4Y56 | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__580318453133372__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__580318453133372__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4Y56/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__580318453133372__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"580318453133372","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4Y56/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__580318453133372__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00d072adecd8c5636aeced/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00d072adecd8c5636aeced/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library rcsb
molecule keywords	Endothiapepsin
total genus	88
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2015-02-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4y56A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4y56A01

3NSHA 3G72A 3CIDA 3OHFA 4RLDA 4I0GA 5OYQA 1HSHA 3ZOVA 1FQ4A 4I0EA 1OEXA 2WF4A 3WZ6A 2VA5A 5P15A 3QVIA 4CPRA 1MESA 1BXQA 5I70A 3EL1A 3TPLA 1BV7A 4RVJA 3INEA 5P7XA 4RVXA 5P4NA 4L7HA 1ZBGA 3ER5E 2IDWA 4NPUA 3WB4A 4DJUA 3PLDA 3T11A 5P6CA 4DJQA 3UFLA 4Y57A 4F74A 1RPIA 2V12C 5P3ZA 3KFRA 3FNSA 1FQXA 2VIEA 3EL9A 4NKKA 2P3BA 4Y3EA 5CONA 2P83A 2OHQA 3QRVA 4Y43A 2BPVA 4Y4UA 3TH9A 3PWMA 4PPHA 4QJAA 2I4DA 5HVPA 1FQ6A 1HVKA 4DH6A 4Q1NA 3PMYA 2WJOA 4Y4JA 3SA4A 3VFAA 3S85A 3TKGA 1AJXA 5P26A 4X2LA 2VA7A 5P86A 2WF0A 4CPTA 5P2OA 4AA8A 5P1IA 5I3XA 4OBZB 2IQGA 3TLHA 2Q55A 4FSEA 4L7GA 2QU2A 5P4EA 5P7GA 3RTMA 4DV9A 3QVCA 1BAIA 3EKTA 5OZ2A 5P5DA 1LEEA 2P3DA 4B05A 1K2CA 3PWRA 4FRKA 5I3WA 2B42A 5OZMA 2NPHA 1MPPA 5P36A 3UDRA 3APPA 2P4JA 3RSVA 3VV6A 1XE5A 1XE6A 1LYAB 5P4BA 2ZJKA 2R38A 3UDMA 5P78A 3TTPA 1AM5A 5P8TA 5P81A 3OUCA 3S54A 3R2FA 2H6SA 3QAAA 3IVIA 5P4IA 4YBFA 1BV9A 5P0DA 1D4YA 4Y5LA 5P0TA 5P7FA 5P7IA 5P6NA 4GJ7A 5P5YA 3KDBA 4KE1A 1FFFC 4K4QA 3KDCA 2OHPA 3GGVA 1APVE 2WF3A 2NMZA 5P4UA 5P8HA 5P5CA 1XS7D 2AZ9A 3NDTA 5CLMA 1JLDA 5P73A 2WL0A 4I12A 4RCEA 1ENTE 2QMPA 4Z4XA 1B6MA 2QD8A 3QP0A 4B1DA 2OHLA 4EPJA 5P3NA 5P6SA 1YG9A 2QZWA 1YM2A 5OZCA 1SMRA 4J1CA 1G2KA 5P8VA 1B5FB 3OADA 3FNUA 3SLZA 4Y6MA 1T7KA 3KT2A 5OZ3A 5DR3A 3JW2A 4RYCA 4DVFA 4DQEA 3OQKA 4GJ8A 4Y3YA 2O4NA 2R3WA 4RZ1A 1YTHA 3FSMA 3JVWA 3WSJA 3IXKA 1BDLA 3HVPA 4APRE 5P1XA 5P1OA 3FNTA 4H3JA 4I0ZA 4LHHA 3LHGA 3IXOA 5OZQA 5P20A 4WTUA 3KFNA 5P5GA 1SGUA 3S45A 5P7CA 5P5NA 3OU4A 4CPUA 5P0VA 3BHEA 5P5KA 2FDPA 4GJBA 5P8KA 2AOGA 1QBSA 5P7JA 4D88A 2AOJA 1QRPE 1ZPKA 3PSGA 5HDUA 5P8PA 4NPTA 3UDHA 1MTBA 2NTRA 3HW1A 1HTGA 3UQWA 1UH7A 2ZJIA 5P55A 5OYYA 4HLAA 2VIZA 2VNNA 3SM2A 5P7VA 5P7WA 4OD9B 3NDXA 3QRMA 5P4FA 1AAQA 3OQDA 4GIDA 3KM4A 2ZJMA 3LITA 5P2AA 5P6RA 5BWYA 1ME6A 5COKA 3LIZA 4YDGA 5P5WA 5AH8A 3HD8A 4YA8A 2I0DA 2XFIA 5P1AA 2G21A 3KMXA 1EAGA 4TRWA 5P38A 3QBFA 4Y3RA 5P8AA 5OZLA 5P0CA 2QMDA 4FIVA 5OZFA 2QD7A 4DJXA 1DAZC 3QS1A 3SA9A 3PVKA 1UPJA 5P1DA 5P67A 2B60A 4J0YA 2PYMA 3T7PA 5P4WA 5P7ZA 4CPSA 3JVYA 4B72A 3L5CA 5P3BA 1FMUA 5P6XA 2WF1A 5HTZA 3Q6YA 5E5KA 5ISKA 4YE3A 1DW6C 3S7LA 1W5VA 2OHNA 5P4DA 2J9JA 5P6PA 5P8QA 3BGCA 2G22A 4R93A 4CPXA 2PYNA 5AHBA 4TRYA 5P1UA 4DQBA 2ZHVA 4LBTA 1EPPE 5P63A 4GYEA 4A6CA 4LXAA 4ACXA 5P42A 4B0QA 1IDBA 4TRZA 4R91A 5AHCA 4L1AB 3L38A 1ODWA 4NJSA 5P83A 1W5YA 4Y37A 2FNTA 3UDYA 1HPSA 5P39A 1HIHA 3DUYA 3I8WA 5P1JA 5DQ1A 2O4LA 2ZE1A 5P3EA 1Z1RA 3ER3E 5P3DA 5P8CA 3O9LA 4GJCA 3O9CA 5OYRA 4Y54A 4F76A 1OHRA 5P5IA 5P8JA 5P2ZA 4J0PA 2IGYA 3QROA 3OUDA 5OZ5A 5IE1A 2G69A 5AGZA 4Y4GA 1EC2A 3OWNA 3UDNA 1IZDA 3WZ7A 3PI0A 4FM8A 5P8OA 3DK1A 5HE4A 5P69A 1TSUA 3D20A 4MC2A 5P2RA 4OC6B 1W5XA 2NMYA 2QI1A 3S53A 3EKXA 3URJA 4A6BA 1XN2A 4L6BA 5P3UA 5P40A 5P24A 3UQUA 4EJ8A 4JECA 3BXRA 2ZHRA 3Q4BA 4HZTA 1HHPA 2FDDA 4RCFA 1D4JA 5DGWA 4EXGA 1ZSRA 2AOEA 2JJJA 2BKSA 4RVIA 1HOSA 2OAHA 5P5ZA 2Q63A 5P7NA 5P87A 2QI3A 4Y53A 4MC1A 2ZHUA 5P4MA 3FX5A 1PPLE 3T7XA 5OZEA 3UF3A 5FIVA 5P77A 1C6ZA 4Y56A 5P6HA 4QGIA 3KDDA 5P0PA 4GJ9A 2V00A 3WB5A 5P7QA 4GZFA 3BUGA 2PSVA 1T6EX 1HIVA 5P0SA 2QZXA 4J55A 5OYXA 5P2BA 1KZKA 3RSXA 5HCOA 4Y4XA 4F73A 2NXLA 5P2FA 5P5OA 2AOIA 1LYWB 3K1WA 1EBYA 5P70A 2ER7E 4K9HA 3LINA 4HDPA 3FKTA 2AVOA 5P64A 4Y5GA 2UY0A 3A2OA 5P00A 4YOBA 4FGXA 5P0IA 1MT9A 1SH9A 4FL8A 4BFBA 2B8LA 1EPME 5P0XA 5P84A 1HPOA 3GGXA 4J0ZA 3S7MA 4FRJA 4DJVA 2OHSA 1LF3A 4JPEA 1HBVA 1B6LA 5P46A 2R9BA 2FDEA 5P09A 3VFBA 3VUCA 4DI2A 3EKQA 1J71A 3SPKA 1FKNA 3NU6A 5P6WA 1TCXA 3NWQA 5P6QA 4FAEA 4QJ9A 4Y3WA 5P1FA 5P5QA 4RYGA 3GI0A 4QJ8A 3DOXA 4EQ0A 1XDHA 2RMPA 1K6TA 1ZSFA 3OXXA 3EKVA 4ZIPA 3G70A 5PEPA 4YCTA 2CEMA 1ZLFA 2VA6A 5P5XA 5COOA 4EHCA 2QU3A 1Z1HA 2PWRA 1MRXA 3AIDA 3K5CA 5P4KA 1K6CA 3NDUA 5ISJA 4YD5A 5P6VA 2G1OA 3TPPA 1EC3A 5P2YA 1PSAA 5P5MA 5P5AA 5IVRA 2OHMA 1FIVA 3VV8A 5KR1A 3T6IA 4MC6A 4D89A 4I8WA 4Y58A 2FIVA 3EKYA 4ER2E 3TL9A 1HVCA 4S1GA 3UQXA 1SDTA 1G0VA 2XYFA 1K2BA 4LXMA 5P3CA 3K4VA 3UDQA 2VS2A 1EPOE 3UTLA 4I10A 5P4GA 2NXMA 3MXDA 4Y5PA 1IIQA 5P59A 2FGVA 5P5UA 1GVWA 4ZSQA 5P0MA 4PEPA 3SQFA 3S43B 4R5NA 2NNPA 5P0BA 1B6KA 3URLA 4Y3DA 3GI5A 1OD1A 3ZPTA 2EWYA 4OBFA 1D4HA 5KQXA 5P7RA 3O9GA 4DQGA 4Y4WA 4YBIA 5DQ2A 2HB4A 1GVVA 1BDRA 5P4YA 2NR6A 3SO9A 2ZJNA 5AH6A 1EBKC 2P3AA 4D8CA 3SA6A 2QMFA 3K4VC 3PB5A 3KT5A 3EM4A 4GB2A 4D83A 5P1LA 5P1GA 5P48A 3TNEA 1TW7A 4ZPGA 4XKXA 3WZ8A 3OQAA 1WBKA 4UPJA 4Q1WA 5P7HA 4ER1E 5P18A 5P62A 1PSNA 3ST5A 4YHQA 5SY3A 1TCWA 1ZPAA 1QBUA 4Y3ZA 1HRNA 3Q5HA 5P29A 5P3JA 1HEGE 4HE9A 3NU9A 5P60A 3ZLQA 2AZBA 4R95A 2Q5KA 4R92A 1VIJA 3K5DA 3N4LA 5P7AA 5P0FA 3CYWA 4KB9A 4Y4ZA 4OBKA 1YX9A 4ZSRA 1QDMA 5P1CA 2QHCA 3VYEA 5P4CA 5AHAA 3VYDA 4YD4A 4YD3A 1NPAA 4H3IA 5KOQA 3UPJA 3H5BA 2WEDA 1GVXA 3IXJA 3O9BA 5P75A 4Y3SA 2AOHA 4Y47A 3EM6A 5JG1A 3RVIA 4APEA 2WEAA 2AZ8A 2XFKA 3UCBA 4NJTA 4RROA 3OUAA 5EZZA 3O9FA 2HIZA 1BWBA 3ZMGA 2QAKA 3O9EA 4Y41A 2O4SA 1META 5P68A 5P0QA 3GGAA 3EM3A 5HDVA 1VIKA 4EJDA 1HWRA 4BFDA 4DUSA 5P1HA 5P71A 4JPCA 5P3AA 4B00A 5DPZA 5I3YA 5P8BA 4DJPA 5P56A 5P2NA 2ZHSA 4Z22A 2IL2A 1T6GA 2PWCA 1APWE 1ODXA 2Q15A 5P5FA 5P89A 5P2KA 1T7JA 4QJ2A 2R5QA 4LAPA 3OAGB 1AVFA 2WHHA 4J5JA 2JXRA 5P8RA 5P1ZA 1LYBA 1KJFA 2PC0A 5DR1A 5P88A 3BUHA 3O9AA 3PCZA 2UPJA 5P1PA 3SAAA 5KR2A 4OBDA 3L58A 4J54A 3INFA 1M43A 2PSUA 2PH6A 3OTYA 2BPWA 3CKTA 4NJUA 4Y38A 1LF4A 5P7SA 3NU4A 4FS4A 3URIA 2FMBA 5P3VA 4R8YA 1PPKE 5P4XA 3BGBA 5P2TA 1HVLA 2FLEA 2WF2A 1NPVA 1M0BA 5BRYA 1E82E 4AUCA 1DMPA 1HIIA 4DJWA 5OZRA 3CICA 3O9DA 4Y3PA 5P4AA 2I4VA 4DJOA 5P0GA 2AQUA 1W50A 1Q9PA 1HSIA 5P7TA 1YTIA 5P7UA 3OU3A 5P4SA 5OZHA 3VSWA 4GJ5A 5P1WA 1IZEA 4Y4DA 5SZ9A 2QI6A 4YOAA 5P44A 3NWXA 4Y5MA 3IAWA 4M8YA 4MC9A 2G27A 3UFNA 5P0UA 5OZAA 3I7EA 5P2DA 1EC1A 5HU1A 3DV1A 1D4KA 1LF2A 3EL0A 3BVBA 4Y3GA 3LIYA 3Q70A 2F3FA 2RKGA 2A1EA 5DR4A 4J0VA 4Y3HA 1BDQA 3INHA 5P6AA 2QI0A 1KJ7A 2HB2A 4LXKA 2QZKA 1FF0C 2QD6A 3DV5A 4EP3A 3Q3TA 5P1RA 5P1SA 4QJ7A 5OZDA 3IVHA 5P03A 5KR0A 4DPIA 1MUIA 5P45A 5J25A 4COEA 3BRAA 5OZWA 4Y3TA 2ZJJA 5P79A 3TOGA 4OBZA 1FFIC 2RSPA 1FQ8A 5P6ZA 2G26A 3OU1A 2V13A 2IRZA 4EXHA 2P8HA 4DQFA 4WY6A 1BXOA 3SKFA 1MTRA 5P1KA 5P2GA 3L5DA 4ZPEA 2ZHTA 3F9QA 5P4HA 4FLGA 1QBTA 3UQPA 4K8SA 2HC0A 4FRSA 4AZYA 5P7OA 1GVUA 5P2SA 3C9XA 5P6GA 3NLSA 5DGUA 5KQFA 2FXDA 3CIBA 3PSUA 5P43A 1LYAA 2PH8A 4A4QA 5P17A 1M4HA 1T7IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3NSH A;  3G72 A;  3CID A;  3OHF A;  4RLD A;  4I0G A;  5OYQ A;  1HSH A;  3ZOV A;  1FQ4 A;  4I0E A;  1OEX A;  2WF4 A;  3WZ6 A;  2VA5 A;  5P15 A;  3QVI A;  4CPR A;  1MES A;  1BXQ A;  5I70 A;  3EL1 A;  3TPL A;  1BV7 A;  4RVJ A;  3INE A;  5P7X A;  4RVX A;  5P4N A;  4L7H A;  1ZBG A;  3ER5 E;  2IDW A;  4NPU A;  3WB4 A;  4DJU A;  3PLD A;  3T11 A;  5P6C A;  4DJQ A;  3UFL A;  4Y57 A;  4F74 A;  1RPI A;  2V12 C;  5P3Z A;  3KFR A;  3FNS A;  1FQX A;  2VIE A;  3EL9 A;  4NKK A;  2P3B A;  4Y3E A;  5CON A;  2P83 A;  2OHQ A;  3QRV A;  4Y43 A;  2BPV A;  4Y4U A;  3TH9 A;  3PWM A;  4PPH A;  4QJA A;  2I4D A;  5HVP A;  1FQ6 A;  1HVK A;  4DH6 A;  4Q1N A;  3PMY A;  2WJO A;  4Y4J A;  3SA4 A;  3VFA A;  3S85 A;  3TKG A;  1AJX A;  5P26 A;  4X2L A;  2VA7 A;  5P86 A;  2WF0 A;  4CPT A;  5P2O A;  4AA8 A;  5P1I A;  5I3X A;  4OBZ B;  2IQG A;  3TLH A;  2Q55 A;  4FSE A;  4L7G A;  2QU2 A;  5P4E A;  5P7G A;  3RTM A;  4DV9 A;  3QVC A;  1BAI A;  3EKT A;  5OZ2 A;  5P5D A;  1LEE A;  2P3D A;  4B05 A;  1K2C A;  3PWR A;  4FRK A;  5I3W A; 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4Y56A

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