4ZPGA

Bace1 in complex with 8-benzyl-4-(cyclohexylamino)-1-(3-fluorophenyl)-7-methyl-1,3,8-triazaspiro[4.5]dec-3-en-2-one
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
369
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Methyl-substitution of an iminohydantoin spiropiperidine beta-secretase (BACE-1) inhibitor has a profound effect on its potency.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 369
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpgA02
2OHMA 1HIHA 4H3JA 3VCMA 5P7PA 1HIVA 4PHVA 3TOGA 5P5AA 5P6RA 2QI0A 2QZLA 4Y38A 4YD5A 2BJUA 4DQHA 1SIVA 4QGIA 3KN0A 3LPJA 2BB9A 5B18A 1NH0A 5P1JA 1IZDA 1N49A 4FAFA 2FDDA 4RGHA 3PB5A 3UCBA 5P7QA 3K4VC 2WEAA 1HVJA 1MERA 2JJIA 5COKA 5P2IA 5P5SA 1FMBA 5P2AA 5IS4A 3QPJA 4OBZA 4Y4EA 5OZNA 5P8EA 4BFBA 1FMXA 4MC2A 4I8WA 5P49A 5BRYA 4NPUA 5P06A 2ASIA 1BAIA 4WTUA 5P6VA 2UXZA 5SY3A 5P5VA 2ER0E 3URJA 4EPJA 2AZCA 5P19A 4DJUA 4RVIA 3EXOA 2NMYA 4J0VA 5P1IA 1LV1A 1ER8E 3AUPA 2HB4A 1AJXA 3INHA 5OYVA 3VUCA 2QHZA 1PROA 2NPHA 4Y3XA 5P5UA 2NXDA 5P50A 4E43A 1W6IA 1TCWA 2ER6E 3NUOA 1IVQA 4OBKA 5P5HA 5DQ4A 1IIQA 2ZJKA 5P8FA 5P5NA 1K6TA 5APRE 5P7JA 1ZSFA 1C6YA 2P4JA 3D1XA 1PSOE 1CMSA 2AZ8A 2R38A 2QNQA 5DPZA 2SAMA 2HM1A 3N3IA 4J1FA 4EHCA 3APPA 5P2QA 3MXDA 5P1KA 2VA7A 1GVUA 1M4HA 5P7XA 2AOEA 3NU9A 1YTHA 5P4CA 3T6IA 1WKRA 4L6BA 4OD9B 3RSVA 4JECA 2G21A 3H5BA 1BDRA 3S2OA 2B7FA 4DH6A 2NTRA 4HDFA 5OYRA 5P88A 5P02A 1CZIE 2WF2A 5P47A 4FRIA 1APVE 4U8WA 4B70A 1HVSA 5ER1E 5P0CA 4DQGA 1ZLFA 1MSNA 5AH6A 3D1YA 3DV1A 4RRSA 4YDGA 4L1AB 5SY2A 2WHHA 5P22A 2OHUA 3OHFA 3ZKQA 5P0QA 5P2YA 2O4KA 5P4JA 5KOSA 1G0VA 3NDTA 3BUGA 3BGCA 4I0JA 3JVYA 1MT8A 2P3BB 4YHQA 2BPVA 2QCIA 4ZLSA 5P30A 4DJPA 4DQFA 5OZ0A 3K5CA 4J0TA 2PMAA 4F75A 3EL4A 3RU1A 3PI5A 2Z4OA 5P1GA 5P6PA 3F9QA 2WL0A 2BKSA 1EPME 1GVXA 3FNSA 2G94A 5I3WA 4Y3WA 3EKYA 3GI0A 5COPA 1ZSRA 3UQXA 3MSKA 1ENTE 5IVSA 5P16A 5OZUA 5P3RA 4JP9A 4L7JA 5CLMA 3UQWA 1DAZC 4FL8A 2V10C 3D20A 2P8HA 5P4AA 3O9IA 5P58A 3URLA 4YCYA 4MC6A 1TCXA 2OHNA 3T3CA 4Y39A 1B6LA 1QDMA 4LHHA 4FAEA 2OF0A 1LYBB 5HCTA 1RL8A 5DR4A 5P7LA 1ODXA 1T7JA 2QI1A 1JLDA 5P0LA 1GVTA 1FB7A 1PPKE 4QJ6A 3NDWA 3NWQA 3EM6A 2O4PA 5P72A 3T7QA 4DFGA 3BUHA 3QBFA 1OD1A 3PSYA 5FIVA 3LIXA 5P34A 5AGZA 5P05A 5OZ9A 5P0YA 4KE1A 5P57A 5P55A 3KM4A 1HPSA 3VF5A 4Y5MA 1HTGA 2JE4A 4Q1XA 2QMPA 3WZ8A 2G1SA 5P3WA 2AVQA 1B5FB 2QI7A 4DJRA 3EKXA 2QNNA 3NU6A 4K9HA 1T7KA 4DJVA 5P52A 4DJWA 1HVLA 5P2SA 2O4LA 5OZZA 1W50A 2AOGA 4ZSQA 4Y3QA 4J1IA 3VF7A 4LC7A 1EBKC 5KAOA 2OHRA 4EJDA 2I0AA 1FQ6A 3T7XA 5P2KA 3HAUA 2QD7A 1BV9A 3VG1A 1HVCA 4Y44A 5P08A 5DR7A 1OEWA 5P3ZA 3OUDA 3TLHA 1TW7A 3Q70A 5HD0A 4DI2A 5P28A 4Y37A 3SAAA 3SO9A 4H3IA 2VIYA 1MT9A 4YCKA 4FM6A 5OZVA 5P2JA 4YE3A 2QHYA 4ACXA 1BBSA 3KA2A 3URIA 3B80A 1MRWA 1GNMA 5P1QA 1BIMA 1K2BA 1Q9PA 5P7CA 4FRSA 5OZDA 1GKTA 3EL9A 5OZTA 3OQFA 4WY1A 5P48A 1IVPA 5P3KA 5AHAA 1RNEA 1APTE 4Y45A 2HS2A 5P4XA 3I7EA 5COOA 5P70A 4QJ9A 4Y5CA 3UHLA 2I4DA 4Y3JA 4EP2A 2HS1A 5P6WA 4J5JA 5P0WA 2Q63A 3GGUA 5P5GA 1IZIA 5P5WA 4EJKA 2VIJA 3IVHA 5P20A 4Z22A 5OZ4A 1EPLE 4Y9WA 4Y3TA 1T3RA 1W5VA 2G1OA 5AH7A 4ZIPA 5P4QA 4I0HA 5P5TA 3UDYA 4EXGA 5P5YA 4LXAA 4OBGA 2I0DA 3PWMA 1TSQA 4CPUA 3PLDA 4CP7A 4ZSRA 5P2HA 4Y5NA 1BVEA 3R0YA 1SP5A 3ZKMA 2AOHA 4XKXA 3R2FA 2P3DA 5P01A 4HDPA 5P2UA 3O9HA 5IVTA 4PEPA 2IRZA 3EL0A 4D83A 3MXEA 4U7VA 2IGXA 1D4SA 4NJUA 4OBDA 4BELA 3ER5E 3OGQA 3PSUA 2QD6A 5SZ9A 5P8VA 5OYYA 2I4UA 1BDLA 5OZKA 5I70A 4QJ7A 3SA8A 4TVGA 3VV6A 2PYNA 4L7GA 4FS4A 1G6LA 4JPEA 4HE9A 2FGUA 2AOJA 1ZP8A 3EL5A 4OBFA 5P5LA 1D4KA 2QD8A 1YT9A 4F76A 3L59A 2QZKA 2VJ6A 3NU5A 5P00A 2FIVA 2VS2A 3VYEA 1LYWA 3Q5HA 3ZLQA 5P82A 5P3XA 1UH9A 5P7RA 3LZUA 4QJ8A 5P29A 5P37A 5P0IA 4LL3A 5P6EA 4PZXA 4LP9A 1AZ5A 3AIDA 4RLDA 4TRYA 4DPFA 5P3FA 5IE1A 1EBZA 3KF0A 5P8MA 1XN3A 4K8SA 4I0IA 1HSGA 2R5QA 3TKGA 5P4EA 4EP3A 4EYRA 1FQ7A 5P6LA 3OQKA 3NWXA 3RVIA 4GYEA 3PSGA 5HDZA 5OZ5A 3QVCA 5OZFA 1HIIA 2QP8A 3UF3A 1B6KA 3L5EA 5P0BA 2ZHTA 4ACUA 4CPTA 1AM5A 2HPFA 5P7TA 5P7GA 4IVSA 4B1CA 5OYUA 1EPOE 5P7DA 5PEPA 5P2RA 5P31A 4F73A 3OAGA 5P64A 4OC6A 3LZVA 3T11A 1YM4A 4Y4WA 2FXDA 5P8GA 1MTRA 3PJ6A 4B77A 5P75A 5OZ2A 5P74A 5P7AA 5P3NA 5P09A 5P0ZA 5P3HA 4GJBA 5P39A 4YD7A 3L5FA 2NR6A 4NJTA 1SMEA 4XX4A 4HEGA 3NLSA 4TVHA 1BWBA 4I0DA 4Z50A 3PWRA 2J9JB 3G70A 5E5KA 4ER4E 5P6FA 5P69A 7UPJA 5EZXA 3OUAA 2ZHRA 3RTNA 5OZ6A 2ER9E 3WB5A 4ZPFA 1QBTA 2HB2A 2OHSA 3LZYA 4FM7A 4Z2ZA 1W6HA 3KDDA 3KMXA 4Y3HA 2B7ZA 5P2CA 3IVIA 3OQDA 3FSMA 3KFPA 6FIVA 2BKTA 3N4LA 4AMTA 1LYWB 2Q3KA 7HVPA 3EKWA 5P6NA 5JG1A 2I1AA 5DQCA 5P03A 2V12C 2PSUA 5BS4A 5OZCA 5P80A 3BVAA 1AVFA 5OYWA 5P2ZA 3BC4A 1HVHA 5P0AA 2BPZA 5P4KA 3FKTA 2QI5A 4DQBA 5KR1A 4GZFA 1SBGA 5OZ3A 4MC9A 1APUE 1HVRA 5P8SA 5P11A 1SMRA 3QBHA 3GI6A 4JOOA 4RRNA 4CPQA 3PMYA 2R5PA 1NPWA 5HE7A 2RSPA 2I4QA 5OZPA 1K6CA 1TQFA 5P07A 2EWYA 1FIVA 1KJFA 5P0KA 5HE4A 5P7IA 3PBZA 3IAWA 5OZQA 4I11A 4GJ9A 5P0PA 2V0ZC 2VNMA 1LZQA 2WEDA 5P2TA 3S7MA 5ISKA 1MESA 3S8IA 3R0WA 5OZIA 1D4IA 5P04A 1FG8C 4HLAA 3LNKA 5KQXA 3O9EA 3INFA 4Y58A 2FXEA 2FNTA 4Y56A 3GGAA 2V13A 3DCRA 4J1CA 2WECA 5OZ8A 3UDPA 5P1HA 5JFUA 5P71A 4DPIA 3OK9A 5TOLA 3ZPSA 5P1MA 5AHBA 2PSVA 5P3MA 2JJJA 1WBKA 4Y57A 1KJHA 5DGWA 3QP0A 5OZBA 5OZHA 5P4DA 4NJSA 3LPIA 3GGVA 5P0DA 1QRPE 4DJXA 1UPJA 1FFFC 2Q55A 3O99A 1A8KA 4Y50A 4Y4JA 4Y5GA 1GVWA 1D4JA 1HTEA 5HE5A 5P8TA 1D4LA 3NU4A 9HVPA 5P8HA 1MVPA 2XYFA 5P79A 4OBZB 3NUJA 4FRKA 1VIJA 2I4VA 1UH8A 5P5FA 3QN8A 5C9DA 2NMZA 1HSHA 4I8ZA 3SM1A 1AIDA 2F3FA 4GJ8A 1E80E 5P62A 1BWAA 1MEUA 1QBSA 5P8AA 5P0TA 3WSJA 4S1GA 4RROA 3OXXA 4Y3NA 5P46A 1LYAA 3OADA 3UQPA 2BQVA 2ANLA 5P7OA 5HDXA 5P0XA 2IKUA 2F80A 1FQXA 1PSNA 5P5IA 3HDKA 4ZSMA 5P6SA 5P3PA 5P8QA 1T7IA 5P5ZA 1ZPKA 2XFKA 4EWOA 1B11A 2Q15A 3NDUA 3NXEA 5P12A 5P63A 5C9BA 4FCOA 5HVPA 1AJVA 5ISJA 3EKPA 5P6OA 4H3FA 5P1TA 5P4ZA 4EQJA 4F74A 5P8LA 5P7VA 4Y48A 1CPIA 1SIPA 3FV3A 3FNTA 2WF4A 4ZSPA 1FQ5A 1Z1HA 5P7YA 2PSGA 3CKRA 1FEJC 1M43A 3BRAA 1SDTA 3C9XA 2G69A 3CKPA 5P7KA 2O4SA 5P18A 5DQ2A 2ZJJA 4AA9A 2JXRA 2QMDA 3TPPA 4Y3EA 2IS0A 5P45A 1XN2A 2QAKA 2NXLA 4YOBA 3MSLA 3LITA 3BXSA 4D88A 4J0YA 4Y3MA 2FLEA 5OZ7A 3B7VA 5P8PA 4HVPA 3VFBA 5DR8A 1YTGA 2OHKA 3G72A 2PH6A 4YCTA 5P6ZA 5P35A 3QIHA 1EPNE 3ECGA 3VLBA 2IDWA 2CEJA 5P36A 4CPSA 2Q64A 5DR1A 5P7BA 3FIVA 1C6ZA 3L5DA 5P53A 3PMUA 2FDEA 2ZHSA 3SA4A 2ER7E 5P4BA 5P3LA 3HLOA 5P5PA 4Y5BA 3TH9A 2H6SA 5P3TA 3PGIA 4Y43A 5P1PA 1ODWA 4Y3FA 5P3GA 4I12A 4XX3A 2F81A 1YM2A 5P8JA 2IENA 3ER3E 1SDVA 4DVFA 2QU2A 5P2WA 1A30A 5P24A 4I10A 5OZ1A 3ZPTA 2VA5A 1RV7A 2G27A 4KUPA 1HXWA 1QBRA 5P14A 3VFAA 3KDBA 3O9FA 1HTFA 1PFZA 4K4QA 1DPJA 1PPME 3O9CA 5I3XA 5P6JA 5P7MA 5OZRA 2PK5A 2QI4A 2P3AA 1EBYA 1SH9A 4Y5LA 5HDUA 6APRE 5P3YA 3ZKNA 1Z1RA 4Y3YA 3D3TA 1ZTZA 5JODA 3S43A 5P1CA 4J54A 5P81A 5P8IA 2Q54A 5P2MA 3EL1A 5P0OA 3TTPA 4I0EA 1SDUA 3R4BA 1KJ7A 3DOXA 3QRVA 2IKOA 3OY4A 4AUCA 1MIQA 4PZWA 3IN4A 3S45A 2AODA 4B00A 4XXSA 1LF2A 5P8CA 5AHCA 1EC0A 5KR8A 3GI4A 4Y4GA 4QJ2A 3KDCA 4UPJA 5P32A 1SGUA 4J0ZA 3TNEA 5J25A 1MT7A 1TSUA 3TL9A 5AH9A 4LXKA 5P5BA 5P6DA 4ER1E 1DW6C 4ZE6A 4A4QA 3IN3A 2H6TA 5ER2E 2G24A 3S85A 3T7PA 3CKTA 2Q11A 2AVVA 5DQ1A 1OEXA 3CYXA 2NNKA 3OTYA 1AXAA 1T6EX 1EBWA 5P0RA 2BPXA 3UPJA 5P86A 4Q1NA 4DV9A 3SA9A 2QHCA 2BPWA 5P0EA 5ENKA 2ZE1A 3ZL7A 5P2OA 2RKFA 3OUDB 2BBBA 1HVKA 3PVKA 1NPVA 4KE0A 4DJQA 1IZHA 1HWRA 5P66A 3BVBA 5P1LA 1HXBA 5P42A 5P0GA 5OZSA 3NSHA 4A6CA 5P4PA 4Y6MA 3ZKSA 5P0NA 3LIZA 4TRWA 2ZHVA 5P4LA 2ZJMA 2AOCA 1PPLE 5P2EA 1HTRB 1YX9A 5P5QA 3QS1A 2APRA 3OU1A 4Y4BA 4YD4A 3L3AA 3VSXA 1EAGA 1HEFE 2CENA 3IXOA 3LZSA 5P0MA 5P4FA 3SABA 3OGPA 1K2CA 5P3AA 4Y3LA 3Q3TA 1FQ8A 4B78A 3DCKA 2A4FA 1GNOA 5P4TA 2I4XA 1K6VA 3SKFA 4OBHA 5I3VA 4GJ5A 1EC2A 1XS7D 5P13A 2VIEA 2IEOA 5P3UA 2AOIA 4FRJA 4HZTA 3UQUA 1B6MA 1HRNA 1FQ4A 4X7IA 5P83A 1MRXA 1FMUA 4FGXA 5P2LA 3PM4A 5P7UA 3HVGA 3BXRA 1NPAA 5P0JA 4Y3ZA 4ZPGA 1E5OE 5P6UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHM A;  1HIH A;  4H3J A;  3VCM A;  5P7P A;  1HIV A;  4PHV A;  3TOG A;  5P5A A;  5P6R A;  2QI0 A;  2QZL A;  4Y38 A;  4YD5 A;  2BJU A;  4DQH A;  1SIV A;  4QGI A;  3KN0 A;  3LPJ A;  2BB9 A;  5B18 A;  1NH0 A;  5P1J A;  1IZD A;  1N49 A;  4FAF A;  2FDD A;  4RGH A;  3PB5 A;  3UCB A;  5P7Q A;  3K4V C;  2WEA A;  1HVJ A;  1MER A;  2JJI A;  5COK A;  5P2I A;  5P5S A;  1FMB A;  5P2A A;  5IS4 A;  3QPJ A;  4OBZ A;  4Y4E A;  5OZN A;  5P8E A;  4BFB A;  1FMX A;  4MC2 A;  4I8W A;  5P49 A;  5BRY A;  4NPU A;  5P06 A;  2ASI A;  1BAI A;  4WTU A;  5P6V A;  2UXZ A;  5SY3 A;  5P5V A;  2ER0 E;  3URJ A;  4EPJ A;  2AZC A;  5P19 A;  4DJU A;  4RVI A;  3EXO A;  2NMY A;  4J0V A;  5P1I A;  1LV1 A;  1ER8 E;  3AUP A;  2HB4 A;  1AJX A;  3INH A;  5OYV A;  3VUC A;  2QHZ A;  1PRO A;  2NPH A;  4Y3X A;  5P5U A;  2NXD A;  5P50 A;  4E43 A;  1W6I A;  1TCW A;  2ER6 E;  3NUO A;  1IVQ A;  4OBK A;  5P5H A;  5DQ4 A;  1IIQ A;  2ZJK A;  5P8F A;  5P5N A;  1K6T A;  5APR E;  5P7J A;  1ZSF A;  1C6Y A;  2P4J A;  3D1X A;  1PSO E;  1CMS A;  2AZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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