4Y53A

Endothiapepsin in complex with fragment 54
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A01
2QMDA 5P4MA 2F8GA 1D4KA 3R0WA 1SDUA 3DCRA 1APTE 5OZIA 2V00A 3KMXA 5P8GA 1HTFA 4Y4WA 5P7XA 4AA8A 2I4DA 3TPRA 2HS2A 5P5JA 2WECA 4J1IA 5CLMA 4CMSA 5P8CA 1RNEA 3S43B 1QBSA 4H3JA 4HDFA 3GI5A 5OZOA 4OBJA 3S8IA 1QDMA 2ZJNA 3S2OA 1MSNA 3UFLA 1MVPA 4GJ9A 3RSXA 1JLDA 4RRNA 1GNOA 4K4PA 5SY2A 2HAHA 4R93A 3INDA 5OZCA 5P85A 2G94A 4RVXA 2OHPA 7UPJA 3OTSA 4Y4BA 1GNMA 1MT8A 2FLEA 4B1EA 5P2XA 3HLOA 4Y5LA 4EP3A 4ZPGA 3QRMA 2CEMA 1IZEA 3KT5A 3OUDB 2MIPA 1LYAB 2O4NA 5P5LA 4Y37A 2VA7A 5P6EA 3VF7A 3HVGA 2OHLA 1KJGA 1MTBA 4GJ8A 4BEKA 2QNNA 1PPME 5P8NA 4Y3AA 2R8NA 2AVMA 2VIYA 5KR1A 1GNNA 4Y56A 1T7KA 5P5XA 2PWCA 5P05A 4GZFA 1KJ4A 2AVOA 2UPJA 4J1FA 1EC1A 1QRPE 3KFSA 2ZDZA 2VNMA 4Y5KA 5P2HA 5UPJA 1GVXA 1PSNA 4J1CA 5P86A 4CPSA 1A94A 2BKSA 4RVJA 3S43A 3WB4A 2HB2A 3HAUA 5P76A 3SABA 5P5BA 1AZ5A 1HEFE 5P3FA 2Z4OA 5P3XA 2A4FA 5P3KA 2FDPA 3UDKA 5OZWA 5P1DA 4LXAA 3BGBA 5OZ1A 4GJDA 5P25A 3TKWA 4DUSA 1W5XA 3IVHA 5P3WA 1FFIC 3O9FA 3HW1A 5DQ4A 5IE1A 5P27A 1NSOA 2UXZA 3RTMA 5P7TA 3ZLQA 4AMTA 1F7AA 5P74A 5E5KA 5B18A 5ENMA 2QD8A 5P3ZA 3UDNA 1TCWA 2AOGA 5OZZA 5P1XA 1YTJA 2BPVA 5P16A 2WEZA 2Q63A 3IXKA 5P5OA 4YD3A 4DJXA 4U8WA 2VNNA 3SKFA 4JOOA 5P7LA 3BUGA 5I3WA 3U71A 2AOCA 1GVWA 1WKRA 3CMSA 2PH8A 3OUDA 1LYAA 5P39A 8HVPA 2I1AA 5P40A 1HPXA 5P0JA 1DP5A 1XE5A 5P6HA 5P50A 3KM4A 1FLHA 5P2OA 4X7IA 2G1RA 1B6JA 2Q3KA 1MUIA 5P30A 1FQ7A 3EC0A 3KF0A 3NU3A 3F9QA 1C6XA 5HDZA 3EL0A 5AHCA 5P02A 4ACUA 3NU4A 3PHVA 3AIDA 5P8UA 3OXCA 2WJOA 1XL5A 3PI5A 2JXRA 1YTHA 5P7EA 2PYMA 5OZDA 5P22A 5P1QA 1G6LA 5P4RA 2HS1A 1K6CA 2ZYEA 4I0GA 4GJBA 4XKXA 5AHAA 5DR7A 4GJ6A 2P8HA 3UTLA 4TRZA 1B5FA 4LXKA 5JFPA 5P3OA 2HC0A 2RMPA 1LF2A 2ER6E 1LZQA 2QNQA 5P6PA 5P4BA 1PSAA 5P04A 5APRE 1GVUA 3OQAA 5ER1E 3EKVA 3S7MA 3TH9A 1B6KA 4I0DA 5P7YA 4FM8A 9HVPA 5P03A 3ZPTA 1APWE 1M4HA 2G1YA 4KE1A 1EBYA 5P73A 4L1AB 3SA8A 4ER1E 4Y58A 4EXHA 3O9AA 2OHTA 2R3WA 5OZXA 3T3CA 5IVSA 2NR6A 4Y9WA 3SFCA 4Y4EA 4YA8A 3UQPA 1ZPKA 2AZ9A 1HOSA 4J1KA 3ZKSA 4S1GA 1AJVA 1LF3A 3OQFA 2PK6A 1XN3A 3BXRA 4YD4A 3LNKA 5DR0A 3RVIA 2XFIA 5P7RA 4QJ8A 3QIHA 1AAQA 3APRE 2Q15A 5P6XA 2WF0A 1EAGA 5P5MA 5J25A 5COKA 3NLSA 2QHYA 5P0ZA 4Y4UA 3WZ8A 3DJKA 4Y47A 5P5NA 5P7PA 5P2WA 3DOXA 2QK5A 2WF1A 3QI1A 5OZFA 4ZPEA 3KFPA 5P2BA 3KT2A 3EKTA 5SY3A 1SIPA 4EJKA 2O4PA 5HDVA 4B00A 1N49A 2Q54A 3VV8A 1NPAA 4AA9A 4FRSA 1DMPA 4Y44A 5P7JA 3PRSA 2EWYA 3B7VA 4MC2A 1FMUA 4RLDA 2FXDA 2B60A 3G6ZA 2Z54A 4FSEA 1GVTA 3EM3A 5P71A 5P4YA 5P4EA 4Y51A 5P31A 5OYRA 4YOAA 4B78A 2F81A 4U7VA 3K4VC 5P8LA 3ZPUA 4L1AA 5P5CA 4Y3JA 4Y5MA 4OBHA 2QAKA 3FNSA 3ECGA 1SMEA 3S7LA 2QI0A 4CPWA 2QU2A 1HVIA 5P4DA 2G22A 1HVKA 4OBDA 5KQFA 1FB7A 3O9LB 3OXVA 3BC4A 3NXEA 2O4SA 5P4SA 2CENA 3VYFA 3B80A 3O99A 4R8YA 5P1LA 5P8MA 5P24A 4ZE6A 4FM7A 5P4UA 4YDGA 3UDMA 1AXAA 1HIHA 4DV9A 1UH8A 5DPZA 1HPSA 3T6IA 4Y35A 4Y3RA 4H3IA 5P6CA 4ZIPA 4I0JA 3OU1A 1BWAA 1NPVA 5OZMA 4ZSQA 2AVSA 2QMPA 2R38A 5PEPA 5HVPA 5P1EA 2OHNA 3T7XA 4YD7A 5P53A 2FS4A 3VV7A 4Y3DA 4TVGA 5P5TA 1HXWA 1LYBB 1W6IA 4HA5A 5P32A 4Y3GA 5P0VA 1YTGA 3IA9A 3L58A 3KDDA 3QAAA 5P1IA 1FQ8A 5P6TA 5P6VA 1ODXA 3FNUA 4CKUA 1XL2A 5P47A 1HSGA 4DQBA 4R92A 5P2RA 1FIVA 3VSXA 5AH7A 4FE6A 1HTRB 3K5CA 3SLZA 4LC7A 5OYZA 3LZYA 5BS4A 4OC6B 4EYRA 4R5NA 3O9DA 1BVGA 3LZUA 3S56A 3T7QA 1CPIA 1TSUA 2BPWA 5KR8A 3VLBA 1TSQA 1EPPE 4I1CA 1PSOE 2P3AA 5AH9A 6FIVA 4Q1YA 2RKGA 5I3YA 1Z8CA 1MERA 3QPJA 1SH9A 4Q1XA 4DJRA 3O9LA 4Y50A 3SQFA 1IDAA 1MSMA 1MIQA 5P4KA 4PYVA 3I6OA 2HB4A 5OZ4A 2OHUA 5P1WA 4I0HA 3GI0A 3RTHA 4A4QA 1XS7D 1AJXA 3WSJA 5P7FA 4B05A 3NUJA 3ZKGA 5P5UA 3UDJA 1WBMA 3QRVA 1Z1HA 2ER9E 2ZJHA 5P1VA 3KYRA 1IZHA 3EKYA 5OZ7A 4LXMA 3OQKA 3A2OA 3URIA 4YBFA 4I12A 4DJUA 3APPA 2H6SA 2NMZA 2WL0A 4Y3MA 4KUPA 3UF3A 3GI6A 4GJAA 2FGVA 5P1BA 1LYBA 3BUHA 4I0IA 5OZQA 5P42A 5KR0A 2HM1A 1PFZA 2QD7A 5OZSA 3UQXA 5P64A 4XX3A 1E82E 3QROA 5P7NA 3CIDA 4EQ0A 4F73A 4WTUA 5P5KA 1K1UA 2O4LA 1SIVA 4DPFA 3CICA 4CP7A 4EQJA 3OK9A 5P4IA 3LPJA 4J17A 4OC6A 1APVE 5P0LA 3I25A 4AZYA 2WF4A 1HVLA 1EPOE 1A8GA 2QHCA 3UQUA 2B42A 3HVPA 1EBWA 5P4VA 1HIVA 3SA4A 1CMSA 3INEA 3G70A 2IDWA 4Y4ZA 5P10A 1EC0A 4QJ9A 1OEXA 5P1FA 3ZKQA 4DQFA 4I10A 3DV5A 1W51A 5OYQA 4N00A 5P34A 1MEUA 4YE3A 1OHRA 2OHMA 3TOFA 5ISJA 3S54A 5P3TA 5C9FA 4Y3LA 5P62A 4QJ6A 5P5VA 1IIQA 2AOFA 4KB9A 4QGIA 4EWOA 5OZHA 5P4FA 4RVIA 1LYWB 1BXOA 3INFA 3GGUA 4PZXA 5P52A 2IEOA 3FV3A 1QBRA 3BVAA 3PWMA 2ZJLA 1EPRE 4GIDA 4EPJA 4FRIA 2XYEA 5P51A 5P1KA 1HVCA 4DQHA 2V13A 3OY4A 5P82A 1SDTA 3ZL7A 4ER4E 4HE9A 1PPKE 2AOJA 5P4HA 2ZHTA 4J55A 5P6QA 1ZLFA 1EPME 4Z2ZA 2AOEA 2QNPA 1YTIA 5P81A 3VYDA 2BPYA 4Q1WA 4Y39A 1AM5A 5C9BA 5P7CA 2G1SA 5KAOA 1LV1A 3L5CA 3CYXA 5P8JA 3R0YA 4U7QA 5P0DA 3QRSA 5P5DA 1DPJA 5P6OA 3K1WA 5P8KA 5OZEA 2NXDA 4NPUA 2IENA 1APUE 2QI4A 4LBTA 3EKPA 5P2NA 5KOQA 3BVBA 5P0OA 5P3BA 2G24A 5OYSA 1A30A 5OZNA 3PI0A 5JFUA 5AH6A 3KFRA 2WHHA 5P78A 2QI6A 3D1XA 5P6KA 5P2FA 2O4KA 1FF0C 4PEPA 1M0BA 5AGZA 1C70A 5P63A 2OF0A 3KMYA 5P1PA 2V12C 5P7KA 5P3QA 1HVJA 5P23A 1PROA 2ER7E 3SACA 5P12A 2G21A 1C6YA 3LINA 1HIIA 5P8QA 2G26A 5DQ5A 1LYWA 3MWSA 5P6WA 1MRWA 4Y45A 2JYSA 1EEDP 4Y3HA 4NJVA 1IZDA 5P66A 3BXSA 2P3BB 4RGHA 3EL5A 3L5EA 4FSLA 1HSHA 5P1NA 3UDPA 2AZ8A 3DV1A 5OYVA 2PQZA 4NKKA 1SP5A 1ENTE 1YM4A 2ANLA 1W50A 1OD1A 4QJ2A 2JE4A 3PSYA 3OWNA 1MT7A 2WEAA 5OZ6A 1D4LA 1BVEA 5P5SA 5P38A 3ST5A 5P7UA 4Y3QA 1D4IA 4GYEA 2IL2A 4EP2A 3PJ6A 2FIVA 3AUPA 2CEJA 5P7HA 3NSHA 4YCKA 3PBZA 5P5GA 5BWYA 4DVFA 3WB5A 5KQXA 4B0QA 2I4XA 4YD5A 5P2GA 1EPLE 3LIZA 4Q1NA 4J5JA 3D1ZA 5P57A 5P65A 5BRYA 5DQCA 1FEJC 4I11A 1K6TA 5P2AA 3M9FA 5P5FA 1D4HA 1OEWA 5P5EA 1FFFC 5P6DA 3TOHA 1FMXA 5P17A 3DUYA 2B7FA 5P0UA 3IAWA 1HPVA 4CPUA 4R95A 5P0XA 2FXEA 2V16C 5P29A 1GKTA 1A8KA 4ACXA 1HTEA 5P8IA 3PSGA 4KE0A 5AH8A 1UH9A 3UDQA 5P7SA 3PSUA 6APRE 4LL3A 1AIDA 1T3RA 5P7ZA 3JW2A 2IGXA 5P58A 5IVQA 1W5YA 2P3CA 2VIEA 3VF5A 2QU3A 4K9HA 2G69A 2I4QA 5P4GA 4IVTA 1CZIE 5FIVA 5OZGA 4DJYA 2ZJIA 5KR2A 3Q5HA 2P3BA 1ODWA 5P6GA 5P75A 4Y48A 2FDDA 3L59A 3OUBA 3QBHA 1LF4A 5P37A 4YD6A 5P4ZA 2XFJA 5P5QA 1MT9A 2HPEA 5P06A 2NNPA 3FX5A 3L3AA 2G27A 3NUOA 5IVRA 2BBBA 5P88A 3ZKIA 4Y5GA 4GJCA 5P3SA 5OZVA 3NXNA 4Y4TA 5P8AA 2HB3A 2FNSA 5P8BA 3L5FA 4FRJA 2B7ZA 7HVPA 4B72A 3TKGA 1DW6C 5P5IA 3PBDA 4XXSA 5P1AA 2PMAA 5P3CA 3PWRA 5P1TA 3PWWA 2P3DA 4M8YA 5COOA 2FNTA 4JP9A 3OUAA 1TQFA 5P8FA 4J1HA 1SGZA 3CYWA 1K1TA 5I70A 3RSVA 2AOIA 2AVQA 5P2QA 5P77A 1ZJ7A 2BJUA 4RRSA 4H1EA 1G2KA 4OD9B 4QLHA 5P46A 3CKTA 3SPKA 4Y53A 2QI1A 1IVPA 2QHZA 2I0DA 4FAEA 2R43A 3VCMA 4FM6A 3QS1A 3C9XA 5P7BA 3ER3E 5P3DA 3S45A 4I8WA 3TPPA 3TTPA 3BRAA 3OHHA 3SA9A 2FGUA 3O9CA 5HU1A 2NXLA 4JECA 3EKWA 5P5PA 4Y54A 3MSLA 5P8PA 3PM4A 1SBGA 4Y6MA 3SM1A 1C6ZA 5HDXA 3BUFA 4TRWA 3LPIA 3LIYA 5P19A 4YCYA 5OZLA 5P43A 5P2ZA 5P3NA 3SO9A 3OQDA 5P3RA 5P79A 3EM6A 5DR8A 5P0GA 4FLGA 2AIDA 1HPOA 3O9EA 1FQ5A 2VS2A 3NDXA 1HXBA 3PGIA 2I0AA 5OZYA 1YG9A 2QMGA 4Y43A 3EM4A 4Y4AA 3T11A 4ER2E 3H5BA 4Q5MA 1E5OE 5P3EA 5P8SA 2ZHSA 1K2BA 2QCIA 3QP0A 4ZSRA 5P4OA 3NWXA 1BIMA 5DGWA 5P3UA 5P2MA 3QVIA 4Y3NA 4FL8A 3VG1A 3URLA 5HDUA 2WF2A 1IVQA 5P0SA 4Y5BA 3LPKA 5ENKA 4GJ7A 5ER2E 4OD9A 3D3TA 2OAHA 2V10C 2JJJA 5P5YA 3GGXA 3TPJA 3HDKA 3EKXA 2RSPA 5P0HA 5P5WA 2A1EA 4CPQA 3Q4BA 3O9GA 3FSMA 1DIFA 1HVSA 4Y41A 3SM2A 2AQUA 4RZ1A 4GMIA 5P69A 3SA7A 4M8XA 3OHFA 5TOLA 3D20A 1BDRA 3QVCA 5P7VA 3KFNA 3R1GB 5OZAA 1VIKA 2PC0A 2ZHRA 3NR6A 1LEEA 5P3GA 5P35A 5C9DA 3VFBA 5P6ZA 5AHBA 3MXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMD A;  5P4M A;  2F8G A;  1D4K A;  3R0W A;  1SDU A;  3DCR A;  1APT E;  5OZI A;  2V00 A;  3KMX A;  5P8G A;  1HTF A;  4Y4W A;  5P7X A;  4AA8 A;  2I4D A;  3TPR A;  2HS2 A;  5P5J A;  2WEC A;  4J1I A;  5CLM A;  4CMS A;  5P8C A;  1RNE A;  3S43 B;  1QBS A;  4H3J A;  4HDF A;  3GI5 A;  5OZO A;  4OBJ A;  3S8I A;  1QDM A;  2ZJN A;  3S2O A;  1MSN A;  3UFL A;  1MVP A;  4GJ9 A;  3RSX A;  1JLD A;  4RRN A;  1GNO A;  4K4P A;  5SY2 A;  2HAH A;  4R93 A;  3IND A;  5OZC A;  5P85 A;  2G94 A;  4RVX A;  2OHP A;  7UPJ A;  3OTS A;  4Y4B A;  1GNM A;  1MT8 A;  2FLE A;  4B1E A;  5P2X A;  3HLO A;  4Y5L A;  4EP3 A;  4ZPG A;  3QRM A;  2CEM A;  1IZE A;  3KT5 A;  3OUD B;  2MIP A;  1LYA B;  2O4N A;  5P5L A;  4Y37 A;  2VA7 A;  5P6E A;  3VF7 A;  3HVG A;  2OHL A;  1KJG A;  1MTB A;  4GJ8 A;  4BEK A;  2QNN A;  1PPM E;  5P8N A;  4Y3A A;  2R8N A;  2AVM A;  2VIY A;  5KR1 A;  1GNN A;  4Y56 A;  1T7K A;  5P5X A;  2PWC A;  5P05 A;  4GZF A;  1KJ4 A;  2AVO A;  2UPJ A;  4J1F A;  1EC1 A;  1QRP E;  3KFS A;  2ZDZ A;  2VNM A;  4Y5K A;  5P2H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EPN E;  2PSU A;  5OZP A;  5P4X A;  2VJ7 A;  4K4R A;  1NH0 A;  5P0F A;  4Y5A A;  1KJF A;  5P2I A;  1EC2 A;  2P4J A;  4GJ5 A;  5P00 A;  3UDR A;  2ZJJ A;  2QP8 A;  5P4W A;  3NU5 A;  4FCO A;  4ZLS A;  2WKZ A;  5DR1 A;  4JPC A;  2V0Z C;  5P36 A;  4DJV A;  5P0A A;  4Y3E A;  4Y3Z A;  2PH6 A;  1FMB A;  3TOG A;  5P1H A;  3R4B A;  4RCD A;  5OZ2 A;  5P3A A;  2R5Q A;  3JVY A;  5CON A;  1D4J A;  5P7D A;  2WED A;  3IN3 A;  3DK1 A;  2OHQ A;  3IGB A;  3OAG B;  2IKO A;  3FNT A;  3I8W A;  5P2Y A;  3RTN A;  4F74 A;  4Z4X A;  3WZ6 A;  5P44 A;  3ZMG A;  1RPI A;  3K5D A;  5P56 A;  5P7A A;  3R2F A;  5P1R A;  3OOT A;  2Q64 A;  4ZEA A;  3Q6Y A;  5P8H A;  4Y4G A;  1XDH A;  4ZSM A;  2AVV A;  4NJT A;  4NPT A;  2OHK A;  3OU4 A;  4LP9 A;  1ZBG A;  5P0M A;  5P20 A;  1G0V A;  3OXX A;  5E5J A;  5P6L A;  2VJ9 A;  5P1Z A;  1ZAP A;  5F00 A;  3Q3T A;  3ER5 E;  3DCK A;  5P68 A;  5P83 A;  1YX9 A;  2F80 A;  3K5F A;  3K5G A;  4L7G A;  2SAM A;  4E43 A;  3T7P A;  1TZS A;  2J9K A;  1HHP A;  3HAW A;  5JG1 A;  4L7J A;  5P1M A;  5P1S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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