5KQZA 4DH6A 5P7ZA 3NR6A 4QJ6A 1W5WA 1PSOE 1PPME 3WZ6A 4Y4AA 3SAAA 3OU1B 5P38A 4GB2A 3VLBA 1MVPA 2QMPA 2HS1A 5P3YA 1CZIE 3LZUA 3UCBA 4R5NA 4YCKA 3VV6A 4J1IA 5P18A 4AUCA 3LZYA 5SZ9A 4DQEA 4FGXA 2G27A 5C9BA 2PK5A 1G35A 3OQFA 5P86A 5P5KA 5P7EA 3RVIA 5PEPA 5P0RA 5P0VA 1YM4A 5P4VA 1GNOA 3NSHA 2P3BB 3K5GA 5P5IA 2QMGA 3CMSA 5KR1A 2HPFA 2PSUA 3MSJA 2BPXA 3KFNA 5P6ZA 2HC0A 4ZPFA 5P28A 5HU1A 1W6HA 3S2OA 4HEGA 4I0FA 3CICA 5P22A 1FIVA 2V00A 3G72A 5P6UA 3EL1A 4Y4TA 3OQ7A 3ZPUA 3KA2A 4PYVA 3OUCA 5OZMA 3S7LA 3T7XA 2R38A 3O9DA 3INHA 1SMEA 5KQFA 5HCOA 2AVOA 4CPSA 2J9JB 1BVEA 5P8SA 5P7RA 1ZPAA 1D4LA 1FFIC 5P8CA 3S54A 3DUYA 3SM2A 2AZ8A 4L6BA 2AZCA 5P02A 4J0ZA 5BWYA 1MERA 3TOHA 5P87A 2WKZA 5P37A 2FXEA 1PSNA 4H1EA 3HW1A 2BPZA 3QI1A 5P4FA 2ZJNA 1TSQA 2F80A 5COPA 2J9KA 5I3VA 5P06A 4L1AB 1M43A 2G22A 5OZTA 4I0IA 4RLDA 1G6LA 5P5JA 5P4NA 1LYAB 2BPWA 3HD8A 1IZHA 3SPKA 5P8MA 5P0FA 1SDTA 1XL5A 3NXEA 2ZHVA 2PK6A 3IVHA 3LNKA 4DJVA 4J0TA 2JE4A 5P8NA 3ZKGA 1SP5A 2O40A 4OBKA 3UDMA 2QNPA 1BDLA 5KAOA 2VA6A 3CIBA 5P8HA 2FDPA 1B5FB 4EJDA 1KJ7A 1FB7A 2FMBA 4R95A 9HVPA 3TPPA 5P1CA 2G24A 1WKRA 1HIHA 4GJ8A 4GZFA 1TW7A 5OYSA 3UDRA 2NXDA 5B18A 2OHLA 4HZTA 3HVPA 4U8WA 1EBWA 2HIZA 3LIVA 3PBDA 4FS4A 3APRE 3S8IA 5P4JA 1BXOA 4AZYA 5C9DA 2BJUA 4Y3FA 3OUDA 4GJ5A 3T6IA 5P1JA 5P0UA 1HVCA 4TRWA 5E5JA 5P6PA 4YOAA 1MESA 1UPJA 3DK1A 4ZSRA 4Y5AA 1FMUA 3NU6A 4DJXA 4Y3SA 1AM5A 1A9MA 4BFDA 4Z4XA 2PSGA 5P68A 5OZFA 4BFBA 2G1YA 5P8DA 1W6IA 5OZ8A 5P60A 5DGUA 2Q55A 4Y4WA 1PPKE 1K1UA 3IN4A 3H5BA 3NU4A 4J1HA 5P7FA 1U8GA 4Y4XA 2JXRA 2AVSA 4PZWA 2QNQA 3QROA 5P2TA 3O9HA 4Y3AA 4U7QA 3TNEA 5P2RA 1A8KA 5OZJA 1W50A 2QMDA 5P4MA 1SH9A 1FEJC 1MTBA 5P3PA 5P64A 3VFBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4WY1A

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