4Y4J | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__41871818487989__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__41871818487989__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4Y4J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__41871818487989__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"41871818487989","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4Y4J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__41871818487989__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00d0758e302f528c9cae37/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00d0758e302f528c9cae37/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00d0758e302f528c9cae37/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00d0758e302f528c9cae37/pdb.gz): 182 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endothiapepsin
total genus	78
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2015-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4y4jA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4y4jA01

1W5VA 1FKNA 1TQFA 2IKUA 1EPME 2QZLA 2AZ8A 4OBKA 1UH9A 2I4WA 3U71A 1DP5A 3OXXA 3BUGA 2B7FA 2R43A 5OYYA 2WEZA 4I0ZA 2ZHTA 4MC2A 4FM7A 2F3FA 4JPCA 3L5DA 4PZXA 2ZJJA 4B05A 1E5OE 3DM6A 5P2GA 1SMRA 1AXAA 3SQFA 3BHEA 1B5FA 2JJIA 3IXKA 4D8CA 1RPIA 4L7HA 1K2CA 5OZ6A 3SA7A 5P7WA 1LZQA 1G0VA 3OU4B 2XFJA 5ISJA 5P5XA 2ZDZA 2I4XA 1LS5A 4BELA 4Z4XA 2CEJA 1T6EX 5P4JA 4PZWA 2BB9A 4Y3MA 2NXMA 5P8SA 4B1CA 3SKGA 5P7XA 5HCTA 4FLGA 4D83A 2G69A 3PSGA 3OQDA 5P8HA 4HE9A 2AODA 5P0NA 3T7PA 3IA9A 2OAHA 2AQUA 3OADB 3S43B 3SKFA 1HVRA 2ER0E 5P47A 1W6IA 4BFBA 2PH8A 4OC6B 3TH9A 1IZDA 1KJ7A 2J9JB 3QVIA 5P40A 1D4LA 3DCRA 1APUE 2NNPA 5P6NA 5P86A 5F01A 4PEPA 5ENMA 3NXEA 2Q15A 4I0FA 4RCEA 5P2RA 5P6CA 3ZKGA 3URIA 1FGCC 1FF0C 2ZHUA 5P0YA 5P36A 4YOBA 3SA6A 5P4AA 2P83A 5P18A 1VIKA 3L5CA 2F81A 4Y5NA 2FDDA 3MSKA 3S45A 2NMYA 4YBIA 1HPSA 1OD1A 1HVSA 4CPSA 4B1DA 1WBMA 4L7GA 5SY2A 5AH9A 4Y3WA 5P8JA 4DQCA 3INHA 3EC0A 4YA8A 1HSIA 4KB9A 5P2HA 3OOTA 2CENA 1APVE 5P82A 3TLHA 4GIDA 4J0TA 3WZ7A 5P5ZA 3S56A 4ZSQA 3FNTA 5OZAA 1FFFC 5P4SA 5P6VA 4B77A 2QK5A 4DJXA 1A30A 2ZHVA 4ACUA 3EL0A 3O9HA 1BVEA 5IS4A 1Z1RA 2G26A 5OZ2A 3HDKA 4Y6MA 2QZXA 5P19A 4J1CA 5P3AA 3LZVA 3BXSA 3JW2A 3SABA 2F3EA 1JLDA 4J5JA 3SM1A 1M4HA 5P6KA 1BWBA 1SGZA 4Y3YA 1BV7A 4Y4GA 4UPJA 3LINA 3R0YA 5P35A 2QAKA 1HVHA 1E82E 1FQ7A 5P6UA 5P0BA 4B78A 1ZP8A 1A94A 4DQBA 3S54A 3ZKQA 5P1AA 2G94A 4Y5EA 1LYAA 1M43A 2PC0A 2XFIA 5P1FA 4LC7A 3OXCA 4LBTA 5P8NA 1EPQE 5P7TA 4YCKA 4CKUA 5P6TA 3LZSA 4K8SA 5I70A 5OZUA 5KQZA 1Q9PA 2QU2A 4Y9WA 4R8YA 2ER6E 3CICA 3QP0A 4Y44A 5P4TA 3OXWA 3VG1A 2P8HA 3PM4A 5DQ1A 4B0QA 1LYWB 5P5MA 5P2JA 3ZMGA 4N00A 1TSUA 5P4EA 3NU4A 1BDRA 1FEJC 3DV5A 2FXDA 2IL2A 3L5EA 7UPJA 5OZNA 6APRE 4AA9A 2BPWA 1GVTA 3PCZA 3OOZA 3PMUA 5OZIA 3UPJA 1BAIA 3A2OA 2FDPA 5P8UA 1UH7A 2OHKA 3RSXA 4OD9B 2P3BA 3H0BA 2B42A 1LEEA 5P4LA 2J9KA 3ZOVA 5P5CA 1BIMA 1A9MA 3L58A 5DR3A 3U7SA 5P7OA 2VJ9A 3JVWA 4HVPA 1AJXA 3UQXA 4Y3RA 1W5XA 4Z22A 4ZPGA 3K1WA 5P4VA 4YD6A 2Z4OA 4Y3TA 4YD7A 4HDBA 5P37A 2G20A 3CKRA 1QBRA 3B7VA 2FMBA 3K5CA 3O9LB 4NKKA 5P1PA 3EKWA 2R3TA 1HSHA 5P0AA 3IVHA 2Q64A 2PK6A 2QNPA 3BRAA 5P3ZA 4J1HA 2A4FA 5HDUA 1UH8A 4KE1A 5OZQA 1HVIA 4M8XA 3SA8A 1C6XA 4ZPFA 3OGQA 2G1SA 2PYMA 2I4QA 1IBQA 4DI2A 1EPPE 4GB2A 5P7LA 3EBZA 2R3WA 4OBZB 4RCFA 3VEUA 3QIHA 5P5HA 1LF4A 4FGXA 1G2KA 1CMSA 1PSOE 5P17A 5P2YA 5P71A 5P4HA 1F7AA 2IEOA 5P6AA 3T3CA 2F80A 5P15A 3EKQA 1HTRB 5OZSA 2NMZA 5EZXA 3AIDA 3VYFA 1VIJA 4Y4XA 3NDXA 5OZDA 5P6BA 4ZSMA 5C9DA 5P51A 5P0IA 4I0DA 5P31A 2AVVA 2RKFA 2Q63A 5KOSA 4Y39A 5P0GA 5P8AA 5P66A 1YG9A 3I2LA 1BXOA 4H3IA 5P3WA 5P3EA 2AVSA 1EC1A 5P3RA 1HEGE 1NPVA 5P54A 3DCKA 2BPYA 5P07A 4Y5AA 5P69A 5P6FA 2XFKA 1APTE 3B80A 3EL9A 2Q11A 2HPFA 1MT9A 5P6IA 1SDTA 4MC1A 4PPHA 5E5JA 2QMPA 5IVQA 5P0ZA 5P34A 2H6TA 1HXBA 4FS4A 4Y3DA 5P2TA 5AHCA 2R9BA 4Y3QA 4DQHA 2WEBA 1QBTA 3PVKA 2QP8A 1FMXA 5P6ZA 4F74A 5P8MA 4RROA 5P73A 5BRYA 2HS2A 5P3HA 2PWCA 4MC9A 5P64A 4Y3SA 3S53A 3AUPA 5P2KA 4F73A 5P0JA 5P8DA 4BFDA 5TOLA 5P3TA 5HDXA 3KT5A 5P2DA 1FMBA 3ZL7A 3FV3A 5SZ9A 4I1CA 3UQPA 2NNKA 5P3DA 1E80E 3BVBA 4CPUA 2WF1A 4FRSA 5P84A 2QHCA 1MVPA 3S7MA 4S1GA 5P7FA 5P3LA 5HVPA 5P2OA 5OZ7A 3DOXA 4Y5CA 5P2QA 5P63A 4U8WA 3LPJA 4D89A 4Y4JA 5OZYA 3WZ8A 5P6MA 3O99A 4Y3GA 5P8CA 3BGCA 5P6OA 4CPQA 5PEPA 4I0GA 3WZ6A 4BEKA 3CIDA 4H3FA 2PK5A 3I8WA 4Y53A 5P57A 3NUOA 5P7IA 1EC2A 3VV7A 3ZKMA 4XX4A 5P0HA 2IRZA 2VIJA 2UXZA 4FSLA 3FNUA 3NU9A 3ZPTA 2R8NA 4EJDA 5P1HA 5P5KA 3OTSA 3CKPA 3PJ6A 4Y51A 5P29A 3O9AA 5P78A 1FQ4A 1IIQA 2ZE1A 1ZBGA 5P79A 3K5GA 1FMUA 5OZVA 5KOQA 4K4PA 2FXEA 5OZGA 5DQCA 3SLZA 2O4NA 4E43A 4DJWA 2ZJHA 3C9XA 3OXVA 4HDPA 2PSVA 5KAOA 5P1JA 5HU1A 5IVRA 3TTPA 3WB5A 4FRIA 5B18A 1NH0A 2IS0A 1CZIE 5P5WA 5OYQA 4OBFA 1ODYA 4EYRA 2ASIA 3HAUA 4DJQA 2AZBA 3PI0A 5P43A 3O9EA 5HE5A 1TCWA 3OU1B 3Q4BA 5OYTA 4J1IA 2G27A 5P2MA 3NDUA 2FGVA 3UQWA 2OHLA 1FIVA 2QCIA 5P1KA 1U8GA 2QI5A 4R95A 2WEDA 5P88A 3UDHA 4LXAA 1FG6C 5P2NA 3QRVA 1Z8CA 2ZYEA 1W5YA 1ODXA 3EM4A 3VF3A 3PHVA 5P0WA 5P1OA 1EBWA 3DK1A 1AAQA 5P4MA 4Y48A 4J0VA 5P0OA 5OZMA 5P4BA 4EP2A 5P5UA 3EKTA 1FLHA 5ER2E 4XKXA 3GI0A 2HPEA 1HEFE 5P6HA 2NXDA 5P3XA 4QJ2A 5P0DA 5P5EA 5I3XA 3UTLA 2OHTA 1EPRE 5P85A 3KDBA 3O9IA 5DGUA 2AVOA 5KR1A 3VYEA 4MC6A 4I11A 4EXHA 3TOHA 5HD0A 5JODA 5P0CA 2JYSA 1FB7A 5P2LA 3F9QA 3EMYA 5P6WA 3VYDA 5OZHA 2RMPA 3EKVA 3R1GB 2AOFA 1B6JA 1B6KA 1HPXA 3SACA 5P3YA 5P6YA 5P89A 2BKTA 1FQ8A 2WF0A 1IDBA 1MIQA 2VIYA 2O4LA 2QNNA 5I3YA 9HVPA 2VIEA 1A8GA 2G1YA 2B8VA 5P61A 3VFBA 2FS4A 4ZIPA 5P02A 5P8LA 5P45A 4RZ1A 3IGBA 1IZHA 1K6TA 1GNNA 2OF0A 4F75A 5KR8A 2I4DA 4Y41A 3VUCA 5P2VA 5P8RA 1EC0A 5P46A 3DJKA 3OUDB 5P1UA 4DFGA 3UDYA 4K4QA 4LP9A 3EM3A 5I3WA 1ODWA 2G24A 4R93A 3KDCA 5P33A 4QJ8A 2OHUA 1E81E 2ZJMA 1HIIA 6UPJA 3UHLA 5P0LA 1D4SA 3MWSA 5DQ5A 4Y4TA 5KR2A 3BXRA 3Q70A 5OZ1A 3VLBA 3ZKNA 4OBJA 4B70A 1DMPA 4KUPA 4NJVA 1YTJA 4L1AB 5P1BA 5AHAA 1GVWA 4Y4AA 1XS7D 1SMEA 1XN2A 4GZFA 4DV9A 4GJ7A 4JPEA 1FQXA 5P3GA 4EJKA 5P8TA 3I6OA 5P2IA 4DJPA 5C9BA 4DJOA 3NWQA 2RSPA 4Q1WA 3TKWA 4WTUA 5P81A 5ISKA 3ST5A 1TSQA 1FQ5A 1YTGA 5IVTA 2QI6A 1XL5A 3OUCA 5P32A 1BDQA 3VV6A 3OY4A 3KYRA 5P7YA 4J0PA 1APWE 1W5WA 4RGHA 2QI3A 2BPXA 3NU3A 3OUBA 1IZIA 5P3SA 5OZKA 2I0DA 5P5GA 3OQKA 3K4VA 3UQRA 2Z54A 5P4WA 5P6LA 4CPWA 2ZHRA 1IDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HW1 A;  3ZKI A;  3HAW A;  2ZJN A;  4IVS A;  2UPJ A;  4GMI A;  3NLS A;  4PYV A;  1MUI A;  4J1K A;  5P1X A;  4R91 A;  3EL5 A;  4NJS A;  4JEC A;  5OYX A;  5P65 A;  2PSG A;  2FIV A;  2I4V A;  2G1N A;  5P49 A;  5P04 A;  5P7N A;  4NPT A;  1RQ9 A;  5P2U A;  3BC4 A;  2FLE A;  4L7J A;  5P8E A;  4Y5L A;  5P2X A;  1K6C A;  1OEX A;  4Y50 A;  4LHH A;  3NSH A;  3OK9 A;  5P56 A;  3VV8 A;  3FX5 A;  2NR6 A;  1ZAP A;  3UCB A;  2ZJL A;  2IGX A;  3VSX A;  5P62 A;  1QDM A;  5P3M A;  4FIV A;  4YD5 A;  3GI6 A;  2WF3 A;  3RVI A;  1ZLF A;  3GW5 A;  5P7Q A;  2BJU A;  5OYV A;  5P2E A;  5P4F A;  1ME6 A;  3NU5 A;  4WY6 A;  4TRZ A;  2O4K A;  4Y37 A;  5P3J A;  5BS4 A;  4ZE6 A;  3R2F A;  3O9G A;  3MSL A;  1XE5 A;  4TVG A;  4CP7 A;  4COE A;  4DPF A;  4FSE A;  4D85 A;  5DR7 A;  1MT7 A;  3NYG A;  3OUD A;  5SXN A;  4Y4W A;  4J55 A;  5P1I A;  2OHS A;  1T3R A;  5P06 A;  1EPN E;  3O9C A;  5P1M A;  1C70 A;  1TCX A;  5P2C A;  5P1R A;  4GJ5 A;  5P6S A;  3OU3 A;  4EP3 A;  3D1X A;  3CMS A;  1PPM E;  5P30 A;  2ZHS A;  1WKR A;  4L1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Y4JA

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