4ZLSA

Hiv-1 wild type protease with grl-096-13a (a boc-derivative p2-ligand, 3,-5-dimethylbiphenyl p1-ligand)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of Potent HIV-1 Protease Inhibitors with Modified P1-Biphenyl Ligands: Synthesis, Biological Evaluation, and Enzyme-Inhibitor X-ray Structural Studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zlsA00
2ZE1A 4PEPA 2IS0A 2VJ6A 3RU1A 3KYRA 4EJLA 5P4FA 5P3HA 1QBSA 4TVHA 1YG9A 1W6HA 5P33A 2OHLA 2EWYA 2OHUA 5KQXA 3UDMA 5P32A 5ER2E 1D4KA 4GMIA 3L3AA 4Y38A 5OZ9A 2R3WA 3SA8A 4HLAA 3QP0A 5P7IA 5KR0A 2CENA 1EBZA 3LNKA 1GVXA 1M0BA 4DJYA 5P11A 2IKOA 5APRE 5B18A 5P5YA 5DR3A 3GW5A 4OC6B 3BVAA 5OZRA 2B8VA 1ENTE 1MTBA 5P8JA 5P01A 4RCDA 2IRZA 4Z22A 5P5EA 4ZPGA 1SDTA 4DQHA 5IVTA 2FXEA 3O9GA 1B6MA 2WEDA 2WEBA 5IVQA 5P61A 4JPCA 3ST5A 5P6ZA 5P5SA 3NSHA 4EQJA 2G21A 1WBKA 5P0JA 5P47A 2PSGA 1XN2A 3EL0A 4S1GA 3R1GB 5P6OA 1HTFA 5OZTA 5P0PA 1FMXA 5P7EA 5OZ4A 5P15A 4F75A 5P1IA 5P7CA 4OC6A 1IDAA 3PLLA 3NUJA 3TKGA 2H6TA 2PWCA 3BUFA 5P0CA 5P43A 1A8GA 4J5JA 5COPA 4L6BA 3OUBA 3EL5A 5P6WA 5P1QA 5OYVA 3LPJA 5P2TA 2WL0A 2HPFA 5P5AA 3INHA 3VSXA 4J0VA 5P0OA 4EHCA 3PJ6A 3FNSA 4IVTA 3VYDA 2WECA 2XYEA 3R0WA 4YDFA 3PM4A 4QLHA 5P58A 4DQGA 3RTNA 3O9FA 4R8YA 4YBFA 5I3VA 5P6HA 1QRPE 4J1KA 5P6XA 3PI0A 5P4LA 4NJVA 1LS5A 3RSVA 2ANLA 3L38A 2JE4A 4DJPA 5P0ZA 3TOFA 1FF0C 4PHVA 5P70A 5P00A 1Z8CA 1TCWA 3NU5A 4BFBA 4OBJA 4FCOA 3O9EA 3UCBA 1SIPA 1WKRA 1SMEA 3I8WA 4Y39A 3EC0A 1LZQA 1VIJA 3TOGA 4Z50A 5P5UA 2AVSA 1LV1A 4YD7A 4Y3XA 4DVFA 4APRE 4EWOA 3CIDA 3PRSA 1A94A 4ER4E 3NU9A 2MIPA 4Y5PA 2HB2A 3IAWA 4ZSQA 3NDUA 5P5HA 1FG8C 2CEJA 4DJOA 4J1EA 3L59A 4HDPA 2ER7E 5P4YA 4L7HA 4FAFA 5P4JA 1DAZC 1U8GA 5IVSA 4LXAA 2QMFA 5P7VA 3DJKA 5P8QA 4WTUA 4I12A 3SLZA 3ZKSA 2PSVA 5P12A 1T6GA 1BWAA 1MEUA 1YM4A 5P7UA 2UXZA 5P1BA 2QU3A 3PCWA 4ER1E 2VA5A 3INDA 1XE5A 3U6AA 5P2MA 1QDMA 4APEA 5P6YA 4Y41A 3OXVA 5AH9A 5HE7A 3UF3A 2IKUA 2Q55A 3N3IA 3KT2A 5DQ1A 3NR6A 4Y3JA 1EPQE 4LC7A 5DR7A 5JFPA 4Z4XA 2ZJIA 1YM2A 2VA6A 3R0YA 5KOSA 1HIHA 3Q3TA 5P65A 4FM8A 2FS4A 2UY0A 4DQCA 1T7JA 1D4LA 1FQ8A 2I0AA 4H3FA 4KUPA 5KOQA 1IIQA 1OEXA 1SIVA 4J1HA 4I0IA 5P5GA 5DGWA 4YHQA 2NXMA 3D91A 5HD0A 3URIA 1DIFA 1SBGA 4FSEA 3CYWA 5HDXA 2H6SA 4I0FA 5P1ZA 1NH0A 3QRVA 4FAEA 5P22A 3F9QA 1FLHA 2IENA 1G35A 1CMSA 1GVUA 4Y5LA 4RZ1A 2V00A 3S45A 1HEFE 5P64A 5P50A 4L1AB 3KMXA 4FM7A 4Y53A 3LPIA 3I2LA 1HPXA 3PMYA 5OYTA 3S7MA 5P36A 4Y3RA 2ER6E 5P1OA 3APPA 5P8AA 3PGIA 1HRNA 1C6XA 3Q4BA 1QBRA 3LINA 5P40A 4D89A 1EBYA 3HW1A 4RYCA 3TOHA 4GJ9A 5FIVA 1OD1A 1HXBA 3FIVA 1HBVA 1Q9PA 2R43A 5P0IA 5P05A 1C70A 1ZSFA 4Z2ZA 4Y5NA 1VIKA 3PSUA 5P6CA 4YCKA 4OBZB 3VF7A 4PZWA 3SKGA 5P5PA 5OYXA 5P7RA 5OYQA 1AJVA 4I11A 3OQ7A 4LL3A 5P83A 5P0XA 1W5VA 3L58A 3NDWA 1EC3A 1D4HA 5P0HA 3ZKQA 2P3DA 3NWXA 3ZKIA 2FLEA 2O4NA 5P35A 2VNMA 3INFA 5EZXA 3G70A 4YOAA 4YDGA 3T3CA 1HVSA 5P7XA 2NTRA 2RMPA 5P4UA 4GJAA 3CKRA 5P79A 4L7GA 6FIVA 4E43A 1FMBA 2I1AA 1HPOA 3LIYA 3GGXA 1M43A 1PSNA 4MC2A 5P2IA 1ZPKA 2HPEA 2OHSA 4NKKA 5P5KA 4DQBA 3VV6A 3S43B 4QGIA 1KJ7A 2IDWA 5P3DA 1D4JA 2G1YA 5P7BA 4A6BA 5JODA 2Q63A 1HVJA 5P3IA 5P86A 4LXKA 2QP8A 3HD8A 2QI6A 5OZJA 4NPUA 1BAIA 4OD9B 5P44A 3VLBA 3S53A 3IVIA 5OZBA 2QI0A 2NNKA 5P5OA 2BPXA 4RROA 4YBIA 3TLHA 4TRZA 5P8IA 2NMZA 1EC1A 5P8UA 5ISJA 3HDKA 4YD3A 2A4FA 2PQZA 3VLAA 2AQUA 2AVOA 5OYZA 5OZ8A 5KQZA 2ZJKA 4HDBA 1Z1RA 4Y3QA 3PLDA 4I8WA 3ZPUA 1RNEA 3D3TA 3EM4A 1APTE 1BILA 2IL2A 4Y6MA 1HSIA 5P8FA 3T7XA 4CP7A 4I0HA 5P0UA 5OZVA 4ACXA 3O9BA 4Y3PA 2BPZA 1TQFA 5P3BA 5P4EA 3EKYA 2XFIA 5P2LA 5SY2A 5P24A 3JVYA 4TRYA 5P8BA 4B1DA 1T7IA 2IGXA 5P6JA 4I0EA 3DK1A 5OYRA 9HVPA 1B6PA 4JOOA 5P82A 5P3FA 3VFAA 1MSMA 4M8YA 2Z54A 3ZKGA 1ZP8A 4MC6A 5HDZA 5P0YA 3O9AA 5P1TA 5BWYA 3UDHA 1EPRE 3JVWA 5P1HA 2JXRA 3O9DA 4B70A 5UPJA 4BFDA 5P4IA 3ER5E 4RYGA 1SP5A 3DM6A 5P3CA 5P2FA 4DJRA 2AZCA 3OAGB 3APRE 2O4SA 5P39A 3UFNA 3O9LB 5P3EA 2QNQA 2BKSA 2ZYEA 1MT9A 5P20A 4M8XA 4HZTA 3I7EA 5P8RA 5P8TA 1ZPAA 4ZEAA 5P7HA 1LYBA 1FEJC 4R92A 5P8OA 5HCOA 5P4VA 5P7JA 5I3XA 5P5QA 4F76A 2P8HA 2JJJA 5P77A 4EXHA 5P2RA 1BXOA 5P08A 2NXLA 4WY6A 3OXCA 3LIQA 4Y5AA 3O9LA 3OU1A 5P0BA 1K2BA 2AVMA 2ZHVA 3OHFA 4I0DA 3K5DA 5P0FA 4ZE6A 3PVKA 2OF0A 2AOIA 3OK9A 3QS1A 4Y4UA 3T6IA 5P3AA 5P1UA 5C9FA 3MXDA 1FQXA 5P2BA 5P7TA 1NPVA 2WF2A 2G1SA 3K5CA 5P6QA 5P63A 3UDPA 1PROA 2G24A 5C9BA 5P4SA 5P54A 1LYWA 4Y51A 4DJWA 1K1UA 5OZQA 3MSLA 4Y4EA 5P04A 4FSLA 2UPJA 3URJA 1BVGA 1SMRA 1MERA 5P5ZA 3UFLA 5P09A 2ER0E 1XDHA 3FX5A 2QMGA 4FL8A 4R95A 2F81A 1ER8E 5P1EA 5P46A 4ZLSA 5HVPA 3EM6A 1DMPA 5OZAA 3NXEA 1TW7A 1F34A 3OUDB 2F3EA 5P2ZA 5P7PA 2FDDA 5P5XA 3VCMA 1C6ZA 2V11C 2VNNA 3QROA 1HPSA 4YD6A 3U71A 2AOEA 5P03A 1MRWA 5P6LA 4Y4XA 4Y4ZA 1HTRB 2VA7A 1RV7A 3SA7A 1BDLA 1BDRA 4EJ8A 3KDBA 1B6KA 2P3BB 5P2YA 5P1FA 2BPWA 1AIDA 5P2DA 2WEAA 3VYFA 1HOSA 5P60A 5OZYA 5P1AA 4DQFA 3HZCA 5P4BA 4DFGA 2Q54A 3SPKA 2I4WA 5P3NA 4CPWA 1BXQA 1TZSA 5IVRA 2J9KA 4CMSA 5DR4A 3BXRA 2F3FA 4F74A 3HAWA 3PI5A 4EXGA 1GNNA 2JJIA 5P2SA 1KJHA 3O99A 3KA2A 1CPIA 3TH9A 3OQAA 2QAKA 2ER9E 5P4GA 5P0LA 1EPPE 3EKVA 2G20A 5P7GA 4GJDA 2G1NA 2I4DA 4K4QA 5KAOA 3IN3A 4Y43A 5P51A 4Y3NA 3DUYA 5OYYA 5OZXA 1MSNA 5OZFA 2QNPA 5P0KA 5COKA 3NU6A 3VF5A 2WF3A 2PYNA 5P2AA 3UQWA 4OBFA 3BRAA 2FGVA 1QBTA 4NJUA 4YE3A 4Y5CA 4JECA 4K4PA 3OGPA 1NSOA 5KR1A 5HU0A 2PC0A 5P1LA 5P10A 5P8HA 3OQDA 3VYEA 5P8DA 3S7LA 5P2UA 4D85A 5OZSA 4Y4JA 4Y47A 5P30A 1E5OE 1WBMA 5P25A 2SAMA 2QI4A 4B0QA 1F7AA 3NYGA 3QBHA 4L7JA 3OOTA 5P67A 1YTHA 4Y3MA 1LYAB 1B5FB 4DQEA 1BIMA 1FGCC 4ER2E 2FDEA 5P8VA 4OBDA 5P07A 4A6CA 2O40A 3O9IA 1PPME 5P8CA 4ZPEA 3Q6YA 5P45A 1AJXA 2QK5A 5IE1A 4LXMA 5P1SA 3S54A 4Y44A 1MIQA 5P37A 3ZLQA 1PSOE 5P8NA 3O9HA 5P16A 3CIBA 5OZNA 3KDDA 4LHHA 4Y5KA 1IBQA 3NU3A 2IGYA 5SZ9A 5P0NA 3GI6A 1YX9A 7HVPA 2AZ8A 1JLDA 2QI7A 3HAUA 5P6NA 3TNEA 3UDRA 4PYVA 4LP9A 5P1WA 4HE9A 4MC9A 2VIYA 2B42A 5OZUA 1MT7A 5JFUA 4FS4A 3PSGA 1UH9A 2OHKA 3NDTA 3OU4B 4RCFA 3SM1A 5DQ5A 4H3IA 5OYSA 4DPIA 2BB9A 5P17A 5P1CA 2VKMA 1UPJA 2QHYA 3QRMA 2O4KA 3SKFA 3L5CA 5AH7A 1EPNE 3FV3A 3NU4A 2AVQA 2P4JA 2OHTA 3VUCA 3K5GA 3VF3A 2AOJA 5P78A 1LF3A 2P3AA 2R9BA 5OZMA 3CYXA 4Q5MA 1B11A 5P5MA 4Y3SA 2B60A 5P80A 1PPKE 4Q1XA 3ZKXA 3EL9A 2PSUA 1SDVA 2WEZA 3PWRA 3QAAA 4Y4WA 3CKTA 5P3YA 3OADB 4KE0A 5P6RA 3HVGA 1W5YA 5P6IA 4KB9A 5P59A 3GI0A 1C6YA 1K1TA 5P75A 5P02A 3VV7A 2VIJA 4U7QA 4DJVA 4UPJA 5OZLA 3T11A 5P8LA 3SA3A 4ZPFA 5P19A 4DPFA 5KQYA 5P0AA 5P3QA 3KM4A 4B1CA 3LPKA 1MT8A 2V13A 4L1AA 4AA9A 3SABA 3TL9A 2HB3A 4ZSRA 1E81E 1D4YA 4RCEA 3TPPA 1UH7A 5P6SA 5ENKA 3BVBA 1HVHA 3PCZA 3U7SA 2I4XA 2I4VA 1RL8A 4GJCA 5P84A 3UTLA 5P7LA 3RTMA 4OBGA 5HE5A 1J71A 4OBZA 2RKGA 4FRIA 2BPYA 3OY4A 1YTIA 5KQFA 1ZJ7A 4OBKA 2ZJMA 3QBFA 2PMAA 5P5WA 3A2OA 5OYUA 3KFSA 5P4WA 3UPJA 4B77A 5OZCA 4EP2A 1HVLA 4J1IA 2R38A 5P28A 4B72A 4GYEA 1TCXA 2RSPA 3SA4A 1B6JA 3I25A 3HLOA 1G6LA 1IVPA 4AMTA 2G1OA 3MSJA 5P48A 2FXDA 5P7DA 1K6PA 5P2HA 5P7MA 1XL5A 1ZAPA 2AZBA 2XFKA 5P0GA 3URLA 4RVIA 2ZJLA 3S43A 5DQ2A 5P57A 5P5TA 1W51A 3K4VA 4J1CA 4YCYA 4CPSA 3UDJA 3PHVA 3BC4A 3K4VC 4EP3A 4DI2A 5AH8A 4EPJA 1LF4A 4B1EA 2P83A 2G1RA 2R3TA 4OD9A 3EXOA 4DV9A 2XFJA 2AOCA 2QHZA 3OUCA 4YD5A 3FNUA 3QIHA 3ZPSA 2R5PA 5P7YA 2Q64A 5P2KA 2R5QA 4Y36A 3WZ7A 5OYWA 5EZZA 2QD6A 4CPUA 4PPHA 1HVRA 2FNSA 5F01A 4FLGA 5P6MA 1XN3A 2QD8A 2G26A 2WF0A 7UPJA 3S85A 3EKWA 1ZTZA 1BV7A 5HU1A 2NXDA 2BQVA 3TPLA 1UH8A 3UDYA 4GJ7A 3CICA 3KFRA 5P4CA 4D88A 1T3RA 5P5IA 4Y4AA 4CPXA 2Q5KA 5P68A 4Y9WA 1AXAA 4NJTA 1T6EX 3INEA 5P2JA 5P3UA 5P72A 4Y4TA 5P6VA 2PK6A 4YOBA 1HTEA 2G69A 1KJ4A 4Y5EA 3IGBA 3HBOA 5P6EA 1FFIC 5P8GA 1META 1ODXA 2G27A 5DGUA 1MPPA 1B6LA 4Y4DA 1HVCA 2Q15A 4QJ6A 1ZBGA 2V12C 1ZLFA 5HDUA 5P6FA 2ZJJA 4GIDA 5P55A 8HVPA 3D1ZA 2ASIA 5P1PA 5I3YA 2VIEA 3OAGA 5JG1A 3IXKA 4QJ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZE1 A;  4PEP A;  2IS0 A;  2VJ6 A;  3RU1 A;  3KYR A;  4EJL A;  5P4F A;  5P3H A;  1QBS A;  4TVH A;  1YG9 A;  1W6H A;  5P33 A;  2OHL A;  2EWY A;  2OHU A;  5KQX A;  3UDM A;  5P32 A;  5ER2 E;  1D4K A;  4GMI A;  3L3A A;  4Y38 A;  5OZ9 A;  2R3W A;  3SA8 A;  4HLA A;  3QP0 A;  5P7I A;  5KR0 A;  2CEN A;  1EBZ A;  3LNK A;  1GVX A;  1M0B A;  4DJY A;  5P11 A;  2IKO A;  5APR E;  5B18 A;  5P5Y A;  5DR3 A;  3GW5 A;  4OC6 B;  3BVA A;  5OZR A;  2B8V A;  1ENT E;  1MTB A;  5P8J A;  5P01 A;  4RCD A;  2IRZ A;  4Z22 A;  5P5E A;  4ZPG A;  1SDT A;  4DQH A;  5IVT A;  2FXE A;  3O9G A;  1B6M A;  2WED A;  2WEB A;  5IVQ A;  5P61 A;  4JPC A;  3ST5 A;  5P6Z A;  5P5S A;  3NSH A;  4EQJ A;  2G21 A;  1WBK A;  5P0J A;  5P47 A;  2PSG A;  1XN2 A;  3EL0 A;  4S1G A;  3R1G B;  5P6O A;  1HTF A;  5OZT A;  5P0P A;  1FMX A;  5P7E A;  5OZ4 A;  5P15 A;  4F75 A;  5P1I A;  5P7C A;  4OC6 A;  1IDA A;  3PLL A;  3NUJ A;  3TKG A;  2H6T A;  2PWC A;  3BUF A;  5P0C A;  5P43 A;  1A8G A;  4J5J A;  5COP A;  4L6B A;  3OUB A;  3EL5 A;  5P6W A;  5P1Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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