4Y6MA

Structure of plasmepsin ii from plasmodium falciparum complexed with inhibitor pg418
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 88
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA01
3GI5A 4WTUA 4J55A 1MTRA 2P3AA 5P1KA 1GVWA 3OGPA 4ACXA 3NUJA 3VLBA 5C9FA 5P84A 5P6GA 2IEOA 3B7VA 1TCXA 4DJPA 3BXRA 5P6EA 1TSUA 5OZYA 3O9DA 3O9BA 3OQ7A 5SY3A 4Y4ZA 5KOQA 2BQVA 3O99A 2ZYEA 2FXDA 7UPJA 1D4KA 2NXDA 4PZXA 2VA5A 4RYCA 1MIQA 5OZEA 5P3SA 3S45A 3BGBA 5P0FA 3CYXA 3BC4A 3LZSA 3OU3A 3DK1A 3OADA 4FCOA 1UPJA 1NPWA 3OADB 5ER1E 2ZHSA 3SO9A 4Y3JA 1LF2A 3KFRA 5P03A 3MSJA 3K5DA 4I0EA 4Y3AA 4Y44A 5P7UA 4I0JA 5P2HA 4KUPA 2CEMA 3MSKA 3NXEA 5OZVA 1FQ8A 3SABA 3NR6A 1IBQA 5P1UA 1MTBA 1EAGA 1MUIA 3I6OA 3CKPA 2R5QA 5P5RA 4I8ZA 1BBSA 3PSYA 4J0PA 2AVSA 5P6WA 5P49A 2V0ZC 2ZHUA 4JPEA 5OZIA 5P38A 3GI0A 4DVFA 5ER2E 1HVHA 4DJWA 3OTSA 5EZZA 2XYEA 1EEDP 5HCTA 3TPLA 2WF4A 5JG1A 2IS0A 4HDPA 5CONA 4J1KA 5KOSA 4DQCA 5COOA 3KT2A 2VIZA 5P11A 3O9AA 5P58A 5P63A 2WHHA 4Q1NA 4FGXA 5KAOA 3UQXA 2ZJMA 2G1NA 4X7IA 4H1EA 1T7IA 2G94A 5P6ZA 4CPQA 5COPA 5J25A 3IXJA 5SY2A 4Y3QA 5P8JA 3K5CA 4K9HA 3ZKQA 1HXBA 2OAHA 5AH7A 1HIIA 5F01A 5P8MA 4GJ5A 5P2GA 4B1EA 1D4YA 3HBOA 2QI7A 1LF3A 5P05A 5P7ZA 5KR0A 4GJDA 1DW6C 4APRE 4GJ9A 1C6ZA 7HVPA 1XS7D 4OBDA 5P82A 3T7QA 2QAKA 3URIA 3ZOVA 5P7NA 5P2RA 1IZEA 4PPHA 5OZRA 5P25A 2NMYA 5P18A 5HDZA 3JW2A 5P1OA 1BVEA 3S53A 1OD1A 5P1MA 4CPWA 1E82E 3TH9A 5P85A 5P0PA 5P4NA 3SKGA 2QZLA 4Y5EA 2ER7E 1D4HA 1CZIE 2WL0A 4HVPA 5P3UA 2QI1A 5P7YA 1A9MA 1KZKA 1ZSFA 3L5BA 4Y3PA 4B0QA 1LEEA 3T7PA 3G72A 3Q70A 3TPJA 4YBFA 4K4RA 4K8SA 5BS4A 5P0OA 3K5FA 1BV7A 1XL2A 5P6MA 2QHCA 1T3RA 3EL1A 5OYRA 2A4FA 4OBHA 3Q4BA 4R5NA 4RROA 4Y48A 4JECA 1G2KA 2HB3A 3EKQA 3MXDA 5OYTA 4GMIA 1FKNA 5E5KA 5OZQA 5DGWA 1EC3A 2PH8A 3OAGA 1TSQA 3O9EA 5P1HA 5OZMA 2WF2A 3KYRA 4ZSPA 1PPLE 3QPJA 3ZLQA 5P7LA 5P2XA 3OXWA 4LXKA 1E81E 1FMBA 1CPIA 2AODA 5P7BA 1W5WA 2QD6A 4FS4A 5P48A 3K4VA 3ZPSA 3RVIA 2PH6A 1W5YA 1XL5A 1FG6C 5P3LA 4MC1A 4EP3A 2PK6A 4Y3HA 1EBKC 4FAEA 3QBFA 4YHQA 2QI3A 4OC6B 5OZ9A 3UF3A 5P1JA 3MXEA 2QI0A 1F34A 2BBBA 4J0YA 1MT9A 2I4DA 1T6EX 4APEA 1D4JA 1FIVA 2BKTA 5OYVA 5P7FA 4Y3NA 1META 1TW7A 1BDRA 3BXSA 5P1FA 4OD9A 2QMPA 5OZTA 1PPKE 2BB9A 3PVKA 4A6CA 5P2UA 2P3DA 4NPTA 5P2TA 1B6KA 4HDFA 4Y4TA 4QJ9A 1Z8CA 3EKTA 5P2QA 5P6TA 4EHCA 5OZBA 3GGUA 1LV1A 4KE1A 5OZHA 2AVQA 2AQUA 5OZXA 5P6HA 2VJ7A 5P0NA 3EM4A 5P28A 3ZMGA 4Y4EA 4D8CA 5P2CA 2FNTA 2WF0A 4R92A 3INDA 1G35A 4FM8A 2FDEA 4DV9A 2FXEA 5AHBA 2AZBA 2G1RA 5P5BA 5HCOA 5AH8A 5OZAA 1IVPA 3OU1A 3VSWA 4YA8A 5P4YA 1YTGA 4NJUA 2NXMA 5P1EA 5P6OA 4DQBA 1LYWA 5P71A 4CPRA 5P0KA 1QBUA 2OHMA 1A94A 1B6JA 1B5FB 5P64A 5P7JA 5DR4A 5P2IA 5P68A 4YDFA 3HAUA 2WF3A 1FQ5A 4NKKA 4J1HA 2IKUA 2AOHA 5P4GA 4J0VA 1QBRA 3ZL7A 4H3GA 5I3VA 3FNUA 2G1OA 5P7GA 5KQXA 4HEGA 5HE5A 3IGBA 4L7GA 1T6GA 3GGVA 4TRZA 5P0YA 3LNKA 5P1TA 1FFIC 5P43A 1HXWA 5P02A 5P6SA 4AZYA 1FFFC 2WF1A 5P15A 5P4DA 5P31A 3A2OA 2FS4A 4FSLA 1BXOA 1HVIA 5P5YA 3S7MA 3TOGA 3D1ZA 2G26A 1MPPA 5I3YA 2VIEA 3U7SA 2NNPA 3EM3A 5DR1A 1GNNA 3ZKNA 4EP2A 2RKFA 4Y5MA 4ZSRA 5P74A 3LPIA 5P3RA 5P8VA 2R3WA 5P2ZA 5P0WA 3ECGA 2OHNA 5P0MA 1HTGA 5EZXA 5P8KA 2ZJHA 5P89A 5P8GA 2V00A 4L7JA 5P3ZA 1G0VA 5P0VA 2I1AA 2PYNA 5P51A 4QJ6A 2QNNA 3SA7A 3PMUA 3INHA 4D85A 1BVGA 5OZUA 2IGXA 1XE6A 5HE4A 4F74A 5I3XA 4Y3WA 5P6LA 4YCYA 5P1IA 4DJYA 4FM7A 4R95A 2QP8A 5P5EA 3T7XA 4XXSA 4Y5PA 5AH9A 4S1GA 5P08A 1FB7A 1SDTA 5P56A 2Q5KA 2VNMA 2QHZA 5P1YA 5P8PA 3NXNA 3SA9A 4J0TA 4Y4WA 5P6IA 3WB5A 2XFJA 3Q3TA 3OXCA 3EKYA 3HD8A 5P80A 5ENMA 1C6XA 5P5UA 2ZGAA 4Y5GA 2OHSA 5DPZA 3LITA 3VFAA 3I2LA 5OZ6A 4B00A 2XFKA 1QRPE 5P62A 3HDKA 4ZIPA 2XYFA 4Y3ZA 4R93A 4Y4XA 1FQ6A 3JVYA 5P3AA 5BRYA 3QS1A 4Y3DA 4HA5A 4YCTA 4D89A 3TL9A 3NUOA 3FKTA 1F7AA 1EPOE 3SLZA 5OZSA 2AOEA 5P29A 3TPRA 5P53A 5P5MA 4RCFA 4NJSA 3ZKGA 5P2EA 5HDUA 2V12C 5OZOA 2G69A 4M8XA 4DQFA 1FQXA 4Y47A 5OZGA 3CIDA 4QLHA 2ZHVA 1C70A 1LF4A 5P3PA 5P8OA 1TZSA 5P7IA 1FF0C 4LC7A 4CMSA 2Q11A 1APWE 5DR7A 3QI1A 5OZZA 5P5FA 5P4VA 4EQJA 3ZKSA 5P3CA 1HIHA 2IL2A 1ODWA 3DCKA 5P6JA 4FSEA 5P14A 3L5CA 4Y3TA 1LYAA 4Z2ZA 4K4QA 5P1AA 5P1VA 2QD7A 2AOIA 4GJBA 5P0EA 5P5TA 5P0DA 4R91A 2QU2A 4RVIA 4IVSA 5P86A 3OUBA 3LPJA 3OXXA 3UPJA 4YD5A 2O4LA 3S7LA 2NPHA 2UXZA 3TPPA 2BPXA 5P76A 4AUCA 2CENA 4Y43A 3TKWA 4Y4JA 5HU0A 4I10A 3D1YA 1AAQA 5DQ4A 2SAMA 1UH8A 3VCMA 2F81A 2HIZA 4QGIA 1HEGE 5P06A 2I4XA 5OZWA 2I0DA 5OZ4A 3UQPA 5P0LA 5P1NA 1JLDA 2ASIA 2JE4A 5P7EA 3EL9A 4Y5CA 1A8KA 2P8HA 2PWCA 1NH0A 5P4OA 1SMRA 4Y5BA 5P8SA 3FX5A 5P4QA 4Z50A 1HEFE 1SGUA 5HU1A 2PK5A 3EKWA 3PCZA 3NLSA 2Q55A 3AUPA 3KMXA 4FRSA 1PFZA 1ZP8A 5OYQA 1HTEA 1EC2A 3URLA 4X2LA 1K6TA 3UFNA 2RSPA 2VIYA 5P4FA 2IQGA 5P1GA 2BPWA 4JP9A 3BUGA 2RKGA 2QHYA 5P37A 3QN8A 1ZPAA 5P26A 5P10A 3KF0A 3ST5A 3OTYA 3MWSA 5P7QA 3TTPA 3PWWA 3KN0A 4YDGA 5P4EA 1HPXA 1HVKA 4WY6A 3R2FA 3FIVA 3UFLA 3UQWA 2WEBA 2QK5A 5P16A 3SACA 5P12A 2P3BA 5P59A 5P5XA 4DJUA 1ZTZA 5JFUA 4L6BA 1MVPA 1EPME 1KJHA 2Q15A 3UQUA 3KFNA 2ANLA 3GGXA 5P3BA 3HZCA 3PGIA 4DJOA 1PSOE 1B6LA 4GJ7A 3VLAA 3VYDA 1AJVA 3OQFA 4YOBA 6FIVA 3K4VC 5P5AA 1ENTE 5P34A 5AHCA 4HLAA 5P8LA 5P2LA 1HOSA 5C9BA 2G20A 1W6HA 3LIYA 3NDXA 5P5WA 1EPLE 5P5LA 4Y37A 3PM4A 5P54A 2G21A 2O4KA 2AZ9A 2FDDA 2FDPA 3NDUA 4CPSA 1GNOA 5P6AA 1G6LA 2ER9E 4Y4AA 4GZFA 2G1YA 3EL0A 5P57A 4HE9A 3SAAA 5P5ZA 2R3TA 5P1CA 1YM4A 2HPEA 4U8WA 2ZJJA 4B1CA 5OZFA 3PSUA 5P8FA 4I8WA 5P22A 2IGYA 2MIPA 3T11A 4DPFA 3QRSA 5OYXA 2V16C 2G22A 1HRNA 5OZDA 2AZ8A 1YM2A 3SM2A 1SBGA 1SGZA 5P1DA 2PC0A 3PI0A 3D3TA 3S56A 5P2JA 3BUFA 5I3WA 2PSVA 3UCBA 2NTRA 1IDAA 3LIQA 3OAGB 3LHGA 2VA6A 1TQFA 3L5DA 4YD7A 5P1XA 5P27A 5P3EA 1K6CA 1MT7A 2UPJA 1D4IA 8HVPA 3OHFA 4R8YA 1HPVA 5OZ2A 3MSLA 5P3OA 4Z4XA 2OF0A 4J0ZA 4DQGA 2HAHA 5P23A 5SZ9A 2I0AA 3DV1A 5P3DA 4CKUA 1PSAA 3NYGA 3PWRA 1APTE 3EKVA 4CPUA 2OHTA 5P35A 1BIMA 1ME6A 4U7VA 1E5OE 3ER5E 4YE3A 3PSGA 1YT9A 5P6XA 3T6IA 4RVXA 4EJLA 5P7AA 3UDNA 3T3CA 2OHUA 4RRNA 4JPCA 4EJDA 4BELA 2VJ6A 4OBJA 2I4QA 3TOFA 5P7WA 2J9JA 4EPJA 4OD9B 2QI5A 5P6RA 5P0HA 3BHEA 3H5BA 5P1WA 3NU5A 5P2FA 4FM6A 3PBDA 1K2BA 3I8WA 1ODXA 1D4LA 2QNQA 4QJ2A 4I0HA 4KB9A 3EL5A 4L7HA 1EC0A 4L1AA 4Y36A 3VYFA 5P2NA 2H6TA 5APRE 3ZKIA 2FMBA 2AOFA 5P6KA 4A4QA 2JJIA 4Q5MA 1DIFA 5P4MA 4FIVA 1EBYA 5P69A 3QVCA 1EC1A 4Q1WA 1IZDA 4Y41A 3VF5A 5P5DA 3PMYA 1GVTA 1KJ7A 3WZ8A 5P4TA 4DQHA 1YX9A 1DAZC 4I11A 2G1SA 3S2OA 4EJKA 2V13A 5KQZA 1YTHA 1MT8A 4MC2A 5P8EA 4U7QA 2HM1A 3OU1B 5P33A 3IN3A 3O9LA 5P2SA 4LXMA 5OYZA 2VNNA 5P65A 5IVSA 5P5HA 3S43A 2R38A 2V10C 4I1CA 3EXOA 4TVGA 3O9IA 2AOGA 5P78A 1BILA 5P04A 4GJ8A 5OYWA 1LYWB 3INFA 2ZHTA 3N3IA 4J1IA 1HTRB 2QD8A 1PSNA 5P3XA 4EWOA 3I7EA 1AIDA 5P7TA 3SKFA 4DFGA 1TCWA 3RSXA 1HSIA 3KM4A 5P19A 4YBIA 3UDKA 1J71A 3L5EA 2QI6A 4D83A 5I70A 2QZWA 2Q3KA 3S8IA 5HVPA 3ZPTA 5F00A 1YTJA 4B72A 2NNKA 4FRIA 2IDWA 4UPJA 3FNTA 2ZJKA 1A8GA 1Q9PA 4Y58A 1SIVA 2BPYA 3BGCA 2G27A 3K5GA 5P5SA 4EQ0A 1AXAA 5P50A 3HVGA 4ER1E 3M9FA 4OBZA 2VJ9A 4BEKA 4J1FA 5P73A 5P7CA 1N49A 4ZPFA 5P6UA 5P7HA 4DI2A 5P2MA 1SDUA 5P4BA 5P4WA 3SFCA 3EL4A 4Y3XA 4AA9A 3NWQA 4E43A 1LS5A 1BWBA 5COKA 1FLHA 1RL8A 5P07A 4LAPA 2AVMA 1HVLA 5JODA 2HS2A 5P5CA 2FLEA 4ACUA 3RTMA 1HBVA 1PPME 3GI4A 5P45A 5AGZA 3NU3A 4RVJA 2ER6E 1HSHA 1SIPA 3SA8A 3R4BA 5IVRA 5OZ3A 5PEPA 3DV5A 4Y4GA 1W6IA 2B8VA 3CMSA 5P41A 5P5PA 2ER0E 5P0AA 4XKXA 2B42A 3UDJA 4I0IA 4RCDA 5P5QA 3UDPA 3CICA 2O40A 3OY4A 5DQ2A 5P70A 3URJA 4H3JA 1VIKA 5P4UA 1EBWA 3OU4A 1IIQA 1MSNA 1B6MA 1QBTA 3KT5A 3DOXA 3OK9A 5P5IA 5P55A 1FMUA 4XX3A 3DM6A 4HDBA 5P4CA 2JJJA 4DQEA 4MC9A 4EYRA 4Y38A 2ZDZA 2V11C 5P8RA 5E5JA 4Y3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GI5 A;  4WTU A;  4J55 A;  1MTR A;  2P3A A;  5P1K A;  1GVW A;  3OGP A;  4ACX A;  3NUJ A;  3VLB A;  5C9F A;  5P84 A;  5P6G A;  2IEO A;  3B7V A;  1TCX A;  4DJP A;  3BXR A;  5P6E A;  1TSU A;  5OZY A;  3O9D A;  3O9B A;  3OQ7 A;  5SY3 A;  4Y4Z A;  5KOQ A;  2BQV A;  3O99 A;  2ZYE A;  2FXD A;  7UPJ A;  1D4K A;  2NXD A;  4PZX A;  2VA5 A;  4RYC A;  1MIQ A;  5OZE A;  5P3S A;  3S45 A;  3BGB A;  5P0F A;  3CYX A;  3BC4 A;  3LZS A;  3OU3 A;  3DK1 A;  3OAD A;  4FCO A;  1UPJ A;  1NPW A;  3OAD B;  5ER1 E;  2ZHS A;  3SO9 A;  4Y3J A;  1LF2 A;  3KFR A;  5P03 A;  3MSJ A;  3K5D A;  4I0E A;  4Y3A A;  4Y44 A;  5P7U A;  4I0J A;  5P2H A;  4KUP A;  2CEM A;  3MSK A;  3NXE A;  5OZV A;  1FQ8 A;  3SAB A;  3NR6 A;  1IBQ A;  5P1U A;  1MTB A;  1EAG A;  1MUI A;  3I6O A;  3CKP A;  2R5Q A;  5P5R A;  4I8Z A;  1BBS A;  3PSY A;  4J0P A;  2AVS A;  5P6W A;  5P49 A;  2V0Z C;  2ZHU A;  4JPE A;  5OZI A;  5P38 A;  3GI0 A;  4DVF A;  5ER2 E;  1HVH A;  4DJW A;  3OTS A;  5EZZ A;  2XYE A;  1EED P;  5HCT A;  3TPL A;  2WF4 A;  5JG1 A;  2IS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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