4A4QA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a4qA00
2ZJNA 3KF0A 5P77A 5OZXA 4Y3RA 3TLHA 5P0QA 4DI2A 1E5OE 5P4ZA 3LIYA 2XYFA 5P26A 4X2LA 3OXVA 5P04A 1DW6C 4DJXA 5F01A 4CPUA 2PSGA 2AOCA 5OZ2A 5P81A 3PHVA 4CPWA 5P6HA 4Y3AA 4ZIPA 4HLAA 5P40A 3ECGA 1NH0A 1SMRA 5P23A 5P19A 5JODA 2ZJIA 4YOBA 5P2OA 5P0OA 5P54A 4OD9B 5P6PA 5P8RA 1MSNA 3OY4A 5P6SA 2NR6A 5P74A 3O9GA 2QAKA 2QK5A 2WEAA 4Y4UA 4L7JA 2I4DA 2QMGA 4I0HA 3ZKNA 4Y41A 3UPJA 3ZL7A 2OHUA 5OYQA 5P08A 1LYBB 2AVQA 5P1OA 2BPWA 2ASIA 2H6SA 4FM6A 2A4FA 1A94A 2VIYA 2G1YA 2I4QA 5UPJA 3PB5A 1XDHA 5OZPA 3RSXA 4B0QA 1EAGA 5P5QA 4F73A 2A1EA 5P3YA 5ER1E 2B7ZA 4WY1A 3OXWA 2OF0A 5P51A 1BDLA 5DR7A 2QNPA 1PROA 4GJ8A 5C9FA 5P8VA 4Y3LA 2QHZA 5JG1A 5P0SA 2ZHTA 3PSYA 3OUCA 5AHBA 3T7QA 8HVPA 2QMDA 5JFUA 5P82A 1FLHA 1QBSA 3CYXA 1PFZA 2V0ZC 3FNUA 1K2CA 2AOIA 4Y3SA 5OZUA 4DH6A 2APRA 5IVRA 1TCWA 3OTSA 5P5FA 4Y47A 3VYEA 4IVTA 2AZ9A 2ZHUA 5P22A 1FG6C 1C6ZA 1M43A 3UQUA 1BVGA 3OOZA 2QI7A 2QZWA 3O9HA 2O4KA 5P1CA 3FV3A 1AAQA 1T7KA 4F76A 2PK6A 1YTJA 3NU3A 2AVVA 5P8HA 4Y4WA 4OBFA 3SQFA 3URIA 4UPJA 5P3AA 3PLDA 4COEA 3VUCA 2P3CA 1K6TA 3S8IA 5P1MA 5P0MA 4NPUA 4OBZB 3LZUA 5P4VA 5P5XA 4RYCA 1C6YA 3TPJA 2OHMA 2IGXA 5HU0A 5P10A 1AM5A 3QS1A 5P4HA 5P0WA 5P8QA 4R95A 5OZ0A 1G35A 4LP9A 3R1GB 2VIJA 1A9MA 3VEUA 5P6TA 2NPHA 1WBMA 1BIMA 3FX5A 3RTMA 2G69A 2FDEA 3NU9A 5DR0A 2HB2A 2AZBA 5P3IA 4EJKA 3T3CA 1HSHA 2OHPA 3KFRA 1Q9PA 2P8HA 3EL4A 4QJ8A 3ZKMA 5P6GA 2ZDZA 1FKNA 1YTGA 2EWYA 5OZSA 3G6ZA 5P6MA 3IXKA 5P69A 3PLLA 2QD6A 2Q55A 2B8LA 2VIZA 2VJ7A 3R2FA 4XX3A 4FGXA 1SDTA 1MT9A 4GJCA 2R9BA 3PWRA 5P09A 4HZTA 5P7AA 5P3QA 3ZMGA 4FS4A 1T7JA 3UDJA 5P2AA 5P6LA 5P3FA 1DIFA 4R8YA 3UDYA 1E82E 3VV7A 1ZLFA 1UH9A 1MVPA 3EKQA 3IN3A 4DQCA 2QZLA 4Y3NA 3JVWA 5P0EA 2NNPA 2Q11A 2PSVA 3U7SA 1PPLE 3HAUA 5P1UA 4EPJA 4RRNA 4Y6MA 4Y4GA 1OD1A 4U8WA 3VG1A 2B60A 4AMTA 2VA5A 5P2UA 5P24A 1QS8A 5P7JA 1EPNE 3APPA 2B8VA 4LHHA 5P5CA 4ZPFA 3IVHA 5P5AA 5P6FA 3KDCA 5P73A 2UY0A 4D8CA 1U8GA 5P7OA 3S43A 5P72A 5KR0A 5P6CA 2PQZA 3KFNA 3IAWA 3NDXA 2R8NA 3O9CA 1SH9A 3GI6A 4PYVA 4LAPA 3FNTA 3ST5A 3SA5A 3OUDB 2P3AA 4FE6A 3GI0A 1WBKA 3KYRA 4GIDA 4ZE6A 4R91A 4FCOA 5HDVA 3OUBA 5B18A 1FQ5A 4DJVA 4MC6A 2HPFA 1PPKE 1HVCA 3Q6YA 5P7SA 5P48A 2FDDA 4EYRA 3ER3E 1ODYA 3EM3A 1UH7A 1A8GA 1SP5A 2G1SA 2WF3A 5BS4A 3LIXA 4R92A 5P3LA 5E5JA 4Y39A 3S54A 4YD5A 1VIKA 3S53A 4APEA 1ZP8A 3KFSA 2Q63A 1HEFE 5P8SA 3K4VC 2IS0A 4XXSA 5ISKA 4Y35A 2WF0A 3BUHA 2CENA 2G27A 3OU4B 4Y4EA 2V13A 2BKSA 4ER1E 5P4SA 1M4HA 5P1BA 3S7LA 3WZ7A 5OZKA 5P0PA 1F34A 2UXZA 3N3IA 4Q1WA 3NYGA 3L5EA 5AGZA 3S85A 4EQ0A 4RZ1A 1GKTA 3HVGA 1GVUA 5P46A 4EP3A 5P7UA 5OZ8A 5P4KA 5P7QA 1IZIA 5P0TA 4HA5A 2RMPA 3UDQA 1YTHA 5OZRA 3TH9A 3WB4A 5BRYA 5P3TA 4B77A 5P6NA 3OWNA 5P33A 5P00A 5P2MA 3URJA 1LEEA 4Y3MA 3SM1A 5P8MA 5P6ZA 5SXNA 5OZ6A 4BFBA 3QROA 4Z4XA 3QP0A 5SZ9A 4J1IA 5HE4A 3D1XA 4Y48A 5P71A 1EPME 1M0BA 3OAGA 1D4IA 2AOGA 4Y38A 4Y3QA 5P1LA 3T11A 4I8WA 1EEDP 4ZSPA 1G0VA 2QCIA 3B80A 5P2YA 4Y51A 3G70A 3O9AA 4L1AB 3K1WA 1HXBA 5JFPA 1K1TA 4Y5CA 5P3HA 5P4LA 2JXRA 4WY6A 2J9JB 4Y5PA 2HPEA 5P76A 3KFPA 5P0BA 5P2TA 5P2ZA 3CKRA 1ODXA 5P3BA 5P8UA 5P17A 4KB9A 4OD9A 5DPZA 3NDWA 1W5WA 1ZPAA 5P02A 2V16C 2VJ9A 5P70A 1E81E 4KUPA 5P3VA 5P4QA 5P2EA 3O9BA 4I0EA 2HAHA 3ZKQA 2BB9A 3KA2A 4RVXA 3EKWA 4EHCA 1BILA 3EKVA 1MTRA 4GJ6A 2QU2A 5P88A 1PSOE 4TRYA 3UF3A 2PH8A 5P4IA 3QRMA 4Y5BA 5P4WA 5P7DA 1EPLE 4J55A 3U6AA 1KJHA 4BEKA 5P1IA 3OQDA 4YDGA 5P42A 1D4HA 3PGIA 4DUSA 1IDAA 4YD4A 3ZKSA 3VYFA 1HEGE 3BUGA 2VIEA 5P80A 3LIQA 5P1DA 1BXOA 2QI5A 4Y3EA 5IVTA 5OZ7A 1HVIA 4KE0A 3GI5A 5HDUA 3PMYA 4J17A 3OQKA 5P6VA 1HOSA 4Y3PA 5KOSA 4U7QA 5P2SA 2G1RA 2F3KA 4YBFA 1BWAA 2P3DA 4CKUA 4J0VA 1EBZA 4CPSA 4K9HA 3CKTA 4S1GA 5OYRA 5P07A 1MERA 4FAEA 5P5KA 5P2WA 5P2NA 5P11A 4Z50A 5P50A 5P67A 2JJIA 4DJWA 5P39A 5P38A 5P4YA 3QVCA 3L5FA 5OZWA 3ZKIA 4Y4ZA 2PWCA 2QI3A 1MESA 1LF3A 5P8TA 3DCKA 4OBZA 5P18A 4FL8A 2VKMA 1BDRA 1FQ4A 2AVOA 3UHLA 4QJ9A 5P87A 3R0WA 5OYZA 5P3PA 5P68A 3QRVA 3NU4A 3VV6A 2IRZA 5P58A 4RLDA 4WTUA 2HB4A 4Y3TA 5P14A 3BXRA 3Q70A 3PI5A 1JLDA 5DR8A 5P7NA 4FRKA 5P55A 1HVLA 5P1YA 3NUJA 4Y3WA 3D1ZA 4PZXA 1HTRB 4LXMA 5CLMA 1HPXA 5P2CA 3HD8A 5OZJA 5P2GA 4JPEA 5P4XA 3VFAA 5AHAA 3LZYA 5P2QA 1PSNA 2PSUA 2JJJA 5P3DA 5OZFA 5OZEA 5OZOA 5P4PA 2Q3KA 4ACUA 4FAFA 5AH9A 4HVPA 3VLAA 2V10C 3OADB 4OBKA 1HIVA 5P3XA 1HPOA 5P2HA 2ZHVA 5P0FA 5P4NA 2IKUA 1AIDA 2UPJA 4NJSA 5P3RA 5P6EA 5OZAA 1D4YA 2NXMA 3GI4A 5P1QA 1FQ7A 3SPKA 2WL0A 4DJRA 3SA6A 1IZHA 3LNKA 5P0UA 4DQFA 5AH8A 4D83A 4FSEA 5P4EA 3I7EA 5PEPA 4Q1NA 4TVGA 5P5OA 1YTIA 3MSJA 4MC2A 2HB3A 5C9BA 3UQXA 2WEZA 2ER0E 3CMSA 3HBOA 5P49A 4A6BA 4DJUA 5ISJA 4U7VA 2NXDA 1BBSA 2Q5KA 4LC7A 2JYSA 3OXXA 1XE5A 3WB5A 4ZPGA 1FIVA 4QJ7A 4RYGA 3K5FA 1MTBA 2FGVA 5P1PA 5P13A 5P60A 3IGBA 4Y4DA 3SM2A 5F00A 4BFDA 3MWSA 4JP9A 3OUDA 3IXOA 1HVJA 3OHHA 5P5SA 2OHLA 1FFFC 5P4GA 4OC6A 4ZSMA 3L58A 5P7PA 3NWQA 3QAAA 4D88A 4NPTA 3UDPA 4K8SA 5P5UA 5P03A 4TRZA 5P0VA 2VJ6A 4Y43A 4B1EA 4Y3FA 5P8GA 3BXSA 3D91A 5P8IA 5HD0A 1B11A 2WECA 1GVVA 5P06A 5P78A 1LYAA 3OQFA 5SY3A 2BPZA 5P3UA 3JW2A 5HCOA 3C9XA 3UDMA 5OZYA 5P2XA 1DMPA 3VLBA 3GGAA 1EC1A 3OU4A 4H3IA 4PHVA 4DV9A 1SGZA 4Q1XA 1W5XA 1W51A 4J1EA 4D85A 3OUAA 5KR1A 5P6RA 2O4SA 3VF3A 3F9QA 4Y54A 3L38A 3R4BA 1IIQA 2ZJJA 4GB2A 5C9DA 5DR4A 5OZ5A 2ZE1A 3OHFA 2WEDA 5BWYA 4RCDA 5P53A 1BVEA 2PMAA 2G94A 5TOLA 5FIVA 4JPCA 5OZMA 3PSUA 1LYWB 5P7XA 4LL3A 1J71A 3Q5HA 5P0GA 5P6YA 3OGQA 4YBIA 5P35A 4Y5AA 5P61A 3Q4BA 3SKGA 5P2LA 5OZ9A 5P29A 3UQWA 5P7LA 3BC4A 3PJ6A 2CEJA 5P6KA 5IVSA 1YG9A 5P8EA 5P0CA 2QI4A 2JE4A 2I4UA 5P3OA 1TSQA 3UQPA 5OZ1A 5KQYA 4DVFA 1GNMA 4EJLA 5P44A 4Y3JA 5P6XA 5I3VA 3UQRA 2BQVA 5DGUA 2WHHA 4GJ9A 3L59A 3NSHA 3R0YA 3NXNA 2J9JA 4I12A 3QBFA 4M8YA 4FRJA 1TSUA 4NJTA 5P4RA 4Y57A 4RCEA 3EL1A 4IVSA 4Y37A 4R5NA 3WZ6A 4NJUA 1EPQE 4FLGA 3KT5A 3SA7A 2PK5A 1HVRA 4QJ6A 4YHQA 1APWE 2IQGA 1LZQA 5AHCA 2VA6A 5ENKA 3L5DA 5P4UA 3PBDA 4YA8A 2ZHSA 2QMPA 4I0ZA 5P3ZA 4Z22A 5APRE 1RL8A 3U71A 5IE1A 1A30A 3QN8A 3I25A 4H3GA 1YM2A 4TRWA 1B6PA 4DQEA 3SO9A 4EJ8A 3OQAA 5AH6A 1HTFA 4B70A 4XX4A 1META 3IVIA 1ZSRA 4QJ2A 5P28A 2MIPA 4RVJA 2AIDA 5I70A 1XL5A 5OZBA 2OHQA 5P2KA 2F81A 3OU3A 5P7IA 3O9FA 3O99A 2B7FA 1AJXA 4J0ZA 1F7AA 4RROA 1BV7A 5OZ4A 3D1YA 5DGWA 2FXDA 5P0YA 1FMXA 5P6UA 2B42A 4Y3DA 1MSMA 2PC0A 5DR3A 5OYUA 4I10A 3TL9A 1EPRE 1RNEA 5P0LA 4EJDA 1EC2A 3QBHA 4Y36A 3QVIA 2FDPA 2RKGA 1HSGA 1SDUA 3PM4A 5HDXA 1K6PA 4H1EA 4I0FA 1TQFA 4FM7A 3EM4A 5P2BA 5P7FA 2BPYA 1TZSA 4GJBA 5OZZA 5P6OA 3VF7A 1YX9A 5P7YA 1W50A 5P1TA 4BELA 5P5VA 2WEBA 3K5CA 2QNNA 2QNQA 4Y3HA 3TTPA 5P5TA 5P32A 4HDBA 5KAOA 3MSLA 1ME6A 1W6IA 4Y4BA 3EXOA 4DQHA 1MEUA 5P2IA 3S56A 1IDBA 4A4QA 3VV8A 3UFLA 1D4JA 5P5PA 5I3WA 2ER9E 5P1EA 5KQZA 3OOTA 2FXEA 4Y4AA 4Y4JA 1HPVA 5HTZA 3D3TA 7HVPA 5HE7A 4Y53A 3CICA 4FIVA 3PI0A 1MPPA 4I1CA 2ER7E 4Y4TA 4YDFA 2V00A 1XE6A 3DUYA 3LIZA 3IA9A 2J9KA 1CZIE 2NNKA 5P5MA 4FSLA 1HVHA 2QHCA 4AZYA 3TKGA 1EPOE 1LYBA 3IN4A 4ZSRA 1NPWA 3INDA 2BKTA 2ZYEA 3NWXA 2IKOA 3LINA 5DR1A 1IVQA 3RTNA 2NMYA 3OU1B 2PWRA 3I8WA 1IBQA 3OADA 1K6CA 5P59A 3PVKA 1XN3A 5P0AA 3PCWA 5P8PA 3SACA 4Y5KA 3OK9A 4FRIA 1FMBA 1APVE 3UTLA 4DJYA 3L5BA 5DQCA 5P1ZA 5P3CA 1RQ9A 4LXKA 5OZGA 1W6HA 4J0TA 2G24A 2OHKA 5P8OA 2Q64A 3LHGA 1XN2A 5IS4A 2HM1A 2OHSA 5P05A 4ZEAA 2ZGAA 3ZOVA 1SBGA 5P6AA 5EZZA 1B5FB 4HDPA 1EBKC 5E5KA 1AVFA 3ZPSA 3EC0A 5P8NA 3EL9A 2WF4A 1K1UA 4I0IA 4K4PA 3TPRA 2QI1A 4YD6A 3PCZA 2FMBA 5P6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  3KF0 A;  5P77 A;  5OZX A;  4Y3R A;  3TLH A;  5P0Q A;  4DI2 A;  1E5O E;  5P4Z A;  3LIY A;  2XYF A;  5P26 A;  4X2L A;  3OXV A;  5P04 A;  1DW6 C;  4DJX A;  5F01 A;  4CPU A;  2PSG A;  2AOC A;  5OZ2 A;  5P81 A;  3PHV A;  4CPW A;  5P6H A;  4Y3A A;  4ZIP A;  4HLA A;  5P40 A;  3ECG A;  1NH0 A;  1SMR A;  5P23 A;  5P19 A;  5JOD A;  2ZJI A;  4YOB A;  5P2O A;  5P0O A;  5P54 A;  4OD9 B;  5P6P A;  5P8R A;  1MSN A;  3OY4 A;  5P6S A;  2NR6 A;  5P74 A;  3O9G A;  2QAK A;  2QK5 A;  2WEA A;  4Y4U A;  4L7J A;  2I4D A;  2QMG A;  4I0H A;  3ZKN A;  4Y41 A;  3UPJ A;  3ZL7 A;  2OHU A;  5OYQ A;  5P08 A;  1LYB B;  2AVQ A;  5P1O A;  2BPW A;  2ASI A;  2H6S A;  4FM6 A;  2A4F A;  1A94 A;  2VIY A;  2G1Y A;  2I4Q A;  5UPJ A;  3PB5 A;  1XDH A;  5OZP A;  3RSX A;  4B0Q A;  1EAG A;  5P5Q A;  4F73 A;  2A1E A;  5P3Y A;  5ER1 E;  2B7Z A;  4WY1 A;  3OXW A;  2OF0 A;  5P51 A;  1BDL A;  5DR7 A;  2QNP A;  1PRO A;  4GJ8 A;  5C9F A;  5P8V A;  4Y3L A;  2QHZ A;  5JG1 A;  5P0S A;  2ZHT A;  3PSY A;  3OUC A;  5AHB A;  3T7Q A;  8HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HAW A;  4RRS A;  3TKW A;  2OHN A;  4GJA A;  4OC6 B;  1D4S A;  1ZSF A;  5OZV A;  5P6B A;  3ZLQ A;  5P2J A;  3ZKG A;  4DJP A;  5P5D A;  1HHP A;  5P4T A;  4RCF A;  3B7V A;  1AJV A;  6APR E;  3GGX A;  5P4C A;  3SLZ A;  5P75 A;  2FGU A;  4DFG A;  1FQ8 A;  4I11 A;  3OU1 A;  3HLO A;  5P3M A;  2WF1 A;  3UCB A;  1BV9 A;  2CEM A;  4APR E;  1HRN A;  3PRS A;  4YD3 A;  2R5Q A;  3LZV A;  3N4L A;  3TOF A;  4A6C A;  2QI0 A;  4OBG A;  2RKF A;  3VYD A;  5P84 A;  4FM8 A;  5P5I A;  2NMZ A;  1LYA B;  4B05 A;  5P16 A;  3UFN A;  5P8A A;  4J0Y A;  2FS4 A;  4NJV A;  5KOQ A;  5P1J A;  4Y5L A;  1VIJ A;  3LPK A;  4DPF A;  2QP8 A;  2G22 A;  5DQ2 A;  1CMS A;  4Y4X A;  4EXH A;  3T7X A;  3EM6 A;  5P5N A;  5P7G A;  3UDK A;  2BJU A;  3DM6 A;  1B5F A;  2XYE A;  4F75 A;  5P7C A;  5OYY A;  3L3A A;  2H6T A;  5P12 A;  3KM4 A;  1ODW A;  3PWM A;  1PPM E;  3KN0 A;  5P1V A;  3K5G A;  4CPQ A;  3QIH A;  3INE A;  5P47 A;  3LIV A;  5OZQ A;  3LIT A;  3DV5 A;  1IZE A;  2R3T A;  5P66 A;  1XS7 D;  4GYE A;  5P79 A;  2R5P A;  3PSG A;  1HTG A;  4ZPE A;  2V11 C;  1W5Y A;  5AH7 A;  2AOH A;  3NDU A;  5P8D A;  5I3Y A;  4YOA A;  4Y5E A;  5OYV A;  3H0B A;  3INH A;  5P3W A;  5P3K A;  5P5R A;  4JOO A;  1AZ5 A;  2AZ8 A;  5OZI A;  4L6B A;  2HIZ A;  1LF2 A;  1LV1 A;  4YD7 A;  3AUP A;  5CON A;  5OZL A;  5P8F A;  5KQX A;  2FLE A;  2BBB A;  1Z1R A;  1EC3 A;  4HEG A;  3S43 B;  3DOX A;  5DQ1 A;  4TVH A;  2G26 A;  1DPJ A;  5P1H A;  3O9D A;  3UDR A;  2Z54 A;  5HDZ A;  3EKT A;  3UDN A;  2WF2 A;  3LPJ A;  5P0X A;  5EZX A;  4Y3X A;  4PZW A;  4J1K A;  4K4R A;  4ER4 E;  2PH6 A;  3GGU A;  1AXA A;  2PYN A;  2QD7 A;  5P5Y A;  5P56 A;  2F3E A;  5P20 A;  2QU3 A;  1HTE A;  1FQX A;  5P37 A;  5P3E A;  4Y9W A;  5P5E A;  4J1H A;  2R3W A;  4J54 A;  5P5Z A;  1ZAP A;  3O9L A;  1FF0 C;  5P01 A;  2AOJ A;  5P8C A;  5P8L A;  4YE3 A;  1NPA A;  3TOG A;  2BPX A;  5P57 A;  4EWO A;  1A8K A;  4MC9 A;  3HDK A;  4B72 A;  3DJK A;  5OZD A;  3ER5 E;  1C6X A;  3MXE A;  3S2O A;  4K4Q A;  2HS1 A;  2P83 A;  3OXC A;  3H5B A;  1FB7 A;  2REN A;  2HS2 A;  5P2F A;  4LXA A;  4Y5N A;  3T7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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