4Y35A

Endothiapepsin in complex with fragment 290
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y35A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y35A01
1SMRA 3I6OA 3K5FA 3SA4A 4YDFA 1C6XA 2IGXA 4GMIA 1SGUA 5P7VA 5P02A 3KYRA 3EM4A 1ZJ7A 5B18A 2R38A 2QD7A 5P5WA 3FKTA 1K6PA 5P0OA 3OXWA 3GI0A 4Y58A 2IKOA 5HDXA 2G1RA 3BGCA 5C9BA 1WBKA 3VUCA 2FGVA 4Y6MA 1HPXA 2F81A 1YM4A 5P32A 5P64A 1D4HA 3QN8A 3OU3A 3O9EA 2OHSA 3VFBA 5P58A 1G35A 3O9IA 5P69A 2VIYA 3DV5A 5P7IA 3UDMA 3L38A 1HVKA 2Q15A 2IDWA 2O40A 4K8SA 1ZPKA 4OBKA 5KQYA 4WY1A 5P2VA 4RGHA 5OZPA 1GKTA 3IAWA 3LZYA 5P5FA 5P8RA 2G1NA 5OYVA 1DP5A 1YT9A 3URIA 3NWXA 4Y3LA 2JXRA 2A4FA 4F73A 3ER5E 3QAAA 2AQUA 3N3IA 5COOA 5P5OA 3UTLA 5KR1A 3O9BA 5P1CA 3PMUA 4Y39A 2FDPA 5P4VA 1EPME 3ZMGA 6APRE 1EPRE 4QJ6A 5P7UA 1MSMA 1G0VA 3TTPA 5OZOA 4OD9B 1SGZA 1XS7D 4FRKA 2QZLA 1HOSA 3O9DA 5P2OA 5P65A 2HPEA 5SZ9A 1TQFA 5P7CA 1LF2A 1K6VA 2NXMA 4R5NA 5P81A 3LPJA 4YCTA 1YTHA 2Q63A 4OC6B 4Y5EA 1TSQA 2R43A 3APRE 3VCMA 5OYWA 1YX9A 5P1WA 5P25A 5P6CA 2VA5A 5C9FA 5P6RA 2V16C 1RL8A 2FDDA 5APRE 4Y4BA 4DVFA 5P59A 4HDFA 3EM6A 2B7ZA 4MC2A 5OZAA 5P8KA 2I0AA 5P0MA 4AZYA 2VJ9A 1FB7A 3PI5A 3O9LA 3KFSA 2R9BA 3I2LA 5P10A 5DQ4A 3EKPA 5OZGA 3BVBA 4N00A 1FFFC 5HTZA 5P4WA 1UPJA 3IXOA 3K5DA 4DI2A 4OBHA 4Y4TA 4GJBA 1PPLE 1FKNA 3VG1A 5C9DA 4GJ5A 5P2KA 4APRE 2IENA 5P04A 4B77A 5P7QA 2HB3A 5I3WA 4YD4A 1EPOE 3KFRA 2PC0A 1ZSRA 1ZAPA 3TPJA 3IXJA 5P5QA 4J0PA 3RVIA 2QD6A 5P3KA 2ZJLA 2B60A 5P6TA 1WKRA 5P0KA 1F34A 3I8WA 5P8VA 3ZKQA 1ER8E 5TOLA 4Y3JA 5IE1A 3DUYA 3ZPTA 3I25A 5P0NA 5P14A 1AAQA 1IVQA 1SH9A 3T7QA 5P5NA 3KA2A 4ACXA 3L59A 2ZJIA 3PB5A 5P01A 1GVXA 3FV3A 4HDPA 4K4PA 5P5UA 3UFNA 5P6HA 4PPHA 1BXQA 2I4WA 4YD7A 3ST5A 2G94A 4HE9A 4I11A 2CENA 5SXNA 1BIMA 5ENKA 5BRYA 3CIDA 3EL9A 2RENA 5P1EA 2QHZA 3R1GB 4Y41A 2WF3A 1ME6A 2OHNA 4RYGA 4I0JA 1FQ5A 2O4NA 1XL2A 2NNKA 3K5CA 2OAHA 2P3DA 2HIZA 2QI6A 1FQ4A 4HVPA 4NPTA 3PSYA 4YD6A 2I4QA 4PYVA 5P3EA 1HVHA 2NMZA 5OZDA 4B0QA 3PCZA 2I4VA 3JW2A 5P1RA 1HXWA 2OHKA 4H3GA 5PEPA 4Y50A 1GVVA 4I0ZA 1BV9A 2G69A 5P4PA 1TSUA 5HDVA 5P15A 3L5BA 4KE1A 5P2HA 3ZOVA 5P4XA 3B80A 5CLMA 3ZKXA 5P8BA 5P3WA 5P83A 1A8GA 1PFZA 4TVHA 2WF1A 5HU1A 4J55A 3EKTA 4K4RA 5P47A 3QPJA 1FF0C 1DAZC 5P35A 3DJKA 5P86A 4ZEAA 4MC6A 1EC3A 2R3WA 5KAOA 5P1MA 3LHGA 5DQ1A 5HDZA 1E5OE 4FRJA 3SACA 5EZZA 1B5FB 2BPWA 5P8FA 4XKXA 3SA9A 2J9KA 5P7YA 1C6ZA 2JJIA 1SDUA 5P3NA 1DPJA 4PZXA 4EQ0A 1XDHA 5P2MA 2ZE1A 5JG1A 1YM2A 3CKPA 3TNEA 2I4UA 1J71A 2AOJA 3HVGA 3GGXA 5P1UA 5P6BA 4EP2A 2CEJA 1HXBA 3HZCA 2F3EA 2BJUA 2R5QA 3TOFA 5P6DA 1QBRA 3NUJA 3EKWA 5P4MA 5ENMA 3R4BA 1PROA 4ZPFA 5P1YA 4YA8A 5F01A 2XFIA 3T7PA 5I70A 2EWYA 3QIHA 1BVGA 3BGBA 5OZEA 5P43A 3WZ6A 3PSGA 2H6TA 1BAIA 5P8DA 1EEDP 1C6YA 5OZ8A 2BKSA 1A9MA 5P09A 3T11A 4PEPA 2G21A 4Y4AA 1NH0A 4GZFA 3BUHA 5P7XA 5P5KA 3OU1A 5IVQA 5OZXA 5P75A 3UDNA 3VV6A 3MSLA 4Z50A 4MC9A 5P5BA 1AJXA 4K4QA 5P27A 2Q64A 3T6IA 2QI5A 5DQ5A 2PMAA 4YCYA 2QHCA 1C70A 4APEA 1W5WA 5P6QA 1LYAB 3L5EA 3ZPSA 5OZUA 1LEEA 5P0DA 2ZHTA 2WEBA 3O9HA 3VF5A 5HU0A 5P0TA 4E43A 1EC0A 5P1HA 3PMYA 3PVKA 4D85A 3QRSA 3SKGA 4ZPGA 5P36A 3Q4BA 4I8WA 1DW6C 5P7HA 2VS2A 4NJUA 3EKXA 4DJYA 5P28A 5DQCA 4AUCA 4TVGA 3RTNA 1EC2A 3SA7A 1AZ5A 3INEA 1LF3A 5P4ZA 4Y3GA 5P2SA 5E5KA 5P8JA 4LL3A 2QI3A 3SKFA 3OHHA 3PBDA 3MXDA 3INDA 3RTMA 4FIVA 3UQRA 5OZ2A 3WZ7A 1G6LA 2F80A 2HPFA 5P4SA 3FNSA 3UPJA 5P6WA 4U8WA 1HPVA 1VIJA 4KE0A 4OBZA 4I0IA 5P3BA 5P4OA 5P78A 5P54A 2FIVA 5P7SA 3NUOA 2JE4A 3PCWA 2PK5A 2QU2A 5P3RA 2Q54A 5P5JA 2QMPA 2WHHA 3VYEA 5P0BA 5P7NA 3GI4A 1E81E 5P3XA 5OZ0A 2PSUA 4Z2ZA 5P23A 3ZLQA 2VJ7A 5P45A 5OYRA 5P39A 2FNTA 2V10C 4Y38A 5SY2A 1Z8CA 3TLHA 2PH8A 5OZLA 4FM7A 6UPJA 3KDDA 1FQXA 4EWOA 3HDKA 1EBKC 3S43A 1U8GA 3D3TA 5P0UA 3UQWA 3FNTA 4Y5LA 4FE6A 3LPKA 5P63A 5P6PA 2OHPA 4HZTA 5BWYA 3S2OA 5P26A 5P4GA 5HCOA 5P07A 3PRSA 3OQKA 1ODYA 3OOZA 2I4DA 5P68A 5KQXA 3NXEA 1D4JA 2RMPA 3KMYA 2SAMA 4YHQA 3LITA 2PK6A 2ASIA 5P7EA 3NU3A 1OHRA 3DM6A 3MSJA 5DR7A 5P2CA 4DQEA 5JFPA 1KJHA 4BELA 5P1FA 5P7FA 3BXRA 4Y47A 3OUAA 5P2YA 4YCKA 1NPAA 3L3AA 4J1CA 3O9FA 5P3AA 1FLHA 5P3ZA 2QI0A 5P74A 5P31A 5P13A 5OZKA 4RRNA 5KQFA 1HBVA 3EM3A 5P2ZA 1KJ7A 5JODA 2VIEA 1OEWA 3URLA 4A6CA 2RKGA 4I0FA 5P5GA 4Y3ZA 3O99A 2QZWA 4TRYA 2VNNA 3KT2A 3OUDB 5P6OA 4I0HA 4CKUA 1M0BA 4HA5A 2FS4A 3D1ZA 3M9FA 4Y4WA 1MPPA 5P85A 4Y3WA 5P7GA 2WF0A 4Y9WA 5P84A 1OEXA 3SFCA 2OHUA 4FCOA 5P8PA 3VFAA 5P5LA 3JVYA 4QJ9A 5P20A 3QRVA 5P0QA 1GNOA 8HVPA 2FXDA 5P7KA 2WEDA 1MESA 5P88A 4J1EA 2ZHUA 1APTE 2HB4A 4J1FA 3RSVA 2WL0A 4ZSRA 5OZSA 4ZE6A 3INHA 3L5CA 5P7MA 2O4LA 4DFGA 5P2DA 1SDTA 2WKZA 4J17A 4RROA 2OF0A 3LZSA 4H3JA 4BFBA 3SA8A 3NDWA 5P6EA 4GYEA 1BV7A 1LF4A 3MWSA 4L1AB 1F7AA 2G1OA 2ZYEA 1W6HA 9HVPA 3VLAA 3H0BA 2AZBA 2QAKA 4R8YA 3DOXA 2AVOA 5P49A 4Y3FA 3U71A 2HC0A 4Y3PA 2ER9E 3OADB 5P0VA 5P7OA 3OU1B 4Y4JA 1SIVA 5P5RA 4CP7A 5BS4A 2AOIA 5DR0A 3DK1A 3VYFA 2AOCA 2WF2A 5P4QA 5P0IA 1T7JA 3QBHA 5AHBA 1GVWA 5P4EA 4I1CA 4Y3HA 1N49A 5P7BA 1ENTE 3VV8A 4FL8A 4RCDA 2APRA 3EL1A 5P7DA 1HVCA 4YOAA 3PI0A 3HVPA 4F76A 5P0XA 3UDYA 5OZBA 3S7LA 2UXZA 2AZ9A 1RV7A 5HDUA 4FAEA 1LYBA 4B70A 5P0LA 2NTRA 1T6EX 3KM4A 1MTBA 3CYXA 5P2QA 4Y5CA 1KJFA 3D1YA 5P7AA 5P0SA 4ER1E 5P1NA 3SA3A 5E5JA 4R93A 3GW5A 3UF3A 5P8CA 1K6CA 3OHFA 1FG8C 1HVRA 4JECA 1M4HA 1Q9PA 2MIPA 3IN4A 3OU4B 2IS0A 5P6KA 4Y5NA 5KOQA 1W50A 3APPA 4Y3NA 1HSHA 1AIDA 2VJ6A 4U7QA 5P4LA 3K5GA 5P4TA 2V13A 3RSXA 2B7FA 2HS1A 2P3BA 3VV7A 2FNSA 5P00A 3RU1A 2R5PA 3BHEA 3TH9A 3TPPA 5OZ5A 1XL5A 5P60A 5DR8A 5AHAA 5P5HA 5J25A 3OGPA 5P53A 1T7KA 4FGXA 5DGUA 2WEZA 5P6IA 1MSNA 2HS2A 3NYGA 4EXGA 1B11A 5ISJA 3VF3A 1HIIA 3PWRA 4L7JA 5P5AA 3ZKGA 1G2KA 1QBTA 1EPQE 3HAWA 3TPRA 3UHLA 1IDAA 5P6FA 4AA9A 3S43B 4NJVA 1PSOE 5P1JA 3N4LA 4M8XA 2QK5A 5P44A 3UFLA 3BXSA 1LYWA 5P0EA 5P1GA 1SBGA 3OAGB 5JFUA 4RYCA 4XXSA 4I0EA 2AVVA 3IGBA 3NXNA 5P8MA 4KUPA 2JYSA 5AH8A 1TW7A 2P3AA 7UPJA 5P5PA 1BWBA 5P0JA 2OHTA 3O9GA 3QP0A 4COEA 3K1WA 2PYNA 1GNNA 5OZYA 4Z4XA 1AXAA 5OYUA 2IL2A 4HDBA 5P3VA 4FRSA 3PM4A 4DQHA 1MT7A 3OQ7A 2ZJNA 5P8TA 3T7XA 4CPXA 5P2WA 5P4KA 1IDBA 4Y43A 1IBQA 3VEUA 2FGUA 5P6VA 4HLAA 4QJ2A 1KJ4A 4DPIA 5P0RA 3NU9A 3QI1A 3KFPA 2G26A 5P1PA 4K9HA 3UQXA 2IRZA 4LXKA 4EP3A 3FNUA 3OQFA 5P8UA 4Y57A 1GVTA 3OK9A 3OXCA 5P33A 5P8NA 4CPSA 5P1KA 5P3PA 1EPNE 1FG6C 3BRAA 3EKYA 5P3UA 1NPWA 3I7EA 5OZRA 5P1QA 1Z1HA 5HD0A 4HEGA 3G72A 2I1AA 2IKUA 2V00A 4RRSA 5P3IA 1GNMA 3HBOA 1W5YA 3O9AA 1K6TA 4Y37A 5P42A 5OZMA 2I0DA 4DJQA 3Q5HA 5P5CA 1D4IA 2QI1A 1AJVA 2G1SA 3UDPA 1EBWA 1EC1A 2Q3KA 2PQZA 4Z22A 3F9QA 5AH9A 1CPIA 5P5IA 2Q11A 1B6PA 2R8NA 4J1KA 3T3CA 1IVPA 5IVTA 4TRWA 4D88A 4CPWA 4EPJA 1K1UA 1VIKA 3WSJA 5P1SA 4RZ1A 3IVHA 3PHVA 4B1CA 4J54A 2AVSA 2NXDA 5P5XA 2RKFA 3PGIA 2QP8A 5P51A 5P5DA 3OUCA 3KF0A 2AODA 4OC6A 2FDEA 2VNMA 3FX5A 5P0ZA 5HVPA 4Y44A 3EKQA 3SM1A 4LXMA 4Q1NA 3SAAA 1NSOA 2BPZA 2PSGA 1MRWA 3S56A 2VKMA 1W51A 5KR8A 1T7IA 1CZIE 4L7HA 4D83A 3OQDA 3PWWA 1XE5A 4Y53A 4Y4ZA 1W5XA 3R0YA 3IXKA 5P6NA 3SPKA 4FAFA 4Y3SA 3ECGA 3KDCA 3K4VA 1ZBGA 3O9LB 5AH6A 5P72A 2J9JA 3NR6A 1LS5A 2A1EA 4Y54A 4EHCA 5P3FA 2ZHRA 5AH7A 1LYBB 2ZJKA 4Y5AA 4OBJA 1XN2A 5P6UA 3SA6A 4ZPEA 2B8LA 5P24A 3OTSA 3QBFA 1IZEA 1FEJC 4R95A 1HVIA 5P2JA 1D4SA 4TRZA 2ER0E 2Z54A 4FRIA 5P3TA 1MUIA 3NDUA 2XYFA 4GJ6A 1TZSA 4FLGA 5P1AA 2QI4A 1E80E 3NWQA 3OUBA 1ODWA 2QNQA 4GIDA 5DR1A 3QS1A 5P76A 4I10A 4DJPA 3TOHA 4L7GA 2F3KA 3OGQA 5I3XA 5P18A 1BVEA 2FMBA 5P5EA 4ZSMA 2PYMA 5P3CA 5P6GA 1FGCC 5OZWA 2CEMA 2QNNA 5P8QA 3U6AA 4Y5PA 5P2BA 1HTEA 3S7MA 1HSIA 1K1TA 1BDLA 2Q55A 3GI5A 2AZCA 3QROA 4FS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMR A;  3I6O A;  3K5F A;  3SA4 A;  4YDF A;  1C6X A;  2IGX A;  4GMI A;  1SGU A;  5P7V A;  5P02 A;  3KYR A;  3EM4 A;  1ZJ7 A;  5B18 A;  2R38 A;  2QD7 A;  5P5W A;  3FKT A;  1K6P A;  5P0O A;  3OXW A;  3GI0 A;  4Y58 A;  2IKO A;  5HDX A;  2G1R A;  3BGC A;  5C9B A;  1WBK A;  3VUC A;  2FGV A;  4Y6M A;  1HPX A;  2F81 A;  1YM4 A;  5P32 A;  5P64 A;  1D4H A;  3QN8 A;  3OU3 A;  3O9E A;  2OHS A;  3VFB A;  5P58 A;  1G35 A;  3O9I A;  5P69 A;  2VIY A;  3DV5 A;  5P7I A;  3UDM A;  3L38 A;  1HVK A;  2Q15 A;  2IDW A;  2O40 A;  4K8S A;  1ZPK A;  4OBK A;  5KQY A;  4WY1 A;  5P2V A;  4RGH A;  5OZP A;  1GKT A;  3IAW A;  3LZY A;  5P5F A;  5P8R A;  2G1N A;  5OYV A;  1DP5 A;  1YT9 A;  3URI A;  3NWX A;  4Y3L A;  2JXR A;  2A4F A;  4F73 A;  3ER5 E;  3QAA A;  2AQU A;  3N3I A;  5COO A;  5P5O A;  3UTL A;  5KR1 A;  3O9B A;  5P1C A;  3PMU A;  4Y39 A;  2FDP A;  5P4V A;  1EPM E;  3ZMG A;  6APR E;  1EPR E;  4QJ6 A;  5P7U A;  1MSM A;  1G0V A;  3TTP A;  5OZO A;  4OD9 B;  1SGZ A;  1XS7 D;  4FRK A;  2QZL A;  1HOS A;  3O9D A;  5P2O A;  5P65 A;  2HPE A;  5SZ9 A;  1TQF A;  5P7C A;  1LF2 A;  1K6V A;  2NXM A;  4R5N A;  5P81 A;  3LPJ A;  4YCT A;  1YTH A;  2Q63 A;  4OC6 B;  4Y5E A;  1TSQ A;  2R43 A;  3APR E;  3VCM A;  5OYW A;  1YX9 A;  5P1W A;  5P25 A;  5P6C A;  2VA5 A;  5C9F A;  5P6R A;  2V16 C;  1RL8 A;  2FDD A;  5APR E;  4Y4B A;  4DVF A;  5P59 A;  4HDF A;  3EM6 A;  2B7Z A;  4MC2 A;  5OZA A;  5P8K A;  2I0A A;  5P0M A;  4AZY A;  2VJ9 A;  1FB7 A;  3PI5 A;  3O9L A;  3KFS A;  2R9B A;  3I2L A;  5P10 A;  5DQ4 A;  3EKP A;  5OZG A;  3BVB A;  4N00 A;  1FFF C;  5HTZ A;  5P4W A;  1UPJ A;  3IXO A;  3K5D A;  4DI2 A;  4OBH A;  4Y4T A;  4GJB A;  1PPL E;  1FKN A;  3VG1 A;  5C9D A;  4GJ5 A;  5P2K A;  4APR E;  2IEN A;  5P04 A;  4B77 A;  5P7Q A;  2HB3 A;  5I3W A;  4YD4 A;  1EPO E;  3KFR A;  2PC0 A;  1ZSR A;  1ZAP A;  3TPJ A;  3IXJ A;  5P5Q A;  4J0P A;  3RVI A;  2QD6 A;  5P3K A;  2ZJL A;  2B60 A;  5P6T A;  1WKR A;  5P0K A;  1F34 A;  3I8W A;  5P8V A;  3ZKQ A;  1ER8 E;  5TOL A;  4Y3J A;  5IE1 A;  3DUY A;  3ZPT A;  3I25 A;  5P0N A;  5P14 A;  1AAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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