4Y5NA

Endothiapepsin in complex with fragment 337
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5nA01
3HDKA 4L7JA 4GJ5A 1W50A 4YD6A 4DQEA 4GJBA 5P5JA 2OHUA 1MRXA 5OYWA 1MERA 3NXNA 5HE5A 1GNOA 5P7SA 3ZKMA 4YCTA 5KQXA 5P1QA 1HVRA 3NUOA 5P36A 5P4PA 2BQVA 4Y47A 2WKZA 3GI4A 5P5DA 3CYWA 4BFBA 1ZP8A 4ZLSA 3U6AA 4NJUA 4H3IA 4ZSMA 4Y3QA 3R4BA 3TPJA 5IVTA 3OOZA 1TQFA 1FG6C 4RLDA 5P8MA 1AZ5A 2RKFA 2VIJA 1AXAA 1NPAA 3IXKA 1YG9A 1VIKA 5P7RA 1FEJC 5P4WA 1TZSA 3SAAA 3VLAA 3VLBA 3DCRA 3S54A 5KQFA 4MC1A 1HVLA 2ER7E 5P03A 5P7VA 1BBSA 5I3YA 4ZPGA 5DR0A 5P01A 5P7JA 4PYVA 2OHRA 2QNPA 2ZHVA 3OY4A 5P1WA 1KJ4A 3L5EA 3ZKNA 4L6BA 4J1EA 1LYAA 5AHBA 2P3DA 4RCFA 4DQHA 1JLDA 1EBWA 1LYAB 1M4HA 2PYMA 4OBFA 3PBDA 1FQ7A 3TL9A 2QMPA 2QZKA 5P5NA 5P5MA 2IRZA 4ZIPA 1EC2A 3EKTA 2BKTA 3NDUA 4QJ2A 4Y45A 3CICA 1HOSA 4MC9A 1D4YA 5P3RA 4ZSRA 1HHPA 1HEGE 3H5BA 3S56A 2VIEA 4Y3RA 1SH9A 1A8KA 2ZGAA 4Y4JA 4EJLA 2HB4A 3LPIA 4QJ9A 4R91A 3EM6A 3S2OA 2R43A 3DJKA 4B77A 1LS5A 4F73A 5P3OA 3DCKA 5P7WA 3ZOVA 5P68A 5OZZA 3OUBA 5P0UA 4I8WA 4L7GA 3PSGA 5OZNA 5P7AA 4TVGA 5P3WA 3K5DA 4KB9A 5P3VA 1HTRB 3INDA 5P69A 1XL2A 2AODA 3D1YA 2PYNA 1MT8A 2O4KA 5P4AA 5OZQA 4BFDA 5P8TA 2VKMA 4Y3AA 3D1ZA 5P49A 4Y4DA 3I6OA 4F76A 2ZJLA 3RSVA 5J25A 4JP9A 5P04A 5OZAA 1EPPE 3L58A 3HZCA 1D4HA 5P81A 2G1YA 3OU3A 3O9FA 3OADA 3QBHA 5P45A 4JOOA 5CLMA 2ASIA 4GYEA 4Z2ZA 3OADB 3SKGA 3O99A 4LXAA 3LZYA 5COOA 3QS1A 5P1XA 4YOAA 3LINA 1MTBA 1T7IA 3INEA 3URJA 3IAWA 5P4SA 3T7PA 3S85A 2QD8A 5P1PA 4EQ0A 4BEKA 1HVIA 5P4MA 3FNTA 3NWXA 4GJ8A 1HIHA 2HB3A 5P8DA 5OZFA 3ER3E 1BILA 1HRNA 3NYGA 3TTPA 2IS0A 4J55A 4L1AA 1YTIA 5P2CA 2IQGA 5E5JA 4Y3TA 5P6LA 5P7ZA 3CYXA 2BPZA 4GJ7A 3LPJA 4L1AB 4Y3DA 4D8CA 5P11A 2WECA 2V0ZC 4RVIA 1HXWA 3UQWA 5P1DA 3T6IA 5OZMA 4J17A 4DJPA 5ER2E 2I4DA 2R38A 4EXHA 4APEA 4Y4BA 4KE1A 4EJKA 4Y35A 4LP9A 3OWNA 2VIZA 3SM2A 5P8VA 3VF3A 4LXMA 4Y50A 3SA8A 2AZ8A 5P8AA 5P3GA 4ACUA 3SA7A 5P83A 2G69A 1YT9A 5OZEA 5UPJA 3GW5A 1YM4A 3DV5A 4J0VA 1U8GA 5P07A 2OHQA 3ZKIA 1BVGA 4Y4UA 4DJYA 5P8BA 3TPRA 4PHVA 4RVXA 4I0ZA 5AHCA 3LNKA 4Q5MA 5P02A 4U7VA 3KA2A 5P0SA 5C9DA 1AIDA 3EL4A 4CMSA 3OHFA 4Y5NA 5DR1A 4QJ7A 3R0WA 2BBBA 2QZLA 3OUAA 2BPVA 5P1LA 5P6FA 2AVSA 3C9XA 5P5AA 2F3EA 3IN4A 4LBTA 5P6RA 5P2TA 2CENA 5AGZA 4K9HA 2PK6A 4CPRA 4PZWA 4GJCA 1FQXA 1E82E 2G1OA 1CMSA 4FAEA 5P5EA 1ER8E 2G94A 4DQGA 5P6DA 3OXCA 4I0IA 1HEFE 4COEA 4TRYA 5P1JA 2HC0A 4Y5AA 5P3HA 1EPRE 2R5QA 4Y3SA 1SGUA 5P3IA 3SABA 3EKYA 1B6KA 4Y36A 5P24A 5P7OA 2QZWA 4CPTA 2QU3A 4OBJA 1TSQA 4ER2E 5P4RA 4U7QA 2R3TA 4Y37A 2PSVA 5P30A 4ZE6A 3OQKA 1LYWA 1W6IA 4NKKA 2CEJA 5P7YA 1LYWB 4WTUA 2Z54A 1C70A 3PI0A 3NR6A 5P44A 2FS4A 4Y3LA 5P6TA 3QRMA 1E80E 5P0YA 4B00A 2FIVA 1DPJA 4YBIA 3ZKQA 3DM6A 4I1CA 3JW2A 5P5LA 3TOGA 3TKWA 3OK9A 3OUDA 4FSEA 3LIZA 3UFNA 2ZJMA 3EKPA 5P0KA 5P29A 3M9FA 3MSJA 3BGBA 1FKNA 1TCWA 2UY0A 2QI6A 5I3XA 4DPIA 3TPLA 4NJTA 2HIZA 3R1GB 4CPQA 4GMIA 5DPZA 1RL8A 3NXEA 5HDXA 3SA3A 2ER6E 2ZHSA 3O9BA 1IDAA 4GIDA 3PCWA 4Q1WA 3O9IA 4RYCA 4LAPA 5HCTA 3MSLA 5P3AA 3NU3A 5P5KA 5OZCA 2Q11A 3BUFA 4K4PA 1WKRA 1M0BA 5OZKA 1D4JA 5OZGA 5P8OA 5BS4A 5P1SA 3LPKA 3LZVA 2ZHTA 5IVSA 3KDCA 3VYEA 2WF2A 2B7ZA 4YD5A 3EL0A 1KJHA 3CIDA 1DW6C 1TW7A 4HDPA 5P0IA 3OQAA 1HSIA 2QZXA 5P0EA 4Y3FA 5P5YA 2QD6A 5AHAA 3BVBA 1XN2A 4Y3JA 1EC3A 4DJOA 1HPVA 3LHGA 5P2KA 5P5BA 1IIQA 5OZ1A 1BDRA 2QK5A 3PLDA 4A4QA 1LZQA 2JE4A 2VA6A 3IN3A 1QBTA 5P0OA 4Y38A 4Y3MA 5P5IA 1C6XA 3CMSA 1EBZA 5P0DA 2B60A 4Y3EA 5P6SA 3INHA 5P0JA 4DI2A 1PSAA 1EPNE 4RRNA 1OEWA 1IDBA 3ST5A 2XFIA 4FGXA 5P1NA 3URIA 5P4IA 4B0QA 6APRE 3KYRA 3O9CA 3N4LA 5P2JA 3EXOA 4Y3GA 4DJUA 5OYXA 3KFNA 4RZ1A 5OZIA 2ER0E 4R95A 1A30A 1QBSA 1MSMA 1CZIE 5TOLA 2WJOA 4NPUA 1AVFA 2MIPA 4Y3WA 2AZBA 5P60A 1XL5A 2BPYA 1IBQA 1OEXA 1KJGA 1YX9A 4QGIA 4I10A 3T11A 1W51A 3PHVA 5OZ9A 4XX4A 3NDWA 5P4VA 2F3KA 5P1HA 5HD0A 3CKRA 4DV9A 2Q54A 2VJ7A 4DJWA 2OF0A 5P0AA 5OZOA 5P0FA 5P4NA 3URLA 1UH8A 5P1KA 4EHCA 1QS8A 4Y53A 2ZYEA 2FMBA 2QCIA 4R5NA 4YD4A 2BPWA 2P8HA 3EMYA 2PWCA 5OZYA 4R8YA 4J54A 3UHLA 1BDLA 4HVPA 4DJXA 5P7BA 5P1EA 2QP8A 7UPJA 4AA9A 5P7CA 3SO9A 1XS7D 4I11A 4I0GA 5DQCA 4Y3YA 3SA9A 2ZHRA 2V11C 1NH0A 4HZTA 5P7NA 1W5VA 3ZKSA 2R3WA 1DAZC 5ER1E 1FF0C 2BB9A 2G21A 3FSMA 5JFUA 3L5FA 3LIXA 3LIVA 4J0PA 3MSKA 1GVVA 2IKUA 5P6EA 3UTLA 5AH6A 1HVJA 3OHHA 3GI0A 3IXOA 3UQPA 2Q3KA 2WEAA 3T7QA 5P1VA 3UDKA 1W5WA 5P7XA 3TH9A 4TRWA 3EM4A 3CIBA 5KR0A 1BXQA 4Y58A 5ISJA 5P86A 3VF7A 3OQFA 2QMFA 2XFKA 5P2NA 4FRJA 3OTSA 5P52A 3IGBA 5P7LA 3GI5A 4PEPA 2F3FA 3EL5A 3VV7A 4HEGA 5EZZA 3G6ZA 2OAHA 5P1IA 2Q63A 3U71A 2QI7A 4J1HA 2FXDA 2I4QA 2ZJJA 1EC0A 2R9BA 3BXSA 4I0HA 2B8VA 5FIVA 3SPKA 5P1FA 5AH8A 2O4LA 5P8FA 5P3YA 4TRZA 4Y5PA 1G35A 5HVPA 3I25A 5P8LA 3UDJA 2ZHUA 5P8SA 4FL8A 3IVIA 2AZCA 3FV3A 5P6QA 5P8RA 1GVWA 5SY3A 3DK1A 5P55A 2G1NA 3LITA 4J5JA 2HM1A 2J9JA 5P6YA 4EXGA 5KR2A 5OZ3A 4DQFA 3ER5E 1BXOA 5P5PA 4A6CA 3TLHA 4PZXA 2J9JB 4I0EA 4WY6A 1WBKA 1ME6A 1MRWA 4Z22A 5P4OA 5P6ZA 2ZJKA 5B18A 1XDHA 2V12C 4K8SA 4GB2A 4FS4A 4EWOA 4XKXA 5OZUA 1K2BA 3OQ7A 2XYFA 2PSUA 2VNMA 3S43A 1C6YA 4ER4E 3ZLQA 3KN0A 2VA7A 4K4RA 4CPSA 3S43B 4E43A 1ZPKA 1XN3A 1PROA 5P4QA 2IDWA 2Z4OA 2P83A 2AOGA 3G70A 5SY2A 5P8QA 1MSNA 3EM3A 2P3AA 5SXNA 2HPEA 1FMUA 4ER1E 1ZTZA 4LHHA 5P8JA 1MTRA 4JPEA 3EL1A 5OYQA 3S45A 1A94A 5P16A 3IVHA 5HDUA 5P8UA 2QMDA 5T4SA 4Y39A 5OZ8A 1GKTA 5P3CA 2NXMA 3NWQA 5P7DA 1IZHA 5P3SA 5IE1A 5P10A 5P5GA 4Y3HA 3WZ6A 5P0CA 3SKFA 5KOQA 5P1RA 5P50A 4DFGA 3L5BA 1HVSA 4FM8A 5P2QA 5P5TA 5P57A 5P6JA 2NXDA 5P87A 3VV8A 1DIFA 1YM2A 2AIDA 2OHPA 5P09A 4DQBA 1BIMA 3AIDA 5P61A 3BXRA 5P5QA 3R0YA 1HBVA 5KQYA 3QIHA 4J1FA 4I8ZA 5P7TA 3D3TA 4K4QA 1E5OE 5P8HA 3GGUA 4YCKA 4Z50A 3Q6YA 4ZSQA 2OHKA 4EJ8A 2NNPA 5DQ5A 1D4LA 5P0BA 2AVQA 3UDYA 2XFJA 5P6KA 3K1WA 2P4JA 1Z1RA 3CKTA 3QPJA 5P1GA 5ENKA 5P4ZA 2QI0A 4DJVA 3L5DA 5P1OA 1ZPAA 3OU1A 4Y48A 2O4SA 2ZJHA 3ECGA 3PB5A 2NTRA 3OU1B 3JVWA 3L59A 3MWSA 5P7MA 2Q5KA 4OBZA 2Q55A 1PFZA 2QAKA 3H0BA 2FDEA 1GVTA 4OBZB 2QHYA 4B1EA 4Y43A 1ZBGA 5P28A 1OHRA 3QAAA 3VSXA 3LIQA 3INFA 3QN8A 3GGAA 4TVHA 9HVPA 2JJIA 5P4FA 4QJAA 5P0RA 2PMAA 5P48A 2NMZA 3HAUA 5P41A 5P1MA 4Y4WA 1BAIA 1HIVA 5P33A 4Y5CA 5P47A 2F81A 5P4DA 4L7HA 3UQXA 4CPUA 3UCBA 5P66A 5P34A 2R5PA 5P78A 3PWRA 1SBGA 2I4XA 2OHSA 3OTYA 4LL3A 5OZWA 3NU4A 1QDMA 3PCZA 1SGZA 1IZIA 5P0VA 3HVPA 3BHEA 5BWYA 3DOXA 3KFRA 1MUIA 4MC2A 3RVIA 1NPVA 1K1UA 5P6XA 5KOSA 5P62A 1HWRA 5P2DA 3B80A 3IA9A 5P0WA 5P25A 2NNKA 3Q4BA 1HTEA 1MIQA 1B6JA 5P6OA 4Y44A 4YCYA 1BV9A 3HVGA 4J0TA 2A1EA 3PSYA 3EKVA 4N00A 3AUPA 1B6MA 5P8PA 4KE0A 4ZPEA 3PEPA 3RTHA 1N49A 3OQDA 2FDDA 1HPOA 2G1SA 2QI4A 3O9DA 1SIVA 1TSUA 5P06A 4A6BA 5P08A 3EL9A 2I1AA 5P4EA 3GI6A 5P59A 3VSWA 4GJ6A 1META 5P5RA 2B42A 3UDNA 1J71A 5P00A 4FAFA 2Q15A 4BELA 2HPFA 5IVRA 2ZJNA 5P72A 4Z4XA 3EKXA 2H6TA 4B70A 2I4WA 3LZUA 4GJAA 5COKA 5P2ZA 4Y56A 5P74A 5DGWA 3PLLA 3DV1A 3O9HA 3SA5A 4EJDA 1ODXA 1APTE 5P1CA 4YHQA 3SM1A 4Y4TA 2AVVA 1ENTE 5HE4A 5F00A 5P20A 1EPQE 3D91A 3G72A 4OC6A 5P2IA 2NXLA 3BC4A 3NSHA 2PQZA 4YDFA 4R92A 1LF4A 2JYSA 5P46A 2WF0A 2PWRA 3F9QA 1NSOA 4OC6B 2VA5A 4YD7A 1ZSFA 5P1BA 4CKUA 3PWWA 4RRSA 1B6PA 5ISKA 1HSGA 5OYVA 4FCOA 3UPJA 5P40A 2V16C 1G0VA 4M8YA 5P23A 2VJ6A 5P26A 1T3RA 4I0FA 5HDVA 5P0TA 5KR1A 2IGYA 2WEBA 4B05A 5P2OA 5P38A 3FNUA 5P6CA 3PJ6A 1ODWA 5P3MA 1FG8C 1UH9A 5P5WA 1WBMA 5P7GA 2EWYA 4ZEAA 3WZ8A 4UPJA 5P19A 1EBYA 1Z8CA 4FE6A 3PM4A 5JG1A 1VIJA 2CEMA 3RSXA 3PSUA 3FNSA 4XXSA 1RPIA 5P71A 4U8WA 5P4KA 5P2LA 5JFPA 1RNEA 1HTFA 2F80A 5P8GA 5P05A 1LF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HDK A;  4L7J A;  4GJ5 A;  1W50 A;  4YD6 A;  4DQE A;  4GJB A;  5P5J A;  2OHU A;  1MRX A;  5OYW A;  1MER A;  3NXN A;  5HE5 A;  1GNO A;  5P7S A;  3ZKM A;  4YCT A;  5KQX A;  5P1Q A;  1HVR A;  3NUO A;  5P36 A;  5P4P A;  2BQV A;  4Y47 A;  2WKZ A;  3GI4 A;  5P5D A;  3CYW A;  4BFB A;  1ZP8 A;  4ZLS A;  3U6A A;  4NJU A;  4H3I A;  4ZSM A;  4Y3Q A;  3R4B A;  3TPJ A;  5IVT A;  3OOZ A;  1TQF A;  1FG6 C;  4RLD A;  5P8M A;  1AZ5 A;  2RKF A;  2VIJ A;  1AXA A;  1NPA A;  3IXK A;  1YG9 A;  1VIK A;  5P7R A;  1FEJ C;  5P4W A;  1TZS A;  3SAA A;  3VLA A;  3VLB A;  3DCR A;  3S54 A;  5KQF A;  4MC1 A;  1HVL A;  2ER7 E;  5P03 A;  5P7V A;  1BBS A;  5I3Y A;  4ZPG A;  5DR0 A;  5P01 A;  5P7J A;  4PYV A;  2OHR A;  2QNP A;  2ZHV A;  3OY4 A;  5P1W A;  1KJ4 A;  3L5E A;  3ZKN A;  4L6B A;  4J1E A;  1LYA A;  5AHB A;  2P3D A;  4RCF A;  4DQH A;  1JLD A;  1EBW A;  1LYA B;  1M4H A;  2PYM A;  4OBF A;  3PBD A;  1FQ7 A;  3TL9 A;  2QMP A;  2QZK A;  5P5N A;  5P5M A;  2IRZ A;  4ZIP A;  1EC2 A;  3EKT A;  2BKT A;  3NDU A;  4QJ2 A;  4Y45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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