4Y43A

Endothiapepsin in complex with fragment 42
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y43A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y43A01
1XL5A 3VYDA 1QBUA 3U71A 5HD0A 5P1KA 1LYWB 5P7JA 3DV1A 5C9FA 4J1HA 3PHVA 3OQDA 2IKOA 2XFJA 2I1AA 3OXCA 3NWXA 4NJUA 2B60A 5P37A 3BXSA 3LZUA 5P0RA 2Q11A 4CPQA 5P22A 1SMRA 2QAKA 5EZXA 3L3AA 5FIVA 2HS2A 5DR7A 2AZBA 5P26A 4FRIA 5F01A 4J1EA 1FFFC 1EC1A 5P5EA 3L5EA 3VFBA 3EKPA 5P1IA 3UQPA 2F3FA 2ZJIA 5P1WA 3VG1A 5P2IA 5HU1A 1HIHA 5P5VA 3PRSA 3LNKA 5P2XA 4QGIA 1ZAPA 2IENA 3HAWA 5P4IA 4EYRA 4Y3TA 3I25A 5P6RA 2CEMA 5P2MA 2QI7A 5P3DA 3MXEA 5P52A 4RROA 1HWRA 5P7PA 5P2GA 4ER2E 1G0VA 1BBSA 2G1SA 4FGXA 4Y9WA 3HBOA 4Y43A 3APRE 1T6GA 5OZRA 4ER1E 1IZEA 2ZHVA 4Y56A 2JJIA 3FNTA 1PPKE 1RV7A 1FGCC 2QI6A 4YBFA 3PB5A 2RKFA 2AVOA 4RCEA 5P5MA 3OU3A 4LL3A 3UDJA 5P6FA 4I0HA 5IVRA 3OU1B 4RLDA 5P1DA 4Z4XA 3NU4A 4GZFA 3OHHA 5AH8A 4N00A 4YOBA 5ER1E 4NKKA 4FM8A 4PHVA 4DQHA 4DQEA 3S56A 1FKNA 3OU4B 2QD7A 5P29A 2RMPA 5P4AA 2V00A 5E5KA 5P1TA 5P7WA 1YG9A 5KQYA 4DUSA 5P1SA 2Q55A 5OZ9A 5P33A 4APEA 4B77A 2ER0E 2VS2A 4HDBA 5P7IA 5P3VA 5P4KA 1AZ5A 5P4UA 3KT5A 1OEXA 5P0JA 1B5FB 2WF3A 1EPLE 4I0IA 1AJXA 1M4HA 2RENA 4R93A 3L38A 1FQXA 3NXEA 5P06A 3HVGA 2FIVA 4DJYA 1QBRA 2IRZA 3OUDB 4B05A 5COPA 3NU5A 4Y3WA 1FF0C 2O4PA 2OHLA 1SDTA 1RQ9A 7HVPA 1HRNA 5P3NA 5P8JA 2I4UA 4DJQA 2HPEA 1EPPE 2FMBA 3BHEA 3RTMA 1PFZA 4B72A 4CPSA 2ZYEA 1APVE 2CENA 1LYAA 3CKTA 2VIJA 2O4KA 3LIVA 5P3LA 4DJRA 2ER7E 4JP9A 5P53A 3K5GA 3GI5A 3TLHA 5P3RA 5P2TA 1LYBA 3O9IA 3OAGA 4Y4UA 1HTRB 1K6TA 5B18A 3VUCA 5P6MA 5P3JA 3VLAA 4CPRA 4DQBA 4EJ8A 3A2OA 3S43A 4BFDA 4MC6A 4JPEA 3MWSA 5P3HA 3EM6A 4E43A 3I2LA 3Q70A 3TL9A 4OBFA 5CONA 5I3VA 4DI2A 2AVSA 5OYXA 5P73A 2ZDZA 8HVPA 2HM1A 3JVYA 1K6PA 4Y48A 3O9EA 1TW7A 4CP7A 5P5DA 1EBYA 5P15A 2NR6A 5DR0A 2QU3A 5AHBA 3RU1A 5JG1A 3INEA 5P58A 2HB3A 1W6HA 5BS4A 5P2QA 3KDBA 4LXKA 5P6KA 3OY4A 2OHKA 2ZHSA 4RGHA 4JOOA 4LP9A 3AUPA 1BVEA 3HD8A 4H3FA 5P0BA 1FEJC 2QD8A 2PWRA 3T3CA 1GKTA 5P3ZA 5P1OA 5P0ZA 1KJHA 4RRNA 4FRKA 3SO9A 4DPIA 4DJPA 3EC0A 5P6LA 2J9JA 4S1GA 5AH9A 1HIIA 4GJ5A 5HVPA 2QI5A 2PC0A 5P6DA 3VV8A 4YCKA 2G26A 1BIMA 4RVJA 4Y4EA 5TOLA 1DPJA 1UPJA 3KT2A 4FS4A 1EPNE 3SLZA 4J1CA 2B42A 2QP8A 4HE9A 3OOTA 4L1AA 4A4QA 5P07A 2AVVA 4LAPA 4ZE6A 5P36A 6APRE 3O9GA 1HSHA 5OZTA 5P1JA 3ZPTA 5P3YA 5P0MA 1G35A 1RPIA 5P49A 1HXBA 4J0ZA 1LF4A 4GIDA 5HDVA 2JXRA 2VJ9A 3BC4A 4Y54A 2OHNA 2F3KA 2AZ9A 2BPVA 5P5OA 2IQGA 2O4LA 5P6QA 3WB4A 4PPHA 3PI0A 2R5QA 1E80E 1GVVA 5DGWA 3DJKA 2H6TA 2BPZA 2V13A 5P4MA 2BPYA 3VF3A 3IA9A 1HPVA 3URIA 3BUGA 3ECGA 3UQUA 2WHHA 1KJFA 3FV3A 5P8DA 4Y6MA 1FMBA 3KF0A 5OZMA 1KJGA 3WSJA 4Y3SA 4COEA 3OUCA 1IZHA 3UCBA 4R92A 5ER2E 1W50A 1D4HA 2AZCA 1Z8CA 1APUE 3SA4A 4Y4DA 5HE4A 1EC0A 2FDEA 5OZVA 1BDRA 3SQFA 1LYAB 5P1NA 4EP3A 3CICA 4TVGA 5DQ2A 4NJSA 4QJ2A 5P0LA 3ZKNA 5P8UA 3KYRA 3VLBA 1VIJA 1MT7A 3D1ZA 1LYBB 3OAGB 4Y3NA 4Y4BA 4WY1A 4QLHA 4Y58A 5P8KA 1BILA 2ZJKA 1ZSRA 2P3AA 3D1YA 3O9AA 2QMDA 5P8NA 4OBDA 1ZP8A 2ZHRA 1C6XA 4Y47A 3NDWA 5I3XA 3GGVA 4Y4JA 1APTE 4BFBA 1LF2A 5P4TA 2QCIA 3EBZA 3OUAA 3OQFA 3K4VC 2WEBA 4OC6B 5P2OA 5P6BA 2QMPA 3NYGA 1C70A 2QMFA 2XYFA 2PK5A 4ZPEA 5P42A 1HVCA 4Y5MA 5P7GA 1CPIA 1HVKA 1HTGA 3S7LA 3D91A 5DGUA 1ZTZA 4YHQA 3LIXA 3IXKA 2ZGAA 2QHCA 1YT9A 3RTHA 5KOQA 4Y53A 3UPJA 5P6WA 4HDPA 2Q5KA 2BB9A 5P0SA 3NUOA 5P8FA 3OXWA 5P71A 3LIZA 5P8OA 5P82A 2QI0A 4YA8A 3SPKA 1B6JA 2AVQA 1A9MA 4H3IA 4I0DA 5P4ZA 1HTFA 1AIDA 2PSUA 3NUJA 3BUFA 2Q15A 1E82E 2BKSA 5P10A 3EM3A 3ZOVA 3UFNA 2BBBA 3VV7A 3IAWA 2G69A 2CEJA 3VCMA 4EP2A 3G70A 2BPXA 4HDFA 1OEWA 4Y3RA 5HTZA 4WTUA 3QI1A 4ZSPA 5P8QA 3SA7A 3PBZA 1T6EX 1EPQE 1C6YA 5DR8A 2QZXA 1BXOA 1FFIC 4Y3ZA 3TH9A 4Y3GA 3UDQA 1J71A 4ZLSA 1TCXA 4DPFA 2QI1A 4GJ8A 3F9QA 4HA5A 5P83A 2HPFA 1A8GA 4FAEA 1YX9A 4FLGA 5DR4A 5OZSA 5P1QA 4Y3FA 3UF3A 2OHUA 4YDFA 4Y3QA 4QJ7A 5P5FA 5P67A 1SDVA 4DV9A 2QD6A 5P0NA 4NPUA 4RZ1A 5P4VA 3EL0A 5P5SA 1TQFA 1ER8E 1M43A 4AZYA 2PH8A 3VYEA 5P01A 2Z4OA 3R2FA 5P86A 2IGXA 1ODYA 1T7KA 5P76A 4CMSA 1QRPE 3K5FA 4Y4TA 4I10A 5P7RA 4FSEA 3ST5A 3FNSA 4Y4AA 5P0XA 2QZKA 4RRSA 2BPWA 5P8RA 2I4VA 3BGBA 1DAZC 3ZMGA 4FCOA 2I4XA 3UQRA 3GGUA 1EBKC 5P5LA 3UQXA 3BVAA 2RKGA 1HTEA 4HVPA 4K4RA 5ISKA 1EAGA 4Y44A 5P2UA 3VF7A 2JYSA 2I4QA 5P7OA 3PCWA 2PMAA 5HCOA 4I0ZA 2SAMA 1UH9A 2QU2A 5P23A 2ZE1A 5HCTA 2UY0A 1IDAA 5P0CA 5P3XA 5P1LA 4EJDA 5P4HA 5P6GA 5P43A 2I0DA 5JODA 4A6CA 3OGQA 5P6UA 2HS1A 3MXDA 5P4XA 2V10C 4D8CA 3QBHA 3DOXA 3QIHA 5P0IA 5P6XA 4TRWA 2FNSA 1Z1RA 5P1UA 2HB4A 3PLLA 5P1XA 3VF5A 3TPPA 4NJVA 1SGUA 4ACUA 3LZVA 4K4PA 5P5XA 3D3TA 5P8GA 5KR8A 3S85A 3KDDA 4B1DA 5P4OA 1XN3A 5P5TA 1TZSA 3DK1A 5P6AA 5P8VA 1MRWA 4OBGA 1XDHA 3EM4A 5P79A 5JFPA 1F7AA 2G1RA 4Q1NA 2FXDA 1EC2A 5P7YA 1META 1YTJA 4DJUA 4Y45A 2WEZA 3HZCA 1T7IA 4Y37A 3WZ7A 2B7FA 1AJVA 5P4SA 5P6OA 5P7LA 5P0EA 5P02A 5OZGA 3M9FA 5P81A 5OZDA 5P14A 5P6TA 5P2FA 2XFIA 3ZPSA 3EKYA 1RL8A 5P35A 5P5NA 2NTRA 2O4SA 1F34A 2UPJA 1C6ZA 4I1CA 3QROA 1GVWA 1XE6A 2VNNA 5P5HA 4DJXA 5P8AA 5OZ0A 5P7TA 2P3DA 3SABA 4Y3YA 1K6CA 1FB7A 5P0FA 2AOIA 3LITA 2HC0A 3DCKA 5P3QA 5P4LA 3R0YA 3KMXA 4GJBA 2R8NA 1K6VA 1NH0A 2Q3KA 5P0OA 5P3TA 5P8HA 3MSKA 5AHAA 4FL8A 3UDRA 3D20A 3PSYA 4YD7A 5P4QA 3KFSA 4Y3XA 1BV7A 1BXQA 5HE5A 5P64A 5P8IA 1HBVA 4CPWA 3KFPA 4I0GA 2OHQA 2IEOA 5P1PA 5SZ9A 1FMUA 3EMYA 5P0UA 4XX3A 3GGAA 5AH6A 1HPXA 1DMPA 3PSUA 5P25A 5P09A 3B80A 3RSXA 2VIEA 3TOGA 4TRZA 2ZJJA 2AOGA 3SA8A 3MSJA 3OOZA 5OZXA 5OZFA 5P6NA 2AOEA 2P4JA 5DQ5A 4I12A 1PSAA 3PLDA 5I3YA 1GVXA 3IN3A 5COKA 4ZPFA 1RNEA 5P2JA 2UXZA 5P69A 1EPRE 4GJAA 2Q63A 4MC1A 5P6YA 5P5CA 3ZKIA 3ER3E 5P3PA 4ZSMA 2G27A 5HE7A 3T7XA 4OC6A 5ENKA 4IVSA 2J9KA 2AZ8A 1EPME 3IVHA 4NPTA 5ENMA 2JE4A 5P5RA 2PQZA 3UDYA 5P0PA 1IDBA 3CKRA 3T6IA 1ZPKA 4B0QA 3NLSA 3OTSA 3UDMA 5P1ZA 3LZSA 4AUCA 3VYFA 2VJ7A 1KJ4A 3TOFA 5P8CA 5C9BA 5OZKA 2G20A 5P27A 1AVFA 1SMEA 3QS1A 2H6SA 2ZJMA 5OYVA 5OZQA 3T11A 1EBWA 5P8SA 4EXGA 4H1EA 1OHRA 5AH7A 1LZQA 4I8ZA 5I70A 4F74A 3PMUA 5P31A 1W6IA 4QJAA 3EKQA 3OXVA 2V16C 1HSGA 4YE3A 3EL4A 3VV6A 1HPOA 2A1EA 2VKMA 5P4NA 4Y5NA 5P3WA 4CPUA 5P1BA 2BKTA 5P41A 5P8EA 1D4JA 1EC3A 3S45A 4I8WA 1NSOA 3H5BA 4Q1WA 1ODXA 4Y3AA 3CYWA 2QZLA 2VA7A 4RVIA 5OZZA 1GVTA 1MUIA 5P5ZA 3VSXA 3HDKA 5P7CA 1NPAA 5P66A 4KB9A 1MEUA 2F3EA 1NPVA 5P2NA 3GI0A 2G21A 2EWYA 5BWYA 3PSGA 4MC9A 2PSVA 3EXOA 3ER5E 5P5UA 3TNEA 4J0YA 1MPPA 5OZYA 1U8GA 3O9FA 4Y5KA 1SBGA 4APRE 5KAOA 3PMYA 2AODA 5OYWA 1XN2A 2OHPA 4ACXA 3KM4A 3OQ7A 4GJ6A 4J0VA 5OYYA 5KQZA 1DP5A 2NNPA 5OYQA 5P4CA 3HLOA 4XX4A 3INFA 2FDDA 5C9DA 5P8LA 5P4FA 1D4YA 2NNKA 2G94A 4I0EA 1IZDA 1N49A 3JVWA 2RSPA 4BELA 3C9XA 2MIPA 2OAHA 4CPXA 1MIQA 1SH9A 2R9BA 4EQJA 1KZKA 3L58A 4I0FA 1JLDA 1BV9A 3VFAA 3LPIA 5OZ5A 4TRYA 3SKFA 4Y57A 5P77A 4U8WA 4I0JA 4U7VA 2IGYA 3URJA 5P47A 4QJ9A 3PVKA 4Y51A 2AOJA 2VNMA 1ZPAA 2PWCA 3KMYA 3DV5A 3CMSA 1PSOE 1T7JA 3FNUA 1MSMA 1YTGA 5P0DA 3O9DA 4LXMA 3UHLA 2WJOA 4HEGA 1FQ4A 4DH6A 3EKXA 1QBSA 4QJ8A 4PYVA 2I4DA 3NR6A 4Y5EA 1ODWA 1W5VA 1B11A 3KA2A 4RCDA 5P44A 4ER4E 2V11C 4GYEA 3Q5HA 3TPJA 1APWE 3WB5A 2FLEA 1HVSA 1IZIA 5SXNA 1HVRA 5P2WA 1FMXA 4R5NA 5P51A 2QMGA 2R3WA 2G1NA 1BWAA 3N4LA 3HAUA 2ZJHA 4YDGA 1PSNA 2NPHA 3PBDA 5P5QA 4WY6A 3LINA 2F80A 3K5CA 5P50A 4EJKA 5P45A 3DUYA 5P1MA 3IN4A 5P1CA 5P7MA 1MTBA 5DR3A 5P6HA 5P38A 2V12C 4OBJA 3LPJA 3PJ6A 5P6SA 4EPJA 3INHA 5P0GA 5CLMA 4Y35A 4Y41A 1GVUA 5KQFA 3TKWA 1IVPA 1B6MA 5P4RA 4Q1YA 3R4BA 3OXXA 2O40A 4UPJA 1ENTE 5P48A 1SGZA 4JPCA 4DJWA 5HDXA 1M0BA 1WKRA 2Q54A 2PH6A 2FDPA 1IBQA 3KFRA 4H3GA 2WF4A 2NXDA 4Y3PA 1SIPA 3LIYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XL5 A;  3VYD A;  1QBU A;  3U71 A;  5HD0 A;  5P1K A;  1LYW B;  5P7J A;  3DV1 A;  5C9F A;  4J1H A;  3PHV A;  3OQD A;  2IKO A;  2XFJ A;  2I1A A;  3OXC A;  3NWX A;  4NJU A;  2B60 A;  5P37 A;  3BXS A;  3LZU A;  5P0R A;  2Q11 A;  4CPQ A;  5P22 A;  1SMR A;  2QAK A;  5EZX A;  3L3A A;  5FIV A;  2HS2 A;  5DR7 A;  2AZB A;  5P26 A;  4FRI A;  5F01 A;  4J1E A;  1FFF C;  1EC1 A;  5P5E A;  3L5E A;  3VFB A;  3EKP A;  5P1I A;  3UQP A;  2F3F A;  2ZJI A;  5P1W A;  3VG1 A;  5P2I A;  5HU1 A;  1HIH A;  5P5V A;  3PRS A;  3LNK A;  5P2X A;  4QGI A;  1ZAP A;  2IEN A;  3HAW A;  5P4I A;  4EYR A;  4Y3T A;  3I25 A;  5P6R A;  2CEM A;  5P2M A;  2QI7 A;  5P3D A;  3MXE A;  5P52 A;  4RRO A;  1HWR A;  5P7P A;  5P2G A;  4ER2 E;  1G0V A;  1BBS A;  2G1S A;  4FGX A;  4Y9W A;  3HBO A;  4Y43 A;  3APR E;  1T6G A;  5OZR A;  4ER1 E;  1IZE A;  2ZHV A;  4Y56 A;  2JJI A;  3FNT A;  1PPK E;  1RV7 A;  1FGC C;  2QI6 A;  4YBF A;  3PB5 A;  2RKF A;  2AVO A;  4RCE A;  5P5M A;  3OU3 A;  4LL3 A;  3UDJ A;  5P6F A;  4I0H A;  5IVR A;  3OU1 B;  4RLD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TKG A;  2ASI A;  2R5P A;  5KR0 A;  4YCY A;  3K5D A;  5P65 A;  2OHR A;  5P7E A;  3TTP A;  4YOA A;  5OZL A;  3KFN A;  4XXS A;  3U7S A;  4OBZ A;  4Y3E A;  5IVS A;  3RSV A;  4GB2 A;  4MC2 A;  4IVT A;  1XS7 D;  1E5O E;  1ZLF A;  2WED A;  4K4Q A;  1GNO A;  4DVF A;  1CZI E;  2R43 A;  5P39 A;  3HW1 A;  4OD9 A;  4DQG A;  4R95 A;  1PPL E;  1UH7 A;  5I3W A;  2AQU A;  4GJ9 A;  2WF0 A;  4AMT A;  5P3M A;  3PWR A;  4LXA A;  2HAH A;  5P6I A;  4Z50 A;  3NU9 A;  2I4W A;  3NU6 A;  4YD4 A;  1FG6 C;  5OZC A;  4D89 A;  3SAA A;  4YBI A;  3KN0 A;  4L6B A;  1D4I A;  2APR A;  3Q3T A;  1LV1 A;  4FRJ A;  1FIV A;  5T4S A;  2I0A A;  3UDN A;  1LYW A;  2PYM A;  5DQC A;  5P2D A;  5P40 A;  2PSG A;  2AOH A;  3S54 A;  3PWM A;  4YD5 A;  4DQC A;  2F8G A;  1MSN A;  2JJJ A;  5COO A;  2VA5 A;  5P17 A;  5P5B A;  5P6P A;  2HB2 A;  5P54 A;  5IE1 A;  5JFU A;  5P2E A;  2QNQ A;  2A4F A;  5P7S A;  4RYG A;  1OD1 A;  4J0P A;  5P2H A;  3PEP A;  4NJT A;  2PYN A;  4X2L A;  1MES A;  2B8V A;  2WF2 A;  2ZHT A;  5P3E A;  5P5A A;  5P11 A;  2AID A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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