4A6BA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6bA00
5P06A 4KE1A 3EKYA 1LS5A 5JFPA 4Y5NA 4B05A 5P5XA 4OD9A 2G24A 5P2TA 5P89A 4I0DA 2HB3A 3L5DA 2OF0A 4EXGA 3IA9A 4EWOA 5P3VA 5P04A 1BDLA 2Z54A 5P6VA 5P3UA 2OHKA 1HVKA 3KT5A 4H3GA 1G6LA 5AHBA 5P0CA 2VJ6A 1NH0A 1APTE 5P69A 2QI0A 4FGXA 4DUSA 1MTRA 3R0YA 5P3SA 4Q5MA 3K5CA 4GJ5A 5P4CA 4MC2A 4TRYA 5P5GA 5P0UA 5P8UA 3NDXA 2PQZA 3QP0A 5P6PA 1T7IA 3NXEA 5P1JA 1EC1A 3BHEA 1MEUA 4YA8A 3TL9A 4J17A 2ZHSA 1D4YA 3UDNA 5P4YA 5P4WA 4Y5MA 3S2OA 5DR3A 3BXRA 3IXKA 2Q3KA 2HB4A 4QJ2A 3EKQA 4Y4DA 4EJDA 4DQGA 3FNSA 3OUCA 5KR2A 5P7LA 3LZYA 2NNPA 3OY4A 3DV1A 4L7GA 2AZ8A 5P40A 5OZ1A 2PSGA 4J1CA 1WBKA 1ZBGA 1GVWA 5OYUA 2ASIA 2FGVA 2UY0A 2BJUA 4B1EA 5P86A 5P3LA 4B0QA 1W5XA 3LHGA 5P4IA 5CONA 3IVIA 1PSOE 3RSVA 4U7QA 5P1AA 3OADB 2ZJLA 2HS2A 2I4VA 3IN4A 4DJWA 1QDMA 2RKFA 3KN0A 4QJ6A 2V13A 2QMPA 5P33A 2AODA 2IL2A 4NKKA 3R2FA 1MUIA 2PWRA 5P1XA 1M0BA 3I7EA 5P5LA 4L6BA 3UDRA 3ZKSA 5HTZA 5P36A 3JVYA 3LIXA 5ENKA 4L7JA 5P64A 2R3TA 5P0SA 4D89A 4RLDA 5P12A 1PROA 5OZ6A 5P2UA 1DP5A 4DFGA 4CPXA 4EJ8A 2AOIA 4YHQA 2B42A 1ZSFA 4FSLA 4J1IA 3SPKA 2AQUA 1ODWA 3O9DA 4Y58A 3O9LB 4F75A 4ER1E 3OOZA 3NUJA 2I0AA 3HAWA 2PSUA 4QGIA 1BWBA 5JG1A 4YCTA 3EMYA 4B1CA 4B78A 1HTEA 1BDRA 2UPJA 4FLGA 5P8RA 4OBGA 1GNOA 4CPRA 1ODXA 2XFIA 1ZJ7A 3OGPA 4GJ8A 2NXDA 1BWAA 1AJVA 2JJJA 1IZHA 4XX3A 2QMDA 4ZPFA 4YOBA 3S43B 4Y56A 4JPEA 3IXOA 5P6FA 1UH9A 4MC6A 3Q6YA 3TOGA 4Y3QA 5P32A 3TPLA 3FKTA 5P3MA 3UQWA 5OYYA 1KJ4A 1TW7A 3APRE 3UDYA 4GZFA 4YCYA 4Y3FA 3VV8A 3L59A 5P3EA 5P18A 1BILA 2FXEA 2P3BB 1SMEA 3I8WA 5KQXA 3OK9A 4Y3SA 5P5MA 3SA4A 5EZZA 1C6XA 1YM2A 5P3HA 4GMIA 3EKPA 4A4QA 3O9CA 4YBIA 4OC6A 1G2KA 3BVBA 3UQPA 1YX9A 2RKGA 3NYGA 5P2GA 1C6YA 4YDGA 5P2QA 2NNKA 5P46A 5P7CA 2BKSA 2QZWA 2AVMA 3IGBA 2R38A 5P45A 1T6GA 5I3YA 2OHUA 3LINA 2WL0A 1HVJA 5SZ9A 3LPKA 4ER2E 5P8CA 3OOTA 5OZ3A 4D88A 1C70A 4K9HA 3SA7A 3NU3A 2FDEA 5DQ1A 5P8JA 2JJIA 4WY1A 1EPPE 3GI4A 3VV7A 2P3CA 5P1FA 1YT9A 4Y4ZA 5P6NA 2WF1A 3VYEA 5COKA 1W51A 2QU3A 3OAGB 1BXQA 5P5ZA 5P1RA 5P7YA 5P17A 5P0ZA 3CKPA 1G0VA 3DCRA 3DK1A 3QAAA 1XE5A 3TKWA 3SQFA 5P37A 5P44A 5ISKA 1B6LA 3NLSA 3VG1A 5P6WA 5P5EA 3SA6A 5DR4A 1BV9A 2XYFA 4X7IA 1MRWA 5OZEA 1A94A 3BVAA 2FDDA 3UDQA 2H6SA 5OYSA 4FRKA 5P8HA 3T6IA 3MXDA 2I1AA 5CLMA 4DPFA 1LYWA 2AOCA 3QN8A 4R8YA 3HZCA 5KQZA 5P4JA 2QHCA 5P1OA 5EZXA 1D4IA 5JFUA 5HE4A 4I0IA 3PB5A 2UXZA 5ISJA 4ZE6A 3Q70A 4ZSQA 5P05A 3OUAA 4DJQA 5HCTA 2QD7A 4Q1WA 3OTSA 1FQ5A 3VYDA 3VLBA 2VA7A 4B70A 3S53A 1EBZA 3HW1A 1XL5A 4H3FA 3S85A 5P1PA 1HVCA 2BKTA 2F81A 2G26A 5P3CA 5P3QA 3VF3A 2F3KA 2Q5KA 1EC2A 4Y3DA 1PPLE 5DR1A 2HM1A 4DQBA 4Z22A 4Y3ZA 3KFPA 2FDPA 4I0JA 2ZHRA 4EJLA 4AZYA 3GI5A 1APWE 5P1ZA 2WHHA 2O4SA 4DJVA 5I70A 3OGQA 1LF4A 3UDJA 4KB9A 2QI3A 2ZJMA 3APPA 5P0YA 2ZHUA 2G22A 5P41A 1FFIC 5P5KA 4M8YA 5P3BA 4I0ZA 5P0WA 5F00A 1EBYA 1QRPE 4J0VA 3T11A 5P5BA 2I4QA 1LYAB 3GGVA 3MSJA 4PEPA 5P8LA 3O9AA 3ZKQA 3QVIA 2VA6A 5P01A 1SDTA 3OXCA 2Q11A 5P24A 5P60A 5P6RA 4R92A 5P2EA 5P6DA 5P49A 1T3RA 4Y45A 2NXMA 5P26A 5P6QA 2VNMA 1BVEA 3PLLA 5P11A 6UPJA 5P1UA 4TVHA 1C6ZA 4FE6A 4QJAA 1QS8A 2IENA 2OAHA 4HA5A 1KJGA 3FNTA 5P5OA 3CKRA 2VIZA 5P0NA 5P6KA 5P56A 2OHPA 5P28A 5OZ2A 1XL2A 3LIZA 3T7XA 1AVFA 4RCFA 1RPIA 3ZKXA 1IZIA 4YDFA 4I10A 1AM5A 5P39A 5P2DA 5OZPA 1Z8CA 4AA9A 1T7JA 5P2FA 1MESA 4RYCA 3HVPA 2V11C 3LITA 2P4JA 3TOFA 5I3VA 1LYBB 5OZ5A 3BUFA 1IVQA 3EL9A 2WF3A 5P1IA 1CMSA 5P63A 5P30A 5P00A 3PI0A 1XE6A 3S7MA 2ZE1A 3SA5A 4PZWA 5P25A 3PSUA 1MT8A 3PMUA 1FG8C 8HVPA 3KM4A 5P5WA 5P38A 4DQHA 2QCIA 4OBKA 4Y4TA 5DQ5A 3NXNA 5HDZA 3KMXA 4I0HA 1HWRA 4EYRA 1IZEA 3KFNA 5DPZA 2BPZA 4APRE 1MPPA 4J54A 1FQ7A 4Y3HA 5P5CA 5OZTA 2IKUA 4LHHA 5OYZA 5DQ2A 4F76A 2R5PA 3OU4B 1IDBA 2OHNA 3O9BA 3O99A 4TRWA 2MIPA 1DW6C 2AOGA 3IVHA 3QRMA 5P0RA 3TPJA 4Y5PA 1GVUA 3KMYA 2VS2A 4OD9B 5P7ZA 5DGWA 3L5BA 2BBBA 2I4XA 3EL4A 5P4VA 1RL8A 2AOHA 2G1RA 3NDWA 4A6CA 3EKTA 1B5FA 2FXDA 5P4LA 4RZ1A 3Q5HA 5KR1A 1MSNA 5P5TA 2HB2A 1HEGE 3PM4A 1T6EX 2O4LA 3PCZA 5OZKA 3URLA 5P4ZA 3HBOA 3RSXA 2NXLA 4Y47A 4U8WA 3QIHA 3FX5A 5P14A 3MSLA 3EKWA 2HPEA 2ZJKA 4H3JA 2PYNA 5P61A 5OZQA 5P3FA 1J71A 5P31A 4Y4JA 4D85A 2VNNA 4Y39A 5P7OA 1PPKE 1SMRA 3UDMA 3SA9A 3R1GB 1B6KA 5COOA 2IEOA 5P8QA 4Y4XA 2P8HA 5P1BA 5P0LA 5P53A 5P4SA 1EBWA 5P1KA 3EBZA 3K5DA 4LXKA 4K4PA 4KUPA 5P2RA 1HXWA 5P2ZA 1HVRA 2ZDZA 5HU1A 5P0IA 5P1SA 1META 2BQVA 1EPNE 4Y4WA 1FQ4A 5P0HA 3PLDA 5P07A 4WY6A 1FG6C 3ZPSA 3D91A 3B7VA 2ANLA 5P4PA 5P2MA 3TLHA 3T3CA 5P8AA 4Y48A 5P10A 1RNEA 5P5QA 2QMGA 5P1HA 3O9FA 3L38A 4FAEA 5DR7A 4A6BA 4EJKA 4XXSA 4HEGA 2I0DA 3GI6A 4LP9A 1LF3A 4I8WA 3S8IA 3IAWA 2QHZA 2QI1A 4OBZA 2P83A 5P2YA 5AHAA 4Y43A 1LF2A 2AVQA 1HOSA 3OXVA 2CENA 1LZQA 1A8GA 2AZ9A 4Y3JA 3RTMA 1D4LA 2R5QA 4I12A 5OZ4A 4YD7A 3SA3A 1OEWA 4OBJA 1IDAA 3BUHA 3OADA 4IVSA 4ZSPA 4HDPA 2PYMA 5P8OA 1W6HA 4AUCA 3EKVA 5P6JA 1TZSA 2WEAA 5P08A 5OZAA 1ZLFA 5P8MA 3UCBA 5OYXA 3TNEA 2G1SA 3VFBA 4H3IA 3ZKGA 3PGIA 1W50A 4BEKA 4RCEA 1W6IA 1FB7A 5P2WA 1YTGA 5P7EA 3NU5A 4RCDA 1A30A 4R93A 5OZLA 1IIQA 3UPJA 3IXJA 4Z4XA 5P1NA 5F01A 2WECA 2XYEA 3H5BA 1E81E 5PEPA 4JECA 3L5FA 1BBSA 3TOHA 4LXAA 2J9JB 3DV5A 5DR0A 4EXHA 4LC7A 1AXAA 5P2AA 4YOAA 5P6BA 2ZYEA 5P8DA 3U7SA 3O9LA 4YD3A 5P2OA 4COEA 4TVGA 2QHYA 4L1AB 2PH8A 4Y6MA 1HIVA 4Y9WA 4B72A 1A8KA 4HLAA 5KQFA 1HPSA 5P35A 4DQFA 2ER6E 1HXBA 1SH9A 1GNMA 5E5JA 3CYXA 3VV6A 4N00A 1XN3A 2HS1A 5P48A 5P2SA 1BXOA 3PHVA 4CPUA 2BPVA 1TSUA 3VUCA 5P71A 3I2LA 5P3AA 5P5VA 1ZAPA 5P4MA 2QD6A 5OZDA 4YD4A 5APRE 1N49A 4GIDA 4D8CA 1MERA 5P3TA 4DH6A 3T7PA 3VSWA 3LPIA 3QBHA 1JLDA 5P3OA 5P15A 3WSJA 1QBUA 5P2KA 4Y54A 3ST5A 2PK6A 1BV7A 1FIVA 5P4XA 5P2IA 4GJ9A 1FEJC 5P1QA 3CMSA 4Y5AA 5P4QA 1YM4A 4WTUA 4Y44A 2O4NA 2ER9E 5P7VA 2Q54A 4IVTA 2P3BA 2PC0A 5P6XA 4GYEA 5P58A 2G1NA 3WZ8A 2QI5A 3KDDA 5HE7A 1B6JA 1FQ6A 2APRA 3GGXA 1GKTA 1HVIA 3OUDA 5P81A 4DQEA 2QNPA 2BPXA 5SXNA 1W5YA 1B6PA 1PPME 1MT9A 2QNNA 4PHVA 3UQRA 2H6TA 5P83A 3ZKIA 3UQXA 1HPXA 3PJ6A 5SY2A 1VIJA 5P6LA 1ODYA 2F80A 4QJ8A 4Y53A 2J9KA 4DJXA 5P79A 5P13A 3K5GA 2WJOA 2ER7E 4ZPEA 5P6AA 3EL0A 5P4BA 5P4AA 1CPIA 3L5CA 5KAOA 1HEFE 2B8LA 4OBDA 4DI2A 2QZLA 5P0QA 3OAGA 5OZ7A 5OZVA 1HVSA 1PSNA 1GVVA 3OQ7A 5ENMA 5ER2E 3G6ZA 5P4HA 5OZBA 4ZSMA 5P5DA 4FM8A 2G94A 3MXEA 5P4FA 3OXWA 5HVPA 1D4SA 3FIVA 1LYWB 4HDFA 4Z50A 4I0FA 4YD5A 5P4GA 5HDUA 2Z4OA 5P7PA 1AJXA 1HTRB 5BS4A 5P5AA 1ZSRA 4XX4A 4Z2ZA 5AGZA 5IVSA 3KDCA 5JODA 3NDUA 5P6SA 5P62A 2SAMA 1FKNA 2G20A 4EQJA 3PSYA 5C9BA 1FGCC 5P6CA 5P1VA 3O9HA 1KZKA 2VJ7A 5P0JA 1HSHA 2BPYA 1BVGA 5P6IA 2JE4A 3CICA 4D83A 4B1DA 4JPCA 5P3XA 5P6MA 4QJ7A 4R95A 2B8VA 4QJ9A 1EBKC 5P1CA 1Q9PA 2FNTA 1ZPAA 4Y3AA 1EAGA 4YE3A 5P3YA 4K4RA 4RGHA 1HVHA 4DV9A 4QLHA 5P5UA 1F34A 5P8PA 1SGZA 4I0GA 1DPJA 2QAKA 4Y4UA 4EPJA 1B11A 4DJYA 2NPHA 1SDVA 1K6PA 4NPUA 2RENA 3BXSA 4Q1XA 3UFLA 5TOLA 3HDKA 4Y5GA 4FM7A 1ZPKA 2PK5A 5P16A 3OXXA 4RVXA 3K4VA 3UDKA 1FMUA 5P0MA 5P6GA 4Y3TA 4NJSA 1LYAA 4J1HA 4Y37A 3PVKA 2I4UA 5P77A 5P4KA 4RROA 3URJA 5P7JA 2QK5A 3OU1A 5P2HA 1FLHA 3INFA 3DUYA 5P59A 3L3AA 2QI6A 3BRAA 5P72A 5OYVA 1UH8A 2AIDA 4I11A 4K4QA 5P6UA 5P0AA 4AMTA 3RTHA 5P3NA 5P2LA 3S45A 2AVSA 5OZHA 5I3WA 1Z1RA 5P8GA 5P5JA 5P09A 5OZGA 5IVQA 3UF3A 3FSMA 5IVRA 2Q15A 3EM3A 1SP5A 1D4JA 4FRIA 4J1KA 5OZ8A 2IRZA 5OZCA 5P42A 3WZ7A 2IDWA 1YTJA 1YTHA 2QZXA 3NU6A 5P02A 1MTBA 1LV1A 4NJVA 2QZKA 5I3XA 1WKRA 3ER5E 5P0KA 2AOFA 3ZOVA 3TPPA 3BGBA 2VJ9A 5P1LA 2AOEA 3C9XA 1YG9A 1MVPA 2PH6A 2HAHA 4GJCA 3MWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P06 A;  4KE1 A;  3EKY A;  1LS5 A;  5JFP A;  4Y5N A;  4B05 A;  5P5X A;  4OD9 A;  2G24 A;  5P2T A;  5P89 A;  4I0D A;  2HB3 A;  3L5D A;  2OF0 A;  4EXG A;  3IA9 A;  4EWO A;  5P3V A;  5P04 A;  1BDL A;  2Z54 A;  5P6V A;  5P3U A;  2OHK A;  1HVK A;  3KT5 A;  4H3G A;  1G6L A;  5AHB A;  5P0C A;  2VJ6 A;  1NH0 A;  1APT E;  5P69 A;  2QI0 A;  4FGX A;  4DUS A;  1MTR A;  3R0Y A;  5P3S A;  4Q5M A;  3K5C A;  4GJ5 A;  5P4C A;  4MC2 A;  4TRY A;  5P5G A;  5P0U A;  5P8U A;  3NDX A;  2PQZ A;  3QP0 A;  5P6P A;  1T7I A;  3NXE A;  5P1J A;  1EC1 A;  3BHE A;  1MEU A;  4YA8 A;  3TL9 A;  4J17 A;  2ZHS A;  1D4Y A;  3UDN A;  5P4Y A;  5P4W A;  4Y5M A;  3S2O A;  5DR3 A;  3BXR A;  3IXK A;  2Q3K A;  2HB4 A;  4QJ2 A;  3EKQ A;  4Y4D A;  4EJD A;  4DQG A;  3FNS A;  3OUC A;  5KR2 A;  5P7L A;  3LZY A;  2NNP A;  3OY4 A;  3DV1 A;  4L7G A;  2AZ8 A;  5P40 A;  5OZ1 A;  2PSG A;  4J1C A;  1WBK A;  1ZBG A;  1GVW A;  5OYU A;  2ASI A;  2FGV A;  2UY0 A;  2BJU A;  4B1E A;  5P86 A;  5P3L A;  4B0Q A;  1W5X A;  3LHG A;  5P4I A;  5CON A;  3IVI A;  1PSO E;  3RSV A;  4U7Q A;  5P1A A;  3OAD B;  2ZJL A;  2HS2 A;  2I4V A;  3IN4 A;  4DJW A;  1QDM A;  2RKF A;  3KN0 A;  4QJ6 A;  2V13 A;  2QMP A;  5P33 A;  2AOD A;  2IL2 A;  4NKK A;  3R2F A;  1MUI A;  2PWR A;  5P1X A;  1M0B A;  3I7E A;  5P5L A;  4L6B A;  3UDR A;  3ZKS A;  5HTZ A;  5P36 A;  3JVY A;  3LIX A;  5ENK A;  4L7J A;  5P64 A;  2R3T A;  5P0S A;  4D89 A;  4RLD A;  5P12 A;  1PRO A;  5OZ6 A;  5P2U A;  1DP5 A;  4DFG A;  4CPX A;  4EJ8 A;  2AOI A;  4YHQ A;  2B42 A;  1ZSF A;  4FSL A;  4J1I A;  3SPK A;  2AQU A;  1ODW A;  3O9D A;  4Y58 A;  3O9L B;  4F75 A;  4ER1 E;  3OOZ A;  3NUJ A;  2I0A A;  3HAW A;  2PSU A;  4QGI A;  1BWB A;  5JG1 A;  4YCT A;  3EMY A;  4B1C A;  4B78 A;  1HTE A;  1BDR A;  2UPJ A;  4FLG A;  5P8R A;  4OBG A;  1GNO A;  4CPR A;  1ODX A;  2XFI A;  1ZJ7 A;  3OGP A;  4GJ8 A;  2NXD A;  1BWA A;  1AJV A;  2JJJ A;  1IZH A;  4XX3 A;  2QMD A;  4ZPF A;  4YOB A;  3S43 B;  4Y56 A;  4JPE A;  3IXO A;  5P6F A;  1UH9 A;  4MC6 A;  3Q6Y A;  3TOG A;  4Y3Q A;  5P32 A;  3TPL A;  3FKT A;  5P3M A;  3UQW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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