4Z50 | Genus

Total Genus 20

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	20
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__20048655992827458__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__20048655992827458__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z50/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__20048655992827458__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"20048655992827458","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z50/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__20048655992827458__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03e7359b115de662a18c67/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03e7359b115de662a18c67/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03e7359b115de662a18c67/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03e7359b115de662a18c67/pdb.gz): 331 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Protease
total genus	20
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-04-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4z50A00

5OZZA 3NUOA 5P0GA 3OTSA 3O9LA 5P2DA 1A30A 3VLBA 3NLSA 3WB4A 1XS7D 4I12A 3VYFA 1BWBA 3ZKXA 2IQGA 2BBBA 2NR6A 5AH7A 1TCXA 4RZ1A 3NDWA 4HE9A 5P72A 3O9LB 4D83A 3C9XA 1FFIC 4LHHA 2PQZA 5OZPA 1SDTA 4OD9A 5P7EA 1SMRA 3L59A 5P71A 2NMZA 3BRAA 1B6JA 2P4JA 3PM4A 5I3WA 5I3XA 3S8IA 4HDFA 4OD9B 1DAZC 4ER2E 2WF0A 4L7GA 3EL1A 1NH0A 5P0JA 1K6CA 2H6SA 5E5JA 2Q64A 5OZWA 1PPKE 3CIDA 3ECGA 4ZSRA 4YDGA 2QNNA 5P5KA 2IKOA 5IE1A 4OBGA 4GYEA 3G70A 3PSGA 2ZJIA 4K8SA 3NDUA 2F3EA 4FRKA 4I0FA 4RYGA 5P4MA 4Y5LA 4J0YA 3TOHA 1WBKA 5P6RA 3OQAA 5SXNA 1EC0A 5P4FA 5P0WA 4LAPA 3BHEA 2QHCA 1APVE 1APUE 4Y4TA 1FQ8A 9HVPA 5P8SA 1T7JA 5COKA 5P3QA 4HDBA 1IDBA 5HE4A 1ZBGA 5P6VA 1APTE 4JPCA 3EL0A 4L1AA 4PYVA 1FQXA 1ZPKA 3IN3A 5P5WA 1BAIA 5P24A 4QJ7A 1D4JA 1XN2A 4RVIA 1TW7A 2AVQA 3L5FA 4EJKA 2SAMA 4IVSA 4L1AB 5P8QA 5P4NA 4FAEA 5P1WA 2WF2A 3PMYA 3OQDA 5P7UA 4B70A 4J5JA 5P18A 3NR6A 3SA8A 5HU1A 4AA8A 3O9HA 5P4YA 5P6EA 2WEZA 1HIHA 1SH9A 1OD1A 4Z22A 2VNNA 3LZSA 4ACXA 2AOIA 3UDHA 3OGQA 5P2ZA 2G1SA 1SIPA 5P2GA 5P0DA 5DQCA 5BRYA 3PWWA 1MUIA 3EMYA 4Y36A 3NU6A 2OHUA 3UDJA 4E43A 3KT5A 3APPA 4CMSA 3OXXA 3K1WA 3SKFA 2XFKA 5P04A 4ZPGA 4Y4XA 5P02A 2Q54A 4DQBA 4J1FA 4CPSA 2APRA 5P7AA 3HZCA 4FSEA 1MVPA 4RVXA 2B60A 2IGXA 3UDYA 4FM6A 4RVJA 1MT9A 5P3UA 3LITA 4RLDA 4YD3A 4FL8A 3LIXA 2FNTA 3QVIA 4Y3FA 5P6YA 3QP0A 1PPME 3T11A 5P20A 1T7IA 4I8ZA 2ER7E 4GJDA 2G20A 1C6XA 3EKWA 5ER1E 4S1GA 5P0XA 3S53A 3PCWA 2F81A 4KE1A 2R5PA 4R5NA 4I11A 5P0BA 3IN4A 1ER8E 3GI5A 4QGIA 2V16C 2QD7A 2R3WA 3EKTA 3DM6A 5P5EA 5P7OA 4Z50A 3OXWA 1A94A 5P38A 2PC0A 5AHBA 5P0MA 3F9QA 5P4WA 5P4XA 1META 2QHZA 3IAWA 3NDXA 3NU4A 3SPKA 3BGBA 2NNKA 2PWCA 5ISKA 1BV7A 4JOOA 3T7PA 3KF0A 4A6BA 3TOGA 5OZEA 5OZOA 2QZLA 3ZPUA 4QJ8A 1K1TA 4HEGA 1E82E 4F75A 1HHPA 4A4QA 3ZMGA 3UPJA 1MRXA 4F73A 3NXNA 1FMBA 2VJ9A 3OQ7A 2WHHA 4Y3QA 5P7PA 5P7ZA 1AXAA 1CZIE 1D4KA 5P4PA 1YT9A 5P4UA 4BFBA 4LXKA 3MXDA 5P7IA 2ER6E 3K5FA 1HVSA 3I6OA 5P3OA 1W6HA 4WY6A 1YTIA 1EC1A 4R91A 5DR3A 3FNSA 1K6PA 1A8KA 4YD7A 4M8YA 4Y51A 2PK6A 4XKXA 4Y3MA 1T6EX 3PI0A 4J1EA 1LV1A 3UDPA 3LPIA 2NPHA 3VF7A 4OBHA 3PWRA 5EZXA 1MT8A 2V10C 3HLOA 5OZ6A 3TLHA 3EKYA 3ZOVA 5P5SA 5P6XA 2Q5KA 3K5DA 5P5MA 5P3MA 3SLZA 5P32A 1HPVA 5P1OA 2HB4A 5P28A 4CPQA 5C9DA 4HLAA 4Q1XA 5OYYA 2PH6A 2VIEA 1F7AA 5P7JA 5P25A 2WF1A 4PZWA 2AIDA 3JVYA 5P4IA 3QPJA 2QMDA 2PWRA 3TL9A 5P2KA 5P30A 4DJUA 1FGCC 3SABA 4I0GA 3R1GB 5OZ3A 5IS4A 5P1JA 4Y53A 4CPUA 1PFZA 2A4FA 4J1HA 2BPVA 4I0IA 3KMXA 5P48A 3VEUA 3PBDA 1ODXA 4ZPEA 2FIVA 3KM4A 5AHCA 3OWNA 4NPUA 5P1VA 3UQWA 5P64A 5P87A 3QS1A 3IXKA 3KFPA 3OU1A 1W5YA 2I0DA 1K2CA 5IVTA 2G1NA 5P1LA 3IXJA 4YDFA 2UY0A 2ZYEA 5P3LA 3ZKGA 3NWXA 5OZLA 1E81E 3Q6YA 1W5VA 2B7ZA 3OU1B 3VSWA 1GVWA 5OYVA 3ZPSA 1TCWA 1SGUA 2XYFA 5OZNA 3WZ7A 1XE6A 2Q55A 4BFDA 3RTHA 2VA7A 5P6KA 4K4QA 1QDMA 3Q5HA 3UF3A 1HVJA 3OXVA 4HZTA 5P5PA 3VF3A 1KJGA 2VA6A 5P5FA 1B6PA 4H1EA 4Y4AA 3S2OA 2G26A 1IDAA 3NU5A 4LC7A 2F3KA 3IVIA 3DCRA 4DJXA 4JPEA 5OZIA 1EEDP 2HPFA 1NPWA 2QCIA 3O9FA 5P8KA 5IVQA 1MEUA 3O99A 3CKTA 2QU3A 5P3ZA 4ER4E 3PI5A 4GJ9A 2OHRA 5F00A 4Y5PA 3VLAA 2BPZA 3OHFA 3KDDA 2H6TA 2P3BA 2QI3A 2V11C 5P63A 4Y50A 2QZWA 1ODYA 1HSGA 2ZJMA 5P1HA 2AZCA 3S43B 3EC0A 2Q11A 3LZYA 5P2FA 2FGUA 2P3BB 4AMTA 3JVWA 4Y3RA 1YM4A 4Y5GA 1D4LA 1B6LA 3EKPA 1E5OE 3G6ZA 4ZIPA 2I4UA 5P3XA 5P2CA 5P85A 1W6IA 3NU3A 3BUGA 3OUBA 3ZKIA 1XL2A 3KDCA 4Y45A 4EJ8A 1B11A 2G1YA 2OHSA 4YE3A 5P8MA 3RSXA 2ZJLA 3GW5A 5SY3A 5OZYA 1HVIA 3OUAA 2I4XA 5DQ4A 4B1CA 1TQFA 5P5HA 1T3RA 4CPTA 3SA4A 5P8JA 5P8IA 5P75A 4Y5MA 3SA7A 1QS8A 2HB3A 5SY2A 2O4NA 1K6VA 5P4ZA 3MSJA 2NXMA 1UH8A 5P3IA 1HTFA 5OZ7A 3TKGA 3PSYA 2ANLA 3UCBA 1FKNA 5P73A 3LINA 3KFNA 5P06A 3OADB 4GJ6A 5P7VA 2OHMA 3S54A 2QZKA 1FF0C 1KJ7A 5P5DA 3OK9A 3FV3A 1HIIA 3INHA 4U7VA 5P1YA 1SDUA 1MERA 1FB7A 4Y58A 1D4YA 4Y38A 2R9BA 5P6WA 1IZHA 1TSUA 4K4RA 2IL2A 5P0NA 2AOJA 2WKZA 3URJA 3Q4BA 5P1DA 5P67A 1GVXA 4Y3NA 3L5EA 2HM1A 3UHLA 3HVGA 2OF0A 1IZIA 1FFFC 1LYAB 3SO9A 1OHRA 1HPXA 3CICA 1HIVA 4YOBA 4ZEAA 2NXDA 5CONA 1Q9PA 5ENMA 5P1TA 3VG1A 3MXEA 4Q1WA 3NYGA 5OZFA 4LP9A 1EPLE 2QI7A 4PEPA 5P4QA 5P1XA 3EBZA 1RNEA 3T7QA 4HA5A 4EJLA 3L58A 4OBFA 4Y5AA 5FIVA 4OBDA 3QN8A 5AH8A 2NMYA 1LF3A 1MT7A 2UPJA 5P6HA 2HAHA 4Q5MA 3VV7A 5P7MA 2VKMA 5P8AA 4RCDA 1D4SA 1BDRA 1MTBA 3KFSA 5HCOA 1BIMA 1FMXA 1AJVA 4MC6A 5OZ4A 1ZLFA 4YBFA 1AJXA 2AOCA 5P0QA 5P8VA 5HCTA 5KR1A 2NTRA 4K4PA 2Z54A 2QI6A 3TNEA 2PSVA 4H3IA 3QRVA 5OYXA 3LNKA 2QK5A 4Y4EA 5DGWA 3MSKA 4ZE6A 4I0HA 3ZKNA 5P7DA 1EBZA 5HE7A 5P11A 3PGIA 3VSXA 2IS0A 3LIVA 4FRJA 1KJ4A 5P0EA 3OQKA 5PEPA 1ZSRA 2AVMA 4GB2A 7HVPA 2VJ6A 5P53A 3KFRA 3SFCA 1Z8CA 5P36A 2OHLA 4AUCA 2AOFA 4NPTA 5P69A 5P0VA 3PCZA 5JODA 3O9DA 5OZJA 3K4VC 1HOSA 5HDVA 5P80A 4DJOA 5P3EA 1ZTZA 4Y43A 3UDRA 3BXRA 5OYZA 5P7FA 5ER2E 1LYBA 5P5NA 5OYUA 1YTJA 5AHAA 4EP3A 5AGZA 4RCEA 2F3FA 3NSHA 5P2UA 3NWQA 4YCKA 5P4BA 3A2OA 1YG9A 1T7KA 3NUJA 3OY4A 5C9BA 3EM6A 1LYBB 5OZQA 1K6TA 5P5BA 5P7WA 1HEGE 3GGUA 2WL0A 5P84A 5P79A 4R92A 1VIKA 1CMSA 5P8FA 4B05A 4Y44A 5P08A 5E5KA 4LXAA 2QMFA 3ZPTA 5OZAA 4OBJA 4CPRA 4NJVA 4TRYA 5P61A 5P16A 1GVUA 2HS2A 1GKTA 4GJ8A 2OHKA 2ZJJA 5P6TA 3BVAA 5F01A 4KB9A 4Y4ZA 2ZHRA 5HVPA 4Y3HA 4I0ZA 5T4SA 3ZLQA 3OOTA 5HDZA 5P78A 5P7HA 3KT2A 3QROA 4Y3XA 5P26A 3TPLA 2FDPA 4FGXA 4R93A 5P62A 6APRE 5P5GA 4YHQA 2BPXA 3PSUA 2WEAA 2Z4OA 3FNUA 5P5JA 5P3WA 5P6SA 2P3DA 2HC0A 1HVCA 5P7YA 4Y5EA 5HE5A 3HDKA 3HD8A 2JYSA 5P86A 3LIYA 4CPXA 3VV6A 3UQRA 4FLGA 4APEA 2F8GA 5APRE 4FS4A 5P2IA 5HU0A 5P1CA 5P40A 3UFNA 5P2WA 3SAAA 3L5BA 5P81A 2PMAA 4R8YA 5P2YA 5P66A 4RROA 5TOLA 1G35A 1EBYA 5P0YA 3N3IA 3RVIA 2FXDA 2FGVA 3SA5A 3LIZA 3CYXA 1Z1HA 5EZZA 3IA9A 4LL3A 5P1MA 3PWMA 5P13A 4TRWA 3IGBA 4GJAA 4OBKA 2IGYA 4KUPA 1IVQA 2ZGAA 2BKSA 3B80A 4Y3EA 5P5OA 5P0ZA 5P0PA 5P2QA 3URLA 3H0BA 3QRMA 4D88A 2JE4A 1BV9A 4A6CA 2RKGA 3LZUA 5P3KA 1GVTA 5P6QA 2AVSA 5P17A 3UTLA 5OZVA 4EQJA 1HVHA 5P7BA 2JJJA 3BUFA 2XYEA 2ZJKA 4Y3YA 5IVSA 3IXOA 3PVKA 5P3YA 3RSVA 2QU2A 3RTNA 5P7NA 3ZKQA 3GI0A 1YTHA 2EWYA 5P5UA 3CYWA 5P00A 1SGZA 7UPJA 5P4SA 5ISJA 2B7FA 4DJQA 4Y6MA 4J0TA 3S56A 5OZ9A 3PHVA 1QRPE 1EC2A 5P4VA 5P5LA 1EPNE 5OZBA 3TH9A 1HPOA 3PLDA 4FIVA 3S7LA 5KQFA 5JFPA 2HPEA 3ZL7A 1QBRA 5P1ZA 4Y3ZA 4WY1A 5BS4A 2CEMA 3TPRA 3M9FA 5P55A 3EL5A 1MSMA 5P8RA 1FQ4A 5P65A 1C6YA 1F34A 3OQFA 5P2HA 5HDUA 1HVKA 3BVBA 4Y4BA 5KOQA 5P19A 4PPHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1NPA A;  5P6L A;  3O9A A;  5OZU A;  3EKQ A;  4DPI A;  1LYW A;  3I7E A;  2BQV A;  5P43 A;  5P0O A;  5DR0 A;  3UQU A;  5P5Q A;  5P2M A;  1WKR A;  1FEJ C;  4J54 A;  3PLL A;  2AVO A;  6FIV A;  5P4G A;  2QMP A;  1YX9 A;  1Z1R A;  1LYW B;  4LXM A;  1VIJ A;  2QP8 A;  5P1E A;  1EAG A;  4U7Q A;  1IIQ A;  4Q1Y A;  5P31 A;  4MC1 A;  3Q70 A;  1IZD A;  5CLM A;  2I0A A;  4JEC A;  5DQ2 A;  5P6J A;  4GJC A;  4HVP A;  3PJ6 A;  2Q63 A;  5DR8 A;  2ASI A;  4X7I A;  2RKF A;  3QBH A;  2XFJ A;  3EXO A;  5P54 A;  4J1K A;  5P2V A;  4Y48 A;  3OGP A;  3OOZ A;  3SA6 A;  4AZY A;  5OZS A;  1XE5 A;  4ZSQ A;  4B78 A;  8HVP A;  3K4V A;  4PHV A;  1B6K A;  4Y4G A;  5OZR A;  2PSG A;  3WSJ A;  2RSP A;  5P33 A;  3D1X A;  5P51 A;  3KN0 A;  1FQ5 A;  2J9J A;  3PBZ A;  2O4L A;  1BVG A;  3I25 A;  4GMI A;  4EYR A;  3O9I A;  5P7L A;  3WZ6 A;  4FRS A;  5P57 A;  2B42 A;  1SBG A;  5P27 A;  1BWA A;  3DCK A;  5P29 A;  2G22 A;  3Q3T A;  2VJ7 A;  5P2R A;  1HBV A;  1HXW A;  2I4W A;  3LHG A;  3ST5 A;  1A8G A;  5P0F A;  5P34 A;  5P68 A;  4J0V A;  5P4C A;  2VIY A;  4XXS A;  2AOE A;  5P6Z A;  1SIV A;  1PSN A;  3IND A;  2I1A A;  4YD6 A;  5P3T A;  4BEK A;  5P3C A;  4PZX A;  5P2B A;  1LZQ A;  4K9H A;  2RMP A;  3UDK A;  3D20 A;  4DJY A;  3LPJ A;  5P88 A;  1M4H A;  5P1U A;  2AZB A;  4Y56 A;  1MPP A;  5P4D A;  1M43 A;  1FQ7 A;  3L5D A;  3VYD A;  3FX5 A;  4TVG A;  5OYS A;  4FRI A;  4DQC A;  5P82 A;  1XL5 A;  4Y3W A;  5P2T A;  1CPI A;  3VFA A;  2A1E A;  3FIV A;  5P8B A;  1SME A;  2FXE A;  5P3D A;  4RRS A;  3UDN A;  5KR0 A;  2VIJ A;  3APR E;  2BKT A;  2IEN A;  3SAC A;  1D4I A;  5P5R A;  5DR7 A;  2HB2 A;  1OEW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Z50A

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