4ZSRA

Bace crystal structure with tricyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsrA02
4AUCA 1XDHA 5HE7A 5OZ8A 1RQ9A 2B8LA 5P4FA 4ZSRA 4L7GA 5P0VA 1ZJ7A 5P0TA 5P0CA 5P1MA 1B6KA 5AHCA 3KFRA 2IQGA 2VIZA 5DPZA 3U6AA 5OZAA 4APRE 2B8VA 3LHGA 4I12A 3OY4A 5DR4A 1HHPA 4WY6A 1HVLA 3TNEA 1T6GA 3KMXA 2HPEA 2VKMA 9HVPA 3QPJA 1B6MA 4Y35A 1KJHA 5P8VA 2ER0E 4FRIA 3PJ6A 3VG1A 3OHFA 2UPJA 1ZPKA 5P10A 5P41A 3EBZA 5P05A 5OZGA 1HVRA 5P42A 1W5XA 1ZTZA 3I2LA 3LITA 3NXNA 5AH6A 4EJKA 3EC0A 4D85A 5KR8A 5P2KA 1F34A 5P4WA 3L5CA 4Y3LA 2FXDA 5P89A 2CEMA 2BKTA 3S53A 4HDPA 2F8GA 5P2UA 2FIVA 2JE4A 3S85A 2CENA 2IEOA 1BIMA 5P1DA 5P8DA 5P7ZA 4DQHA 1CMSA 5JODA 5P26A 1FB7A 5P44A 2HB4A 1GVUA 3EL4A 4FE6A 1FQ6A 5P8IA 4D8CA 4J17A 5DR0A 4Y3RA 4HDFA 1MSMA 4Y3PA 5P6KA 5P32A 2G69A 5P01A 3TOFA 4RVJA 3D91A 5P3UA 5P2OA 2QD7A 1E5OE 5P8PA 5P4BA 3O9GA 2V11C 4Y4EA 5T4SA 4I0JA 1FMUA 2OHTA 4Y57A 1VIKA 4GYEA 3ZL7A 4J1IA 3RTNA 4JP9A 4HZTA 5P33A 4YD3A 3IGBA 1SGUA 5P1QA 5P2RA 3UDYA 3NSHA 5P3JA 1E80E 2WF1A 4L6BA 4B05A 5P6IA 5P8BA 4Y58A 3ER5E 3KDCA 4GZFA 3EKWA 5P66A 5P6TA 4OD9A 4CPRA 2I4XA 3T7QA 4KE1A 6UPJA 4Y38A 4OBFA 1J71A 5P2XA 3B7VA 1APUE 5P2TA 5I70A 1W5YA 4E43A 2QHZA 4RVXA 3I7EA 5P31A 4B1DA 3INFA 4A4QA 3T11A 1BAIA 5P0MA 1LYBB 5JFPA 2Q3KA 4GJ8A 2QMDA 3UDRA 5E5JA 2I4WA 4XX3A 1EBYA 2I4VA 5P3YA 4Y5PA 4YCTA 2B7FA 3QBHA 2HS1A 3O9DA 3O9HA 4GJ9A 4LXKA 5P3ZA 3RSXA 5P4LA 3NU9A 1MRWA 5P87A 1FF0C 3I6OA 2PSGA 5P1TA 3U7SA 3PGIA 3SA8A 4Y5EA 1Z1RA 2OAHA 4YBIA 3UFNA 4Y4DA 5OYWA 3Q4BA 3DUYA 5DGUA 5P75A 3ST5A 3INHA 3SAAA 4EYRA 1HSGA 2P3DA 2ZHUA 3VFBA 1BDRA 3EM3A 3EKTA 1D4HA 4XXSA 2V12C 3LNKA 5C9DA 1K2CA 4Y45A 5P2GA 1HPSA 3EL9A 5PEPA 1EPRE 4Y3GA 2IGYA 2XFIA 3UCBA 4NJUA 3QS1A 1D4IA 5P4GA 5SXNA 5P2CA 5P4VA 2FLEA 3DM6A 3KMYA 3OQDA 4YD6A 1FQ8A 1DW6C 5P0QA 2NTRA 5P5VA 5OZCA 5P5UA 5DQ1A 4Y3TA 5P81A 5OZUA 3D1XA 4B0QA 4DI2A 1LV1A 3OUDB 5OZXA 2QU3A 1MSNA 2FNTA 3TLHA 3PMUA 4X7IA 5OZYA 1W50A 1FQXA 4DJWA 3SA9A 5P2QA 1XN3A 3INDA 4YOAA 3ZKMA 3TOGA 5P1VA 4R5NA 5P6YA 3LIYA 2B7ZA 3VSXA 5P6SA 5P8HA 5KR0A 2O4LA 4J1FA 5EZZA 3G6ZA 1MT9A 3RTHA 4EQ0A 2F3KA 3OAGB 2HB2A 3OADA 5P45A 5P46A 2VS2A 5AHBA 2WECA 5P6JA 4K4QA 5OZ3A 4Q1WA 5P1XA 4CPXA 3KF0A 3QROA 3WZ6A 3BVBA 3PI0A 3OU3A 3PCWA 4ER2E 3APPA 5P2FA 3K5FA 3TPLA 4J0PA 1D4KA 5KQZA 5OZ6A 1ENTE 1HTGA 5P7LA 5KQFA 1LYAA 2FS4A 3LZSA 4XX4A 5P82A 1T3RA 3UDHA 1AJXA 1NPAA 5P7DA 4R95A 4ZPGA 2ER6E 5P5HA 2WKZA 2VJ7A 5P0SA 2B42A 4RZ1A 4Z4XA 2ZHRA 5P28A 2A1EA 4EXHA 3JVYA 3T7PA 5P6AA 5ER2E 2BJUA 5IVRA 6FIVA 3PHVA 2QD6A 3UPJA 3IXJA 1EBWA 1YG9A 1UPJA 3SA6A 2G26A 3OXWA 5P1NA 3SA4A 4PEPA 1D4YA 2AVMA 1LZQA 3VYDA 2VA6A 1T7JA 5P4AA 2HM1A 1OHRA 2APRA 3KFSA 5P52A 2QI7A 2AVOA 5P2IA 5P8MA 2QNPA 5KOQA 5P1JA 5P6MA 1META 2JJIA 2R8NA 5ISKA 3LPKA 3LIZA 5COPA 5KQYA 3EL0A 3OOTA 2I1AA 5P1EA 4D83A 2AIDA 2F80A 5P34A 5P61A 1HEGE 5P0BA 4FM8A 2VIEA 2FMBA 3S54A 2QHYA 5P30A 4OBHA 4Y47A 2QI0A 2ZJNA 5P7IA 1M0BA 5P7EA 2F3EA 2QMGA 5OYUA 5P3RA 3ZKXA 1LF4A 4H1EA 3K4VC 4J0VA 2VNMA 4RRNA 1GKTA 4Q5MA 1HIIA 1DP5A 5I3YA 2WEAA 2BPVA 1APWE 3GGXA 5P7JA 3OQAA 5P3WA 2OHNA 1EBZA 1K1UA 4J54A 5OZZA 5OZBA 2WJOA 1FMBA 2QD8A 3F9QA 1ODWA 3EKXA 3KFPA 5ISJA 5P83A 1ZLFA 2J9JA 3FX5A 4MC9A 1AVFA 3KYRA 1LYWA 5DR8A 4DJOA 4RGHA 3N3IA 4YHQA 2R3WA 4OBZB 2WL0A 4Y3XA 1DMPA 4GJAA 4IVSA 4Y3DA 3OWNA 3BGCA 2QP8A 5P6BA 5P4HA 5P6UA 5P3CA 2I0AA 4JPCA 1D4LA 2V0ZC 4QJ2A 4Y3FA 1WBMA 5P5KA 5IVTA 4Y39A 1GVWA 1NPWA 2Q54A 4Y4UA 1XE5A 2P4JA 3DV5A 4Y51A 5P0JA 4DH6A 2AODA 3DOXA 3PWRA 2QI6A 3QRSA 4I1CA 5P14A 3K5GA 3OU1B 3DV1A 3QVCA 4LAPA 2Q11A 3OQ7A 3HAWA 1U8GA 3KM4A 5BS4A 4YA8A 4MC6A 3NWQA 5P11A 1XN2A 3S45A 2Q5KA 1QBTA 4EP2A 1LF2A 1K2BA 3TTPA 1K6CA 3KDDA 4RVIA 5F01A 3IVIA 5P78A 3U71A 3UQWA 1HPXA 1HTRB 3ZKSA 3FIVA 2Z54A 3SA7A 5P5FA 4A6BA 5P3EA 3NUJA 3D3TA 3DCRA 5P3NA 3JW2A 4CPSA 1SH9A 4APEA 5ENMA 3UQPA 3SM2A 2G1SA 2PK6A 4Y5BA 3EXOA 1UH7A 4HVPA 5CONA 5P08A 5P40A 3OU4A 3IXOA 5BWYA 5P0WA 5P5AA 4EJ8A 4B78A 5P0AA 5P49A 5P39A 1YTIA 5P57A 5P2YA 5SZ9A 2VJ6A 3WB4A 3EMYA 4YBFA 5P2VA 3MXEA 5P1OA 1CPIA 4S1GA 5P73A 5P7SA 1OEWA 3VCMA 5HU0A 2QAKA 2G1OA 2RKGA 3UDPA 1EC3A 4I0FA 5P02A 3MSJA 5P3VA 3BXRA 3L5EA 3ZKGA 3K1WA 4XKXA 2NPHA 3NYGA 3R0YA 1BDLA 5P0GA 1NSOA 3ZKIA 5DQ2A 5P13A 1G6LA 2Q55A 3HW1A 3ZMGA 5P35A 5P5GA 5P20A 3UTLA 2ZJMA 3KT2A 2V16C 3ZPUA 1G0VA 2IRZA 2FNSA 3UF3A 5P8GA 2B60A 3QP0A 1HBVA 3WSJA 2WF0A 4ZEAA 5P19A 3B80A 2QMFA 1IZEA 3UDKA 5COOA 5P2JA 5OZ0A 4FSEA 5IVQA 4YD4A 5P6HA 7HVPA 1HIVA 2AOGA 3HBOA 1EPPE 5I3XA 5P56A 5P8CA 3O9LA 1RL8A 1IVPA 2WHHA 5P29A 5P6PA 3G70A 1B6JA 3BVAA 5P5PA 5P4MA 4H3GA 5P53A 3PWWA 3CKRA 3LZYA 1AAQA 2G1RA 1BDQA 4L1AA 2RMPA 3GGAA 2R5PA 3NU5A 1EBKC 4NJVA 4ZE6A 4RYGA 5P3QA 2RSPA 3OOZA 3UQXA 4B1CA 1MUIA 4YCKA 3CYXA 4EJDA 2VA5A 5P1ZA 1KJGA 5P4CA 4RCEA 3FNSA 3GGVA 5CLMA 3ZOVA 2ZHVA 5P0FA 2I0DA 4K8SA 2PH8A 3EKQA 4AA9A 3IXKA 1EC2A 3CICA 5OYVA 3SO9A 5HE4A 4Y50A 3K4VA 5HDVA 5OZ5A 2PQZA 5HDXA 3R2FA 4QGIA 1ODYA 2O4PA 3BGBA 4OD9B 2PC0A 3LZUA 5FIVA 5P6XA 3LIVA 5IE1A 1QBSA 5E5KA 4FAFA 5KQXA 2QHCA 2G24A 2Q15A 3LPIA 4RRSA 2AOEA 2ZHTA 3OTSA 2P3AA 2V10C 5C9FA 2QI5A 4Y5MA 5P7OA 5OZOA 4DFGA 4DQEA 3OK9A 3UDQA 4PZXA 2F3FA 3MWSA 3WB5A 3S43A 4ZPEA 5P22A 5P4DA 1A8KA 2QK5A 4J1EA 1M43A 2QU2A 4GJCA 3VLBA 4NPUA 3PSYA 2AOHA 3AUPA 2QNNA 5P0LA 5OYSA 3GI4A 3MSLA 5P7WA 5P5JA 3NLSA 5P4ZA 2OHSA 4WY1A 1GVXA 5P4JA 1QDMA 4DJPA 3URJA 1G35A 5P0UA 2ZDZA 3BC4A 3S8IA 1GVVA 3Q6YA 4JECA 2HPFA 2P8HA 1BWBA 1HWRA 1IZHA 5P8KA 5P74A 4DQGA 5P79A 1QBRA 5P37A 1A8GA 3ZPSA 1C70A 1OD1A 3L58A 3MXDA 3VV7A 4F74A 4TRYA 1K6PA 2PK5A 4ZSPA 5P1YA 5P1SA 2OF0A 4OC6A 4YCYA 2AQUA 5P3IA 4DJYA 4CPQA 5AH7A 3AIDA 1W5WA 2V13A 3VF3A 2R43A 5DR3A 3SKFA 1C6XA 3NDTA 1SMRA 5P2DA 1KJ4A 2WEZA 4DJVA 2OHLA 4DUSA 2H6SA 5OYTA 1MIQA 1SMEA 2BQVA 4OBKA 4QJAA 2G22A 2VIJA 4R93A 1FEJC 3OADB 5P8RA 3PM4A 2QI1A 4GJDA 1Z1HA 2QZWA 4Y4AA 3I25A 2JYSA 4FL8A 4ER1E 4DQCA 3VUCA 1VIJA 1QBUA 4BFBA 5P5EA 4QJ7A 5I3VA 3OGPA 1HPOA 3CYWA 4QJ9A 3O9AA 1PSAA 3VLAA 2OHMA 5EZXA 3NUOA 3OXXA 2RKFA 3UQRA 1PFZA 6APRE 1LYAB 2ZJHA 4Y5AA 7UPJA 4Y36A 2AVVA 3Q3TA 2QCIA 1TQFA 5P1CA 4NKKA 5P3XA 5P2NA 5P65A 1B5FA 5OZJA 5AHAA 5P3FA 4ACXA 5P0RA 3SM1A 2IGXA 2BKSA 2QNQA 5OYQA 1DIFA 5P4EA 1FQ4A 4Q1NA 5P71A 3SA3A 2FGUA 5P1PA 5P7YA 1SIVA 3PWMA 5P69A 5P4SA 1BV9A 4Y3JA 1HIHA 1K6TA 3NU3A 3PVKA 4Y3NA 1WKRA 4EWOA 3N4LA 5P2WA 3HZCA 1DPJA 4CMSA 5OZLA 5P3LA 1YX9A 3KT5A 3SLZA 5P43A 5P06A 3UQUA 4I0EA 1HXBA 2P3BA 5OZMA 4FCOA 5P85A 2AZ9A 1C6ZA 4M8YA 5P0KA 4EJLA 4Y3ZA 5OZIA 4H3JA 5P6DA 4GJ7A 1MT8A 1TSQA 2P3CA 4ZSQA 2Q63A 4F75A 5I3WA 1D4SA 3SA5A 1FQ7A 1T7KA 3HVGA 1GNOA 1MPPA 1BVGA 3UDMA 1PPME 2HIZA 3R0WA 5P6WA 4Y44A 5P12A 5P2MA 5P7CA 1EPME 3D1YA 5P6VA 4YDGA 2QZKA 4I0IA 2BB9A 2OHKA 2IKUA 5HCOA 3RVIA 5C9BA 2R38A 4H3IA 5P7HA 4DJQA 3VFAA 1MERA 4LHHA 5P7UA 1HVCA 5P8LA 1YTJA 4Q1XA 1MESA 5OZSA 5P63A 3L5FA 3LZVA 5OZRA 3TKGA 2J9JB 4DPFA 2G20A 1LYWB 5P0YA 5P23A 2VNNA 3KDBA 5DQ4A 4GJ6A 3OTYA 4HEGA 2ZHSA 1PROA 2A4FA 3PB5A 4GJ5A 1B6LA 4YD5A 5P15A 2QZXA 3LIQA 4Z22A 5P6EA 4B00A 5P7FA 1PSNA 4Y56A 4TVHA 4LC7A 1UH8A 3ZLQA 5P6FA 5P5XA 2XYEA 4FS4A 5HVPA 1TZSA 3IVHA 4Y54A 4H3FA 4YE3A 4MC2A 4ZSMA 3OQFA 2XFKA 4Y4GA 1KJFA 4RLDA 3ER3E 3O9BA 5P1WA 5P1LA 5HU1A 3DCKA 4RROA 5P8FA 5AH9A 1BXOA 3Q5HA 3VF7A 1SDUA 2WF4A 1FQ5A 3QRMA 4DV9A 3L3AA 1IZIA 5P1AA 1RPIA 4F73A 4Y3HA 1EPNE 5P7NA 5P6ZA 3VV8A 3QBFA 5IS4A 2PH6A 5OZ2A 4K9HA 5P7VA 3C9XA 4QJ8A 4Y37A 1MVPA 3RTMA 1IDAA 5OZQA 1BV7A 3O9EA 4I8WA 4Y43A 3SKGA 4M8XA 4U7QA 5P7XA 5P0IA 3D1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AUC A;  1XDH A;  5HE7 A;  5OZ8 A;  1RQ9 A;  2B8L A;  5P4F A;  4ZSR A;  4L7G A;  5P0V A;  1ZJ7 A;  5P0T A;  5P0C A;  5P1M A;  1B6K A;  5AHC A;  3KFR A;  2IQG A;  2VIZ A;  5DPZ A;  3U6A A;  5OZA A;  4APR E;  2B8V A;  3LHG A;  4I12 A;  3OY4 A;  5DR4 A;  1HHP A;  4WY6 A;  1HVL A;  3TNE A;  1T6G A;  3KMX A;  2HPE A;  2VKM A;  9HVP A;  3QPJ A;  1B6M A;  4Y35 A;  1KJH A;  5P8V A;  2ER0 E;  4FRI A;  3PJ6 A;  3VG1 A;  3OHF A;  2UPJ A;  1ZPK A;  5P10 A;  5P41 A;  3EBZ A;  5P05 A;  5OZG A;  1HVR A;  5P42 A;  1W5X A;  1ZTZ A;  3I2L A;  3LIT A;  3NXN A;  5AH6 A;  4EJK A;  3EC0 A;  4D85 A;  5KR8 A;  5P2K A;  1F34 A;  5P4W A;  3L5C A;  4Y3L A;  2FXD A;  5P89 A;  2CEM A;  2BKT A;  3S53 A;  4HDP A;  2F8G A;  5P2U A;  2FIV A;  2JE4 A;  3S85 A;  2CEN A;  2IEO A;  1BIM A;  5P1D A;  5P8D A;  5P7Z A;  4DQH A;  1CMS A;  5JOD A;  5P26 A;  1FB7 A;  5P44 A;  2HB4 A;  1GVU A;  3EL4 A;  4FE6 A;  1FQ6 A;  5P8I A;  4D8C A;  4J17 A;  5DR0 A;  4Y3R A;  4HDF A;  1MSM A;  4Y3P A;  5P6K A;  5P32 A;  2G69 A;  5P01 A;  3TOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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