4Y3XA

Endothiapepsin in complex with fragment 171
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3xA01
3EM6A 1AJXA 3ZKXA 5COKA 2VIEA 3PSGA 3K5DA 5P25A 2IGXA 1PPLE 5P1NA 5TOLA 1MT7A 5P02A 2BPWA 4B70A 4J0YA 2JE4A 1GKTA 4HEGA 3NYGA 5DGWA 1HPXA 2G94A 4Y3RA 4A6CA 5P3ZA 3EKTA 2G1SA 3MSLA 3NSHA 5DR1A 3TH9A 3OUBA 2QD7A 4RCEA 2Q5KA 4YD5A 1T7JA 3SO9A 3OUDB 3OUDA 2WECA 4I0JA 5E5KA 3O99A 1ZSRA 4Q5MA 3I25A 1LF3A 3KN0A 4Y4ZA 3CICA 3OGPA 4Y3SA 3WB5A 3UDKA 1PSNA 4M8XA 5P4TA 4DJRA 2IGYA 1D4JA 3PMYA 5P3JA 3ZL7A 4RCFA 3O9IA 3UQXA 1U8GA 2G1NA 4MC6A 3IVIA 1VIKA 5P5FA 4EQJA 1EC1A 4J55A 2QI0A 2WJOA 3QN8A 4KB9A 5P4YA 4M8YA 3R1GB 4EJDA 5KR0A 5P6AA 4ZSQA 2XYEA 3SA8A 5P5RA 2QHCA 3PHVA 1FFIC 4A6BA 4APRE 4Y5LA 5EZXA 3VSWA 4EJKA 3INFA 3EL4A 3FKTA 3LZSA 1MESA 5P7ZA 3D91A 5P18A 1SGZA 2ZE1A 4J1KA 3UDNA 4H3JA 2QMPA 1IVQA 4PYVA 5AGZA 5AHBA 5P4RA 3BXSA 5OZKA 5P4GA 5OZCA 1UPJA 2AOGA 2HS1A 5OZUA 1ER8E 1LV1A 3DUYA 3BVAA 5DQCA 5P0UA 1Z8CA 5P08A 1NPAA 5P45A 5P7UA 4B05A 4E43A 1ZSFA 1YG9A 5P6WA 3UDYA 5P61A 3ZLQA 4LL3A 3L5DA 1ZBGA 2VA5A 5P4NA 1UH8A 5P34A 5SZ9A 5JG1A 5P56A 3VUCA 2V00A 4Y48A 2BKSA 1PPKE 2O4SA 4BEKA 2EWYA 4EPJA 4FIVA 1GVUA 1Z1RA 4WTUA 2PQZA 5P1VA 3WZ7A 1BVGA 4JPCA 1PPME 1OD1A 1HBVA 5P8LA 1IDAA 1SDTA 2QCIA 5P11A 4EP2A 4Y53A 2AOHA 5P76A 5OZAA 1GVVA 3KT5A 1K6CA 3SA7A 4A4QA 5P2IA 1M43A 1D4KA 5P68A 2Q55A 1W5XA 3URJA 2G22A 4EXGA 2HB4A 4ER4E 3NDXA 4Y3QA 2B60A 5P8HA 5HU1A 3T6IA 4Y3EA 5I3WA 3FNUA 2QHYA 4I11A 5FIVA 1BDLA 5P3RA 2HIZA 2R3WA 1EEDP 5SY3A 4YCTA 5P1CA 2PWRA 2AZ8A 4U8WA 5P2FA 1G0VA 3NDUA 2G1RA 5P5PA 2AVVA 3S43B 3PI5A 5P8DA 1ENTE 3SACA 2HB3A 4CKUA 2AQUA 3K5FA 4Y57A 5P5AA 5P84A 5P6UA 3PJ6A 5P3XA 2J9KA 2QHZA 2FDPA 2A1EA 5P3WA 2OHPA 3KYRA 4RYGA 3RTHA 1T7KA 4OC6A 2G21A 4PZXA 5P5IA 3NU4A 2BQVA 5BWYA 1AAQA 4BFDA 3OWNA 1GNOA 3NXNA 4Y3AA 4JECA 5P75A 2V16C 4YD6A 3PMUA 1W6IA 5P12A 3OQDA 3QROA 3NLSA 3PM4A 3WSJA 3BHEA 5P1DA 5P0FA 1XN3A 3O9GA 5P0IA 2R9BA 1D4HA 4J5JA 1SDVA 4Y3XA 5OZIA 5P5EA 3BUFA 5P1EA 3RSXA 1E81E 3DJKA 2ZDZA 3OOZA 2IDWA 5IVTA 4DQEA 3R0WA 4Y4UA 5ER1E 3GI5A 1HSGA 5P0BA 5P20A 4Y5CA 3TKGA 2F3KA 1B5FA 2NMYA 1K1TA 3QIHA 5P6BA 4OBHA 5P1RA 5P36A 3EKPA 2V0ZC 2VKMA 5P8KA 3ZKNA 1FEJC 1K6TA 2P3AA 5OZMA 3LZYA 1IZIA 4KE1A 4RCDA 4EXHA 2PYNA 1PROA 5P4SA 4X2LA 4NJVA 2PSUA 5P2OA 4APEA 4KUPA 3QBHA 3OU3A 1HTRB 2QNPA 4NPUA 2XFKA 5P8UA 4D85A 5P4WA 5ISJA 5ISKA 5P6DA 4DQHA 2OHLA 5P8EA 4Y47A 3T7PA 1QDMA 2NPHA 5P3FA 4FL8A 4FM6A 4YDFA 3APRE 3L38A 5P2BA 1E5OE 5P3VA 3VF3A 5P3EA 3LPIA 3IVHA 4RZ1A 5P5TA 5P5BA 2IRZA 3BGBA 5P2TA 5P89A 1FQ7A 4YBIA 5ENMA 3FNTA 4DPFA 1DMPA 5OYXA 1QBUA 1EBYA 3CKPA 3ER5E 3SFCA 3DM6A 5P1ZA 5ENKA 5ER2E 1EC3A 3DV1A 5P0SA 2P3CA 3K4VC 4BELA 5DR8A 5IVRA 1WKRA 1GVWA 2Q54A 1RV7A 2QP8A 4B1DA 3UQUA 1FQ4A 3PI0A 3O9DA 5CLMA 5HDZA 5P80A 1FQXA 2HPEA 2ER6E 5P57A 3FIVA 4KE0A 2QI5A 5P3BA 5P1KA 3OQFA 5P16A 2V12C 5P41A 3S45A 4DVFA 1IZDA 4RVXA 5HCTA 1YT9A 4DJYA 2IEOA 2AVQA 2H6SA 4L6BA 5P7CA 5P6JA 3BC4A 3OOTA 2AOIA 5JODA 1FF0C 3OXXA 3PSUA 2V10C 2G20A 5P7YA 5OZSA 4HDBA 5SXNA 3Q70A 2XFJA 1HEGE 1K6VA 4JP9A 2VJ9A 1EPOE 2VIYA 2AOCA 3CIDA 4Y3FA 5P2SA 3G6ZA 5P30A 5P42A 5C9DA 4Y3WA 3TKWA 1MEUA 2P3BB 2P3BA 5P5KA 1MUIA 4HZTA 2ZHVA 2QD6A 3TOGA 3QBFA 1MT9A 3CKTA 1YTJA 5P29A 1RL8A 4B1EA 1SBGA 3S8IA 3NU9A 4Q1NA 2HM1A 5P65A 5P6EA 4J54A 5P7DA 3NDTA 5P79A 3N4LA 5IVSA 4I0EA 1IDBA 2J9JA 3OHFA 3OUAA 5P49A 5P53A 1W51A 4GZFA 5P4FA 2IQGA 5BS4A 3VF7A 4ZSRA 2IKUA 4Y51A 4S1GA 4IVSA 3BVBA 3VYDA 3ECGA 2AOFA 5P7IA 1DAZC 2PYMA 2RKFA 3SA6A 5OZBA 1IVPA 2CEMA 3FNSA 3S85A 3ZPUA 1BDRA 3ZOVA 2FMBA 5F00A 1EPRE 4OBJA 5P5OA 1FMUA 3OTYA 1G35A 3O9CA 3LZUA 3SLZA 5OZ2A 4YBFA 3RU1A 1W5VA 1DPJA 1ZPKA 5P14A 4GJ8A 1BVEA 2ZJLA 1DP5A 5OZ5A 4NJUA 5P2RA 5P13A 5P48A 4GYEA 5P6HA 1FMXA 4ER1E 1GNNA 2QNNA 1FQ5A 2R3TA 5OZJA 3KT2A 4H1EA 2PK6A 4FS4A 1TW7A 5P85A 5P71A 5P8IA 2G1OA 4Q1YA 5P2VA 4Y5PA 2ZHRA 5P6MA 1HPVA 1RPIA 3KFSA 3NXEA 5P4QA 3JW2A 5P0TA 4DJXA 2B7FA 3OTSA 5SY2A 4I10A 1B6JA 2P3DA 4IVTA 3B80A 2PH6A 1XE6A 3NU3A 5P05A 4Y5EA 2RKGA 5P87A 5P3CA 3KF0A 1B6MA 1HVIA 1PSAA 2I4DA 1HSHA 4MC2A 4HLAA 5P8TA 3HLOA 3TOFA 3OHHA 1J71A 5DR0A 1KJFA 2QI4A 1SIPA 3OQAA 1G6LA 4JOOA 2A4FA 2F81A 5HD0A 5P7VA 5P2HA 2IL2A 5P0QA 3LITA 5OZXA 5P0YA 5P4XA 4RRNA 1N49A 5HE7A 2UXZA 5OZDA 2BPVA 2OF0A 2ZJHA 5P1YA 5P40A 5P0NA 2FXEA 3UTLA 4HDPA 5P2WA 2AZBA 5P2LA 4FRSA 1ZP8A 1ZLFA 5OYVA 5P6VA 3PVKA 3K5GA 4DFGA 1W5YA 5P5HA 4Y3ZA 2I0DA 4I0IA 5OZYA 3UDJA 2XYFA 3OY4A 5P2KA 5P0PA 4K9HA 5IE1A 4YA8A 7HVPA 1FG6C 5DQ1A 1Q9PA 2HB2A 3PB5A 5P7BA 3G72A 2BPXA 4TRYA 4J0PA 5BRYA 4RGHA 3EMYA 1FQ8A 3UFLA 3GGAA 5P44A 3AUPA 2HAHA 1HWRA 3KM4A 5OZ1A 5OYUA 3UDHA 5HDUA 1K2CA 2AZ9A 1AM5A 2NMZA 5P8RA 3SM1A 4ER2E 5P7QA 4U7VA 1B6LA 3R0YA 3HVGA 5P3LA 3OQ7A 5OZPA 5P2QA 4RROA 5P39A 2G1YA 4Y5GA 2NXMA 1NPVA 4RVJA 4MC9A 1MPPA 3TOHA 5P7EA 2G26A 4LXAA 3DK1A 4QJ6A 1QBRA 4Y3JA 5JFPA 2ZJNA 4DJOA 4ZSMA 5P6GA 3T11A 5P3YA 5P77A 5P28A 5P4MA 3TL9A 5P50A 1W50A 1XS7D 5P4HA 2QI6A 5P5NA 2B7ZA 5OZEA 5HCOA 1MSNA 5P4ZA 3NWXA 1AIDA 1HHPA 2FNSA 3OU1B 5E5JA 4K4QA 3VFBA 5P2ZA 2ZHTA 2XFIA 5P0GA 5P8GA 4F73A 5B18A 4LXMA 1K2BA 1MTRA 1FMBA 1SMEA 4NKKA 5P5UA 5HDVA 3I8WA 1F7AA 5DPZA 4FRKA 2OHQA 3H0BA 5P6CA 3IA9A 2QAKA 4RVIA 4ACXA 1A30A 5COPA 3INEA 5P0OA 3ER3E 1FQ6A 3IXJA 5P2MA 1APTE 4GIDA 4GJ9A 1BWBA 5P7JA 1QBSA 4OBZB 4OBZA 1C70A 5P37A 4K4RA 5P04A 3SQFA 2JJIA 5COOA 5OYWA 1GVTA 1ZTZA 3QS1A 3D3TA 1B6KA 3L59A 1BDQA 3VLAA 1BBSA 1ZAPA 2ZJMA 5P1SA 5P8MA 2UY0A 1C6XA 5P4BA 3S43A 3U7SA 4I0HA 5P8QA 2WEBA 2P83A 4F74A 2ZYEA 5P1IA 2QMGA 5APRE 1B11A 3K4VA 2Z4OA 3OADB 4U7QA 1LYWB 3K1WA 4NPTA 6FIVA 4I1CA 4I0DA 5P0EA 1GNMA 2ER7E 2I4UA 4FCOA 3BUHA 3NU6A 2QU3A 2BBBA 3OU4B 4J0VA 3UCBA 3S7MA 5AH9A 2WEDA 2ZGAA 4XXSA 4NJSA 4Y3PA 5P52A 4OD9B 3PLDA 1YTHA 2I4VA 4H3GA 5P6OA 5P7KA 5P66A 4J0ZA 1G2KA 5P86A 4L1AB 4L1AA 3EL1A 1EPME 4TVHA 5OZOA 5P2NA 1T6EX 5P2AA 2AODA 1NH0A 5P7LA 3PRSA 2NNPA 4B78A 1EC0A 2F3FA 1TCXA 1OEXA 5P00A 5P38A 5OZLA 5P0CA 5P43A 4GJDA 3LINA 4TRWA 2FGUA 5P1PA 2WF4A 5P8VA 5P3TA 4CPWA 1M0BA 5P0XA 3UQWA 1LZQA 2PMAA 3URLA 4YCYA 1T6GA 2VA6A 2R8NA 4XX4A 4FAFA 2WF1A 3LPKA 2WF3A 5P88A 5P1TA 5P8NA 1K6PA 4CPXA 5P7SA 4Y39A 2B8VA 3N3IA 3UQRA 3KFRA 4GJBA 2PSVA 1LEEA 1HTGA 2AVOA 5OYSA 5P1JA 4J1CA 1LYAB 4Y4DA 3T7XA 1FB7A 5DR4A 3O9LB 5P1BA 4Y56A 5P1QA 1CMSA 3HZCA 1HVSA 1AVFA 1EAGA 2NR6A 3MXDA 5P3HA 5KR1A 2FS4A 3SA5A 1OEWA 3UHLA 3SM2A 5P73A 5KQXA 5P7TA 4CPRA 4CP7A 5P2EA 3BGCA 3L5CA 3PGIA 5C9BA 5HE5A 1BV7A 5P5SA 3RTNA 1KJHA 1HVHA 5IVQA 2P4JA 4Y36A 3I6OA 4QJ9A 5P27A 2WHHA 3NU5A 4FRJA 3UDPA 3QRVA 2WL0A 3NUJA 1HOSA 1TCWA 4TRZA 3NR6A 3LPJA 5P5LA 4Z50A 2B42A 5OZQA 8HVPA 3PBDA 2F8GA 3SKFA 5P3UA 1EPPE 2V11C 4CPUA 5P6LA 4AA8A 4L7HA 3ZPTA 2JJJA 5P82A 5P4CA 2VIJA 5KQYA 2VJ7A 1KJ4A 3QI1A 4B00A 1YTGA 3QAAA 2Q3KA 1A9MA 1LS5A 5P2XA 3IN4A 4R91A 2OHKA 5P3PA 3EKVA 2I4QA 3UF3A 3PWWA 3F9QA 4EJLA 1SGUA 3OGQA 1SIVA 5DQ2A 2PH8A 1EPQE 3NUOA 3GI4A 1TSQA 5P5XA 5P7AA 2QU2A 1MSMA 1K1UA 4Y5NA 5P81A 5P54A 3S56A 4I0GA 3LNKA 3VG1A 3UFNA 4OBGA 5I3VA 4Y38A 4RRSA 5DR3A 2QMDA 3PSYA 1BAIA 4GJCA 5P6QA 2PC0A 1XE5A 2QZLA 4J1HA 5DR7A 4FGXA 2OHUA 5P0AA 1TQFA 5P3OA 2HS2A 2G27A 2CEJA 1HSIA 3SPKA 1LF2A 3TPPA 5P7OA 4I0ZA 4Y45A 1XDHA 4PPHA 4Y3LA 5P46A 3HAUA 4Y4TA 4HVPA 2Q15A 4FSEA 1E80E 4Y4BA 5P67A 4X7IA 3UQPA 2OHMA 5P17A 4FM8A 1HIVA 3CYXA 5P47A 1EC2A 5P3IA 3EXOA 1PSOE 3OAGB 5KOQA 1ME6A 4CMSA 4DH6A 3QP0A 3EM4A 5P4KA 5DQ4A 5J25A 5OZ0A 4N00A 4FSLA 5AH6A 3WZ6A 5P72A 3LHGA 1YM2A 1IBQA 1ODXA 3NDWA 2NNKA 4DJVA 5I3XA 4CPSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EM6 A;  1AJX A;  3ZKX A;  5COK A;  2VIE A;  3PSG A;  3K5D A;  5P25 A;  2IGX A;  1PPL E;  5P1N A;  5TOL A;  1MT7 A;  5P02 A;  2BPW A;  4B70 A;  4J0Y A;  2JE4 A;  1GKT A;  4HEG A;  3NYG A;  5DGW A;  1HPX A;  2G94 A;  4Y3R A;  4A6C A;  5P3Z A;  3EKT A;  2G1S A;  3MSL A;  3NSH A;  5DR1 A;  3TH9 A;  3OUB A;  2QD7 A;  4RCE A;  2Q5K A;  4YD5 A;  1T7J A;  3SO9 A;  3OUD B;  3OUD A;  2WEC A;  4I0J A;  5E5K A;  3O99 A;  1ZSR A;  4Q5M A;  3I25 A;  1LF3 A;  3KN0 A;  4Y4Z A;  3CIC A;  3OGP A;  4Y3S A;  3WB5 A;  3UDK A;  1PSN A;  4M8X A;  5P4T A;  4DJR A;  2IGY A;  1D4J A;  3PMY A;  5P3J A;  3ZL7 A;  4RCF A;  3O9I A;  3UQX A;  1U8G A;  2G1N A;  4MC6 A;  3IVI A;  1VIK A;  5P5F A;  4EQJ A;  1EC1 A;  4J55 A;  2QI0 A;  2WJO A;  3QN8 A;  4KB9 A;  5P4Y A;  4M8Y A;  3R1G B;  4EJD A;  5KR0 A;  5P6A A;  4ZSQ A;  2XYE A;  3SA8 A;  5P5R A;  2QHC A;  3PHV A;  1FFI C;  4A6B A;  4APR E;  4Y5L A;  5EZX A;  3VSW A;  4EJK A;  3INF A;  3EL4 A;  3FKT A;  3LZS A;  1MES A;  5P7Z A;  3D91 A;  5P18 A;  1SGZ A;  2ZE1 A;  4J1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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