4X7IA

Crystal structure of bace with amino thiazine inhibitor ly2886721
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
390
structure length
389
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Potent BACE1 Inhibitor LY2886721 Elicits Robust Central A beta Pharmacodynamic Responses in Mice, Dogs, and Humans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 389
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x7iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x7iA02
4Q5MA 5P12A 3GW5A 1SGUA 4Y48A 1SGZA 3IN3A 5JFPA 2QI4A 5OZ3A 4EJLA 3L5EA 5P0UA 4D85A 3SAAA 3U7SA 3BGBA 1EBKC 1PPKE 5P61A 2AOFA 4OBGA 1IZHA 3KA2A 5OYQA 4Y3MA 3NXEA 2V00A 3KMXA 3OUAA 4FLGA 2ZDZA 3HBOA 3TPJA 5P5PA 5P6NA 5AH7A 4NJVA 3WZ8A 2AVMA 5P5IA 5P8EA 3SM1A 4RCDA 5DR0A 5P1UA 1IDBA 1FF0C 5P1HA 1MRWA 5P4UA 3URLA 4I0ZA 5OZAA 5P0DA 4RGHA 5OZYA 5P5FA 3VLAA 3IAWA 2VIYA 5P5ZA 7HVPA 2ZGAA 3QRVA 1PPME 4GJCA 5P4DA 1K6TA 4YOAA 5P5XA 1C6ZA 3SABA 3OU4A 5DPZA 1HTGA 4I0FA 4Y50A 5P7DA 1QRPE 5P41A 3G6ZA 1SP5A 5OYSA 3O9GA 1A8KA 4J0YA 5P4FA 2ANLA 5P4ZA 5DQ4A 1EC2A 3UQWA 4RRSA 3ZKSA 3CIBA 5P79A 1TW7A 5P4PA 3LITA 3INHA 4HVPA 1LYBB 5P62A 4Y3HA 2ER7E 4CP7A 4QJ6A 4YD4A 3CYXA 3TNEA 3DOXA 5UPJA 4EJ8A 2JYSA 2P3BA 5P75A 4J0TA 4DQBA 4DJUA 3OOTA 5P43A 3PMUA 2G1NA 2QU2A 4Y57A 4YA8A 4EJKA 1N49A 3TKWA 5SY2A 3OUDB 5ER2E 4NPTA 2JXRA 4I0IA 5P85A 2ZJNA 1W5XA 1ODWA 5OZ2A 5P2CA 2P8HA 2BPVA 2Q5KA 1HSHA 3INEA 5P46A 3KF0A 4H3IA 1B5FA 1SH9A 1WKRA 1F7AA 2HB3A 5P0RA 2PWCA 4RVJA 5P8HA 1EPME 2WJOA 4OD9B 5P71A 5P6TA 1ZBGA 5P3FA 2AVOA 4YD7A 1KJHA 1HIVA 2A1EA 5P1QA 4MC9A 3UDHA 1EAGA 2Z4OA 2O4KA 1YG9A 1CPIA 1QBTA 5OZMA 1ZAPA 3OOZA 3LIYA 3KMYA 4IVSA 1GNMA 1NH0A 5HVPA 5P8DA 5DR4A 2OHRA 4Y3YA 1G6LA 4I0HA 1LEEA 4DJOA 5OYUA 3M9FA 3NU9A 1W6IA 4Y51A 1NSOA 1LV1A 2QNNA 4MC2A 2I4WA 2QZLA 5P3QA 3OAGB 1K6CA 1YTGA 4U7QA 4R91A 5P8UA 4Z50A 5P7AA 3CICA 4Y43A 2AVQA 3PBZA 5P59A 5KR8A 3OQDA 1C6XA 2NNKA 4D89A 1ZP8A 2QI5A 5P5LA 3DV1A 5P49A 5COKA 4RCEA 4B72A 2ZJJA 3FNTA 2G20A 5P0FA 5P5BA 5P6UA 1DMPA 4DJYA 2HM1A 1KJ7A 5P17A 5KOQA 2HS1A 3EXOA 4GB2A 4HDPA 3EMYA 4EP3A 1YX9A 1K2BA 1Z8CA 5P1SA 4JPCA 5P0YA 2G69A 3SA7A 1BXQA 1QBUA 5OZRA 3EKVA 2VJ7A 3PCWA 2F8GA 1M43A 5OZIA 4Y44A 5P3AA 5P2FA 4AMTA 5P8FA 5OYRA 1BAIA 4ZSQA 5P6FA 3R2FA 1TQFA 3VYDA 4XKXA 4Y3GA 4F75A 2ZYEA 5BS4A 1FQ4A 2VIEA 4Y3ZA 3ECGA 1GNOA 3U71A 4LL3A 3LIQA 3R1GB 3PJ6A 2O4PA 1Z1HA 3R0YA 5P5SA 5P35A 1YTJA 1K2CA 2ASIA 2WF0A 5P5UA 3PEPA 1A9MA 4H3GA 5P4MA 4Z4XA 4Y37A 8HVPA 1MIQA 4KE0A 5P1AA 4FAFA 1MEUA 5P3BA 1D4SA 3RTHA 5P0TA 2QNQA 5DGUA 4CPXA 4Y5EA 1ODYA 5P8JA 3S43B 4RVIA 5P4RA 2A4FA 2V12C 5OZLA 4I10A 2WEDA 4YCTA 1YM4A 3TPLA 4B05A 4ER1E 3QRMA 1ZTZA 3UQXA 5P6KA 1BWBA 5P4WA 2APRA 5IVRA 4ACXA 4GJ5A 5P4NA 2H6TA 1DAZC 5P15A 2WHHA 4DPFA 5P1CA 5AH9A 5P7WA 2NXMA 3UQPA 5P07A 2OHSA 5P2QA 4EJDA 3NU4A 2FLEA 4ER2E 3K5GA 3IVIA 4Y35A 1D4KA 4BFDA 4FRSA 5P78A 3SACA 5P4VA 4YDFA 5P2SA 3K1WA 1LZQA 4FGXA 2G1YA 4Y3LA 2JJJA 2ZHUA 3VSWA 2QD6A 3OADA 1XS7D 3VCMA 2PSGA 2VKMA 3PI0A 2AQUA 3LPIA 1B6MA 4Y38A 4Y3FA 5P6ZA 2FXEA 5P33A 3SA4A 2Q64A 5P4OA 4HE9A 5P3GA 2XYFA 5P1IA 3LZYA 5KQFA 4EXHA 5C9FA 5P13A 4RROA 4Y4JA 4GMIA 3VEUA 2I4DA 1SMRA 5OZ4A 5P7CA 3EL5A 3TKGA 1IDAA 3ER3E 3KDBA 1EC1A 1NPWA 5OZXA 2VS2A 2Q55A 5OZQA 4QJ2A 3Q70A 4Q1NA 5P02A 5HCOA 1XN2A 4DQCA 1AJXA 3KM4A 2R5PA 5P63A 1APVE 5HDXA 5DQCA 4OBJA 3PWWA 2OHTA 4APEA 5P1WA 2P3DA 5DR3A 5P2VA 5P5YA 2V0ZC 5P18A 4LHHA 3LZUA 3TPRA 1GVUA 3OXVA 2QMGA 4QLHA 2F81A 4DJXA 4Y5GA 5P3NA 4Y3DA 1MT9A 5JFUA 2BKTA 5OZVA 5P00A 3GI5A 5P5GA 2CEMA 2R43A 3DV5A 4ZSRA 3BHEA 5P2KA 4J1EA 1EBWA 3IA9A 1LYBA 5OZCA 3UPJA 3PI5A 3T11A 5P0EA 4Y4UA 3SA8A 3IVHA 3LINA 4Y5PA 3LZSA 1RQ9A 5HDZA 3SQFA 5P6AA 1UH9A 5APRE 5P5HA 4DQEA 2G21A 3BGCA 5P57A 2VA6A 1MSNA 1BILA 4ZEAA 3PLLA 2OF0A 1RV7A 2ZJKA 3LIVA 4U8WA 4Y3EA 5P5AA 2IQGA 3UTLA 4FRJA 5P34A 1TZSA 2BQVA 5P7FA 5P6DA 3APPA 5P82A 5P89A 4U7VA 2PH6A 2F3EA 3D20A 4Y45A 1QBSA 2PSVA 3OQAA 5P4SA 4PZXA 4KUPA 5P5JA 5P3UA 5HE5A 4OD9A 3FX5A 2QHYA 4PEPA 4L7HA 1ZSRA 1PSOE 3K4VA 3NYGA 1PFZA 4Q1XA 5DR1A 5HU0A 4DQHA 2ZE1A 4HZTA 1FGCC 1EPLE 3VV6A 2HIZA 5IS4A 1OHRA 4ZIPA 5HTZA 3NUOA 1DIFA 2QHZA 5P4KA 4WY1A 4X2LA 4Z22A 4EHCA 3OUBA 4DV9A 2FDPA 5P2EA 3EM6A 3KYRA 4Y3SA 5ENKA 2RENA 2IDWA 2B7ZA 2QZWA 2PK6A 4Y5LA 1APTE 4PPHA 5P37A 3WZ7A 3LIXA 3OY4A 5P8GA 3OAGA 4DUSA 5P6YA 5P4EA 5P2AA 4F74A 4J17A 3ST5A 1EBYA 4A6CA 5DGWA 5OYYA 4PYVA 5OZWA 3R0WA 5P5OA 1HHPA 5TOLA 3LHGA 3PWMA 1AXAA 1BXOA 5E5JA 5I3XA 3NXNA 3PVKA 4DJWA 3L5DA 4E43A 4HDFA 2HB2A 5P7RA 1HOSA 5P0CA 5P5QA 5P1VA 2J9KA 5P44A 2FDEA 4ZPGA 1D4IA 3CYWA 4FCOA 3R4BA 3UHLA 5P2MA 5P58A 1D4LA 2IEOA 4MC6A 3VG1A 5P76A 2AODA 3OHFA 1BBSA 5P88A 5AHAA 5P3OA 3KT5A 4GJ6A 1MRXA 5P0QA 3ZKIA 4M8YA 4B1CA 5P1MA 1XL2A 5IVSA 4EPJA 1LF3A 3L38A 3H5BA 4Z2ZA 2EWYA 3OWNA 3IN4A 4OBHA 2WECA 5P1PA 1KJGA 4Y4WA 3TH9A 3DJKA 1FB7A 1HSIA 2NMZA 1WBKA 4FSEA 4JECA 5P3DA 1HVLA 3EKQA 1GVTA 2OHUA 5IVTA 2QMPA 2R5QA 3QPJA 5AH6A 5P0OA 5OZ6A 1A8GA 2BJUA 4FM7A 5P47A 5P6SA 3URIA 2AOEA 4YDGA 2V10C 5P7TA 3SKFA 3S56A 2AZBA 1EC0A 1MERA 5SZ9A 5P19A 3VF7A 4J54A 4I11A 3OGQA 4J1HA 2AIDA 2AZCA 2J9JB 3UDMA 1VIJA 1LYAB 1E81E 3UCBA 2ZHRA 2B7FA 2QI0A 1K6VA 1HIHA 1PSNA 3EKWA 3JW2A 2PYNA 3QIHA 4Y5CA 5OZ9A 3FNSA 1HPXA 1Q9PA 4F76A 1HVKA 2AZ8A 2NXDA 5P4BA 5P4TA 2AZ9A 4B1DA 5B18A 3DUYA 2I1AA 4GJAA 5P1TA 3SPKA 4Y4TA 1K1TA 2QU3A 2NTRA 5ISJA 4I0GA 3S45A 5P7OA 4D83A 4EWOA 2G22A 4AA9A 3NDTA 3O9DA 3O99A 3N4LA 3FNUA 4WY6A 5C9BA 2R3TA 1ZLFA 2I0DA 5P25A 5P8LA 5P01A 1T6EX 4FSLA 2BBBA 1YTIA 4L1AA 5P0JA 1B6PA 4I0JA 2R8NA 1F34A 5P0GA 5P3KA 4CPSA 3SA3A 3L5BA 5FIVA 5P7MA 3ZOVA 5P5DA 2G26A 1IZEA 5P6EA 2IGYA 3LNKA 2PMAA 2FXDA 4TVHA 1GNNA 3UDRA 2UPJA 1HEFE 1IZDA 5P1LA 2VNMA 5SXNA 5P6MA 4GJ7A 3O9IA 4FE6A 3JVWA 4LXKA 5COOA 4Q1YA 2VIZA 1D4YA 5P3YA 1AAQA 5DQ2A 3VF5A 4JPEA 3DK1A 1FQ6A 3EKYA 3EBZA 1CZIE 5KQXA 5P2XA 3ZKXA 3LPKA 4RLDA 4AA8A 4Y5AA 3HZCA 4Y3PA 4EP2A 5P0NA 3I6OA 1IIQA 5P4JA 1HVJA 5P3SA 1OEXA 3RSXA 3Q5HA 4K4QA 5DR7A 4J0PA 1T7KA 4YD5A 5P4GA 1FG6C 3LIZA 3OGPA 5P7LA 1PPLE 4XX3A 5C9DA 4ACUA 1EEDP 2WF1A 2FIVA 5P7NA 4BFBA 5P27A 3EL9A 1HVIA 2QI7A 1D4HA 3GI0A 4FRIA 6FIVA 4TVGA 5P1FA 2I4VA 2V13A 4YD6A 5P5MA 5T4SA 1LS5A 4F73A 5P53A 1DPJA 3NDWA 2CENA 3PRSA 1G0VA 4I1CA 4OBKA 5P50A 1FFFC 5OYXA 4AUCA 4I8WA 2PH8A 4PHVA 3UDNA 5P3CA 3PBDA 4A4QA 4FIVA 5P14A 3INFA 3BUHA 1AZ5A 3UFLA 5OZNA 4R95A 3CKPA 1SBGA 1APWE 4FS4A 3VFBA 5P31A 5P73A 1LF4A 3ZLQA 5P0MA 1J71A 3T7XA 3VFAA 5KR0A 3A2OA 4CPWA 1ER8E 5P7UA 2G94A 3PWRA 4GJDA 1FMUA 3I2LA 1GVXA 4FM6A 2HS2A 1MSMA 5JODA 2JE4A 5P1DA 5P2GA 5OZJA 5P72A 2QI6A 2QMDA 4HA5A 1BDRA 2VNNA 1PROA 5P4CA 5P28A 2QI1A 1ODXA 4ZLSA 3MSKA 4CMSA 2BB9A 4Y6MA 1MT8A 5P32A 4N00A 5P83A 1KZKA 2NR6A 3GI6A 5P1ZA 2IS0A 4HEGA 2G24A 3IXOA 3ZMGA 4TRZA 4L7GA 3QVIA 4I0EA 2Z54A 1MESA 1DW6C 4RVXA 1FFIC 5AHBA 4Y3QA 1GVWA 2I4QA 4BELA 1C6YA 4YBIA 2HAHA 1XDHA 1CMSA 3OQ7A 3WZ6A 3NR6A 3MXEA 3S85A 2G1RA 5P6VA 3PLDA 4OC6B 4I8ZA 1B11A 1YT9A 2P4JA 5ENMA 2QD7A 5P3TA 4L6BA 3LPJA 3OTSA 2ER6E 3GGVA 5P2RA 5P06A 3Q3TA 4R92A 5P1OA 3SA5A 3QVCA 4LAPA 2RSPA 5COPA 5P8CA 4Y58A 5P3MA 3RTMA 2HPFA 1B6KA 2OHQA 3MXDA 1EPRE 4RRNA 3PGIA 3KFPA 4Y4BA 5P77A 4LXMA 3O9BA 5P23A 1EBZA 5P6JA 3L59A 3S53A 5DQ5A 4CPQA 4Y3XA 3IXJA 3URJA 4Y47A 5P8NA 5P0XA 2B42A 4Y9WA 5OZBA 3INDA 3K5CA 3QRSA 1FEJC 1IVPA 3UDQA 1AJVA 3N3IA 1EPQE 1ME6A 2G1SA 1K1UA 3PM4A 1YTHA 2OHNA 3O9AA 1FMXA 2QMFA 4NPUA 3JVYA 3D91A 3AUPA 4NJSA 5P1EA 3OHHA 3ZPSA 1BIMA 1SIPA 1AM5A 1BVEA 5P48A 2NXLA 3NLSA 4K8SA 4J0VA 2AOJA 5BWYA 2B8LA 1MTRA 2UY0A 1FMBA 3EM4A 4GJBA 5P66A 2MIPA 3IXKA 5HCTA 4EXGA 3K5DA 5KOSA 5OZZA 3BC4A 5P2UA 3NDUA 4OBZB 4R93A 3UQRA 4KE1A 4R5NA 5P6WA 2AVSA 3BRAA 3TPPA 2FNSA 3O9LB 3RSVA 5P69A 1C70A 2ZJHA 3QROA 1LF2A 5OZ7A 5P8AA 1HPSA 2Q54A 3T3CA 2F3FA 1JLDA 5P3WA 4DJVA 5KR1A 3NU3A 3KT2A 5AGZA 3ER5E 4H3JA 5IVQA 2QNPA 5HD0A 5P38A 2QHCA 3VLBA 4EYRA 5P51A 1W5WA 5P0VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q5M A;  5P12 A;  3GW5 A;  1SGU A;  4Y48 A;  1SGZ A;  3IN3 A;  5JFP A;  2QI4 A;  5OZ3 A;  4EJL A;  3L5E A;  5P0U A;  4D85 A;  3SAA A;  3U7S A;  3BGB A;  1EBK C;  1PPK E;  5P61 A;  2AOF A;  4OBG A;  1IZH A;  3KA2 A;  5OYQ A;  4Y3M A;  3NXE A;  2V00 A;  3KMX A;  3OUA A;  4FLG A;  2ZDZ A;  3HBO A;  3TPJ A;  5P5P A;  5P6N A;  5AH7 A;  4NJV A;  3WZ8 A;  2AVM A;  5P5I A;  5P8E A;  3SM1 A;  4RCD A;  5DR0 A;  5P1U A;  1IDB A;  1FF0 C;  5P1H A;  1MRW A;  5P4U A;  3URL A;  4I0Z A;  5OZA A;  5P0D A;  4RGH A;  5OZY A;  5P5F A;  3VLA A;  3IAW A;  2VIY A;  5P5Z A;  7HVP A;  2ZGA A;  3QRV A;  1PPM E;  4GJC A;  5P4D A;  1K6T A;  4YOA A;  5P5X A;  1C6Z A;  3SAB A;  3OU4 A;  5DPZ A;  1HTG A;  4I0F A;  4Y50 A;  5P7D A;  1QRP E;  5P41 A;  3G6Z A;  1SP5 A;  5OYS A;  3O9G A;  1A8K A;  4J0Y A;  5P4F A;  2ANL A;  5P4Z A;  5DQ4 A;  1EC2 A;  3UQW A;  4RRS A;  3ZKS A;  3CIB A;  5P79 A;  1TW7 A;  5P4P A;  3LIT A;  3INH A;  4HVP A;  1LYB B;  5P62 A;  4Y3H A;  2ER7 E;  4CP7 A;  4QJ6 A;  4YD4 A;  3CYX A;  3TNE A;  3DOX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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