4Y3EA

Endothiapepsin in complex with fragment 5
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA01
4DFGA 3L5BA 3DUYA 4Y35A 4RLDA 4GJ5A 5P03A 3OU4A 5P8EA 3Q70A 3ZKGA 5OYUA 3NDXA 1MERA 3FKTA 4AA9A 4HE9A 1YM4A 5P4SA 3INHA 3Q4BA 1KJ7A 3N3IA 4R5NA 4LXMA 4DJQA 4CPTA 3EKTA 2PK6A 4FLGA 5P5BA 4APRE 1SMRA 4QJ7A 1XN3A 3VCMA 1HVHA 5P2WA 1HEFE 5AH9A 5OZHA 5COKA 1FMBA 3VLBA 2APRA 4Y3XA 1HXWA 4AUCA 5HVPA 4Y3PA 2CENA 4NPUA 4CPQA 5P5VA 3UFLA 4EPJA 2P3CA 1KZKA 2P83A 3L5FA 5P0HA 3BUFA 2FIVA 3ZKIA 4Y38A 3L5DA 5P0JA 5P09A 4MC2A 5P3NA 1MT9A 4LL3A 3D91A 4F76A 2IQGA 5P1HA 3EL1A 2QI3A 4QJAA 1SP5A 2P4JA 5P6IA 1CMSA 2J9JB 1BV7A 3NR6A 1ZPAA 3EL4A 5OZUA 4J1IA 1HPOA 4HA5A 5P62A 5P06A 3OXWA 3OOTA 5E5KA 3UDHA 4Y5AA 3CYWA 2PQZA 5P5HA 3OUBA 1LF4A 5P5JA 2OF0A 5P2OA 5P6KA 1FQ6A 3SA8A 3MXDA 4YD4A 4GIDA 5P3ZA 4LAPA 2Z4OA 1FQ8A 5AH6A 5P5ZA 5OYZA 5P2AA 1FQXA 4J0TA 1EC1A 5P75A 5P38A 2G22A 5P81A 2WEDA 2PMAA 2VIZA 3PWRA 2ZJMA 5P24A 1MIQA 3BXSA 3DV5A 5ENKA 1YTHA 4XKXA 5P1ZA 4DJUA 2CEJA 2VJ6A 4OD9B 1M43A 1EC2A 2A1EA 5P71A 5P52A 2PWRA 3SA9A 5P7AA 3S43A 4CKUA 7UPJA 9HVPA 5P6RA 3ZKMA 4Y3NA 4DJWA 5DQCA 3KDCA 1E82E 2B42A 4MC6A 5P02A 5OZRA 5P83A 2HS2A 3LZVA 3DCKA 3K5CA 4Y3LA 4YCYA 5C9BA 3LIYA 3APPA 3SA5A 1EPNE 5P0LA 5P0NA 4I0IA 1FFFC 2OHMA 1B6MA 5P1LA 5P2BA 1NPWA 2ZJHA 4TVGA 3ZKSA 4EWOA 3UDKA 4Y3YA 4CPXA 1MRXA 2QI1A 3VSXA 3APRE 2G94A 2P3BB 1W6IA 1W5VA 5HDXA 5P12A 1GVUA 3LNKA 5P8LA 3SLZA 4R95A 2H6TA 5OZ0A 5KQFA 3D1ZA 1TCXA 2WEZA 4F75A 1SDTA 3N4LA 3K1WA 1EPPE 3DCRA 4J55A 5HE4A 5P30A 4HDFA 3INFA 1BXQA 1N49A 4DQEA 3S45A 1AVFA 2FDDA 3LITA 4NJSA 2I4QA 2AOGA 5P7JA 5P4BA 3OU1A 3VUCA 5OZTA 3OGPA 1XL5A 4K4QA 5P1FA 1B5FB 1GVXA 1FEJC 4Y5LA 1TCWA 3LZUA 1HEGE 2ZHSA 3IXJA 3H5BA 1C70A 2QI4A 5OZVA 5P10A 5KR8A 1E80E 4DJPA 1BIMA 4Y4DA 3SABA 1C6YA 4GJCA 5P50A 1XDHA 2HS1A 2NMZA 5P4CA 4K4PA 4L7HA 5P4TA 2IKUA 2AZ8A 1SH9A 3OWNA 5P6HA 3PMYA 5AHAA 3QRVA 3NWXA 4CMSA 4K8SA 3U7SA 4OBGA 4ER2E 5P7MA 1GVWA 5P17A 1K1UA 3AUPA 4J1EA 2PH8A 3S8IA 3S56A 1ZTZA 5P8GA 5P6TA 2F8GA 3TOGA 5P0TA 2V12C 4Y45A 3UDQA 3KA2A 2I4UA 5P4XA 1A9MA 3CMSA 1QRPE 1BXOA 3MSJA 5SY2A 2O4NA 5P5YA 3URIA 3BRAA 2BB9A 2QD7A 3PMUA 1XL2A 3BUGA 5P1NA 5P20A 2Q11A 5P7XA 4B1EA 4BFBA 3OHFA 1HPSA 1W5YA 4Y3WA 5P1DA 3T11A 5P1QA 5JFPA 4L1AB 5OZYA 5P19A 4B05A 5KQZA 4HDPA 4PZWA 5T4SA 4EJKA 5PEPA 1MTBA 5P6VA 4OC6A 2AOIA 3R4BA 5OZWA 1LYBA 3M9FA 3OHHA 2G20A 5P35A 3Q6YA 3VV6A 5P1AA 3UQPA 3FSMA 1FFIC 4Y4JA 4NJVA 3PRSA 1WBKA 5P8MA 5P07A 4DH6A 3KF0A 1BDQA 4JP9A 3B7VA 2QMDA 4Q1WA 4Y9WA 2QNPA 4PZXA 1HVLA 2F3EA 2Q63A 4EXHA 1W5WA 5P4NA 4Y50A 5P7QA 3KFPA 4Z2ZA 5P77A 3BVBA 2OAHA 4DQHA 5P4UA 1YX9A 3UQRA 4RGHA 5P2ZA 4NJTA 5P51A 5P8KA 1CZIE 3D1YA 2VA7A 5P46A 5P5MA 1BILA 5P5PA 2WF2A 5P6YA 2V13A 2NXMA 2OHKA 5P7LA 3I25A 3PEPA 1HSHA 2FDPA 1AJXA 3KDBA 4GJBA 1MVPA 2G69A 2HIZA 1HSGA 5P44A 4EXGA 5P1KA 4EJDA 4WTUA 4DQCA 5E5JA 4EYRA 3OU4B 4DJVA 2NTRA 2BKTA 3IAWA 5DQ2A 2HB2A 4K9HA 4Q5MA 3ZPTA 3ECGA 5P85A 4Y3TA 5P2HA 4ER4E 4Y39A 4Z50A 5I3VA 2FLEA 1LYAA 2HM1A 4Q1XA 3PCZA 5OZIA 4TRYA 1ZAPA 4IVTA 5P0FA 1HSIA 3INEA 5P8CA 4B78A 1FQ7A 5KOSA 2AOCA 4COEA 5P2UA 2OHTA 1DAZC 5P2YA 5AH8A 3VLAA 1YM2A 1IVQA 4L7JA 4JECA 2NXLA 1F34A 3HZCA 3HVPA 3JVYA 4Y3SA 4L6BA 3HAUA 3BGBA 5OZSA 1IDAA 3BHEA 3PM4A 1PSNA 4YD7A 4FL8A 4DJYA 1BV9A 4PHVA 5P3UA 2RMPA 5P4RA 8HVPA 5CONA 4HEGA 5P55A 2XFIA 5P70A 3RVIA 5P6BA 5P2EA 4Y5EA 3NDUA 2BBBA 1GVVA 2I0AA 1APVE 5P45A 4ER1E 3QPJA 4RVXA 3PWWA 1PSOE 2PK5A 2QMPA 3PI5A 4OBFA 5P0KA 3UDRA 3VF5A 1FF0C 1T7KA 2B8VA 5COPA 5P41A 1META 2PH6A 5P2XA 2NMYA 3O9GA 4Y4AA 2V0ZC 1F7AA 1DPJA 3QVCA 4Y3QA 2PC0A 3S54A 1ODWA 2P3AA 5P1RA 1D4LA 4B00A 3SAAA 3KYRA 4Y4BA 1BDRA 4B72A 3CYXA 3R0YA 2I4VA 1YT9A 3KT2A 5OZ5A 5DPZA 2R38A 3KM4A 5P6MA 5C9DA 5P26A 5OZGA 5P0UA 2UPJA 3S43B 3SFCA 1LS5A 5P6FA 2R3TA 3NWQA 3Q5HA 2F3FA 3TKWA 3ZPUA 1PPME 4FAEA 4RRSA 3S85A 1SGUA 3KDDA 3OQKA 3NU5A 5P5KA 4X2LA 4FIVA 2Q3KA 1OD1A 2NR6A 4QJ6A 5P15A 3OUDA 5P0AA 3OK9A 5OZ4A 2WEAA 3SA7A 5P0EA 5P7NA 5P3JA 4OBJA 5I70A 3TOHA 5OZPA 3S2OA 1FMXA 1G35A 4R8YA 5OZ9A 4RVJA 4I0ZA 6APRE 4A4QA 4YOAA 3WSJA 4YDGA 5JFUA 1UH9A 2AVMA 3QIHA 2Q54A 3LZYA 2JYSA 5P84A 5P7BA 2FGVA 4H3IA 5P0CA 5DR4A 5P54A 2OHNA 4YBIA 5P3DA 4U7VA 3QRSA 3G6ZA 1BVEA 1MUIA 4JPCA 2IGYA 5P37A 1HVIA 4H3FA 4MC1A 5IVRA 3LZSA 3NU4A 3VYFA 5OYXA 4R93A 5P13A 3L59A 5P31A 3RTNA 3TPJA 4QJ8A 3SKFA 1XS7D 2IDWA 3LIXA 3EL0A 3SACA 3SA6A 4J1FA 5P3TA 3NU6A 2WECA 4Y57A 5P42A 1PFZA 1U8GA 2ZGAA 4Y5PA 5SXNA 5P04A 2QHCA 2AQUA 2B7ZA 1W50A 5UPJA 5P3QA 4CPRA 5P1VA 2JJJA 3S53A 5P2LA 5P63A 3R2FA 2OHQA 2ZHRA 2BPZA 4OBKA 4I0EA 5DR0A 1D4HA 1MRWA 2R5PA 1IDBA 2FXEA 4AA8A 3RU1A 1SDUA 2QMGA 3O9LA 1K2BA 4I0FA 1KJHA 3L38A 4FM6A 1RL8A 2HPEA 4ZLSA 1ZSFA 2NPHA 3LHGA 5P3AA 1ENTE 5P3YA 5P88A 5P4AA 5P6JA 3OY4A 1PSAA 2VA6A 5P5OA 3DV1A 3PI0A 2JJIA 5P5SA 5P5GA 2VS2A 3VFAA 4FAFA 3K5FA 2ZHVA 4Y5BA 1YG9A 5P3XA 3OQFA 2VA5A 4Y4GA 2VJ7A 1Z1RA 1PPLE 4I11A 1XE5A 1T3RA 2EWYA 2AOHA 3KN0A 4YOBA 5P7VA 5OZXA 2AOJA 1QBUA 5F00A 1E81E 1FLHA 1APTE 3EL9A 3EKVA 5OYYA 4KB9A 1WKRA 4B77A 3TPLA 2ER7E 5P16A 5P1CA 4B1DA 3ST5A 3BC4A 2QZWA 3OAGA 5P36A 5P79A 5P1OA 1Q9PA 5P7UA 4FSEA 2BJUA 1NPVA 4DJRA 1HVJA 1QDMA 1LF2A 4OC6B 3UPJA 4I1CA 3CIBA 2ZHTA 3UDPA 2G1RA 4HZTA 1TZSA 2A4FA 5P3HA 4H1EA 2QI5A 3VEUA 4Y4XA 1RPIA 4FSLA 4GJ6A 3PCWA 4Y3ZA 1IIQA 4R92A 2VJ9A 5P6XA 3OQAA 1MTRA 4X7IA 3PJ6A 4ZE6A 4ZEAA 1APWE 2O4KA 4I0GA 4EHCA 5P0VA 1MT7A 2Q5KA 5P29A 5P8VA 1GNNA 1SIVA 2NXDA 5P01A 1OEXA 3OUCA 4Y44A 5P8SA 3VV8A 5P7CA 3PGIA 4CPSA 3TPPA 5P6NA 5P7SA 2G1YA 3QI1A 2FGUA 5P7KA 5DR3A 4I0JA 3FV3A 3O9DA 2AVOA 2BPWA 5P4JA 2OHRA 2AIDA 5HDUA 1D4IA 5P7RA 2PSVA 4I10A 1MT8A 5DGWA 3S7MA 2JE4A 5P3FA 1BBSA 2V11C 5P1TA 4Y3GA 1TQFA 4J54A 4L7GA 3I2LA 4S1GA 2G21A 1ZLFA 4HVPA 2AVQA 4FRKA 5AHBA 3U71A 5P73A 1ODXA 1DW6C 5P4ZA 1RNEA 3QBHA 1WBMA 5P6WA 3NDWA 5P33A 1LV1A 3GI4A 4YD3A 1SIPA 4PPHA 5P40A 1LYAB 5P4OA 2WF1A 4Y3FA 4XX4A 1FQ5A 3B80A 3QS1A 3ZOVA 1HVRA 1MSNA 3OXVA 5DR8A 3UTLA 5KAOA 3KMXA 1HVSA 3HD8A 4B1CA 2QI7A 1YTJA 3SA3A 5ISKA 3KT5A 2QZKA 1KJFA 5P76A 3TNEA 5P5UA 3TL9A 4QJ2A 3LIZA 4LBTA 5P2MA 4WY1A 1FB7A 3MSKA 5I3WA 1A94A 4K4RA 2BQVA 4TVHA 3EKXA 5HCTA 3GGVA 5P8PA 5P22A 2QNQA 3IXOA 5P4MA 5OZCA 4BEKA 5P64A 2QI6A 4J1HA 5IE1A 5P8AA 1D4SA 5JODA 5P86A 4GB2A 2VKMA 1QBRA 4J0VA 1D4YA 2ZHUA 5P4IA 3FNSA 5AHCA 2ER0E 3O9IA 5P48A 5P3GA 1HTGA 5SY3A 3SM2A 5ER2E 5P1MA 3JVWA 4Z4XA 5I3YA 4U7QA 1A8KA 3NXNA 4J5JA 2AODA 4M8YA 4RCFA 1RQ9A 5OZ8A 3EXOA 3GGAA 1HIVA 3PLLA 4LP9A 3ZLQA 1HVKA 1B6JA 2B8LA 5P5IA 3GW5A 5P80A 5P8RA 5OZ7A 5TOLA 5P4EA 2QHZA 3QRMA 1D4JA 1GVTA 5OZ1A 5P0XA 5P7HA 5P1BA 5P3SA 5P5FA 5P60A 4ZPEA 2ER6E 4OBZB 4CPUA 5KQYA 1VIKA 4H3GA 5P6AA 1PROA 1JLDA 2OHLA 4OBHA 5P2JA 5HE5A 5ISJA 5P0PA 1XE6A 2OHPA 5P4DA 1K6CA 1E5OE 1SBGA 4YCKA 3O9FA 5P5LA 3NDTA 5P4VA 5P6EA 4Y5MA 3CKRA 4B0QA 5P4GA 4DV9A 3HVGA 4TRWA 4Y4ZA 1OEWA 5P0YA 4D88A 3WB5A 5P2TA 3OUDB 4NJUA 1B5FA 1A8GA 2Q55A 5DGUA 5P7WA 4A6CA 3GGUA 5P1PA 3OXXA 3LIQA 1W6HA 5P53A 4FRIA 4HDBA 4F73A 5P5TA 5KQXA 4B70A 3RSXA 3BVAA 2O4LA 2H6SA 4Y54A 2VIJA 4A6BA 3NU3A 5KR1A 3G70A 1SMEA 1ZJ7A 4DI2A 4DUSA 4GZFA 5KOQA 5P7OA 5P68A 1BWBA 5OZJA 5P4QA 3DJKA 1LZQA 5KR2A 4FM7A 2RKFA 4TRZA 3K5DA 5P4HA 2CEMA 2AVVA 4Y6MA 1C6ZA 1G6LA 2J9KA 1ZBGA 4ACUA 5P2RA 1MSMA 4Y58A 1HVCA 2G1OA 1EBKC 5P6LA 1AXAA 3EM3A 4Y56A 3TLHA 5JG1A 2ZJJA 1FG6C 3O9BA 3OTSA 5P2QA 2IRZA 5P59A 1A30A 2RKGA 2ANLA 3ZL7A 3OU3A 4ZIPA 5OYVA 5OZKA 5P5DA 3HW1A 2O4SA 3S7LA 3LPIA 5P2SA 5P18A 5P7FA 1K6TA 2QHYA 5P27A 3VG1A 2ER9E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DFG A;  3L5B A;  3DUY A;  4Y35 A;  4RLD A;  4GJ5 A;  5P03 A;  3OU4 A;  5P8E A;  3Q70 A;  3ZKG A;  5OYU A;  3NDX A;  1MER A;  3FKT A;  4AA9 A;  4HE9 A;  1YM4 A;  5P4S A;  3INH A;  3Q4B A;  1KJ7 A;  3N3I A;  4R5N A;  4LXM A;  4DJQ A;  4CPT A;  3EKT A;  2PK6 A;  4FLG A;  5P5B A;  4APR E;  1SMR A;  4QJ7 A;  1XN3 A;  3VCM A;  1HVH A;  5P2W A;  1HEF E;  5AH9 A;  5OZH A;  5COK A;  1FMB A;  3VLB A;  2APR A;  4Y3X A;  1HXW A;  4AUC A;  5HVP A;  4Y3P A;  2CEN A;  4NPU A;  4CPQ A;  5P5V A;  3UFL A;  4EPJ A;  2P3C A;  1KZK A;  2P83 A;  3L5F A;  5P0H A;  3BUF A;  2FIV A;  3ZKI A;  4Y38 A;  3L5D A;  5P0J A;  5P09 A;  4MC2 A;  5P3N A;  1MT9 A;  4LL3 A;  3D91 A;  4F76 A;  2IQG A;  5P1H A;  3EL1 A;  2QI3 A;  4QJA A;  1SP5 A;  2P4J A;  5P6I A;  1CMS A;  2J9J B;  1BV7 A;  3NR6 A;  1ZPA A;  3EL4 A;  5OZU A;  4J1I A;  1HPO A;  4HA5 A;  5P62 A;  5P06 A;  3OXW A;  3OOT A;  5E5K A;  3UDH A;  4Y5A A;  3CYW A;  2PQZ A;  5P5H A;  3OUB A;  1LF4 A;  5P5J A;  2OF0 A;  5P2O A;  5P6K A;  1FQ6 A;  3SA8 A;  3MXD A;  4YD4 A;  4GID A;  5P3Z A;  4LAP A;  2Z4O A;  1FQ8 A;  5AH6 A;  5P5Z A;  5OYZ A;  5P2A A;  1FQX A;  4J0T A;  1EC1 A;  5P75 A;  5P38 A;  2G22 A;  5P81 A;  2WED A;  2PMA A;  2VIZ A;  3PWR A;  2ZJM A;  5P24 A;  1MIQ A;  3BXS A;  3DV5 A;  5ENK A;  1YTH A;  4XKX A;  5P1Z A;  4DJU A;  2CEJ A;  2VJ6 A;  4OD9 B;  1M43 A;  1EC2 A;  2A1E A;  5P71 A;  5P52 A;  2PWR A;  3SA9 A;  5P7A A;  3S43 A;  4CKU A;  7UPJ A;  9HVP A;  5P6R A;  3ZKM A;  4Y3N A;  4DJW A;  5DQC A;  3KDC A;  1E82 E;  2B42 A;  4MC6 A;  5P02 A;  5OZR A;  5P83 A;  2HS2 A;  3LZV A;  3DCK A;  3K5C A;  4Y3L A;  4YCY A;  5C9B A;  3LIY A;  3APP A;  3SA5 A;  1EPN E;  5P0L A;  5P0N A;  4I0I A;  1FFF C;  2OHM A;  1B6M A;  5P1L A;  5P2B A;  1NPW A;  2ZJH A;  4TVG A;  3ZKS A;  4EWO A;  3UDK A;  4Y3Y A;  4CPX A;  1MRX A;  2QI1 A;  3VSX A;  3APR E;  2G94 A;  2P3B B;  1W6I A;  1W5V A;  5HDX A;  5P12 A;  1GVU A;  3LNK A;  5P8L A;  3SLZ A;  4R95 A;  2H6T A;  5OZ0 A;  5KQF A;  3D1Z A;  1TCX A;  2WEZ A;  4F75 A;  1SDT A;  3N4L A;  3K1W A;  1EPP E;  3DCR A;  4J55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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