4Y4BA

Endothiapepsin in complex with fragment 323
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA01
4NJTA 4J0VA 1BXQA 4DUSA 4H3IA 4FLGA 2B8LA 3INFA 4DI2A 2B60A 2OHNA 5P07A 5P5ZA 1PPME 5P66A 1ZSFA 4MC9A 3OUDA 3S43B 5P7MA 5P6JA 3QROA 4QGIA 1HTFA 5P1BA 1BDQA 1HRNA 1MT7A 4I0JA 5ISKA 5P5RA 1ZPKA 5P1XA 4B77A 1LF4A 5P4CA 4Y5EA 4DJRA 1PSOE 3R1GB 3OAGB 2G1RA 3VV7A 5OZCA 2NTRA 4OBZB 4H3JA 1Q9PA 2ZGAA 3RTNA 4TVGA 5SXNA 4K4RA 4Y4DA 1MRXA 1BBSA 3EKWA 4DQGA 1BDRA 3URIA 4JP9A 2ZHRA 4TRWA 3INHA 4D8CA 4LP9A 3LZYA 2G26A 1EPME 5P2RA 4XX3A 2BQVA 1AZ5A 1ZSRA 3FNTA 4DJOA 5C9FA 1KJGA 5HE7A 3WB4A 4FAEA 2VA5A 5P1AA 4Y54A 3OGPA 5P76A 3NR6A 4CPSA 2RMPA 3G72A 5P1KA 1HSIA 3AUPA 3I2LA 5P60A 2R38A 2PSVA 3O9LA 5P4EA 5P8JA 3ZKIA 1KJFA 5IE1A 2IKUA 3S45A 2ER9E 4CPRA 2ER6E 4J0PA 5P5GA 2ZHSA 4IVTA 1HVLA 3BUHA 3PMYA 5P47A 1LYBB 5P78A 1K6PA 4FM6A 5P29A 3S56A 4YBIA 3EL4A 5AHBA 4DJUA 5KR0A 4B00A 3SA6A 2NMYA 4Y5PA 5P0CA 1MRWA 2BPYA 1GVTA 5CONA 4YDGA 3IN4A 4BFBA 1E5OE 4J0TA 2HS1A 4CP7A 1T3RA 5P0PA 5P6ZA 4RROA 3T6IA 5P3QA 2NR6A 5P8VA 4I0ZA 2QNNA 3APRE 3LIVA 3C9XA 4B0QA 4Y39A 1APUE 5P13A 5JG1A 1VIJA 3GGUA 2QI4A 4GJAA 2AZ8A 1RQ9A 4Y3YA 1HTEA 2WEAA 2IL2A 5P7JA 5P50A 2R9BA 2VA7A 1YM4A 2J9KA 2P3CA 1ZP8A 5P6SA 1BWAA 5P3DA 1TZSA 2WEDA 5P5QA 3OXXA 3TNEA 5P5YA 4J55A 3PCWA 4Y5LA 3LZSA 2WKZA 3BUGA 3NU6A 1OHRA 3CKRA 1SDUA 5OYQA 5C9DA 5P37A 3R0YA 1ME6A 3G70A 4Y4XA 5P4HA 3PLLA 2ZHTA 2Z4OA 5P6BA 5P8TA 4LXAA 4Y5MA 5P2XA 2VIEA 4COEA 1RPIA 3GI0A 2CEJA 1MVPA 3RSXA 5P3OA 3S53A 2G20A 3OTYA 1A8GA 1BXOA 5P2HA 4Q1YA 1IBQA 3CYWA 3LPKA 5P3JA 5P0TA 5ISJA 2QNQA 4OBFA 3N3IA 1UH8A 4OC6B 5P4BA 5P6PA 2IDWA 4PPHA 4DJYA 3TPRA 5IS4A 5P64A 1IZIA 3SA8A 4B1DA 5OYTA 5E5JA 3SACA 5P4SA 2G1NA 1RL8A 3FIVA 3H5BA 5OZMA 4Y38A 5P6NA 4RVJA 3TPJA 2G1OA 5P4XA 4HA5A 4CPQA 4YCYA 3UQWA 3NU3A 1FB7A 3QRVA 4Y43A 2ZJHA 3D20A 1EPPE 5BS4A 4D83A 5OZ6A 5P3HA 3I7EA 2HB2A 4I10A 2AQUA 1EPLE 2CEMA 3O9DA 3EL1A 1TW7A 4APRE 1LYAA 1WBKA 5KR2A 5P4ZA 4OBDA 5P5IA 4DPFA 5HDUA 5DQ5A 3PI0A 4Y3EA 1NSOA 4ZSRA 4U8WA 2AOIA 4FRJA 4ZIPA 2Z54A 4Y44A 4N00A 4R5NA 5P8BA 3U7SA 5CLMA 4B72A 3HZCA 2G27A 4I0GA 1AAQA 3O9EA 4KUPA 3WZ7A 2AOFA 3MSKA 2PH6A 5AHAA 3OUBA 2WHHA 1TQFA 4Y3MA 2I4DA 5P69A 1B6KA 1NPAA 2HB3A 3OUCA 2UY0A 2AZ9A 1C70A 4ACXA 2V10C 5OZQA 2I4QA 3QBFA 5AH7A 1LV1A 3QI1A 4CPXA 6UPJA 2QZKA 3GGAA 4DJQA 2PC0A 3LIQA 1HTRB 3VF3A 5P2FA 1IVPA 1TSQA 1AIDA 1YX9A 3IXKA 4PHVA 5AH8A 5HTZA 3IA9A 3NU5A 1MSMA 5OZFA 1J71A 3IGBA 1FF0C 5P3EA 5P4NA 2AODA 4HDPA 2AOHA 1ZAPA 2VIJA 1D4LA 2QK5A 3KT5A 3L5DA 4WY6A 4Y51A 5P4IA 4Q5MA 1ODYA 2BPZA 4XKXA 3K1WA 3ZKSA 5UPJA 1HPXA 2FXEA 1D4YA 5P2AA 3IN3A 2IEOA 4L1AB 1EBWA 4FSEA 5OZWA 3S7LA 1B5FA 1BWBA 2QU3A 1ZBGA 3SM2A 3QRMA 5OZNA 5TOLA 3ZKQA 2BB9A 2R43A 4EHCA 5P4VA 3OWNA 3T7XA 3O9GA 1FQ5A 2V00A 2ZE1A 2VIYA 3PLDA 5P4LA 4YD7A 5P55A 3CYXA 4L6BA 2XYEA 1ZLFA 3L5CA 3QVIA 4FM7A 2B7ZA 1ENTE 5P3SA 2I0AA 1EC2A 1LYWB 4TRZA 4B1EA 1FQ4A 5P7RA 5P1MA 1HIVA 2B8VA 5P7UA 1FG6C 4Z22A 4FCOA 5P5OA 4GB2A 4Y4BA 5P57A 2Q15A 4Y3RA 5ER1E 2AOGA 4Y3JA 3CICA 1SMRA 1GKTA 1HXWA 2P3AA 5P7SA 4Y3LA 1D4HA 4Y5GA 5P8SA 3EXOA 1XL2A 3QAAA 4Y3TA 3O9CA 1MERA 3INEA 3EM4A 1IZEA 4EQ0A 5P53A 3VFAA 3DM6A 4R93A 3K5FA 5F00A 4AA9A 5P1WA 2F3KA 2QMGA 5P2TA 4I0FA 5P40A 3VG1A 2ASIA 1Z1RA 4F73A 3K5GA 3BGBA 2FXDA 2CENA 4X7IA 1K6VA 5HDZA 4TVHA 5P3FA 4Y9WA 5P00A 3FV3A 4Y4JA 3K5DA 1TCWA 5OZ4A 1FG8C 5ER2E 5OZIA 3OXCA 4DJXA 1SIPA 4HLAA 4FSLA 3T7PA 3FKTA 3KF0A 4GIDA 4HDBA 4B05A 3LIZA 5P0MA 3PCZA 5P7PA 3HDKA 5P8CA 3HAWA 4R95A 3UPJA 1TCXA 3URLA 1A9MA 5P3LA 3L59A 3DCRA 1ZPAA 1K2CA 5P5PA 8HVPA 4EJKA 5P0VA 5OZLA 2OHMA 4JPCA 2QZWA 5P34A 2O4KA 2R3WA 4RCEA 1FMUA 5COKA 3UDMA 2O4PA 5P0GA 1B5FB 5P65A 3UDYA 2PWCA 1W6IA 5F01A 4Y3XA 3D91A 5P3NA 5P5FA 1QBRA 5P1SA 3LPIA 5KOSA 3MXEA 5P4YA 3VUCA 1OD1A 1A8KA 3INDA 1B6MA 3UDQA 2APRA 4GMIA 2J9JA 3OOZA 2QD7A 1FFFC 5HE4A 1MTRA 4EJDA 5P20A 3SKGA 2R8NA 1UH7A 4YE3A 5P8UA 3B7VA 3KDCA 3HW1A 1FMBA 5P7NA 2AVQA 3ZPTA 4DH6A 5P68A 3IVHA 5P4QA 5P6FA 4BELA 2P4JA 2V0ZC 3MSJA 3OU1A 5P11A 4Y5AA 2FMBA 5P1PA 5P8FA 4R91A 4WTUA 3UFNA 2QD6A 5I3XA 5P8HA 1QDMA 3KMXA 3NUJA 4S1GA 4KE1A 5OZTA 5P83A 4J1FA 5P85A 1T6EX 1G6LA 5P32A 5E5KA 5ENKA 5P0OA 3KFRA 2Q54A 3IXOA 2PYMA 3FSMA 1XS7D 3NLSA 1PSAA 4Q1WA 5P04A 5P74A 1DW6C 3L38A 4J1KA 1HEGE 3PSGA 5SZ9A 1HVKA 4M8YA 5P12A 3KMYA 4APEA 5P05A 1SGUA 5P54A 4IVSA 2P3DA 1F7AA 3QBHA 3VYFA 5OZKA 3N4LA 2VNNA 1T7JA 3SQFA 3QPJA 1MEUA 2F80A 2FGUA 5P2ZA 5P6IA 5OZUA 5P1IA 5P06A 2O4NA 5P3ZA 2QP8A 2O4LA 4Y3QA 3F9QA 2B7FA 2VIZA 1U8GA 2I0DA 2BPVA 1HOSA 3OQKA 4I1CA 3SPKA 2AVVA 4PZXA 5P1GA 3JW2A 3UCBA 2QU2A 5P7CA 5KOQA 4FM8A 5KQYA 5P26A 3DCKA 3NWXA 3KFNA 1K6TA 2XFJA 1YG9A 2I4UA 3BRAA 1HSHA 2OHKA 4Y4TA 4K4QA 4LC7A 3RTMA 1D4IA 1MT8A 2QI5A 2AVMA 2NNKA 2R5QA 5P4JA 4XX4A 3O99A 4Y4EA 2PYNA 5P7TA 5IVRA 1EC1A 3KDBA 3Q3TA 1W6HA 3EKXA 2BPWA 3VF7A 3VLBA 1EBKC 2P3BB 5P16A 5P2YA 4GJBA 3BC4A 2I4XA 2VJ6A 4RCDA 1GVWA 2VJ7A 5OZ1A 1DAZC 5P6KA 3LPJA 3TH9A 2FDEA 4DQHA 3CKTA 1C6ZA 3OADA 4Y3NA 5P7OA 2ER7E 5P5SA 5P7QA 1FQ8A 4Q1XA 4ZLSA 1HIHA 5P0UA 3OU1B 5OZ0A 2QI7A 3SA9A 5P4PA 5P49A 3A2OA 5P1ZA 3IVIA 3OTSA 1KZKA 3SM1A 2NXLA 3QN8A 1E80E 4K9HA 5P8RA 5P18A 3HD8A 3EKTA 5OZ2A 3OUDB 3PVKA 4Y45A 5P7HA 3OQ7A 4M8XA 1FLHA 5P2CA 1MIQA 4GJ9A 1PROA 2G24A 5P28A 4R92A 4J17A 4GYEA 5DR4A 5P7EA 3RTHA 3EC0A 3EKYA 3PWWA 5AHCA 1UH9A 4DJVA 3Q4BA 7UPJA 2FIVA 4QJ9A 9HVPA 5P2WA 3EL9A 5P0SA 3NU4A 5P8LA 4J0YA 4I8WA 5P0KA 1HXBA 3OXWA 5KQFA 3SFCA 2RKFA 4E43A 5P5LA 3ZMGA 2G94A 2BBBA 1WBMA 4I0HA 4Y37A 2ZDZA 3Q70A 5P1VA 5OYVA 4CPWA 5P5TA 3EM3A 5P2SA 3EKQA 4RCFA 4DVFA 1EPRE 1CMSA 3SKFA 2AZBA 3QS1A 3O9LB 3UQPA 1RNEA 5KQXA 1GVVA 2SAMA 3TTPA 3PBDA 1OEWA 1HVCA 5P3RA 5P0ZA 1A30A 3VSXA 4Y3ZA 4Y48A 1LF2A 4ZSMA 2ZHUA 4XXSA 2AZCA 4LBTA 5P7IA 1B6PA 1KJ4A 1XDHA 3APPA 2AIDA 2ER0E 5HCOA 5P1QA 5OZVA 5EZXA 3MSLA 3UTLA 5P4TA 5P1DA 1QBTA 2H6TA 4LAPA 5P0EA 1N49A 1E81E 3GGXA 2JJJA 2OHPA 5P48A 4I0DA 4I12A 5OZ8A 4QJ7A 1GVUA 5OZ7A 1MESA 3UDPA 5P2DA 2NPHA 3TKGA 1HVSA 5OZPA 1HPSA 2OHUA 4YOBA 2QI0A 3GI4A 4LHHA 5OYXA 5EZZA 5OZHA 5AH9A 4QJ2A 3VCMA 2NNPA 2ZJNA 2ZJJA 3K4VA 5BWYA 5P1YA 3T11A 3ZOVA 2UPJA 3KN0A 2Q3KA 1LF3A 5P5UA 4OBJA 3OHFA 5BRYA 3UFLA 3MXDA 3PHVA 5OZDA 5P2GA 1MTBA 3SLZA 5OYSA 4RVXA 5P2KA 4YD3A 1AJXA 3TKWA 5P62A 1PFZA 3EM6A 2OHRA 5IVQA 2O4SA 1EBZA 2OHTA 5P2IA 1EPQE 2WF0A 3HBOA 4EQJA 4D88A 1NPWA 2IS0A 1SGZA 5P7KA 2RENA 3HVPA 4RVIA 1HTGA 5P72A 5OZXA 4YBFA 4FGXA 5OZ3A 5P3WA 1D4SA 5P01A 3UQUA 4Y50A 1BV7A 5P0JA 3EBZA 4CPTA 5OZGA 4EJ8A 3HAUA 1E82E 3NU9A 5P61A 3M9FA 5P86A 2IQGA 2ANLA 1T7KA 2NXDA 4Y3AA 3UDKA 1AXAA 3NYGA 1FGCC 5P09A 5P2BA 4ACUA 5P4RA 5P5WA 5P63A 5P6VA 5P1NA 3UDJA 5P1RA 5P38A 2HPFA 2ZJKA 1LYAB 1FIVA 4GJCA 5P0BA 2Q64A 2I1AA 4UPJA 5P6LA 3SA4A 3S7MA 3KT2A 2P83A 4YCKA 5P1EA 1KJHA 5P70A 5P2LA 5P4WA 2QHYA 4TRYA 5SY3A 3VLAA 2FDDA 1BAIA 5P0AA 4HZTA 1B6JA 5P3GA 5DQ4A 1QS8A 3PSUA 4K4PA 4LXKA 5P89A 4H1EA 2OAHA 5P8OA 4JOOA 3SA3A 5P4UA 5P0YA 3O9AA 3K5CA 1W5VA 4EYRA 3GI5A 4YDFA 4PZWA 2V11C 4DQCA 3G6ZA 1DIFA 2WECA 5P51A 2QZLA 1SIVA 5P3YA 1XN2A 4GJ5A 1PSNA 4DQFA 5P17A 5P1OA 5P3MA 1W5YA 2FLEA 3EL5A 3GGVA 4L7GA 5P2MA 5P82A 5OZJA 5P8DA 1HVIA 2BKSA 3OAGA 2V12C 1CZIE 3NSHA 1QBUA 4AUCA 1GNNA 3PI5A 5DPZA 3HVGA 4OBZA 2QCIA 5P5XA 4RGHA 2VNMA 4RYCA 1A94A 4J5JA 5P42A 2HS2A 2FNSA 5P0XA 4ZPEA 5P02A 3WB5A 1T7IA 3QIHA 1HWRA 3NDWA 2WEZA 3OU3A 3B80A 2XFKA 3D1ZA 1ZTZA 4BEKA 5P1TA 3CIBA 3EKVA 5P35A 2OHSA 5OZRA 5SY2A 5P14A 3FNSA 3O9BA 4A6CA 4YD4A 5P7YA 3UF3A 5P3BA 5P6QA 3O9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJT A;  4J0V A;  1BXQ A;  4DUS A;  4H3I A;  4FLG A;  2B8L A;  3INF A;  4DI2 A;  2B60 A;  2OHN A;  5P07 A;  5P5Z A;  1PPM E;  5P66 A;  1ZSF A;  4MC9 A;  3OUD A;  3S43 B;  5P7M A;  5P6J A;  3QRO A;  4QGI A;  1HTF A;  5P1B A;  1BDQ A;  1HRN A;  1MT7 A;  4I0J A;  5ISK A;  5P5R A;  1ZPK A;  5P1X A;  4B77 A;  1LF4 A;  5P4C A;  4Y5E A;  4DJR A;  1PSO E;  3R1G B;  3OAG B;  2G1R A;  3VV7 A;  5OZC A;  2NTR A;  4OBZ B;  4H3J A;  1Q9P A;  2ZGA A;  3RTN A;  4TVG A;  5SXN A;  4K4R A;  4Y4D A;  1MRX A;  1BBS A;  3EKW A;  4DQG A;  1BDR A;  3URI A;  4JP9 A;  2ZHR A;  4TRW A;  3INH A;  4D8C A;  4LP9 A;  3LZY A;  2G26 A;  1EPM E;  5P2R A;  4XX3 A;  2BQV A;  1AZ5 A;  1ZSR A;  3FNT A;  4DJO A;  5C9F A;  1KJG A;  5HE7 A;  3WB4 A;  4FAE A;  2VA5 A;  5P1A A;  4Y54 A;  3OGP A;  5P76 A;  3NR6 A;  4CPS A;  2RMP A;  3G72 A;  5P1K A;  1HSI A;  3AUP A;  3I2L A;  5P60 A;  2R38 A;  2PSV A;  3O9L A;  5P4E A;  5P8J A;  3ZKI A;  1KJF A;  5IE1 A;  2IKU A;  3S45 A;  2ER9 E;  4CPR A;  2ER6 E;  4J0P A;  5P5G A;  2ZHS A;  4IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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