4YA8A

Structure of plasmepsin ii from plasmodium falciparum complexed with inhibitor pg394
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNISLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 85
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ya8A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ya8A01
1FF0C 5P3FA 1A94A 3T7QA 3DK1A 5P38A 4YBFA 1XE6A 1HBVA 5P56A 1HSGA 4EP3A 2G26A 5P18A 3OK9A 3EM6A 4Y3JA 2AOHA 2AQUA 5P2BA 4MC2A 4EJLA 3GGVA 2AVOA 1HEFE 3NLSA 3OOTA 5HE4A 5OYUA 2WF2A 5P6SA 5P7CA 5P1UA 1Z8CA 2QI1A 3K4VA 2XFKA 1MIQA 4YDFA 3EXOA 5P76A 1GVUA 1AIDA 2HC0A 9HVPA 3O99A 3ZKQA 3LNKA 1LYBA 2QNQA 3T11A 5P6ZA 5IVTA 1HVIA 1LV1A 3GI6A 5KQYA 2OHMA 2BB9A 4D83A 4Y3WA 5P0BA 3HBOA 2ASIA 1APVE 2IRZA 3PSUA 4LC7A 1HVJA 2WECA 2NNKA 1E5OE 2R38A 4EPJA 5ISJA 3UQUA 5P1HA 4BFBA 4RRSA 3MXDA 1BXOA 1F7AA 5P54A 2HAHA 4I0IA 3D1YA 5P0OA 4B00A 5P5FA 4ZSMA 4Z50A 4R93A 3ZKGA 2AOJA 5P0RA 3IXKA 3OTSA 3AUPA 1UH7A 2WEAA 1IZDA 4E43A 2Z4OA 1B6JA 5OYQA 4LXAA 5P3ZA 5P37A 1E80E 6FIVA 4Y5EA 1ZPAA 1ZLFA 5P2WA 3OUDA 3BHEA 4GJ9A 3PMYA 4COEA 5P4KA 4D89A 3UDJA 3EKWA 3UTLA 4Q5MA 1D4HA 5P6BA 4J0PA 4CMSA 4DJUA 3DOXA 3SKFA 5P3EA 1MTRA 5EZXA 1NPVA 5OZSA 1YM4A 2SAMA 3QRSA 2IKOA 4Y54A 2WEDA 4I0ZA 1IDBA 3S2OA 4DQFA 1LYWB 3OWNA 3FNUA 1DPJA 5P5OA 1NPAA 1W5XA 5P80A 2ZJJA 1IVQA 2VKMA 4J0YA 1HPVA 4ZE6A 3CICA 4QJ8A 4Y4GA 2NTRA 5P0NA 3LIZA 2B60A 3O9HA 3SKGA 1HTRB 3OU1B 1MRWA 2WKZA 1HIIA 1EPPE 1LEEA 3APPA 5P4PA 5P10A 5OZEA 1TCXA 1QBSA 3KF0A 1HHPA 5P5JA 3VF3A 2QP8A 3O9CA 4NJTA 4A4QA 5OZKA 3OXCA 3LIYA 5P85A 2FXEA 4RZ1A 5OYWA 2Q3KA 2AZBA 5P7XA 4FM7A 2IQGA 2QNNA 5AHBA 2RENA 2HS1A 3R2FA 5P75A 4Y3NA 2ZDZA 1AVFA 4MC1A 2VIYA 5IS4A 5HD0A 3TKGA 3OHFA 4GJCA 3PBDA 3PWWA 3ZLQA 5P3RA 2UXZA 5P6EA 4HA5A 1VIJA 1XS7D 4BELA 1BVGA 2HB3A 5P1NA 5P3XA 5P48A 2UY0A 3EM3A 3S43B 1APTE 4OD9A 4QGIA 3D1ZA 2IGXA 3DCKA 4NKKA 2PQZA 2VA5A 5P6WA 5P45A 3MSJA 5ISKA 5P5RA 5P3SA 3PLDA 3HAUA 5P5QA 1BDQA 3QVCA 5AH7A 3KT5A 3G72A 4Q1NA 2JJJA 4EQJA 5P7HA 1B11A 3KMXA 4Y4AA 1YT9A 3UDMA 5P1PA 3KN0A 4I10A 2P3AA 2OAHA 1W6IA 5OYSA 4Y50A 3EL9A 4APRE 5P7IA 2G27A 1A8GA 1FMXA 4DI2A 2PMAA 5OZ8A 3DV1A 2PYNA 5P4IA 3QRVA 5P7SA 4NPUA 2O4SA 2J9JA 3BGBA 4PYVA 3IVIA 5CLMA 1TSUA 5EZZA 3L3AA 5OZ6A 3VCMA 3A2OA 3SABA 1W5YA 5P13A 1EPOE 5P2RA 4XXSA 2FMBA 5OZLA 2QCIA 1FFFC 5P1LA 5P3MA 4RYCA 4I1CA 4RVXA 5I3VA 4LAPA 2ER0E 2ZHTA 4OBGA 1ER8E 3VF7A 5P6VA 5P2OA 5P6XA 2I0DA 2Q11A 1GKTA 1B5FB 1EPQE 1XE5A 5P2TA 3KMYA 5P17A 1EPNE 5P68A 5P8HA 2NXLA 5P7MA 1PFZA 1RPIA 2FGVA 4GJ6A 3LPJA 5KQZA 5P5NA 5P5ZA 2R3WA 1IVPA 2P3BB 4IVTA 2QU3A 4DQCA 4J1FA 3OQKA 4F75A 3MXEA 5P1YA 5P8AA 1HOSA 1SGUA 2PH8A 4EYRA 1B6MA 4AMTA 4EHCA 1TCWA 1NH0A 5P1JA 2QI0A 5P33A 5P64A 3L59A 1EBWA 3S45A 4HEGA 5P4MA 3UDQA 2ZJLA 4GJBA 1GVVA 2ER7E 8HVPA 4Y5CA 4CPRA 4FAEA 4GB2A 4Y5MA 3R0WA 4EP2A 2PK6A 4J1KA 3TNEA 3FX5A 5P2SA 2V00A 3IN4A 3INHA 1UH9A 1HTGA 3BUGA 1BDRA 5P3UA 2I4UA 1BWBA 3D20A 5P5DA 3OGPA 2OF0A 5P8KA 3OAGB 3S8IA 5P1QA 4Y3RA 2F80A 1QDMA 3ZKXA 2FLEA 5OZ4A 5BS4A 2FIVA 5DGWA 3K1WA 1UH8A 1BAIA 2B7ZA 2ZJIA 2NR6A 5P8FA 1MERA 5P82A 1F34A 2AVSA 4M8YA 5P4TA 5P7GA 3FIVA 1MSMA 2O4NA 1YX9A 1IIQA 5ER1E 1FQ8A 5P6DA 5P11A 2F8GA 4Y43A 5P0FA 5P4OA 4J0ZA 2VA7A 5P0AA 5OZOA 5P2AA 1HPXA 2HS2A 2ZJNA 4EXGA 1FMBA 5P1GA 4B77A 2OHPA 2F3EA 1BIMA 1EBKC 2G1OA 3QROA 4S1GA 2QZKA 3K4VC 5P67A 2NMYA 5P51A 2F81A 3EL4A 1VIKA 3TOFA 3VLBA 5OYVA 3S85A 4QLHA 1LZQA 1FB7A 4Y4ZA 1HTEA 4F73A 1K1UA 5P8EA 1DIFA 4CPXA 4RCDA 5CONA 4Q1YA 1AAQA 5P7JA 5ER2E 3LITA 3TLHA 2WEZA 1BVEA 3GI4A 5OZQA 3D91A 4LP9A 5P6RA 1TQFA 3CKRA 3TH9A 3Q70A 3FNSA 2VNMA 1YTIA 3RTHA 3EL5A 4FRIA 2QHZA 5P5MA 1DAZC 3DM6A 4IVSA 2IGYA 5DQ1A 2QZWA 4J17A 1QS8A 2WEBA 4ER4E 1ZPKA 3K5CA 3KA2A 3WSJA 5P2VA 3IGBA 1HXWA 3VEUA 5OZMA 3ECGA 5C9FA 3I25A 1KJFA 2ER9E 1FLHA 4YCYA 2Q15A 2WF3A 2PK5A 3BGCA 5P4CA 4Y56A 3FNTA 1AM5A 3LPKA 5P7NA 2V16C 5P3QA 4J1IA 3S56A 5IVSA 1C6XA 5DQ2A 2QHCA 3ZKSA 2B8LA 3L58A 5P26A 5P40A 3MWSA 5P3IA 4DV9A 5OYRA 3NDXA 1D4JA 2IS0A 1YG9A 1GNOA 5ENMA 2RMPA 4Y4BA 4J1EA 4DJXA 5P00A 4ZEAA 1D4LA 5F00A 3INFA 4X2LA 4Q1WA 3PLLA 4AA8A 3PBZA 2BKTA 3OU4B 5KOSA 4XKXA 4Y3AA 3NUOA 1K6PA 4Y3FA 4I0EA 5P58A 5P4AA 3TL9A 3OXWA 4RYGA 4RVJA 3CYWA 1DP5A 3HLOA 3SM2A 5OZ0A 1XDHA 2CENA 4L1AA 5OZVA 4D8CA 3LZSA 5JFPA 5HCTA 5KR8A 4Z2ZA 4YHQA 4LXKA 3SLZA 2I1AA 2P3CA 3CKTA 5P4BA 5P1AA 5P8MA 3OADA 3UQPA 5P2EA 5P4HA 5HE7A 2EWYA 2QU2A 2NNPA 3PWMA 4Y53A 1SGZA 4OBHA 3NWQA 2BPWA 1CMSA 1HIVA 1MT8A 3CIBA 1LS5A 1M0BA 5P29A 4YOBA 2ZGAA 5P8OA 3EKPA 3TTPA 1MUIA 3QP0A 3PWRA 2NXMA 2IDWA 4I0FA 5IVQA 1MVPA 5P4YA 4YD7A 1HXBA 4DJVA 3UCBA 1OEWA 1HRNA 4Y3ZA 4DJQA 5P65A 2JXRA 3URIA 5B18A 1MT9A 1MRXA 5HU0A 4ACUA 3S54A 5P19A 4OC6B 5OZTA 4PEPA 2WL0A 1XN3A 3HAWA 1EEDP 2G94A 3SA7A 5P3JA 5P79A 4J0VA 1LYAB 5P78A 4Y5BA 5P47A 5P0EA 2ZE1A 3QRMA 2JE4A 5P0MA 3NU5A 1GVXA 2P83A 2WF4A 3NDUA 5P4VA 5P4JA 2Q63A 4B70A 3URJA 4Z22A 5COOA 3MSLA 5P7UA 5P1KA 3EKQA 1UPJA 5P0TA 2OHKA 5P1FA 4WY6A 2QMFA 3CMSA 2AVVA 4H3JA 3O9LA 3TPPA 2A4FA 5P8GA 2QHYA 1BDLA 5P81A 5P1CA 5P0LA 3DV5A 5P57A 2FDEA 5P7TA 5P23A 1AJXA 5OZBA 4Y47A 5P0YA 1PPLE 5DPZA 3UDHA 5COPA 3UDYA 7HVPA 3ZL7A 3L5CA 3UQWA 5P7PA 5P8CA 4HE9A 1XL2A 4ACXA 3VF5A 2AZCA 3PMUA 3TPLA 3KM4A 2FDPA 1FQ7A 5OYXA 5P69A 4JPEA 5P46A 5KR0A 4Y4JA 2I4DA 5C9BA 1XL5A 1AJVA 1FMUA 4DJPA 2V12C 5P4LA 1HPSA 2HPFA 5P1DA 4Y3XA 3DCRA 3UDNA 1YTHA 3QS1A 1KJ7A 5P2CA 1IZIA 5P2KA 5P1ZA 4GJAA 1A30A 3Q6YA 2O40A 1BILA 4RLDA 2VIJA 1HVRA 5P8DA 5BRYA 4FIVA 5TOLA 3NU4A 4NPTA 5P6YA 4I0JA 3BUHA 3KFPA 5P4DA 5P5PA 5UPJA 1IBQA 1CPIA 4R8YA 3R4BA 5OZIA 4F76A 5OZGA 1GVWA 2G21A 5P84A 5P8QA 1FQ5A 5P72A 3SA9A 4UPJA 4MC6A 4B05A 2B42A 2APRA 4L7HA 4FRJA 4GYEA 4I11A 2Q54A 5P6LA 3INEA 3O9FA 3PRSA 1ZBGA 5P2IA 4ZLSA 3TOHA 5P44A 4JPCA 5KR1A 1T7KA 2AOCA 3PHVA 1HVKA 4Z4XA 4D85A 3Q4BA 3OQDA 3FKTA 3T7PA 2ZHUA 5JFUA 1FEJC 4TVHA 2G24A 1G2KA 2XYEA 2V13A 4YCKA 1HVLA 2B7FA 2FDDA 3KDCA 5P0PA 5P15A 3T7XA 3UF3A 3VYEA 1LYWA 4JOOA 4EJDA 5E5JA 1K6TA 6UPJA 1APUE 5P3WA 5P55A 5P27A 5P83A 3PCWA 3LIXA 5OZ7A 2G1YA 4Y57A 4B78A 3SFCA 5HE5A 2AODA 4PZXA 1BV7A 1PROA 5P7WA 1MSNA 2QD6A 5P8TA 4FRKA 3EKXA 5P71A 3OU1A 3EM4A 1MT7A 1QBRA 3KDBA 4H3IA 4Y48A 1EPRE 4RRNA 3S7LA 2PH6A 1YTGA 2QI6A 5OZYA 5P25A 3OY4A 4Y3HA 3PVKA 5P4SA 3I2LA 1D4IA 1DW6C 5P49A 1RL8A 1HPOA 2QMGA 5P4NA 5P3TA 4X7IA 3ER3E 3PI0A 3CKPA 1W6HA 3O9IA 3UHLA 4ZIPA 4OBFA 1LF4A 5P6MA 2ZJHA 1HVHA 4FSEA 4EJ8A 4XX4A 4AZYA 5OZUA 3KDDA 3VFAA 3ST5A 3ZKNA 4DQHA 1ODXA 5I3YA 4Y4DA 5P1RA 1K2BA 3C9XA 5P3OA 5P31A 1C6ZA 5P0KA 3TOGA 4DFGA 3OUBA 5P2XA 4AUCA 5DR3A 5P52A 5P73A 4DUSA 4I8ZA 1SIVA 1GVTA 1KZKA 5P61A 3KFNA 4EQ0A 3NDTA 2RSPA 5OZ1A 4H3FA 4YA8A 1W51A 5P3KA 5P7VA 4QJ9A 5P05A 5P8NA 4ER1E 3S43A 5OZ3A 5P8SA 1QBUA 1SDTA 1CZIE 5P4UA 4QJAA 3N4LA 1PPME 3EL0A 4Y5PA 4APEA 5P77A 4DJOA 2AOIA 3UDRA 3UPJA 1G6LA 4K8SA 5HU1A 3EC0A 4WTUA 2R5PA 3M9FA 5P60A 5AHCA 2WHHA 2O4LA 4U8WA 4R95A 4DQBA 1B6LA 2IKUA 3H5BA 5P42A 2RKFA 3RTMA 2VNNA 5P4RA 4FCOA 4R92A 4DJWA 4Y45A 5P74A 2Q5KA 4YBIA 2PWRA 3QBFA 1KJGA 5AGZA 2V11C 1FFIC 3B80A 1TSQA 4DPIA 5KOQA 1K6VA 3PJ6A 2I4QA 2IL2A 1IDAA 3BXRA 5P16A 3WB4A 4ZSRA 5OZCA 5P08A 5P5YA 2VA6A 3NSHA 2QMPA 1BBSA 3HZCA 4TRYA 4EJKA 3SA8A 5P6UA 1SH9A 2VJ6A 3VYDA 3OTYA 2AZ8A 3O9EA 4LBTA 5P6PA 1OEXA 3OUAA 5P7ZA 5C9DA 1SP5A 3VYFA 3U71A 2NXDA 3Q5HA 5IE1A 5P59A 1SDUA 3NU3A 2WF1A 1B5FA 4MC9A 1LYBB 1ZP8A 4KE0A 5OZHA 3BUFA 1YM2A 1ODWA 4HDFA 3QIHA 5P1OA 1KJHA 5P6OA 5P8LA 5HDVA 2P3BA 4TRWA 5P1VA 4DJYA 2HIZA 5J25A 2IENA 3H0BA 2ZHRA 4Y3YA 3TKWA 4J0TA 1HIHA 1LF2A 3O9DA 4ER2E 4B1CA 5OZ5A 2CEMA 4FS4A 5P66A 5P1MA 5T4SA 5AHAA 4QJ7A 1Z1HA 2VIEA 4EWOA 1EC0A 2QK5A 4Y4WA 3IVHA 5ENKA 3ZOVA 4I12A 5P0VA 2B8VA 4AA9A 1A9MA 1T7JA 3BVAA 3D1XA 1SIPA 2OHNA 3OXVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FF0 C;  5P3F A;  1A94 A;  3T7Q A;  3DK1 A;  5P38 A;  4YBF A;  1XE6 A;  1HBV A;  5P56 A;  1HSG A;  4EP3 A;  2G26 A;  5P18 A;  3OK9 A;  3EM6 A;  4Y3J A;  2AOH A;  2AQU A;  5P2B A;  4MC2 A;  4EJL A;  3GGV A;  2AVO A;  1HEF E;  3NLS A;  3OOT A;  5HE4 A;  5OYU A;  2WF2 A;  5P6S A;  5P7C A;  5P1U A;  1Z8C A;  2QI1 A;  3K4V A;  2XFK A;  1MIQ A;  4YDF A;  3EXO A;  5P76 A;  1GVU A;  1AID A;  2HC0 A;  9HVP A;  3O99 A;  3ZKQ A;  3LNK A;  1LYB A;  2QNQ A;  3T11 A;  5P6Z A;  5IVT A;  1HVI A;  1LV1 A;  3GI6 A;  5KQY A;  2OHM A;  2BB9 A;  4D83 A;  4Y3W A;  5P0B A;  3HBO A;  2ASI A;  1APV E;  2IRZ A;  3PSU A;  4LC7 A;  1HVJ A;  2WEC A;  2NNK A;  1E5O E;  2R38 A;  4EPJ A;  5ISJ A;  3UQU A;  5P1H A;  4BFB A;  4RRS A;  3MXD A;  1BXO A;  1F7A A;  5P54 A;  2HAH A;  4I0I A;  3D1Y A;  5P0O A;  4B00 A;  5P5F A;  4ZSM A;  4Z50 A;  4R93 A;  3ZKG A;  2AOJ A;  5P0R A;  3IXK A;  3OTS A;  3AUP A;  1UH7 A;  2WEA A;  1IZD A;  4E43 A;  2Z4O A;  1B6J A;  5OYQ A;  4LXA A;  5P3Z A;  5P37 A;  1E80 E;  6FIV A;  4Y5E A;  1ZPA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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