4Z4XA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with open flap
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z4xA00
5P2BA 1FFFC 5P6FA 1BXQA 2VJ6A 5P5YA 3O9IA 4M8YA 3VSXA 3L5BA 5FIVA 5P1JA 4B1EA 5P0HA 4Y4WA 3PRSA 6FIVA 5P63A 2H6TA 4QGIA 4TVHA 2JYSA 3ZMGA 3OUDB 1RV7A 2I4UA 1KJHA 1LYWB 3T6IA 4I8WA 1Z8CA 3DM6A 4RGHA 3PSUA 5IVRA 4J54A 3K5DA 4I0HA 3M9FA 5HU1A 4KE1A 4YHQA 1HHPA 1SBGA 3PJ6A 4Y3TA 3VF3A 4APEA 1LF4A 3OQDA 1QBUA 2XYFA 4Y39A 4KUPA 3KF0A 5P1CA 5P2NA 1D4SA 2B8LA 5DQ4A 5P42A 4CPTA 1HOSA 5P23A 5P1HA 1EPPE 2APRA 1XE6A 5P7RA 1HVLA 1ME6A 4B1DA 1FQ5A 4ZPEA 1FIVA 1OD1A 2QMDA 5P6TA 3QROA 3OOZA 5P39A 3LIVA 5OZ6A 3VV6A 2UXZA 1ZP8A 1SDTA 5AHBA 2O4KA 2BPXA 3NDXA 3SPKA 3RTMA 3OU3A 1G2KA 4K4RA 4DVFA 5APRE 3D20A 5P2OA 5P0MA 3LZUA 5P7LA 3OU4A 5AH6A 1ZAPA 5OZTA 5P2QA 3IN3A 5P84A 4Y9WA 4Y4UA 3LHGA 3DUYA 4YCKA 2QU3A 1HEFE 4AA8A 1LYBA 3LPJA 4TRZA 3D1YA 3MSKA 1M4HA 3FIVA 5P2EA 2VIYA 4CPRA 2ZHVA 5OZJA 5P5ZA 2HPEA 1GVWA 4Y3MA 1D4IA 5P7JA 5OZ3A 3SQFA 1KZKA 3BC4A 3BUFA 3S8IA 5DR8A 1FG6C 1SGUA 5P4LA 2G21A 4Y56A 5P8TA 3EKTA 1HSIA 4RYCA 3PCZA 4Y58A 4L7JA 4GJ6A 5AH9A 5I3YA 1ZSRA 5P5FA 3VYFA 3I25A 1YTIA 5ISKA 5P5EA 3MXEA 5F01A 1K2BA 2ZGAA 4ZEAA 1LZQA 4JOOA 3PSYA 1FLHA 1XL2A 3Q6YA 1ZSFA 2XFJA 5P2LA 1G6LA 3PSGA 5P8VA 4ZSMA 1HSHA 3L5DA 5P4FA 5OYSA 5P6HA 4EJLA 4XKXA 5COPA 3NXEA 4MC1A 5P11A 4L6BA 3WB5A 4A6BA 1U8GA 5KOQA 3LIYA 5P6EA 1E82E 4DI2A 1KJ7A 2ZJNA 5P4YA 3PBDA 1MT9A 3BVBA 1GVTA 3SM2A 1BVEA 4I0JA 5P70A 2IKOA 1AAQA 4FAFA 1XDHA 5P3FA 5P7DA 4NJUA 3L58A 5P86A 5OZPA 2QZWA 5AHCA 3QN8A 5P7IA 5P71A 1MTBA 3D91A 5OZHA 2Q64A 4IVSA 3L59A 4Y5BA 2NNKA 2JXRA 3EC0A 5P1RA 1YTJA 1B6LA 1Z1HA 4YBIA 2PWCA 4TRWA 4J0PA 2AZCA 5P6XA 5HVPA 5P49A 3FNUA 1DPJA 6APRE 3UQRA 3AUPA 2G1SA 2R38A 1APTE 2ZJMA 2J9JA 4WTUA 1SH9A 2A1EA 1UH9A 2RKFA 5HDVA 5OYYA 2HIZA 4K4QA 1SIVA 5OZOA 5DR7A 4J0VA 1IZEA 2Q54A 5JFUA 3HVPA 2QI4A 4RCFA 3EM3A 2P83A 4K9HA 2WF0A 5P3SA 5P22A 2WHHA 1K6PA 3EBZA 1NSOA 1MRXA 5P3CA 4GJDA 2FDPA 3BUHA 9HVPA 1LYBB 3SKGA 5OZ9A 4R93A 1EC1A 3O9GA 4ZE6A 2AVSA 5OZDA 2QD8A 4Y3PA 5P80A 3EL4A 4Z50A 5P4VA 4HEGA 3PLLA 5P1TA 5P4MA 2JJIA 1UH8A 2F3KA 5DR0A 5P02A 2HC0A 5P24A 5P3OA 1PPLE 4XX4A 5C9BA 3JVYA 1SGZA 2ZE1A 5P6IA 3WZ7A 3PCWA 3OXCA 5P7KA 1EPLE 5EZZA 4IVTA 5P1IA 3S2OA 5P7XA 2AQUA 5P8FA 3U6AA 3IXKA 5P6OA 4DUSA 1FQ4A 5JFPA 5P79A 3NU3A 3MSLA 5P2AA 5OYTA 4EJ8A 1W5XA 5IE1A 4DJUA 1FMXA 1MESA 3T11A 3EKPA 5KQXA 5P7AA 3ECGA 2G20A 5P2WA 5P0KA 5P8HA 3NU4A 5P06A 3LIXA 4Y51A 2ZJLA 2HM1A 5P8MA 3PM4A 5IVQA 4RZ1A 2OHLA 1HPOA 4DJQA 4CPSA 1IDAA 5P6NA 2PSVA 5ENKA 3ZKSA 3KDBA 4TRYA 5OZQA 1FEJC 3D1ZA 3GI0A 3GGVA 5P60A 1DP5A 5P0ZA 1T7KA 3O9EA 5P3UA 5P6CA 1IZDA 4RRNA 1HVCA 4GJ8A 4FRKA 5P5JA 4Y5NA 4FAEA 3KDCA 2OHTA 1TZSA 3NUOA 3I2LA 5P09A 5P6YA 3OUAA 4B05A 5OZNA 5P1MA 3URLA 5P5GA 4L7HA 2HPFA 5TOLA 4GMIA 4YCYA 3VUCA 3TTPA 3ZKMA 2R9BA 3KN0A 4NJTA 5KQFA 4EP3A 1HVSA 2G22A 1PROA 2ZJHA 5P0XA 5P15A 4Y3SA 1MRWA 3B80A 2AZ9A 4RRSA 2Q15A 5P2VA 5P8IA 1F7AA 3OADB 5OZZA 1YX9A 2QI0A 3OHHA 2HS1A 5P72A 3CIBA 4PYVA 1IZIA 2ANLA 4J1FA 2R8NA 5DQ2A 4QJ2A 4Y4EA 5P4IA 1W6HA 3U71A 2B7ZA 5P5XA 5P0QA 2Q11A 4M8XA 1DMPA 4Y57A 1NPVA 5P7OA 4NPTA 4DQFA 3KMYA 4FLGA 4Y3LA 2BPZA 4FRSA 4PHVA 4Q1YA 1HVKA 3QBFA 5P4QA 4D85A 4H3GA 4Y43A 1SMRA 5P0JA 5P61A 3PI0A 1D4KA 2IL2A 1RQ9A 3OU1A 5P0RA 2IRZA 5P20A 3LPKA 4YBFA 3UDKA 4Y5CA 4JP9A 3CMSA 3VV7A 4EQJA 1FQ6A 4JPEA 3PEPA 2VJ9A 2Z54A 2IKUA 5P4EA 4RVJA 4KB9A 3VF7A 5P8SA 6UPJA 3APRE 5P8QA 4DQEA 1LS5A 2V00A 1YM2A 4HVPA 2FDDA 3TPLA 3L5FA 4LHHA 2V13A 5P2DA 3ZLQA 2G69A 1SDUA 5P8NA 1HTRB 3O9LB 4GJ7A 4EPJA 3G6ZA 1EC3A 4EHCA 4Y47A 2PSGA 2NPHA 2QMFA 5P1QA 3BRAA 5P6MA 2V0ZC 4X2LA 2NXMA 1C70A 1W5VA 4Y3RA 4K8SA 5DGUA 4F76A 2BJUA 3DCRA 4I11A 3OAGA 5UPJA 4D89A 4Y3EA 5P0EA 5AH7A 3KDDA 1E80E 1PSNA 1J71A 2OHPA 5P2SA 4D8CA 5KQZA 1OEXA 1HIIA 2NXLA 3PWRA 4YOAA 4COEA 4J1CA 1EBWA 4PEPA 4EP2A 2FIVA 5KOSA 3QVCA 3RSXA 3WB4A 5P4RA 5OZKA 1EPNE 2P8HA 2WEAA 3CKTA 3GI6A 3NDWA 3R0YA 5P4CA 4ZSRA 4ZPGA 5P3YA 5AH8A 4EJKA 2CEJA 3R1GB 1HVHA 3R2FA 5P5DA 4ER4E 5P51A 1K6TA 5P44A 1BDRA 4AMTA 3DCKA 5P01A 1ODXA 3JVWA 5P03A 3KT5A 3ZKIA 4EWOA 5P10A 2P3BA 1NH0A 2ZHRA 4GZFA 3UDHA 3S54A 4Y3WA 2FS4A 2FGVA 2QI3A 2F81A 4Y50A 5P7HA 3GI4A 4QJ8A 5P0IA 1AJXA 3UQWA 2QNPA 1ODYA 5P3IA 4DJWA 5B18A 4OBJA 4J0TA 1MUIA 3PMYA 2FGUA 3ER3E 4B77A 3HBOA 2AVOA 5P6LA 5DR4A 1FMUA 1HWRA 2R3WA 5P12A 4Y3AA 1K1TA 4FSEA 5P0TA 5KAOA 5P3BA 3TPPA 3O9BA 3ZKGA 4ZPFA 2V10C 4Y5GA 2ER6E 4LC7A 3OXXA 2B7FA 2ZHTA 5P0OA 3UFLA 4Y37A 5I70A 1ER8E 4YD4A 3INFA 2ZJKA 1T6GA 1HSGA 2OHQA 1LYAA 5P2UA 1TW7A 5OZXA 4D88A 5P3KA 2R5QA 2CENA 5P1LA 1DW6C 2FNSA 5P25A 1CPIA 5P6AA 4J5JA 5P13A 3CYWA 2AVVA 5P33A 1VIJA 1EEDP 5BS4A 2ZJJA 3LINA 4Y4BA 4Z2ZA 3LIZA 5E5JA 5P2HA 5SY3A 5P00A 2PYNA 2FNTA 1A8KA 5P1AA 5P4JA 4YOBA 2I4WA 1BBSA 2QI1A 4MC9A 3TPRA 2P4JA 4BFBA 3UPJA 3UFNA 3Q5HA 3K4VC 4DJXA 4U7VA 4BELA 2AOCA 5P6KA 2ZYEA 5P0DA 3ZPTA 3VF5A 5OYQA 4JECA 1BDQA 4D83A 5P4GA 1A9MA 2VJ7A 5P73A 4HLAA 4YD3A 5P4UA 1QBTA 4Q5MA 4R95A 2QP8A 1EBKC 1B11A 3MXDA 4FGXA 3OGPA 4QJ9A 1FKNA 5P4KA 3WZ8A 3IXOA 5P0LA 1YM4A 4R91A 5P7SA 1HTFA 1KJFA 4FM8A 5P89A 1YTGA 3D1XA 2NMZA 3T7PA 5SZ9A 5P48A 3QVIA 5P52A 2FMBA 5P4DA 2G1OA 3AIDA 2WF3A 5OZYA 5P0NA 4XXSA 1OEWA 2I4DA 2OHUA 4TVGA 4DJOA 5P5BA 4ER2E 2RKGA 5P56A 1E81E 5P41A 5P7YA 5P8GA 1D4HA 4H3JA 2EWYA 2JE4A 4Y44A 3OHFA 3FKTA 5F00A 4RCEA 4J1EA 1MT7A 3LPIA 3OQFA 4RLDA 5P3JA 3QIHA 2P3BB 1BV7A 3EL9A 3PMUA 5P3RA 5OYWA 2HB3A 5P8PA 3NR6A 1UPJA 5P2YA 3GI5A 3LZSA 4J1HA 4DQBA 4Y3YA 5OZLA 5P7ZA 2P3AA 5P3ZA 4DQCA 3NLSA 3OU4B 5P6GA 4B78A 2UPJA 3K5CA 4OBFA 2QNQA 1APUE 2NTRA 3IVIA 3S7MA 2QD6A 5P27A 4YDGA 2AOIA 4CPQA 2NR6A 5P14A 1K6VA 1HTGA 2QNNA 5P1PA 1FF0C 3SA8A 4YD6A 4Y35A 1ZLFA 4EQ0A 4DFGA 4Y4TA 1HIHA 1WBMA 4LBTA 3EM4A 5P0GA 3LZYA 5P3HA 1N49A 3Q70A 3EXOA 5P5CA 1D4LA 5OZ8A 3IAWA 4WY6A 4OBZA 4Y45A 4Y4GA 5P4WA 5DQ1A 2A4FA 4GJCA 4OBHA 4DQGA 3RSVA 2HB2A 4QJAA 3SA5A 3T7QA 1BXOA 3O9HA 4R5NA 1YT9A 4OD9A 3QI1A 3K4VA 3FNSA 5P2CA 5P4PA 5HDZA 3BGCA 3K5GA 3ZKQA 3NU6A 5P67A 4Q1NA 5P40A 5JG1A 1HVJA 3LIQA 3NDTA 1A8GA 3N3IA 5P5TA 4F74A 2PSUA 5P3QA 4PZWA 3EKWA 5SXNA 5SY2A 4Y5LA 3VG1A 3C9XA 2ER9E 2VA6A 5OZMA 5P6DA 5OZ0A 3UF3A 4AUCA 2PYMA 4J1IA 5P66A 1MIQA 3NUJA 5P3MA 5P3EA 2O4PA 2WKZA 1FFIC 5P3WA 5P5NA 5COKA 4Y3FA 5P0AA 3S45A 2OHNA 4H1EA 5OYRA 3ZPSA 5P26A 5OZ5A 2OHRA 3L3AA 1MSNA 3BHEA 3OQAA 1NPAA 4Y4AA 4CP7A 2QHYA 5P2TA 1APVE 3SFCA 2ER7E 5P81A 2QU2A 4I8ZA 5P69A 2G1YA 2BPWA 5P8AA 2VNMA 2I1AA 5P1NA 3PBZA 3KT2A 3OTSA 3IXJA 2IDWA 5P8RA 4LAPA 2P3DA 1IBQA 5P4BA 5P0PA 1A94A 3UQPA 2I0AA 4Y3NA 1XS7D 4I0FA 4Q1WA 4H3FA 4APRE 1SP5A 4Y38A 3OXVA 2WF1A 4Y3GA 3OWNA 1DIFA 5OYZA 2NXDA 4Y4DA 5P54A 3VSWA 5OZCA 5P1UA 3UHLA 2B60A 3GGUA 4UPJA 2J9JB 1EBYA 5P7EA 1HPSA 1M43A 2G24A 5P0WA 4F73A 4Y3QA 3FSMA 4OC6A 3VV8A 2OHSA 5P4SA 3TH9A 2QZLA 1JLDA 3IA9A 5P1EA 4FCOA 1W5YA 2AODA 1B5FA 4GJAA 5P7PA 1K1UA 1QS8A 5OZ4A 4L1AA 5P5WA 3HW1A 3D3TA 4I10A 4YDFA 5OZ7A 2Q3KA 3BXSA 3KYRA 3NYGA 2PMAA 4EYRA 3DV5A 3SM1A 1OHRA 3OUDA 4RCDA 1VIKA 1LYWA 5P1BA 4GYEA 3T3CA 5HCTA 1MTRA 3OQKA 2OHMA 5P2IA 5P2GA 5P29A 3TLHA 3NDUA 5I3VA 5BWYA 2QZXA 4LL3A 1AVFA 3DK1A 2FXEA 3SA6A 1LV1A 4Y3DA 1QRPE 5P34A 3HVGA 3CKRA 7HVPA 2V16C 7UPJA 5OZFA 4I0EA 3ZKXA 5OZEA 5P7QA 1BDLA 3VYEA 3O99A 4X7IA 1IZHA 1SMEA 4OD9B 5ER1E 5P16A 5OYVA 5P8KA 3ZPUA 3QBHA 5P2JA 1HTEA 4FL8A 4CPXA 3URIA 5P3TA 3TOFA 4MC6A 1B6PA 2QI6A 1T7IA 3S7LA 1HIVA 4I1CA 4AA9A 3CIDA 1TSUA 2VS2A 2FLEA 4Y53A 1FB7A 3VFAA 1E5OE 1HPXA 2BB9A 5P07A 1GNOA 5HDXA 4CPWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2B A;  1FFF C;  5P6F A;  1BXQ A;  2VJ6 A;  5P5Y A;  3O9I A;  4M8Y A;  3VSX A;  3L5B A;  5FIV A;  5P1J A;  4B1E A;  5P0H A;  4Y4W A;  3PRS A;  6FIV A;  5P63 A;  2H6T A;  4QGI A;  4TVH A;  2JYS A;  3ZMG A;  3OUD B;  1RV7 A;  2I4U A;  1KJH A;  1LYW B;  3T6I A;  4I8W A;  1Z8C A;  3DM6 A;  4RGH A;  3PSU A;  5IVR A;  4J54 A;  3K5D A;  4I0H A;  3M9F A;  5HU1 A;  4KE1 A;  4YHQ A;  1HHP A;  1SBG A;  3PJ6 A;  4Y3T A;  3VF3 A;  4APE A;  1LF4 A;  3OQD A;  1QBU A;  2XYF A;  4Y39 A;  4KUP A;  3KF0 A;  5P1C A;  5P2N A;  1D4S A;  2B8L A;  5DQ4 A;  5P42 A;  4CPT A;  1HOS A;  5P23 A;  5P1H A;  1EPP E;  2APR A;  1XE6 A;  5P7R A;  1HVL A;  1ME6 A;  4B1D A;  1FQ5 A;  4ZPE A;  1FIV A;  1OD1 A;  2QMD A;  5P6T A;  3QRO A;  3OOZ A;  5P39 A;  3LIV A;  5OZ6 A;  3VV6 A;  2UXZ A;  1ZP8 A;  1SDT A;  5AHB A;  2O4K A;  2BPX A;  3NDX A;  3SPK A;  3RTM A;  3OU3 A;  1G2K A;  4K4R A;  4DVF A;  5APR E;  3D20 A;  5P2O A;  5P0M A;  3LZU A;  5P7L A;  3OU4 A;  5AH6 A;  1ZAP A;  5OZT A;  5P2Q A;  3IN3 A;  5P84 A;  4Y9W A;  4Y4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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