4Y6MA

Structure of plasmepsin ii from plasmodium falciparum complexed with inhibitor pg418
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-2
total genus 88
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y6mA01
5P47A 3SA7A 5P1BA 5BS4A 4Y53A 5P6JA 3MSJA 2F81A 4HVPA 4COEA 1KJFA 4FM6A 5P5OA 5P3VA 5P49A 5P78A 5OZ6A 2VS2A 4Y4XA 5P0KA 3ZKGA 4I8ZA 4FIVA 3I2LA 3IN4A 3ZKIA 4I8WA 5AHAA 1MVPA 4Y4GA 5P0SA 4APEA 4EPJA 1K1TA 3NUOA 3PLLA 5DR7A 5P19A 1BAIA 5P0NA 1T6GA 4KB9A 1YTIA 4B1EA 5P44A 4Y4BA 4AUCA 5P16A 4RVJA 4IVSA 5JG1A 5F01A 4D8CA 5AH9A 4RRNA 4UPJA 4Y38A 3QRMA 1ZPKA 4L7JA 3I6OA 3OQAA 4Y35A 5P2EA 5DR3A 5P4NA 4J55A 1SGZA 2JJJA 3H5BA 5C9BA 2VJ7A 3WZ6A 4I0FA 2RMPA 5P37A 4ACXA 4F76A 1YTJA 5P61A 5HVPA 3NWQA 4A4QA 3OXCA 3SA8A 3GGUA 3TOHA 1EPPE 4APRE 1B6LA 3UDKA 5OZLA 5P1PA 1KJGA 1EBYA 1AJVA 5P09A 4ACUA 5HU1A 5P5HA 2QI5A 2R8NA 5P3XA 5P67A 4EXGA 2WEBA 3PB5A 1K6CA 4J0YA 2NPHA 2AQUA 5P0WA 3PHVA 3IXJA 4Y3RA 5I70A 1TSUA 1Z8CA 1DP5A 5OZ3A 3HZCA 4GYEA 1HPVA 3MSLA 1GNMA 4EJLA 1TSQA 5P85A 4J17A 5C9DA 2HPFA 5P4JA 5P3WA 2I4UA 4YD6A 2Z54A 1MRWA 4I1CA 2BQVA 5P3AA 1ZTZA 4DPFA 4R8YA 5DR1A 4RZ1A 5I3VA 2G1YA 1HXWA 3DCRA 5P80A 2ZE1A 5P0TA 2BPYA 5P6OA 5P45A 4Z2ZA 4RVXA 5OZ9A 1EC1A 5P7CA 4YA8A 3SACA 1IIQA 1IDAA 3R0WA 4GJ7A 5P2HA 4AZYA 4H3FA 3GI5A 5P4CA 4LHHA 4DH6A 4EQJA 5P22A 1NPWA 5P27A 5OZKA 3L38A 4R93A 5P0CA 5HCOA 3FIVA 4K9HA 3MXDA 5P4PA 1GVWA 3SFCA 5P2WA 2AIDA 5P5NA 3QAAA 1ER8E 4X7IA 2O4PA 4DPIA 2IGXA 2XYFA 3LPIA 5P1CA 5P2IA 5P3CA 3HDKA 3EMYA 1SP5A 2JYSA 3FV3A 5P4KA 4E43A 2QP8A 5HE7A 3D1ZA 2PSUA 5ER2E 3L5FA 3FKTA 1G6LA 1LS5A 3QRSA 4ZLSA 1IZEA 3UQWA 5P55A 1ODYA 5P0XA 5P03A 3OOTA 5P0GA 1MPPA 1LEEA 5HDZA 5P0BA 4Y3WA 1AJXA 1F34A 1EBZA 5OZHA 5P6RA 2G69A 5P4UA 5T4SA 2ER9E 5P0OA 3LZUA 2OHUA 5P5UA 1HVJA 4F74A 2P3CA 2AVVA 3INDA 2Q54A 2OF0A 2Q15A 3BVBA 1MT8A 4Y37A 1LYBB 5P3EA 3NUJA 1ZPAA 1PPME 5P2JA 1TCXA 5P1OA 1IVPA 5OZDA 5P2FA 4BELA 5P1LA 5P2KA 1K2CA 2Q11A 5P6XA 4EWOA 3TPRA 3OADB 2FMBA 4YBFA 3GGVA 5P8LA 4NJSA 6UPJA 2IENA 1FQ6A 4RCFA 4FE6A 5OYQA 4Y5LA 5P7RA 3I8WA 5P8UA 1YM4A 3EKPA 1QBTA 5OYZA 3ST5A 3NU9A 4YCTA 2AODA 4FM8A 5P5QA 5P2QA 4Y9WA 3PMYA 2QD7A 4EP3A 4ZSMA 5OZ2A 5E5KA 5P24A 5P82A 4NJTA 3K1WA 5P6EA 5P5AA 4Y4TA 1FKNA 4H3JA 5P7BA 1LF4A 1E81E 1HVCA 1HIVA 5P3UA 1AZ5A 5CLMA 5P8GA 2AVSA 1HVRA 1XL5A 2G1NA 2AOCA 5PEPA 5P8VA 4J0TA 2PWRA 1HSIA 3OUCA 5P0MA 5P0HA 1T3RA 4M8YA 2FXEA 3MXEA 5OZZA 2OHLA 2AOFA 3UQXA 5OYXA 4Y3GA 5P6QA 3INHA 5P5ZA 5P1SA 1E5OE 4Y56A 4PHVA 3PCWA 5P6AA 5DGWA 3UDQA 1OEWA 5P72A 1PSAA 4Y5NA 5DR0A 5P2ZA 3T7XA 3VSWA 1NSOA 4WY1A 5P2MA 2WEDA 5P2YA 3G6ZA 3LZSA 3VEUA 5P4BA 1IZHA 1MT7A 2F80A 5P3SA 5P5RA 5P2CA 3EL9A 3B7VA 5P4WA 2H6SA 1DIFA 4Y47A 2OHTA 4YD3A 3O99A 1D4YA 5P2LA 9HVPA 2HS2A 1FFFC 4TRWA 2SAMA 1HVHA 3CICA 4B77A 3R4BA 2VA7A 5P15A 1E80E 5P5LA 5P8PA 3S43A 1SIVA 3KFNA 3O9LB 4LXMA 1MEUA 1SGUA 3RSVA 5P7FA 1QBRA 5P6LA 1BV9A 5P2DA 3NWXA 5KR2A 1CPIA 4TRZA 1LYWB 3S2OA 3U71A 5B18A 5P4ZA 1GVXA 1KJ4A 2G20A 4OBHA 2ZHSA 3NXNA 4J1CA 4ZSRA 5COPA 3KFSA 2ER7E 4EJKA 1B5FA 2RKFA 5P7YA 4OBZB 4H3IA 5OZTA 5P3KA 5P05A 1MESA 4EHCA 4Y3LA 5P6BA 1C6ZA 4MC9A 5P8DA 4YE3A 5P6PA 5TOLA 1HSGA 2QNQA 1D4JA 5OZ7A 5P7DA 5ISJA 4KE0A 4QJ8A 5P7AA 3LIVA 4DQGA 3INFA 3VF5A 5AGZA 4J0PA 4LXKA 5OZ4A 4LXAA 1BVEA 5P4SA 2Q55A 5P8KA 5P53A 3PLDA 5P3QA 3L5BA 5P3LA 5P1UA 5P00A 4NPUA 4RCEA 4HEGA 2I1AA 5P4LA 4A6BA 5P2XA 4DUSA 2QI7A 5P1GA 1LF2A 2VA5A 2G26A 3DOXA 1FMXA 1FQXA 5P3ZA 5P87A 2ASIA 2QZKA 2R3WA 3JW2A 4I0JA 5P8OA 4YD7A 4CPQA 3QBHA 1J71A 1T7JA 3QROA 5P0QA 1WBMA 4LL3A 5P5PA 1YM2A 2FGVA 3OGQA 5OZAA 4GJ5A 3S54A 1PSOE 1FQ8A 3QP0A 4ER4E 1WKRA 3L58A 5DQCA 4D83A 4K4QA 1EPNE 5P5EA 2JE4A 2EWYA 8HVPA 2WF3A 1APVE 2ER0E 5APRE 4CPTA 5ENKA 4DJOA 2BPVA 2RSPA 5P7KA 2QHYA 5P46A 2QI3A 2WHHA 3D1XA 3ZKQA 5DPZA 4GJCA 5P70A 5AHBA 3PM4A 5HE4A 1HBVA 4H3GA 5P60A 5P20A 4FAFA 4Y58A 1HVIA 5P01A 5P8BA 2BPWA 3T3CA 2BBBA 6APRE 2PSGA 3TH9A 5P8TA 2NNPA 1EPOE 3O9CA 3QS1A 2P4JA 3UQRA 2AOGA 1ZJ7A 5P5FA 2PYMA 1APTE 5ENMA 5I3WA 1SMRA 3Q4BA 4GJBA 1XN2A 5HDUA 4DQFA 3NLSA 2V0ZC 2IRZA 2ZGAA 4HE9A 1IVQA 4FLGA 5DGUA 1WBKA 4CP7A 5P8JA 3CIDA 5P1AA 2H6TA 3KMXA 4DJUA 3L5DA 3S53A 1QRPE 5P07A 4Y45A 4AA9A 3PBZA 1EC2A 3OU4B 3IVIA 2IQGA 5E5JA 3DM6A 1HXBA 2O4SA 4OC6A 5P8CA 3UHLA 4I0DA 2B60A 2WECA 2QU2A 1ME6A 4L7HA 5P2VA 1QS8A 4Y41A 4ZSQA 5EZZA 4M8XA 4ZPEA 1U8GA 4D85A 2ZJKA 3KT5A 5P7NA 4JOOA 1K6TA 5SY2A 3UQUA 3VFAA 3BVAA 2ZDZA 3PJ6A 4MC2A 4ZEAA 2A1EA 5I3XA 4QJAA 4ZSPA 1META 2AOEA 2B8LA 5P3RA 2Q63A 4DJVA 3O9GA 4GB2A 1NH0A 1B6KA 5P1HA 1W6HA 5P58A 1HVKA 2ZHVA 5P0LA 4BEKA 1BDQA 2BKTA 2Q3KA 3AUPA 5P0ZA 1RL8A 3UDRA 1EPLE 4RGHA 4FGXA 2J9KA 2WF0A 4EXHA 5P29A 1QBUA 2QMPA 4Y3XA 5P6SA 4LAPA 5P1IA 5OZEA 3VYFA 3NDUA 3PWWA 3OAGB 3EKVA 4YD4A 1A8GA 2I4DA 4HDPA 5P30A 3OQFA 4OBGA 4QJ7A 3RTHA 1SBGA 3S7MA 4GMIA 3UFLA 2AZ9A 5P4DA 4Q1XA 2IKOA 3SQFA 2FGUA 3OU1B 3LZVA 2WF4A 1G2KA 4NJUA 3EKTA 4Y5PA 4HZTA 5P74A 4I0GA 5IS4A 2BKSA 5P28A 1FG6C 3HBOA 4Y5CA 4JP9A 2QI1A 3OWNA 4CPWA 5P7SA 3BUGA 2WEAA 3URJA 3OUAA 3FNTA 1SDUA 4Z50A 1HEFE 4I12A 3PVKA 2IL2A 4HLAA 5P35A 2FLEA 3NDWA 3TPJA 3OQ7A 3K5FA 5P2SA 3HVPA 1BDLA 5OZOA 3LPKA 5P56A 4L7GA 3QPJA 2V00A 5KOSA 5IVRA 3ZKNA 1HIIA 5P0JA 2B8VA 3BRAA 3SKFA 5OZXA 1QDMA 2CENA 1PFZA 4DQHA 3A2OA 1LYAA 1SMEA 1BDRA 2FNSA 3EL5A 5P8HA 1AXAA 4Q5MA 4Y48A 5P41A 1MUIA 2AVQA 3OXWA 4PZXA 1YT9A 4CPSA 4L1AB 2R3TA 4ZE6A 1HOSA 4DVFA 4S1GA 5P6DA 3OU3A 4OD9B 3APRE 3UDHA 4DFGA 5P8IA 5P79A 5P0EA 2QD8A 2QAKA 5P4HA 1TCWA 4OBFA 1OD1A 1BILA 3T6IA 1Z1RA 5HU0A 2WKZA 3RVIA 4CKUA 4JECA 5P11A 5P6UA 3T7PA 3SLZA 3L5CA 3KF0A 5P7TA 4Y44A 3GGXA 5P7WA 4Y6MA 4DQEA 1B6JA 5OZGA 3BUFA 1W6IA 4EQ0A 1MERA 1Q9PA 4Y4EA 5HD0A 2F3FA 2FDDA 3SO9A 3HVGA 5P1VA 2R5QA 1RPIA 1GVVA 1YX9A 5P5SA 5J25A 3VSXA 4B00A 3OK9A 2Z4OA 3NYGA 3PI0A 5P6YA 3I7EA 4LC7A 4Y3DA 2QHCA 4GJDA 2WF1A 4KUPA 5OZJA 5P2TA 1HTEA 4CMSA 3Q70A 5P12A 1XDHA 2QNPA 4FL8A 3PSUA 1NPAA 3WB4A 1FGCC 2BB9A 2BJUA 3PWRA 3WB5A 1BXQA 2QMDA 4RLDA 3NSHA 4WY6A 5OZBA 4RVIA 5HE5A 5DR4A 5P6MA 4H1EA 3KMYA 2O4NA 5P18A 5P5JA 1FF0C 2QCIA 4K8SA 1SDTA 3UDJA 1HRNA 3ZMGA 3O9EA 5DR8A 5OZ0A 4Y51A 3S85A 2I4WA 1UH7A 1MTBA 5P50A 2V10C 1M0BA 5OYSA 5FIVA 4FAEA 2G1OA 3HAWA 4Y3PA 1G35A 5P52A 3EL4A 1BWBA 3O9DA 5P3MA 5P23A 1AIDA 5P8MA 4RCDA 3UDYA 5ISKA 3IVHA 4XX3A 3OXVA 2AZBA 3O9FA 5OZMA 2G1RA 1HHPA 5P3NA 1E82E 5P7GA 5P6HA 4Y3YA 4DJRA 3SPKA 2NXLA 3EKWA 4GIDA 5OYWA 5P7QA 4Y39A 2G27A 1B6MA 1ZAPA 1HTFA 4Z4XA 2NXDA 3ZPSA 2I4QA 5P2BA 4Y3MA 1GKTA 1B11A 2ZJLA 5P0RA 1T6EX 3OQKA 4L6BA 3LZYA 3QBFA 2P3BB 3ECGA 4Y5EA 1W5XA 4Y3NA 3ZL7A 2NMYA 2VIYA 3Q3TA 1EEDP 3DJKA 5SXNA 4I11A 5P71A 5P5GA 1LV1A 5P39A 4Q1YA 5IVTA 3M9FA 3VFBA 3AIDA 1D4IA 4JPCA 1EBKC 1SIPA 5KOQA 3IGBA 3Q5HA 3ZKXA 5P1QA 5BWYA 3OUDB 2QMGA 1GNNA 3VLAA 3QIHA 5P57A 4Y4WA 1HVLA 1YTHA 1B6PA 1N49A 5P7MA 2VA6A 2NMZA 4I0ZA 5AH7A 3L59A 3URIA 5AHCA 3VLBA 4B1DA 1TQFA 4Y3HA 1C6XA 5JFUA 1ZLFA 4B70A 2QMFA 5OYUA 5P2UA 5IE1A 2AOIA 3NR6A 3PGIA 5OYTA 3VV8A 2FS4A 3CKPA 3SAAA 5P1TA 5P69A 2HB4A 5DQ2A 5P1XA 1VIKA 2QI6A 3HLOA 5P3HA 2VIEA 3G70A 4CPXA 3JVYA 4ZPGA 4OBKA 5P63A 5P77A 4OBDA 2CEMA 3LITA 4BFBA 3EBZA 4DV9A 4Y4UA 1LYBA 4Y5KA 2UY0A 5P1FA 2PWCA 5P5CA 5P3FA 5P4IA 4FRIA 1MSNA 3GI4A 1IZDA 4GZFA 1XN3A 3IA9A 5P4RA 1HTGA 3OADA 1AM5A 1A8KA 2O4LA 5P0PA 5P0FA 3EL0A 3FX5A 5P5TA 2OHPA 4QJ2A 3PSYA 5P8SA 5OZFA 1FEJC 2QHZA 5P4VA 5F00A 5CONA 3TTPA 4GJ8A 1FMBA 4Y43A 2V13A 5P5IA 2Q5KA 1M4HA 2PQZA 2HB2A 4PYVA 5KR0A 1DPJA 5P88A 2QK5A 5P48A 4XKXA 4HDFA 5P38A 3QN8A 5OZQA 5OZ5A 3UQPA 4EJDA 5P62A 4RYCA 3R2FA 5OZUA 3TL9A 2B42A 2G24A 1FIVA 1D4KA 2WF2A 3QVIA 3UF3A 5P84A 3ZKMA 5P31A 4RROA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P47 A;  3SA7 A;  5P1B A;  5BS4 A;  4Y53 A;  5P6J A;  3MSJ A;  2F81 A;  4HVP A;  4COE A;  1KJF A;  4FM6 A;  5P5O A;  5P3V A;  5P49 A;  5P78 A;  5OZ6 A;  2VS2 A;  4Y4X A;  5P0K A;  3ZKG A;  4I8Z A;  4FIV A;  3I2L A;  3IN4 A;  3ZKI A;  4I8W A;  5AHA A;  1MVP A;  4Y4G A;  5P0S A;  4APE A;  4EPJ A;  1K1T A;  3NUO A;  3PLL A;  5DR7 A;  5P19 A;  1BAI A;  5P0N A;  1T6G A;  4KB9 A;  1YTI A;  4B1E A;  5P44 A;  4Y4B A;  4AUC A;  5P16 A;  4RVJ A;  4IVS A;  5JG1 A;  5F01 A;  4D8C A;  5AH9 A;  4RRN A;  4UPJ A;  4Y38 A;  3QRM A;  1ZPK A;  4L7J A;  3I6O A;  3OQA A;  4Y35 A;  5P2E A;  5DR3 A;  5P4N A;  4J55 A;  1SGZ A;  2JJJ A;  3H5B A;  5C9B A;  2VJ7 A;  3WZ6 A;  4I0F A;  2RMP A;  5P37 A;  4ACX A;  4F76 A;  1YTJ A;  5P61 A;  5HVP A;  3NWQ A;  4A4Q A;  3OXC A;  3SA8 A;  3GGU A;  3TOH A;  1EPP E;  4APR E;  1B6L A;  3UDK A;  5OZL A;  5P1P A;  1KJG A;  1EBY A;  1AJV A;  5P09 A;  4ACU A;  5HU1 A;  5P5H A;  2QI5 A;  2R8N A;  5P3X A;  5P67 A;  4EXG A;  2WEB A;  3PB5 A;  1K6C A;  4J0Y A;  2NPH A;  2AQU A;  5P0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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