4ZIPA

Hiv-1 wild type protease with grl-0648a (a isophthalamide-derived p2-ligand)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design, synthesis, X-ray studies, and biological evaluation of novel HIV-1 protease inhibitors containing isophthalamide-derived P2-ligands.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zipA00
3EC0A 2J9JA 2IRZA 4KUPA 4J0ZA 3L5CA 3PSUA 1YT9A 4Y53A 3SKGA 3KFRA 1F34A 3EXOA 2AOCA 2QZLA 3FKTA 3GI5A 4K4QA 1FMUA 5P0OA 1EPLE 5P04A 4ZPGA 1BXOA 3UFLA 3CIDA 5AH8A 5OZ1A 2BPYA 2G21A 1T7JA 2Z4OA 4Y48A 1C70A 1KJ4A 5P3FA 1LYBA 5OZ6A 4HVPA 4I0FA 4Y3WA 5P72A 1B6MA 1DMPA 5IE1A 5P7OA 1W5YA 5AH9A 3KYRA 3TOGA 4CPUA 1HRNA 2I4DA 3URLA 3VYFA 1EBYA 5P57A 4Y3FA 4J0TA 2QCIA 3NR6A 5P2HA 5P8RA 5P6JA 2QMPA 3S7MA 5HE5A 5P68A 3R1GB 3LPKA 3INHA 5P66A 4YDGA 3JVYA 3KT2A 2V11C 1YG9A 5J25A 1IDBA 4DJYA 1SIPA 1GVXA 3D1ZA 3OY4A 5P0DA 5KQZA 4NJVA 3OAGA 4APEA 2AZBA 4HDBA 1RNEA 5KR0A 3ZKGA 4Y3QA 5C9FA 3IVIA 4Q1WA 5P8IA 1D4JA 1C6ZA 4Y3XA 5P3IA 4D8CA 2OHKA 5P0CA 5P23A 3IN4A 4PYVA 5OZEA 2NTRA 2WF2A 5P03A 1SGUA 2RKGA 1DPJA 5P7GA 5COKA 1SP5A 2B7ZA 3OU3A 5EZXA 5P0XA 2WF1A 3ZKIA 3OTSA 5P19A 2ER9E 2CEMA 1HHPA 3DCKA 5HE4A 5P53A 4H1EA 4EXGA 5P1RA 1LYAB 2I4VA 3CKPA 5P12A 2HB2A 5P8VA 1WBKA 1EPQE 5P7AA 4ZPEA 3O99A 1KZKA 2ER6E 3FNSA 5P1PA 3U6AA 2OHRA 3UF3A 3WZ7A 2V00A 5OYYA 2R8NA 5DR0A 2QNNA 5P2DA 1SMRA 4F75A 3PSGA 4M8YA 4B78A 4FCOA 2PSUA 5I3YA 5HCOA 5HDXA 5P8DA 5P76A 1SDVA 2PYMA 5DGUA 5P3LA 3EKWA 1MSMA 3KDDA 2ZDZA 4D85A 5P2JA 1AVFA 1XN2A 5P6OA 3TL9A 2ZE1A 5F01A 3APPA 4Y5NA 4D88A 4PZWA 3C9XA 4Y56A 3O9IA 1IZEA 4Y4ZA 2ZJMA 3LIQA 2PMAA 4LC7A 2AVQA 3KDCA 4QLHA 5OZWA 3LHGA 5P54A 5P0SA 2JJIA 2F3FA 4RVIA 1ZPAA 4YD3A 5P50A 5OYTA 4OBZA 4Y3HA 1BWBA 4B0QA 5P0JA 5OZZA 3L5DA 3RSVA 4AA8A 3DJKA 1FQ5A 3NU6A 4NPTA 5P7CA 3UPJA 4CPRA 2VIZA 3MSLA 1BIMA 1K2CA 4Y4XA 5P2SA 5P4CA 1FQ8A 5P2GA 5P0RA 5P0AA 3QP0A 4ZEAA 3SPKA 4OD9A 3WSJA 4A6BA 2OHMA 3IN3A 5OYQA 5P3MA 5P42A 1K6PA 1LYWA 4AMTA 5P6GA 3ZL7A 1UPJA 3LZVA 5JG1A 2G69A 3CYWA 4Y43A 2JE4A 5P87A 2ER0E 3SA6A 1IZIA 2QMDA 2PC0A 2Q55A 2I4UA 1AIDA 5P25A 5P1QA 3TLHA 2RKFA 3PB5A 2HC0A 5DR3A 3UDKA 1QBSA 5P5MA 5P7EA 5P7LA 1GNMA 1G6LA 1EBZA 4Q1YA 2G20A 5KR2A 3O9LB 3ZKNA 5P82A 1EC1A 3BUFA 3K5DA 4YE3A 5P1IA 3UQXA 2VA7A 4Y58A 2ER7E 3BXRA 4RLDA 1RV7A 3VV7A 5UPJA 5P1CA 3UHLA 5C9DA 1QBUA 3SA4A 5P43A 3SO9A 2HPEA 3GI4A 5P45A 3QRVA 3LIYA 2AZ9A 2XYEA 2G1YA 2ZJNA 1HPOA 3PI0A 5P1JA 1FIVA 4EJKA 2AOGA 4DQBA 5P3UA 4EWOA 3OQKA 4OBKA 4LAPA 3BUGA 4Y3YA 5OZOA 1TCXA 2PH6A 5OZ4A 4APRE 1UH9A 3SFCA 4J0VA 3EL4A 1HVLA 4B72A 2FLEA 1YM2A 4CPSA 4I0DA 1PPME 5P32A 4R91A 4RYGA 2ZHVA 4DJQA 4QJ7A 1LF4A 5P5XA 5SY2A 2HAHA 5OZJA 2VA5A 5P3ZA 2WEDA 5ER1E 2BPWA 5P6BA 5P8MA 1LZQA 2H6TA 4GJ8A 5P0EA 4D83A 3H5BA 2FIVA 5P1GA 5P7NA 2QHYA 4ZPFA 3L5EA 3LZYA 3URIA 3QAAA 5OZ0A 3R0WA 5P5QA 2ZHUA 5OZAA 5KAOA 3K5CA 3QI1A 5HTZA 3T3CA 3L5BA 3O9AA 2Q5KA 1OD1A 3QS1A 1AXAA 5E5JA 4QJ6A 5P5TA 3FV3A 3GW5A 5P34A 1W6IA 1SDTA 4YD7A 1EBKC 2NPHA 5ENKA 4CPQA 5P26A 2UPJA 1ZPKA 3NWXA 3LIXA 3KFPA 1OHRA 5JFPA 4DPFA 1MT9A 3PCWA 2QU2A 4GIDA 3S8IA 4HE9A 5AHAA 3UDJA 3DK1A 2NMYA 4L7GA 3OU4A 3TPJA 1QS8A 5P0TA 1E5OE 2PK6A 2WECA 2FS4A 4U7VA 2I4WA 2NR6A 1MRWA 3OUDA 3VYDA 4FRKA 4FSEA 3UTLA 3CKTA 1BV7A 4YCKA 1HVHA 3INFA 4M8XA 5P24A 3S45A 1MESA 2CEJA 2QZWA 2Q63A 4PPHA 4Y4WA 1NH0A 1ZLFA 4Y6MA 1YTJA 5P8KA 5P7YA 3IA9A 5P37A 2WEAA 2WEBA 4CPTA 4UPJA 2G94A 1HWRA 4OBFA 1HVSA 1W5XA 3S85A 3S2OA 2BB9A 5ENMA 2R5QA 3LIVA 4DUSA 5P6VA 1MVPA 3SKFA 2PK5A 1IVQA 3HW1A 5KR8A 5FIVA 2CENA 1W51A 4OBDA 5P1UA 5P47A 4J17A 2O4NA 3EL1A 2HM1A 3KT5A 1D4IA 1HBVA 5HDZA 1N49A 3I7EA 1T3RA 3Q6YA 2PWRA 5P1NA 5OZCA 1YTHA 2BJUA 5P6MA 5P8TA 2IS0A 3PLDA 2BPVA 1B6KA 1MT7A 4Y3RA 1HPSA 2BPZA 3FIVA 4MC1A 1D4LA 2OF0A 4R92A 1LYBB 2VNNA 2QI3A 5P88A 4I0IA 4R5NA 5P08A 4QJ2A 2O4KA 1EC3A 1ODXA 2AQUA 3INEA 5OYSA 5P7DA 5P84A 5P51A 4NPUA 3OU1A 5P83A 2BKSA 3NUJA 3SA9A 5P5IA 3UCBA 3RSXA 3N4LA 5P7KA 4AUCA 4F76A 1T6GA 1A9MA 5P2XA 3OOZA 2P3BA 3UDRA 3BGBA 5P5FA 4QGIA 2SAMA 1APVE 2ASIA 2R38A 4OBGA 5P05A 4JPCA 3D1XA 3CIBA 3MWSA 5P20A 2G22A 5P6WA 5P6EA 5HCTA 1SIVA 4I0HA 5P6IA 2I0AA 3OAGB 5P74A 4Y47A 4ZLSA 5HDVA 2G24A 5P0FA 1WKRA 3MSKA 3VV8A 3DUYA 2NNKA 3UDMA 1EPNE 5KOQA 1IIQA 3NSHA 3VSWA 1BWAA 3LZSA 4EJLA 1GNOA 1K6VA 4Y3EA 5DR7A 4RVXA 3NDXA 1VIJA 4Y5KA 5P79A 5OZ5A 2BKTA 2XYFA 2IGXA 5P4OA 4ER1E 2ZHTA 1B5FA 4YD6A 5P14A 5P2NA 4H3FA 5P1VA 2IKOA 5P46A 5SY3A 3UDQA 2VA6A 1ME6A 5P2VA 3T7QA 5ISKA 3PJ6A 5DQ1A 4E43A 3MSJA 4B1DA 4GJ9A 1IDAA 2BQVA 4F74A 3T11A 1GNNA 3SA3A 4N00A 4FRIA 1FB7A 4GJ6A 3LINA 2H6SA 5OZSA 2QI1A 5AHCA 5P4BA 3EKPA 5P48A 5P4PA 5P4GA 4XX4A 1FFFC 5P3VA 1Z1RA 3NDTA 5P4XA 5P1XA 4FE6A 3HVPA 3D20A 3ER5E 1BVGA 5P3EA 5P4AA 5DR8A 4L7HA 2ZYEA 2FNTA 3VSXA 5P5YA 1QRPE 1HTFA 5CLMA 5DGWA 3VLBA 5P62A 5OZBA 5P5SA 1IZHA 3DOXA 1ODYA 3LPJA 4YBFA 1W50A 4FM6A 4X2LA 3D91A 5P2AA 4OBZB 3QVCA 5B18A 4RVJA 5P5VA 2G1NA 5ISJA 5P7XA 4I0ZA 3UQRA 4PHVA 4LHHA 2G1RA 4DH6A 5ER2E 5APRE 1E80E 2FDPA 4WY1A 5P4MA 4OD9B 2J9KA 5I3WA 3VF3A 1LYWB 5P4KA 3HDKA 2AIDA 3UQWA 3S54A 1KJFA 5P85A 4BFDA 5P4ZA 5P2WA 3KM4A 1PSNA 4ZSQA 5P6XA 3TOFA 4EPJA 1LV1A 5BS4A 5AHBA 3WB4A 3EKQA 5P6DA 1G35A 5P3AA 3FNUA 4Y3ZA 1B11A 4R8YA 4U8WA 2BPXA 3SA7A 4L1AA 5OYVA 1YX9A 5P8GA 5P09A 5P4SA 2FDEA 3ST5A 5P4IA 1GVUA 2QU3A 3O9FA 1W5VA 9HVPA 3G70A 4H3IA 5P15A 4Y4BA 4Y4UA 3I6OA 5HDUA 3CKRA 5DQ2A 4Y4TA 2VIEA 4PZXA 4I0JA 4QJ8A 1FG8C 5OZ3A 4Y44A 1EC0A 2QHZA 5P4LA 2R5PA 3EBZA 2ZGAA 1IBQA 5P78A 2HB4A 1BV9A 3NU4A 3ER3E 3VUCA 1LF2A 3EKVA 5P38A 1CMSA 3EL0A 3RTMA 2AODA 4K4RA 5P7FA 5EZZA 2QMFA 1MERA 4RZ1A 1LS5A 4GJBA 1AJVA 2HB3A 1D4HA 5P1EA 4Y5GA 1LYAA 1HTGA 3TH9A 1Q9PA 4ZE6A 3PVKA 3U71A 3R0YA 4I8WA 1ENTE 3VG1A 4JOOA 1LEEA 4H3GA 2QI0A 4YBIA 3HVGA 3WZ8A 1PPLE 3HD8A 1A30A 1T7IA 1HTRB 4B70A 3EMYA 5P39A 1A8GA 5P2OA 4DJPA 4J1HA 3IGBA 4WY6A 2I1AA 3WB5A 3D1YA 5P7MA 5P7QA 5P8OA 2AVOA 5P1WA 5P5NA 1E81E 5P0BA 2JYSA 4FIVA 4Y5EA 4BEKA 2O40A 1ZP8A 5P6NA 1G2KA 3ZPTA 3PI5A 3APRE 1TSQA 5P7HA 4Q5MA 5P1MA 5P5JA 5P7VA 2P4JA 1HPVA 3UDYA 4Y36A 3UQPA 2WKZA 1GVTA 4DJUA 1FKNA 1IVPA 3VEUA 2QD8A 4ZSMA 1T7KA 5COOA 3F9QA 1IZDA 2B7FA 5OZKA 3OUBA 5P3QA 5P02A 5P65A 1M4HA 4YOAA 5P06A 3TKWA 1BBSA 2G27A 5P70A 2AZ8A 4GJ5A 1OEXA 5P30A 4DI2A 3ZKXA 1SDUA 4ZSRA 5P4DA 3OHHA 5F00A 5I3VA 2AVSA 3OQDA 4I10A 4CPWA 1SH9A 2AVMA 2MIPA 2P3CA 4DJVA 5IVTA 3OU4B 5JODA 5P10A 4Y3NA 3EM3A 5OZ8A 5OZ7A 5P67A 5P8QA 3S53A 1YTIA 4YDFA 5P0UA 3SM1A 5KOSA 1MSNA 3SM2A 3TKGA 2O4LA 1GVVA 3SLZA 2NXLA 5P0ZA 1K6CA 1XN3A 5P22A 5P1YA 5P16A 5P5BA 3G6ZA 3KFNA 5P3CA 5DR1A 3O9CA 4FGXA 4DV9A 1D4KA 3BVAA 1VIKA 1F7AA 3K5GA 1K6TA 3LPIA 5OZGA 5P4HA 3R2FA 5P2YA 2G1OA 4R95A 1BAIA 5P5CA 5P27A 3QRSA 5IVQA 3K1WA 1AZ5A 3QBHA 3Q3TA 1D4YA 4Y5PA 4EP3A 5TOLA 4EHCA 2F3EA 3S43B 1HOSA 5P3GA 3BC4A 1MRXA 1EPRE 2QD6A 4Y5AA 3QIHA 2AVVA 5P2MA 5SZ9A 1K1TA 2AOJA 3O9LA 1MTRA 4OBHA 4FAFA 2NXMA 2Z54A 2PH8A 1HEGE 4J1FA 1A94A 5P44A 2QNQA 5P60A 3EL9A 3TNEA 2P3DA 3UDPA 5P8NA 4DPIA 1J71A 2ZJLA 1META 2PWCA 3HZCA 3OQFA 5P3KA 4Y35A 5P5KA 4FL8A 1XL2A 1HXWA 3NU5A 3L58A 5AGZA 1TW7A 1PSAA 1K2BA 3TPLA 1BILA 3OUCA 1UH7A 5KQFA 5P3HA 5P1TA 4Q1XA 4GJCA 3PLLA 1FQ7A 3QVIA 2QZKA 5P0GA 4ACXA 5OZXA 1HSHA 3TTPA 4Z50A 4GB2A 4Q1NA 5P6PA 4J1KA 5P41A 1NPAA 2B8VA 2R9BA 4HEGA 1W6HA 4PEPA 5P2BA 5HVPA 5P6ZA 2XFKA 5P69A 5OZYA 3O9EA 4B1EA 2WF0A 5P35A 1TQFA 2UY0A 4CMSA 5OZRA 1DIFA 4FLGA 5E5KA 5P2UA 1BXQA 3O9BA 1DP5A 5P55A 1EPME 2FXDA 4MC9A 5P4VA 2I4QA 3OQ7A 2J9JB 5P6HA 2OHSA 4RRSA 1FMXA 1MUIA 4WTUA 4MC2A 1ZTZA 4RGHA 2HPFA 5P4UA 5P0MA 4Z4XA 1HIVA 3EKXA 2IL2A 3L59A 3Q70A 4QJAA 4K9HA 1U8GA 4L6BA 3HLOA 5P64A 2Q11A 8HVPA 5P5OA 2RSPA 1ZBGA 2I4XA 4JP9A 3D3TA 1G0VA 3GGUA 4DVFA 1KJ7A 4LBTA 2OHPA 1ZSFA 1NPVA 1KJGA 5P1KA 1MEUA 3S7LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EC0 A;  2J9J A;  2IRZ A;  4KUP A;  4J0Z A;  3L5C A;  3PSU A;  1YT9 A;  4Y53 A;  3SKG A;  3KFR A;  1F34 A;  3EXO A;  2AOC A;  2QZL A;  3FKT A;  3GI5 A;  4K4Q A;  1FMU A;  5P0O A;  1EPL E;  5P04 A;  4ZPG A;  1BXO A;  3UFL A;  3CID A;  5AH8 A;  5OZ1 A;  2BPY A;  2G21 A;  1T7J A;  2Z4O A;  4Y48 A;  1C70 A;  1KJ4 A;  5P3F A;  1LYB A;  5OZ6 A;  4HVP A;  4I0F A;  4Y3W A;  5P72 A;  1B6M A;  1DMP A;  5IE1 A;  5P7O A;  1W5Y A;  5AH9 A;  3KYR A;  3TOG A;  4CPU A;  1HRN A;  2I4D A;  3URL A;  3VYF A;  1EBY A;  5P57 A;  4Y3F A;  4J0T A;  2QCI A;  3NR6 A;  5P2H A;  5P8R A;  5P6J A;  2QMP A;  3S7M A;  5HE5 A;  5P68 A;  3R1G B;  3LPK A;  3INH A;  5P66 A;  4YDG A;  3JVY A;  3KT2 A;  2V11 C;  1YG9 A;  5J25 A;  1IDB A;  4DJY A;  1SIP A;  1GVX A;  3D1Z A;  3OY4 A;  5P0D A;  5KQZ A;  4NJV A;  3OAG A;  4APE A;  2AZB A;  4HDB A;  1RNE A;  5KR0 A;  3ZKG A;  4Y3Q A;  5C9F A;  3IVI A;  4Q1W A;  5P8I A;  1D4J A;  1C6Z A;  4Y3X A;  5P3I A;  4D8C A;  2OHK A;  5P0C A;  5P23 A;  3IN4 A;  4PYV A;  5OZE A;  2NTR A;  2WF2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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