4YOBA

Crystal structure of apo hiv-1 protease mdr769 l33f
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVFEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The L33F darunavir resistance mutation acts as a molecular anchor reducing the flexibility of the HIV-1 protease 30s and 80s loops.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yobA00
4DQGA 3CKRA 1ZLFA 1K2BA 5P03A 3BXRA 3FKTA 3R4BA 1F7AA 2G24A 3NDXA 3OQ7A 2JJIA 2G1SA 4S1GA 5P49A 1A30A 1M43A 4DFGA 5P7YA 5P3QA 2AVVA 3LIYA 5P81A 3I25A 5P65A 4J1KA 3TL9A 1IZIA 2I4WA 3HW1A 3PI5A 3PI0A 5P4DA 4HLAA 5IS4A 3VF5A 5HE7A 4HDFA 5P2EA 5P2TA 4K9HA 3NDTA 3VF3A 2I4VA 5SXNA 4DV9A 1BDLA 3T6IA 4B00A 5OYTA 2QMFA 1HRNA 4AZYA 4RCDA 4DJRA 3LPIA 4EJ8A 2I0DA 3PWMA 4Z2ZA 4ZPFA 3ER5E 5ISJA 5P22A 3HLOA 3DCKA 3OUBA 1AJXA 1EBWA 5P34A 4AUCA 4ZE6A 5P1IA 1M0BA 3B80A 3INHA 3GGUA 5P7GA 4Y35A 1HVLA 1Z1HA 3QVCA 5P0YA 5P2KA 3VUCA 1QBTA 1ZJ7A 1ZAPA 3UDRA 3DV5A 5JFPA 3WZ8A 4EJKA 3PEPA 4FCOA 5P63A 1ENTE 5OZCA 2NNPA 1YM4A 5P86A 2WF0A 3EXOA 3OUCA 4YA8A 4DJYA 5P6LA 3GGXA 5OZSA 2AIDA 5P5XA 3PGIA 4F74A 5P6YA 2F81A 4FAEA 3VFBA 3GGVA 2QMDA 5I3WA 5P7TA 3OU4B 1YTIA 4Y47A 4Z4XA 2PH8A 5OZRA 5P8SA 4Y36A 2IGYA 3EBZA 3ECGA 2QZLA 4QJ8A 2J9JA 2ZHSA 5KQZA 3OUDB 5P3AA 1META 3DM6A 4FIVA 2PC0A 3OUAA 3Q70A 5OZNA 2WJOA 5OZEA 1IZDA 2PSGA 2R3WA 1SGZA 4HZTA 5P0BA 2F80A 4YOBA 3OAGB 3PBDA 3APRE 1TW7A 4JOOA 2F8GA 3INFA 5C9BA 4YHQA 5P67A 4YCKA 5AH9A 3TPJA 5P5AA 5COOA 5P8NA 5P3MA 5FIVA 2O4NA 1SDVA 1EAGA 3S7MA 3NXEA 5P2JA 2B8LA 2ZHRA 2ASIA 5P4KA 2ER6E 5P14A 3T7XA 1VIJA 5P8AA 4PZWA 4B1DA 3KT2A 3KFPA 3LZUA 2IQGA 1AZ5A 5P1TA 3QRMA 4L7HA 4ZEAA 4Y41A 1LYWB 4OBKA 4LXKA 5DQ1A 1D4KA 2O4LA 4Y3WA 3O9GA 4LBTA 1D4YA 2ZJIA 8HVPA 2A4FA 6UPJA 5P54A 4QGIA 1A9MA 4Y44A 2QI3A 1K2CA 4Y6MA 5P5KA 3KF0A 4XX3A 1HSGA 2FXEA 1FMUA 3PHVA 2NPHA 5P6VA 4YCTA 4PEPA 5P69A 1DIFA 3HBOA 4J1HA 3LZVA 2AQUA 4ZPEA 1K6PA 4LHHA 4RCEA 5P3JA 5P8DA 5OZWA 1RV7A 1C6ZA 4KUPA 3M9FA 3JW2A 1TCXA 3OUDA 1ZTZA 1ODYA 5P8CA 1XE5A 1XL5A 5P39A 5OZYA 4Y4XA 4EQ0A 2BPYA 4GJDA 4OBDA 2BPXA 2Q15A 1IIQA 3OAGA 3OU1B 5P5HA 4ZSRA 2IGXA 4Y56A 1BWBA 4R91A 5P4GA 4K4QA 5P5TA 4D89A 5P3GA 2HAHA 3LIZA 5P4YA 5P6MA 5P52A 1ZPKA 1G2KA 4DQBA 5OZVA 2JXRA 5P8BA 4LAPA 1YTGA 2OHNA 4Y5EA 3OWNA 4WY1A 4RVIA 5OZ7A 3NU3A 4CPTA 4TRWA 4YE3A 5DR3A 3NWQA 1PROA 3U71A 6FIVA 1FGCC 3KDBA 4J0VA 5P7WA 4DQEA 2B60A 2G21A 5P7KA 3H0BA 5P2BA 5I3YA 1AM5A 5P7XA 5IVQA 2A1EA 4DQHA 1B6LA 3UFLA 5P6ZA 2V16C 5P85A 4KE1A 4Y5KA 5P5CA 1LYWA 5P8HA 3BUHA 3OTYA 4R95A 3SA9A 2AOEA 5P4TA 3UQPA 4Y4JA 4H3JA 2Q11A 3O9CA 3UPJA 3K5CA 5OZBA 1HIIA 4GJ8A 2OAHA 4Y5CA 2G1NA 5P45A 5P2LA 1T6GA 2VJ6A 4QJ7A 5C9FA 4RROA 2V13A 4I0EA 3GI4A 4PPHA 5JG1A 4FS4A 5P6NA 2WF1A 1QBRA 3ZKQA 3D20A 2QNPA 4AA8A 2FGVA 4I0HA 1W51A 4EPJA 2HS2A 4DJPA 3O9HA 5P8QA 3CIDA 3FSMA 4RYGA 5P6BA 5P0DA 2BJUA 3L3AA 2WECA 5P0SA 5J25A 1NPAA 1SH9A 4FSEA 2BPZA 5P7SA 1MT9A 3K4VC 2VNMA 1ZSFA 1DP5A 4APEA 3OU1A 4QJ2A 5P84A 3S56A 4HE9A 3KDCA 3NXNA 1E5OE 4I0JA 4Q5MA 5AHBA 1EC1A 3O99A 3KFSA 4I0GA 2FXDA 3EL5A 3KDDA 1MTRA 4FLGA 3DCRA 2G27A 2QD6A 5ENKA 3UFNA 3NUJA 3T7PA 5P3YA 1GNNA 3NU6A 5P60A 2V12C 3OGQA 4Q1XA 5P3CA 5P41A 3ZPSA 2F3FA 3UF3A 5P0OA 3S85A 4U8WA 4MC2A 2R8NA 5P0IA 4FRSA 5P7EA 3QRSA 4J0ZA 4A6CA 1W5YA 3ZKIA 5P6CA 3KMYA 3VLAA 5DQ5A 1MRXA 2WF3A 5P0ZA 3IXJA 3AIDA 1YTJA 3WZ7A 3C9XA 4K4RA 4YCYA 3RTNA 5P5RA 5P1ZA 5IVTA 4QLHA 5P06A 4Y51A 2PK5A 1FFIC 4JECA 3AUPA 2QNNA 5HE4A 4Z22A 2IS0A 3HAUA 4I0DA 4ZLSA 3GI6A 1FF0C 1HSIA 1LEEA 5P2MA 5OZOA 5P4MA 2AOGA 2R5QA 3HD8A 3SA3A 5P0LA 4R5NA 3S43B 2OHPA 5P1MA 4J0TA 2QMPA 2R3TA 3JVWA 5P7IA 3PJ6A 1TCWA 2HS1A 5JODA 1PPLE 4RLDA 4ZSMA 1JLDA 1HVCA 5AH6A 4OD9B 4FM8A 4D83A 1D4SA 4Y43A 3ZOVA 1EC2A 5KQYA 4Y4DA 5OZ6A 3L58A 5OZ9A 1XE6A 4NJSA 2VJ9A 4Y4TA 1EPPE 4GYEA 1KJGA 3OQKA 3T3CA 3H5BA 5BS4A 1KJ4A 2AVQA 2V11C 5DR7A 7UPJA 5IE1A 5AH7A 5P7ZA 4Y3QA 1APUE 4CP7A 5P0CA 3SM1A 1K6CA 4I0IA 6APRE 2R5PA 2VIZA 5P4PA 5P5YA 4PHVA 4LL3A 2B7ZA 3KA2A 1RNEA 4FM7A 5P0EA 4GJAA 3VV7A 1GVUA 3GI5A 2Z4OA 5P04A 4TRYA 5DGUA 4NJUA 5P5PA 2CEJA 3MWSA 4B0QA 4DPIA 3OOZA 5P1OA 3T7QA 3IGBA 1FQ5A 2G26A 4H3FA 3O9AA 2O40A 1IVPA 5P2HA 5P6DA 2ER7E 1QDMA 5P8JA 5P3PA 3VYFA 4PZXA 5P1SA 4GJ6A 2QD8A 5P5SA 1EBKC 5P1HA 3TOGA 1HTEA 3IAWA 5P1JA 1E80E 4OC6B 5P8MA 1FMXA 3RTHA 4Z50A 1EPNE 2IEOA 5OZAA 5P5FA 5P1UA 3WSJA 2J9JB 1Q9PA 1HPVA 4DVFA 2AOJA 5P0FA 4AMTA 3S7LA 5HU0A 3PMYA 3KN0A 3O9BA 4DUSA 1GNMA 1KJHA 3GI0A 1IBQA 5P36A 5P7CA 3MSKA 5E5JA 5P08A 3UDPA 1WBMA 5P8VA 4Y3SA 3QIHA 4BEKA 1LV1A 3CKTA 3NU5A 3S43A 2AOIA 1IDAA 4Y4ZA 5P07A 3QI1A 3OU3A 3S54A 4QJ9A 4X2LA 5P8UA 2I1AA 5P0XA 1T7JA 4OD9A 1PPKE 1HSHA 3DJKA 3SPKA 5UPJA 3BGCA 1BVGA 3S8IA 4DJOA 3NR6A 5P6UA 2RMPA 4GJBA 2BPVA 2G94A 5P5MA 3SKGA 5P3EA 3ZKMA 4TRZA 4RZ1A 3QP0A 5DR1A 4DJXA 3KFRA 2J9KA 2RKFA 5HU1A 5OZ5A 5OZUA 1FMBA 1BV9A 5KOQA 1EPLE 5KQFA 5P2GA 4Y3JA 3KFNA 4Y53A 3EL0A 2P3DA 3O9DA 2AVOA 5P6HA 1SIPA 4I8WA 3LNKA 5P38A 2HC0A 2PMAA 2QI0A 2BBBA 3SA7A 3D1ZA 2Q63A 2P3BB 3PBZA 1MIQA 4LXAA 5P2OA 2FS4A 2WL0A 1QBUA 2F3KA 1NSOA 5B18A 5P19A 3TNEA 1BILA 1ZPAA 1FQ8A 5P58A 3RVIA 4OBZA 4RRSA 5P83A 1KJFA 3CMSA 5OZXA 5P17A 1WKRA 5P1FA 1LF4A 4JP9A 4OC6A 4Y5LA 3IVHA 3IN4A 4PYVA 1RQ9A 1B6JA 1HXBA 3ZKSA 5P2AA 5P10A 2OHKA 5HCOA 4J54A 2NMZA 1B6KA 5P6SA 2OHUA 2QP8A 4YOAA 1EEDP 4EYRA 3EL1A 3EM3A 4XX4A 2PQZA 2RKGA 3TLHA 1APWE 2FLEA 2P4JA 5P77A 5P1WA 2ZJMA 2OHRA 1LF2A 2WEZA 4Y48A 1PFZA 5P71A 1AJVA 2VKMA 4YBIA 1PSAA 1HIHA 4ACXA 4QJAA 3OK9A 2QI5A 3K5FA 4BFDA 2FNTA 2Q3KA 5OZQA 3O9FA 1T6EX 2FDDA 2IKUA 5P28A 5P12A 1GVWA 2QHZA 5P35A 4B72A 9HVPA 2ZJKA 1BXOA 2Q55A 4U7QA 3PSGA 3EKWA 3PWRA 2O4SA 5P7QA 3SABA 3EL4A 5P32A 2PYMA 5HDZA 1K6TA 3PSYA 3LPKA 5AHCA 5P2CA 5P3DA 5E5KA 5P3XA 3QPJA 5P4WA 2WKZA 5P5GA 4Y3FA 3NLSA 5P4CA 3NU9A 3OXWA 1ZP8A 5OYRA 3WZ6A 3VFAA 5P5JA 1MPPA 4Y5AA 1FQXA 1A8KA 3SO9A 1HVRA 5P5IA 3SLZA 3Q3TA 2P3BA 4GJ9A 2ZJJA 5P7NA 3KYRA 5OZIA 4MC1A 5OYQA 5OZLA 3QRVA 2FMBA 1K1UA 1AVFA 5P6KA 3TH9A 5HDXA 5P82A 1GVVA 2XYFA 1HTGA 1BDQA 4NKKA 2NMYA 2UPJA 1DW6C 4EWOA 5IVSA 3I7EA 3FNUA 2IDWA 5P33A 2QK5A 1APVE 4D8CA 1D4HA 5HTZA 2ER0E 2Q5KA 1NPWA 1SP5A 4L7JA 5DQ2A 5KR0A 1T7KA 5P0TA 5P5EA 5P1CA 1B11A 3I8WA 4Y3LA 5P7PA 3JVYA 4GZFA 4CMSA 3KT5A 5I3VA 5AGZA 5P4OA 3OGPA 4GJ7A 1FQ7A 1PSOE 2I4QA 2HPEA 5P78A 3K4VA 1AXAA 5P8TA 3LHGA 3CIBA 4Y3EA 3PLDA 3OOTA 1K6VA 2PK6A 3TOFA 4YBFA 3OHFA 5P55A 5P62A 5P72A 2AZBA 1BV7A 1EPRE 5P75A 5P4SA 2V0ZC 3I6OA 5P88A 5P4EA 3BVAA 1MEUA 1W5WA 3R0WA 3EMYA 3LINA 1MERA 4I0FA 2QCIA 2B42A 3DV1A 5OYYA 5P30A 2VIJA 4YD5A 4K8SA 5P4BA 4K4PA 4F75A 1C6YA 3OQAA 5P7RA 3ZPTA 3FNSA 3MSJA 2OHLA 5P01A 5P09A 5DQCA 4OBJA 2ZHVA 1XN2A 1FQ4A 4Y3AA 1KZKA 1C70A 3LZYA 3OQDA 3EKTA 1FEJC 3Q6YA 2G1OA 3PLLA 1IVQA 2I0AA 1D4JA 3QBFA 5C9DA 3PCZA 3OADA 3PVKA 4XKXA 5OZPA 3CYWA 4DQFA 4DQCA 1UH8A 3OHHA 4Y50A 1T7IA 2HM1A 4L1AB 5P1VA 2VIEA 2EWYA 1HWRA 1YX9A 4HDPA 3IXOA 3LPJA 3EC0A 2QNQA 1BXQA 1NPVA 4B1CA 5T4SA 4UPJA 5P61A 4B77A 5P8EA 3VG1A 5OZDA 2OHQA 3I2LA 2QZXA 4L7GA 2WEDA 2IKOA 1W5VA 1MT8A 3UDQA 4DJWA 1OEXA 3QBHA 3R0YA 2HIZA 5P5LA 5P7FA 5EZXA 1BVEA 3GGAA 4D85A 1HVHA 3S45A 3B7VA 2BKTA 3HAWA 5P11A 4Q1WA 3T11A 1W6HA 4DJUA 4I1CA 4Y58A 1MT7A 5P1PA 3O9IA 2ER9E 5P3FA 3N4LA 4RVJA 5I70A 2XFIA 3BC4A 3BVBA 5P1YA 4Y3RA 5P7AA 5P0KA 2QU3A 4RCFA 5COPA 5P5NA 5P3ZA 1FIVA 3L59A 5P7OA 1AIDA 4MC6A 4FL8A 4Y3YA 5P8FA 5P7UA 3SM2A 4D88A 3ER3E 1HVSA 1UPJA 4EHCA 1FG6C 4ZIPA 4I12A 4DPFA 5P2XA 1YT9A 5F00A 2G20A 3D3TA 1CZIE 5P73A 2PWCA 3TPLA 3IXKA 1YTHA 1TZSA 4Y5GA 5P8KA 4EQJA 1FKNA 3BHEA 4KE0A 2ZJLA 1G6LA 3VLBA 4CPXA 5P6FA 5P3NA 4Y39A 1GNOA 1LYAA 3G72A 4HVPA 1A94A 3KM4A 4J0PA 4Y4AA 1HTFA 5DPZA 3F9QA 5P25A 5P00A 3OQFA 3CICA 4L1AA 5P2IA 3SAAA 4R8YA 5P3SA 5P4RA 1APTE 2UY0A 7HVPA 3HDKA 2CENA 5P44A 2VS2A 3EKQA 3UQRA 5P1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQG A;  3CKR A;  1ZLF A;  1K2B A;  5P03 A;  3BXR A;  3FKT A;  3R4B A;  1F7A A;  2G24 A;  3NDX A;  3OQ7 A;  2JJI A;  2G1S A;  4S1G A;  5P49 A;  1A30 A;  1M43 A;  4DFG A;  5P7Y A;  5P3Q A;  2AVV A;  3LIY A;  5P81 A;  3I25 A;  5P65 A;  4J1K A;  3TL9 A;  1IZI A;  2I4W A;  3HW1 A;  3PI5 A;  3PI0 A;  5P4D A;  4HLA A;  5IS4 A;  3VF5 A;  5HE7 A;  4HDF A;  5P2E A;  5P2T A;  4K9H A;  3NDT A;  3VF3 A;  2I4V A;  5SXN A;  4DV9 A;  1BDL A;  3T6I A;  4B00 A;  5OYT A;  2QMF A;  1HRN A;  4AZY A;  4RCD A;  4DJR A;  3LPI A;  4EJ8 A;  2I0D A;  3PWM A;  4Z2Z A;  4ZPF A;  3ER5 E;  5ISJ A;  5P22 A;  3HLO A;  3DCK A;  3OUB A;  1AJX A;  1EBW A;  5P34 A;  4AUC A;  4ZE6 A;  5P1I A;  1M0B A;  3B80 A;  3INH A;  3GGU A;  5P7G A;  4Y35 A;  1HVL A;  1Z1H A;  3QVC A;  5P0Y A;  5P2K A;  3VUC A;  1QBT A;  1ZJ7 A;  1ZAP A;  3UDR A;  3DV5 A;  5JFP A;  3WZ8 A;  4EJK A;  3PEP A;  4FCO A;  5P63 A;  1ENT E;  5OZC A;  2NNP A;  1YM4 A;  5P86 A;  2WF0 A;  3EXO A;  3OUC A;  4YA8 A;  4DJY A;  5P6L A;  3GGX A;  5OZS A;  2AID A;  5P5X A;  3PGI A;  4F74 A;  5P6Y A;  2F81 A;  4FAE A;  3VFB A;  3GGV A;  2QMD A;  5I3W A;  5P7T A;  3OU4 B;  1YTI A;  4Y47 A;  4Z4X A;  2PH8 A;  5OZR A;  5P8S A;  4Y36 A;  2IGY A;  3EBZ A;  3ECG A;  2QZL A;  4QJ8 A;  2J9J A;  2ZHS A;  5KQZ A;  3OUD B;  5P3A A;  1MET A;  3DM6 A;  4FIV A;  2PC0 A;  3OUA A;  3Q70 A;  5OZN A;  2WJO A;  5OZE A;  1IZD A;  2PSG A;  2R3W A;  1SGZ A;  4HZT A;  5P0B A;  2F80 A;  4YOB A;  3OAG B;  3PBD A;  3APR E;  1TW7 A;  4JOO A;  2F8G A;  3INF A;  5C9B A;  4YHQ A;  5P67 A;  4YCK A;  5AH9 A;  3TPJ A;  5P5A A;  5COO A;  5P8N A;  5P3M A;  5FIV A;  2O4N A;  1SDV A;  1EAG A;  3S7M A;  3NXE A;  5P2J A;  2B8L A;  2ZHR A;  2ASI A;  5P4K A;  2ER6 E;  5P14 A;  3T7X A;  1VIJ A;  5P8A A;  4PZW A;  4B1D A;  3KT2 A;  3KFP A;  3LZU A;  2IQG A;  1AZ5 A;  5P1T A;  3QRM A;  4L7H A;  4ZEA A;  4Y41 A;  1LYW B;  4OBK A;  4LXK A;  5DQ1 A;  1D4K A;  2O4L A;  4Y3W A;  3O9G A;  4LBT A;  1D4Y A;  2ZJI A;  8HVP A;  2A4F A;  6UPJ A;  5P54 A;  4QGI A;  1A9M A;  4Y44 A;  2QI3 A;  1K2C A;  4Y6M A;  5P5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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