4Y6MA

Structure of plasmepsin ii from plasmodium falciparum complexed with inhibitor pg418
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 88
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA01
5P7RA 4EYRA 5P39A 2FDPA 3QBFA 5P15A 1PFZA 4B0QA 5P87A 5P2EA 1ZP8A 5P1SA 5P2AA 2OHMA 2G26A 5DGWA 1LYBB 4ZPGA 5COOA 5SZ9A 5P8CA 3TPJA 1HXWA 2R3TA 5OZEA 4ER1E 5P7AA 3OTSA 4Y3ZA 1ZSFA 2O4SA 4ZSQA 5P82A 4EHCA 2V11C 1HRNA 3I25A 3PGIA 4FS4A 1OHRA 2O40A 1M4HA 4D83A 4KB9A 4DFGA 3MSJA 3LPJA 5P2HA 1ENTE 4D89A 3UQXA 3O9AA 4ACUA 1EC2A 5P1RA 3S54A 2ZJIA 1EEDP 4KE1A 5P7GA 1BILA 2V00A 3OAGA 1CPIA 3R2FA 3VF7A 2Q64A 2BPYA 1HTGA 2WECA 2JXRA 5P0ZA 5P00A 3F9QA 5P6JA 5P8LA 2WEZA 5P8DA 1M43A 3CKPA 1ZPKA 3S2OA 4FIVA 5P58A 3FNSA 2JJJA 3NDWA 3GI4A 5P4QA 4RYGA 1SDUA 4FM8A 3OGQA 3KM4A 5P2LA 3QROA 5HTZA 3KFRA 4U7QA 2FLEA 3NSHA 3EL9A 4APRE 1GVUA 2QMDA 2V10C 5P8VA 3T6IA 2AOHA 3TOGA 4H3JA 3KN0A 4Y4XA 4HDBA 4RVXA 1A8KA 1ZJ7A 1IZIA 1FQXA 4I11A 3UFNA 5P3NA 1XE5A 1ZPAA 4DI2A 5P3JA 3TOFA 3UDPA 5KR2A 3SA9A 3TKWA 2UY0A 3S43A 3INHA 4L7JA 2HPEA 2NMZA 3HW1A 2A1EA 1FGCC 1DAZC 4GJBA 1BXOA 4WY6A 3ZPUA 5OZJA 4LHHA 1LYAB 4MC9A 5OZQA 3VCMA 4Y5EA 2XFIA 5COKA 5P1BA 2WF3A 1B6JA 5P6XA 4CP7A 4D8CA 1HPOA 5KR1A 1LF2A 5P3LA 3SACA 3IXKA 4YCYA 2IKUA 5P7IA 3PMUA 3OHFA 3HVPA 4NKKA 4Y3GA 5CONA 1B6PA 4DJVA 5JFUA 3RU1A 4Y54A 1HVLA 5KR8A 2PC0A 3S7LA 1SGZA 1IVPA 2QZLA 5P3WA 5P7MA 4J1HA 4Y3AA 3O9IA 5P6EA 2OAHA 5P5JA 4Y5KA 9HVPA 1HVSA 4KE0A 3RVIA 2QHZA 5P78A 5P8JA 3M9FA 1OEXA 3UDQA 4JP9A 5P40A 5P4AA 2F80A 1MVPA 3SO9A 5P51A 2HIZA 5ISKA 5P6MA 1FB7A 3BC4A 3MXDA 4TRWA 4Y3JA 3VV6A 1KJ4A 4HVPA 1LV1A 5P5FA 4Y4DA 3SPKA 3OXXA 4XXSA 2R3WA 1EPNE 1FMXA 3UDKA 5P37A 3PEPA 3PVKA 1E81E 1FKNA 3DV1A 2QMPA 2ZDZA 2ZHVA 4Y3RA 3WZ7A 1UH9A 5P4WA 5OZLA 3RTHA 5ENKA 1IZHA 4Q5MA 3OQFA 5HD0A 1BDQA 4AMTA 2ZJMA 2JE4A 1QDMA 2Q3KA 5BRYA 1GVXA 2BB9A 5P6VA 5P2OA 3IN4A 1BBSA 1HPSA 1IZDA 3UF3A 3Q4BA 5P1YA 5P2KA 3QP0A 4FSLA 1B6MA 3KDBA 4K9HA 4I1CA 3BUHA 3UQWA 3PCZA 3ZPTA 4Y44A 5P04A 4Z4XA 2BPZA 4OBGA 5P3VA 2AQUA 3BUGA 5P4FA 5I3YA 2HPFA 5P0QA 3SFCA 3WSJA 3O9FA 2V0ZC 4GJ6A 5AHAA 3VYEA 5P0SA 4U8WA 4YBFA 3G6ZA 2G69A 2AVQA 3URIA 3EKVA 2HB3A 2R5QA 1EPLE 5P22A 2OHUA 2VA5A 1GVVA 5DR7A 1GNOA 3PM4A 3ZKQA 4HEGA 4B05A 3EKYA 5P64A 4DQFA 1EPME 2G1SA 1A9MA 3PWRA 5P2BA 2QD7A 3S85A 2QHYA 1AXAA 4M8YA 2XYFA 1BIMA 5APRE 1GVWA 1EPOE 3O9GA 4FCOA 2EWYA 1MRWA 1MTBA 2OF0A 5OZ4A 2QMFA 5ENMA 5P0NA 5P7QA 2J9JA 3MSKA 4BEKA 5P3OA 4WY1A 1HTEA 3PLDA 1AJVA 5P0MA 1T7IA 4PEPA 5P2UA 5SY2A 4AUCA 1G6LA 4F74A 4DH6A 4FM7A 3N3IA 5AH7A 4NJVA 5P4LA 5P36A 1SP5A 1EC1A 5OZZA 1W50A 4RVIA 5P89A 1BAIA 2I1AA 2A4FA 1UH8A 3H5BA 3INDA 5P8HA 1MSNA 3QRVA 5JG1A 2Z54A 3ZKXA 1HEFE 1KJHA 1EAGA 4DPFA 4RRSA 5ISJA 1BDRA 5DQ2A 1ODWA 3UQRA 5HDXA 3QS1A 4QGIA 3LZYA 5P5IA 5P4PA 1B6KA 3KMXA 3GGXA 4RZ1A 2AOEA 3JW2A 3RSVA 5P71A 1C6XA 2ZGAA 4OBZA 1DW6C 1LEEA 5P1JA 1XN3A 5P67A 5AHCA 5P2JA 1FMUA 1SBGA 5P4NA 5P7NA 5DQ1A 4CPRA 4QJ2A 3MSLA 3ST5A 5E5KA 5UPJA 2H6TA 4Y3EA 2ZJJA 3K5CA 4J0ZA 4Y45A 5P5YA 4Y3YA 1D4SA 5DQ4A 4LXAA 3IXOA 4F76A 2OHLA 5P2YA 1GKTA 2ER7E 4J1IA 5P5VA 1OEWA 3CKTA 5P6HA 5P0VA 1W6HA 2PYNA 3VV7A 5P0FA 4CMSA 5P8GA 3I7EA 5JFPA 1LS5A 1W51A 3QBHA 3U71A 5P5LA 2I4XA 2PWCA 2B8VA 1HXBA 3UQPA 3O9BA 5P6YA 3KF0A 5ER2E 3U6AA 5P6BA 1ER8E 3KDDA 5P1IA 4DJUA 1M0BA 1XS7D 3R0YA 4Y3XA 5HE4A 2ER9E 5TOLA 4DUSA 3S53A 1Z1HA 4YOAA 5P08A 3CYWA 1NPVA 3D3TA 5BS4A 5P84A 5P1UA 1HTRB 5P6TA 2NXLA 3IA9A 3OUAA 5OYZA 3DV5A 3IXJA 3RSXA 1BWBA 2F3FA 3KFSA 2HS1A 3EL5A 4HDPA 3NU4A 5P2MA 2QI4A 4HA5A 3OU1B 2BJUA 1QBSA 5P2XA 5JODA 1YM4A 2RMPA 3NU3A 5OZ2A 3ZKIA 3ECGA 2SAMA 1APVE 4MC6A 4DJXA 3FKTA 2WJOA 5P8EA 5P1ZA 4H3FA 5PEPA 5KR0A 4ZSMA 2PQZA 3L59A 3DUYA 1FQ7A 1F34A 5P6LA 3LZUA 2QZKA 3OQKA 1XE6A 5P1VA 5P8FA 5P4JA 4Y3WA 1EPRE 2FNSA 2FIVA 4Y38A 1TCWA 1CZIE 2PSUA 4Y4AA 4OD9B 5P33A 5P3UA 2G27A 3FSMA 3OXWA 2G94A 5P4EA 5P77A 4RROA 5KQFA 6UPJA 3KDCA 1LYBA 5P8PA 3RTNA 3SA7A 4OBHA 5P13A 4CPSA 2QMGA 5P47A 2ZYEA 2ZJNA 5P3AA 5P6UA 5P7OA 3APPA 5P0RA 5J25A 2QP8A 5HDVA 3D91A 7HVPA 2BBBA 5P6PA 1SIPA 5P1CA 4FLGA 4FM6A 3EMYA 1YG9A 3OWNA 3IN3A 5KQXA 1LZQA 5P1MA 1HHPA 3ZLQA 1E80E 1XN2A 2QI0A 7UPJA 2ER6E 3N4LA 5P2FA 3NXEA 5P7VA 4Y50A 2FGVA 3O9LA 3VEUA 4J55A 5AH8A 4DV9A 2WKZA 1W5YA 2V12C 5P6WA 3ZL7A 1FIVA 5P66A 5P53A 1T3RA 3MXEA 4EP2A 4FE6A 4LL3A 2B8LA 5P2GA 5P1OA 1MT9A 1FQ4A 3T7XA 5P07A 5C9FA 1EBKC 2QI3A 4GIDA 3OU3A 3INEA 5P31A 2IGYA 3OAGB 3WB5A 2VIEA 2AOCA 2NXMA 3FNTA 4GYEA 1EBYA 4NJTA 5P7XA 4QJAA 2WEBA 3GI6A 2QZXA 1FQ8A 4PYVA 5P8RA 4Y6MA 3OU4B 3CICA 2WEDA 4GJ7A 4EJ8A 5P0TA 4IVSA 5P0AA 4BFBA 5F00A 4CKUA 5OZGA 4I0DA 5P2RA 1W5VA 4JECA 2Z4OA 5AHBA 2ZHSA 6APRE 3UTLA 3DCRA 4COEA 2NNKA 1GNNA 5P1AA 4OBKA 1T7KA 5I3WA 1APWE 3Q5HA 2UPJA 3IVHA 1BDLA 3EKTA 2WL0A 4K4RA 1EC0A 5P0IA 2BKTA 3I6OA 4LXKA 1LYAA 2V16C 5P5QA 1RNEA 3BVAA 5OZ5A 1NH0A 2ZJHA 3QPJA 5DPZA 3HAWA 3PLLA 2H6SA 3LZSA 4E43A 3S43B 4FRKA 4Y47A 4D85A 3H0BA 4RYCA 1PSAA 5P3DA 4Y58A 5P25A 2BQVA 3LPIA 5AH9A 1HEGE 3LHGA 2R8NA 3CIDA 3JVYA 2QNQA 1TCXA 2BPVA 3AIDA 5P61A 4GMIA 1ZAPA 2B60A 5OZ1A 5P6DA 3EL1A 5P4HA 2ZHUA 2IRZA 2RKGA 3T7QA 5P2QA 3SLZA 2I0AA 1MIQA 1LYWB 5P0DA 3OXCA 5P0YA 4F73A 1G0VA 3BUFA 2WF0A 1HIIA 2WEAA 5P4ZA 5P8KA 4DJOA 5P4OA 4RVJA 2ASIA 2NNPA 3VLBA 5P5ZA 4NJSA 2OHPA 4AA9A 5P1DA 1EPQE 5OZHA 5P2WA 5P09A 4TRZA 2WF2A 1W6IA 2Q5KA 4L1AB 3OADB 3UDJA 5P0HA 5IE1A 1BWAA 3HAUA 4OC6B 5P8SA 3PSGA 1FG8C 4Y3SA 4Q1WA 3VSWA 3R4BA 3EKXA 2FXEA 5DQ5A 3NU5A 5IVTA 3SM2A 2Q63A 1MUIA 1K2BA 3NU6A 2XYEA 1LF3A 5P30A 5P2SA 1WBKA 5DR4A 1NPAA 3ER3E 3OOTA 3Q6YA 1MRXA 2AOIA 2VNMA 2FXDA 5IVQA 5P8UA 3TPLA 4J0TA 2QI6A 5P7DA 1WBMA 5P6GA 3K5GA 5P4KA 1NSOA 4YE3A 1IBQA 4AZYA 1SMRA 4X7IA 4Y5MA 4Y4ZA 4J1CA 3UFLA 5OYVA 4YD4A 1YM2A 5HCOA 2AZ8A 5P3FA 3I2LA 5P5WA 5P2TA 5P6KA 4Y3MA 4JPEA 2I4WA 4ZPFA 2G1YA 1K6PA 4ZIPA 1PPLE 4NPUA 5BWYA 3VYDA 2FNTA 4R93A 1TW7A 2P3BB 3HBOA 5P7EA 3NDTA 4J1EA 5P5GA 5I70A 3R1GB 5OZDA 1RV7A 3S45A 4HLAA 5P59A 3R0WA 2CENA 3UDMA 5P1GA 2I4QA 4DJWA 5OZWA 3DK1A 2AOJA 4FRIA 3D20A 4Q1XA 5P3CA 1HIVA 4Y9WA 4YD6A 5P7KA 5P6FA 3SA3A 2G1OA 3OUCA 2AZCA 3MWSA 5OZTA 5DR8A 5P0CA 2AVSA 3ZKMA 1B5FA 2HM1A 2WHHA 3C9XA 3NXNA 5HE7A 3UCBA 4Y3TA 3L38A 5OZUA 4DQGA 5P4SA 1K1TA 2B7ZA 2I4VA 2PH8A 4XX3A 3BGCA 2WF1A 1Q9PA 5P0EA 5P73A 4PPHA 1A8GA 4OBFA 2AVMA 4R8YA 3RTMA 4B1CA 5P3SA 5P83A 2P3CA 5OZKA 2AVOA 3DOXA 3L5BA 5P1FA 2PSGA 3O9HA 2HC0A 4GZFA 3O99A 4EP3A 5P60A 1HSHA 2NR6A 5P03A 2Q55A 4LBTA 2P4JA 2Q15A 2QU3A 1EBWA 2J9JB 5P88A 3G72A 2CEJA 3SAAA 4DJYA 4RGHA 2HB2A 5P24A 4RCFA 1FEJC 2QD6A 5KQYA 3LZVA 4DQBA 4YDFA 5P8OA 5P11A 5P02A 1HIHA 2VJ9A 5P29A 5P7FA 4RRNA 2OHQA 4EQ0A 2QCIA 1META 5P01A 4J17A 5P63A 3QVIA 2CEMA 5P4UA 3HDKA 3NDUA 4B70A 4EQJA 5OYXA 5P5OA 2AZBA 3KA2A 4L7GA 2BPXA 3HLOA 4EJLA 1JLDA 2V13A 5HCTA 3VLAA 5OYTA 3LIQA 5P7BA 5P0UA 1HVKA 2VA6A 5P5NA 3NYGA 5KQZA 3TPRA 2R9BA 3K5DA 4QJ8A 3A2OA 4Y4JA 2F8GA 3SA4A 3LNKA 5OZMA 3NU9A 1Z8CA 4H3IA 1GNMA 4Y4UA 3T7PA 4BELA 2AOGA 3EKQA 2WF4A 2APRA 3URJA 1YTIA 2FDDA 4L7HA 1FFIC 2P83A 3NDXA 2FGUA 4S1GA 5P2NA 5OZPA 5P4MA 2P3AA 1UPJA 5P6QA 3KT5A 1HSIA 2VJ6A 5P5BA 2B42A 5P65A 5P70A 3SABA 2IQGA 3PBZA 3OK9A 2ER0E 5OZBA 3IVIA 4MC1A 5P79A 3PSYA 5P81A 2VKMA 2IENA 4Y51A 4Y41A 3VF5A 5P3XA 5P6AA 3CYXA 4L6BA 3INFA 1E5OE 2G24A 3HVGA 1RPIA 3SKFA 1IVQA 5P34A 3L5FA 4I0JA 4XKXA 1KJGA 5IS4A 5P2DA 4KUPA 5P75A 1A94A 5P5RA 3OU1A 4EJDA 2JYSA 3KFNA 4WTUA 4J0PA 4Y35A 5P54A 5P0WA 5P28A 2ZJLA 4YHQA 5P3GA 5P3QA 3BHEA 1MSMA 5OYYA 1TQFA 4DQCA 1NPWA 5P5MA 5P4RA 5OZ3A 1F7AA 3GGUA 3DCKA 1MTRA 1G2KA 3TLHA 5P3RA 4Y5CA 1SGUA 3GGVA 2I4UA 3Q3TA 5P74A 2G22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7R A;  4EYR A;  5P39 A;  2FDP A;  3QBF A;  5P15 A;  1PFZ A;  4B0Q A;  5P87 A;  5P2E A;  1ZP8 A;  5P1S A;  5P2A A;  2OHM A;  2G26 A;  5DGW A;  1LYB B;  4ZPG A;  5COO A;  5SZ9 A;  5P8C A;  3TPJ A;  1HXW A;  2R3T A;  5OZE A;  4ER1 E;  5P7A A;  3OTS A;  4Y3Z A;  1ZSF A;  2O4S A;  4ZSQ A;  5P82 A;  4EHC A;  2V11 C;  1HRN A;  3I25 A;  3PGI A;  4FS4 A;  1OHR A;  2O40 A;  1M4H A;  4D83 A;  4KB9 A;  4DFG A;  3MSJ A;  3LPJ A;  5P2H A;  1ENT E;  4D89 A;  3UQX A;  3O9A A;  4ACU A;  1EC2 A;  5P1R A;  3S54 A;  2ZJI A;  1EED P;  4KE1 A;  5P7G A;  1BIL A;  2V00 A;  3OAG A;  1CPI A;  3R2F A;  3VF7 A;  2Q64 A;  2BPY A;  1HTG A;  2WEC A;  2JXR A;  5P0Z A;  5P00 A;  3F9Q A;  5P6J A;  5P8L A;  2WEZ A;  5P8D A;  1M43 A;  3CKP A;  1ZPK A;  3S2O A;  4FIV A;  5P58 A;  3FNS A;  2JJJ A;  3NDW A;  3GI4 A;  5P4Q A;  4RYG A;  1SDU A;  4FM8 A;  3OGQ A;  3KM4 A;  5P2L A;  3QRO A;  5HTZ A;  3KFR A;  4U7Q A;  2FLE A;  3NSH A;  3EL9 A;  4APR E;  1GVU A;  2QMD A;  2V10 C;  5P8V A;  3T6I A;  2AOH A;  3TOG A;  4H3J A;  3KN0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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