4ZSPA

Bace crystal structure with bicyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA02
3OTSA 2WF2A 4FGXA 5P51A 5P56A 5P6RA 1HTRB 5P8EA 5P1CA 3RSXA 5OZ3A 4IVTA 4FRJA 5P0BA 4F75A 3KMYA 4CKUA 2ZHRA 1W5XA 5HDZA 5P38A 3O9LA 4LAPA 5P0MA 5CLMA 1ZTZA 2VIEA 5P5LA 4J55A 5KR0A 3PSUA 2BKSA 5P3XA 1E81E 2FXDA 3T7QA 1IDAA 1LF4A 2HPEA 4K4PA 2RENA 4I1CA 5DR3A 1K6VA 2G24A 5OZWA 2RKFA 1KZKA 1HTEA 1APUE 5F01A 5P76A 4DPFA 5DGWA 1QBTA 1GNMA 5P63A 3OOZA 2XYFA 3PWMA 3LZUA 4B72A 2QMDA 1DW6C 3BGCA 3LIVA 3VLBA 1W5YA 4DJRA 5P7RA 3I6OA 5P2OA 1EPNE 2XYEA 5I3WA 4Y5CA 1ZPKA 3NWXA 4Y47A 1IZHA 3O99A 4EP3A 5SY3A 5P5KA 4R95A 4JOOA 4RYGA 5P87A 5P0CA 3KFNA 1W5VA 5P3SA 4K4RA 2QHYA 2V11C 1HEFE 2G1SA 3HZCA 1DPJA 3KFPA 1GKTA 5P1IA 3HDKA 5P4NA 5P7BA 3R0WA 2P83A 5P7PA 2PWRA 5P6KA 5P8VA 5P6OA 5P1ZA 3QRSA 5P8OA 1HXWA 5KR2A 3VCMA 4Y4WA 3H5BA 5P58A 5P6XA 5P1QA 3PJ6A 2XFJA 2R38A 2Q63A 5HVPA 4FRSA 5P57A 5DR4A 5P5BA 4OBZA 4Y3SA 3OTYA 1HTGA 4K8SA 5P3TA 1PSAA 3PM4A 1G35A 2NR6A 4OBHA 3TOFA 3BUHA 5JFUA 4OD9B 4GIDA 3OU1B 5P5CA 3SA4A 4RCDA 5P6WA 5OZ8A 1HSIA 2G1YA 5P2SA 5OZYA 1D4JA 3RU1A 5AGZA 2O4LA 3OQFA 4DJXA 3PI0A 4Y4ZA 1SIPA 5DQ2A 5P02A 5SY2A 2ZJJA 5DPZA 1HPVA 3N3IA 3SA3A 5EZXA 1XE5A 3UDPA 5P3EA 2PMAA 9HVPA 1NPWA 5P2RA 3OUAA 5JG1A 5P7ZA 5P0RA 5P88A 2V00A 3IXKA 3O9FA 1FEJC 4S1GA 4CPTA 1SBGA 3M9FA 5P59A 4YDGA 5P42A 4I0FA 3LIZA 1AZ5A 5P28A 3I7EA 3VEUA 4FRKA 3S7LA 4HA5A 2P3CA 1HVHA 3TOGA 3TPPA 5P26A 5OZXA 5P8MA 1T7KA 3UDYA 3K5CA 5OZHA 3Q5HA 4J5JA 3URIA 4EXHA 3R2FA 3VLAA 2WEDA 1SP5A 2F3FA 4Y6MA 5P6DA 2VKMA 5CONA 5P69A 2RSPA 2OHUA 5P16A 2BJUA 1BWAA 3NYGA 4WY1A 3UDMA 5P7EA 4Y43A 1HXBA 3JVYA 3RSVA 3WB4A 5P3YA 4AA9A 1B5FA 5P2AA 5P79A 3IN3A 4GYEA 4AA8A 5OZEA 1K2BA 2OHQA 4FM6A 1SDUA 4AUCA 5P5TA 3TPJA 3L38A 5P0HA 1MIQA 5P0SA 1YT9A 5AHBA 5P3JA 3EM4A 2R5QA 3L5CA 1MSNA 5P7CA 4DUSA 5COPA 3G72A 3OU4A 5P6QA 1EC2A 5P5PA 1EPQE 4Y37A 2A4FA 3TNEA 3ZL7A 1LF3A 5P31A 3UDJA 3SM1A 4FE6A 4I0EA 5DQ4A 3R0YA 1IVPA 4ZE6A 1FLHA 1W50A 3UCBA 1QBRA 2V13A 1NSOA 4TVHA 5P25A 4DQCA 4BEKA 5P7VA 1GVTA 5P32A 2VNNA 1KJ4A 5P0LA 5P78A 1NPAA 5ENMA 1DMPA 1MRXA 5P6CA 5P60A 1FQ8A 4Y3NA 3OAGB 6UPJA 2QMPA 5E5JA 2QK5A 4I0JA 2HS2A 5P8SA 3MXEA 4I0HA 2CEMA 5P7LA 4CMSA 4Q1YA 5P8NA 4Y4XA 3D3TA 1BDLA 4D83A 5P5VA 3B80A 2UY0A 2VA5A 4YCYA 3BGBA 3UFLA 2R3WA 4RROA 2F3KA 3INFA 2WF3A 3OUDB 4GJDA 2BPWA 1BVEA 1RL8A 2G22A 4FS4A 5P2UA 4HZTA 3O9CA 1F7AA 2P3AA 2BPXA 5JODA 2ZE1A 4LXMA 2WEZA 1YTHA 3KN0A 4EYRA 5HDXA 5P6EA 5I3YA 1ZPAA 1EPOE 2HAHA 3U6AA 1TW7A 3GI5A 4J1HA 3NU3A 5DQ5A 5P41A 3T7XA 4Y54A 4Z22A 3BXSA 2MIPA 1EAGA 2NNKA 2AOFA 3K5FA 5P7OA 5DR7A 4HLAA 3ZMGA 3APPA 3UQRA 5KQZA 3SM2A 1IVQA 5OYWA 1A9MA 3UDKA 4NJVA 1M0BA 3FV3A 4YD6A 5P1UA 4DQHA 8HVPA 3PI5A 2FS4A 5J25A 1HBVA 1APTE 5P1WA 5P8RA 2B7ZA 1FMBA 5P4JA 2OAHA 2O4SA 5P0KA 4Y3ZA 5KR1A 4IVSA 1UH7A 3EKVA 4B1CA 3APRE 2IGXA 4UPJA 3UDQA 2AOCA 4GJ7A 1AJXA 2IQGA 2B7FA 5SXNA 1M43A 1AIDA 1QRPE 5P4AA 5P6UA 3MWSA 2PSGA 1HVSA 2PH8A 4Q1WA 2NPHA 3MSJA 4YD4A 4L7GA 2PYNA 3VF3A 3MSKA 1B6JA 3DV5A 4Y41A 5OZZA 2B8LA 1BV7A 2VIZA 5P4BA 2F81A 3S43B 1DIFA 5P8DA 3OQDA 4U8WA 3OU4B 4YDFA 2IKOA 1SDVA 2IL2A 5AHCA 5HE5A 2ZHTA 5KR8A 2VS2A 5P13A 1B6PA 3QAAA 4XX3A 3A2OA 3PLDA 4AMTA 3AIDA 2VNMA 5HD0A 5P1VA 2OHLA 1T3RA 5P29A 1QBUA 2ER7E 5P0UA 5OYTA 5P5IA 5P2XA 1IZEA 4GJBA 5P3PA 1ME6A 1PROA 3EM3A 7UPJA 2NMZA 5OZ4A 5P80A 4QJAA 3ZPTA 3DK1A 5DR8A 1D4SA 3IN4A 4ER1E 4I11A 4DI2A 2QZKA 4B70A 1FKNA 2G1OA 6FIVA 3VSXA 5P01A 1FFFC 4BFBA 4BELA 3CMSA 4CP7A 4Y48A 1HIIA 1MT8A 2QNQA 4LBTA 1SGUA 5P1AA 2G20A 3OXVA 5P1GA 3KDBA 4I0GA 1GVVA 1PPLE 2OHSA 3IVHA 4Y53A 2BPZA 5P3LA 2IS0A 3SA6A 2O4NA 5P84A 3ECGA 2G21A 4FM8A 4QJ9A 3ZKSA 1OD1A 5IVRA 5P0PA 5AH7A 3TKWA 5P6SA 3K5DA 5OZDA 5P09A 5P7NA 3URLA 2VIYA 3IVIA 5ISKA 2HC0A 2Q11A 4B77A 3OGPA 2VJ9A 4OD9A 5P08A 4EJKA 3TPRA 3OU1A 5P45A 2UPJA 1QS8A 5P15A 4GZFA 2P4JA 3BVBA 4OBDA 4D88A 5P75A 1RV7A 2B42A 4Y4JA 2FNTA 3L58A 5P72A 1MTRA 3UTLA 5P1RA 2QNPA 2NXMA 5P1LA 5P2FA 1LV1A 1K6CA 3LZSA 3S2OA 2QZWA 4J1EA 4ER2E 4FIVA 2AZCA 3SA7A 3BRAA 2QI5A 5P11A 1HPOA 4EQ0A 5P8HA 5IS4A 1M4HA 4L1AB 5HCTA 2IENA 4APRE 5P22A 2AZBA 3AUPA 5OYZA 4Z2ZA 4LC7A 2QI0A 3NWQA 5P17A 5P2HA 4Y4DA 1WBKA 3WB5A 4PPHA 3O9HA 4J0ZA 1FGCC 1HVKA 4R91A 2A1EA 2WF1A 3OADB 2AQUA 3U71A 5P8AA 5P6IA 3URJA 1MRWA 1XDHA 4Y5GA 5P3MA 4LP9A 4GJ5A 5I3VA 3KFSA 3CIBA 5IVQA 3PSYA 1MSMA 3T6IA 2Q15A 3DOXA 1A30A 3UPJA 1HIHA 5P5AA 2AVOA 5OYRA 3CKTA 5P3BA 4Y4EA 2ZDZA 1BV9A 2ZJKA 4DJOA 5KOSA 1XN2A 4Y3GA 4OBKA 4U7VA 5BWYA 2VIJA 4RVXA 2BBBA 1HPXA 3NR6A 5P6BA 1FMXA 3NXEA 5KOQA 1W6IA 2ZYEA 5P03A 2NMYA 5OZTA 3ZKIA 5P6GA 1G6LA 1W5WA 5P1PA 3TLHA 4YOBA 1FG8C 1XE6A 3NU5A 5P4FA 3NU9A 1EEDP 1TZSA 6APRE 5P7HA 2ASIA 2P8HA 3DJKA 4OC6A 3I2LA 3KFRA 1IZDA 3O9IA 2FMBA 1MTBA 3RTMA 4XXSA 4X2LA 4OBGA 1AVFA 3ZKMA 3LNKA 4YE3A 4RYCA 5P4LA 2IKUA 5P46A 5P3HA 5P8JA 2ZHUA 3OAGA 5P4OA 2FDDA 1J71A 2Q64A 1FQXA 3EL9A 1IZIA 2G26A 3NXNA 3NDWA 1ZAPA 5P6AA 4ZIPA 4ZPEA 2BQVA 3UDHA 5P4MA 2P3DA 3VF7A 3QPJA 3D1YA 3ZKQA 4ZLSA 1MEUA 5P5MA 5P2IA 5DQ1A 5HE7A 1HVJA 5P2VA 1PSNA 1D4YA 5P4DA 1YTJA 1EPME 4B1EA 5P8PA 5P6TA 2OHNA 4I10A 5P12A 1K6PA 1T7JA 3OUDA 4L7JA 1C6YA 5P7TA 4GMIA 4OBJA 3LZYA 1E80E 5OZRA 5P2ZA 5P0QA 4EWOA 2NXLA 3QROA 1XL2A 5P19A 3ZLQA 4NJUA 5P66A 3OHHA 3LZVA 1MT9A 4DJVA 3OHFA 2FDPA 5P0XA 4BFDA 3D1ZA 3LHGA 1GNOA 3SO9A 5P7SA 2ZHVA 2HPFA 2Q54A 3LPKA 3FSMA 3S85A 5P18A 2CENA 3VV6A 4JECA 2QP8A 4Y3QA 3KF0A 3S7MA 5HTZA 5P0NA 1D4HA 3CKRA 4MC2A 5F00A 4H1EA 5P82A 5OZNA 4PZWA 2R8NA 3QBFA 5P23A 3EL5A 5P0ZA 3QI1A 5P7UA 3CYWA 5P2GA 1OHRA 4Y3RA 5P70A 4YCTA 5P2TA 5P04A 2APRA 5OZ6A 1BXQA 2O40A 1SGZA 5OZAA 4XKXA 1K6TA 1PPME 4Y4GA 3TPLA 5P6NA 5P24A 3I25A 4RRNA 3PBDA 3SA8A 3RTHA 4WY6A 5P8BA 4DJWA 3PRSA 2WHHA 2IRZA 5P2JA 5P83A 4CPSA 3ER3E 1CZIE 2OF0A 4Y44A 5P8TA 4Y3YA 5P0TA 3L5DA 3S43A 1LYWB 1KJGA 4Y4TA 2FDEA 3VUCA 4KB9A 1A94A 4A6CA 1DAZC 4Y36A 4YA8A 4DQGA 3BUGA 4Y5NA 4Y5EA 3NUJA 3O9AA 5P77A 4I0DA 1T7IA 3I8WA 4OC6B 3OXWA 5OZ0A 5P74A 3TL9A 3FNUA 3FNSA 3DM6A 1GVWA 3L5EA 1ODYA 4QGIA 1HPSA 4LXKA 5OZ9A 2IDWA 5C9FA 3PMUA 1FQ5A 4PYVA 4J0YA 5P8IA 3T7PA 5C9DA 4EJDA 4H3JA 3O9DA 4LHHA 3ZKNA 3EL4A 3KT2A 4TVGA 5P89A 5OYYA 5P7QA 5P5NA 3S53A 3EKYA 3EKWA 2I4DA 2F8GA 5OZMA 1HIVA 5OZPA 1RNEA 2ZJHA 3RVIA 5P2EA 5OZQA 2UXZA 3G6ZA 2R43A 4R92A 5P4SA 5P62A 1YG9A 3OQ7A 4ZPFA 3D20A 1GVXA 4HDPA 5ENKA 1E5OE 4Y4UA 5P1MA 2BPYA 3GGVA 4Y3TA 5P0WA 2NTRA 5P50A 4FCOA 4NJTA 5SZ9A 5P6PA 3CIDA 3HAWA 4L6BA 3SPKA 4Y3MA 4CPRA 4WTUA 2P3BB 3VSWA 2OHMA 5P6YA 3EKPA 5BS4A 2R9BA 2FLEA 4QJ7A 3S8IA 5OZCA 3EBZA 2OHRA 5P85A 5P52A 4J54A 4EPJA 3OU3A 4Y5AA 3C9XA 5HCOA 2FIVA 3G70A 1MUIA 1RPIA 3L5BA 3N4LA 5P73A 4L1AA 5OZOA 2HS1A 4GJ6A 3QN8A 1W6HA 2VJ7A 1XN3A 4EHCA 5P7AA 5P0DA 1B6KA 3OGQA 4Z4XA 3Q4BA 4ZSQA 3KYRA 1ODXA 2Q3KA 5P1DA 2G27A 3OADA 2PWCA 5P3DA 4HVPA 5P5UA 1D4LA 2QD8A 5BRYA 3H0BA 3S56A 2WECA 2ANLA 1EBZA 1KJ7A 1EPRE 3SQFA 3JVWA 5P7FA 3L5FA 3VG1A 5P7WA 4RVJA 4EJ8A 4PZXA 1G2KA 3WSJA 4GJAA 4Y5PA 4I8WA 5T4SA 1KJFA 4DJYA 2H6TA 3CYXA 4J17A 3GW5A 1IDBA 1QDMA 3HLOA 3BUFA 5P2YA 2WL0A 1LS5A 3NDXA 4XX4A 1DP5A 5KAOA 3U7SA 2QI7A 5P6JA 3HD8A 1HVLA 2HIZA 3R1GB 3UQXA 1EC0A 5P3CA 5C9BA 3KM4A 3LIXA 1ZLFA 2FGUA 1VIJA 1JLDA 5HDVA 3OQKA 2I0AA 4N00A 3RTNA 1GVUA 3VV8A 4I12A 4DVFA 4Y45A 2NNPA 3SACA 3SFCA 4Y3LA 3Q70A 1HVRA 1UH8A 2V12C 5P7MA 1W51A 5P3KA 4NPUA 1B11A 5P4HA 1APVE 5P5ZA 4MC6A 5P40A 5ISJA 3OXCA 5P81A 5P3RA 5TOLA 1C6ZA 3D91A 1HSGA 3HVGA 1TSQA 3TH9A 4Y3EA 3UQUA 3PB5A 5P0JA 1BXOA 1LYAB 3Q3TA 4ACUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OTS A;  2WF2 A;  4FGX A;  5P51 A;  5P56 A;  5P6R A;  1HTR B;  5P8E A;  5P1C A;  3RSX A;  5OZ3 A;  4IVT A;  4FRJ A;  5P0B A;  4F75 A;  3KMY A;  4CKU A;  2ZHR A;  1W5X A;  5HDZ A;  5P38 A;  3O9L A;  4LAP A;  5P0M A;  5CLM A;  1ZTZ A;  2VIE A;  5P5L A;  4J55 A;  5KR0 A;  3PSU A;  2BKS A;  5P3X A;  1E81 E;  2FXD A;  3T7Q A;  1IDA A;  1LF4 A;  2HPE A;  4K4P A;  2REN A;  4I1C A;  5DR3 A;  1K6V A;  2G24 A;  5OZW A;  2RKF A;  1KZK A;  1HTE A;  1APU E;  5F01 A;  5P76 A;  4DPF A;  5DGW A;  1QBT A;  1GNM A;  5P63 A;  3OOZ A;  2XYF A;  3PWM A;  3LZU A;  4B72 A;  2QMD A;  1DW6 C;  3BGC A;  3LIV A;  3VLB A;  1W5Y A;  4DJR A;  5P7R A;  3I6O A;  5P2O A;  1EPN E;  2XYE A;  5I3W A;  4Y5C A;  1ZPK A;  3NWX A;  4Y47 A;  1IZH A;  3O99 A;  4EP3 A;  5SY3 A;  5P5K A;  4R95 A;  4JOO A;  4RYG A;  5P87 A;  5P0C A;  3KFN A;  1W5V A;  5P3S A;  4K4R A;  2QHY A;  2V11 C;  1HEF E;  2G1S A;  3HZC A;  1DPJ A;  3KFP A;  1GKT A;  5P1I A;  3HDK A;  5P4N A;  5P7B A;  3R0W A;  2P83 A;  5P7P A;  2PWR A;  5P6K A;  5P8V A;  5P6O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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