4Y3EA

Endothiapepsin in complex with fragment 5
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA01
4HDFA 5OYTA 5P18A 5P4KA 5P74A 4MC9A 5P0XA 5P2KA 5OZ8A 3MWSA 5KR8A 3OTSA 3VUCA 1FMXA 2ZHTA 2ER7E 5P5JA 5OZ2A 5OYVA 1HVJA 1FQ8A 3UDNA 5P0SA 5CONA 1PPKE 3EKYA 2VIZA 4GJ9A 4Y4EA 1FFIC 1HEGE 5P44A 1DPJA 5P2BA 5P5SA 5P58A 3KFPA 3OXVA 5COKA 1SBGA 1SIPA 4Y5AA 3GGXA 5P7PA 4I11A 5P2OA 3HDKA 1MRWA 3DOXA 1ZLFA 2AQUA 2G1SA 3SACA 2IL2A 2P3AA 3K5DA 4ZSQA 1NPWA 1B6JA 1RV7A 4YDGA 4H3JA 2QMGA 1IZIA 4OBDA 5P4NA 2Q64A 1AM5A 1HOSA 2PYNA 3QBFA 5ER2E 5P5XA 5P6CA 3APPA 5P6OA 4DJOA 4R93A 4KE0A 3LHGA 5P3IA 2I4VA 3QRVA 2HIZA 4JECA 5P29A 5P63A 5SY2A 4Y36A 5DR7A 5P7XA 2XYEA 3UDJA 3KT5A 3KN0A 5OYYA 3ZLQA 2QZXA 1K6PA 1XDHA 5P7JA 2WF0A 3UQUA 1FF0C 5P6HA 1HVKA 1MSMA 4R91A 3SM1A 5P3MA 1TW7A 1G2KA 5P75A 2QZLA 1RL8A 5OZXA 4Z2ZA 4Y3XA 6FIVA 3R0WA 5P3JA 2RENA 3IA9A 4ZLSA 3PBZA 3OXXA 3T7QA 3EXOA 3TPJA 4TVGA 2OHUA 1ZPKA 5P52A 5P2GA 1CMSA 3PCWA 5P1ZA 5P3PA 4GJ8A 2CEJA 5P6IA 3BUFA 5P27A 5P88A 5P59A 3QVCA 5P0HA 3WSJA 1HVHA 3QN8A 3ZPUA 3ZPTA 2IKOA 3O9BA 4YBIA 1B5FB 4B78A 2OF0A 1RPIA 2PK5A 1MIQA 1TZSA 2QI7A 1B11A 3BGCA 5COOA 4NPTA 3WZ6A 1ZAPA 4DJWA 4Y6MA 3HLOA 4MC1A 2O4PA 2F3KA 5P6UA 5P4OA 3VYFA 3ZL7A 1ZP8A 2QI4A 3FNTA 5P22A 3RTHA 5I3YA 4Y3GA 5P8BA 5OZ1A 2G1RA 5OZQA 4YD3A 5OZPA 5P3LA 3SFCA 1N49A 4A6CA 5P54A 5P4MA 2V0ZC 5HDZA 1ODXA 2BJUA 3EL9A 3BUGA 5OZ0A 3PWWA 2IS0A 2B42A 3T6IA 4Y3ZA 4YOBA 3SPKA 1WBKA 5P26A 3RSVA 3QROA 3T7XA 5OZBA 1J71A 2ZJIA 1PSAA 4EJLA 3RTNA 1LZQA 3SAAA 1EPLE 4I12A 5OZCA 3KFRA 2AOFA 3LZYA 5P71A 3EM6A 4Y3QA 5OZ7A 3NDXA 4I10A 1NH0A 4CMSA 4EP3A 2NR6A 3URLA 3EKTA 5P5VA 4YD6A 2AOIA 2R3WA 5P0DA 1F7AA 5P1XA 4RRSA 3OU1B 5P6BA 5P8RA 3URJA 5P3OA 5P1KA 2ZJLA 3D1XA 3O9IA 5OZVA 5P4XA 4OBZB 2WL0A 4A6BA 5P8EA 3TOGA 1XN3A 2OAHA 5P86A 4JPCA 5P8VA 4B00A 4Y3LA 1HTGA 4PHVA 1EAGA 4N00A 5P67A 2NXDA 4Y3NA 5HDXA 5P3EA 5OZOA 2PQZA 1APWE 3Q5HA 4FRIA 3RTMA 2MIPA 3K4VC 5P39A 4Y5KA 3EKXA 3CKRA 3KMXA 4U7QA 2SAMA 4OBJA 4Y3SA 5P6GA 4YDFA 5TOLA 5P24A 5P7TA 3NLSA 1HWRA 3I2LA 5P2ZA 2OHSA 3T11A 4M8XA 2F8GA 3UFNA 1HTEA 1HVRA 3ER5E 3O9LA 2PSUA 3VSWA 5P5KA 3HZCA 3UQWA 4CPRA 3PGIA 4R5NA 1BDRA 1T6EX 2I0DA 3PSYA 4Y50A 5P4TA 4Y5EA 4I0EA 3PLDA 5JFPA 2G26A 4GMIA 1FEJC 4YCYA 3D1ZA 3FX5A 3QRSA 4AMTA 5P8FA 5OZZA 2ZE1A 3UQPA 1BVGA 2ZJHA 2HS1A 1A8GA 4YD5A 3FSMA 2WEBA 3AIDA 1T3RA 5P3KA 4RCEA 3OU3A 5P10A 4QJAA 3UDPA 3BGBA 5OYRA 5SY3A 1HRNA 4KUPA 2AIDA 4Y39A 2BPWA 2AVSA 4X7IA 4EJ8A 1MSNA 1SMEA 1K2CA 2PH8A 4B1DA 1MT8A 5P06A 2AOHA 3MSKA 4LBTA 2AOCA 1D4YA 4F74A 2P4JA 3NWQA 2XFKA 5C9DA 3CYXA 3OHFA 4QJ2A 1GVUA 3Q6YA 2VIYA 2WF2A 3IN4A 4FIVA 4ACXA 4EXHA 5P7IA 3ZKMA 3CYWA 3D20A 5OYUA 3KT2A 3ZOVA 4Y5BA 2O4KA 4YD4A 1GKTA 5P4ZA 5P5GA 1GVVA 2QNPA 5P6MA 4DQFA 4PYVA 3EKWA 5P47A 5P7EA 3OAGB 5HU1A 1VIJA 1FKNA 2G1OA 1HVLA 2QCIA 1W5XA 2FNTA 4Y3DA 4Y4UA 5P07A 2R3TA 1QDMA 3GGVA 2PH6A 5UPJA 4Y3PA 3VF7A 3S54A 1W5WA 2WJOA 4Q5MA 3PRSA 1AIDA 2IQGA 2ZYEA 3VF5A 5P7FA 1BV7A 3R4BA 4GJDA 4E43A 4RVJA 5I70A 1B6KA 4TRWA 2P3DA 2G21A 5OZ6A 1RNEA 5P00A 2R43A 2G24A 2FIVA 5OZKA 4F76A 4EQJA 2XFJA 5P7DA 5AH7A 2HAHA 1B6MA 4GJAA 2HM1A 2HB4A 4DVFA 3S45A 5JFUA 5P0ZA 1LYWA 3EM4A 2VS2A 5DQ4A 4I0JA 4H1EA 5P5MA 4TVHA 4Y53A 5P31A 5P32A 3UDHA 3PI5A 1FLHA 1EBKC 1B5FA 2NPHA 3L3AA 5P2DA 4CPUA 4PZXA 1HSGA 5P5TA 6UPJA 2AVMA 4Y3YA 3I8WA 3OQAA 1A94A 4YBFA 1SGZA 5P28A 2F81A 1A30A 4OC6A 5P7WA 1ER8E 4EP2A 3NU3A 1M0BA 2G1YA 2BBBA 5P4YA 4R92A 5P6YA 4D85A 3LIVA 4Y3HA 5HU0A 4DJQA 5KOQA 1SMRA 1ENTE 1W6IA 2FDEA 5EZXA 4RROA 5P7GA 1DW6C 5P16A 5PEPA 8HVPA 5P1SA 4ER4E 5P17A 3ER3E 1HPVA 1LF3A 4Y51A 5OZJA 2AZ9A 1BIMA 3HW1A 1D4JA 5P46A 4XXSA 2J9JB 1QBSA 4NJSA 1IZHA 2R8NA 2WKZA 4FCOA 4DJXA 5P6WA 3UQRA 4EJDA 1MVPA 3R1GB 3FNSA 4LAPA 5P08A 3UFLA 5P3CA 1XN2A 5P7RA 2V11C 3L59A 5P50A 4FGXA 4Y57A 5P2UA 4I0IA 5P0OA 5P1GA 3GGAA 5P8NA 5P7VA 4DH6A 5P42A 5P0RA 4B77A 4J1KA 3OU1A 5OZ4A 4J1CA 5P78A 4CP7A 2IKUA 5P3VA 2UPJA 3EMYA 3OXCA 5OZHA 3PCZA 5P7CA 5B18A 4GJCA 4OBZA 5P5HA 5P4IA 3SQFA 4DJRA 1GNNA 2FDDA 2Z4OA 4YCKA 5OYSA 5P40A 2NMYA 3TOFA 4EWOA 1Z1RA 3NU6A 4J0ZA 4APEA 3QS1A 3NXEA 4I0DA 5ENKA 5P7BA 2OHKA 4Z22A 6APRE 2FLEA 4ZPGA 3KDDA 5P8OA 1EBWA 1G35A 4Y4GA 5P3SA 4CPXA 2ER9E 2A4FA 3SA3A 5HVPA 5P1MA 3TL9A 2BPYA 4HDBA 5P8JA 4DJYA 4HLAA 2ANLA 1BILA 5P7ZA 4RVXA 5P64A 5P7KA 2I4XA 4RYGA 3PMYA 5P56A 1FIVA 1PSNA 5P5LA 4Y4JA 2IGYA 5KR0A 4K4RA 5OZWA 5AGZA 3KF0A 5JODA 4Y5LA 5P89A 4Y3WA 1UH8A 4FM7A 2ZJJA 2QD7A 4RYCA 5P4FA 4B70A 3DJKA 3GI5A 3OUDB 5P2CA 2BPZA 4MC6A 5P8AA 2QMFA 5P5NA 4FRSA 2QD6A 2WF4A 3VFAA 2VA5A 5HTZA 3CICA 4TRYA 5DGUA 3O99A 5P5EA 1DMPA 5F00A 1XS7D 3VLBA 2QHZA 3OUBA 2RSPA 3LNKA 2OHMA 3FV3A 5P20A 1EEDP 5P8GA 4QJ8A 4I0HA 4JP9A 3QRMA 5COPA 3D1YA 3O9HA 2PWRA 4WY6A 2BPXA 4DQCA 4B1CA 1ZSRA 3NDTA 4U8WA 3K5GA 1LYBB 5P73A 2Q63A 3UQXA 4LXAA 4FLGA 3OOZA 3INHA 5P2WA 1LYAB 3APRE 4FRJA 5P2YA 3UDMA 3O9AA 5JG1A 3K4VA 5P1YA 5HE5A 3OQ7A 5ISJA 4AA8A 3MSLA 5P8HA 5P8CA 5P7SA 3NDUA 3WB5A 3M9FA 3HD8A 3OAGA 3OWNA 3NU9A 4EPJA 5P30A 4OBKA 3D3TA 3KDBA 2G20A 3NWXA 1MT7A 4CKUA 2I4DA 4FE6A 2V12C 5OZEA 4GZFA 1ME6A 3RVIA 5P0MA 5P1WA 4B05A 3CKTA 5P11A 5P0FA 4OBGA 4Q1XA 3EKQA 2JXRA 2QNNA 4Y56A 4AUCA 3QAAA 4R8YA 4DUSA 5P33A 9HVPA 5P0GA 5P0VA 3N4LA 1JLDA 3I25A 3OQKA 2QI5A 5P4HA 5P4JA 1QBTA 2O4NA 2HPFA 3LIQA 2ZJNA 3L5BA 3LZUA 3G6ZA 4WY1A 3NU5A 5P4GA 3QBHA 4Y3EA 1D4IA 3ZKIA 5OZYA 4EJKA 3H5BA 3ZKSA 5P1PA 1WBMA 3VYDA 5P41A 1FQXA 5I3VA 3BUHA 1IVQA 5P2XA 3K1WA 5P4WA 3QP0A 4YE3A 4LHHA 3VSXA 4FRKA 3OU4A 4LP9A 4J1HA 3SM2A 1XL2A 1UPJA 3T7PA 1T7IA 1ODWA 5P36A 1EBYA 5P13A 5OZDA 1YM4A 2OHRA 2IEOA 2P83A 1C6YA 2QP8A 1F34A 3A2OA 4L7JA 3EM3A 5P8QA 3EC0A 5P35A 3OQFA 5P84A 1W5YA 1BWBA 3PWRA 5P0TA 1BDLA 2AODA 1APTE 5OZLA 2I4WA 1MERA 2PK6A 2P3BB 4I8ZA 1FG6C 4ZPEA 1BDQA 3CIBA 1HSIA 4HE9A 1YG9A 4DJUA 2B7FA 5E5JA 5P57A 5ENMA 5IS4A 2P3CA 4IVSA 2NTRA 5AHCA 5P5QA 2V10C 5P23A 3UDYA 5OZMA 3L5CA 2AVOA 4I8WA 4L1AB 5P3WA 5P4CA 2AVQA 3LINA 3OQDA 5P5AA 4EQ0A 2WF3A 3PSGA 3BVAA 3FIVA 2QK5A 5I3XA 4COEA 4Y4ZA 3OUCA 3INFA 1EPOE 1BBSA 3SA8A 5P4PA 5HE4A 5P1HA 3PBDA 1NPVA 3I6OA 1DIFA 3NXNA 5P7OA 5IVQA 1IVPA 4I0ZA 2H6SA 2NXMA 3DCKA 3Q4BA 2ZJKA 4K8SA 5OZAA 5P01A 1BXQA 1KJ4A 1D4KA 1XE6A 4DQGA 3S2OA 2R5PA 3PHVA 3Q3TA 1MUIA 4FAEA 3VG1A 3U71A 1EPRE 5P81A 2OHLA 5P5CA 3VV8A 4RRNA 4Y4XA 5APRE 1SDUA 1HIVA 1PPME 1SGUA 5P1EA 3O9EA 5P8TA 5P85A 5P5OA 4DV9A 1IDBA 3QI1A 1FQ6A 5P2RA 1RQ9A 1BAIA 1HTFA 4Q1NA 1SDTA 3OADB 4I1CA 4J5JA 4Y45A 3NUOA 5OYQA 4ZSMA 1YT9A 2Q54A 5P1CA 1HXBA 1MTRA 2ER6E 4Y37A 1EC2A 5P6XA 4RCDA 5P0NA 2AZ8A 3OUDA 4RVIA 3O9DA 3INDA 2O40A 5P6JA 3T3CA 1HSHA 3TKWA 3UDRA 2Q5KA 2IENA 4DPIA 4Y5MA 1YTIA 5EZZA 3VLAA 1YTJA 1UH7A 3BVBA 1YTGA 1D4HA 3IN3A 4GJ5A 4ER1E 3S7LA 5OZUA 1WKRA 5P6EA 2G27A 3CKPA 5P3QA 3VV6A 1CZIE 1E5OE 3SABA 1B6LA 2PWCA 4Y3MA 5HCOA 5P0JA 5P8LA 1ZPAA 2ZHSA 2I0AA 4K4PA 3KFNA 2FGUA 5P09A 4F75A 4UPJA 4Y54A 5AHAA 4HEGA 3KDCA 3K5CA 4DJVA 1META 4Y35A 1MT9A 4FM6A 5P3NA 1EPPE 5KQZA 4GJ6A 1K6TA 2VNNA 5P1NA 5P2TA 5P14A 3UDKA 2QI1A 3EL5A 5OZFA 3SKFA 4H3GA 3OUAA 3LZVA 1T7JA 3PM4A 3SO9A 1EC0A 5P1OA 5DR8A 5P37A 5P0BA 3F9QA 3JVYA 1TQFA 3SA9A 1IZEA 3FKTA 1IDAA 4Y4DA 4Y58A 4JOOA 3HAWA 5P7NA 4Y44A 3OTYA 1K6VA 4DQHA 1AJXA 5P5WA 1LV1A 5P4SA 1K6CA 1MESA 5P4RA 5OZIA 1HBVA 5AH9A 5P19A 5P5ZA 1KJHA 4Y3TA 1FGCC 4Q1YA 1QRPE 3PVKA 5KR2A 3S7MA 4Y4BA 3U7SA 1YTHA 3NDWA 3IVIA 5P43A 5P49A 1HPXA 4HVPA 2OHNA 3SA7A 5P1JA 4GJ7A 5P1AA 1EPNE 5I3WA 4FSEA 3MXDA 4GYEA 4YHQA 1Q9PA 1LS5A 2V00A 1HHPA 2WHHA 1FQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HDF A;  5OYT A;  5P18 A;  5P4K A;  5P74 A;  4MC9 A;  5P0X A;  5P2K A;  5OZ8 A;  3MWS A;  5KR8 A;  3OTS A;  3VUC A;  1FMX A;  2ZHT A;  2ER7 E;  5P5J A;  5OZ2 A;  5OYV A;  1HVJ A;  1FQ8 A;  3UDN A;  5P0S A;  5CON A;  1PPK E;  3EKY A;  2VIZ A;  4GJ9 A;  4Y4E A;  1FFI C;  1HEG E;  5P44 A;  1DPJ A;  5P2B A;  5P5S A;  5P58 A;  3KFP A;  3OXV A;  5COK A;  1SBG A;  1SIP A;  4Y5A A;  3GGX A;  5P7P A;  4I11 A;  5P2O A;  3HDK A;  1MRW A;  3DOX A;  1ZLF A;  2AQU A;  2G1S A;  3SAC A;  2IL2 A;  2P3A A;  3K5D A;  4ZSQ A;  1NPW A;  1B6J A;  1RV7 A;  4YDG A;  4H3J A;  2QMG A;  1IZI A;  4OBD A;  5P4N A;  2Q64 A;  1AM5 A;  1HOS A;  2PYN A;  3QBF A;  5ER2 E;  5P5X A;  5P6C A;  3APP A;  5P6O A;  4DJO A;  4R93 A;  4KE0 A;  3LHG A;  5P3I A;  2I4V A;  3QRV A;  2HIZ A;  4JEC A;  5P29 A;  5P63 A;  5SY2 A;  4Y36 A;  5DR7 A;  5P7X A;  2XYE A;  3UDJ A;  3KT5 A;  3KN0 A;  5OYY A;  3ZLQ A;  2QZX A;  1K6P A;  1XDH A;  5P7J A;  2WF0 A;  3UQU A;  1FF0 C;  5P6H A;  1HVK A;  1MSM A;  4R91 A;  3SM1 A;  5P3M A;  1TW7 A;  1G2K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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