4YDFA

Crystal structure of compound 9 in complex with htlv-1 protease
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Privileged Structures Meet Human T-Cell Leukemia Virus-1 (HTLV-1): C2-Symmetric 3,4-Disubstituted Pyrrolidines as Nonpeptidic HTLV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTLV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 20
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ydfA00
4QJ6A 4K4QA 3L5DA 5OYRA 1NSOA 3O9CA 3N3IA 4Y4GA 4I0JA 2G22A 2G1SA 4Q1NA 2IKOA 1A8KA 2P4JA 1EPOE 5HCOA 1LYBB 2Q3KA 5P72A 2V11C 4Y57A 4EJKA 1HOSA 4DV9A 3SA4A 1M43A 3SQFA 2BPYA 3APPA 5OYTA 4LXKA 5P5HA 3O9EA 2ZJKA 2I4VA 5P6NA 1FQ7A 3QVCA 3UDKA 1EBYA 4I0EA 5SY2A 5P5QA 3L5EA 4PYVA 5P04A 4NKKA 4MC6A 3GI0A 4EQJA 2O4PA 2ER7E 5P82A 1NH0A 2QD7A 1HIVA 4APEA 3QVIA 2HS2A 5P63A 3BVAA 3D1ZA 4OD9B 5P7XA 3UF3A 3S43B 3LZVA 4PEPA 5P88A 3IA9A 1MVPA 4CPQA 1ODXA 4RVIA 3SA3A 3ZKXA 1BDLA 3LZSA 5P4HA 1YTIA 5P8IA 2VJ6A 3TOFA 4EJDA 1ZP8A 2BKSA 2WF1A 3EL9A 2Q54A 4R8YA 5HVPA 5JFPA 2J9JB 1UPJA 3EL4A 4DUSA 5P8FA 2IKUA 3FNTA 5P8AA 4BFBA 4K4PA 2F81A 6APRE 1FFFC 1FMBA 3EC0A 1E5OE 3UQXA 4PZXA 5P6PA 2IS0A 3HVGA 5P45A 3KFPA 3I25A 5DQ1A 1OEWA 4RYGA 3VLAA 5P8EA 3ZKQA 4Y5CA 2QNPA 2I4WA 3BXSA 3BXRA 1GVWA 4H3IA 4M8XA 2FLEA 3MSKA 4OC6A 3JVYA 5P64A 4J0PA 3L5FA 5P46A 4AA9A 1EPPE 2VA6A 5P59A 3UTLA 5P0NA 2AOGA 7HVPA 5ER1E 1META 4Y36A 5P53A 2OHPA 2R8NA 1QS8A 1ZSRA 2AOJA 5P1OA 3OAGB 3TOGA 4ER4E 5P6ZA 5P5WA 3T7QA 1BIMA 2Q15A 2AVQA 5CLMA 2FGUA 5P5XA 1KJFA 4B78A 3EKVA 4Y56A 3NDWA 2O40A 4Y4UA 4APRE 2AVMA 5P1KA 5P8DA 3ST5A 3BHEA 6UPJA 5P0OA 3EKWA 1IZIA 5P0MA 4GJ5A 5P1DA 4Y50A 5P76A 4OBFA 5KR2A 5OZ6A 3Q70A 2BPWA 2UPJA 2ZHVA 2VKMA 1ZTZA 5P3PA 5P00A 1HSGA 3KMXA 5P55A 1MRWA 3GI6A 5KAOA 2G1OA 4HLAA 2P83A 5OZIA 4X2LA 3ZPSA 1BDRA 3OUDA 3TH9A 3OY4A 3PCZA 4Y4EA 3QAAA 4Y5LA 5P7RA 2HIZA 3S7MA 1U8GA 3KA2A 5IVSA 4Y4JA 3MXDA 3NUOA 5P8MA 5P0PA 3PSYA 3PBZA 4Y3PA 5P4UA 4JPCA 3UDMA 1MPPA 3PHVA 4FE6A 4Y47A 2QHYA 1IBQA 4YD6A 2G26A 5OZYA 3ZKGA 3EMYA 5I3WA 3NU3A 5OYUA 4B70A 3WZ6A 1XE5A 4FM6A 1EPNE 5P5JA 5P7GA 2R43A 1CPIA 4LC7A 1BDQA 5P39A 5P8UA 1IVPA 2F3KA 2NXLA 3PVKA 2ZHTA 5P3IA 2HAHA 5P3GA 1D4LA 5P7BA 5P7JA 2G1YA 5P75A 2XFJA 6FIVA 1BAIA 1HBVA 1QDMA 2NMYA 1FF0C 5OYXA 3T3CA 5P4JA 2OF0A 5P4IA 3OU3A 3HLOA 2MIPA 4RZ1A 4DFGA 4YDGA 4J55A 5C9BA 5P1XA 5AHCA 4Y3XA 1HPXA 2I0DA 4QJ8A 1OEXA 2WHHA 2ZJHA 5P1FA 1PSOE 5OZMA 3ZKMA 4DH6A 1UH7A 5OZXA 1DP5A 3FSMA 4BEKA 2PQZA 3INDA 3HBOA 1TW7A 5P2DA 4Y5AA 2OHKA 3EKQA 3IN4A 2G1NA 3O9LB 1BV7A 2XFKA 3INEA 5P0KA 5P2GA 3TKGA 3PSUA 5ISJA 5P3MA 5P6OA 5P30A 5OZJA 1AJXA 5COPA 5P4EA 5HDUA 4HZTA 5P68A 2WKZA 4RRSA 1HXWA 4L1AB 4Y5NA 1K6VA 4AZYA 4RVJA 2I4UA 1A94A 4Z2ZA 3S85A 5DR7A 4DJXA 1XL2A 4YDFA 3PRSA 2QD6A 2RSPA 2PK6A 5P8GA 2I4QA 1Z1RA 5P4SA 4QJ9A 1ME6A 5P8TA 3A2OA 4FRSA 5P2MA 5P4DA 1IZDA 3PBDA 4HE9A 4B77A 5OZBA 4EHCA 2V12C 4IVTA 2QHZA 5P27A 1D4HA 5P14A 3IN3A 3OU1B 1LYWA 5P38A 5P4PA 3S53A 4DQBA 4BELA 1IZHA 5P6CA 2FNTA 1Q9PA 3FNUA 3QS1A 5IVTA 3UQWA 2QZXA 5P26A 5P25A 3LPJA 5P5OA 5P0DA 1E80E 3ZLQA 3F9QA 1FFIC 2ZYEA 1QRPE 2VA7A 3I6OA 1BWBA 5P4WA 5P79A 1HPOA 3URIA 3S54A 5KR0A 2QMPA 1WBKA 5OZDA 4LHHA 5P0BA 1RV7A 1XN3A 5P02A 2UXZA 1PPKE 2VIYA 2QCIA 3VUCA 3SABA 3VLBA 3BRAA 4I11A 2QMFA 1F34A 5P4GA 3UDQA 4N00A 2QI5A 2QI0A 4FM7A 5P3SA 4FIVA 5P0UA 1K2CA 3KMYA 2FMBA 3SLZA 1E81E 5OYVA 5P2HA 4Y38A 5P1IA 4Y51A 1WBMA 4Y41A 3NDXA 4U7VA 1ENTE 2O4NA 4YD7A 3HVPA 1KJ7A 5PEPA 5P3JA 1B6KA 4F74A 3UDNA 5DR4A 1LEEA 3GGVA 3VSXA 5P0FA 4TRWA 5P86A 1HTRB 2I1AA 3S56A 4CPTA 4EP2A 4D89A 2QP8A 4FCOA 2Q64A 1IIQA 1LF4A 4FL8A 1MSNA 5P6GA 1QBRA 5P4VA 3UCBA 2AOEA 2Q5KA 2FS4A 2WF0A 2PWRA 1HTEA 5OZFA 4HDBA 3CIBA 5P05A 2RKFA 1EPQE 4RYCA 4L7JA 1EPRE 2P3DA 4RCFA 4PPHA 3L58A 1YTGA 2ZJIA 2AVSA 5P4KA 1IVQA 3S7LA 3OXCA 2AQUA 5P0HA 2IENA 3NU6A 5AH6A 5P3DA 3NXEA 3G6ZA 2ZJNA 5P5LA 2A1EA 5P4ZA 2R3WA 2H6TA 4J1CA 3SM1A 4U7QA 1A9MA 1W6IA 3M9FA 3EM6A 4FGXA 4LAPA 4OBJA 5P1VA 2AZ9A 3ZL7A 1PPLE 5OZQA 3L5CA 1FQ5A 4GYEA 3URJA 2Q11A 1FGCC 3LPIA 1PROA 1ZJ7A 4ZIPA 1SMRA 5P0JA 1MTRA 4EXHA 3UHLA 4GJ8A 4AMTA 5P3KA 2QZLA 1FQ6A 1FKNA 3K1WA 3UDYA 3KT2A 5JODA 5P1RA 5HDXA 3SA6A 4Y5PA 5OZ0A 5P85A 5P5DA 4IVSA 4B1EA 3NYGA 4Y4XA 4LP9A 1DW6C 1HXBA 5P7QA 3OUAA 4D88A 3QI1A 5P1JA 2ZHSA 5P0XA 4HVPA 5P1UA 4FLGA 3TTPA 2RMPA 3OU4A 3WB5A 2P3BB 5AH9A 5P6RA 5OZ7A 3MWSA 1MRXA 5P6KA 3CYWA 5P0RA 2NR6A 3UQUA 2ZHUA 5C9DA 5P17A 3I7EA 5P6LA 4YD4A 4FRKA 4H1EA 5ER2E 3PSGA 2QNNA 2NNPA 4MC1A 4XXSA 3EL1A 5P6FA 3ZKSA 2PSGA 5P40A 3TL9A 3LZUA 3WZ8A 3L5BA 3FNSA 3KFNA 4B05A 3EM3A 5P6BA 5P56A 4LXMA 5P07A 3TLHA 4DJPA 2PYNA 5P37A 3G70A 1KZKA 3D1YA 5P7EA 4DJOA 4Y35A 1DAZC 2EWYA 5P8CA 1GNMA 4J54A 1BBSA 5P28A 4FSEA 1FQ4A 3PEPA 1T7IA 5P3OA 1D4JA 3LIYA 1HRNA 1SIPA 5P4FA 5P11A 2PK5A 5KOSA 1M0BA 3R0WA 4ZSRA 2QU2A 1FLHA 3PMYA 1APTE 4J0TA 3OHHA 2G27A 5DGWA 5OZEA 5P89A 2VIJA 5P8VA 4NPUA 4NJUA 2V10C 4Y54A 5P3AA 1FG8C 4CPWA 4E43A 5FIVA 5P6JA 2JYSA 5P2VA 5P8LA 1EBKC 4JPEA 5P7IA 1LYAB 1LZQA 5P5VA 1BXOA 5E5KA 5P3TA 5P5TA 3ZKIA 5ENMA 3UDRA 3LZYA 1D4YA 3UQRA 1EC1A 5P7ZA 1W5WA 5DQCA 4Y48A 4Y3HA 3B80A 2FDDA 1HEGE 2V00A 1XL5A 5P1GA 2IL2A 3QRVA 3ER3E 3ER5E 5P2CA 5OZTA 3VCMA 5DR1A 3URLA 5P1NA 3R4BA 5P08A 4DQEA 1MEUA 3MSJA 1APWE 3BVBA 3O9AA 3SPKA 3EKXA 3T11A 1HVKA 1ZAPA 4ZSPA 4Y3QA 5OZ8A 3JVWA 5P0GA 1G0VA 5P09A 5P5BA 3OQKA 5P2JA 3TPJA 3CKTA 5AHBA 5COOA 4XX4A 1WKRA 4R95A 1EBWA 5P2ZA 5HCTA 2AOFA 5P8PA 5P3ZA 3S45A 5P80A 5OZNA 5P4TA 3HD8A 4Y5KA 1IDAA 1PPME 1AM5A 3DOXA 2QNQA 5P6YA 1SDTA 3U71A 5OZCA 1D4IA 2ER6E 5OZVA 5P0LA 5P2YA 5SXNA 5KR8A 1HVJA 5P2WA 1SMEA 5EZZA 4K9HA 1ZPKA 5P5KA 5P49A 2BJUA 1B6JA 1K1TA 1HIIA 1AXAA 5P8NA 4ZSQA 3SAAA 4OBKA 3QROA 4Y4ZA 5P3RA 5OZ5A 3KFRA 4OBZA 3OHFA 4YD5A 5P0ZA 1OHRA 4R92A 1BVEA 1ZSFA 5OZHA 5OYSA 4DPIA 2VIZA 4GMIA 5DR8A 2QAKA 3SO9A 4ZPEA 1HVCA 2QD8A 2ZJMA 3CKPA 4DJRA 3PJ6A 5KR1A 5P7KA 1QBTA 2OAHA 2BPVA 4I0HA 1BWAA 4TRZA 2PMAA 3R0YA 4L7HA 1KJGA 3Q5HA 2R38A 1C6YA 3CKRA 5P5ZA 4I0ZA 2ASIA 5HU0A 5P03A 5HDZA 1G2KA 3IVHA 4OC6B 5CONA 3NWXA 5P2UA 5P52A 5P54A 4COEA 4YHQA 3ZMGA 3RU1A 5P15A 4DJYA 2RKGA 2WEAA 3OK9A 1EC0A 2QZKA 2WEDA 5P66A 3HW1A 2HB2A 3NU4A 5P4XA 4B72A 3U7SA 2WJOA 2AZ8A 5IS4A 4ZPFA 1T7JA 1FIVA 2G69A 5P6SA 2AOIA 2VJ9A 3OQFA 5DQ2A 1GVVA 5P4CA 2CEMA 3G72A 4NPTA 3O9DA 2WECA 1FQ8A 4YA8A 5P69A 4YCKA 3EKYA 7UPJA 3SFCA 1VIKA 1SDVA 3EM4A 1GNNA 5P57A 3VV6A 2B7ZA 1GNOA 5COKA 3VEUA 4J1IA 2FDEA 4OBGA 3ZKNA 2OHUA 1BV9A 1ZLFA 5DR3A 4EJ8A 2BPZA 4Y3NA 3LIVA 5P06A 1W6HA 5P8JA 5P7PA 2PC0A 3FKTA 5P6VA 3PMUA 1HVRA 3SA9A 3AUPA 3IXKA 3OOZA 4JP9A 5HE5A 3NWQA 2AVOA 5P7DA 4X7IA 5P4QA 4YCTA 1FQXA 2G20A 3PCWA 5P65A 5P1YA 2XYFA 5P61A 1XDHA 5P4OA 3OXVA 4H3FA 3OUDB 3TPPA 4Y3JA 4Q5MA 2B42A 3QN8A 3HZCA 3IXJA 3DK1A 5P19A 2RENA 4U8WA 4CPSA 4DJQA 3NU9A 4I0IA 5BWYA 2F3FA 2AODA 1PFZA 5P5FA 3S8IA 4Y58A 2IRZA 4CP7A 5P35A 5P7UA 3PWWA 3ECGA 2NXMA 4LXAA 3OQDA 1ZPAA 3QPJA 3AIDA 3R1GB 4AA8A 1EC2A 3DM6A 4ZLSA 2SAMA 4LL3A 4Y3SA 2IDWA 4Y44A 5P1AA 5C9FA 3WB4A 3VYDA 1T6GA 4EJLA 5OZLA 4YOBA 3OADA 3VF5A 3KFSA 1T6EX 2PH8A 2APRA 3PGIA 2WEZA 5P2IA 4EXGA 4Y3RA 4DQGA 3NDTA 5OZAA 5P1QA 5T4SA 3Q4BA 5P2AA 4FRJA 4PHVA 3OUBA 4J1HA 1HPSA 5P2OA 5IVRA 2AZBA 2BKTA 5SZ9A 2R9BA 4Y53A 5P0YA 5P1EA 4HDFA 5KQXA 2F8GA 3TKWA 3BUGA 5P71A 3L3AA 5P2BA 3S2OA 5BS4A 3DCRA 2AOCA 3Q3TA 1GVXA 1GVTA 5P41A 2HB3A 4K4RA 4OBHA 3APRE 5OZ4A 1AVFA 5P22A 1YM2A 5P5PA 2IGYA 4JECA 4EWOA 5JG1A 4K8SA 2VS2A 1RNEA 1APUE 4JOOA 1K1UA 4CPUA 5P2SA 1TCXA 5P1HA 4J0ZA 1AIDA 1CZIE 1K6PA 5P7HA 4I1CA 4CPXA 4YE3A 1NPVA 1HHPA 1QBSA 4R93A 4Y3WA 1LF3A 3O9BA 5P2NA 5P3XA 2NXDA 4Q1WA 1XS7D 3HAUA 2V0ZC 5OZ2A 4GJCA 3LIQA 5P78A 5P0EA 2ZJLA 2HB4A 5P0SA 3R2FA 1LYWB 1W50A 1B11A 1FG6C 5DQ4A 4B1DA 4DQFA 4GJDA 3K4VA 5F00A 1LYBA 4A6CA 3K5GA 3OQ7A 3K5FA 4FRIA 2FXEA 5P4RA 2OHSA 5P5CA 4Y5BA 1M4HA 5P58A 1YTHA 4EQ0A 5DGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ6 A;  4K4Q A;  3L5D A;  5OYR A;  1NSO A;  3O9C A;  3N3I A;  4Y4G A;  4I0J A;  2G22 A;  2G1S A;  4Q1N A;  2IKO A;  1A8K A;  2P4J A;  1EPO E;  5HCO A;  1LYB B;  2Q3K A;  5P72 A;  2V11 C;  4Y57 A;  4EJK A;  1HOS A;  4DV9 A;  3SA4 A;  1M43 A;  3SQF A;  2BPY A;  3APP A;  5OYT A;  4LXK A;  5P5H A;  3O9E A;  2ZJK A;  2I4V A;  5P6N A;  1FQ7 A;  3QVC A;  3UDK A;  1EBY A;  4I0E A;  5SY2 A;  5P5Q A;  3L5E A;  4PYV A;  5P04 A;  4NKK A;  4MC6 A;  3GI0 A;  4EQJ A;  2O4P A;  2ER7 E;  5P82 A;  1NH0 A;  2QD7 A;  1HIV A;  4APE A;  3QVI A;  2HS2 A;  5P63 A;  3BVA A;  3D1Z A;  4OD9 B;  5P7X A;  3UF3 A;  3S43 B;  3LZV A;  4PEP A;  5P88 A;  3IA9 A;  1MVP A;  4CPQ A;  1ODX A;  4RVI A;  3SA3 A;  3ZKX A;  1BDL A;  3LZS A;  5P4H A;  1YTI A;  5P8I A;  2VJ6 A;  3TOF A;  4EJD A;  1ZP8 A;  2BKS A;  2WF1 A;  3EL9 A;  2Q54 A;  4R8Y A;  5HVP A;  5JFP A;  2J9J B;  1UPJ A;  3EL4 A;  4DUS A;  5P8F A;  2IKU A;  3FNT A;  5P8A A;  4BFB A;  4K4P A;  2F81 A;  6APR E;  1FFF C;  1FMB A;  3EC0 A;  1E5O E;  3UQX A;  4PZX A;  5P6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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