4Z4XA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with open flap
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z4xA00
2AZ8A 5P8VA 4Y50A 5P66A 3T7QA 4QJ9A 5P1EA 2AOIA 3NYGA 1B6LA 2OHSA 1A8GA 3L5DA 2HB2A 1LYWA 5BS4A 3D91A 2A4FA 5P3PA 4OD9B 1HEGE 1W5XA 2OAHA 3RSXA 1UPJA 5P1XA 5P52A 1RV7A 3OU1A 5OZ7A 5P7GA 3ZKGA 1META 3I25A 1MTBA 5OZPA 3UTLA 2P3DA 5CLMA 2HS2A 5P4PA 4Y36A 1AIDA 5IVRA 1MEUA 4RCDA 3L38A 1BV9A 2NXLA 3LZUA 2IKUA 1A8KA 5P8FA 3PM4A 1BILA 3PJ6A 5P5HA 5P7HA 5P6LA 5P0GA 3A2OA 1BVGA 3GW5A 2I0DA 3S43A 3OAGB 5P4RA 1DIFA 1OEWA 3BGBA 1BVEA 1JLDA 3OY4A 3K5CA 4Y4EA 4NPTA 3UPJA 1BV7A 1ZAPA 5P2SA 5P63A 8HVPA 2OHMA 3KFSA 1NSOA 3OQFA 3UDMA 5P1BA 5P56A 2G1OA 5OZGA 1PPLE 3CMSA 2B7FA 1GNNA 3KDCA 5P75A 1YM2A 1B6JA 2QHYA 3GGAA 4Y4UA 5P4GA 4Y38A 5KR0A 1MPPA 5P7VA 2OHTA 5P6IA 5P3CA 5P2XA 3FNSA 1TQFA 1ZP8A 2FDDA 3UQXA 5P4NA 2FDEA 3RTNA 5OYTA 2HS1A 2PSVA 2FGUA 5JFPA 5P6HA 1TZSA 3PBDA 5P7RA 5P3AA 3ZMGA 3TPJA 4J54A 3OU4A 2G26A 1MERA 3L3AA 3QBHA 2BKTA 1RPIA 5I3YA 5FIVA 1F7AA 3KFRA 5P7OA 3EL4A 5OZCA 4PPHA 2VS2A 2ZJHA 4Y4BA 4ZSMA 4D83A 4FRKA 4Y4TA 5P5EA 1IZHA 1MT7A 5P49A 5P8DA 2AVQA 5I3WA 2G1SA 3VV6A 2AOCA 3TOHA 5P6TA 4DQHA 3OOZA 5P5YA 4APRE 5HDZA 1HTEA 4WTUA 1APTE 2ER0E 5P1UA 5C9BA 5KQYA 1C6YA 1LYBB 1AJXA 5EZXA 2QD7A 3OHFA 2FXEA 2JXRA 1CZIE 1FMUA 3N3IA 4RZ1A 5P83A 5OYSA 5P6XA 4Y3EA 5P5UA 4R95A 5OZFA 5KQFA 2XFIA 3L59A 1HPVA 2G69A 4YE3A 2PSGA 5P8NA 1FMXA 4Y5GA 4B05A 2O4LA 1E80E 4S1GA 3VEUA 4J0ZA 1B6MA 5OZ9A 3B7VA 5P6VA 1CMSA 3O9LA 2NXMA 5P0VA 2PYNA 3SA3A 2VNNA 1W6HA 3URJA 1PPME 2UXZA 4TVHA 5P5BA 1HIIA 5HDUA 2QI7A 3ZKQA 1W5VA 3OTSA 3URIA 2P3CA 2WF0A 4I0FA 4Q1WA 3QPJA 5P43A 3TKGA 5P46A 3VYEA 3C9XA 4EP3A 4Y54A 4DJVA 1HOSA 4M8YA 1MT8A 5TOLA 5P77A 4D89A 4X7IA 2ZJJA 3I7EA 4GYEA 5P26A 5HU1A 1PSAA 5P6OA 2ZHRA 2AOGA 2G22A 5P8TA 5P7KA 1F34A 4FRIA 3QIHA 2BBBA 2O4KA 3G6ZA 4B70A 1K1UA 2P3AA 5P3JA 3VF3A 1ME6A 5BWYA 2FDPA 1PROA 4DQBA 1M43A 4LL3A 5EZZA 4XX3A 4ZPGA 2RENA 2XFJA 2ER9E 5P1TA 3OU4B 2WF2A 4I0DA 2PWCA 3S7LA 3F9QA 5BRYA 1HVSA 4Q1NA 1KJGA 1LV1A 2QNQA 4Y3DA 1AVFA 3IN3A 5P0TA 1W6IA 1EAGA 5P5CA 4YA8A 4Y53A 3ST5A 5P34A 3PI5A 4HEGA 5P37A 5P8QA 2PK5A 2G24A 5OZAA 3OADA 3UQPA 2H6SA 2QMGA 5DQ2A 5P0ZA 4Y4GA 1A94A 1RL8A 3BUGA 1XS7D 2BPXA 3CKTA 1WBMA 4J1FA 4FGXA 1DW6C 3UDQA 1EC1A 3FX5A 2F3EA 2G1NA 3CKPA 1IVQA 2QHZA 1G35A 3PEPA 3IXKA 3EM6A 5P1SA 4KUPA 4OBGA 1ER8E 3OXWA 5HU0A 3IAWA 3PWRA 4MC6A 5P5GA 5P2VA 5P16A 5P7WA 5P4DA 4CMSA 5DQCA 3K5DA 5DR4A 3CYXA 2QMDA 5P5KA 4Y4JA 1OD1A 3QAAA 1YT9A 4YBFA 4TVGA 4ZSRA 3FIVA 5P1DA 3L58A 5P7UA 1EC3A 1KJ4A 2QU2A 5P20A 4F73A 6UPJA 4J1KA 1QBTA 1IZDA 5JG1A 5P2HA 4Y35A 3HZCA 1LF3A 5P24A 2IQGA 1G0VA 2UPJA 4PZXA 4AMTA 3LIXA 3IVHA 2F80A 5P4UA 5KOSA 5E5KA 5P3IA 5P2DA 3WB4A 4LXKA 4FCOA 1Z1HA 5P6MA 4DJQA 3OHHA 4GJBA 2WJOA 1IZEA 3SLZA 5P4AA 1EPOE 2Q55A 5P7XA 1GVVA 4RVIA 5P2WA 3KDDA 1XN2A 1FG8C 5P8GA 4OD9A 5P2LA 2PWRA 3UFLA 1XE5A 3HBOA 3SAAA 3SFCA 2ANLA 3KT2A 4ER1E 3VV8A 5P4VA 4ZSQA 3ZPUA 2QZLA 2B8LA 5P7LA 4TRWA 4K4PA 4XKXA 3WB5A 5HE5A 1HPOA 3AIDA 3H0BA 4AZYA 2I4XA 3LPJA 1K2BA 3LZVA 2OF0A 5P1CA 3OQKA 4ZPEA 4YHQA 4FIVA 5P0CA 5P0LA 3PSYA 1LS5A 2J9JA 1ZBGA 1HXBA 4NJUA 5P2YA 3PVKA 4H3IA 1AXAA 4ZE6A 5P3VA 5OZWA 5P27A 3TTPA 3GI4A 5P5AA 5P3YA 2BPWA 1TCWA 3QS1A 4Y5KA 3OAGA 5ER2E 5P3HA 5AH9A 1SDVA 5P7MA 2ZJIA 3D1ZA 3R2FA 4CP7A 5P62A 4Z4XA 5JODA 4D85A 3EKYA 4OBHA 3GGUA 3UDPA 4N00A 4Y4WA 4GJDA 2HPEA 5P4WA 3EKVA 2FIVA 4R8YA 2WEDA 4J0VA 1MVPA 4CPWA 5KQXA 4L7HA 1EBKC 1W5YA 4PYVA 4ACXA 3O9AA 2B42A 1SP5A 4Y6MA 1ODWA 3GI0A 1WKRA 1DMPA 1SDTA 1HBVA 3PSGA 5P6NA 2HM1A 4ZIPA 4DVFA 1SBGA 4L6BA 2F8GA 2OHPA 4QJ2A 3N4LA 1BBSA 4JP9A 2HB3A 5P2NA 1GVXA 4Z2ZA 1PSOE 2G27A 2VNMA 5APRE 4A6BA 4YCYA 5P8SA 3OWNA 2NTRA 5P6DA 1SGUA 5P2JA 3AUPA 1AM5A 4LP9A 4B77A 5OZUA 4RROA 5F01A 3DCRA 5KAOA 4DJXA 2BB9A 4DJRA 3LIVA 4Y47A 5OYZA 3OQDA 5P3SA 1KJHA 4YOAA 5P09A 4PHVA 3SA4A 3PI0A 4B1CA 3HLOA 3LIQA 4DQCA 4FS4A 5PEPA 5P18A 1PPKE 5P72A 4XXSA 4JECA 1NPAA 3LZYA 3PGIA 1K1TA 2JJIA 5P1RA 4A4QA 3KN0A 4QJ6A 5P74A 4RVJA 2QMFA 3I6OA 5P61A 1HTFA 3O9GA 3TPRA 4Y3RA 4JPCA 5P41A 1FKNA 3VYFA 2G21A 3INDA 2H6TA 1D4KA 4AUCA 2AOJA 5P2IA 3S45A 5OZ1A 1OEXA 3WZ7A 4Y58A 3S53A 2FXDA 1B6KA 4WY6A 2MIPA 3R1GB 4YOBA 5P0RA 2AZBA 4J0TA 1VIKA 3KM4A 4Y48A 2J9JB 3D20A 5P3UA 3KFNA 2R3WA 5P31A 5P1FA 2AVVA 3BHEA 1TCXA 2ER6E 4ZEAA 4Y4ZA 2FNTA 1FFIC 1B5FB 2QMPA 3LIYA 4LC7A 4NJSA 3R4BA 5P6ZA 1HSIA 5HCTA 3SPKA 1QS8A 3BVAA 5P1KA 2FLEA 5P2BA 1SGZA 1BWAA 5P1VA 4B0QA 4NJTA 1ZJ7A 5SXNA 5P6RA 5P40A 4Y4XA 5COPA 4I0IA 5P6UA 4BEKA 1EPPE 3OUCA 2B60A 5P4MA 5P7QA 2Z4OA 4AA9A 5OZXA 1HSHA 1KZKA 3I2LA 5P7JA 1FIVA 3SA9A 3DK1A 4J17A 2IENA 2IKOA 2V12C 3O99A 5P5IA 3OUBA 1D4HA 3TPPA 4YD7A 1APVE 5P87A 3EKXA 5DR0A 5P0EA 3VLAA 2BPYA 5P2EA 3QRVA 3Q6YA 6APRE 2P4JA 4BFBA 3CIDA 3WZ6A 5P8IA 3O9BA 5ISJA 1HRNA 3EMYA 5P0DA 5P44A 5HCOA 5P58A 5KQZA 3EM3A 5P4XA 5OYYA 4Y3FA 4ZPFA 3EKQA 1ZPAA 3IN4A 4Y3ZA 4I0ZA 1UH8A 3ZLQA 3QI1A 1LYAB 1D4SA 4Y3QA 4MC2A 1DAZC 3TL9A 5P5OA 5P0YA 5COOA 3OXVA 4HZTA 5P8PA 2NNKA 2FNSA 4DFGA 3VLBA 5P0WA 5P2ZA 3VSXA 5J25A 4L7JA 2V13A 2ZJLA 3D3TA 3OOTA 2OHQA 1GVWA 3NU4A 2ZHSA 5P73A 3GGVA 4Y41A 5P82A 2VJ9A 4HDPA 5DQ4A 5P5NA 5P3KA 1W5WA 4RRNA 5OYVA 4FLGA 4YDGA 1HTRB 1HHPA 3R0WA 3PMUA 5P3GA 2P8HA 3EL9A 5P35A 4NKKA 4FAFA 3HVPA 3LHGA 2AVMA 3NWXA 3U7SA 2O4SA 1DP5A 4OBJA 3RTMA 5DR1A 1HIHA 5P3LA 4J1IA 3OUAA 1AJVA 1ZSRA 2I4WA 3UDRA 3D1YA 5P5FA 2Q63A 3ZKNA 5P2RA 2IS0A 2O40A 4LBTA 4I0HA 1GNMA 7HVPA 5P7ZA 2WL0A 3LZSA 5P0BA 2WF3A 4FSLA 4GMIA 1BXOA 3MXDA 4EQJA 5P4ZA 3UDYA 5P0IA 1LF2A 3UHLA 3T6IA 4I0EA 3ECGA 3DM6A 3RSVA 3OTYA 1PFZA 1FQ7A 4DJWA 1HWRA 4L7GA 2PK6A 2Q54A 1HVIA 2ZDZA 2Q11A 4FL8A 1SDUA 3NDUA 2WECA 5AH7A 5OZTA 2QNPA 1K6CA 4H3GA 3SKGA 3LPKA 2PYMA 5P1JA 4Y3SA 5P4KA 4DUSA 4I8WA 3ZOVA 4X2LA 1FF0C 3S2OA 3TPLA 5P07A 5P48A 2WF4A 4GJ5A 5P54A 5P84A 4U7QA 4R93A 4Y3JA 4QGIA 5HTZA 5P59A 1Z8CA 4EHCA 5P5DA 4CKUA 3OGQA 5P3OA 5P4SA 4H1EA 1AZ5A 2RSPA 2AZCA 2R8NA 3UDNA 4KB9A 1ZPKA 2R9BA 2JE4A 3ZL7A 4CPRA 4OC6B 3NU3A 1BDQA 2JJJA 2VJ6A 4JOOA 4U8WA 5P38A 3NUOA 3T7XA 4YBIA 2G1RA 1RNEA 5P06A 5JFUA 2AOEA 2Z54A 5SY3A 3SKFA 3TOGA 1D4YA 3PMYA 1XL5A 3VUCA 3SA5A 2ZJMA 4Y3GA 7UPJA 1C6XA 1YTHA 2P3BA 3CYWA 4LXMA 5P0PA 3EL1A 3M9FA 5P1QA 5P4IA 3VSWA 3OUDA 5P3MA 5I3VA 2O4PA 2WF1A 2QD6A 3CIBA 1ODXA 4Y3NA 5P3NA 4GZFA 5P12A 2F81A 3MWSA 4KE1A 5P2FA 1E82E 5P53A 1QRPE 2BKSA 3ZKSA 4GJAA 4Y5MA 3APRE 2QCIA 3EL0A 2AVSA 1IDBA 3HAUA 1YM4A 1EPRE 3VFBA 4EP2A 4FAEA 5ENMA 1T3RA 5P6BA 2HIZA 3FKTA 1ZTZA 3BC4A 5P51A 4DH6A 4Y3AA 2HAHA 1N49A 1EPLE 5P6YA 3SACA 5P42A 2VA7A 3HVGA 4WY1A 4Y39A 2IDWA 3VV7A 1GKTA 3UDKA 3UCBA 1B11A 4DPFA 4TRYA 2PQZA 2IEOA 3DV1A 5P0AA 5P4QA 4GJCA 1WBKA 3NWQA 5P2UA 2VIEA 3JW2A 3PCZA 2PC0A 1BDRA 2I4DA 5P1WA 5P86A 5OZJA 4Y45A 5IVQA 3DJKA 5DR8A 1SIVA 2JYSA 4CPXA 5P3ZA 5P15A 4CPUA 4EJKA 2QU3A 2FGVA 2FS4A 2HPFA 5P4FA 2ZJKA 3NSHA 1M0BA 4F74A 5DGWA 2NNPA 3T7PA 4E43A 5P6GA 2AOFA 9HVPA 2R43A 4EJ8A 4Y37A 1BAIA 3D1XA 4B78A 3PWWA 3QRMA 4L1AB 4AA8A 1HVHA 4UPJA 3PCWA 1MRXA 1KJFA 1MIQA 5P5QA 3CICA 5P57A 1B5FA 3NU6A 5P7TA 2B8VA 2R3TA 3UDHA 3VF7A 1NPWA 2PH8A 3U6AA 4OBFA 3OK9A 5P3WA 1M4HA 4DV9A 3KA2A 2OHUA 3APPA 4BFDA 5OZHA 4PZWA 4XX4A 2QP8A 5P5XA 4J5JA 4Y5EA 5P6WA 3L5BA 5P3TA 3OQAA 2VA5A 2PSUA 5P64A 3SABA 5P2CA 4DI2A 3KMYA 4RCEA 5OZLA 4RRSA 1BDLA 5OZSA 3TOFA 1FQ6A 1NH0A 4TRZA 4Y3HA 5P55A 3G72A 5P29A 2P3BB 1W51A 2QI5A 4Y5LA 3EC0A 5P76A 1EEDP 3OUDB 1E81E 5P8RA 1UH7A 2AIDA 4RLDA 5OZ6A 4MC1A 5AHCA 5KR1A 1G2KA 4Y9WA 4GB2A 5P68A 4ER2E 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZ8 A;  5P8V A;  4Y50 A;  5P66 A;  3T7Q A;  4QJ9 A;  5P1E A;  2AOI A;  3NYG A;  1B6L A;  2OHS A;  1A8G A;  3L5D A;  2HB2 A;  1LYW A;  5BS4 A;  3D91 A;  2A4F A;  5P3P A;  4OD9 B;  1HEG E;  1W5X A;  2OAH A;  3RSX A;  1UPJ A;  5P1X A;  5P52 A;  1RV7 A;  3OU1 A;  5OZ7 A;  5P7G A;  3ZKG A;  1MET A;  3I25 A;  1MTB A;  5OZP A;  3UTL A;  2P3D A;  5CLM A;  2HS2 A;  5P4P A;  4Y36 A;  1AID A;  5IVR A;  1MEU A;  4RCD A;  3L38 A;  1BV9 A;  2NXL A;  3LZU A;  2IKU A;  1A8K A;  5P8F A;  3PM4 A;  1BIL A;  3PJ6 A;  5P5H A;  5P7H A;  5P6L A;  5P0G A;  3A2O A;  1BVG A;  3GW5 A;  2I0D A;  3S43 A;  3OAG B;  5P4R A;  1DIF A;  1OEW A;  3BGB A;  1BVE A;  1JLD A;  3OY4 A;  3K5C A;  4Y4E A;  4NPT A;  3UPJ A;  1BV7 A;  1ZAP A;  5P2S A;  5P63 A;  8HVP A;  2OHM A;  3KFS A;  1NSO A;  3OQF A;  3UDM A;  5P1B A;  5P56 A;  2G1O A;  5OZG A;  1PPL E;  3CMS A;  2B7F A;  1GNN A;  3KDC A;  5P75 A;  1YM2 A;  1B6J A;  2QHY A;  3GGA A;  4Y4U A;  5P4G A;  4Y38 A;  5KR0 A;  1MPP A;  5P7V A;  2OHT A;  5P6I A;  5P3C A;  5P2X A;  3FNS A;  1TQF A;  1ZP8 A;  2FDD A;  3UQX A;  5P4N A;  2FDE A;  3RTN A;  5OYT A;  2HS1 A;  2PSV A;  2FGU A;  5JFP A;  5P6H A;  1TZS A;  3PBD A;  5P7R A;  5P3A A;  3ZMG A;  3TPJ A;  4J54 A;  3OU4 A;  2G26 A;  1MER A;  3L3A A;  3QBH A;  2BKT A;  1RPI A;  5I3Y A;  5FIV A;  1F7A A;  3KFR A;  5P7O A;  3EL4 A;  5OZC A;  4PPH A;  2VS2 A;  2ZJH A;  4Y4B A;  4ZSM A;  4D83 A;  4FRK A;  4Y4T A;  5P5E A;  1IZH A;  1MT7 A;  5P49 A;  5P8D A;  2AVQ A;  5I3W A;  2G1S A;  3VV6 A;  2AOC A;  3TOH A;  5P6T A;  4DQH A;  3OOZ A;  5P5Y A;  4APR E;  5HDZ A;  1HTE A;  4WTU A;  1APT E;  2ER0 E;  5P1U A;  5C9B A;  5KQY A;  1C6Y A;  1LYB B;  1AJX A;  5EZX A;  2QD7 A;  3OHF A;  2FXE A;  2JXR A;  1CZI E;  1FMU A;  3N3I A;  4RZ1 A;  5P83 A;  5OYS A;  5P6X A;  4Y3E A;  5P5U A;  4R95 A;  5OZF A;  5KQF A;  2XFI A;  3L59 A;  1HPV A;  2G69 A;  4YE3 A;  2PSG A;  5P8N A;  1FMX A;  4Y5G A;  4B05 A;  2O4L A;  1E80 E;  4S1G A;  3VEU A;  4J0Z A;  1B6M A;  5OZ9 A;  3B7V A;  5P6V A;  1CMS A;  3O9L A;  2NXM A;  5P0V A;  2PYN A;  3SA3 A;  2VNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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