4ZPEA

Bace1 in complex with 4-(cyclohexylamino)-1-(3-fluorophenyl)-8-(3-isopropoxybenzyl)-1,3,8-triazaspiro[4.5]dec-3-en-2-one
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
389
structure length
369
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methyl-substitution of an iminohydantoin spiropiperidine beta-secretase (BACE-1) inhibitor has a profound effect on its potency.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 369
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpeA02
3NU3A 2ZHRA 2CENA 3L5FA 2QU3A 1BILA 4J0ZA 3S85A 5OZ4A 5P1ZA 5P46A 1EPRE 3QRSA 4ZEAA 1D4YA 1FIVA 3I6OA 5I3XA 4E43A 2G20A 4B05A 5P08A 4NJUA 4MC2A 4HDBA 5AHAA 4MC1A 5P4CA 3T7PA 1EBYA 5P40A 3OQAA 4OBKA 4MC6A 1EPQE 4B1CA 3TKGA 4OD9B 4I0JA 3TNEA 3PMUA 5P7MA 3UDMA 1FGCC 1AJXA 5KOQA 3O99A 4J1HA 4HEGA 2G27A 4EP3A 5IVQA 1RV7A 2OF0A 3L5EA 4J0TA 2HS2A 1AXAA 2FMBA 4CPSA 4JOOA 3OOTA 2I0AA 5OZGA 4J0PA 1T7KA 4LL3A 2AVMA 2BJUA 1IBQA 5P6IA 5P83A 5P5MA 5P7OA 4I0ZA 2NNKA 3Q70A 5P2EA 5P49A 3PI0A 5P2NA 5P28A 2WF3A 5P2YA 1BV7A 5OZ5A 3LIZA 1EC2A 1W51A 5P51A 2PWCA 1EC1A 1C6ZA 1GKTA 4RVXA 3O9FA 1YTIA 4H3IA 4PPHA 2EWYA 3M9FA 4L1AA 3OQDA 4J1FA 5P8NA 4AZYA 5P2QA 3TKWA 2QZKA 4DQFA 1MT8A 4GIDA 4Y6MA 5P8IA 3PLDA 3NSHA 1SMRA 4I0IA 2G24A 2O4PA 4Y43A 5P5LA 5APRE 1SDUA 4YE3A 5OZ8A 5P32A 5P7AA 3HZCA 1NPWA 3KYRA 3OXWA 5IE1A 4J1IA 1GVWA 3GI4A 5DPZA 1HXBA 5P82A 1G2KA 1IVPA 1FQ8A 4U8WA 3TOGA 3SKGA 5ER2E 5I70A 2FLEA 4Y48A 3S53A 4YBIA 4B70A 1WKRA 1ZBGA 5P5UA 3EXOA 4Y5PA 5IVRA 5P7ZA 4K4PA 3C9XA 1YX9A 1LYWA 3JW2A 3K5DA 5P0VA 1W6IA 5P1CA 1LYBA 5P85A 1QBSA 3DK1A 5P0UA 5P3QA 4HE9A 1FEJC 4GJ6A 3IVHA 5KOSA 5T4SA 5P2XA 4X2LA 1C70A 2QK5A 4OC6A 3HD8A 2FDDA 3ZKXA 5KR0A 2AVVA 2P83A 4Y4EA 3VSXA 4L7JA 5P2LA 2FGVA 2R43A 5P7FA 2QZLA 3EKYA 5AH6A 3KM4A 2FNSA 4OBJA 5P7UA 4EPJA 2OHLA 4J17A 5E5JA 2AOGA 4H3JA 1BDLA 2ZHTA 3PHVA 5ISJA 3PSUA 5P4ZA 5P5FA 3ZKGA 4RZ1A 4FE6A 1CZIE 5COKA 3CYXA 5P48A 2ZHSA 4DV9A 5P23A 4JPCA 3N3IA 1YM2A 1PSNA 5P7VA 3D3TA 4YOAA 5OZPA 5P0CA 2B42A 5P13A 3LINA 4Y3JA 3D1YA 3O9DA 5P61A 4Y3QA 3VF5A 4APRE 2FXDA 3ZPUA 1MSMA 5P4NA 3DOXA 5P29A 4MC9A 3GI5A 3B7VA 3EKVA 3QP0A 3H0BA 4PYVA 5P19A 5E5KA 1HPOA 2J9KA 5JODA 4Y3SA 4H1EA 2WF1A 3R4BA 3TLHA 5C9DA 5P0LA 2ZDZA 5P00A 1BV9A 4ZSPA 2OHMA 5P1HA 5P1UA 5OZJA 5P87A 5OYRA 4Y4WA 1OHRA 1B11A 1IZIA 2IS0A 5P3TA 4Y3FA 3NUOA 1PPME 3OUDA 2FXEA 5P66A 1QBRA 5P1MA 2QAKA 5P7HA 1Q9PA 1HEFE 5P89A 3UTLA 3Q5HA 1HSHA 1KJFA 3G6ZA 5P45A 2BB9A 5BS4A 1ER8E 3KFNA 4I8ZA 4I1CA 2PH8A 4DH6A 1BXOA 1FQ6A 1HVKA 5ENKA 2F3EA 2IEOA 5P5RA 3UDPA 5P5TA 1FLHA 4PEPA 3QPJA 4EJ8A 5OYXA 5P6WA 2OHKA 1EPOE 4BEKA 1TCXA 2BKSA 2OHNA 3T6IA 4ZLSA 2AOEA 3NYGA 1UH7A 1XL5A 3IN4A 5P50A 5P2IA 3ER5E 3EL5A 2QI4A 5KQYA 4CPTA 4DJRA 1DMPA 1LYBB 3VYEA 4YDGA 4I0DA 3O9GA 1MESA 3QI1A 5P4FA 1ODXA 2BPYA 2FS4A 5P5IA 4GJ7A 4LHHA 5P4XA 5OZAA 5P1NA 4CPUA 4Y44A 4QJAA 2G94A 1SGZA 1A30A 4L7HA 3OTSA 5P7SA 2QHZA 4Y3ZA 5P88A 3OQKA 5AGZA 4DJUA 5BWYA 5P2CA 5P36A 3UDNA 4OBZA 3LIVA 3L3AA 5P6CA 2QHYA 3OHFA 4APEA 2AQUA 2HS1A 5P4RA 5P3OA 3BUGA 4D88A 2ZJLA 3INEA 1W5WA 4CKUA 5C9FA 2G1YA 4Q1WA 4OBGA 1HHPA 3O9LA 4FL8A 2FDEA 5TOLA 2Q5KA 2G21A 2PK5A 3FSMA 4DPFA 5HD0A 3AIDA 2WF2A 4Y9WA 5OZWA 3OU1A 3RSVA 3OADA 5P4MA 5UPJA 4YA8A 2ZJIA 3NU9A 3PEPA 1YTHA 2QI3A 1G35A 2PSGA 4GZFA 2J9JA 4HA5A 2QMPA 2NMYA 5P3PA 3SO9A 1LF4A 2VS2A 5P8JA 2P3AA 3SABA 5P57A 3MXDA 1SDTA 5P5YA 2NPHA 5P3RA 3VUCA 4DJQA 1YT9A 5OZMA 3KDDA 3UHLA 5HE5A 5P18A 2ZYEA 4DJPA 1HOSA 5DR4A 1OEXA 5ER1E 3UDHA 3NU4A 3GGVA 2VA5A 3OWNA 3EL0A 3QVIA 1EBZA 4Y3DA 4NPUA 4RRNA 1LZQA 4Y3GA 3T3CA 5P1IA 3SA9A 3BHEA 5P79A 5P5ZA 1T6GA 2I4VA 3INFA 2R9BA 4CPXA 5JG1A 2PYNA 5P71A 2AVOA 5P80A 4EJLA 5P1KA 3LNKA 3O9HA 1APTE 5P4UA 4YD6A 1HVSA 3IA9A 4YDFA 5P65A 3EKWA 5P4KA 1D4LA 3TPLA 5OZVA 1AZ5A 1IZDA 5P1GA 5P70A 1BVEA 4QLHA 1YTGA 1TQFA 3DCRA 5P0WA 4Y3PA 4PHVA 3BXSA 4FRKA 3INHA 2VA6A 5OZFA 3FKTA 5AHBA 3RTMA 2P8HA 3PLLA 4RCEA 4Y4GA 1HTEA 5P0JA 4Q1YA 3LPKA 1K1UA 3SPKA 3URJA 5P2VA 4Y5LA 4F75A 2WECA 3SA5A 3D1ZA 5SZ9A 1IDAA 1SP5A 3DM6A 5P6LA 1TSQA 4Y37A 5P7TA 1HIIA 2QP8A 4OBZB 1HTFA 3LZYA 1QBTA 4LP9A 5P53A 2BBBA 3O9CA 4Y39A 5P37A 5P4EA 2WEZA 2V10C 4Y3NA 4Y4DA 2R38A 3D20A 4Z2ZA 3VEUA 1KJ7A 5OYWA 3AUPA 3UDQA 5P7EA 5CONA 3NDTA 5P4HA 4RCFA 5P6JA 4Y3RA 2P3BA 3G72A 3BGBA 1W5YA 3FNUA 4J1KA 3OADB 2QMDA 4Y53A 5P1RA 5P1QA 4Y5CA 5P60A 5P7XA 3S7LA 1SMEA 2I4XA 3N4LA 4Y58A 2J9JB 3TOFA 3BVBA 3T7XA 2HM1A 2R5QA 4Y41A 5HU0A 5P54A 2IKOA 1ZPAA 3R0YA 5P24A 1W6HA 4FLGA 3O9BA 5P8OA 5P7LA 4N00A 5OZEA 3K4VA 3G70A 3SA4A 4QJ2A 5P5EA 3GI0A 2AZ9A 1PFZA 3SACA 3KDCA 3TH9A 3RTHA 4NKKA 6UPJA 4DVFA 4NPTA 2QD6A 3OY4A 2OHRA 3UDYA 5P44A 3OAGA 3HAWA 4LBTA 3APRE 4M8YA 1XDHA 1D4HA 2NNPA 1FKNA 1APVE 2Q55A 4OBFA 1HBVA 4FGXA 4ZIPA 1MT9A 2Q3KA 4Y4ZA 1ME6A 4K8SA 2P3CA 4LXKA 4YCKA 4Y36A 1QRPE 1LV1A 2BPWA 1FMUA 4PZWA 2XFIA 1QS8A 5P2TA 4Y5EA 3UDRA 4ER2E 4D83A 4FM6A 3OQ7A 2UY0A 4Y51A 4Q5MA 5KAOA 5BRYA 2BQVA 5P20A 2NTRA 2I4WA 4YD3A 3T7QA 2ER9E 5P1BA 3ZPSA 3OXCA 1B6JA 4RLDA 5OYQA 3O9IA 3DV5A 1NPAA 4RYGA 1W50A 4GJCA 3OGQA 6FIVA 3NU6A 1PSAA 3EKQA 5DQ5A 2WKZA 4GJ8A 3MXEA 2QI7A 4KUPA 1GVXA 2PSVA 5P2OA 3QS1A 5P7DA 5P4GA 4RRSA 5P05A 4Y45A 1IZHA 2P3DA 4S1GA 5HCTA 2IRZA 5P3MA 5AH8A 1SH9A 3LIXA 3S43B 1C6XA 2VIJA 1DW6C 5OYZA 3ZMGA 1EPPE 4LXAA 4Y3MA 1HSGA 5P2MA 4ACXA 5P7YA 5P2RA 5P58A 4GB2A 5P0MA 5HE7A 5P25A 2HIZA 5OZBA 4Y5MA 2NXDA 5P63A 1B6PA 5P5DA 2AZ8A 4WTUA 5P1YA 5P12A 5P8TA 3PJ6A 3OU4B 4QJ8A 3DCKA 3F9QA 4Y3WA 2VJ7A 3UQWA 5OZLA 4J1CA 4ZE6A 1RQ9A 4Y5NA 3RU1A 1PPKE 4AUCA 1A94A 4YBFA 4DJYA 3GI6A 5P2AA 5P1WA 3SLZA 2AVQA 5P7JA 3CKRA 2QMGA 5P77A 1K1TA 1IIQA 1D4JA 3VFBA 2V11C 4Y4JA 2QI6A 4FSLA 3URLA 3OUBA 2F8GA 5P42A 1ODYA 2Q64A 5P3CA 2OHSA 3BC4A 4D89A 1HTGA 4UPJA 4Y50A 1FB7A 4FRIA 1NPVA 4GJDA 3NR6A 4X7IA 3PWWA 4EXHA 5P6EA 5P0XA 2WHHA 1FFIC 3CIDA 1F7AA 1D4IA 5P7QA 4COEA 4K4QA 4GJ5A 3O9EA 3PVKA 5P16A 2AOFA 4Y38A 3QVCA 5KR8A 2ZJMA 3SA8A 4A6CA 5AH9A 1IDBA 3ZOVA 4H3GA 2WF4A 5OZ0A 3LZVA 5OZHA 5P0SA 5P6ZA 1W5XA 1B6MA 2ZJJA 3KMYA 5CLMA 5ISKA 4Y4UA 5OZ3A 5OZNA 4ZPGA 5OZ7A 3H5BA 3TL9A 3QROA 4L1AB 3K1WA 3NDUA 1BXQA 3KDBA 2PSUA 2IGXA 5P3FA 3VG1A 5P86A 1OD1A 2ER0E 4GJAA 2XFKA 2RKFA 3S2OA 3VV8A 1BIMA 4KE0A 5P6BA 3PI5A 4R93A 1MRWA 3K5GA 4DUSA 4R8YA 4CPWA 3PWMA 5P4OA 1D4KA 5P15A 4DFGA 5P67A 3OUCA 2F3FA 5P8FA 2R3TA 3FX5A 5COPA 1KJGA 4Y4TA 5P4TA 1RPIA 2QI5A 5P6KA 3TOHA 3U6AA 4CP7A 4B1EA 5P3YA 2JE4A 5P3IA 2Q54A 4KB9A 4A6BA 1LYWB 5P4SA 3OOZA 5B18A 4JPEA 1MRXA 1DPJA 1AAQA 3HAUA 5I3VA 2B60A 1EBWA 9HVPA 1GNOA 4NJTA 2G1RA 4OC6B 3WZ7A 3K4VC 5P8SA 3FNSA 5J25A 3PGIA 2UXZA 3BUFA 1BVGA 2CEJA 3SKFA 5P3ZA 4HDPA 1HWRA 4EQ0A 5P72A 3KT2A 1XE5A 4FM8A 2HAHA 1OEWA 3R0WA 1XN3A 2NXMA 5DR0A 5P3AA 5P6GA 1VIKA 4Y57A 4Y56A 4GMIA 4DPIA 1BBSA 4XKXA 3A2OA 2O4KA 1XL2A 2QNPA 4XX3A 5P4LA 4Y3YA 5DR1A 3SA3A 3RVIA 3EKTA 4Y3XA 1FQXA 5P5JA 1HPXA 2HPEA 2AOIA 1AJVA 1AM5A 1YM4A 3PMYA 2RSPA 3RSXA 3QRVA 1Z1RA 1G6LA 1HEGE 1AVFA 3ST5A 3LZSA 5P8QA 3HVPA 3SAAA 5OZKA 3NDXA 5P5NA 3TTPA 5P2GA 1M43A 3CKPA 1QDMA 5P6VA 3KN0A 1M4HA 5P4JA 3PRSA 1ZAPA 1XN2A 1PPLE 1B6KA 4Y47A 4DJOA 5P0PA 2JYSA 3NUJA 5P47A 5P5CA 2F80A 4FCOA 4R5NA 3UDKA 3OUAA 2PMAA 3EKPA 4DQCA 3OUDB 5P7IA 1PSOE 2HC0A 5P01A 5P6OA 3RTNA 2SAMA 4DI2A 2Z4OA 3QRMA 4XX4A 5OYUA 2RMPA 4B00A 2APRA 1F34A 1T6EX 2OHUA 3UQUA 3VV7A 1HRNA 2ZJKA 4JP9A 2WEAA 5P02A 5P8KA 5P64A 2FDPA 2G1SA 2ZJNA 2PYMA 5P7PA 5JFPA 4TVGA 4AA8A 3LHGA 3DJKA 1SDVA 1K2CA 3UPJA 2RKGA 2IKUA 5P75A 1PROA 2VIYA 4OBHA 4XXSA 3CIBA 2QU2A 4OD9A 1FQ5A 5P11A 1WBKA 3OXVA 3INDA 4L7GA 5P41A 4LAPA 4FAEA 3UCBA 2PQZA 4EJKA 1D4SA 4FS4A 5P5HA 3T11A 1IVQA 5P8PA 3WZ6A 1HIHA 1EEDP 4NJVA 4Q1XA 5P62A 5P1PA 4PZXA 2I1AA 2V0ZC 3OHHA 4Y5GA 2G1NA 2V12C 3OU3A 2F81A 5P59A 5P52A 1FFFC 1FF0C 5P0BA 4YOBA 1FQ4A 5OZQA 4YHQA 2G1OA 4YCTA 1GVTA 3O9AA 5P0QA 5P35A 2OAHA 3NU5A 1K6TA 5P3SA 3ZKQA 3K5CA 3EL1A 3VLBA 5P6AA 5P2ZA 2VA7A 5DQ4A 5OZDA 5P69A 5P4DA 1YTJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU3 A;  2ZHR A;  2CEN A;  3L5F A;  2QU3 A;  1BIL A;  4J0Z A;  3S85 A;  5OZ4 A;  5P1Z A;  5P46 A;  1EPR E;  3QRS A;  4ZEA A;  1D4Y A;  1FIV A;  3I6O A;  5I3X A;  4E43 A;  2G20 A;  4B05 A;  5P08 A;  4NJU A;  4MC2 A;  4HDB A;  5AHA A;  4MC1 A;  5P4C A;  3T7P A;  1EBY A;  5P40 A;  3OQA A;  4OBK A;  4MC6 A;  1EPQ E;  4B1C A;  3TKG A;  4OD9 B;  4I0J A;  3TNE A;  3PMU A;  5P7M A;  3UDM A;  1FGC C;  1AJX A;  5KOQ A;  3O99 A;  4J1H A;  4HEG A;  2G27 A;  4EP3 A;  5IVQ A;  1RV7 A;  2OF0 A;  3L5E A;  4J0T A;  2HS2 A;  1AXA A;  2FMB A;  4CPS A;  4JOO A;  3OOT A;  2I0A A;  5OZG A;  4J0P A;  1T7K A;  4LL3 A;  2AVM A;  2BJU A;  1IBQ A;  5P6I A;  5P83 A;  5P5M A;  5P7O A;  4I0Z A;  2NNK A;  3Q70 A;  5P2E A;  5P49 A;  3PI0 A;  5P2N A;  5P28 A;  2WF3 A;  5P2Y A;  1BV7 A;  5OZ5 A;  3LIZ A;  1EC2 A;  1W51 A;  5P51 A;  2PWC A;  1EC1 A;  1C6Z A;  1GKT A;  4RVX A;  3O9F A;  1YTI A;  4H3I A;  4PPH A;  2EWY A;  3M9F A;  4L1A A;  3OQD A;  4J1F A;  5P8N A;  4AZY A;  5P2Q A;  3TKW A;  2QZK A;  4DQF A;  1MT8 A;  4GID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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