4A6BA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords POL PROTEIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6bA00
3O9DA 3IAWA 4YOBA 1FQ4A 2P3DA 4YCYA 5C9FA 5P6DA 3KDCA 4F75A 5P5ZA 2UXZA 3OOTA 3T7PA 3HLOA 5CLMA 4RYCA 2J9JB 2FGUA 2G1YA 2WEBA 3BRAA 1GKTA 1CMSA 3PWRA 5P3CA 3PJ6A 5KOQA 1EEDP 3CIBA 3ER5E 5P85A 4J0VA 4Y3QA 1RL8A 2BKSA 5P2KA 2FXEA 2NXDA 4Y58A 5P35A 5JODA 1LYWA 5P2GA 4EQ0A 3QS1A 3EL1A 3PSUA 4RYGA 3AIDA 4GIDA 2O4PA 4Y3XA 4A6CA 2O4NA 4RVIA 5P5RA 1BILA 2AVVA 2APRA 4Y3ZA 5P0IA 3UHLA 3BUHA 3QP0A 2QMPA 3SABA 4Y4WA 5OZ5A 2HIZA 2J9JA 2ER6E 2IL2A 3O9LB 3EKXA 3OGQA 1DAZC 1A8KA 2HB2A 1AZ5A 2XFKA 3UDQA 5P4CA 2R8NA 3EXOA 4GJ7A 3ZKQA 5OZUA 5P76A 5P39A 1FFIC 4J0TA 4ZSMA 5P34A 5DQCA 1HPXA 5P77A 4PEPA 3WB5A 4Y3JA 1YX9A 5P23A 1LYAB 3DOXA 1EAGA 2XYEA 2AVMA 3G72A 3LIXA 3KFRA 1IZEA 3Q3TA 3SACA 5P5EA 2Z54A 3PCWA 2HB4A 5OZNA 2Q5KA 4L6BA 5EZXA 5P2IA 5P8PA 5C9BA 4I8WA 2F81A 5P4ZA 2RMPA 4I11A 1AJXA 4I12A 5P6EA 2QMDA 3S2OA 4BELA 5P43A 1IBQA 5P7TA 4K4PA 3O9BA 1MUIA 5B18A 5P5JA 1BBSA 3OOZA 1EPRE 3G6ZA 1APVE 1LYAA 5OZ4A 3S85A 3LZVA 1OHRA 4MC6A 5P0OA 5P67A 2QZKA 4GJ9A 2QZXA 3TOFA 2XYFA 2A4FA 3O9GA 1W5WA 3ZKIA 4I0EA 1EBYA 5KR0A 3R0WA 3EKYA 5P32A 3SO9A 5I3YA 2WEDA 5P7LA 5P1XA 3K5GA 3OUDB 4ZEAA 2QI0A 3EKWA 5OZ9A 3KF0A 1W6HA 1MEUA 5P8UA 1FIVA 7HVPA 5P7DA 4GJ6A 2QU2A 5P8GA 4OC6A 3K5FA 2Z4OA 6APRE 3R4BA 4FSLA 3D1XA 1B6MA 3NDTA 1B6JA 3GGVA 5P41A 5BWYA 4TRZA 5P12A 3BGBA 2FS4A 1A8GA 3OU4A 5P0ZA 3GGUA 3SKGA 3RSXA 4Y5BA 1BXOA 1SP5A 2PQZA 2VKMA 3K5DA 4Y4GA 3NUJA 3S7LA 1D4LA 4EYRA 5P1HA 1FGCC 1PSOE 2QZLA 2RKGA 3NU6A 1HTRB 2ZJKA 4L1AB 4GJAA 2JYSA 5P5NA 2P3CA 5P78A 5JG1A 5DGWA 3IN3A 5HDVA 3OUAA 5P7CA 4B0QA 4Y3SA 1DMPA 4WY1A 5JFPA 2NXMA 1XN2A 2AVOA 5P7MA 4XKXA 5P5DA 7UPJA 4Y5LA 2IENA 4NPTA 5HE5A 4FLGA 3KFNA 3N4LA 1XE6A 5DR0A 3UPJA 4OBFA 2G24A 1ODXA 3OXVA 5P0QA 4Q5MA 2IGYA 2G27A 1CZIE 5P7VA 2Q54A 5P5FA 5IVQA 5P11A 2VIJA 2V00A 3QROA 5P5GA 2NNPA 5P7ZA 4YD3A 5DPZA 4ER1E 2ZJMA 5IVTA 2PWRA 4Y3PA 1JLDA 4CP7A 4QJ9A 3NU4A 2AVSA 4D83A 5P0VA 5P1OA 1M43A 3ZKXA 1B6KA 5P01A 2ZJNA 3VSXA 5OZFA 4DQCA 5P4EA 2AOCA 2AVQA 5P5AA 3PCZA 3L5BA 2AOIA 5P2DA 4IVTA 5P1PA 5P5IA 5P86A 3ZOVA 4R91A 4X2LA 3EL4A 4ZIPA 1B5FB 2A1EA 1D4IA 5SY3A 4Y5KA 4J0PA 4M8YA 1HXWA 1E5OE 4RROA 5P1AA 3PMYA 4B1CA 1UH8A 1ENTE 1YTHA 2WF3A 3VFBA 1C6YA 4KE1A 1NPWA 2I0DA 2G94A 5P3EA 5OZ1A 5P6XA 2OHUA 5DR8A 3RVIA 1YTGA 2I0AA 4OBJA 1SMEA 3HAUA 2HB3A 5DQ1A 1FQ6A 5ISJA 5OZOA 5AHCA 5P8JA 4JECA 2IKOA 4F76A 1SDUA 1T6GA 5OZBA 4IVSA 3S56A 3IVHA 4Y4UA 5P08A 3S43A 1SIVA 3ZL7A 2QNNA 3GI0A 1NPAA 4A4QA 2QD8A 3MXEA 4Y9WA 4B77A 3URJA 2VA5A 3VYEA 2WF2A 3L59A 2QP8A 4DVFA 1KJFA 2QI7A 3T11A 1W5XA 5P2SA 6UPJA 3SQFA 9HVPA 2IRZA 3B7VA 5P0MA 4Q1NA 3BVBA 5P6UA 5P1VA 5P8QA 3APRE 1KJ7A 4K9HA 1UH9A 5I3WA 4R93A 3IGBA 4H3JA 4DH6A 4MC2A 1IZHA 4YD6A 4Y3NA 3QIHA 4DJUA 5OZ0A 5HE7A 4B1DA 5P28A 1Z1HA 3CIDA 3TKWA 3WZ7A 2G1SA 5P52A 2PSUA 4K4QA 3SA9A 2G20A 2OHMA 4EP2A 5P3OA 2HS2A 5P1IA 5P81A 5P6ZA 4CPQA 5P80A 4Y4ZA 5AH7A 1GNNA 2HAHA 4Y4AA 5DR7A 5P1BA 1TCXA 2Q11A 4GYEA 5P5LA 2ER0E 4Y41A 1XS7D 5P4QA 1SDTA 4Y3YA 3VF3A 5P5KA 3UQUA 1EC2A 3SA4A 2P3BB 4FAFA 5P0DA 2I1AA 2NPHA 3DK1A 4QLHA 5P3WA 5P61A 5P16A 4J5JA 1LYBA 4F74A 1XN3A 5P2QA 5P88A 5DR3A 3Q6YA 1OEWA 4ZPGA 5P50A 1ZSFA 4FRIA 3EL0A 3BGCA 4NJSA 5P1ZA 5HU1A 3SFCA 3GI6A 3NU5A 5P6WA 3UFLA 2H6TA 5P20A 3NDXA 3OU1B 5P0BA 1LV1A 5OZXA 5UPJA 1LZQA 5OZPA 3VF7A 5OZHA 1K6CA 4APEA 5KQFA 3R0YA 4Y56A 4J0YA 5IS4A 5P3VA 2FNTA 3O99A 1HTFA 2QHCA 4JPCA 5DQ4A 4ZSRA 1SBGA 3D91A 3FNSA 4I0IA 5P1UA 1G35A 5P89A 5DR1A 5P14A 3OK9A 4BEKA 4Y3LA 2BPZA 4D88A 1GVVA 1T3RA 5P7QA 4L7HA 2R38A 5P8CA 4GZFA 3EBZA 1BDRA 3SM1A 3NDUA 4DQBA 2G26A 1YM4A 2QK5A 1BWBA 3NR6A 1G6LA 3D1ZA 4CPRA 3PEPA 3OU1A 1RNEA 3DCRA 1HTGA 1W6IA 4I0HA 3OQDA 2RENA 1PPKE 5P3AA 5P75A 5OYUA 1EBKC 3UDJA 5P38A 3RU1A 3KDDA 1W5VA 2XFJA 5P30A 5P54A 5P82A 5OZLA 1HPVA 1HTEA 3HW1A 3R1GB 5P3PA 1WBMA 4OBZA 4Y4JA 1MT8A 4Y3RA 5HCTA 5P49A 5CONA 5AHAA 3VYFA 4FM8A 3OY4A 1TCWA 1BDQA 2WEZA 2FMBA 2JE4A 1HWRA 3QVIA 1AIDA 5ER1E 5SZ9A 1ZTZA 2V11C 5P0KA 1FMUA 5P7XA 2IDWA 1HVJA 1K6TA 4I0FA 2I4VA 2WF0A 3TTPA 5P40A 1Z1RA 4DQFA 5P5VA 3LIZA 1DW6C 5FIVA 3T6IA 4J54A 3INEA 1ZP8A 4Y3HA 4HZTA 3NU9A 4FM6A 2BPXA 5P62A 5P3ZA 5P4NA 3PBDA 3ZPTA 3CKTA 1N49A 3B80A 5P87A 4GJBA 5P1KA 5P2LA 3VSWA 5OYZA 2AOHA 1GVTA 3LITA 2FIVA 2AOEA 5P22A 4R8YA 3JW2A 3LIVA 6FIVA 3CYXA 1HSHA 1FEJC 3UCBA 1QBTA 2QD6A 2PWCA 4X7IA 4Y3MA 2IS0A 4ZSPA 3TPRA 5P0CA 5P2ZA 1HIIA 3QVCA 3KM4A 3UQWA 2ZJHA 2WHHA 4R95A 5P42A 5P7BA 4GJ8A 3NWXA 1BVEA 3VCMA 5ER2E 1KJHA 2BPYA 1HEFE 3S54A 3PLLA 2ZGAA 1MSMA 3TPPA 3LIQA 5P1DA 2Q3KA 3VUCA 1BV9A 3OXWA 5P0AA 5OYTA 3HD8A 5P1QA 1HOSA 1XDHA 3PBZA 3LIYA 5HDXA 4EWOA 3EM3A 1FQ7A 3KT5A 5P17A 2XFIA 3O9IA 4M8XA 3SAAA 5OYYA 4YDGA 3O9LA 4Y5AA 1D4JA 2WKZA 4Y3FA 5P66A 4ER4E 1UPJA 1SMRA 1MIQA 5KOSA 3URLA 4U7VA 4DQGA 3PRSA 4YA8A 4OBDA 4OD9B 2OHTA 4AA9A 5P6BA 5P36A 1ZPAA 5IVRA 2I4QA 5P7PA 5P0JA 5P33A 1OD1A 5KQYA 3UDNA 2G1NA 5OYVA 4Y3DA 5P19A 1NH0A 2QCIA 1YTIA 4I0ZA 3VLBA 4XX4A 1RQ9A 5OZ6A 4FE6A 3EL9A 4QJ6A 5P3XA 4PZXA 4LP9A 5OZGA 3KYRA 3OQAA 3GI4A 2VNNA 5P1CA 4Y5EA 5P1GA 1PSNA 5OYRA 4Y3TA 4DJPA 4Y4XA 2WL0A 5P46A 4Y35A 2WF4A 1QDMA 4J55A 5P1TA 2O4SA 4Y53A 3PSYA 2F80A 3UFNA 2OHKA 5P3TA 4GJDA 5P02A 3OQKA 2ASIA 5P7HA 3BUGA 1EPPE 1ZSRA 1QBRA 1MERA 3PVKA 4COEA 3TKGA 2Q55A 3CICA 3KN0A 1HVIA 5P7JA 3INFA 5P10A 4Y3AA 3KDBA 5OZTA 5OZSA 4DUSA 5OZWA 5P4AA 4J1KA 5P7IA 4EP3A 3OUDA 1D4SA 5P4MA 5P44A 1ME6A 2ZHVA 4JP9A 4Y44A 3PWWA 4RCDA 1KJGA 3ZKNA 1MESA 5P5PA 4YHQA 5P5QA 4LXKA 4EHCA 3GGAA 3NDWA 4H3GA 5KR2A 2PSGA 3L5CA 4B1EA 3KT2A 5OZ7A 2SAMA 5IVSA 1META 3OU3A 5HDUA 5P2XA 1PPME 2G22A 3QBFA 3I25A 5OYQA 2QHZA 1MRWA 3S45A 3VFAA 4AZYA 5F00A 4CMSA 1K2CA 5P0GA 5P05A 1ZPKA 5P63A 5P6AA 4Y3GA 4PPHA 3OUCA 5P2EA 4L1AA 5HDZA 5J25A 2ER9E 1YG9A 4I0DA 3OXCA 4FSEA 4J1IA 3O9FA 5P53A 3QN8A 2HM1A 5P2CA 5P1YA 1TQFA 3PMUA 2VIYA 5P5SA 4DJVA 4PHVA 3N3IA 5DQ5A 5P7UA 4Y37A 5P0WA 5P6QA 5IE1A 4QJ7A 5P2VA 1ODWA 5P06A 2VJ9A 4RVJA 3LZYA 4YCTA 2EWYA 5P4GA 4J1FA 4KB9A 3S53A 5P45A 1IIQA 1LS5A 5P1EA 4Q1YA 5P2YA 1A94A 5OZYA 4Y47A 3RTHA 3QRSA 1YT9A 1FQ5A 5OYSA 5OYWA 1K1UA 5P6TA 3NXNA 2QI4A 3GGXA 3HAWA 5P4KA 2ZHUA 3LHGA 1TSUA 2ZHTA 4OBKA 5P8IA 5P7SA 1AXAA 5P04A 5P4TA 5P47A 1QS8A 5P4XA 4ACUA 1ER8E 2JJIA 4FRKA 3RTNA 2O40A 3F9QA 1B5FA 2H6SA 1HVRA 4RZ1A 3DUYA 4Y43A 1UH7A 3OUBA 3TH9A 3EL5A 5P8MA 3OADB 1U8GA 3INHA 4Y4EA 2QI3A 4TVHA 4S1GA 5P26A 3U6AA 5P2JA 1NSOA 3VV6A 4Y5CA 5OZQA 5BS4A 1EC0A 5SXNA 5P2BA 2UY0A 4EXHA 4Z2ZA 3UDRA 2JJJA 5I3XA 5P2AA 2B7ZA 5P8TA 3SM2A 4J1CA 3SA7A 2QMFA 4Y45A 4R5NA 5OZ2A 4DQEA 2WJOA 5P8LA 5P79A 2B8VA 4R92A 2BB9A 5P1LA 5P8FA 5KQXA 4DJRA 3INDA 1C70A 5P3YA 4ER2E 5P3UA 5P0XA 3QI1A 4XXSA 5DQ2A 2BPWA 3U7SA 4YD7A 2VA7A 4FM7A 5P64A 3S7MA 3L5FA 3K5CA 1GVWA 1EPOE 3R2FA 4Y5GA 5HD0A 2JXRA 5P1NA 4J17A 5P6NA 3APPA 1BDLA 3BHEA 3C9XA 5P4RA 5P5BA 3GI5A 4K4RA 3QRMA 4WTUA 4GJ5A 4J1EA 1SGZA 2OHRA 3MSJA 5P4FA 3IA9A 5E5JA 5P0PA 5EZZA 1EC3A 4YD5A 5P57A 2FGVA 2AIDA 5P60A 5P25A 3MXDA 1XE5A 5P3KA 1FF0C 5P7YA 1BV7A 5P7AA 4Y5NA 4J0ZA 4B72A 1MTBA 2R43A 1MVPA 3K4VA 4Q1WA 3UF3A 4FCOA 3L5DA 4RCFA 2P3BA 1C6ZA 4EJ8A 5P3FA 2Q15A 3NXEA 4DPFA 3PHVA 3VYDA 2HPEA 3Q5HA 1FMBA 3KA2A 2HS1A 2ZJJA 1LEEA 3HZCA 3QBHA 4FL8A 3URIA 1WKRA 3OQ7A 3Q4BA 2PH8A 4NJUA 4Z22A 5P00A 3DCKA 2HC0A 3LINA 3UTLA 5P8AA 1APTE 3RSVA 2R5QA 2OHNA 2FNSA 5P4VA 4NPUA 1DPJA 3GW5A 5OZEA 1B6LA 4H3IA 1A9MA 4D89A 1HXBA 4EXGA 4EJKA 2CEJA 2ZDZA 3QRVA 2B60A 5COKA 1A30A 5P8RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9D A;  3IAW A;  4YOB A;  1FQ4 A;  2P3D A;  4YCY A;  5C9F A;  5P6D A;  3KDC A;  4F75 A;  5P5Z A;  2UXZ A;  3OOT A;  3T7P A;  3HLO A;  5CLM A;  4RYC A;  2J9J B;  2FGU A;  2G1Y A;  2WEB A;  3BRA A;  1GKT A;  1CMS A;  3PWR A;  5P3C A;  3PJ6 A;  5KOQ A;  1EED P;  3CIB A;  3ER5 E;  5P85 A;  4J0V A;  4Y3Q A;  1RL8 A;  2BKS A;  5P2K A;  2FXE A;  2NXD A;  4Y58 A;  5P35 A;  5JOD A;  1LYW A;  5P2G A;  4EQ0 A;  3QS1 A;  3EL1 A;  3PSU A;  4RYG A;  3AID A;  4GID A;  2O4P A;  4Y3X A;  4A6C A;  2O4N A;  4RVI A;  5P5R A;  1BIL A;  2AVV A;  2APR A;  4Y3Z A;  5P0I A;  3UHL A;  3BUH A;  3QP0 A;  2QMP A;  3SAB A;  4Y4W A;  5OZ5 A;  2HIZ A;  2J9J A;  2ER6 E;  2IL2 A;  3O9L B;  3EKX A;  3OGQ A;  1DAZ C;  1A8K A;  2HB2 A;  1AZ5 A;  2XFK A;  3UDQ A;  5P4C A;  2R8N A;  3EXO A;  4GJ7 A;  3ZKQ A;  5OZU A;  5P76 A;  5P39 A;  1FFI C;  4J0T A;  4ZSM A;  5P34 A;  5DQC A;  1HPX A;  5P77 A;  4PEP A;  3WB5 A;  4Y3J A;  1YX9 A;  5P23 A;  1LYA B;  3DOX A;  1EAG A;  2XYE A;  2AVM A;  3G72 A;  3LIX A;  3KFR A;  1IZE A;  3Q3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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