4Y54A

Endothiapepsin in complex with fragment 56
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y54A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y54A01
3UDYA 4CPQA 5C9BA 3I6OA 4GJ8A 3LIVA 4K9HA 3OADB 2G1YA 2OHTA 5OZWA 2IGYA 4DFGA 1LF4A 5P3RA 5P5JA 1EPLE 5P6LA 1FB7A 5P2RA 3D3TA 5P70A 5OZAA 5P2DA 4Y5NA 3DUYA 5P7CA 3OUBA 1HPVA 3KFSA 4Y5LA 1QS8A 4J1CA 2B7ZA 2FS4A 2NNPA 5EZXA 5P0YA 5P5MA 3BUFA 2OHMA 3NUOA 5P34A 3GI5A 1IDBA 4OBFA 1SMRA 3CKPA 1HSIA 2Q15A 5ISKA 5OZHA 5KQFA 4J5JA 2PYNA 3K4VA 3T3CA 4B1EA 6APRE 5P3QA 5P10A 3R2FA 5OZ4A 3HZCA 3NYGA 4Y43A 5P4MA 4E43A 3EKVA 5P7FA 4YE3A 5OZEA 3ZL7A 4PZXA 3SFCA 2P3AA 2JXRA 3D1ZA 1D4KA 2NR6A 1A8GA 4L7GA 2WL0A 4J17A 5P60A 1LF2A 5P57A 5P36A 2B7FA 5OZ8A 2ZHVA 4OBZA 3UHLA 5P1KA 1EPRE 3JW2A 2P8HA 1HVJA 4Y58A 5DQ4A 1K6TA 2QI4A 1C6YA 2RMPA 4HLAA 2IRZA 2QMGA 1WKRA 2Q3KA 5JFPA 5P0RA 3L3AA 5OYWA 5ISJA 1HTGA 4Y3JA 1D4HA 5C9FA 2A1EA 5P2KA 4HDBA 4B00A 3CICA 5P20A 1IZIA 3VV7A 3GGXA 2AVOA 3H0BA 3PEPA 3PB5A 4I0JA 1AJXA 1ZPKA 5P4OA 4LC7A 4OBGA 2NTRA 3INDA 2I4VA 5AHCA 4IVSA 3VF7A 5P3FA 4K4PA 5P0MA 3ZMGA 1APTE 5P62A 5JFUA 2BKTA 2ZJLA 3TPLA 2I4DA 5COKA 5P2VA 3OGQA 5P22A 5P32A 1AAQA 2QK5A 3LPIA 5P85A 5P5HA 5P1EA 1C6ZA 2ER0E 5P1MA 2QI5A 3CKRA 4GJ7A 3SAAA 5P42A 4Z2ZA 5P3KA 3OGPA 5HDUA 3DV5A 5P7KA 3TKGA 2VA6A 5P8PA 2QD7A 3QRMA 5KR8A 5P19A 4X2LA 3LIYA 5OYUA 4FL8A 5P1JA 4DQCA 3QS1A 5P4SA 5P0IA 5FIVA 2OHLA 4NJVA 2VIJA 5P0HA 2QZXA 5P0BA 5P5SA 1G35A 5OZOA 4J0VA 2FXEA 4KB9A 1META 5OYRA 4B1CA 4GJ6A 4I0EA 2J9JA 4JPCA 2B42A 1HIHA 1TSUA 4GJAA 3KA2A 4OBHA 3EL5A 3O9HA 1E81E 3VCMA 1KJFA 4NPTA 5OZ5A 5P8HA 5P0VA 1EC3A 2BPYA 2VS2A 2FDEA 1GNNA 2QNQA 4Y3EA 4LXAA 1GNOA 3PVKA 5P2HA 1GVWA 5DQ5A 5P0ZA 2WEZA 2OHQA 4Y3XA 4CMSA 4YBFA 1GVXA 1ODXA 4Y3MA 3UDNA 2AOGA 1C70A 3IAWA 4APEA 3MXDA 1E80E 4FAEA 3DK1A 1IZDA 3OTYA 4DQEA 4RYCA 4JP9A 5P6XA 1OHRA 4Y3WA 2QI0A 5IE1A 3SM2A 3G70A 5APRE 3HVGA 4TVGA 5AH9A 3GI4A 1IBQA 3UDPA 5HTZA 4J54A 5P41A 5P74A 1HRNA 1BWAA 4YCYA 3OQAA 3EKQA 5P6AA 3ZPUA 5P7IA 4YD4A 5T4SA 2OAHA 2PC0A 7UPJA 1LF3A 3HAUA 5I3WA 1SDUA 1LS5A 4RLDA 3BUGA 5P01A 4TVHA 5P1ZA 5P7ZA 2QAKA 2BPXA 4CPXA 1ZJ7A 1T7JA 3OU4B 2Q54A 5P0DA 3KMXA 5P3IA 4Q1NA 4ER1E 1HIVA 3T7PA 4FS4A 1FMXA 3LNKA 3LZSA 3NLSA 1AXAA 4GIDA 4Y4BA 5HCTA 4R93A 5P3OA 2EWYA 5OZZA 5P3LA 5P1BA 1IVQA 3BVBA 4WY1A 5P4ZA 1CZIE 5P2BA 1EAGA 3CIBA 5P7WA 3T11A 1MT7A 3NXEA 5P5PA 5AH8A 5P7RA 4H3GA 5P1XA 5P5OA 5P4HA 3EXOA 5P1YA 3VF3A 3L5BA 1F34A 5P7VA 3O9DA 1RQ9A 4QJAA 5I3XA 4Y4AA 2PK6A 1LYAB 2V11C 5P6RA 3SA4A 2AOFA 3INEA 4J55A 4AUCA 3QBHA 3EKXA 4WTUA 1IVPA 1NSOA 3ER5E 2WEBA 4H1EA 3VV8A 5P00A 2B60A 3PJ6A 5P4BA 4Y36A 1MTRA 1KZKA 4XX4A 3FSMA 5OZLA 3PMUA 5P2IA 2HPFA 3I8WA 2I4QA 3HDKA 1BWBA 2PH8A 3HBOA 4ACXA 5P46A 1GNMA 3K4VC 4EXHA 1BV9A 1BV7A 5P4EA 5P65A 3OQKA 1D4IA 5P13A 4DPFA 3MSKA 4HE9A 1DMPA 3SPKA 5DGUA 4Y4JA 4CPWA 4Y4ZA 3OOTA 3T7XA 2ANLA 1EC1A 5P2JA 3UPJA 5P5WA 5P43A 4RCFA 3KYRA 5P3TA 3EKTA 2IENA 3GGVA 1KJ7A 5P4AA 4Q1YA 1WBKA 1MT8A 4Z22A 1BVGA 1MT9A 1FIVA 5P0LA 3NUJA 1XE6A 3KDDA 3RVIA 3KF0A 4Y51A 1NPAA 5P84A 3INFA 4Y6MA 4F74A 5P0FA 5P03A 4YHQA 4BELA 5OZKA 2QZLA 5P6FA 1FQXA 3FIVA 2OHSA 4R91A 5P6YA 3IN4A 3S43B 4D8CA 1BDRA 3S2OA 1HXWA 3TOHA 2JJJA 2G22A 2F3KA 5OZCA 5P2MA 1E82E 5P0SA 1QBRA 1T7KA 2WF3A 1AZ5A 1LYWA 4PYVA 5P11A 2XYEA 4I12A 4NJUA 3NDUA 1J71A 3URLA 1M43A 5P89A 5P76A 2R5QA 3EM4A 4U8WA 4RCEA 4B1DA 1HSGA 4Y3NA 5P3VA 3WSJA 2G69A 2V16C 4Y50A 4Y47A 3VYFA 5P3MA 5OZNA 2JYSA 2PSVA 1LYBB 3QN8A 5ER2E 5HE5A 5P2FA 3OADA 3R4BA 3IGBA 4Y9WA 3PBZA 3UTLA 5BS4A 4RRSA 3VLBA 1MTBA 1OD1A 2VA5A 3L58A 4FRKA 1HPOA 4OBKA 2Q5KA 2FNSA 4CPSA 1IDAA 4QGIA 1FFFC 5E5JA 1T3RA 5P06A 5SY3A 2IQGA 1FMUA 1K2CA 5P0NA 3B80A 1TW7A 5P17A 1FFIC 2QD8A 5P1VA 5P2SA 2WECA 5P6CA 5P7XA 2P3CA 2NXLA 5KR1A 2WEDA 4QJ2A 2QNPA 4KE0A 4A6BA 3UQWA 2VJ6A 3SABA 2BPZA 2AZ8A 2RSPA 1CPIA 4GMIA 5P5GA 5IVTA 3VV6A 5P38A 4I8ZA 4H3IA 1Z1HA 4JECA 3SKFA 1GVUA 4FRSA 2QD6A 3KDBA 2I1AA 5P1HA 5P6UA 2PWRA 2ZJHA 5P33A 4CPRA 4LXMA 3PSYA 3EKPA 4AA9A 4MC2A 4QJ8A 3FV3A 1F7AA 2HC0A 4Y3GA 1LEEA 1APVE 3O9LB 5B18A 4RGHA 5I3YA 1WBMA 3O9FA 2FIVA 4Y4GA 2Q64A 5P2XA 3OWNA 1EPPE 3PWRA 1RL8A 2G94A 4EXGA 1YTGA 5P3DA 1EPME 2AVVA 3T7QA 5DR3A 2FDDA 1SGZA 4FSEA 3IVHA 2A4FA 5AH6A 3N4LA 5OZGA 5P16A 4EJ8A 3URIA 1G6LA 4GB2A 2AZ9A 3NDTA 5P54A 2R43A 3T6IA 4DQHA 1CMSA 2P3BB 4GJ5A 4RROA 1ZBGA 4Y53A 3PI0A 5CLMA 5P4CA 1YM4A 2ZJMA 3ZKQA 1EPNE 1MSNA 4DVFA 1HBVA 5P8IA 3OUDA 3HW1A 4GYEA 1W6IA 3PBDA 3UDJA 4EP3A 4J0PA 1C6XA 5COPA 1Z8CA 5P5IA 5P49A 3PSUA 1EC0A 3R1GB 1W5YA 3OY4A 5DGWA 4LBTA 5F01A 3O9AA 4HZTA 5P8KA 5P3ZA 3K1WA 1ZSRA 4XXSA 4GZFA 3EBZA 5OYZA 5IVQA 1YTIA 4Y4DA 3RSVA 5P02A 5P5AA 5KR0A 4RVJA 4YCKA 5P40A 1YTHA 2FGVA 5P7JA 4J1KA 2I4UA 4Y3PA 1QBSA 4Y3AA 4Y5KA 3OU1B 3EC0A 4PPHA 3LZUA 5HDZA 3L59A 5P30A 3NDXA 5P4GA 2G27A 2OHNA 5P8VA 4D89A 3ZPTA 1W6HA 4FCOA 1M0BA 5TOLA 2CEJA 5OZPA 3NU3A 2QHCA 3Q70A 3DV1A 3LPKA 5AH7A 1RV7A 3RTMA 2AVMA 5P56A 3QAAA 4MC9A 4I0ZA 3OXXA 2QCIA 2ASIA 2AOEA 1PROA 5P1RA 1MERA 2WF2A 1HTEA 4L1AB 4ZSRA 9HVPA 3B7VA 2ER6E 3OK9A 2PK5A 1B6PA 1QDMA 3KFRA 4IVTA 3SA7A 2O40A 5E5KA 4A4QA 5P0EA 1YTJA 1ODWA 4ACUA 5OZ3A 3PHVA 5P0XA 3HAWA 4ZPEA 4DUSA 5P0UA 2IKOA 4Y54A 5OZTA 1SGUA 2G21A 5P8EA 5P8SA 3EL9A 2I4WA 5P1UA 3CKTA 1FF0C 1W5WA 1AIDA 2CENA 3VG1A 1T7IA 1SBGA 1FLHA 1MESA 5OYXA 2Z4OA 2PH6A 3L38A 1RNEA 3ST5A 1KJGA 3NSHA 5CONA 2H6SA 5P18A 4Y37A 1SDTA 4DH6A 2G26A 4J1FA 4DJYA 3WB5A 1SDVA 1IZEA 2QNNA 5P1OA 1BBSA 1RPIA 4ZPFA 4YD5A 2AOIA 5P4RA 2V13A 5P1IA 5P7OA 2VJ7A 5SZ9A 5P8TA 5P8GA 3O9CA 6FIVA 2ZDZA 4J1IA 1FQ7A 3GGUA 1XN3A 4L7JA 1NH0A 4AA8A 2PYMA 4I0HA 1W5XA 2J9KA 2ZHSA 4N00A 2AZBA 4DJOA 3NXNA 3TOFA 1K1TA 1ZTZA 4Y5GA 5P5VA 5DQ2A 5P1FA 5HCOA 3L5FA 1M4HA 2H6TA 5P3HA 3VUCA 1LYAA 5IVRA 3UDQA 5P53A 5P2WA 4HVPA 1YM2A 4X7IA 2V12C 2ZE1A 2G20A 1Z1RA 5OZYA 3QI1A 5P5DA 5HD0A 4EQ0A 8HVPA 1SP5A 1YX9A 5P72A 5DPZA 5ENKA 3SO9A 3QVCA 3UQPA 1K6CA 1FQ4A 4S1GA 4ER4E 3OTSA 2NMYA 4RZ1A 5OZ0A 1A9MA 5P4FA 4ZLSA 5SXNA 1K1UA 5P28A 2F81A 4TRYA 5P2QA 4F75A 1SH9A 2ZYEA 1MVPA 1NPWA 3EL4A 3PWMA 4LAPA 1UPJA 3FNUA 2P4JA 2QMFA 1K2BA 5P27A 5P0OA 4YDGA 5P5FA 4CPTA 1NPVA 5P5UA 1ER8E 1HVLA 2R8NA 5OZFA 3LHGA 3I25A 2FMBA 5KR2A 3ECGA 3ZKXA 5P8QA 2AZCA 4K8SA 3PCZA 5P2YA 1ZSFA 3TTPA 5OZDA 2HPEA 4ZIPA 5P1AA 2O4NA 4Q5MA 4FIVA 4RCDA 2O4SA 3KFPA 5IVSA 5P2NA 4ER2E 2R9BA 3N3IA 3D91A 3M9FA 3O9GA 3OOZA 2ZHRA 5P5BA 4Y3DA 2AOHA 3EL1A 3QIHA 4DJWA 1EEDP 2BPWA 3D1YA 3TPJA 2PQZA 4J0ZA 4OC6B 4PEPA 5SY2A 3SA9A 3S43A 4FGXA 2G24A 4J1EA 5P04A 1G2KA 1BDLA 4A6CA 2QI1A 5OZMA 1B5FB 5P23A 4F76A 1HEGE 5P5LA 5P5TA 5P69A 2ZJKA 2QHZA 5P73A 3UFLA 4DQGA 4D83A 2B8VA 3OXVA 2QI7A 2G1NA 5COOA 1EBZA 3SA6A 1LZQA 5P80A 4HA5A 5P05A 5OZQA 5P7MA 2VA7A 2ZHUA 5F00A 5P0PA 4FLGA 3PSGA 5AHAA 1FKNA 5EZZA 1B6LA 2NNKA 3O9IA 5P7DA 5P7EA 1MIQA 5P35A 5P0KA 3K5FA 7HVPA 3LZVA 4Y57A 4L7HA 4EJDA 4ZSMA 1LYBA 2F8GA 1D4LA 2WF0A 1U8GA 5P66A 2B8LA 3SACA 4DI2A 5OZIA 4Y4TA 5P31A 4NJSA 2BPVA 5P3XA 5P7YA 2P83A 3IA9A 4EJLA 5P6EA 1HHPA 2ZGAA 3JVYA 3IVIA 5P64A 1FQ8A 5P24A 4PZWA 3ZKMA 3BC4A 2WF1A 2HB4A 4FM7A 5PEPA 3JVWA 3APPA 4GJCA 4U7VA 5P6MA 3PI5A 4GJ9A 1HPXA 5KQYA 2SAMA 3SLZA 1XS7D 5P6PA 5P6KA 5P6NA 5P67A 5P2EA 3SQFA 4RRNA 1UH7A 1AJVA 1EBKC 5P0GA 3QRVA 2R38A 3ZKGA 4Y56A 5OZUA 1DPJA 2BJUA 2Z54A 3DM6A 5P0QA 4D88A 1T6GA 2FGUA 3VSWA 2PMAA 5OZ6A 3I7EA 1B6KA 4LHHA 4DJQA 1FMBA 4QLHA 5P1GA 5P8LA 3O9LA 2IL2A 2F3EA 5OZJA 4LL3A 3VYDA 4JPEA 3LPJA 4CPUA 4YD3A 4YD7A 2BB9A 1HVCA 3FNTA 2APRA 5P8AA 4B77A 1UH8A 2ER7E 2NPHA 1FGCC 5IS4A 4FRIA 4HDFA 3CYXA 3TKWA 4EWOA 4AZYA 4Y5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDY A;  4CPQ A;  5C9B A;  3I6O A;  4GJ8 A;  3LIV A;  4K9H A;  3OAD B;  2G1Y A;  2OHT A;  5OZW A;  2IGY A;  4DFG A;  1LF4 A;  5P3R A;  5P5J A;  1EPL E;  5P6L A;  1FB7 A;  5P2R A;  3D3T A;  5P70 A;  5OZA A;  5P2D A;  4Y5N A;  3DUY A;  5P7C A;  3OUB A;  1HPV A;  3KFS A;  4Y5L A;  1QS8 A;  4J1C A;  2B7Z A;  2FS4 A;  2NNP A;  5EZX A;  5P0Y A;  5P5M A;  3BUF A;  2OHM A;  3NUO A;  5P34 A;  3GI5 A;  1IDB A;  4OBF A;  1SMR A;  3CKP A;  1HSI A;  2Q15 A;  5ISK A;  5OZH A;  5KQF A;  4J5J A;  2PYN A;  3K4V A;  3T3C A;  4B1E A;  6APR E;  5P3Q A;  5P10 A;  3R2F A;  5OZ4 A;  3HZC A;  3NYG A;  4Y43 A;  5P4M A;  4E43 A;  3EKV A;  5P7F A;  4YE3 A;  5OZE A;  3ZL7 A;  4PZX A;  3SFC A;  2P3A A;  2JXR A;  3D1Z A;  1D4K A;  2NR6 A;  1A8G A;  4L7G A;  2WL0 A;  4J17 A;  5P60 A;  1LF2 A;  5P57 A;  5P36 A;  2B7F A;  5OZ8 A;  2ZHV A;  4OBZ A;  3UHL A;  5P1K A;  1EPR E;  3JW2 A;  2P8H A;  1HVJ A;  4Y58 A;  5DQ4 A;  1K6T A;  2QI4 A;  1C6Y A;  2RMP A;  4HLA A;  2IRZ A;  2QMG A;  1WKR A;  2Q3K A;  5JFP A;  5P0R A;  3L3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4WY6 A;  1B5F A;  1GVT A;  1Q9P A;  2AVQ A;  5OZ7 A;  5P5X A;  1D4J A;  5P87 A;  4FE6 A;  5P14 A;  1DAZ C;  5JG1 A;  5P4D A;  4GJD A;  3O9E A;  2HAH A;  2F3F A;  2WHH A;  3VSX A;  2VNM A;  5ER1 E;  1PPM E;  2O4L A;  5P77 A;  2BBB A;  4H3F A;  4R92 A;  5P8O A;  1FG6 C;  3F9Q A;  5P6B A;  4ZSP A;  1MUI A;  3ER3 E;  4JOO A;  5P68 A;  1LV1 A;  1ZAP A;  2WF4 A;  2UXZ A;  5P4X A;  3KT5 A;  3MSL A;  5P6G A;  1PSN A;  3PCW A;  4HEG A;  3PMY A;  3LIZ A;  2WKZ A;  1T6E X;  4APR E;  1D4S A;  5P5Z A;  2I0A A;  4ZEA A;  3L5C A;  3D1X A;  3NU6 A;  1FQ5 A;  4H3J A;  5P61 A;  1A8K A;  4OBD A;  1FG8 C;  5P2C A;  1W50 A;  2IEO A;  5P6W A;  5HU0 A;  2WJO A;  4U7Q A;  5OYT A;  5BRY A;  4FSL A;  4B72 A;  4Y5P A;  1TZS A;  4Y4W A;  4UPJ A;  3SA5 A;  4Y3Q A;  5P3J A;  2OHK A;  5P1L A;  3KDC A;  4Y48 A;  5P12 A;  2HB3 A;  4ZSQ A;  6UPJ A;  1B6J A;  4Y5B A;  2V0Z C;  2F80 A;  5P6S A;  5P4Y A;  4R95 A;  5P4L A;  5P7H A;  1EC2 A;  4TRW A;  3OQ7 A;  4BEK A;  1K6P A;  3K5G A;  4BFB A;  1PSA A;  5P7U A;  4B0Q A;  3KFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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