4Y37A

Endothiapepsin in complex with fragement 305
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y37A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y37A01
1RPIA 5P1GA 2UXZA 4GJ5A 2AOHA 1SGUA 3CIDA 4FAEA 3K1WA 5I3WA 3QROA 2BPWA 5UPJA 4CPSA 4L7HA 1NH0A 5P4AA 2ER0E 4Z22A 5OZCA 4Y36A 3UPJA 4Y3ZA 5P2JA 2QNPA 2NMZA 5P5EA 3OU4B 3LNKA 3CICA 4IVTA 4DQFA 3ZKQA 2VKMA 1APVE 5IVTA 5P7RA 2NR6A 3NDWA 5AH7A 3WB4A 1KJHA 5JG1A 5P6BA 2WHHA 2VNMA 5P6RA 1RL8A 1AXAA 4BFBA 3HDKA 5P4UA 3L38A 3EL1A 1SBGA 5P0NA 3IVHA 2PSVA 3RSVA 3S8IA 3LZVA 5P84A 4DFGA 4YBIA 2P3CA 4FRKA 4DVFA 1FEJC 2Z54A 3TPLA 3IA9A 3OUBA 3MSKA 1HVKA 2G27A 1FG6C 3GI6A 5P72A 4APRE 4B72A 4CPQA 3UDKA 4FCOA 3OAGB 1BV7A 5APRE 3EC0A 3L59A 3D20A 4Y53A 3VV8A 5P02A 5P5LA 4J55A 4CPWA 5C9FA 4FGXA 4WTUA 3DJKA 2B42A 3LITA 4DI2A 2JJIA 1KZKA 3GGXA 4DPIA 1W5XA 3SM2A 3EM4A 5P0JA 1EPPE 1MT8A 3LZYA 3EKQA 5P1NA 1YX9A 3UDYA 5P09A 5OZPA 3VF7A 1FLHA 5P5OA 4TRZA 1MPPA 4DQBA 2IGXA 5I3XA 5P1PA 1VIKA 4EYRA 5P6NA 5P4PA 5P30A 5P2FA 1GVUA 5P25A 2V11C 1AIDA 3KMYA 5P1HA 5OZGA 1SGZA 4Y54A 2FDDA 2V0ZC 2FDEA 5DR0A 5IVQA 3MSJA 3LIVA 1E82E 5P50A 1Z1RA 4PYVA 3CKRA 3LIZA 2OF0A 2G1RA 5KQZA 5P76A 2B8LA 2G1OA 3OQKA 3WZ6A 5HE7A 1GKTA 4TRYA 3DUYA 4Y47A 2AVOA 3SABA 2J9KA 2QU2A 3FSMA 1LV1A 4GJDA 3H0BA 5BWYA 5P48A 5P1XA 5P3FA 5OYQA 4B00A 3UQPA 3PSUA 5P82A 1YTHA 2RMPA 2V16C 1XN2A 4RROA 5ENMA 1QBUA 1EC3A 3L5FA 2CENA 1Z8CA 5P47A 4TVGA 1D4LA 5P0AA 1MT7A 5P0KA 5P7AA 5P6WA 5P1BA 5P0FA 4Y5PA 5JODA 2B7FA 4GYEA 3ER5E 5P7FA 5HCTA 5OZRA 2ER7E 2VIEA 3HW1A 3LHGA 3SKFA 1UH7A 4DJUA 3LPIA 1FQXA 4HDPA 2QD7A 3VSWA 1C6ZA 3GI4A 5SXNA 5P6VA 3TL9A 5P63A 4YOAA 5P4XA 2CEMA 5P7CA 5P3OA 1TCXA 4RVJA 5P7QA 2IKUA 2SAMA 3URIA 4GJ6A 4U7VA 4QJ9A 4CPTA 3UQXA 3EL9A 5HE4A 3KYRA 1HWRA 5P6MA 1IBQA 4OBDA 5EZXA 4OBZA 5P3YA 2WKZA 3NR6A 5P5KA 3GW5A 1EPRE 2G21A 6UPJA 3BUFA 5P6TA 4EJKA 1LS5A 5OZ3A 1HSIA 4I1CA 1W6IA 3PM4A 4WY6A 5P6DA 3NYGA 4YDGA 4U8WA 4YD3A 4YCYA 4JPCA 1HVSA 1HXBA 2QZXA 4XX3A 5OZ6A 5P0ZA 5AH9A 3OU1B 3SA5A 4LP9A 5P57A 3PSGA 4YD4A 3SQFA 2VA5A 3VYDA 5P3DA 4NJUA 3QRMA 2Q15A 4F75A 5P55A 5P7NA 5P3LA 4EHCA 4L6BA 5P2DA 5P1IA 1A8GA 4Y38A 2PH6A 4OBKA 1QRPE 1SP5A 4IVSA 2QK5A 3APRE 3OADA 5OZVA 5P3SA 2Q54A 2AOFA 2QZLA 4Y5EA 4ZPEA 1MSMA 2ZHUA 5SY2A 4F74A 2WEDA 5ENKA 1PSNA 5HTZA 2OAHA 4Y5NA 5OYUA 3ZKNA 4Y3PA 5P4YA 3I25A 1FMUA 1UH8A 3L5DA 5DGWA 3URLA 1FB7A 5P2EA 5P1DA 4I0JA 2NPHA 1HXWA 4J54A 4Y5BA 4I0HA 2QMPA 4NPUA 2FLEA 3ER3E 5P75A 1FMBA 2HB4A 5P7JA 4HVPA 4Y3XA 1BVGA 2RKFA 2Z4OA 5P7LA 4BFDA 5OZJA 4RZ1A 3TTPA 3K5DA 1FFIC 3JW2A 5DR7A 8HVPA 2BKTA 2VIYA 4I8WA 2RENA 1OD1A 2I4XA 4NKKA 5P7GA 5HDUA 2G24A 5P7DA 4RCFA 3L3AA 5OZDA 1GNNA 3S2OA 2R9BA 4EJ8A 4EWOA 3CKPA 2ZJMA 5P0XA 2V10C 2ZJLA 5P5IA 2QAKA 4DJYA 3T7QA 4Q1XA 3SA4A 1HTFA 3FNSA 2P3DA 5P39A 2BPVA 5OYXA 4I8ZA 5OZKA 4J0ZA 4ZPFA 5P4BA 1YM4A 5P05A 3DV5A 3EKPA 1T7KA 5KAOA 5P87A 3S56A 2QMGA 3LZSA 5P5SA 4Y3YA 1DMPA 5P4RA 4LAPA 2ANLA 5P11A 1B6KA 3S43A 1EPNE 2ZJIA 4EPJA 5P2TA 5KOSA 2R43A 5JFPA 3K4VA 5P0CA 3QVIA 5P3ZA 1MTRA 4ZE6A 4K4RA 1NPWA 1FGCC 3O9LB 5P1FA 1HEGE 1MUIA 5P4WA 4Y44A 3IXJA 1A9MA 3T3CA 2IENA 5P1OA 5P6IA 4A6CA 1EBZA 5P56A 4ZLSA 1C6YA 3KDCA 5P6LA 4E43A 1GVXA 3BVAA 5DQ2A 4GIDA 4FM8A 2WF4A 5P4FA 5P5GA 5P3JA 1K1UA 3VSXA 3VUCA 1SIVA 5P1RA 5P4JA 1CZIE 5BS4A 5P2XA 3RTMA 1FF0C 5HVPA 5P4GA 3OGPA 5DQ5A 4Y37A 3PMYA 1LYBB 3DM6A 5P06A 3O9CA 4MC9A 2WL0A 2OHPA 3FKTA 5P5MA 5P7BA 1W5VA 1EBWA 5AHBA 4DQCA 1HIIA 4RYCA 3CYXA 5P0EA 2G22A 5P1TA 2F3FA 5P0WA 3JVYA 5P4DA 2QNNA 4ACXA 1SDUA 2J9JA 4Y4BA 4OD9B 2PQZA 3EL0A 2OHSA 1DW6C 2V13A 4EJDA 5P1QA 4OC6B 4LXKA 2QMFA 4ZSRA 5P8HA 4R92A 4F73A 5AGZA 4Y5CA 4DUSA 5P43A 2G94A 1K6VA 3UF3A 1BDQA 3TOGA 4Y4DA 2H6TA 4DQHA 4LXMA 3G72A 5P8DA 4RVIA 4X2LA 3U6AA 2OHMA 4I0DA 3IXKA 1WKRA 3VF3A 5OZ0A 3ZMGA 4FE6A 4LXAA 1YTIA 5P13A 5KR0A 4LL3A 5P8OA 5DPZA 2OHNA 5P77A 5DR4A 3WB5A 3K4VC 4CKUA 3D1XA 5P1UA 1FIVA 5P66A 1E5OE 3SAAA 2HM1A 5P1WA 1YG9A 5P5XA 5DQCA 1XN3A 3MSLA 3OQ7A 5P2RA 5P4OA 1LYWA 2Q64A 4R8YA 5P67A 3QP0A 3HVGA 4B78A 4FIVA 4GJ7A 1GVWA 4DJQA 1APUE 5AHAA 5P7IA 1CPIA 2FGVA 2WF1A 4HZTA 3URJA 2FMBA 4DV9A 3T6IA 1EAGA 5ISJA 4AZYA 4S1GA 2B7ZA 4XKXA 4YDFA 1SDVA 5OZIA 2IDWA 5P7VA 2FDPA 1TQFA 2PK6A 1D4KA 5P8JA 3RSXA 3O9IA 3NWXA 4YD6A 5P3RA 1ZPAA 3EKWA 5P0VA 5OZ8A 3KFNA 5P8QA 4GB2A 4Y3NA 4Y5LA 4FSLA 5ER1E 3GGUA 4H3JA 4Y4XA 5COPA 5P8NA 2BBBA 5P71A 2EWYA 5P3IA 4PEPA 5KR2A 1D4JA 3VCMA 6FIVA 5P40A 4HDFA 5P74A 5P8GA 5OZQA 4Y48A 1K6TA 3OOTA 5OYRA 5P8AA 5FIVA 1YTGA 5J25A 4WY1A 3PB5A 3EM6A 4YCTA 1TSQA 3KDBA 5P35A 3KFPA 4GZFA 2UY0A 4K4QA 2NXLA 4L7GA 4L1AA 1AM5A 4Y3SA 2AZ9A 3EM3A 2BQVA 5P3EA 4Y4JA 3UQWA 2MIPA 5P8UA 3OUDA 3PWMA 1IDAA 3KDDA 1OHRA 5OZ5A 3HVPA 4M8YA 4AA8A 3OXVA 4HDBA 5P3KA 3SA9A 3BXSA 1T3RA 4RRSA 1GNOA 4OBJA 3PCWA 4Y4ZA 2FIVA 2V00A 4R95A 3QI1A 4QLHA 3ZPTA 3K5GA 1EC1A 5P4KA 4Y9WA 4ZEAA 5OYTA 2AODA 3D1ZA 4Y56A 1TCWA 5P44A 4H3GA 1IIQA 4CP7A 3VF5A 1B6MA 3L58A 4FSEA 5P4ZA 2WF0A 4B70A 1LYAA 3PBDA 4Y3HA 1BXQA 1HTGA 5P85A 3NU5A 3UDNA 1WBKA 3HLOA 1BV9A 4Q5MA 1G6LA 4FLGA 3EKVA 5P6SA 4I0EA 2R8NA 5P4NA 5ER2E 3QN8A 2BJUA 5P89A 2WEBA 5P0QA 5P5FA 4Y35A 1G35A 5P8SA 1W50A 4GJAA 5AH6A 5P24A 5I3VA 3O9AA 1HTRB 3SKGA 5P16A 5P6GA 3QPJA 3ZLQA 1W51A 2I4UA 4FRJA 3N3IA 4Y3JA 5P3AA 2QU3A 5P3QA 5KOQA 2I0DA 1UH9A 5P5NA 4Y4AA 1ZPKA 5DR8A 3UDJA 1A94A 3S45A 2AOEA 2ZJHA 3O9HA 5P2ZA 3OXWA 2AOCA 4ER4E 4B77A 1YM2A 5P8BA 2QZKA 3O9EA 3U71A 5P2WA 3UDQA 3S7LA 3Q5HA 4EQ0A 2ZGAA 1ZSFA 5P0SA 4A4QA 3MWSA 1GVVA 4Y4UA 3PWWA 5PEPA 1EPLE 2G1SA 5P51A 4A6BA 3SPKA 4DPFA 1EEDP 5P8MA 2APRA 3N4LA 3SA6A 1BVEA 3S54A 2G69A 1HHPA 5P4MA 4RRNA 3OHFA 3BUGA 1BDLA 4Y4EA 1IZIA 3DK1A 3CYWA 5P4QA 3UCBA 1FQ5A 4CPXA 5P6YA 4Y6MA 5I70A 5P1EA 3ZL7A 3PI5A 3VG1A 3GI5A 1DP5A 5P5RA 5P8KA 3R0WA 5P2YA 3PHVA 5P2BA 5P4TA 5P0RA 3OXCA 4I0ZA 2QD8A 4NJTA 1B6JA 2G1NA 3UDPA 3UQRA 5P73A 3O9DA 3EMYA 5P0MA 5P69A 3LZUA 4B1EA 5OYZA 3BC4A 3BGBA 5P6XA 5P7ZA 2WECA 1LF2A 2ZJKA 4Y39A 2Q3KA 5OZEA 3B7VA 3EL5A 3FNTA 4PHVA 4B1DA 3NWQA 3PI0A 5ISKA 1SMEA 1J71A 5P6AA 3UDRA 5P26A 5P0UA 1HIVA 2PH8A 6APRE 1G2KA 3KMXA 3LINA 4Y3RA 5P34A 5P0YA 3VFAA 1LZQA 4J1HA 5P4VA 2QMDA 5DR1A 3NU6A 1IVPA 2ZHVA 4D83A 3KFSA 2IQGA 2IRZA 5OZMA 4I0FA 3O99A 2I4DA 2AVVA 5P4HA 5OZAA 2PWCA 4EXGA 4MC1A 3A2OA 3OGQA 5P53A 3PWRA 5P3MA 3LIQA 5P8PA 5P19A 5IVSA 5HCOA 1AAQA 1EPQE 2OHUA 2QI5A 4AA9A 5P6OA 5P8CA 3T7XA 3KN0A 2JXRA 4DJOA 1FKNA 5P23A 4Y51A 1LYBA 4GMIA 3CIBA 1FMXA 4U7QA 3QRSA 4I11A 5OZTA 5P3GA 3SLZA 2WJOA 1B6LA 3O9GA 1SMRA 4CPRA 4Y3LA 4CPUA 1C70A 2BPYA 1G0VA 3S53A 1K6PA 3NDTA 4Z4XA 3UHLA 1BWAA 1D4IA 3GGAA 5P5BA 4COEA 3INFA 4OBZB 3BUHA 2FGUA 4UPJA 1B5FA 2QP8A 3NSHA 1DPJA 4GJCA 5P27A 3KT5A 2P3BA 3TPRA 1LEEA 3ECGA 5BRYA 5AHCA 1B11A 4YOBA 5P62A 4MC6A 2AOJA 1HSGA 3L5EA 5P1CA 1JLDA 1MEUA 3SA8A 3SACA 5P8FA 2G20A 2VJ7A 2BPXA 3PVKA 4DJWA 3AUPA 5P4IA 1EPME 2HS1A 2PC0A 2NNPA 3O9FA 2P83A 1APWE 5P03A 2OHLA 5P2HA 4GJ9A 5P1YA 4NJVA 1MSNA 5KR1A 1DIFA 2IGYA 2PMAA 3F9QA 4I0IA 5OZYA 1HPXA 3WSJA 1BBSA 1CMSA 4Y3MA 3OQFA 5P08A 5P70A 5P6ZA 4HEGA 4DJRA 3ST5A 4Y3GA 2WEAA 5OZ4A 4H3IA 1K6CA 3R2FA 5HDVA 1HVLA 1HOSA 3UDMA 1XL2A 5E5KA 2I1AA 4YD5A 2XFKA 3OADB 3QS1A 5P1KA 1KJGA 3NLSA 1BIMA 1QS8A 3APPA 1PPLE 5F01A 2A1EA 3EL4A 5P8RA 3TKWA 5IS4A 1RQ9A 4Y4WA 4Y5GA 5E5JA 5P4EA 4K8SA 4B1CA 2BPZA 4DJVA 3VV7A 3OTYA 4K4PA 3SA3A 1AJVA 3OU4A 3TPJA 4I12A 3VYFA 1QBTA 3NXNA 2G26A 2IKOA 1HVRA 5P2NA 3T11A 2VJ6A 5P5HA 3OWNA 1ER8E 3INEA 1HVHA 2VA7A 9HVPA 5P6KA 3OU3A 5KQYA 4LHHA 2ZJJA 3LIYA 3VEUA 4J1CA 3DOXA 5COKA 3R4BA 1ZTZA 5P7UA 3Q3TA 1HPVA 5SY3A 4HA5A 7UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RPI A;  5P1G A;  2UXZ A;  4GJ5 A;  2AOH A;  1SGU A;  3CID A;  4FAE A;  3K1W A;  5I3W A;  3QRO A;  2BPW A;  5UPJ A;  4CPS A;  4L7H A;  1NH0 A;  5P4A A;  2ER0 E;  4Z22 A;  5OZC A;  4Y36 A;  3UPJ A;  4Y3Z A;  5P2J A;  2QNP A;  2NMZ A;  5P5E A;  3OU4 B;  3LNK A;  3CIC A;  4IVT A;  4DQF A;  3ZKQ A;  2VKM A;  1APV E;  5IVT A;  5P7R A;  2NR6 A;  3NDW A;  5AH7 A;  3WB4 A;  1KJH A;  5JG1 A;  5P6B A;  2WHH A;  2VNM A;  5P6R A;  1RL8 A;  1AXA A;  4BFB A;  3HDK A;  5P4U A;  3L38 A;  3EL1 A;  1SBG A;  5P0N A;  3IVH A;  2PSV A;  3RSV A;  3S8I A;  3LZV A;  5P84 A;  4DFG A;  4YBI A;  2P3C A;  4FRK A;  4DVF A;  1FEJ C;  2Z54 A;  3TPL A;  3IA9 A;  3OUB A;  3MSK A;  1HVK A;  2G27 A;  1FG6 C;  3GI6 A;  5P72 A;  4APR E;  4B72 A;  4CPQ A;  3UDK A;  4FCO A;  3OAG B;  1BV7 A;  5APR E;  3EC0 A;  3L59 A;  3D20 A;  4Y53 A;  3VV8 A;  5P02 A;  5P5L A;  4J55 A;  4CPW A;  5C9F A;  4FGX A;  4WTU A;  3DJK A;  2B42 A;  3LIT A;  4DI2 A;  2JJI A;  1KZK A;  3GGX A;  4DPI A;  1W5X A;  3SM2 A;  3EM4 A;  5P0J A;  1EPP E;  1MT8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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