4Y3SA

Endothiapepsin in complex with fragment 266
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 79
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3sA01
3KT5A 1YTJA 5P6EA 2QHCA 3FX5A 1K1UA 3TTPA 1BILA 3OU4A 2G69A 5P5KA 5P5ZA 4EYRA 1QS8A 5P5EA 3NXNA 2JE4A 5OZHA 2O4LA 3QBFA 4JOOA 1IZDA 5P26A 5OYVA 2O4PA 2QAKA 3RTMA 2QD8A 3INEA 2B7FA 1G35A 4J1EA 3DCKA 1CPIA 2R43A 4FGXA 4Y3QA 5P4AA 4YD7A 2G24A 5P10A 5P81A 5P0IA 5P7FA 1MSNA 3RTHA 2AZ8A 2XYEA 5P6VA 1ZSFA 3SKGA 1MESA 1NSOA 4Y44A 1BVEA 1E5OE 4ZE6A 5OZ2A 5P5WA 5P1OA 3LINA 3RVIA 5KOQA 3PVKA 2VIJA 1HTFA 1Z1RA 4GIDA 5P14A 5TOLA 4FCOA 1K1TA 3VV8A 2G21A 5P44A 2BPWA 1B6PA 3KYRA 5P33A 3L38A 2V12C 2Q64A 3O9DA 5P35A 3UPJA 3PLLA 5P1IA 5P1YA 5P5JA 4I0DA 4D83A 3ST5A 4EJ8A 1HTGA 5P5MA 5P39A 2AOIA 5P3FA 2FLEA 3GI4A 5P3CA 1SMEA 4U7QA 4Y3HA 5P67A 1F7AA 5OZLA 5P4KA 1GVUA 3ZPTA 3L5FA 5P41A 3LZUA 5P25A 1UPJA 5P80A 2IENA 2ZJLA 1PSAA 5P6GA 5P0CA 3WZ7A 5P4RA 1MERA 4D8CA 3PI5A 5OZCA 4Q5MA 5HU1A 3PBDA 4XXSA 4J1CA 3B7VA 4FSLA 1WKRA 1HVKA 5P3HA 5P4LA 4X7IA 3VSWA 4Y5MA 2BPVA 2VNMA 1K2BA 2J9KA 5P7JA 3GGUA 2F3EA 3EMYA 4F76A 3UDYA 4NJSA 4MC9A 4J0VA 2OHTA 2NTRA 3VYDA 1T7JA 2Z4OA 1C6XA 1T6GA 4QGIA 5P6RA 3GGAA 1EEDP 4HZTA 4JP9A 1SGZA 1TCXA 4S1GA 5P0XA 5P01A 1BWAA 3LNKA 4EQ0A 4Y5KA 1MT9A 2OF0A 3IXJA 1EPRE 1HSHA 5P2ZA 4Y53A 2G1OA 5P0YA 5P5AA 1ENTE 2BBBA 1FQXA 2HM1A 5P3JA 2ZYEA 3VF3A 2F3KA 5P7RA 3OU1B 4DJWA 3Q6YA 2QD7A 4Y47A 1FQ7A 4FRSA 5EZZA 4RRNA 2G27A 4MC2A 3IGBA 3NUOA 1W5VA 3NLSA 5P7DA 1EPME 4AUCA 4PYVA 4TVGA 5P19A 2V13A 3EKXA 4I1CA 4JPCA 5P74A 3OU3A 5P79A 3PSUA 3UQXA 5P2LA 1MPPA 3PHVA 3O9IA 3EKVA 5P5QA 3LPJA 1YTIA 5P0EA 2PYNA 5P1ZA 3EL0A 2G22A 2Q11A 5P69A 3OU1A 5P3BA 2PWCA 1CZIE 4OBHA 2G94A 5P7OA 2QU3A 5P4QA 4GJ7A 4J0TA 3TPJA 3QVCA 3TNEA 5P3YA 5P75A 2ANLA 1FEJC 3URJA 4GJ5A 3VLBA 1EBYA 5DQ2A 4Y4GA 5HDUA 2HS1A 5P58A 2WF3A 2WHHA 3FSMA 2UXZA 4Y45A 2P3CA 3D3TA 1FQ6A 1MTRA 4DJXA 1GVTA 5OZWA 5P09A 3VSXA 2V00A 3M9FA 5P77A 3UDMA 2VJ6A 5P7LA 5P7BA 4YOBA 5P42A 1B11A 2NXDA 4PEPA 5F01A 1FGCC 4GJ9A 1EBZA 5P60A 5OZMA 1AXAA 5P2FA 4U8WA 2I4DA 4Y3XA 5P2HA 4YCYA 5DR7A 4FIVA 5P68A 3VF5A 4A6CA 1A9MA 5P2VA 5P5PA 1T7IA 5P8LA 4DQFA 3SABA 3ZKQA 3PB5A 3EL9A 1QBUA 5OZDA 5OZJA 3SO9A 1META 1EC3A 5OZKA 2FNSA 3SA6A 2QHYA 4HDBA 5HE5A 1OHRA 4Y9WA 4B72A 2O4SA 4PZWA 4Y35A 1B5FB 5B18A 3SA3A 2BPYA 4GYEA 4FRKA 4R93A 3L5DA 5P1TA 5P8SA 3HAWA 3OWNA 4Y51A 3S85A 5P3KA 4K9HA 2JJIA 2R5PA 2OHKA 5P6AA 3UDQA 4CPTA 4GJDA 3VFAA 2OHQA 1B6LA 5P0OA 5COPA 3PI0A 5P07A 1IVQA 3WZ8A 2ZHTA 3PMUA 4DV9A 2I4VA 5JFUA 2P4JA 4EJLA 5P7EA 3LHGA 4Y38A 3SM1A 1JLDA 1D4IA 5P78A 2F8GA 1M4HA 2Q3KA 3K5CA 3JW2A 4Y3LA 3O9GA 1B5FA 2HS2A 5P6OA 2AOCA 5P3TA 5P6BA 2RMPA 5P1KA 5P8KA 3G72A 3LPKA 5P8OA 5P8NA 2ZHVA 5P5XA 2WEDA 1UH8A 3S56A 3U6AA 2OHRA 3APRE 5P1HA 2ZDZA 4Y5PA 5IVRA 3NDWA 4IVSA 3UQWA 3OUBA 4Y3SA 4Y5EA 3OK9A 3I7EA 4LL3A 3R0WA 5P5LA 1XE6A 1WBKA 3I25A 5DR0A 3BVAA 3UDPA 4XX4A 5ENKA 5AH6A 5P6SA 2JYSA 4FLGA 5P48A 1ODWA 6UPJA 1ZBGA 3DM6A 4YE3A 2APRA 4TRWA 3N4LA 2P3BB 5CLMA 1DPJA 3IN4A 3UDJA 3K5DA 1LV1A 4QJAA 2ZJKA 3GI0A 5DQ1A 4EJKA 3URLA 2VJ7A 2FNTA 2WF4A 2IS0A 5HE4A 5P7ZA 5P4JA 1IVPA 2HPFA 4Y3GA 4B0QA 3EKQA 2FXEA 3MWSA 5OZUA 4RRSA 1YG9A 4I0IA 5AHCA 3UCBA 4I12A 3BRAA 4BFDA 4ZLSA 1Z8CA 1ZSRA 2QU2A 5P4SA 3UTLA 3L5EA 1MRXA 5T4SA 1TQFA 2P3BA 3EC0A 4CPRA 6APRE 4Z50A 4M8YA 1KJ7A 5DGWA 5OZYA 4AMTA 4QJ2A 5P2TA 4KUPA 4Y57A 2AODA 4Y3PA 5P76A 4Y3ZA 4IVTA 2IGXA 5P4IA 4Y37A 1MIQA 3O9FA 5HU0A 2B42A 4CMSA 4J0PA 1YTHA 4Y4WA 3U71A 2HPEA 2CEMA 5DQ5A 4FM7A 1W5YA 5P3VA 3QPJA 2P3DA 4B70A 7UPJA 5P15A 5P8UA 1ZPAA 2I4WA 4FE6A 4RGHA 3O9CA 5P6DA 3N3IA 3ZKGA 4OBDA 3QI1A 3NU5A 3INHA 3PCZA 3ZKXA 3OXXA 3IA9A 1SBGA 5P24A 2QI0A 3D91A 3IVIA 5OYWA 3I6OA 4D88A 4DQCA 5AH7A 4YD5A 5P8RA 3NR6A 5P1LA 2O4KA 4EJDA 4LBTA 1D4KA 4Y4JA 5P6PA 5P86A 2FS4A 5KR8A 3VUCA 2G1SA 4L6BA 5IVSA 5P27A 4HEGA 3CICA 3UHLA 2QI5A 4RVJA 3IN3A 4OC6B 3WB4A 5OYXA 3KF0A 5P3GA 5P4EA 3EM3A 3OXCA 1LF3A 1AM5A 4I0FA 2QNNA 1GVXA 3ER5E 1HBVA 4NPUA 4K8SA 5P1UA 5P7CA 2I4UA 5P2XA 5DR8A 3OXVA 2QHZA 1AJVA 1KJFA 5P46A 2SAMA 7HVPA 4FL8A 3PWMA 2H6TA 1UH7A 5P29A 3BXSA 1AIDA 2RKGA 5OZXA 5P0LA 2NPHA 4ZPFA 5P5IA 3SA8A 1HVCA 1W5WA 5P6NA 3NDXA 4OC6A 5I3VA 1HPXA 5P0NA 5AH8A 3S2OA 5P3AA 1HIHA 2VA5A 5P36A 2V16C 3JVYA 5KQZA 1LYBA 3HZCA 1NPWA 3OHHA 5P5OA 3TOFA 5P1DA 3OQKA 3EL4A 1HRNA 3UQPA 5P5RA 5KQYA 5P31A 2WEBA 5OZNA 3SA7A 4D89A 1FIVA 3HW1A 3S54A 2QI4A 5P7WA 5P6FA 5KQFA 5P6YA 4X2LA 2P8HA 5P6ZA 5P0FA 4CPXA 3R0YA 4GJ6A 3KT2A 4EXHA 2G1NA 4CKUA 5P7SA 3TKGA 2R8NA 2OHMA 3NSHA 2VIYA 3MSLA 3K4VC 3O9LB 5FIVA 3PWRA 5P5DA 1FQ5A 5P1EA 1GNNA 2WJOA 2J9JB 5P7IA 4I0ZA 5P2CA 4APRE 3CIBA 5F00A 3JVWA 1B6JA 4Y3WA 5OZFA 3L5CA 4RVIA 1BDLA 4GZFA 3IXKA 5P1WA 4YOAA 5DR4A 5P4NA 3NDUA 4Y3EA 5OZ3A 4K4QA 3LIVA 1D4JA 1RPIA 2AZBA 3BGBA 2B8VA 2V11C 3UFNA 1K6CA 1IZIA 3PSYA 5P8FA 1D4HA 3LZVA 1HEGE 5P7KA 2PC0A 4CPQA 2AOJA 5P0AA 1FMBA 4WY1A 3KA2A 4R5NA 3A2OA 3O9LA 5P0PA 5DR1A 2AZCA 5P8CA 4OBKA 3CKTA 3NU3A 5HVPA 2J9JA 4J17A 2F80A 5KR2A 4Y4UA 3RSVA 5OZTA 5OZRA 1BAIA 4YD3A 2WKZA 1PPLE 1EC1A 1D4YA 3T7XA 1APTE 4FAEA 1GNOA 4DPIA 5BS4A 5P0UA 5I70A 5P3DA 3CKRA 3QS1A 4Y4BA 1W5XA 5P0JA 3SFCA 5P23A 5I3WA 3S53A 1Z1HA 1APVE 5C9DA 1IIQA 5P49A 1OEXA 3VYEA 4AA8A 4F74A 3QRVA 1MEUA 2BPZA 1PSOE 2ZJJA 4ZIPA 1A8KA 3BVBA 2NNPA 1FFFC 3CYXA 2BJUA 5P4PA 4LC7A 1BDQA 1SDTA 5IE1A 4L1AB 3ZMGA 5HCTA 4JECA 5P4OA 3GI5A 4R92A 4DJYA 5P05A 4U7VA 5OZ0A 1MUIA 3U7SA 2ER6E 3PCWA 3VV6A 5P1BA 4FSEA 1EPNE 3NU9A 3SKFA 1GNMA 1ZP8A 5OYQA 1SH9A 5P0HA 5P0KA 5OZ6A 1K2CA 2ZHUA 4NJVA 5P4UA 3GI6A 4QJ9A 3UDRA 3KM4A 1T3RA 5P1FA 5P6IA 2R38A 2I4QA 4L1AA 1W6IA 5P4DA 4EPJA 4ER4E 3RSXA 5P7VA 3OQFA 4RCDA 2G26A 3ZKIA 1DIFA 1MT8A 2Q55A 2PWRA 3RTNA 2BPXA 4H3IA 5OYSA 5P5NA 3NWQA 3WSJA 3QIHA 1HXWA 3PLDA 4LAPA 2PH8A 3EXOA 1LF2A 5DGUA 4YDGA 3MXEA 4LXMA 3QN8A 1W50A 1YM2A 3URIA 2JJJA 4DPFA 5J25A 2H6SA 3T3CA 3OADB 5P7MA 3AIDA 1ZJ7A 1NH0A 2P3AA 5E5KA 5P1VA 5P4VA 5P3XA 4Y5CA 3BUFA 3DV5A 1B6MA 5OZSA 2B7ZA 3CIDA 2WEAA 1HTEA 1WBMA 3L5BA 5P2EA 3FNSA 5P8VA 4DJVA 5P0VA 3KFRA 3ZKMA 5PEPA 1IDBA 1B6KA 5P12A 1QDMA 2AVQA 3FKTA 5P18A 4B77A 2XFIA 5P57A 5P0MA 3QAAA 5P3MA 3VCMA 1DMPA 5P7PA 2HB4A 5P72A 5P50A 3LIQA 3OADA 1QBTA 1EBKC 1BV9A 1Q9PA 2AVSA 5P5SA 4N00A 5P06A 4Y3NA 2A4FA 4DJRA 4ER2E 4UPJA 1HPVA 1MVPA 4K4PA 2HAHA 3PJ6A 1KJGA 1YTGA 3EL5A 5P5UA 3O9HA 5P6WA 4AZYA 5OYTA 5IS4A 2PK6A 4J0ZA 5P0WA 5CONA 4AA9A 2RKFA 4HE9A 1G0VA 5P2AA 4I0HA 1G2KA 5P5FA 1EC2A 4RCEA 4Y3FA 2B8LA 3EKTA 3S8IA 5OZ5A 4Y3DA 1XDHA 5P2KA 4DFGA 1E81E 2FDEA 2AIDA 2QNPA 4PZXA 4CPUA 4RVXA 2ZJNA 3IXOA 1LS5A 3DCRA 5P3LA 2QMGA 4OBFA 2IEOA 3UQUA 3GW5A 4OBJA 5HDZA 4BFBA 4WY6A 2FGVA 2WEZA 1PPME 3GGXA 2NMYA 4D85A 2IGYA 1D4LA 5P1CA 2AOGA 1PROA 5P1MA 5P3IA 5P3ZA 1EPQE 1CMSA 4I0EA 1SIVA 3DOXA 5JODA 4Y3AA 4XX3A 1FLHA 5P8PA 1M43A 4EXGA 2IL2A 3VF7A 4B1EA 2VJ9A 4B1CA 5P38A 4GB2A 4E43A 5P53A 3SQFA 4TRYA 1LYAB 1T7KA 4J1KA 1EC0A 3EKPA 5P6MA 1SIPA 2EWYA 5P6LA 1GKTA 2QI7A 1LEEA 3OAGB 1IZHA 3NXEA 4QJ6A 3INDA 5P1RA 3SACA 1A30A 5OZOA 3QBHA 4Y4XA 5P3RA 5P73A 1TSQA 3TL9A 2Q5KA 3EBZA 5P2RA 4A4QA 5P8AA 4HVPA 3H0BA 4QJ8A 2AVOA 3HLOA 4Y41A 3S7LA 5E5JA 1LYAA 3S43B 1HVJA 5P00A 4NKKA 1C70A 5P2JA 2ER9E 3HD8A 4MC1A 3OOTA 2VIEA 4JPEA 3PRSA 1ZPKA 3OGQA 3PWWA 4Q1NA 1FQ4A 1HSGA 3OAGA 3DK1A 3TOGA 5P5BA 2BB9A 2UPJA 5P88A 1LYWB 4DQHA 4J5JA 1PPKE 2IRZA 4Q1YA 4Y6MA 5BRYA 1LZQA 1IZEA 4NJUA 1ZAPA 2FXDA 4Y4EA 4L7HA 2MIPA 3VFBA 4KE0A 5P6CA 4QLHA 5P6JA 4Y4ZA 3S43A 1W51A 2UY0A 4I11A 3SM2A 2HIZA 2AOFA 2WECA 4RYGA 5P7HA 3T6IA 5SY3A 2PSGA 5P2WA 2A1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KT5 A;  1YTJ A;  5P6E A;  2QHC A;  3FX5 A;  1K1U A;  3TTP A;  1BIL A;  3OU4 A;  2G69 A;  5P5K A;  5P5Z A;  4EYR A;  1QS8 A;  5P5E A;  3NXN A;  2JE4 A;  5OZH A;  2O4L A;  3QBF A;  4JOO A;  1IZD A;  5P26 A;  5OYV A;  2O4P A;  2QAK A;  3RTM A;  2QD8 A;  3INE A;  2B7F A;  1G35 A;  4J1E A;  3DCK A;  1CPI A;  2R43 A;  4FGX A;  4Y3Q A;  5P4A A;  4YD7 A;  2G24 A;  5P10 A;  5P81 A;  5P0I A;  5P7F A;  1MSN A;  3RTH A;  2AZ8 A;  2XYE A;  5P6V A;  1ZSF A;  3SKG A;  1MES A;  1NSO A;  4Y44 A;  1BVE A;  1E5O E;  4ZE6 A;  5OZ2 A;  5P5W A;  5P1O A;  3LIN A;  3RVI A;  5KOQ A;  3PVK A;  2VIJ A;  1HTF A;  1Z1R A;  4GID A;  5P14 A;  5TOL A;  4FCO A;  1K1T A;  3VV8 A;  2G21 A;  5P44 A;  2BPW A;  1B6P A;  3KYR A;  5P33 A;  3L38 A;  2V12 C;  2Q64 A;  3O9D A;  5P35 A;  3UPJ A;  3PLL A;  5P1I A;  5P1Y A;  5P5J A;  4I0D A;  4D83 A;  3ST5 A;  4EJ8 A;  1HTG A;  5P5M A;  5P39 A;  2AOI A;  5P3F A;  2FLE A;  3GI4 A;  5P3C A;  1SME A;  4U7Q A;  4Y3H A;  5P67 A;  1F7A A;  5OZL A;  5P4K A;  1GVU A;  3ZPT A;  3L5F A;  5P41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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