4Y3MA

Endothiapepsin in complex with fragment 103
Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (149-151)EMPTYS1 (3-9)TIV4 (95-98)TI1 (11-14)TIV1 (14-17)TIV5 (162-165)AH4 (307-311)S2 (17-23)S7 (84-96)TIV2 (24-27)S3 (28-35)TI10 (219-222)S15 (210-218)TI2 (35-38)S9 (124-127)S4 (41-43)TI5 (79-82)TI3 (45-48)3H1 (50-52)TIV3 (53-56)S8 (99-112)AH1 (114-118)TI6 (119-122)3H2 (61-63)TI4 (64-67)S5 (68-69)TII1 (70-73)S10 (136-137)S6 (74-78)AH2 (144-148)TI9 (190-193)3H3 (131-133)TVIII2 (137-140)TVIb1 (136-139)TVIII3 (152-155)S11 (156-160)TIV6 (170-173)S13 (184-189)S14 (196-204)TIV7 (265-268)TII'1 (204-207)O1 (255-290)S24 (303-305)S16 (225-227)TVIII4 (292-295)TII5 (297-300)AH3 (229-237)TII3 (239-242)S23 (294-296)S17 (243-245)TI12 (246-249)S18 (250-254)TI13 (254-257)TII4 (284-287)S20 (269-273)3H5 (275-278)S21 (279-282)TIV8 (282-285)S22 (289-292)S25 (314-318)TVIII5 (320-323)S12 (167-171)TI7 (175-178)S26 (324-328)TI11 (245-248)S19 (262-266)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3mA01
4FIVA 4ZIPA 1YX9A 5P5EA 1EEDP 5P70A 5HTZA 2AZ9A 5P60A 5P3XA 3PRSA 1YTIA 4Y41A 3K4VA 5P6IA 4DV9A 1IZHA 3OGQA 4Y3LA 4D88A 2IKUA 5P1JA 2JJIA 3ZKXA 4EPJA 4HDPA 5P0FA 2Z54A 5P4DA 2QI3A 1M4HA 3WZ6A 4YBIA 5P23A 5P51A 4EQJA 1ZBGA 3ZLQA 5P8DA 5PEPA 5P6AA 1EC0A 3T7PA 1HTFA 2VKMA 2I4DA 1YM2A 1ODXA 5P33A 2FXEA 3NDTA 3NU4A 5P7YA 5P2QA 3URJA 3B7VA 5HCTA 5P7WA 3URIA 1DPJA 4QJAA 3HVPA 3CIBA 4H3GA 2RSPA 2VIZA 3OAGA 2ZJKA 3I2LA 4NJUA 4PPHA 5P76A 3VSXA 3Q70A 5P8PA 3S54A 9HVPA 3I7EA 5P7QA 5P6FA 2APRA 3ER5E 3FNSA 1A9MA 4Y38A 2O40A 4Y4DA 3ECGA 1IBQA 5P5MA 2WHHA 4Y37A 3MXDA 4ZPGA 2P3BA 2QD6A 3LZSA 3UDMA 2WEAA 4Y4BA 4RCDA 2F81A 5P26A 2HB2A 2G22A 5AHAA 2ZHUA 2CEMA 2RKGA 4CPRA 5P1OA 2OHNA 4D89A 3PM4A 4K9HA 4Y6MA 5P4SA 5P4PA 1XL2A 5P2HA 1B6MA 3SA7A 3INFA 2VIEA 5P1BA 1FQ8A 3UDHA 1G6LA 2XYEA 4Y4AA 4J5JA 1VIKA 1EPOE 3M9FA 1K6PA 4Y5BA 4TRZA 4L7HA 4Y45A 2I4WA 2WL0A 4RLDA 5P6XA 4APEA 3VF3A 2RKFA 5P4LA 2NR6A 1A8KA 1D4HA 3MSLA 4OC6A 4YD5A 2G1OA 4I0IA 1LYBB 1U8GA 4EP3A 3KDBA 4L1AB 2PMAA 3PBDA 5P58A 3R1GB 1BXQA 2QI0A 5OZVA 3S43A 3VV7A 2NXMA 4DQHA 4Y44A 4FAEA 5P0ZA 4RCFA 3NR6A 4Y51A 2VNNA 4TVHA 1K2CA 5P7VA 1W50A 1GVTA 3UDYA 4K4QA 5P1IA 3CYXA 3DCKA 3OHHA 4FRIA 1C6YA 4Q1XA 1ZAPA 3PSUA 5P67A 1GVUA 1HTEA 3OUAA 3WSJA 4X2LA 5P20A 5P1NA 4NPTA 5P8IA 2G20A 5P38A 2NXLA 4FSLA 4X7IA 3O9AA 4Y58A 2F80A 3PVKA 2VA7A 1FMXA 5P1SA 5OZGA 3L59A 2PQZA 1HVCA 5P2TA 2R3TA 4J17A 3PHVA 1BXOA 5E5KA 5P5HA 2NPHA 2O4PA 5P3UA 3EL5A 2QU2A 5HE7A 2J9JA 3IXJA 5OYTA 5P8BA 2QMDA 1HOSA 1AJXA 5FIVA 1CPIA 3KFPA 4J0TA 5P8OA 4YHQA 5KR0A 1VIJA 2R38A 4ZSRA 1ER8E 3FKTA 3JVWA 4L7GA 3OXVA 5P7RA 5P3FA 2WECA 5HDZA 5P0QA 5P7FA 3HD8A 5P7IA 2PC0A 4TRYA 3OAGB 5P4QA 4Y50A 7UPJA 2AVMA 2OF0A 2QZLA 2FXDA 3TKGA 4B1DA 1KJHA 4Y3YA 1TCWA 1TSUA 2WF0A 5KR8A 1FB7A 2F3KA 5P3HA 4NJVA 2ZJLA 2P3BB 5HDUA 3NU5A 3OQDA 1LZQA 5OYSA 3PI5A 1T6GA 1FG8C 1F34A 2WEBA 4R8YA 5P61A 4ZLSA 5HCOA 5P2XA 4YD7A 5E5JA 2FLEA 4NKKA 2Q55A 5P5ZA 1Z8CA 1MPPA 1Z1RA 4Y3JA 2ZHSA 5P3MA 3PJ6A 5P2IA 4J55A 5OZZA 5ER1E 5SY3A 3LIVA 4J0YA 3K5CA 1W5XA 4LXKA 4RVXA 5P5QA 5HDVA 1KJGA 2F3EA 3RTMA 3EKYA 5P5YA 4YD3A 4YBFA 5P4TA 5P7SA 3KA2A 3KMYA 4OC6B 5ISKA 2AVOA 1ZSFA 1HVHA 3S43B 5P1YA 1NPAA 5P18A 5P32A 1ODYA 3HLOA 4JPEA 1TSQA 5P5RA 2O4LA 5OZMA 5TOLA 5BRYA 4DJVA 5P86A 1EBWA 2J9KA 3KFRA 5OZEA 5P8QA 1SMRA 5P3DA 5OZOA 3H5BA 3OXXA 4PZWA 3D1XA 4WTUA 3UQRA 4FS4A 4QJ2A 1EPRE 1HIIA 1FFFC 3LITA 1IDBA 5P48A 3U7SA 1E5OE 5P7HA 4AA8A 1C70A 2AVSA 4YE3A 4K8SA 3VYEA 3Q5HA 3L5FA 4DQGA 3AIDA 5P3GA 5P5UA 1C6XA 2OHUA 5P3YA 5P31A 1FMUA 5SXNA 3LIQA 4I0HA 5OZBA 3UDQA 3A2OA 3H0BA 5P0DA 2BQVA 1FF0C 5EZZA 5P25A 4LC7A 2QHZA 1YTGA 1OD1A 5P0NA 2J9JB 2QI1A 2WF2A 3SM1A 2V12C 1B6JA 3UQWA 5OZ7A 3G70A 3EC0A 5P17A 5P4RA 1K6VA 1ZPKA 3ZKQA 5P6VA 1CMSA 3LHGA 1IVQA 3KYRA 2ZJNA 3UDKA 5P79A 4ZSQA 5P1GA 5P6KA 5P0SA 4LXMA 1SDVA 2V10C 5DQ5A 3GI5A 4APRE 3NDWA 5P0IA 3ZKGA 2PYMA 2OHTA 6APRE 5P5JA 1DAZC 5P8GA 5IS4A 2I1AA 4GJ6A 3T6IA 3TPLA 5HVPA 4Y47A 3K5DA 2R43A 3RSXA 3IA9A 5P6BA 1HTRB 3APRE 5OZYA 5P84A 5UPJA 4HVPA 3OQ7A 5P8VA 3IVHA 3KFSA 5OZLA 3ZKIA 5OZHA 5P2DA 4B00A 4Y3WA 5P57A 4PHVA 5BWYA 3BUFA 4CPXA 5P5AA 2ZE1A 1A8GA 5P66A 5P5OA 2BPXA 1PSOE 2PH6A 4BFBA 1BVEA 1GNOA 1ZSRA 2HPFA 2JXRA 2I0DA 3G6ZA 4YA8A 2AOHA 1KJ4A 5P4FA 1XN2A 3UPJA 1HSHA 2O4NA 1QRPE 5P7KA 1RNEA 1SH9A 1IZDA 5KOQA 5P4JA 1NH0A 4HEGA 3NXNA 2OHPA 3EKQA 3OOTA 5COOA 5HD0A 4B70A 1GKTA 1IDAA 5P4NA 5P5CA 3OADA 2OHQA 2R3WA 1RQ9A 2ZHTA 3BVAA 5HU1A 2ZYEA 5P1UA 5OZXA 4LL3A 5J25A 3L5CA 3EM6A 1TCXA 5DQCA 2IQGA 2B8LA 3I8WA 3K4VC 5P68A 1W51A 3VV6A 5P2KA 5HE4A 3I6OA 1B6KA 5P6JA 1DIFA 1LS5A 5DR1A 2IL2A 1QS8A 4GJ7A 1MSMA 4R92A 5P71A 1J71A 3PCWA 3WZ8A 3EKWA 1T7JA 4DI2A 1HIVA 2UPJA 1YT9A 5P19A 4J0PA 5DPZA 5OZQA 4I8WA 1G35A 4I0FA 4FM8A 3RTHA 1OHRA 1MRXA 3TPRA 3NXEA 2H6TA 5T4SA 5P5TA 4J54A 2IRZA 4Y48A 1QBRA 5P1WA 3TLHA 3CYWA 3GGXA 6UPJA 3BGCA 4COEA 4S1GA 5P1KA 4QJ6A 5P6UA 4EJ8A 2ZDZA 2NTRA 2QMFA 3K5GA 5P2FA 5DR0A 5OZTA 5P7ZA 2QK5A 1HHPA 5KQZA 3OWNA 5P7EA 3BVBA 4MC2A 2NNKA 1TZSA 1K2BA 4FGXA 2WEDA 4YD4A 4R93A 4Y3RA 5KOSA 2ASIA 5AGZA 5DQ4A 5P03A 4RGHA 5P7PA 1RV7A 4ER4E 2WF1A 5P12A 2AVVA 4LBTA 4I11A 5P6NA 4J1IA 1RPIA 2XFIA 4Q1WA 5OYQA 5P52A 5P3CA 2FIVA 5P2ZA 4I0DA 5P46A 3ZPUA 1BILA 1G0VA 1SP5A 3QROA 4Y36A 5OZJA 1EPME 5P77A 5F01A 1T3RA 5OZ2A 4EP2A 2QNPA 3VFAA 2QHYA 1T7KA 5P2LA 1QDMA 4GJ5A 3U6AA 3BUHA 5P8NA 2MIPA 4OBKA 5P2NA 2IDWA 5P50A 5P05A 5P69A 2QI6A 3VLAA 3SA8A 5P62A 3D91A 3LNKA 2FGVA 2R9BA 4J0VA 1OEXA 5P7NA 4GJDA 3QIHA 5P3PA 4OBZA 1ZJ7A 5P5KA 5P3KA 5P6HA 5P3EA 2G1YA 4AA9A 5P7LA 3IN3A 4QJ7A 1AXAA 3L58A 5P45A 3URLA 2H6SA 3OADB 1XDHA 1LF2A 3LIYA 4FM6A 3VUCA 3TTPA 3GGUA 3N4LA 1Z1HA 1APUE 3R2FA 3TH9A 4Z22A 5F00A 1K6TA 3ZMGA 1MTBA 2PK5A 4U7VA 4DQFA 2ER0E 4QGIA 4ZSMA 3INDA 1PROA 5P3JA 3TOHA 3MSKA 3HDKA 3PMYA 4AUCA 1EBYA 1HIHA 2VA6A 3O9LA 5P6DA 5CONA 3ZKMA 4B77A 5P75A 3TPJA 2QCIA 3SO9A 3NYGA 2VS2A 2BPWA 4DUSA 4Y3DA 5P8LA 4XKXA 5P7DA 4H3IA 1ODWA 3T11A 5IVTA 5P0AA 2PSUA 3LZVA 4DJUA 3GGAA 2I4VA 1APVE 2QNQA 5OZ8A 1HVIA 1D4KA 5P59A 2BBBA 2Z4OA 3LPJA 5P11A 5C9DA 5P07A 4GJAA 2FNTA 3KT5A 1EPNE 4H3JA 5P6TA 1PPME 4OBJA 3EM3A 5P4VA 3VV8A 5P13A 4GIDA 5P2JA 4CP7A 1META 3R4BA 2V11C 3SKGA 5P3VA 3L5BA 2VIYA 3NDXA 3ZKSA 2ZJHA 2JJJA 3EKXA 4Y5MA 4Y4ZA 1PSNA 3S8IA 1HBVA 3S2OA 2VJ6A 3O9CA 3PCZA 4DJWA 5AHBA 3GI4A 3UF3A 4EJKA 1OEWA 1MTRA 1G2KA 3UDJA 1SIVA 3DK1A 4Y3AA 4UPJA 5P10A 1IZIA 1HWRA 3EL9A 3UQXA 5P1EA 5P5DA 2RMPA 5IVSA 4J1KA 4Y4GA 2HC0A 5P3IA 4ZPEA 4FSEA 4OBZB 5AHCA 5P43A 5P3RA 3S45A 1B5FA 3L5EA 1BDRA 3OU4A 3PLDA 2Q11A 2AODA 4RRNA 3ZL7A 4BEKA 5P35A 3KM4A 3IVIA 1A94A 5BS4A 3LIXA 4YOBA 5P0GA 1WBKA 1JLDA 2BKSA 2JYSA 3QI1A 4RCEA 5P15A 5P1PA 3VFBA 5OZUA 2OAHA 4CKUA 5P81A 5P4OA 5P6CA 3SPKA 5P63A 3PBZA 5P14A 1AM5A 3Q6YA 3PLLA 1HVSA 3FV3A 1EC3A 4I12A 1NPVA 3QRSA 3HAWA 4HDFA 2OHSA 4FRKA 5I3VA 3TKWA 5P1CA 4PZXA 2BPVA 3VF5A 2O4KA 2NMYA 3DV1A 4Y3HA 5P74A 3BUGA 5P2OA 4GYEA 5OZNA 5ER2E 4CPUA 3UCBA 4DJPA 5P08A 3WB5A 1GVXA 2ZHVA 4DQBA 3O9FA 3O9LB 5P7JA 5P0MA 3OTSA 1MERA 5P8MA 3UDRA 4FLGA 2B60A 3RTNA 2F8GA 1BBSA 2P4JA 5P7OA 4KE0A 5OZ0A 5AH6A 5P64A 1AVFA 5AH7A 5EZXA 5P0WA 1M43A 2HS1A 3LIZA 2IKOA 1K1UA 2B42A 1T7IA 1YM4A 5P4KA 4E43A 2XFKA 5OZCA 1HXWA 5OZFA 3NWXA 2HM1A 1BDLA 1BVGA 4GB2A 2BPYA 5OZSA 1FEJC 1LV1A 3OY4A 1PPKE 4K4RA 3PGIA 1QBTA 4OBFA 2Q63A 1MUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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